TEKNIK IDENTIFIKASI BAKTERI PADA IKAN KONSUMSI AIR TAWAR DENGAN METODE AUTOMATIC IDENTIFICATION SYSTEM

MENGGUNAKAN VITEK 2 COMPACT DI LOKA PEMERIKSAAN PENYAKIT IKAN DAN LINGKUNGAN (LP2IL) SERANG, BANTEN

PRAKTEK KERJA MAGANG PROGRAM STUDI BUDIDAYA PERAIRAN

JURUSAN MANAJEMEN SUMBERDAYA PERAIRAN

Oleh:

FEBBY HADI SETYAWAN NIM. 135080501111020

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN UNIVERSITAS BRAWIJAYA

MALANG 2016

i

TEKNIK IDENTIFIKASI BAKTERI PADA IKAN KONSUMSI AIR TAWAR DENGAN METODE AUTOMATIC IDENTIFICATION SYSTEM MENGGUNAKAN

VITEK 2 COMPACT DI LOKA PEMERIKSAAN PENYAKIT IKAN DAN LINGKUNGAN (LP2IL) SERANG, BANTEN

PRAKTEK KERJA MAGANG PROGRAM STUDI BUDIDAYA PERAIRAN

JURUSAN MANAJEMEN SUMBERDAYA PERAIRAN

Sebagai Salah Satu Syarat untuk Meraih Gelar Sarjana Perikanan di Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan

Universitas Brawijaya

Oleh:

FEBBY HADI SETYAWAN NIM. 135080501111020

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN UNIVERSITAS BRAWIJAYA

MALANG 2016

ii

TEKNIK IDENTIFIKASI BAKTERI PADA IKAN KONSUMSI AIR TAWAR DENGAN METODE AUTOMATIC IDENTIFICATION SYSTEM MENGGUNAKAN

VITEK 2 COMPACT DI LOKA PEMERIKSAAN PENYAKIT IKAN DAN LINGKUNGAN (LP2IL) SERANG, BANTEN

Oleh: FEBBY HADI SETYAWAN

NIM. 135080501111020

telah dipertahankan didepan penguji pada tanggal : 18 Oktober 2016

dan dinyatakan telah memenuhi syarat

Mengetahui, Ketua Jurusan MSP

Dr. Ir. Arning Wilujeng Ekawati, MS NIP. 19620805 198603 2 001 Tanggal:

Menyetujui, Dosen Pembimbing Ir. Heny Suprastyani, MS NIP. 19620904 198701 2 001 Tanggal:

iii

iv

PERNYATAAN ORISINALITAS

Dengan ini saya menyatakan bahwa dalam Laporan Praktek Kerja Magang

(PKM) yang saya tulis ini benar-benar merupakan hasil karya sendiri, dan

sepanjang pengetahuan saya juga tidak terdapat karya atau pendapat yang

pernah ditulis atau diterbitkan oleh orang lain kecuali yang tertulis dalam naskah

ini dan disebutkan dalam daftar pustaka.

Apabila kemudian hari terbukti atau dapat dibuktikan Laporan Praktek

Kerja Magang (PKM) ini hasil penjiplakan (plagiasi), maka saya bersedia

menerima sanksi atasperbuatan tersebut sesuai hukum yang berlaku di Indonesia.

Malang, 27 September 2016

Mahasiswa,

Febby Hadi Setyawan

v

RINGKASAN

Febby Hadi Setyawan. Teknik Identifikasi Bakteri pada Ikan Konsumsi Air Tawar dengan Metode Automatic Identification System menggunakan Vitek 2 Compact di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten (dibawah bimbingan Ir. Heny Suprastyani, MS).

Pencapaian produksi sektor perikanan dan kelutan dari tahun ke tahun

semakin meningkat salah satunya adalah perikanan budidaya. Akan tetapi, dalam

pencapaiannya terdapat suatu permasalahan dimana para pembudidaya tidak

melakukan kegiatan pemantauan secara ketat sehingga dapat menyebabkan

timbulnya penyakit pada organisme budidaya. Salah satu penyebab penyakit

tersebut dikarenakan adanya infeksi dari bakteri. Infeksi dari bakteri ini dapat

menyerang internal tubuh organisme sehingga dapat menyebabkan kematian

massal.

Tujuan praktek kerja magang adalah untuk mendapatkan pengetahuan dan

keterampilan dalam proses identifikasi bakteri serta mengetahui bakteri yang

dapat menyebabkan penyakit pada ikan. Praktek kerja magang (PKM)

dilaksanakan pada tanggal 11 Juli sampai 26 Agustus 2016 di LP2IL Serang,

Banten. Metode yang digunakan dalam PKM ini adalah metode deskriptif dengan

teknik pengambilan data meliputi data primer dan data sekunder. Pengumpulan

data dilakukan dengan cara observasi lapang, wawancara, partisipasi langsung

dan studi pustaka

Teknik identifikasi bakteri ini masih sangat diperlukan untuk melakukan

tindak pencegahan maupun pengobatan. Pada saat sekarang teknik identifikasi

bakteri dilakukan dengan metode konvensial maupun secara automatic

identification system. Pada automatic identification system ini memiliki kelebihan

yaitu dapat menganalisis organisme dengan cepat tanpa membutuhkan banyak

bahan (media).

