Embed Size (px)
Citation preview
Elucigene® QST*R®-produkter Analysevejledning til software
Fremstillet af: Gen-Probe Life Sciences Ltd. Oaks Business Park Crewe Road Wythenshawe Manchester M23 9HZ, Storbritannien For salgsafdeling, kundeservice og teknisk support: T: +49 (0) 6122 7076451 F: +49 (0) 6122 7076155 E: [email protected] E: [email protected]
AN000GSDA Rev.10/2013 Side 1 af 29
GeneMapper-analyse Indledning Nedenstående afsnit beskriver procedurerne for prøveanalyse af Elucigene QST*R-resultater med Applied Biosystems GeneMapper-softwarepakker (version 3.7 eller nyere) og hvordan der indsættes tabeldata i Excel QST*R-rapportskabelonen.
Analyseproces Processen til analyse af prøver er opsummeret i nedenstående flowdiagram:
AN000GSDA Rev.10/2013 Side 2 af 29
GeneMapper Åbn GeneMapper-programfilen og importer de nødvendige fsa-filer ved at klikke på
knappen ‘add samples to project’ (tilføj prøver til projekt) . .
Gå til den ønskede Run Folder (kørselsmappe) på mappetræet til venstre på vinduet. Vælg mappen og klik på knappen ‘Add to List >>’ (tilføj til liste). Kørselsmappen vil nu blive vist i vinduet ‘samples to add’ (prøver, der skal tilføjes). Dobbeltklikker man på kørselsmappens ikon i dette vindue vises de fsa-filer, der skal importeres (figur 1). Prøverne tilføjes derefter ved at klikke på knappen ‘Add’ (tilføj) .
Figur 1: Prøverne er klar til at føjes til projektet
AN000GSDA Rev.10/2013 Side 3 af 29
Import af QST*R GeneMapper-analyseindstillinger i GeneMapper Manager
Det er nødvendigt at importere QST*R-indstillingerne for GeneMapper. Denne proces kontrolleres via grænsefladen ‘GeneMapper Manager’. QST*R GeneMapper-indstillinger er tilgængelige fra Gen-Probes hjemmeside: www.gen-probe.com/global/products-services/ 1. Åbn programmet GeneMapper Manager ved at klikke på ikonet (figur 2 og 3).
Figur 2: Åbning af GeneMapper Manager
Figur 3: Grænsefladen for GeneMapper Manager
AN000GSDA Rev.10/2013 Side 4 af 29
2. Vælg fanen ‘Analysis Methods’ (analysemetoder), og klik derefter på knappen Import (importer).
3. Gå til og importer den/de nødvendige QST*R-analyseindstillingsfil(er): 3130 eller 3500 (figur 4).
Figur 4: Import af Analysis Methods (analysemetoder)
4. Gentag processen, vælg den relevante fane og importer de tilsvarende filer for:
• Tabel Settings (tabelindstillinger)
• Plot Settings (plotindstillinger)
• Size Standards (størrelsesstandarder)
Bemærk: Det er ikke nødvendigt at importere filer for Cluster Plot Settings (gruppeplotindstillinger), Matrices (matricer), SNP Sets (SNP-sæt) og Report Settings (rapportindstillinger).
AN000GSDA Rev.10/2013 Side 5 af 29
Import af QST*R-panelindstillinger i Panel Manager Det er nødvendigt at importere QST*R-panel- og bin-indstillinger for GeneMapper. Denne proces kontrolleres via grænsefladen ‘Panel Manager’ (panelstyring). QST*R GeneMapper-panelet og bin-indstillingerne kan findes på Gen-Probes hjemmeside: www.gen-probe.com/global/products-services/ 1. Åbn programmet Panel Manager (panelstyring) ved at klikke på ikonet . 2. Klik på ‘Panel Manager’ (panelstyring) på venstre navigationsvindue. Panel Manager (panelstyring) vil nu fremstå markeret i blåt. 3. Vælg ‘File/Import Panels’ (gem/importer paneler). Gå til og importer panelfilen GeneMapper ‘anan000 gmbf*.txt’ (figur 5). 4. Panelfilen vises nu i venstre navigationsvindue. Klik på panelfilen og kontroller, at den fremstår markeret i blåt. 5. Vælg ‘File/Import Bin Set’ (gem/importer bin-sæt). Gå til og importer bin-filen GeneMapper ‘anan000 gmbf*.txt’ (figur 6). 6. Klik på ‘Apply’ (anvend), og klik derefter på ‘OK’.
