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オープンで知のめぐりのよい 生命科学研究者になるための
10の心得
大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設
ライフサイエンス統合データベースセンター
http://dbcls.rois.ac.jp/~bono/
坊農 秀雅
Licensed under CC-BY 4.0 ©2017 HIDEMASA BONO (DBCLS)
© 2017 Togo Picture Gallery / CC-BY-4.0
おことわり
本講演はデータベース(DB)統合活動の結果得られた私的な意見です(公式見解でない)
統合TVやTogo Picture Gallery作成、DB再利用による大規模データ解析研究の勧誘も含みます
ゲル写真等は一切出て来ませんし、ドヤ顔で語れる目覚しい成果もありません それでも良ければ続けて聞いて下さい twitterにガンガン流してください!
Licensed under CC-BY 4.0 ©2017 HIDEMASA BONO (DBCLS) sound from http://lefri.cocolog-nifty.com/blog/2006/11/call1.html
Hidemasa Bono, PhD. （坊農秀雅)ライフサイエンス統合データベースセンター(Database Center for Life Science (DBCLS)) 特任准教授 (実は単なる研究員)
JST バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)と共同研究 国立遺伝学研究所(静岡県三島市)に居候
DNA DataBank of Japan (DDBJ)の隣で協力関係
専門: バイオインフォマティクス、ゲノム科学(特にtranscritomics) KEGG (Kyoto Encyclopedia Genes & Genomes)の研究室で大学院生(京大化研) bioinformatics-jpメーリングリスト発起人&初代管理人 (1999- ) FANTOM (Functional Annotation of Mammals)の名付け親(理研) SayaMatcher(狭山茶): 転写因子結合予測サイト解析環境 (埼玉医大)
→ GGRNA, GGGenome, CRISPRdirect へ発展中 統合TV & 統合データベース講習会AJACS 創始者 (2007- ) RefEx (Reference Expression dataset) 管理者 (2011- ) AOE (All of gene expression) 管理者 (2014- )
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よりバイオな研究対象遍歴
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参考動画【統合TV】生命科学分野のデータベースを統合する仕事:落ちこぼれ大学生が .DB(Doctor of the database)にいたるまで DOI: 10.7875/togotv.2010.007
生物種 主な測定対象
大学院生 微生物 シロイヌナズナ
ORF EST
理研時代 マウス cDNA
埼玉医大 ヒト、マウス C.elegans transcriptomes
DBCLS カイコ(昆虫) ハダカデバネズミ transcriptomes
低酸素酸化ストレス
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5
http://www.cancer-hypoxia.org/
ググレカス第壱訓
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1. ググレカス人に訊く前には必ずググろう→それでも解決できなかった時のみ、人に訊くべし 日本語のノウハウ本もたくさん出ています
周りに訊ける人が居ないというあなたへ 統合TVや新着論文(領域融合)レビューで勉強しよう
[アンケート]統合TV、新着論文レビュー 知っている人 使ったことある人
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統合TV
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新着論文レビュー
Licensed under CC-BY 4.0 ©2017 HIDEMASA BONO (DBCLS) http://first.lifesciencedb.jp/
領域融合レビュー
Licensed under CC-BY 4.0 ©2017 HIDEMASA BONO (DBCLS)http://leading.lifesciencedb.jp/
ググるな危険第弐訓
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2. ググるな危険ネット上の情報が全て正しいとは限らない
curation(キュレーション)ビジネスってありましたね Wikipediaも盲信危険!
そこで、ググるな！
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GGRNA
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GGGenome
Licensed under CC-BY 4.0 ©2017 HIDEMASA BONO (DBCLS) http://gggenome.dbcls.jp/
CRISPRdirect
Licensed under CC-BY 4.0 ©2017 HIDEMASA BONO (DBCLS) http://crispr.dbcls.jp/
人は間違える動物である
第参訓
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3. 人は間違える動物である
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いつかは必ずタイプミス、見落とします 私もしょっちゅうします
そこで！ コピペで command + C -> command + V
眼grep、目search禁止 command + F
できる限りコンピュータの手助けを借りて 文字補完機能の利用
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例: UCSC Genome Browser
Licensed under CC-BY 4.0 ©2017 HIDEMASA BONO (DBCLS) ‘UCSC togotv’ でググる
最短経路 を辿れ
第四訓
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4. 最短経路を辿れ
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生命科学分野の研究に必要な情報に行き着く手段は複数ある。しかし…
必要な情報に迅速に辿り着くべし そこで… 時間ロス防止 途中で別のサイトに行ってしまうの防止
生命科学横断検索
Licensed under CC-BY 4.0 ©2017 HIDEMASA BONO (DBCLS)https://biosciencedbc.jp/dbsearch/
Allie
Licensed under CC-BY 4.0 ©2017 HIDEMASA BONO (DBCLS) http://allie.dbcls.jp/
Allie (cont.)