Identifikasi tiap sampel dilakukan sesuai dengan prosedur yang dimiliki

LP2IL Serang, dimana untuk automatic identification system menggunakan alat

yaitu Vitek 2 compact. Prinsip dari identifikasi secara automatis ini yaitu

menggunakan card identification yang mana pada card tersebut terdapat well atau

seperti media uji biokimiawi yang dimodifikasi sedemikian rupa sehingga dapat

digunakan untuk idetifikasi bakteri secara cepat. Prosedur pengujian dengan alat

Vitek 2 compact ini dimulai dari uji gram, pemilihan card, dan membuat suspensi

bakteri sesuai standar McFarland serta pengidentifikasian dengan menggunakan

alat sampai keluar lembar hasil identifikasi. Bakteri yang teridentifikasi pada

sampel adalah Aeromonas hydropyla, Aeromonas caviae, Aeromonas sobria dan

Aeromonas veronii.

vi

KATA PENGANTAR

Dengan mengucapkan puji dan syukur kehadirat Allah SWT, atas limpahan

rahmat dan hidayah-Nya, penulis dapat menyajikan Laporan Praktek Kerja

Magang (PKM) yang berjudul “Teknik Identifikasi Bakteri Pada Ikan Konsumsi Air

Tawar dengan Metode Automatic Identification System menggunakan Vitek 2

Compact di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang,

Banten”. Laporan PKM ini disusun sebagai salah satu persyaratan untuk

memperoleh gelar Sarjana Perikanan di Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan

Universitas Brawijaya.

Penulis menyadari bahwa masih banyak kekurangan yang mendasar pada

laporan ini. oleh karena itu penulis mengharapkan kritik serta saran yang dapat

membangun untuk penyempurnaan laporan selanjutnya. Demikian penulis

sampaikan terimakasih.

Malang, 27 September 2016

Penulis

vii

UCAPAN TERIMA KASIH

Penulis menyadari bahwa penulisan laporan ini banyak dukungan dari

berbagai pihak. Melalui kesempatan ini, dengan kerendahan hati penulis

mengucapkan terima kasih kepada:

1. Bapak Agus Hadi Mulyono dan Ibu Nanik Nirmalawati, SE selaku orang tua

dan kakak Vita Ahnawati, ST yang telah memberikan do’a, dukungan dan

motivasi.

2. Ibu Ir. Heny Suprastyani, MS selaku dosen pembimbing yang telah banyak

memberikan saran, bimbingan, arahan dan nasehat bagi penulis.

3. Bapak Yayan Sofyan A.Pi, MP selaku kepala LP2IL Serang, Banten, yang

telah memberikan izin dan bersedia menerima saya untuk melakukan kegiatan

PKM.

4. Ibu Dinarti, S.Si selaku pembimbing & analis laboratorium, Ibu Swastika Dita

Soraya, S.Pi dan Ibu Yasinthya inggariyanti, A.Md selaku analis laboratorium

Mikrobiologi LP2IL Serang, Banten yang telah memberikan bimbingan dan

arahan selama melakukan kegiatan PKM.

5. Teman-teman BP 2013 “Aqua GT” yang telah membantu dalam penyelesaian

PKM ini.

6. Teman-Teman “SM” yang selalu mendukung dan membantu dalam

penyelesaian PKM ini.

Malang, 27 September 2016

Penulis

viii

DAFTAR ISI

Halaman

RINGKASAN ....................................................................................................... v

KATA PENGANTAR .......................................................................................... vi

UCAPAN TERIMA KASIH ................................................................................. vii

DAFTAR ISI ..................................................................................................... viii

DAFTAR TABEL ................................................................................................. x

DAFTAR GAMBAR ............................................................................................ xi

DAFTAR LAMPIRAN ........................................................................................ xii

1. PENDAHULUAN ............................................................................................ 1 1.1 Latar Belakang ........................................................................................... 1 1.2 Maksud dan Tujuan .................................................................................... 3

1.2.1 Maksud ............................................................................................... 3 1.2.2 Tujuan ................................................................................................. 3

1.3 Kegunaan ................................................................................................... 4 1.4 Tempat dan Waktu ..................................................................................... 4

2. TINJAUAN PUSTAKA .................................................................................... 5 2.1 Penyakit ...................................................................................................... 5 2.2 Jenis Sumber Penyakit ............................................................................... 5 2.3 Bakteri ........................................................................................................ 6 2.4 Jenis-Jenis Bakteri...................................................................................... 7

2.4.1 Berdasarkan Cara Mendapatkan Makanan ........................................ 7 2.4.2 Berdasarkan Kebutuhan Oksigen....................................................... 8 2.4.3 Berdasarkan Lapisan Peptidoglikan Dinding Sel ................................ 8

2.5 Morfologi ..................................................................................................... 8 2.6 Reproduksi ................................................................................................. 9 2.7 Identifikasi Bakteri .................................................................................... 10

3. METODE DAN TEKNIK PENGAMBILAN DATA .......................................... 12 3.1 Metode Pengambilan Data ....................................................................... 12 3.2 Teknik Pengambilan Data ......................................................................... 12

3.2.1 Data Primer ...................................................................................... 12 a. Observasi ......................................................................................... 13 b. Wawancara ...................................................................................... 13 c. Partisipasi Aktif ................................................................................. 14

3.2.2 Data Sekunder ................................................................................. 14

ix 4. HASIL PRAKTEK KERJA MAGANG ......................................................... 16

4.1 Keadaan Umum Lokasi PKM .................................................................. 16 4.1.1 Sejarah Berdirinya LP2IL Serang, Banten ...................................... 16 4.1.2 Lokasi dan Letak Geografis LP2IL Serang, Banten ........................ 17 4.1.3 Struktur, Organisasi dan Tenaga Kerja .......................................... 17