Figur 5: Import af filen QST*R Panel
AN000GSDA Rev.10/2013 Side 6 af 29
Figur 6: Import af QST*R-bin-sætfil
Ændring af filen analyseparameter Det kan være nødvendigt at ændre de standardmæssige ‘Analysis Ranges’ (analyseområder) i QST*R-analyseindstillingerne sådan, at de passer til lokale forhold under kørslen. Minimumsanalyseområdet vil afhænge af de kapillærer og polymer, der anvendes i forbindelse med dataindsamlingen. Få vist de aktuelle analyseindstillinger: 1. Åbn ‘GeneMapper Manager’. 2. Vælg fanen ‘Analysis Methods’ (analysemetoder). Den importerede QST*R-fil vil stå anført som ‘QSTR Analysis’ (QSTR-analyse). 3. Klik på ‘QSTR Analysis’ (QSTR-analyse). Linjen vil nu fremstå markeret. 4. Klik på knappen ‘Open’ (åbn) og vælg fanen ‘Peak Detector’ (spidsdetektor) (figur 7). Analyseområderne er som standard sat til at starte ved 2.000 og slutte ved 18.000.
AN000GSDA Rev.10/2013 Side 7 af 29
Figur 7: Analyseområder
Sådan findes det korrekte analyseområde for jeres laboratorium:
1. Dobbeltklik i hovedvinduet i GeneMapper på den importerede kørselsmappe for at se listen over de fsa-filer, der findes i mappen.
2. Vælg en fsa-fil.
3. Klikker man på fanen ‘Raw data’ (rådata) vises elektroferogrammet med rådata.
4. Brug den første spids i størrelsesstandarden (f.eks. 75 bp af GS500LIZ) som guide, og bestem et datapunkt, der er ca. 100 datapunkter større (figur 8). Dette bestemmer det laveste punkt i det analyserbare område.
5. Sørg for, at det maksimale analyseområde omfatter størrelsesstandardens største
spids (f.eks. 500 bp af GS500LIZ eller 600 bp af GS600LIZv2).
6. Indlæs de nye værdier i QST*R-analysefilen (der opnås adgang som ovenfor beskrevet).
AN000GSDA Rev.10/2013 Side 8 af 29
Figur 8: Sådan findes minimumsområdet ved hjælp af prøvens rådata
Analyse af importerede QST*R-filer 1. Vælg i hovedvinduet i GeneMapper ‘QST*R Table Settings’ (QST*R-tabelindstillinger) (figur 9). Figur 9: Brug rullemenuen til at vælge QST*R-tabelindstillingerne
2. Vælg i hovedvinduet i GeneMapper den første celle under ‘Analysis Method’ (analysemetode) og vælg enten ‘QSTR Analysis 3130’ (QSTR Analysis 3130) eller ‘QSTR Analysis 3500’ (QSTR Analysis 3500) på rullemenuen. Gentag processen for størrelsesstandarden, og vælg ‘QSTRLIZ500’ eller ‘QSTRLIZ600’ på rullemenuen.
3. Vælg panelet ‘QSTR gm*’, og klik på det relevante underpanel (figur 10). 4. Udfyld hver kolonne ved at markere kolonneoverskriften og trykke på tasterne ‘Ctrl-D’. 5. Klik på for at starte prøveanalysen. Tildel projektnavn, når der bedes om det.
AN000GSDA Rev.10/2013 Side 9 af 29
Figur 10: Valg af QST*R-panelindstillinger
Gennemgang af QST*R-data 1. Marker prøven, der skal analyseres (fremhæv prøverækken). 2. Klik på for ‘Display Plots’ (vis plot). 3. Vælg ‘QST*R Plot settings’ (QST*R-plotindstillinger) (figur 11). Figur 11: Brug rullemenuen til at vælge QST*R-plotindstillingerne.
4. Plotvinduet vil vise prøveprofilen sammen med de tabulerede data (figur 12). GeneMapper mærker automatisk maksimalt to spidser for hver markør. Hvis der findes tre alleler for en markør, skal den tredje umærkede spids mærkes manuelt (se: Manuel redigering af profiler).
Bemærk: Allelestørrelsesområder for hver markør er baseret på tidligere observerede data. Sjældne alleler kan falde uden for det givne markørstørrelsesområde og det kan blive nødvendigt at justere bin-sættet tilsvarende.
