3. hafta Dr. Özge KAHRAMAN ILIKKAN

MİKROORGANİZMALARIN SINIFLANDIRILMASI

2. hafta

Sınıflandırma bilimi; Taksonomi olarak bilinmektedir. “Taksonomi” Yunancada

düzenleme anlamına gelen “taksis” ile yasa anlamındaki “nomos” kelimelerinin

birleşiminden türemiştir.

İlk taksonomistlerden birisi de Carolus Linnaeus olup, 1750 ile 1760’lı yıllarda bilinen

tüm hayvan ve bitkileri sınıflandırmıştır.

MİKROORGANİZMALARIN SINIFLANDIRILMASI

2. hafta

MİKROORGANİZMALARI SINIFLANDIRMA

YÖNTEMLERİ

2. hafta

1. Klasik yöntemler

- morfoloji

- Besin isteği

- Hücre duvar yapısı

- Hücre içi depo materyali

- Kapsül yapma

- Isı, pH

- C,N,S kullanımı

- Patojenitesi

-Fizyolojik ve Biyokimyasal özellikler

- İmmünolojik özellikleri

2. Genetik Yöntemler

- DNA Sekans Analizi

- DNA Hibridizasyonu

-Guanin+Sitozin yüzdesi (%G+C değeri)

MİKROORGANİZMALARIN SINIFLANDIRILMASI

2. hafta

Taksonomik hiyerarşi: Eki

Domain (süper/üst alem) Ülke

Alem

Şube Eyalet

Sınıf Şehir –tes

Takım Cadde –ales

Familya Numara –aceae

Cins Soyadı

Tür Adı

Varyete, Suş

Tür, ortak özellikler taşıyan, aynı veya yakın gen havuzunda bulunan biyolojik gruptur.

Varyete, en az bir morfolojik özellik bakımından türden ayrılan, türün yayılış alanı

içerisinde küçük veya büyük gruplar halinde bulunan topluluktur.

Suş: Bir bakteri veya virüsün farklı alt türlerinin, aralarında genetik farklılıklar bulunan

grupları

Domain: Eucaryota

Alem: Fungi

Şube: Ascomycota

Sınıf: Eurotiomycetes

Takım: Eurotiales

Familya: Trichocomaceae

Cins: Aspergillus

Tür: A. flavus

Örnek

MİKROORGANİZMALARIN SINIFLANDIRILMASI

2. hafta

Cins adı+Epitet adı=Tür adı

CİNS ismi Baş harfi büyük yazılır

TÜR ismi Küçük harflerle yazılır

Cins isim, ilk veya birkaç harfi yazılarak kısaltılabilir. Örneğin, B. anthracis, B.

cereus, S. typhi, Staph. aureus (veya S. aureus), Str. equi (S. equi), Str. pyogenes (S.

pyogenes) gibi.

İtalik yazılır

Aspergillus flavus

Türlerin sınıflandırılmasında uluslararası ikili adlandırma sistemi (binomial isimlendirme)

benimsenmiştir.

Bu sisteme göre her yeni türe Latince bir cins bir de epitet adı verilir.

3 SÜPER/ÜST ALEM

2. hafta

1-ÖKARYOTLAR

2. BAKTERİLER

3- ARCHAE

ÖKARYOTLAR

2. hafta

eu "gerçek", kary "çekirdek"

Ökaryotların genetik malzemeleri zarla çevrili bir çekirdek içinde yer alırlar.

Hücre yapıları bitki ve hayvan hücrelerinin yapısına benzerlik gösteren

mikroorganizmalardır.

Algler, Protista ve Mantarlar (Fungi)

PROKARYOT

2. hafta

BAKTERİLER

Daha basit hücre yapısına sahip mikroorganizmalar

Mavi yeşil algler (siyanobakteriler), Bakteriler

ARCHAE

Metanogenler, Ekstremofilller

pro "önce", kary "çekirdek"

2. hafta

Özellikler Prokaryot Ökaryot

Gruplar Bakteriler,

Archae’lar

Maya, mantar, alg,

protozoa

Büyüklük 0.2-4 µm 5µm den büyük

Kromozom sayısı bir birden fazla

Nükleer membran yok var

Nükleolus yok var

Histon (kromozomda) Yok var

Mitozis yok var

Ribozom 70S (30S+50S) 80S (40S+60S)

Mezozom var yok

Kloroplast yok var

Golgi aparatı yok var

Endoplasmik retikulum yok var

Peptidoglikan(hücreduvarında) var yok

2. hafta

Bakteriler 16S ribozomal RNA gen sekansı karşılaştırmasına göre ;

2. hafta

Bakteriler 16S ribozomal RNA gen sekansı karşılaştırmasına göre ;

2. hafta

Mantarlar (Fungi) 18S ribozomal RNA gen sekansı karşılaştırmasına göre ;

HÜCRESEL OLMAYAN MİKROORGANİZMALAR

2. hafta

VİRUSLAR

PRİON

Protein yapısındaki hastalık yapıcı ajanlardır

VİRÜSLER

2. hafta

Viruslar hüre yapısı göstermeyen ve tek başlarına metabolik aktiviteleri bulunmayan

mikroorganizmalar

Genetik Materyal DNA ya da RNA Olabilir.

