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9/7/2013
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Cesar Martins ([email protected])Departamento de MorfologiaInstituto de Biociências , UNESP Universidade Estadual PaulistaBotucatu, SP
Bases da
biologia molecular:
de genes a genomas
O genoma e sua história
Macromoléculas em foco
1800-1900: Proteínas eram consideradas as moléculas mais significantes da célula, antes dos adventos da genética;
Proteína: de primeira importância
1940-2000: Avanços em genética e genômica: DNA no foco das discussões;
2000-2005: Proteínas em foco;
2005-atual: ncRNA e proteínas em foco.
Análise genômica 2013
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GenomaTermo cunhado em 1920 por Hans Winkler: conjugação de
gene e cromossomo ou gene e ome (unidades)
Winkler escreveu em traduação grosseira do alemão para o inglês...
I propose the expression Genome for the haploid chromosome set, which, together with the pertinent protoplasm, specifies the
material foundations of the species...
Winkler H (1920). Verbreitung und Ursache der Parthenogenesis im Pflanzen- und Tierreiche.
Verlag Fischer, Jena.
Lederberg & McCray (2001). 'Ome Sweet 'Omics- A Genealogical Treasury of Words. The
Scientist 15(7): 8
O genoma e sua história
Análise genômica 2013
Genoma nos remete a Hereditariedade
-Hipócrates (460-377 a.C.): pangênese
-Aristóteles (384-322 a.C.): transmissão
das características pelo sêmen
O genoma e sua história
Análise genômica 2013
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Friedrich Miescher (1869)Primeiras evidências da presença de DNA no núcleo das células.
Identificou uma substância rica em fósforo que não se enquadrava como nenhuma
das substâncias protéicas conhecidas até aquele momento. A esta substância ele
deu o nome de nucleina.
Richard Altman (1889)Obteve amostras de nucleina livres de proteína e cunhou uma denominação mais
apropriada para a substância: ácido nucléico.
Primeiras extrações de DNA - Final 1800s e início 1900s
-35 kg de pâncreas bovino dissolvido em 200 litros de ácido sulfúrico
- timina )
O genoma e sua história
The origins of the names:- Adenine is from the Greek word for gland - Adeno, first discovered in the pancreas.- Thymine was first found in the thymus gland.- Cytosine was isolated from cells ('cyto' means cell).- Guanine was originally located in bird guano (poop).
Análise genômica 2013
Análise genômica 2013
1900-1950:Avanços no conhecimento da estrutura do DNA
Phoebus Levene 1910: hipótese tetranucleotídica (hipótese falha)
The DNA COULD NOT store the genetic code
because it is chemically far too simple
O genoma e sua história
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Análise genômica 2013
DNA Ácido desoxirribonucléico
Avery, MacLeod e McCarty
(1944): DNA, material genético
~1930: avanços no conhecimento da estrutura do ácido nucléico
A nucleina se tornou o ácido nucléico desoxirribose e, posteriormente, ácido
desoxirribonucléico.
O genoma e sua história
Linus Pauling 1953: modelo helicoidal tripla hélice
(modelo incorreto)
...he uncharacteristically made several basic mistakes,
including making the phosphate group neutral, a fact which
would no longer represent DNA as an acid.
O genoma e sua história
Análise genômica 2013
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Análise genômica 2013
Linus Pauling 1953:
modelo helicoidal tripla
hélice (modelo incorreto)
O genoma e sua história
Linus Pauling 1953:
modelo helicoidal tripla
hélice (modelo incorreto)
O genoma e sua história
Análise genômica 2013
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Análise genômica 2013
Estrutura do DNA
Linus Pauling and Robert B Corey
Pauling & Corey 1953, PNAS 39(2): 84-97
O genoma e sua história
Erwin Chargaff (1950): razão duas purinas para duas pirimidinas
O genoma e sua história
Análise genômica 2013
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Rosalind Franklin (1951-1956):
cristalografia de raio-X de moléculas
de DNA
Photo 51
O genoma e sua história
Análise genômica 2013
Rosalind Franklin (1951-1956):
cristalografia de raio-X de moléculas
de DNA
O genoma e sua história
Análise genômica 2013
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Análise genômica 2013
Estrutura do DNA
James Watson and Francis Crick
Watson & Crick 1953, Nature 171: 737-738
Modelo da estrutura do DNA - por Watson e Crick
Crick's first sketch of the
deoxyribonucleic acid double-helix
Watson & Crick's 1953 Nature paper Recent view of double-helix DNA
structure
Análise genômica 2013
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Avanços nas tecnologias para estudar genes e genomas
- Enzimas de restrição e tecnologia do DNA recombinante;- Sequenciamento nucleotídico;- PCR Reação em Cadeia da Polimerase;- Sequenciamento em larga escala;- Bioinformática.