5. Det anbefales, at plotvinduet har ‘Single click editing’ (étkliksredigering) aktiveret. Det gøres ved at vælge ‘Alleles/set click editing’ (alleler/indstil klikredigering) og kontrollere, at denne mulighed er valgt.
AN000GSDA Rev.10/2013 Side 10 af 29
Figur 12: Prøveplotvindue, der viser mærkede spordata og korrelerer genotypetabel
AN000GSDA Rev.10/2013 Side 11 af 29
Manuel redigering af profiler ADVARSEL! GeneMapper tildeler kun mærker for op til 2 spidser pr. markør. Det kan derfor blive nødvendigt at redigere profiler manuelt, dvs. ved tildeling af mærker til tredjespidser (hvis de forekommer) eller fjerne mærker fra stutter-spidser. Tilføj et spidsmærke ved at venstreklikke på den umærkede spids. Du vil få mulighed for at tilføje en allelekommentar. Klik på ‘OK’. Spidsen vil nu blive mærket med sin størrelse i basepar og sit spidsområde. Tabellen inkorporerer automatisk den netop mærkede spids. Fjern et spidsmærke ved at venstreklikke på spidsmærket. Du vil få mulighed for at slette en allelekommentar. Klik på ‘OK’. Spidsmærket fjernes nu. Tabellen fjerner automatisk de slettede spidsdata.
Der findes flere oplysninger om scoring af QST*R-prøver i Elucigene QST*R: Instructions for Use (brugervejledning) og Guide to Interpretation (fortolkningsvejledning) findes på Gen-Probes hjemmeside:
www.gen-probe.com/global/products-services/
Kopiering af tabeldata 1. Fremhæv alle rækker i tabellen i bunden af plotvinduet. 2. Kopier de valgte rækker ved at trykke på tasterne ‘Ctrl+C’.
QST*R-rapportskabelon QST*R-rapportskabeloner kan bruges til at bestemme spidsforhold for en markør. Rapportskabelonen for hvert af produkterne i QST*R-området findes på Gen-Probes hjemmeside: www.gen-probe.com/global/products-services/ 1. Åbn den relevante rapportskabelonfil. 2. Hvis rapportskabelonen viser en sikkerhedsadvarsel, der angiver, at makroer er
blevet deaktiveret, skal du klikke på knappen Options (indstillinger), som det vises i figur 13.
3. Der vises et vindue med sikkerhedsindstillinger (figur 14). Vælg indstillingen ‘Enable this content’ (aktiver dette indhold), og klik på ‘OK’.
AN000GSDA Rev.10/2013 Side 12 af 29
Figur 13: Sikkerhedsadvarsel (deaktiverede makroer)
Figur 14: Vindue med sikkerhedsindstillinger (til at aktivere makroer)
4. Vælg arket ‘Import GM’ (importer GM), og kontroller, at cellen A1 er valgt.
5. Indsæt tabeldataene, der er kopieret fra GeneMapper, ved at trykke på tasterne ‘Ctrl+V’ og omgående klikke på knappen ‘Sort’ (sorter) (figur 15).
Bemærk: Alle indsatte data SKAL være markeret, for at funktionen ‘Sort’ (sorter) kan køre.
6. Vælg fanen ‘QSTR-GM’ (– angiver hvilket regneark, der er i brug i øjeblikket). Resultatrapporten indeholder nu alle spidsoplysninger og forhold for din prøve (figur 16).
AN000GSDA Rev.10/2013 Side 13 af 29
Figur 15: Eksempel på importeret GeneMapper-tabel for QST*Rplusv2
Figur 16: Eksempel på QST*Rplusv2-rapport
AN000GSDA Rev.10/2013 Side 14 af 29
Scoring af rapporten 1. Trisomi bestemmes af både: a) To spidser af forskellig højde, der skyldes, at den ene af spidserne repræsenterer to
alleler, som forekommer hos begge forældre. I dette tilfælde klassificeres forholdet mellem de to spidser som 2:1 eller 1:2. Hvor A1/A2 vil give et resultat i området 1,8 til 2,4, når spidsen, der repræsenterer den korte allele, er større i område end den spids, der repræsenterer den længste allele, eller hvor A1/A2 vil give et resultat i området 0,45 til 0,65, når spidsen, der repræsenterer den korteste allele, er mindre i område end den spids, der repræsenterer den længste allele.
