Neadijabatska molekulska dinamika na gridu

Dan e-infrastrukture, SRCE, Zagreb, 3. prosinac 2014.

Momir MališGrupa za teorijsku kemiju

Institut Ruđer Bošković

Motivacija

Cilj: Određivanje nepoznatih relaksacijskih mehanizama

Neradijativna relaksacija elektronski pobuđenih molekula (fotokemija)

Vakuum

Otopina

Simulacije neradijativnih relaksacijskih puteva fotopobuđenih molekula vlastitim programom

2

2 i

d tt

dtE

RM R

kj

j j

k

j

k

d tt t

dt

D

E

t t

RR R

R R

ä

ä

Dinamika atomskih jezgara opisana klasičnom mehanikom

Dinamika elektrona opisana kvantnom mehanikom

Neadijabatska molekulska dinamika

Numerički zahtjevne subrutine

(Nužna paralelizacija

kôda)

Ansambl trajektorija

Vrijeme

Popula

cija

ele

ktr

onskih

sta

nja

Interpolacija parametara kinetičkih modela

2S

1S

0S

1 2

1 02S S Sk k

Relaksacijski mehanizmi

Invidualne trajektorije

Uprosječenje

Broj procesora po trajektoriji (2/4/8/16/...)

Broj trajektorija(50/100/.../∞)

Zahtjevi:

+ podrška (pohrana trajektorija, pristup privremenim podacima, ...)

Program na cro-ngi-u

NumProc = XX

executable = program.bash

...

transfer_input_files = $(InOutFile).tar

transfer_output_files = $(InOutFile).gz

...

globusrsl = (jobType=single)(count=$(NumProc))

environment = "PE_MODE=single PARNODES=$(NumProc)

...

queue

program (kôd) + turbomole + početni uvjeti↓

trajektorija

Condor skripta

Izvršavanje programa upravljano bash shell skriptom

turbomoleprogram

UI

CE SE

turbomole.gz (~4 GB)programbackup

uberftp

globus-url-copy

backup

se.srce.cro-ngi.hr

program.bash:#!/bin/bash

globus-url-copy gsiftp://$SE_SERVER/.../turbomole.gz

file://$(pwd)/turbomole.gz

tar –xzf turbomole.gz

export TURBODIR=turbomole_putanja

globus-url-copy gsiftp://$SE_SERVER/.../program file://$(pwd)/program

./program (sadrži: globus-url-copy file://$(pwd)/backup gsiftp://$SE_SERVER/.../backup)

Condor

tar/

gz

program

UI

CE SE

backupprogram

uberftp

globus-url-copy

Condorremote-scratch-get

backup/home/.../turbomole

se.srce.cro-ngi.hr

program.bash:#!/bin/bash

export TURBODIR=/home/.../turbomole6.4

globus-url-copy gsiftp://$SE_SERVER/.../program file://$(pwd)/program

./program

tar/

gz

backupprogram

program

/cvmfs/.../turbomole/cvmfs/.../amber

UI

CE SE

program.bash:#!/bin/bash

cd $TMPDIR

export TURBODIR=/cvmfs/cvmfs.cro-ngi.hr/turbomole/turbomole6.4

export AMBERHOME=/cvmfs/cvmfs.cro-ngi.hr/amber

globus-url-copy gsiftp://$SE_SERVER/.../program file://$(pwd)/program

./program

globus-url-copy se.cro-ngi.hr

gfarm FUSE

Condorremote-scratch-get

globus gram

backup

tar/

gz

EGI

cro-ngi egi.cro-ngi

Virtualna organizacija (VO):

VOCECompChembiomed

WMS:

gLiteCondor

Type = "Job";

Executable = "program.bash";

InputSandbox = {"program.bash",".tar"};

OutputSandbox = {"run_program.out","run_program.err",".gz"};

MyProxyServer = "myproxy.cnaf.infn.it";

WholeNodes = True;

SMPGranularity = XX;

gLite skripta

turbomoleprogram

UI

CE SE

turbomole.gz (~4 GB)programbackup

gfarm FUSE

globus-url-copy

backup

se.cro-ngi.hr

gLite

tar/

gz

backupprogramprogram

/cvmfs/.../turbomole/cvmfs/.../amber

UI

CE SE

globus-url-copy se.cro-ngi.hr

gfarm FUSE

CondorgLite

backup

tar/

gz

ce.xxx.egi.cro-ngi.hr

Program na egi-u

Program na egi-u

cro-ngi jdl skripta

+

grid_resource = cream ce.srce.egi.cro-ngi.hr:8443/cream-pbs-hpdl580

Cream_Attributes = SMPGranularity=$(NumProc);WholeNodes=True

Condor skripta

myproxy-manage-create –m –d XX –v VO

[mmalis@ui ~]$ condor_q mmalis

-- Submitter: ui.cro-ngi.hr : <161.53.133.15:24204> : ui.cro-ngi.hr

ID OWNER SUBMITTED RUN_TIME ST PRI SIZE CMD

521455.0 mmalis 11/26 18:47 3+16:55:33 R 0 0.0 program_egi.bash

Zaključak

Cro-ngi: odličan grid sustav

Zahvala

Hvala Vam na pozornosti.

Nađa Došlić

Darko Babić

Jurica Novak

Marin Sapunar

Sermsiri Chaiwongwattana

Emir Imamagić

Hrvoje Šute

Luko Gjenero