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Le monde microbien
K. RISSO – Interne Infectiologie/Pneumologie
Objectifs de ce cours
Au terme de ce cours l’étudiant devra être capable:
De définir le terme « microbien » De définir les différents agents qu’il comporte De définir les réservoir de chacun de ces agents
Les micro-organismes ?
Micro-organisme : organisme visible au microscope
Bactéries Virus Champignons Parasites Prions (ATNC)
Les Bactéries
structure d’une bactérie :
Bactéries
Dès l’arrivée au laboratoire : examen direct (parfois), résultat immédiat puis mise en culture, résultat >= 24h puis antibiogramme, résultat >= 48h
CocciGram +
CocciGram - Bacille gram + Bacille gram -
Classification des bactéries
Forme : Cocci Bacilles
Propriétés tinctoriales : GRAM Gram + Gram –
Pouvoir respiratoire : Aérobie Anaérobie Aéro-anaérobies
Mobilité
Les bactéries
Morphologie variable selon les espèces: Sphérique (cocci) Allongée (bacille) Incurvée (vibrion) Spiralée (spirelle) Irrégulière (corynébactérie) Ramifiée (actinomycète)
Bactéries aérobies: ont besoin d’oxygène pour se développer
Bactéries anaérobies: se développent dans les milieux dépourvus d’oxygène
Cocci gram +
Staphylocoques
Staphylocoque doré ( staphylocoque aureus : SA) Staphylocoque non doré ( staphylocoque coagulase négative, S. blanc,
S. Epidermidis …)
Streptocoques S. Pneumoniae (Pneumocoque) Autres streptocoques Entérocoque
CocciGram +
Cocci gram -
Neisseria (meningitidis, gonorrhoeae, neisseria)
Bacilles gram +
Corynébactéries Anaérobies: Clostridium (diffcile, perfringens, tetani,
botulinum)
Bacilles gram -
Entérobactéries : Colibacille (E.coli...), Proteus (vulgaris, mirabilis), Serratia, Entérobacter, …
Non entérobactérie Pseudomonas (dont P. aeruginosa = Pyocyanique) Acinetobacter
Bacille gram -
Principaux Germes des IN
85 % = BACTERIESENTEROBACTERIESSTAPHYLOCOQUES
PYOCYANIQUESENTEROCOQUES
Mais TOUTE Bactérie peut être responsable
Cas particuliers ✳ Bacille de Koch (aérien, endoscopies)
✳ Légionella (eau)
Reservoirs
1014 bactéries / être humain100 000 000 000 000 10 x plus que de cellules eucaryotes rhinopharynx : 108/ml colon : 1011/ml
FLORES DE L'ENVIRONNEMENT Eau potable : < 100 bact/ml Air : 100 à 100 000 bact/cm3
Sol : 106 à 107 bact/gr
S aureus : Habitat : flore cutanée (nez, périné) Infections sur matériel (KT, SU, prothèse…) ISO, pneumopathies, infect° cutanée….
S epidermidis Habitat : Flore cutanée ILK, ISO (os)….
Clostridium diffcile : Habitat : Flore digestive colite
enterocoque Habitat : Flore digestive IU, septicémie, inf abdominales, (ISO…)
E coli : Habitat : Flore digestive, génitale IU, septicémie (ISO, inf° cut-muq…)
Autres entérobactéries : Kpne, E aerogenes, E cloacae, Proteus mirabilis…) Habitat : Flore digestive IU, septicémie, pneumoP (ISO, inf° cut-muq…)
Pseudomonas aeruginosa Habitat : Environnement Peu pathogène ISO, Pneumopathie, IU, septicémie, peau…
Acinetobacter baumannii : Habitat : Environnement / peau Peu pathogène ISO, Pneumopathie, IU, septicémie, peau…
Peau
Flore résidente – flore transitoire
Provenance : Autres mains, tube digestif, rhinopharynx, milieu extérieur / surfaces
Bactéries : Staph coag nég, strepto, S.aureus (gites), anaérobies
Naso-pharynx
Staphylocoque doré Streptocoque pneumoniae autres streptocoques neisseria sp
Donc surtout des
CocciGram +
Tube digestif
Anaérobies (Bacteroïdes, Clostridium...) Entérobactéries (E.coli, P.mirabilis, K.pneumoniae,
Enterobacter, Citrobacter, Serratia) Streptocoques Entérocoques Serratia sp P.aeruginosa
Donc surtout des Bacille gram -
Les bactéries
Les mycobactéries mycobactérium tuberculosis
mycobactérium non tuberculosis (avium, xenopi...)