I begge tilfælde vises ‘Ratio’ (forhold) i kolonnen ‘Warning’ (advarsel). b) Der forekommer tre spidser af sammenlignelig højde. Spidsforholdet vil være
klassificeret som 1:1:1, og deres værdier falder inden for normalområdet på 0,8-1,4 (selvom for alleler, der er adskilt med mere end 24 bp, er et alleleforhold på op til 1,5 acceptabelt).
I dette tilfælde vises ‘3 Alleles’ (3 alleler) i kolonnen ‘Warning’ (advarsel). 2. For at fortolke et resultat som unormalt (dvs. der forekommer trisomi) kræves mindst to informative markører, der er forenelige med en triallelisk genotype sammen med alle andre markører, der ikke er informative. Det frarådes at fortolke et resultat som unormalt på basis af information fra kun én markør. 3. For at fortolke et resultat som normalt kræves mindst to informative markører, der er forenelige med en diallelisk genotype sammen med alle andre markører, der ikke er informative. Et normalt resultat angiver det normale komplement af to for de testede kromosomer. 4. Spidsområdeforhold, der falder mellem de normale og unormale områder, klassificeres som utilstrækkelige. Utilstrækkelige resultater kan gøres tilstrækkelige ved at anvende enkelte kromosomsæt. 5. Hvis en markør mangler spidsdata vises ‘Absent’ (mangler) i advarselskolonnen. Denne advarsel ses rutinemæssigt ved fravær af Y-kromosommarkører.
AN000GSDA Rev.10/2013 Side 15 af 29
GeneMarker-analyse
Indledning Nedenstående afsnit beskriver procedurerne for prøveanalyse af Elucigene QST*R-resultater med SoftGenetics GeneMarker-softwarepakker (version 1.65 eller nyere). Billeder i dette afsnit er taget fra version 1.85 af GeneMarker-softwaren.
Analyseproces Processen til analyse af prøver er opsummeret i nedenstående flowdiagram:
AN000GSDA Rev.10/2013 Side 16 af 29
Tilføjelse af prøvefiler til GeneMarker Åbn GeneMarker-programfilen og vælg, når der bedes om det, ‘Open Data’ (åbn data). Boksen Open Data Files (åbn datafiler) vises. Klik på knappen ‘Add’ (tilføj). Dialogen Open (åbn) vises. Gå til den mappe, der indeholder rådatafilerne. • Vælg alle filerne med CTRL+A eller brug tasten CTRL og/eller SHIFT for at vælge
individuelle prøver. • Klik på knappen ‘Open’ (åbn) i dialogboksen Open (åbn). De valgte filer vises i feltet Data File List (datafilliste) (figur 1).
Figur 1: Prøverne tilføjet til listen Data File (datafil)
Klik på knappen ‘OK’ i boksen Open Data Files (åbn datafiler), og prøverne overføres til GeneMarker. Softwaren vil derefter automatisk åbne vinduet Raw Data Analysis (Analyse af rådata) (figur 2).
AN000GSDA Rev.10/2013 Side 17 af 29
Figur 2: Vinduet Raw Data Analysis (analyse af rådata)
AN000GSDA Rev.10/2013 Side 18 af 29
Import af QST*R GeneMarker-panelindstillinger Det er nødvendigt at importere QST*R-panelindstillingerne for GeneMarker. Denne proces kontrolleres via grænsefladen ‘Panel Editor’ (panelredigeringsprogram). QST*R GeneMarker-panelindstillinger er tilgængelige fra Gen-Probes hjemmeside: www.gen-probe.com/global/products-services • Åbn ‘Panel Editor’ (panelredigeringsprogram) på rullemenuen ‘Tools’ (værktøjer).
Figur 3: Valg af Panel Editor (panelredigeringsprogram)
• Vælg ‘Import Panels’ (importer paneler) på rullemenuen ‘File’ (filer).
Figur 4: Import af paneler
• Gå til og importer panelet, f.eks. anan0pl_gupf***.xml (Bemærk: * betegner et trecifret versionsnummer (f.eks. anan0pl_gupf002.xml) • Gentag den påkrævede proces for andre relevante panelfiler.