Análise genômica 2013
Genomas sequenciados
Primeiro genoma sequenciado: Fago X174, 5.375 pb (9 genes)
Sanger et al. 1977, Nature 265: 687-695
Primeiro eucarionte sequenciado: Saccharomyces cerevisae, 13 milhões pb
Goffeau et al. 1996, Science 274: 546, 563-567
Primeiro animal sequenciado: Caenorhabditis elegans, 100 milhões pb
C elegans Sequencing Consortium 1998, Science 282: 2012-2018
Primeira planta sequenciada: Arabidopsis thaliana, 157 milhões pb
Arabidopsis Genome Initiative 2000, Nature 408: 796-815
Genoma humano: 3 bilhões pb
International Human Genome Sequencing Consortium 2001, Nature: 409: 860-921;
Venter et al. 2001, Science 291: 1304-1351
Análise genômica 2013
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Genomas sequenciados
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Análise genômica 2013
Avanços no conhecimento de
genes e genomas e os dogmas da
biologia molecular
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Dogma central da biologia molecular
do DNA à proteina
1950
Análise genômica 2013
Estocagem
de dados
Intermediário
Execução de
tarefas
Dogma central da biologia molecular
do DNA a proteina
1950
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Dogma central da biologia molecular
desafio ao dogma central
1970
Análise genômica 2013
Dogma central da biologia molecular
RNA world
2000
DNA
RNA
Proteinas
Non-coding
RNAs
Metabólitos
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Dogma central da biologia molecular
RNA world
2000
Análise genômica 2013
de gene?
Dogma central da biologia molecular
conceito de gene
Análise genômica 2013
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Genes e Hereditariedade
-Hipócrates (460-377 a.C.): pangênese
-Aristóteles (384-322 a.C.): transmissão
das características pelo sêmen
genes e sua história...
Gene: conceito filosófico
Análise genômica 2013
Gregor Mendel
Gene: conceito abstrato
genes e sua história...
Análise genômica 2013
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Wilhelm Johanssen:
cunha o termo gene
em 1909
Gene: conceito abstrato
genes e sua história...
Análise genômica 2013
Genes: unidades associadas com
características hereditárias, porém
sem base física conhecida
Gene: conceito físico?
genes e sua história...
Análise genômica 2013
Morgan
Sutton
Boveri
1910: Mapas de ligação
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genes e sua história...
Análise genômica 2013
Avery McLeod McCarty
Gene: conceito físico
1953: Estrutura do DNA
Watson e Crick
1944: DNA como material genético
Caspersson (1947): Conexão entre DNA, RNA e síntese
proteíca
um gene, uma
proteína
genes e sua história...
Conceito antigo de
gene
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TR
GENE
Conceito clássico de
gene
Análise genômica 2013
genes consistem de uma seqüência de DNA que codifica uma proteína
Conceito clássico de gene
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Organização de genes no genoma: novos
conceitos
maioria dos genes consiste de uma seqüência de DNA que codifica somente uma proteína
em alguns casos, uma única seqüência de DNA pode codificar mais de uma proteína
Análise genômica 2013
1977: Processamento alternativo (cis splicing ou splicing normal )
Aumento de ~15% nas proteínas de moscas e vermes
Aumento de ~ 60% nas proteínas de humanos
Organização de genes no genoma: novos
conceitos
Análise genômica 2013
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overlapping reading frames: uma mesma seqüência de DNA
pode codificar mais de uma proteína
tradução em diferentes reading frames (identificado
inicialmente em vírus, mitocôndrias e bactérias)
Organização de genes no genoma: novos
conceitos
Análise genômica 2013
overlapping reading frames: uma mesma seqüência de DNA
pode codificar mais de uma proteína
Proteínas de membrana
Organização de genes no genoma: novos
conceitos
Análise genômica 2013
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Processamento trans (trans
splicing)
Muitos exemplos em C. elegans e
genes mitocondriais
Splicing do RNA maturo da NADH
desidrogenase mitocondrial de Petunia
(Conklin et al 1991, Genes Dev 5: 1407-
1415)
Organização de genes no genoma: novos
conceitos
Análise genômica 2013
2002: Transcrição quimérica
4-5% dos genes humanos codificam proteínas
quimeras*
Organização de genes no genoma: novos
conceitos
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2002: Transcrição
quiméricaRNA Binding Motif proteins: envolvimento com câncer
Organização de genes no genoma: novos
conceitos
Análise genômica 2013
RNA editing: alteração de apenas um nucleotídeo na
molécula de RNA
Aumento de 35x na edição de transcritos de humanos
comparado com camundongo, especialmente nos
elementos Alu.
Elementos Alu compreendem 10.5% do genoma
humano...
JS Mattick 2010, Bioessays 32: 548 552
Organização de genes no genoma: novos
conceitos
Análise genômica 2013
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Genes e genomas: novos conceitos
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Análise genômica 2013
Genes e genomas: novos conceitos
Papel dos RNAs não codificantes: ncRNAsExemplos mais conhecidos: -RNA transportador (tRNA)-RNA ribossomal (rRNA)
Novos exemplos:Pelo menos 3 classes de pequenos ncRNAs, com base nos seus mecanismos de biogênese: -microRNAs (miRNAs)-endogenous small interfering RNAs (endo-siRNAs or esiRNAs)-Piwi-interacting RNAs (piRNAs)
Exemplos menos conhecidos:-Pequenos RNAs nucleares (snRNA)-RNA da PRS (7SL RNA)
Análise genômica 2013