Paruose: Dr. Arvydas Kanopka
NRCh-6a: Katalitinė RNR
1
Splaisingo tipai Aptikimo vieta Splaisingui svarbūs signalai
Pagrindiniai bruožai
Nuo splaisosomos
priklausomas splaisingas
cis-splaisingas Eukariotų pre-iRNR Kanoninės introno iškirpimo vietos, šakojimosi taškas, polipirimidininė seka. Introno splaisingo metu susiformuoja baltyminis kompleksas-splaisosoma, sudaryta iš: sn RNP, SR baltymų ir kitų baltyminių faktorių.
Cis-splaisingo metu –iškerpami intronai ir sujungiami egzonai, esantys tame pačiame pre-iRNR transkripte
trans-splaisingas Protozojų pre-iRNR (tripanosomos), žemesniųjų bestuburių (nematodės) pre-RNR.
Trans-splaisingo metu –iškirpami intronai ir sujungiami egzonai, esantys skirtinguose pre-iRNR transkriptuose.
I grupės intronų splaisingas
Archebakterijų, eubakterijų, žemesniųjų eukariotų (Tetrahymena ir mielės) branduolio visų tipų RNR pirmtakai (pre-iRNR, pre-tRNR, pre-rRNR). Eukariotų organelių pre-RNR.
Kanoninės introno iškirpimo vietos, introno struktūra.
Splaisosoma nesusiformuoja. Splaisingą katalizuoja RNR, arba introno (apie 200-3000nt. dydžio) koduojami splaisingo baltymai.
II grupės intronų splaisingas
II grupės intronai yra randami tik organelėse.
Dauguma šios grupės intronų randami pre-iRNR, tačiau jų yra ir pre-tRNR bei pre-rRNR.
Kanoninės kirpimo vietos, introno struktūra.
Splaisingą katalizuoja RNR introno koduojami splaisingo baltymai. Intronui išsikerpant susidaro tarpinė struktūra - kilpa.
cis-splaisingas
Aukštesniųjų augalų chloroplastų ir mitochondrijų pre-RNR, grybų ir dumblių mitochondrijų pre-RNR
trans-splaisingas Kai kurių aukštesniųjų augalų ir dumblių organelių pre-iRNR
pre-tRNR Archėjų ir eukariotų pre-tRNR
Introno splaisingui reikalingos sekos nustatytos egzoninėje pre-tRNR dalyje.
Dauguma pre-tRNR intronų yra maži – 14-60 nt., įsidėstę antikodoninėje kilpoje.
Intronų iškirpime dalyvauja endonukleazės.
NRCh-6a: Katalitinė RNR
2
NRCh-6a: Katalitinė RNR
3
NRCh-6a: Katalitinė RNR
4
NRCh-6a: Katalitinė RNR
5
Pre-mRNA splicing important sequences
5' splice site - (A/C) AG GU(A/G) AGU
1 2
5' ss b.p
3' ss
(pY
branch point (b.p.) - YNCUGAC
3' splice site - (pY)(T/C)AG
NRCh-6a: Katalitinė RNR
6
mmRRNNAA eelleemmeennttss tthhaatt aarree iimmppoorrttaanntt ffoorr pprree--mmRRNNAA sspplliicciinngg
NRCh-6a: Katalitinė RNR
7
PPrrootteeiinn bbiinnddiinngg oonn pprree--mmRRNNAA
(Faustino N.A. & Cooper T.A., Genes & Development, 2003, v.17, p.419 - 437)
NRCh-6a: Katalitinė RNR
8
NRCh-6a: Katalitinė RNR
9
NRCh-6a: Katalitinė RNR
10
Splaisosomos susirinkimas
NRCh-6a: Katalitinė RNR
11
NRCh-6a: Katalitinė RNR
12
U4/U6 snRNR (snRNP) sąveika
NRCh-6a: Katalitinė RNR
13
snRNP sudarantys baltymai Pavadinimas Molekulinė
masė (kDa) U1 12S
U2 12S
U2 17S
U5 20S
U4/U6.U5 25S
U4/U6 12S
G 9 ● ● ● ● ● ●
F 11 ● ● ● ● ● ●
E 12 ● ● ● ● ● ●
D1 16 ● ● ● ● ● ●
D2 16,5 ● ● ● ● ● ●
D3 18 ● ● ● ● ● ●
B 28 ● ● ● ● ● ●
B' 29 ● ● ● ● ● ●
C 22 ■
A 34 ■
70K 70 ■
B'' 28,5 ■ ■
A' 31 ■ ■
35 ■
53 ■
60 ■
66 ■
92 ■
110 ■
120 ■
150 ■
160 ■
15 ■ ■
40 ■ ■
52 ■ ■ 100 ■ ■
102 ■ ■
116 ■ ■
200 ■ ■
205 ■ ■
15,5 ■
20 ■
27 ■
60 ■■■
90 ■
NRCh-6a: Katalitinė RNR
14
NRCh-6a: Katalitinė RNR
15
NRCh-6a: Katalitinė RNR
16
Splaisingo variantai eukariotinėje ląstelėje
Alternatyvūs 5’ taikiniai
1 2
1 2
1 2
Alternatyvūs 3’ taikiniai
1 2 3
Egzono prašokimas arba įjungimas
NRCh-6a: Katalitinė RNR
17
NRCh-6a: Katalitinė RNR
18
NRCh-6a: Katalitinė RNR
19
NRCh-6a: Katalitinė RNR
20
NRCh-6a: Katalitinė RNR
21
NRCh-6a: Katalitinė RNR
22