AN000GSDA Rev.10/2013 Side 19 af 29
Behandling af data Når filerne med rådata er blevet uploaded til GeneMarker, er de klar til at blive behandlet. Behandlingstrinnet inkluder anvendelsen af en størrelsesstandard, filtrering af støj-spidser og, om ønsket, sammenligning med et kendt allelpanel. GeneMarker kombinerer alle disse trin i ét simpelt værktøj, der kaldes ‘Run Wizard’ (kørselsprogram) (figur 5). Kørselsprogrammet åbnes ved at klikke på ikonet ‘Run Project’ (kør projekt) på hovedværktøjslinjen.
Run Wizard (kørselsprogram) – oprettelse af en kørselsskabelon
Det er nødvendigt at oprette en kørselsskabelon, første gang denne software anvendes for at analysere QST*R-data. Dette gøres via Run Wizard (kørselsprogram). Kørselsprogrammet åbnes ved at klikke på ikonet ‘Run Project’ (kør projekt) på hovedværktøjslinjen. • Tildel et skabelonnavn f.eks. QSTR • Vælg Panel, Size Standard (størrelsesstandard), Standard Colour (standardfarve) og
Analysis Type (analysetype), som det er vist i figur 5 herunder • Klik på ‘Save’ (gem) for at gemme skabelonen til senere analyser • Klik på ‘Next’ (næste) for at fortsætte Figur 5: Run Wizard (kørselsprogram) - vinduet Template Selection (valg af skabelon)
AN000GSDA Rev.10/2013 Side 20 af 29
Run Wizard (kørselsprogram) – Data Process (databehandling) Vinduet Data Process (databehandling) i Run Wizard (kørselsprogram) gør det muligt for brugeren at vælge spidsfiltreringsparametre. Vælg de relevante analyseindstillinger i vinduet Data Process (databehandling), som det er vist på nedenstående figur. Klik på ‘Next’ (næste) for at fortsætte. Bemærk: Analyseområdeindstillingen inden for rådataenes analyseboks vil variere afhængig af den polymer, der anvendes under dataindsamlingen. Brugeren skal vælge en startdatapunktværdi, der omfatter 75 bp størrelsesstandardspidsen. Figur 6: Run Wizard (kørselsprogram) - Vinduet Data Process (databehandling)
Bemærk: For 3500-data øges Minimum Intensity (min. styrke) til 150.
Run Wizard (kørselsprogram) – Additional Settings (yderligere indstillinger) Der er ikke behov for yderligere indstillinger til en QST*R-analyse.
Klik på ‘OK’ for at fortsætte.
AN000GSDA Rev.10/2013 Side 21 af 29
Figur 7: Run Wizard (kørselsprogram) - Additional Settings (yderligere indstillinger)
Boksen Data Processing (databehandling) Når der er klikket på ‘OK’ i boksen Run Wizard Additional Settings (kørselsprogram – yderligere indstillinger), vises boksen Data Processing (databehandling) (figur 8). Rådataene behandles og størrelsesbestemmes, hvorefter filtreringsparametrene og det valgte QST*R-panel anvendes. Klik på ‘OK’ i boksen Data Processing (databehandling), når analysen er færdig. Figur 8: Boksen Data Processing (databehandling)
AN000GSDA Rev.10/2013 Side 22 af 29
Hovedanalysevinduet Hovedanalysevinduet (figur 9) i GeneMarker har et brugervenligt layout. Dette layout inkluderer:
• Prøvefillister - ses til venstre på vinduet.
• Det syntetiske gelbillede - ses øverst på vinduet.
• Dataelektroferogrammer – ses under gelbilledet.
• En rapporttabel - ses til højre på vinduet. Det er i dette vindue vigtigt at kontrollere at alle de rigtige spidser i hver profil er blevet taget med. Dobbeltklik på hver prøve, en ad gangen, i prøvefiltræet på venstre side af skærmbilledet. Højreklik på eventuelle tvivlsomme spidser og vælg en af mulighederne i dialogboksen, f.eks. redigér eller slet allel, bekræft eller afbekræft alt efter hvad, der måtte være relevant. Vælg på hovedanalysevinduet rullemenuen ‘Applications’ (programmer) øverst på skærmbilledet. Vælg ‘Trisomy Analysis’ (trisomianalyse). Boksen Trisomy Analysis Settings (indstillinger for trisomianalyse) åbnes derefter (figur 10).
