Paruose: Dr. Arvydas Kanopka

NRCh-6a: Katalitinė RNR

1

Splaisingo tipai Aptikimo vieta Splaisingui svarbūs signalai

Pagrindiniai bruožai

Nuo splaisosomos

priklausomas splaisingas

cis-splaisingas Eukariotų pre-iRNR Kanoninės introno iškirpimo vietos, šakojimosi taškas, polipirimidininė seka. Introno splaisingo metu susiformuoja baltyminis kompleksas-splaisosoma, sudaryta iš: sn RNP, SR baltymų ir kitų baltyminių faktorių.

Cis-splaisingo metu –iškerpami intronai ir sujungiami egzonai, esantys tame pačiame pre-iRNR transkripte

trans-splaisingas Protozojų pre-iRNR (tripanosomos), žemesniųjų bestuburių (nematodės) pre-RNR.

Trans-splaisingo metu –iškirpami intronai ir sujungiami egzonai, esantys skirtinguose pre-iRNR transkriptuose.

I grupės intronų splaisingas

Archebakterijų, eubakterijų, žemesniųjų eukariotų (Tetrahymena ir mielės) branduolio visų tipų RNR pirmtakai (pre-iRNR, pre-tRNR, pre-rRNR). Eukariotų organelių pre-RNR.

Kanoninės introno iškirpimo vietos, introno struktūra.

Splaisosoma nesusiformuoja. Splaisingą katalizuoja RNR, arba introno (apie 200-3000nt. dydžio) koduojami splaisingo baltymai.

II grupės intronų splaisingas

II grupės intronai yra randami tik organelėse.

Dauguma šios grupės intronų randami pre-iRNR, tačiau jų yra ir pre-tRNR bei pre-rRNR.

Kanoninės kirpimo vietos, introno struktūra.

Splaisingą katalizuoja RNR introno koduojami splaisingo baltymai. Intronui išsikerpant susidaro tarpinė struktūra - kilpa.

cis-splaisingas

Aukštesniųjų augalų chloroplastų ir mitochondrijų pre-RNR, grybų ir dumblių mitochondrijų pre-RNR

trans-splaisingas Kai kurių aukštesniųjų augalų ir dumblių organelių pre-iRNR

pre-tRNR Archėjų ir eukariotų pre-tRNR

Introno splaisingui reikalingos sekos nustatytos egzoninėje pre-tRNR dalyje.

Dauguma pre-tRNR intronų yra maži – 14-60 nt., įsidėstę antikodoninėje kilpoje.

Intronų iškirpime dalyvauja endonukleazės.

NRCh-6a: Katalitinė RNR

2

NRCh-6a: Katalitinė RNR

3

NRCh-6a: Katalitinė RNR

4

NRCh-6a: Katalitinė RNR

5

Pre-mRNA splicing important sequences

5' splice site - (A/C) AG GU(A/G) AGU

1 2

5' ss b.p

3' ss

(pY

branch point (b.p.) - YNCUGAC

3' splice site - (pY)(T/C)AG

NRCh-6a: Katalitinė RNR

6

mmRRNNAA eelleemmeennttss tthhaatt aarree iimmppoorrttaanntt ffoorr pprree--mmRRNNAA sspplliicciinngg

NRCh-6a: Katalitinė RNR

7

PPrrootteeiinn bbiinnddiinngg oonn pprree--mmRRNNAA

(Faustino N.A. & Cooper T.A., Genes & Development, 2003, v.17, p.419 - 437)

NRCh-6a: Katalitinė RNR

8

NRCh-6a: Katalitinė RNR

9

NRCh-6a: Katalitinė RNR

10

Splaisosomos susirinkimas

NRCh-6a: Katalitinė RNR

11

NRCh-6a: Katalitinė RNR

12

U4/U6 snRNR (snRNP) sąveika

NRCh-6a: Katalitinė RNR

13

snRNP sudarantys baltymai Pavadinimas Molekulinė

masė (kDa) U1 12S

U2 12S

U2 17S

U5 20S

U4/U6.U5 25S

U4/U6 12S

G 9 ● ● ● ● ● ●

F 11 ● ● ● ● ● ●

E 12 ● ● ● ● ● ●

D1 16 ● ● ● ● ● ●

D2 16,5 ● ● ● ● ● ●

D3 18 ● ● ● ● ● ●

B 28 ● ● ● ● ● ●

B' 29 ● ● ● ● ● ●

C 22 ■

A 34 ■

70K 70 ■

B'' 28,5 ■ ■

A' 31 ■ ■

35 ■

53 ■

60 ■

66 ■

92 ■

110 ■

120 ■

150 ■

160 ■

15 ■ ■

40 ■ ■

52 ■ ■ 100 ■ ■

102 ■ ■

116 ■ ■

200 ■ ■

205 ■ ■

15,5 ■

20 ■

27 ■

60 ■■■

90 ■

NRCh-6a: Katalitinė RNR

14

NRCh-6a: Katalitinė RNR

15

NRCh-6a: Katalitinė RNR

16

Splaisingo variantai eukariotinėje ląstelėje

Alternatyvūs 5’ taikiniai

1 2

1 2

1 2

Alternatyvūs 3’ taikiniai

1 2 3

Egzono prašokimas arba įjungimas

NRCh-6a: Katalitinė RNR

17

NRCh-6a: Katalitinė RNR

18

NRCh-6a: Katalitinė RNR

19

NRCh-6a: Katalitinė RNR

20

NRCh-6a: Katalitinė RNR

21

NRCh-6a: Katalitinė RNR

22