PEMERIKSAAN Viral Nervous Necrosis (VNN) PADA IKAN …repository.unair.ac.id/29932/1/1. HALAMAN DEPAN.pdf · PEMERIKSAAN Viral Nervous Necrosis (VNN) PADA IKAN DENGAN METODE Polymerase

PEMERIKSAAN Viral Nervous Necrosis (VNN) PADA IKAN DENGAN

METODE Polymerase Chain Reaction (PCR) DI BALAI BESAR

KARANTINA IKAN PENGENDALIAN MUTU DAN

KEAMANAN HASIL PERIKANAN SOEKARNO

HATTA TANGERANG, BANTEN

PRAKTEK KERJA LAPANG

PROGRAM STUDI S-1 BUDIDAYA PERAIRAN

Oleh :

ELLY FITRIATIN

LAMONGAN - JAWA TIMUR

FAKULTAS PERIKANAN DAN KELAUTAN

UNIVERSITAS AIRLANGGA

SURABAYA

2015

ADLN - PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

PKL PEMERIKSAAN Viral Nervous Necrosis (VNN) PADA IKAN DENGAN Elly Fitriatin






Praktek Kerja Lapang sebagai Salah Satu Syarat untuk Memperoleh Gelar

Sarjana Perikanan pada Program Studi Budidaya Perairan

Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga

Oleh :

ELLY FITRIATIN

NIM. 141211132015

Mengetahui, Menyetujui,

Dekan Fakultas Perikanan dan Kelautan Dosen Pembimbing, Universitas Airlangga, Prof. Dr. Hj. Sri Subekti, drh., DEA Abdul Manan, S.Pi, M.Si NIP. 19520517 197803 2 001 NIP.19800517 200312 1 004








Oleh :

ELLY FITRIATIN

NIM. 141211132015

Setelah mempelajari dan menguji dengan sungguh-sungguh, kami berpendapat bahwa

Praktek Kerja Lapang (PKL) ini, baik ruang lingkup maupun kualitasnya dapat diajukan sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Perikanan.

Telah diujikan pada Tanggal : 10 Juni 2015

KOMISI PENGUJI Ketua : Abdul Manan, S.Pi, M. Si. Anggota : Wahju Tjahjaningsih, Ir., M.Si. Sudarno.Ir., M.Kes.

Surabaya, 10 Juni 2015

Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga

Dekan,

Prof. Dr. Hj. Sri Subekti,drh.,DEA.

NIP. 19520517 197803 2 001



i

RINGKASAN

ELLY FITRIATIN. Pemeriksaan Viral nervous necrosis (VNN) pada Ikan

dengan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR) Di Balai Besar Karantina

Ikan Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan (BBKIPM-KHP)

Soekarno Hatta Tangerang, Banten. Dosen Pembimbing Abdul Manan, S.Pi,

M.Si.

Produksi perikanan di Indonesia mengalami peningkatan setiap tahunnya.

Kegiatan perdagangan produk perikanan di Indonesia baik ekspor maupun impor

setiap tahunnya akan terus meningkat. Pengawasan dan pengendalian produk

perikanan yang dilalulintaskan di Indonesia bertujuan untuk mengurangi resiko

masuk dan tersebarnya hama dan penyakit ikan di Indonesia. Tujuan dari Praktek

Kerja Lapang ini adalah untuk mengetahui teknik pemeriksaan virus pada ikan

dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR).

Praktek Kerja Lapang ini dilaksanakan di Balai Besar Karantina Ikan

Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan (BBKIPM-KHP)

Soekarno Hatta Tangerang, Banten pada tanggal 12 Januari – 12 Februari 2015.

Metode Kerja yang digunakan dalam Praktek Kerja Lapang ini adalah metode

deskriptif dengan pengambilan data meliputi data primer dan data sekunder.

Pengambilan data dilakukan dengan partisipasi aktif, wawancara, dan studi

pustaka.