4.2 Kedudukan, Tugas dan Fungsi LP2IL Serang, Banten ........................... 19 4.3 Visi dan Misi LP2IL Serang, Banten ........................................................ 20 4.4 Sarana dan Prasarana ............................................................................ 21

4.4.1 Sarana Laboratorium Mikrobiologi LP2IL Serang, Banten .............. 21 4.4.2 Prasarana Laboratorium Mikrobiologi LP2IL Serang, Banten ......... 21

4.5 Kegiatan Identifikasi Bakteri .................................................................... 22 4.5.1 Mekanisme Pengelolaan Sampel ................................................... 22 4.5.2 Sterilisasi Alat dan Bahan .............................................................. 24 4.5.3 Preparasi Alat dan Bahan .............................................................. 25 4.5.4 Pembuatan Media Kultur ................................................................ 26 4.5.5 Persiapan Sampel .......................................................................... 27

a. Penangan Sampel .......................................................................... 28 b. Isolasi Bakteri ................................................................................. 29

4.5.6 Pemurnian Isolat Bakteri ................................................................ 31 4.5.7 Pengawetan dan Subkultur Isolat Bakteri ....................................... 32

4.6 Pengujian Isolat Bakteri dengan Vitek 2 Compact ................................. 34 4.6.1 Alat dan Bahan .............................................................................. 34 4.6.2 Persiapan Isolat ............................................................................. 34 4.6.3 Pengamatan Morfologi Bakteri ....................................................... 34

a. Morfologi Koloni Bakteri ................................................................... 35 b. Morfologi Sel Bakteri ....................................................................... 35

4.6.4 Pengujian Gram ............................................................................. 37 4.6.5 Pemilihan Card .............................................................................. 38 4.6.6 Mekanisme Pengujian dengan Vitek 2 Compact ............................ 40 4.6.7 Pembacaan Hasil ........................................................................... 41 4.6.8 Bakteri yang Teridentifikasi ............................................................ 43

5. KESIMPULAN DAN SARAN ....................................................................... 49 5.1 Kesimpulan ............................................................................................. 49 5.2 Saran ...................................................................................................... 49

DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................ 50

x

DAFTAR TABEL

Tabel Halaman

1. Perhitungan Media dengan Perbandingan Aquades ...................................... 27

2. Keterangan Hasil Identifikasi .......................................................................... 41

vi

DAFTAR GAMBAR

Gambar Halaman

1. LP2IL Serang Banten..................................................................................... 17

2. Struktur Organisasi LP2IL – Serang ............................................................... 18

3. Contoh Pemberian Kode Sampel ................................................................... 23

4. Pemberian tanda pada tabung reaksi ........................................................... 26

5. Isolasi bakteri pada media darah ................................................................... 31

6. Pemurnian Bakteri pada media TSA .............................................................. 32

7. Subkultur bakteri pada TSA miring ................................................................. 33

8. Pengawetan bakteri ....................................................................................... 33

9. Karakteristik Koloni Bakteri (Cappuccino dan Natalie 2005) .......................... 35

10. Koloni Bakteri (Tanda Panah) secara Mikrokopis ......................................... 36

11. Uji Gram dengan KOH 3% ........................................................................... 37

12. GN card identification ................................................................................... 39

13. Lembar hasil identifikasi ............................................................................... 42

14. Hasil Uji- VP................................................................................................. 43

15. Hasil identifikasi bakteri A.hydropila ............................................................. 44

16. Bakteri A.hydrophila ..................................................................................... 45

17. Hasil identifikasi bakteri A.caviae ................................................................. 45

18. Bakteri A. caviae .......................................................................................... 46

19. Hasil identifikasi bakteri A.veronii ................................................................. 47

20. Bakteri A. Veronii ......................................................................................... 47

21. Hasil identifikasi bakteri A.sobria.................................................................. 48

22. Bakteri A. sobria .......................................................................................... 48

vii

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran Halaman

1. Peta Lokasi LP2IL Serang, Banten ................................................................ 53

2. Data Pegawai LP2IL Serang, Banten ............................................................. 54

3. Skema Mekanisme Pengelolaan Sampel ....................................................... 56

4. Formulir Permintaan Pengujian Sampel (FPPS) ............................................ 57

5. Surat Tugas Pengujian (STP) ........................................................................ 58

6. Work sheet .................................................................................................... 59

7. Lembar Hasil Uji Sementara (LHUS) ............................................................. 60

8. Lembar Hasil Uji (LHU) .................................................................................. 61

9. Alat yang digunakan dalam identifikasi bakteri ............................................... 62

10. Bahan yang digunakan dalam identifikasi bakteri ......................................... 65

11. Instruksi Pengoprasian Kerja Alat ................................................................ 66

12. Standar kekeruhan Card Identification ......................................................... 73

13. Media Tumbuh dalam Identifikasi Bakteri dengan Vitek 2 compact .............. 74

14. GN well Card Identification........................................................................... 75

15. Hasil Identifikasi dengan Vitek 2 Compact ................................................... 77

1

1. PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Dua pertiga wilayah Indonesia adalah perairan laut yang terdiri dari laut

pesisir, laut lepas, teluk dan selat. Luas wilayah laut termasuk didalamnya Zona

Ekonomi Eksklusif mencapai 5,8 km2 atau sekitar ¾ dari luas keseluruhan

wilayah Indonesia (Pakpahan et al., 2006).

