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SBT(Sequencing Based Typing) について
HLA研究所 小島裕人
NGS(Next Generation Sequencing) 3 施設
Sanger法 5 施設
参加施設数
検査方法
NGS
Sanger法
Sanger法
NGS
検査対象領域
使用キット
Sanger法
19thQCWS: AlleleSEQR(全施設) 20thQCWS: AlleleSEQR(2施設)、SeCore(3施設)
DRB1座の検査対象領域: AlleleSEQR:exon2(2施設) SeCore: exon2,3(3施設)
A*24:02,*33:03と A*24:03,*33:10 のPhaseAmbiguity
Ambiguityの見落とし → ダブルチェックが必要
C*03:04,*07:04と C*03:46,*07:04 の Ambiguity
最近追加されたアリルとのAmbiguity → 最新データの使用
B*44:02,*51:01と B*44:05,*51:192 の Ambiguity
B*51:192 は、2015年10月(IMGT)に追加。
B*15:18,*40:03と B*15:197,*40:20 のAmbiguity
B*15:197:01 とはAmbiguity にならない。 B*15:197:02 は、2016年1月(IMGT)に追加。
最近追加されたアリルとのAmbiguity → 最新データの使用
C*06:02,*08:01と C*06:04:02,*08:118 の Ambiguity
C*06:04:01 とはAmbiguity にならない。 C*06:04:02 は、2016年1月(IMGT)に追加。
最近追加されたアリルとのAmbiguity → 最新データの使用
Codon86のAmbiguity → 補助試薬(Codon86)の使用
Codon86のAmbiguity → 解析時の設定変更
References → Primers より、 Codon 86 を選択
Ø 判定ソフト:Assign SBTの場合
Ø 判定ソフト:uTypeの場合
特に設定なし
Codon86のAmbiguity → 解析時の設定変更
設定は必要ない。 codon 86 使用後は別表示になる。
codon 86 使用前
Ø 判定ソフト:SBT engineの場合
プライマー設計部位もしくは、設計部位付近のAmbiguity
プライマー設計部位もしくは、設計部位付近のAmbiguity
第3区域までの表記 ①
Ⅲ.HLA タイピング結果のアリル表記法について(抜粋) 1.DNA タイピングレベルでの表記 2)中または高解像度レベル(high resolution)のタイピング法 第 2 区域までの表記が必要である。また,第 3 区域でのアリルの細分化が知られている場合,アリルが特定できた場合にのみ第 3 区域までアリルを表記する。
それぞれ、DRB1*04:03:01, DRB1*10:01:01 と確定できる。
第3区域までの表記 ②
それぞれ、DRB1*04:05:01, DRB1*14:05:01 と確定できる。
NGS法各施設で使用キットが異なるため、施設間評価はできなかった。 検査結果および、検査対象領域との整合性に問題はなかった。
1 2 � 8 �3 � 4 � 5 6 75´ 3´
第一区域血清学的HLA抗原型に対応
第二区域HLA抗原型サブタイプ
第三区域アミノ酸変異を伴わない塩基
置換
第四区域コード領域外で
の塩基置換
HLA–A*24:02:01:01
exon
結果1
結果2
結果3
結果4