Bactérie atypiques: Chlamydia (pneumoniae, trachomatis), ureaplasma, mycoplasama pneumoniae
Les bactéries anaérobies: clostridium, propionibacteries...
Les virus
Définition Micro-organismes visibles seulement au microscope électronique Taille: 0,2 à 0,3 µm Ils tirent leur énergie exclusivement du métabolisme de la cellule
qu'ils infectent. Multiplication intracellulaire obligatoire Architecture des virus : le virus n’est pas une cellule, acaryotes
(limite entre le vivant et le non vivant) .
Ils ont tous : Une capside protéique Un acide nucléique (ARN ou ADN) Quelquefois : des glucides et des lipides
Les virus
VHB – VHC – VIH VRS Grippe : HxNy Autres
Exemples de maladies virales : rougeole, oreillons, poliomyélite, rhume, varicelle, grippe, fièvre jaune,
dengue, Chikungunya, SIDA
Classification
Acide nucléique : ADN – ARN Enveloppe ou non : virus nus beaucoup plus résistants Forme : cylindrique, cubique, hélicoïdale
Diagnostic : culture difficile (cellules), biologie moléculaire (PCR), sérologie
Champignons
Mousses, champignons, levures, moisissures Pas de photosynthèse, tous st hétérotrophes Eucaryote: plusieurs chromosomes Etres unicellulaire (levure) ou pluricellulaire (mycélium) qui
appartiennent au règne végétal. Levures : Candida albicans…. Ch. filamenteux : Aspergillus
Champignons Environnement : Aspergillus CHEZ l’IMMUNODEP.
Pneumopathies Infections systémiques graves ISO
Flore endogène : Candida Infections localisées Infections généralisés
Parasites Définition: être vivant animal ou végétal qui pendant une partie ou la
totalité de son existence vit aux dépends d’un autre organisme appelé Hôte.
Les parasites de l’homme sont répartis en plusieurs classes : Les protozoaires : être unicellulaire doté de mouvement
amibe, trypanosome, giardia, trichomonas, toxoplasme selon les cas il se déplace grâce à des plasmopodes (rhizopodes), des
flagelles, une membrane ondulante ou des cils. Existent sous forme asexuée ou à potentiel sexué, mobile ou
enkystée, intra ou extracellulaire Les métazoaires (vers).
nématodes (vers ronds) trématodes (vers plats) cestodes (vers plats segmentés)
Transmission : Soit directe sans l’intermédiaire d’un individu Soit indirecte, avec l’intervention d’un facteur extérieur qui
se trouve soit au niveau de l’environnement ou soit un organisme actif comme un moustique. C’est un vecteur : c’est quelqu’un ou quelque chose qui transmet l’infection d’un individu à un autre.La pénétration du parasite se fait soit par voie trans-cutanée soit par voie buccale.
Ectoparasites
Ectoparasites :
Ectoparasites : poux, gale, puces… Transmission inter-humaine (poux – gale…) Environnement : poux de poules…. Transmission – épidémie – traitement contraignant en cas
d’épidémie
Les agents transmissibles non conventionnels (ATNC)
Définition Il s'agit de particules infectieuses, non bactériennes, non
virales, susceptibles de s'accumuler dans les cellules de l'hôte, principalement au niveau du système nerveux central, les organes lymphoïdes.
Ces sont des protéines pathogènes résistantes, responsables d'une spongiose et d'une mort neuronale suivies de la mort du patient.
Les agents transmissibles non conventionnels (ATNC)
Maladie de Creutzfeld Jacob
PrionsC’est la plus petite particule infectante connue décrite en 1982, constituée
de protéines hydrophobes ne renfermant ni ADN ni ARN. De ce fait, les prions ne sont pas des virus. Ils sont responsables de certaines encéphalopathies à évolution lente (exemple de la maladie de la vache folle)
Iatrogène (hormone de croissance, neuro-chirurgie ...)
Familiale Sporadique Nouveau variant (viande de boeuf).