Sektor perikanan dan kelautan adalah salah satu sektor andalan yang

dijadikan pemerintah sebagai salah satu potensi untuk meningkatkan

pertumbuhan ekonomi baik dalam skala lokal, regional maupun negara. Sektor

ini merupakan sektor yang selama ini belum dieksploitasi secara maksimal dan

seringkali dianggap bagian dari sektor pertanian, padahal sebagai suatu negara

maritim Indonesia memiliki gugusan ribuan pulau yang lebih dari 70% wilayahnya

terdiri dari lautan, belum lagi potensi akan perairan tawar (sungai) yang sangat

banyak (Nadeak, 2009).

Produksi budidaya perikanan dunia dari tahun ke tahun mengalami

peningkatan yang tajam. Dalam kurun waktu 10 tahun terakhir, produksi

budidaya perikanan dunia meningkat dari 24.5 juta ton pada tahun 1994 menjadi

51,4 juta ton pada tahun 2002 (meningkat 12% per tahun). Kondisi yang sama

juga terjadi pada budidaya perikanan Indonesia. Produksi budidaya perikanan

indonesia sebesar 278.864 ton pada tahun 1993 dan mencapai 1.468.610 ton

atau mengalami peningkatan 80,77% (rata-rata 8.08% per tahun) pada tahun

2004 (Amri dan Khairuman, 2008).

Akan tetapi produksi perikanan ini akan menurun, disebabkan berbagai

kendala yaitu penyakit. Menurut Ratnawati et al.(2013), penyakit merupakan

kendala utama dalam budidaya ikan, baik ikan hias maupun ikan konsumsi.

2 Serangan hama dan penyakit dapat dihindari dengan penanganan dan

penjagaan kesehatan yang memadai melalui sanitasi dan kualitas air. Di

Indonesia sedikitnya telah tercatat empat kali wabah penyakit ikan, baik yang

disebabkan oleh parasit maupun bakteri. Wabah penyakit menyebabkan

terjadinya kematian pada ikan secara akut maupun kronis sehingga secara

ekonomis ikan menjadi tidak laku dipasarkan karena penampilannya yang buruk.

Kebanyakan dari Ikan konsumsi air tawar ini di infeksi oleh penyakit yang

disebabkan oleh patogen yaitu bakteri. Menurut Afrianto et al. (2015), penyakit

yang disebabkan oleh bakteri (bacterial diseases) umumnya merupakan infeksi

internal sehingga membutuhkan pengobatan menggunakan pakan yang telah

diberi antibiotik. Ciri ikan yang terserang penyakit bakteri antara lain mengalami

hemorrhagic atau borok atau benjolan dengan bagian tepinya memerah (ulcers)

sepanjang dinding tubuh dan sekitar mata atau mulut. Ikan juga dapat mengalami

pembesaran perut (berisi cairan) atau penonjolan mata (protuding eyes).

Penyakit pada bakteri ini jika tidak ditangani dengan baik dan benar dapat

menyebabkan resiko yaitu kematian yang dapat merugikan kegiatan budidaya.

Menurut Susanto (2014), menjelaskan bakteri yang sering menyerang ikan-ikan

di kolam biasanya jenis Aeromonas sp. dan Pseudomonas sp. Penyakit bakteri

ini termasuk sangat ganas. Penanggulangannya tidak cukup dengan mengobati

ikan-ikan yang sakit, tetapi juga mencegah penyebaran ke tempat lain.

Bakteri adalah organisme satu sel yang menyerang lebih luas pada ikan.

Biasanya, bakteri timbul karena inangnya mengalami stres. Tanda-tanda

penyakit bakteri pada ikan, yaitu permukaan tubuh ikan berwarna merah darah

pada bagian dada, perut, dan pangkal sirip; selaput lendir berkurang sehingga

tubuh ikan tidak licin; terjadi kerusakan pada sisik, sirip, dan kulit; insang

3 berwarna keputih-putihan hingga kebiru-biruan; kurang aktif bergerak, lemah dan

kehilangan keseimbangannya (Said, 2007).

Untuk keperluan lapang saat ini dibutuhkan hasil yang cepat, oleh karena

itu digunakan suatu teknik identifikasi secara automatis (Automatic Identification

System) menggunakan alat Vitek 2 compact untuk proses identifikasi bakteri.

Menurut Thomas et al. (2001), salah satu identifikasi secara automatis ini dapat

menggunakan Vitek 2 (bioMe’rieux). Tetapi hanya beberapa yang tersedia

dipasar. Vitek 2 (bioMe’rieux) merupakan tekonologi berbasis fluoresensi.

Dengan adanya Automatic Identification System dapat mempercepat perolehan

hasil sehingga dapat diketahui organisme patogen yang menyerang pada ikan

yang di uji dan dapat dilakukan tindakan baik pencegahan maupun pengobatan

pada usaha budidaya.

Sehubungan dengan permasalahan tersebut, kegiatan Praktek Kerja

Magang (PKM) ini penting dilakukan untuk mengetahui teknik identifikasi bakteri

secara automatis serta mendapatkan pengalaman dan keterampilan langsung di

Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan Dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten.