Metode pemeriksaan virus Viral Nervous Necrosis (VNN) adalah dengan

metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Tahapan pemeriksaan virus dengan

metode PCR meliputi nekropsi sampel, ekstraksi RNA, amplifikasi, elektroforesis,

dan diagnosa hasil menggunakan UV Transluminator. Sampel ikan yang diperiksa

virus VNN terdiri dari ikan hidup dan ikan beku baik komoditas ekspor, impor,

ataupun domestik. Hasil pemeriksaan menunjukkan bahwa semua sampel ikan

negatif terinfeksi virus VNN.

Kata Kunci : Virus VNN, Teknik PCR, Hasil Pemeriksaan.



ii

SUMMARY

ELLY FITRIATIN. Viral nervous necrosis (VNN) Examination at Fish by

Polymerase Chain Reaction (PCR) method in the Quarantine Fish Quality

Control and Safety of Fishery Products (BBKIPM-KHP) Soekarno Hatta

Tangerang, Banten. Academic Advisor Abdul Manan, S.Pi, M.Si.

Fish production annually has increased. Trading activities of Fishery in

Indonesia both exports and imports will continue to increase every year. Control

and monitoring of fisheries products was transported in Indonesia aims to reduce

the risk of entry and spread of pests and diseases of fish in Indonesia. The purpose

of Field Practice Project is to know examination techniques of virus Viral Nervous

Necrosis (VNN) at fish by Polymerase Chain Reaction (PCR) method.

This Field Practice Project was held in the Quarantine Fish Quality

Control and Safety of Fishery Products (BBKIPM-KHP) Soekarno Hatta

Tangerang, Banten on January 12th to February 12th, 2015. The methods of data

fetching consisted of primary and secondary data. The data fetching was

performed with active participation, observation, interviews, and literature.

Examination methods Viral Nervous Necrosis (VNN) by Polymerase

Chain Reaction (PCR). Stages of virus examination by PCR method includes

necropsy samples, RNA extraction, amplification, electrophoresis, and the

diagnosis results using UV transluminator. Fish samples were examined VNN

virus consisting of a live fish and frozen fish both commodity exports, imports, or

domestic. The results showed that all fish samples are negative infected with the

virus VNN.

Keyword : Viral Nervous Necrosis, PCR Technique, Examination result.



iii

KATA PENGANTAR

Puji syukur kehadirat Allah SWT, atas limpahan rakhmat, taufiq, dan

hidayah-Nya, sehingga penulis dapat menyelesaikan Praktek Kerja Lapang (PKL)

tentang Pemeriksaan Viral nervous necrosis (VNN) pada Ikan dengan Metode

Polymerase Chain Reaction (PCR) di Balai Besar Karantina Ikan Pengendalian

Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan (BBKIPM-KHP) Soekarno Hatta

Tangerang, Banten ini. Penulis mengucapkan terima kasih kepada orang tua,

keluarga, Bapak dan Ibu Dosen, serta sahabat yang telah mendo‟akan,

memberikan motivasi dan semangat hingga selesainya Praktek Kerja Lapang

(PKL) ini. Karya Ilmiah Praktek Kerja Lapang (PKL) ini disusun sebagai salah

satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Perikanan pada Program Studi

Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga

Surabaya.

Penulis menyadari bahwa Karya Ilmiah Praktek Kerja Lapang (PKL) ini

masih banyak kekurangan, sehingga kritik dan saran yang membangun sangat

penulis harapkan demi perbaikan dan kesempurnaan Karya Ilmiah ini. Akhirnya

penulis berharap Karya Ilmiah ini bermanfaat dan dapat memberikan informasi

kepada semua pihak, khususnya bagi Mahasiswa Program Studi Budidaya

Perairan, Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga Surabaya

mengenai pengembangan ilmu dan teknologi dalam bidang perikanan.

Surabaya, September 2015

Penulis



iv

UCAPAN TERIMA KASIH

Penulis menyadari dalam penyelesaian laporan Praktek Kerja Lapang ini

tidak terlepas dari dukungan moril dan materil dari semua pihak. Melalui

kesempatan ini, penulis ingin menyampaikan terima kasih sebesar–besarnya

kepada Allah SWT yang telah memberikan rahmat serta hidayah-Nya, serta

kepada :

1. Prof. Dr. Hj. Sri Subekti, drh., DEA. selaku Dekan Fakultas Perikanan dan

Kelautan Universitas Airlangga.