Licensed under CC-BY 4.0 ©2017 HIDEMASA BONO (DBCLS) http://allie.dbcls.jp/
colil
Licensed under CC-BY 4.0 ©2017 HIDEMASA BONO (DBCLS) http://colil.dbcls.jp/
つぶやけ、 されば救われん
第伍訓
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5. つぶやけ、されば救われん
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研究関係っぽいアカウント（垢）を探してフォローしてつぶやいてみましょう 研究関係のα-twitterer トクロンティヌス @jyouhou_syusyu メメント・コモリ@mad_molix ゲノムのほうの愛ちゃん @dritoshi takanzai @takanzai
http://twitter.com/
5. つぶやけ、されば救われん
Licensed under CC-BY 4.0 ©2017 HIDEMASA BONO (DBCLS)
: :
https://twitter.com/Fm7/status/11526836251
https://twitter.com/bonohu/status/11527171369
RA: Research Assistant
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• DBCLSのアルバイトの大学院生。大学生は技術補佐員と呼ばれる。
• 統合牧場 #togofarm – 統合TV制作部
– 美術制作部
– 技術開発部: 主に自然言語処理技術開発
小野 浩雅 (統合牧場産 壱号)
大田 達郎 (統合牧場産 弐号)
敬称略 順意図的w※現在は、クラウド牧場 #cloudfarm
5. つぶやけ、されば救われん
Licensed under CC-BY 4.0 ©2017 HIDEMASA BONO (DBCLS)http://www.slideshare.net/yag_ays/r-project より
Licensed under CC-BY 4.0 ©2017 HIDEMASA BONO (DBCLS)
5. つぶやけ、されば救われん
http://www.slideshare.net/yag_ays/r-project より
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5. つぶやけ、されば救われん
http://www.slideshare.net/yag_ays/r-project より
Licensed under CC-BY 4.0 ©2017 HIDEMASA BONO (DBCLS)
5. つぶやけ、されば救われん
http://www.slideshare.net/yag_ays/r-project より
ごく最近の例(2017年7月)
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書きとどめよ第六訓
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6. 書きとどめよ 議論したことは 風の中に吹き飛ばしてはいけない
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twitter, blog等で「書きとどめよ」
重複も情報である もちろん論文も :)
英作文苦手?http://bonohu.jp/blog/
英語論文書くのに重宝! inMeXes
Licensed under CC-BY 4.0 ©2017 HIDEMASA BONO (DBCLS) http://docman.dbcls.jp/im/
publish or perish
第七訓
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7. publish or perish
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outputがなかったら居ないのと同じ →ウェブ上で情報発信しましょう 査読付き論文だけでなく、preprint biorxiv
「バイオアーカイヴ」と読む https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_academic_journals_by_preprint_policy
オープンデータ時代到来
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論文だけでなく、データも! 塩基配列: DDBJ(/ENA/GenBank) オミックス: NCBI GEO, EBI ArrayExpress 三次元構造: PDB その他データ: figshare, dryad
公的データベースへの登録は必須 レビュー前、論文投稿時に
http://www.springernature.com/gp/authors/research-data-policy
データ全部出せ、というわけではない Data management plan (DMP)で出さないデータも計画可
千里の道も 一歩から
第八訓
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8. 千里の道も一歩から
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続けてやっていくことが大事 「継続は力なり」
流行りに踊らされないこと 「筋を通す」
例: 統合DBでの継続的なコンテンツ作成 DBカタログ DBアーカイブ
DBカタログ
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DBアーカイブ
Licensed under CC-BY 4.0 ©2017 HIDEMASA BONO (DBCLS)http://dbarchive.biosciencedbc.jp/
参加だけじゃなく△せよ
第九訓
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9. 参加だけでなく△せよ
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「仕掛け人」になろう 自ら積極的にコンテンツに
Conbio2017でワークショップやります(1日目の初っぱな)
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実るほど頭を 垂れる稲穂かな
第拾訓
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10. 実るほど頭を垂れる稲穂かな
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謙虚さを忘れずに 自分のデータを過信せず 他のデータもチェックすべし
じゃ、どうやって？© 2017 Togo Picture Gallery / CC-BY-4.0
例えば遺伝子発現データ: RefEx
Licensed under CC-BY 4.0 ©2017 HIDEMASA BONO (DBCLS) http://refex.dbcls.jp/
ChIP-atlas
Licensed under CC-BY 4.0 ©2017 HIDEMASA BONO (DBCLS) http://chip-atlas.org/
DBCLS SRA
Licensed under CC-BY 4.0 ©2017 HIDEMASA BONO (DBCLS) http://sra.dbcls.jp/
まとめ
Licensed under CC-BY 4.0 ©2017 HIDEMASA BONO (DBCLS)
1. ググれカス 2. ググるな危険 3. 人は間違える 4. 最短経路を辿れ 5. つぶやけ、されば救
われん
6. 書きとどめよ 7. publish or perish 8. 千里の道も一歩から 9. 参加だけじゃなく△ 10.実るほど頭を垂れる
稲穂かな
DBに関わる仕事やりませんか?
1. 統合DBコンテンツ作成 #cloudfarm 1. 統合TV 2. Togo Picture Gallery
2. 公共DBを使い倒す研究を、一緒に
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坊農(@bonohu)への連絡は twitter > email >>> tel
One more thing…
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https://twitter.com/inut/status/660128788672462848
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