1.2 Maksud dan Tujuan

1.2.1 Maksud

Maksud dari Praktek Kerja Magang ini adalah untuk mengetahui secara

menyeluruh dalam bidang pemeriksaan penyakit ikan khususnya pada rangkaian

identifikasi bakteri secara automatis pada ikan konsumsi air tawar di Loka

Pemeriksaan Penyakit Ikan Dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten.

1.2.2 Tujuan

Tujuan dari kegiatan Praktek Kerja Magang (PKM) ini adalah untuk

mendapatkan pengetahuan dan keterampilan dalam proses identifikasi bakteri

4 serta mengetahui bakteri yang dapat menyebabkan penyakit pada ikan di Loka

Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten.

1.3 Kegunaan

Kegunaan dari Praktek Kerja Magang (PKM) ini adalah untuk menambah

pengetahuan, pengalaman dan keterampilan terhadap masalah-masalah yang

dihadapi tentang teknik pengidentifikasian bakteri secara automatis di Loka

Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten sehingga

dapat dipergunakan saat dilapang.

1.4 Tempat dan Waktu

Praktek Kerja Magang (PKM) ini dilaksanakan di Loka Pemeriksaan

Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten pada tanggal 11 Juli – 26

Agustus 2016.

5

2. TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Penyakit

Menurut Afrianto et al. (2015), penyakit adalah segala bentuk

penyimpangan yang dapat menyebabkan ikan merasa terganggu kehidupannya.

Atau penyakit sebagai suatu keadaan fisik, kimia, biologis, morfologi dan atau

fungsi yang mengalami perubahan dari kondisi normal karena penyebab dari

dalam (internal) dan luar (eksternal). Adapun pengertian lain, yaitu kondisi tidak

normal karena terjadi penurunan kemampuan ikan secara bertahap untuk

mempertahankan fungsi fisiologinya. Ikan menjadi tidak normal disebabkan oleh

dirinya sendiri atau pengaruh lingkungan disekitarnya.

Menurut Supriyadi (2004), ikan sakit menunjukkan suatu keadaan pada

ikan yang sedang mengalami gangguan atau kelainan, baik fisik maupun

perilakunya. Gangguan fisik bisa berupa luka akibat gesekan antar ikan, insang

membusuk, sisik tampak kusam, bisa juga gerakannya lambat. Sementara itu,

ciri kelainan perilaku, antara lain ikan lebih sering menyendiri, cenderung berada

dipermukaan air, gerakannya lemah dan nafsu makan menurun. Penyakit ikan

dapat didefinisikan sebagai suatu hal yang dapat menimbulkan gangguan fisik

dan fungsi fisiologis (abnormalitas perilaku).

2.2 Jenis Sumber Penyakit

Dalam usaha budidaya terdapat berbagai sumber penyakit yang perlu

diketahui oleh petani sehingga tidak menimbulkan kerugian yang besar. Menurut

Afrianto et al. (2015), untuk mencegah atau mengendalikan timbulnya penyakit

pada ikan budidaya, perlu dipahami dari mana sumber penyakit tersebut.

Ketidaktahuan sumber penyakit sering mengakibatkan kerugian besar, terutama

bila penyakit tersebut dapat menyebabkan kematian masal ikan yang

6 dibudidayakan. Sumber penyakit yang dialami oleh ikan budidaya dapat berasal

dari ikan itu sendiri, media budidaya dan patogen.

Menurut Sitanggang (2008), ada dua jenis sumber penyakit yang perlu

diwaspadai oleh para petani dan hobiis ikan hias antara lain :

a. Parasit : Organisme patogen (penyakit) yang menyerang ikan dapat

digolongkan sebagai parasit. Contoh organisme tersebut adalah jamur,

bakteri, protozoa, cacing dan udang renik. Berdasarkan sifat

serangannya, organisme patogen dapat dibedakan menjadi dua jenis,

yakni patogen asli dan organisme patogen potensial.

b. Nonparasit : Penyakit nonparasit adalah segala jenis penyakit yang bukan

disebabkan oleh parasit, melainkan oleh berbagai jenis hama, lingkungan,

pakan dan keturunan (genetis).

2.3 Bakteri

Menurut Mahyuddin (2010), bakteri merupakan mikroorganisme dengan

struktur intraseluler yang sederhana yang mempunyai daerah penyebaran relatif

luas. Ukuran bakteri relatif lebih besar dari pada virus yaitu 0,3-0,5 µ. Ciri-ciri

bakteri adalah berbentuk rantai atau benang, tumbuh dan bertambah banyak

dalam kelompok, koloninya berwarna dan berkilau/tidak, halus atau kasar,

metabolisme aerob atau anaerob, membutuhkan media tertentu untuk

mengulturnya, serta menghasilkan asam atau gas.

Menurut Said (2007), bakteri adalah organisme satu sel yang menyerang

lebih luas pada ikan. Biasanya, bakteri timbul karena inangnya mengalami stres.

Faktor-faktor yang menyebabkan ikan menjadi stres sangat banyak, baik karena

faktor kimia, fisika maupun biologi. Tanda-tanda penyakit bakteri pada ikan, yaitu

permukaan tubuh ikan berwarna merah darah pada bagian dada, perut, dan

pangkal sirip; selaput lendir berkurang sehingga tubuh ikan tidak licin; terjadi

7 kerusakan pada sisik, sirip, dan kulit; insang berwarna keputih-putihan hingga

kebiru-biruan; kurang aktif bergerak, lemah dan kehilangan keseimbangannya.