2. Bapak Ir. Muhammad Arief, M.Kes. selaku dosen pembimbing akademik

yang telah memberikan bimbingan akademik kepada penulis mulai dari awal

masuk Perguruan Tinggi hingga saat ini.

3. Bapak Abdul Manan, S.Pi., M.Si. selaku Dosen Pembimbing Praktek Kerja

Lapang yang telah memberikan bimbingan dan arahan.

4. Seluruh staf pengajar dan staf kependidikan Fakultas Perikanan dan Kelautan

yang telah bersedia menyampaikan ilmunya kepada penulis dan membantu

penulis dalam administrasi demi kelancaran pelaksanaan Praktek Kerja

Lapang.

5. Bapak Ir. Teguh Samudro, MP selaku Kepala Balai Besar Karantina Ikan

Pengendalian Mutu Dan Keamanan Hasil Perikanan (BBKIPM-KHP)

Soekarno Hatta Tangerang, Banten yang telah memberikan izin kepada

penulis untuk melaksanakan kegiatan Praktek Kerja Lapang.

6. Bapak Kurniadhi Prabandono selaku Kepala Laboratorium Balai Besar

Karantina Ikan Pengendalian Mutu Dan Keamanan Hasil Perikanan

(BBKIPM-KHP) Soekarno Hatta Tangerang, Banten yang telah memberikan

izin kepada penulis untuk melaksanakan kegiatan Praktek Kerja Lapang.

7. Ibu Agustina K. Sibuea selaku pembimbing lapang yang telah bersedia

membimbing penulis selama kegiatan Praktek Kerja Lapang di Balai Besar

Karantina Ikan Pengendalian Mutu Dan Keamanan Hasil Perikanan

(BBKIPM-KHP) Soekarno Hatta Tangerang, Banten.



http://fpk.unair.ac.id/ir.-muhammad-arief,-m.kes.-pegawai-11.html#Staf Dosen dan Kependidikan

v

8. Ibu Luky Murni, Ibu Dani, Ibu Ika, Ibu candra dan semua staf pegawai Balai

Besar Karantina Ikan Pengendalian Mutu Dan Keamanan Hasil Perikanan

(BBKIPM-KHP) Soekarno Hatta Tangerang, Banten yang telah membantu

penulis selama pelaksanaan Praktek Kerja Lapang.

9. Farah, Eva, Linnya, Choni, Stella, Anita, Indah, Reni dan teman – teman

seperjuangan PKL Ima, Mualifah, Eni, Tari, Jeje dan Toyib dari UNSOED

Purwakarta.

10. Teman-teman angkatan 2012 yang senantiasa memberi semangat dan

dukungan penulis untuk menyelesaikan penyusunan laporan Paktek Kerja

Lapang ini.

11. Semua pihak yang telah membantu penyelesaian laporan Praktek Kerja

Lapang yang tidak dapat penulis sebutkan satu per satu.

12. Bapak, Ibu, kakak dan keluarga tercinta yang selalu memberikan doa-doa

terbaiknya dari awal hingga akhir penyusunan laporan Praktek Kerja Lapang

ini.

Semoga Allah Yang Maha Pengasih lagi maha Penyayang melimpahkan

berkat-Nya dan membalas segala bantuan serta kebaikan yang telah diberikan oleh

semua pihak kepada penulis.

Surabaya, September 2015

Penulis



vi

DAFTAR ISI

Halaman

RINGKASAN ................................................................................................. i

SUMMARY ..................................................................................................... ii

KATA PENGANTAR .................................................................................... iii

UCAPAN TERIMA KASIH ........................................................................... iv

DAFTAR ISI ................................................................................................... vi

DAFTAR TABEL ........................................................................................... viii

