ChemDraw(ChemOffice) Professionalの使い方に関 …polymer.chem-bio.st.gunma-u.ac.jp/ChemDraw.pdf7 PerkinElmer Confidential 結合を書く立体の表記アルキル鎖を簡単に書く

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分子科学部門_糖鎖化学研究室

松尾一郎

ChemDraw (ChemOffice) Professionalの使い方に

関する講習会

初級編

2018年4月

22 PerkinElmer Confidential

アジェンダ ChemDraw編

NMRスペクトルの予測

OH

ON

O

NN

NHN

O

O

OH

OH

O

O

OH

OH

+OH2SO4

H3BO3

R e a c t a n t s P r o d u c t sFormulaMWLimiting?EquivalentsSample Mass%WeightMolarityDensityVolumeReactant MolesReactant Mass

FormulaMWEquivalents%CompletionExpected MassExpected MolesMeasured MassPurityProduct MassProduct Moles%Yield

C8H4O3148.12Yes

10.00g

67.51mmol

10.00g

C6H6O2110.11No

7.43g

67.51mmol

7.43g

H2O4S98.07No

6.62g

67.51mmol

6.62g

BH3O361.83No

4.17g

67.51mmol

4.17g

C14H8O4240.21

16.22g

67.51mmol

12.00g

87.00%

10.44g

43.46mmol

64.37%

構造式作図のTips

物性推算

反応式作図のTipsと量論表

SciFinderへの検索


ChemDraw (ChemOffice) Professionalではこのような絵が描けます

生物系の作図 BioDrawツール

TLC作図ツール

ゲル電気泳動ツール

バイオポリマーツール


HO

H

H

H

Valsartan

Cholesterol

時間をかけないで書くにはどうしたら良いか？作図のTipsとHotKey

今日の目標：ChemDraw で化学構造式をかけるようになりましょう

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デスクトップ上のこのようなアイコンからChemDrawを立ち上げてください


結合を書く

立体の表記

アルキル鎖を簡単に書く

環状化合物

消しゴムツール

選択ツール２選択ツール１

矢印

有機化学実験のレポート作成に最低限必要なこと１（結合を描く）

文字入力

ベンゼン環


結合を書く

立体の表記


環状化合物



矢印


文字入力

図を回転させる

？？？？

同じ図を描く・コピーする・ペーストする

図を選択する

ベンゼン環

Structure >> Clean up structure


結合を書く

立体の表記


環状化合物



矢印


文字入力

図を回転させる

２重結合を書く

３重結合を書く

？？？？

？？？？

ベンゼン環Structure >> Clean up structure


結合を書く

環状化合物

ベンゼン環



矢印


文字入力

文字入力水素と窒素

ベンゼン環


=立体の表記


結合を書く

立体の表記


環状化合物

ベンゼン環



矢印

有機化学実験のレポート作成に最低限必要なこと２（反応を描く）

文字入力

Structure >> Clean up reaction

object >> align


課題10：生成物から反応式を書く

右の反応式を書きなさい。

＜Tips＞構造式の結合

Object>Join

ベンゼン環の種類

Shift, Ctrlキーを使ってみる

O

shift Ctrl


課題5：テンプレートの利用・登録

右の分子を１つ15秒で作図しなさい。


課題5：テンプレートの利用・登録

右の分子を１つ15秒で作図しなさい。

登録されているテンプレートの使用


課題2a：Short Cut Keysの利用

キー Fileメニューキー Viewメニュー

Ctrl+N New Document Ctrl+H Show CrosshairCtrl+O Open F11 Show RulerCtrl+W CloseCtrl+S Save キー Objectメニュー

Shift+Ctrl+S Save as Ctrl+G GroupShift+Ctrl+P Page Setup Shift+Ctrl+G UngroupCtrl+P Print Ctrl+J Join

Shift+Ctrl+H Flip Horizontalキー Editメニュー Shift+Ctrl+V Flip VerticalCtrl+Z UndoShift+Ctrl+Z Redo キー Structureメニュー

Ctrl+C Copy Shift+Ctrl+K Clean Up StructureCtrl+V Paste Shift+Ctrl+X Clean Up ReactionCtrl+X Cut Shift+Ctrl+N Convert Name to StructureDel Clear Alt+Ctrl+N Convert Structure to NameCtrl+A Select All

• Short Cut Keysを使用するとカーソルを動かすことなくキーボードからメニューの項目が選択出来ます。


課題1：分子構造の作図

右の分子を作図しなさい。 Undoボタン

Windowsと同様のショートカットキー

分子全体の選択

原子・複数原子の選択（オブジェクト）

Shiftキー

分子の回転

ある部分の色付け（ベンゼン環）

選択したオブジェクトへの色付け

色付き元素表示

ファイルの保存

ファイル名：課題1

新しいドキュメント

View>Show Periodic Table Window

Stereochemistryの表示

Object > Show Stereochemistry


課題3：分子の特性・名前

分子量（特性）の算出

View>Show Analysis Window 構造式の変化に対応

IUPAC名の算出

Structure>Convert Structure to Name 多数の構造式から一括に変換するには、

ChemDraw for Excelを利用

分配係数 LogP（物性）の予測値

View>Show Chemical Properties Window 画面出力（Paste) 詳細出力（Report）

名前から構造式の算出

Structure>Convert Name to Structure Tamiflu 多数を一括に変換するには、ChemDraw for Excelを利用

これは実測値ではなく、予測値です

Chemical Formula: C16H28N2O4Exact Mass: 312.20

Molecular Weight: 312.41m/z: 312.20 (100.0%), 313.21 (17.3%), 314.21 (1.4%)

Elemental Analysis: C, 61.51; H, 9.03; N, 8.97; O, 20.48

Boiling Point: 857.67 [K]Melting Point: 580.79 [K]Critical Temp: 918.25 [K]Critical Pres: 16.92 [Bar]

Critical Vol: 943.5 [cm3/mol]Gibbs Energy: -297.24 [kJ/mol]

Log P: 0.19MR: 85.34 [cm3/mol]Henry's Law: 13.92

Heat of Form: -846.82 [kJ/mol]tPSA: 90.65

CLogP: 2.1318CMR: 8.5864

ethyl (3R,4R,5S)-4-acetamido-5-amino-3-(pentan-3-yloxy)cyclohex-1-ene-1-carboxylate


課題4：NMRスペクトル予測

NMRスペクトルの予測しなさい。

1H/13C NMR予測

Structure>Predict …..

溶媒DMSO 300MHzの1HNMR予測

File>Preferences…

これは実測値ではなく、予測値です


ChemDraw: SciFinderとの連携（来週解説します）

ChemDrawから直接SciFinderの構造/反応検索が可能です。

検索対象の選択が必要！


日本語マニュアルのダウンロード

http://informatics.perkinelmer.co.jp/support/manual.html

ユーザーズガイドチュートリアル（p362~379）

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