Menurut Puspitasari et al. (2012), Nama bakteri berasal dari kata

“bakterion” (bahasa Yunani) yang berarti tongkat atau batang. Sejalan dengan

pertambahnya pengetahuan, sekarang bakteri digunakan untuk mikroorganisme

bersel satu, berkembang biak dengan pembelahan diri, serta memiliki ukuran

mikron sehingga hanya tampak dengan mikroskop.

2.4 Jenis-Jenis Bakteri

2.4.1 Berdasarkan Cara Mendapatkan Makanan

Menurut Saraswati dan Setiawardhana (2011), jenis bakteri berdasarkan

cara mendapatkan makanan tergolong sebagai berikut :

Bakteri Heterotrof, Memperoleh makanan berupa zat organik dari

lingkungannya (sisa organisme, sampah atau zat dalam tubuh organisme

lain).

Bakteri saprofit (mendapat zat organik dari sampah, kotoran, bangkai)

Contoh: Escherichia coli, Lactobacillus bulgaricus .

Bakteri parasit ( kebutuhan zat organik diperoleh dari tubuh inang) Contoh

(semua bakteri patogen): Mycobacterium tuberculosis, Clostridium tetani.

Bakteri Autotrof, dapat menyusun sendiri zat-zat organik dari zat anorganik.

Bakteri Fotoautotrof (mengubah zat anorganik dengan bantuan cahaya

melalui fotosintesis) Contoh: Bakteriopurpurin (bakteri ungu)

Bakterioklorofil (bakteri hijau)

Bakteri Kemoautotrof (mengubah zat anorganik dengan energi kimia),

Contoh: Nitrosomonas sp. (memecah amoniak menjadi nitrit, air dan

energi) , Nitrobacter sp.

8 2.4.2 Berdasarkan Kebutuhan Oksigen

Menurut Saraswati dan Setiawardhana (2011), bakteri berdasar

Kebutuhan oksigen digolongkan sebagai berikut :

1. Bakteri Aerob adalah bakteri yang memerlukan oksigen bebas untuk

reaksi pernafasannya Contoh: Nitrosomonas sp., Mycobacterium

tuberculosis, Nitrosococcus sp., Nitrobacter sp.

2. Bakteri Anaerob adalah bakteri yang tidak memerlukan oksigen bebas

untuk reaksi pernafasannya Contoh: Lactobacillus bulgaricus (bakteri

asam susu), Clostridium tetani, Mycrococcus denitrificans.

2.4.3 Berdasarkan Lapisan Peptidoglikan Dinding Sel

Menurut Saraswati dan Setiawardhana (2011), berdasar lapisan

peptidoglikan dinding sel digolongkan sebagai berikut :

1. Bakteri Gram Positif memiiki warna ungu, lapisan peptidoglikan dinding sel

tebal Contoh: Neisseria gonorhoe, Treponema pallidum, Vibrio cholera,

Bacillus sp.

2. Bakteri Gram Negatif memeliki warna merah muda, lapisan peptidoglikan

dinding sel tipis Contoh: Propioni bacterium, Streptococcus metans,

Staphylococcus aureus, Escherichia coli.

2.5 Morfologi

Menurut Adam (1992), bentuk morfologi bakteri dapat dibagi dalam 3

bagian :

Bentuk Basil (Basillus)

Basil berbentuk seperti tongkat pendek, agak silindris. Bentuk basil meliputi

sebagian besar bakteri.

9

Bentuk Coccus (Bulat)

Bentuk coccus adalah bentuk bakteri seperti bola-bola kecil. Gologan ini

tidak sebanyak basil.

Bentuk Spiral (Spiral)

Bentuk spiral adalah bakteri yang berbentuk seperti spiral, atau panjang

berbengkok-bengkok. Golongan ini tidak banyak bila dibandingkan dengan

basil dan coccus.

Menurut Tranggono dan Latifah (2007), bakteri adalah mikroorganisme

bersel tunggal yang hanya dapat dilihat dengan mikroskop. Walaupun bentuknya

sederhana sekali, namun bakteri terdiri dari ribuan spesies yang berbeda.

Mereka dibagi atas 3 kelompok besar bersdasarkan bentuknya, yaitu :Coccus

yang bulat, Bacillus yang seperti batang, langsing atau setengah bulat, Spirillae

yang berbentuk spiral.

2.6 Reproduksi

Bakteri pada umumnya berkembang biak dengn jalan membelah diri.

Menurut Adam (1992), telah dikemukakan bahwa bakteri pada umumnya

memperbanyak diri (berkembang dengan jalan membagi diri. Di dalam suasana

yang cukup baik, misalnya dalam media pembenihan, bakteri memperbanyak diri

dengan cepat. Telah dapat diperhitungkan bahwa dalam waktu 10 jam, dari 1

bakteri bisa menjadi berjuta-juta.

Bakteri berkembang biak dengan pembelahan baik seacara transfersal

maupun biner. Menurut Saparinto (2009), bakteri mempunyai jenis dan

penyebaran paling banyak, berukuran antara 0,3-0,5 mikron dengan keragaman

morfologi, ekologi dan fisiologis yang tinggi, secara umum, bakteri berkembang

biak dengan pembelahan tranfersal atau biner dan mempunyai lingkungan hidup

dengan rentang yang luas.