Genetik Materyal Bir Protein Kılıfı İçindedir.

Virusa Bağlı Olarak Genetik Materyal ya Tek Zincirli ya da Çift Zincirli Olabilir.

Virusların Büyüklükleri, Şekilleri, Komposizyonları Çeşitlilik Gösterir.

Konakladıkları Hücre ya da Hücreleri Enfekte Etme Açısından Özel Mekanizmalar

Geliştirmiştir.

Bitki Virusları

Hayvan Virusları

Bakteriyel Viruslar (Bakteriyofaj ya da Faj)

İnfluenza

VİRÜSLER

2. hafta

Bakteriyofaj

MİKROSKOP

Çıplak gözle görülemeyecek kadar küçük nesneleri (100μm den daha küçük) büyütüp göze

görünür duruma getirmeye yarayan ve bir mercek düzeneği bulunan optik aygıt.

Aydınlık alan/Işık (Basit Mikroskop) mikroskobu

2. hafta

MİKROSKOP KISIMLARI

Ayak (Alt Kaide): Mikroskobun bütün kısımlarını üzerinde bulunduran parçadır.

Mikroskop Kolu: Mikroskobun arka kısmında bulunan ve taşıma sırasında mikroskobun

kavranmasını sağlayan kavisli parçadır. Ancak güvenlik bakımından mikroskop taşınırken bir

elle mikroskop kolu diğer elle ayak kısmı tutulmalıdır.

a) Mikroskobun Mekanik Kısmını Oluşturan Parçalar

Tabla: Preparatın yerleştirildiği parçadır.

Sıkıştırma Klipsleri: Preparatın tabla üzerinde iki tarafından sabitlenmesini sağlayan

parçalardır.

Revolver: Üzerinde objektifleri taşıyan hareketli (dönebilen) parçadır.

Mikroskop Tüpü: Mikroskop kolunun üst kısmında bulunan parçadır. Üst kısmına oküler,

alt kısmına ise objektifler monte edilmiştir.

Ayar Vidaları: Kaba ayar vidası (makro vida) ve ince ayar vidası (mikro vida) olmak üzere

iki tanedir.

X ve Y Ekseni Ayar Vidaları: Tabla üzerine yerleştirilip klipslerle sıkıştırılan preparatın

ileri-geri ve sağa-sola hareket ettirilmesini sağlayan parçalardır. Bu şekilde preparattaki

kesitin farklı kısımları incelenebilir. 2. hafta

b) Mikroskobun Optik Kısmını Oluşturan Parçalar-1

Objektif: Revolver üzerine monte edilmiş, mikroskopta görüntünün ilk oluştuğu ve görüntü

netliği ile ilgili parçadır. Bir ışık mikroskobunda genellikle 4 adet objektif bulunur.

Bunlardan büyütme gücü küçük olanına arama objektifi denir. Hazırlanan preparattaki objenin

ilk görüntüsü arama objektifi kullanılarak bulunur.

“4X” ifadesi bu objektifin görüntüyü 4 defa büyüttüğünü belirtir. Ayrıca revolver üzerinde

genelde büyütme gücü 10X, 40X, 60X ve 100X olan objektifler bulunur.

Objektiflerin amaçları,

1- Objenin herhangi bir yerinden gelen ışınları birleştirmek,

2- Bu ışınları odak noktasında toplamak

3- Odak noktasında oluşan imajı büyütmektir.

2. hafta

b) Mikroskobun Optik Kısmını Oluşturan Parçalar-2

2. hafta

Oküler (Göz Merceği): Mikroskop tüpünün üst kısmına monte edilmiş ve

objektiften gelen görüntüyü büyütmeye yarayan parçadır.

Bir tane oküleri bulunan mikroskoplara monoküler, iki tane oküleri bulunan

mikroskoplara da binoküler adı verilir. Okülerin büyütme gücü üzerinde yazılıdır.

2. hafta

MİKROSKOP

Işık Kaynağı: Mikroskop ayağına monte edilmiş ve üst kısımdaki preparata doğru

ışık yansıtan parçadır.

Kondansatör: Mikroskop tablasının altında bulunan ve kaynaktan gelen ışığın

preparat üzerinde toplanmasını sağlayan mercek sisteminden oluşan parçadır.