Figur 9: Hovedanalysevinduet
AN000GSDA Rev.10/2013 Side 23 af 29
Figur 10: Boksen Trisomy Analysis Settings (indstillinger for trisomianalyse)
Bemærk: For 3500-data øges Minimum Intensity (min. styrke) til 150
Trisomy Analysis Settings (indstillinger for trisomianalyse) I boksen Trisomy Analysis Settings (indstillinger for trisomianalyse) er der to faner:
• Fanen Analysis (analyse)
• Fanen Statistics Plot (statistikplot) Fanen Analysis (analyse) Fanen Analysis (analyse) giver mulighed for at indstille tærskler for trisomianalyse. Sørg for, at ‘BPG’ er valgt i analyseboksen og at følgende indstillinger er vist.
• Peak Height (spidshøjde) 50: Minimumshøjde på 50 for søgte spidser. (150 ved brug af 3500-data.)
• Height Ratio (højdeforhold) 30 %: Maksimal procentdel af hovedspidsen, som den anden spids skal nå, for at der kan identificeres to alleler.
• Quantification by Peak Area (kvantificering efter spidsområde).
• Shorter Length/Longer Length (korteste længde/længste længde) valgt.
• Tærsklerne for Trisomy Ratio (trisomiforhold) er 0,80-1,40.
• Apply Linear Correction (anvend lineær korrektion) fravalgt.
Klik på ‘OK’.
AN000GSDA Rev.10/2013 Side 24 af 29
Vinduet Trisomy Analysis (trisomianalyse) Vinduet Trisomy Analysis (trisomianalyse) (figur 11) gør det muligt for brugeren at gennemgå QST*R-prøvedataene og vise spidsforholdet for hver markør og få adgang til GeneMarker-rapporten. Der er flere visninger, som hjælper brugeren med at analysere dataene: De er:
• Prøveliste
• Elektroferogram
• Forholdsplot
• Rapporttabel
Figur 11: Vinduet Trisomy Analysis (trisomianalyse)
Se GeneMarker Manual (vejledning til GeneMarker) for at få mere detaljerede oplysninger om trisomianalysefunktioner og brugen af dem.
AN000GSDA Rev.10/2013 Side 25 af 29
GeneMarker-rapport GeneMarker indeholder en rapportskabelon, der er kompatibel med Elucigene QST*R-sættene. Få adgang til rapporten ved at klikke på ikonet for ‘Print’ (udskriv), der er placeret på værktøjslinjen øverst til venstre på vinduet Trisomy Analysis (trisomianalyse).
Dette åbner vinduet Trisomy Print Settings (indstillinger for trisomiudskrivning) (figur 12).
Vinduet Trisomy Print Settings (indstillinger for trisomiudskrivning) Trisomy Print Settings (indstillinger for trisomiudskrivning) viser valgmuligheder for at medtage og vise prøvedata i GeneMarker-rapporten.
Vælg de valgmuligheder, der er vist i figur 12. Sørg for, at ‘Custom Size Range’ (brugerdefineret størrelsesområde) er sat til 98 bp (Start) og 510 bp (End) (slut).
Figur 12: Vinduet Trisomy Print Settings (indstillinger for trisomiudskrivning)
AN000GSDA Rev.10/2013 Side 26 af 29
Udskriftsvisning af GeneMarker-rapporten Klik på ‘Preview’ (vis udskrift) for at få vist GeneMarker-rapporten (figur 13). Fra dette vindue kan brugeren gennemgå og udskrive spidsdata for hver prøve tværs over alle markører på en enkel prøverapport på en eller to sider.
Figur 13: GeneMarker-rapport
GeneMarker-rapporten omfatter følgende elementer:
• Rapporthoved: Indeholder oplysninger om analyse, projekt, prøve og parametre.
• Underskriftsfelt: Dato- og initialfelt til dem, der gennemgår rapporten.
• Elektroferogram: Sammenlignelig med vinduet Trisomy Analysis (trisomianalyse), viser alle farvestofsfarverne for prøvesporet.
• Rapporttabel: Viser valgte spids- og markørværdier for den aktuelle prøve.
Trisomisøgningerne er gråtonede. Der er en ekstra tjekkolonne til initialer for den, der gennemgår rapporten.
• Korrigeret forholdsplot: Indeholder hele datasættets plotpunkter for alle markører i farvestofsfarven. Symbolformerne repræsenterer forskellige markører og kan dechifreres fra rækken ‘Symbol’ i ‘Report Table’ (rapporttabellen). Symboler, der er udfyldt med gult, repræsenterer den aktuelle prøves datapunkter. Symboler med rød kontur repræsenterer trisomisøgninger.