DAFTAR GAMBAR ...................................................................................... ix

DAFTAR LAMPIRAN ................................................................................... x

I PENDAHULUAN ................................................................................... 1

1.1 Latar Belakang ................................................................................... 1

1.2 Tujuan ................................................................................................ 2

1.3 Manfaat .............................................................................................. 2

II TINJAUAN PUSTAKA .......................................................................... 3

2.1 Viral Nervous Necrosis (VNN) ........................................................... 3

2.1.1 Morfologi ................................................................................... 3

2.1.2 Inang dan Organ yang Terinfeksi ............................................... 4

2.1.3 Gejala Klinis .............................................................................. 5

2.1.4 Replikasi Virus ........................................................................... 6

2.1.5 Penyebaran VNN ....................................................................... 8

2.2 Polymerase Chain Reaction ( PCR ) .................................................. 9

III PELAKSANAAN KEGIATAN .............................................................. 13

3.1 Tempat dan Waktu ............................................................................. 13

3.2 Metode Kerja ..................................................................................... 13

3.3 Metode Pengumpulan Data ................................................................ 13 3.3.1 Data Primer ................................................................................ 13



vii

3.3.2 Data Sekunder ............................................................................ 15 IV HASIL DAN PEMBAHASAN ................................................................ 16

4.1 Keadaan Umum Lokasi Praktek Kerja Lapang ................................. 16 4.1.1 Sejarah Perkembangan BBKIPM Jakarta I ................................ 16 4.1.2 Visi dan Misi .............................................................................. 17 4.1.3 Tugas Pokok dan Fungsi ............................................................ 18 4.1.4 Letak Geografi dan Keadaan Alam Sekitar Lokasi ..................... 19 4.1.5 Wilayah Kerja ............................................................................ 20 4.1.6 Sumber Daya Manusia ............................................................... 21 4.1.7 Struktur Organisasi ..................................................................... 21 4.1.8 Sarana dan Prasarana .................................................................. 22 4.2 Kegiatan Pemeriksaan Virus di BBKIPM Jakarta I ............................ 24 4.2.1 Penerimaan dan Pemeriksaan Sampel ........................................ 24 4.2.2 Pemeriksaan Virus dengan Metode PCR ................................... 25

V SIMPULAN DAN SARAN ..................................................................... 42

5.1 Simpulan ............................................................................................ 42

5.2 Saran .................................................................................................. 42

DAFTAR PUSTAKA ..................................................................................... 43

LAMPIRAN .................................................................................................... 46



viii

DAFTAR TABEL

Tabel Halaman

1. Jumlah pegawai BBKIPM Soekarno-Hatta tahun 2013.................................. 21

2. Sarana pada laboratorium PCR ...................................................................... 23

3. Prasarana BBKIPM Soekarno – Hatta ........................................................... 24

4. Daftar Sampel Ikan Hidup dan Ikan Beku ..................................................... 28



ix

DAFTAR GAMBAR

Gambar Halaman

1. Morfologi Viral Nervous Necrosis. ............................................................. 3

2. Gejala Klinis ikan Kerapu yang terinfeksi VNN ........................................ 5

3. Gambaran Histopathologi larva ikan Kakap yang terinfeksi

Betanodavirus ............................................................................................... 6

4. Skema Replikasi Virus VNN ...................................................................... 8

5. Tahapan Proses Amplifikasi ........................................................................ 11

6. Laboratorium BBKIPM Soekarno-Hatta .................................................... 20

7. Bagan Struktur Organisasi Laboratorium BBKIPM Soekarno-Hatta ......... 22

8. Kegiatan Elektroforesis .............................................................................. 39

9. Hasil Elektroforesis VNN ........................................................................... 40

10. Hasil PCR positif VNN ............................................................................... 41



x

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran Halaman

1. Peta lokasi BBKIPM Soekarno Hatta ......................................................... 47

2. Struktur BBKIPM Soekarno Hatta ............................................................. 48

3. Sarana dan Prasarana ................................................................................... 49

4. Alat dan Fungsi ............................................................................................ 50

5. Bahan dan Fungsi ......................................................................................... 51

6. Kegiatan pemeriksaan virus dengan metode PCR ...................................... 52

7. Form permohonan pengujian sampel .......................................................... 54

8. Form laporan hasil pengujian ....................................................................... 55

9. Data pemeriksaan virus VNN ..................................................................... 56



Documents

PEMERIKSAAN Viral Nervous Necrosis (VNN) PADA IKAN …repository.unair.ac.id/29932/1/1. HALAMAN DEPAN.pdf · PEMERIKSAAN Viral Nervous Necrosis (VNN) PADA IKAN DENGAN METODE Polymerase