Diyafram: Kondansatörün altında bulunan ve preparata ulaşacak olan ışığın

yoğunluğunu ayarlamaya yarayan parçadır.

b) Mikroskobun Optik Kısmını Oluşturan Parçalar-2

2. hafta

İmmersiyon Objektifi ve immersiyon Yağı

Mikroskobun 100x lük büyütmesinde immersiyon yağı kullanılır çünkü sedir

yağının kırma (refraksiyon) indeksi (1.535) lâmınki ile yakın değerde olduğundan

kondansatörden gelerek lamdan geçen ışınlar tekrar kırılmadan sedir yağından düz

olarak geçerek objektiften içeri girerler. Eğer sedir yağı kullanılmazsa, obje ile

objektif arasında hava bulunacaktır ki bunun kırma indeksi 1.00 olduğundan lâmdan

geçen ışık, objektife girmeden tekrar yanlara doğru kırılacak ve objektife az ışık

girecektir. Bu da iyi ve net bir görüntü sağlamaz.

MİKROSKOP ÇEŞİTLERİ

1. Aydınlık saha mikroskobu; (basit mikroskop)

1000-3000 büyütmelidir.

Çapları yaklaşık 0.2 μm olan canlılar görülebilir.

2. Karanlık saha mikroskobu;

Bazı ince yapılı mikroorganizmaları (spiroketler gibi) ışık mikroskobunda görmek

mümkün olmaz ve bu amaçla karanlık alan mikroskobundan yararlanılır.

Bu mikroskopta mikroorganizmalar, karanlık zemin üzerinde parlak görüntü verirler.

Özel kondansatörler yardımıyla sağlanan karanlık sahada, alttan gelen ışık,

kondansatörün ortasındaki siyah, ışık geçirmeyen bir bölge nedeniyle yanlarından

girerek preparat üzerine gelir. Bu sistemde ışık tüp içine girmeyerek yanlara dağılım

gösterir. Ancak, karanlık alanda bulunan mikroorganizmanın yansıttığı ışık, mikroskobik

inceleme yapan kişinin gözüne ulaşır

3.Faz-kontrast mikroskobu;

Hücre içi yapıların görünmesi sağlanır.

Hücre içi yapılar farklı konsantrasyonda olmasından dolayı objeden geçen

ışığın fazında da farklılık olur

4.Floresan mikroskop;

Işık kaynağı olarak kullanılan boyanın türüne göre farklı dalga boylarındaki ultraviyole

ışınları kullanılır. Floresan boya ile boyanmış ya da kendiliğinden floresan verme

özelliğindeki örnekler görüntülenir.

5.Elektron mikroskobu; Burada ışık kaynağı yerine elektronlar kullanılır. Elektron ışınları ile

incelenen yapılar 20.000 ila 1.000.000 kez büyütülebilir. Virüsler ve viral parçacıklar bu

mikroskop ile görülebilirler

a. Transmisyon elektron mikroskobu(TEM)

b. Scaning elektron mikroskobu (SEM)

MİKROSKOP ÇEŞİTLERİ

2. hafta

Geçirimli

elektron mikroskobu Taramalı

elektron mikroskobu

MİKROSKOP

2. hafta

6. Atomik Kuvvet Mikroskobu

Atomik boyutlara kadar sivriltilmiş bir iğne ucu yardımıyla, yüzeyin yüksek çözünürlükte,

üç boyutlu görüntülenmesini sağlar. Görüntüleme, iğne ucunun yüzey ile etkileşiminin

incelenmesi sonucunda gerçekleştirilir.

İnce film kaplamaların yüzey incelemeleri.

Organik ve inorganik malzemelerin yüzey incelemeleri.

Yüzey incelemeleri yüzey düzgünlüğü, faz farklılıkları,

elektrik iletkenlik farklılıkları ve manyetik alan yönü

farklılıkları konularında yapılabilmektedir.

MİKROSKOP

2. hafta

7. Lazer Taramalı Konfokal Mikroskop

Lazer Taramalı Konfokal Mikroskop araştırmacılara

floresan ve ya problar ile işaretlenmiş kemik, beyin ve

diğer benzeri dokuların oldukça kalın kesitleri, gelişmekte

olan embriyolar gibi küçük organizmalar ve bütün haldeki

hücre örnekleri ile çalışma imkanı sağlar.

Bu teknoloji araştırmacılara ulaşılabilecek en yüksek ışık

mikroskobu çözünürlüğü ile hücre altı yapılar,

fonksiyonları ve hücre/organizma yapısının temiz bir

şekilde görüntülenmesini sağlar.

MİKROSKOPTA ÖLÇÜM

2. hafta

Mikroorganizmaların boyutlarını ölçmede, biri oküler mikrometre ve diğeri de stage

(objektif) mikrometre olmak üzere belli aralıklarla çizgilere sahip olan iki tane özel ölçek

kullanılır.