Bemærk: Det korrigerede forholdsplot vises kun på en anden side for hver prøve, når Ratio Plot (forholdsplot) er valgt i boksen Trisomy Print Report Settings (indstillinger for udskrivning af trisomirapport).
AN000GSDA Rev.10/2013 Side 27 af 29
Spidsetiketter Spidsetiketterne er farvekodede i henhold til kvaliteten af matchet mellem den detekterede spids og de observerede panel-bins. I elektroferogrammet er markørerne vandrette grå streger og spidsens centrum er markeret med en lodret grå streg. Spidser, der falder uden for panelets markører eller bins, er markeret med rødt som ‘OL’ (off-ladder). Bemærk: På grund af forskelle i maskinens polymertype og størrelsesstandard kan det være nødvendigt at optimere markør-bins for at kunne tilpasse softwaren til de kørselsforhold, der anvendes. Der findes yderligere oplysninger om, hvordan panel bins ændres i GeneMarker-vejledningen, der fulgte med softwaren.
Scoring af rapporten General Analysis Guidelines (retningslinjer for generelle analyser) er angivet i afsnittet ‘Analysis and Interpretation of Results’ (analyse og fortolkning af resultater) i Instructions for Use (brugervejledning), der findes på Gen-Probes hjemmeside:
www.gen-probe.com/global/products-services 1. Trisomi bestemmes af både: a) To spidser af forskellig højde, der skyldes, at den ene af spidserne repræsenterer to alleler, som er fælles for den ene eller begge forældre. I dette tilfælde klassificeres forholdet mellem de to spidser som 2:1 eller 1:2. Hvor A1/A2 vil give et resultat i området 1,8 til 2,4, når spidsen, der repræsenterer den korte allele, er større i område end den spids, der repræsenterer den længste allele, eller hvor A1/A2 vil give et resultat i området 0,45 til 0,65, når spidsen, der repræsenterer den korteste allele, er mindre i område end den spids, der repræsenterer den længste allele. b) Der forekommer tre spidser af sammenlignelig højde. Spidsforholdet vil være klassificeret som 1:1:1, og deres værdier falder inden for normalområdet på 0,8-1,4 (selvom for alleler, der er adskilt med mere end 24 bp, er et alleleforhold på op til 1,5 acceptabelt). Bemærk: Markører vil være gråtonede på rapporttabellen, hvis: • Spidsforholdet for en markør falder uden for de prædefinerede grænser
(0,8 og 1,4). • Der påvises tre alleler. 2. For at fortolke et resultat som unormalt (dvs. der forekommer trisomi) kræves mindst to informative markører, der er forenelige med en triallelisk genotype sammen med alle andre markører, der ikke er informative. Det frarådes at fortolke et resultat som unormalt på basis af information fra kun én markør. 3. For at fortolke et resultat som normalt kræves mindst to informative markører, der er forenelige med en diallelisk genotype sammen med alle andre markører, der ikke er informative. Et normalt resultat angiver det normale komplement af to for de testede kromosomer.
4. Spidsområdeforhold, der falder mellem de normale og unormale områder, klassificeres som utilstrækkelige. Utilstrækkelige resultater kan gøres tilstrækkelige ved at anvende enkelte kromosomsæt.
AN000GSDA Rev.10/2013 Side 28 af 29
ELUCIGENE og QST*R er varemærker tilhørende Gen-Probe Life Sciences Ltd.
GENEMAPPER er et varemærke tilhørende Life Technologies Corporation.GENEMARKER er et varemærke tilhørende SoftGenetics Corporation.
Meddelelse til køberen: Begrænset licens Polynukleotider mærket med farvestoffet VIC, NED og PET og/eller deres brug, kan være beskyttet af et eller flere patenter tilhørende Applied Biosystems, LLC. Købsprisen af dette produkt inkluderer begrænsede, ikke-overdragelige rettigheder under visse krav i visse patenter tilhørende Applied Biosystems, LLC om kun at bruge denne mængde produkt og kun til køberens aktiviteter til detektion af mål inden for human diagnostik. Der gives ingen andre rettigheder. Yderligere oplysninger om købslicens med hensyn til de ovenfor anførte farvestoffer kan rekvireres hos Director of Licensing, Applied Biosystems, 850 Lincoln Centre Drive, Foster City, California, 94404, USA.
Copyright 2013 Gen-Probe Life Sciences Ltd.
AN000GSDA Rev.10/2013 Side 29 af 29