10 2.7 Identifikasi Bakteri

Pada masa sekarang teknik identifikasi yang populer yaitu secara

konvensional (Biokimiawi) dan dengan AIS (Automatic Identification System)

yaitu menggunakan Vitek 2 compact.

a. Metode Konvensional

Menurut Yusuf (2009), Identifikasi bakteri meliputi pemeriksaan morfologi,

pewarnaan gram, dan uji biokimia antara lain : uji O/F (Oksidatif/Fermentatif), uji

oksidase, uji katalase, uji motilitas, produksi indol, uji TSIA (Triple Sugar Iron

Agar), dan uji gula. Pengamatan morfologi koloni bakteri dilakukan setelah

mendapatkan biakan murni. Pengamatan ini meliputi warna, bentuk, tepian

koloni, elevasi atau permukaan koloni dan struktur dalam koloni. Pewarnaan

gram bertujuan untuk menentukan apakah bakteri tersebut termasuk di dalam

kelompok bakteri gram positif atau kelompok bakteri gram negatif. Uji katalase

adalah untuk mengetahui sifat bakteri dalam menghasilkan enzim katalase.

Tujuan uji oksidase adalah untuk mengetahui ada tidaknya enzim oksidase pada

bakteri.

Uji O/F medium (Oksidatif/Fermentatif) bertujuan untuk mengetahui sifat

oksidasi atau fermentasi bakteri terhadap glukosa. Uji motilitas bertujuan untuk

mengetahui apakah bakteri tersebut motil atau tidak dan untuk mengetahui

produksi indol dari Tryptophane. Uji TSIA (Triple Sugar Iron Agar) bertujuan

untuk membedakan jenis bakteri berdasarkan kemampuan memecahkan

dextrose, laktosa, sukrosa dan pembebasan sulfida, selain itu uji TSIA berfungsi

untuk mengetahui apakah bakteri tersebut menghasilkan gas, H2S atau tidak. Uji

gula bertujuan untuk mendeterminasi kemampuan bakteri dalam mendegradasi

gula dan menghasilkan asam organik yang berasal dari tiap-tiap jenis gula, yaitu

glukosa, sukrosa, maltosa, arabinosa, manitol dan inositol.

11 b. Metode Automatis

Teknik identifikasi bakteri mengalami suatu perkembangan yaitu dengan

menggunakana identifikasi secara automatis.Menurut Thomas et al. (2001),

Identifikasi bakteri secara automatis dan uji kerentanan telah dikembangan dan

dikomersialkan dalam dua dekade. Salah satu identifikasi secara automatis ini

dapat menggunakan Vitek 2 (bioMe’rieux). Tetapi hanya beberapa yang tersedia

dipasar. Vitek 2 (bioMe’rieux) merupakan tekonologi berbasis fluoresensi, dimana

dapat digunakan untuk identifikasi dan uji kerentanan pada isolat gram negatif.

Dalam identifikasi bakteri secara automatis biasanya menggunakan alat

yaitu Vitek 2 system. Menurut Wallet et al. (2005), vitek 2 system merupakan alat

identifikasi yang menggunakan card identfication. Misalnya GP (Gram Positive)

card dan GN (Gram Negative) card. Dimana pada alat ini terdapat database yang

dipergunakan untuk analisis dalam identifikasi bakteri secara automatis. Hasil

dari identifikasi menggunakan vitek ini berupa prosentase kebenaran dari

pengujian yang telah dicocokan pada database. Prosedur identifikasi bakteri

dengan vitek ini yaitu dengan membuat suspensi menggunakan 0.45% sodium

chloride dan menyesuaikan kekeruhan (density) dengan standar Mc Farland

yang diukur dengan densycheck system (bioMerieux). Kemudian dipergunakan

card identification untuk identifikasi bakteri secara automatis.

12

3. METODE DAN TEKNIK PENGAMBILAN DATA

3.1 Metode Pengambilan Data

Metode kerja yang digunakan dalam Praktek Kerja Magang (PKM) ini

adalah metode deskriptif. Menurut Danim (2003), penelitian deskriptif

(descriptive research) ini dimaksudkan untuk mendeskripsikan secara sistematis

dan akurat suatu situasi atau area populasi tertentu yang bersifat faktual.

Penelitian deskriptif juga berarti penelitian yang dimaksudkan untuk menjelaskan

fenomena atau karakteristik individual, situasi, atau kelompok tertentu secara

akurat. Dengan kata lain, tujuan dari penelitian deskriptif adalah mendiskripsikan

seperangkat peristiwa atau kondisi saat ini.

3.2 Teknik Pengambilan Data

Pengambilan data adalah prosedur yang sistematis untuk memperoleh

data yang diperlukan. Pada Praktek Kerja Magang (PKM) ini dilakukan dengan

dua macam data, yaitu pengambilan data primer dan data sekunder. Data primer

didapatkan dengan cara mencatat hasil observasi, wawancara serta partisipasi

aktif, sedangkan data sekunder yaitu data atau informasi yang dikumpulkan dan

dilaporkan oleh seseorang untuk suatu tujuan tertentu maupun sebagai

pengetahuan ilmiah.

3.2.1 Data Primer

Data primer merupakan data yang diperoleh dari sumber secara

langsung, baik dengan melakukan observasi, wawancara maupun partisipasi

aktif. Menurut Istijanto (2005), data primer adalah data asli yang dikumpulkan

oleh periset untuk menjawab masalah risetnya secara khusus. Data ini tidak

tersedia karena memang belum ada riset sejenis yang pernah dilakukan atau

hasil riset yang sejenis sudah terlalu kedaluwarsa. Jadi, periset perlu melakukan

13 pengumpulan atau pengadaan data sendiri karena tidak bisa mengandalkan data

dari sumber lain.

a. Observasi

Observasi merupakan salah satu teknik pengumpulan data yang cukup

efektif untuk mempelajari suatu sistem. Observasi adalah pengamatan langsung

terhadap suatu kegiatan yang sedang dilakukan. Pada waktu melakukan

observasi, analisis sistem dapat ikut juga berpartisipasi atau hanya mengamati

saja orang-orang yang sedang melakukan suatu kegiatan tertentu yang

diobservasi (Susilowati dan Purnama, 2011).

Dalam Praktek Kerja Magang (PKM) ini kegiatan observasi yang

dilakukan adalah dengan cara mengamati dan mencatat kegiatan apa yang

dilakukan dalam identifikasi ikan yang terinfeksi bakteri serta

mendokumentasikan hal-hal yang berkaitan dalam kegiatan penanganan di

Laboratorium Mikrobiologi, Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan

(LP2IL) Serang, Banten

b. Wawancara

Informasi dapat diperoleh dari pihak-pihak terkait, tidaklah cukup dengan

melakukan observasi. Karena untuk memperoleh informasi juga dapat dilakukan

dengan wawancara langsung kepada pihak-pihak terkait. Menurut Santosa dan

Hamdani (2007), salah satu cara pengumpulan data yang diterapkan dan

dipandang penting peranannya adalah wawancara. Wawancara merupakan

proses tanya jawab atau interaksi antara pihak pencari data atau peneliti selaku

pewawancara (interviewer) dengan responden atau nara sumber yang berposisi

sebagai pihak yang diwawancari (Interviewee). Dengan demikian, proses ini

hanya dapat terjadi apabila kedua pihak bersedia melaksanakan komunikasi atau

14 terutama pihak yang akan diwawancari bersedia meluangkan waktu untuk

melakukannya.

Praktek Kerja magang (PKM) ini, wawancara dilakukan dengan pimpinan

lokasi pada Laboratorium Penyakit Ikan, karyawan, analis dan perorangan yang

terkait dengan identifikasi bakteri pada ikan meliputi sejarah berdirinya, struktur

organisasi, prosedur teknis pemeriksaan penyakit ikan ikan, permasalah dan

kendala yang sering dihadapi serta rencana pengembangan pemeriksaan

penyakit ikan dan lingkungan.

c. Partisipasi Aktif

Partisipasi aktif diperoleh melalui kegiatan yang dilakukan sehari-hari

untuk mendapatkan data. Menurut Djaelani (2013), Observasi partisipasi

merupakan metode pengumpulan data yang digunakan untuk mendapatkan data

penelitian melalui pengamatan dan pengindraan dimana observer atau peneliti

benar-benar berada dalam keseharian pelaku yang diteliti atau informan,

keberadaan peneliti dapat terlibat secara aktif maupun tidak aktif.

Kegiatan Praktek Kerja Magang (PKM) ini, partisipasi aktif dilakukan

dengan turut serta dan berperan dalam kegiatan identifikasi bakteri pada ikan,

dimana dapat digunakan untuk mendapatkan data dan informasi mengenai teknik

identifikasi bakteri secara automatis pada ikan konsumsi air tawar yang

diterapkan pada Laboratorium Mikrobiologi di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan

dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten

3.2.2 Data Sekunder

Data sekunder dikumpulkan dari beberapa sumber atau pustaka. Menurut

Wibisono (2003), data sekunder dikumpulkan dari sumber-sumber tercetak,

dimana data tersebut telat dikumpulkan oleh pihak lain. Sumber data sekunder ini

misalnya dari buku, laporan, perusahaan, jurnal, internet dan sebagainya.

15

Praktek Kerja Magang (PKM) ini, pengambilan data sekunder didapat dari

telaah pustaka serta data yang diperoleh dari pihak lembaga pemerintah maupun

karyawan dan individu yang terkait dengan teknik identifikasi bakteri secara

automatis pada Laboratorium Mikrobiologi di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan

dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten.

16

4. HASIL PRAKTEK KERJA MAGANG

4.1 Keadaan Umum Lokasi PKM

4.1.1 Sejarah Berdirinya LP2IL Serang, Banten

Loka pemeriksaan penyakit ikan dan lingkungan (LP2IL) Serang, Banten

mulai didirikan pada tahun 2009, dengan didirikannya bangunan laboratorium di

Jl. Raya Carita, Desa Pasauran, Kecamatan Cinangka, Anyer Lor, Kabupaten

Serang, Propinsi Banten. Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan

(LP2IL) Serang merupakan unit pelaksana teknis dibidang pemeriksaan hama,

penyakit ikan dan lingkungan yang bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal

Perikanan Budidaya, Kementerian Kelautan dan Perikanan. LP2IL tersebut

didirikan pada lahan seluas ±5,9 hektar.

Pada tahun 2010, LP2IL dilengkapi fasilitas pendukung dan peralatan

serta sumber daya manusia. Kegiatan operasional dan aktivitas laboratorium

menginduk pada kegiatan satker Direktorat Kesehatan Ikan dan Lingkungan.

Sejak tanggal 30 Desember 2010, berdasarkan Peraturan Menteri Kelautan dan

Perikanan Nomor: PER.28/MEN/2010, LP2IL mempunyai tugas melaksanakan

pada pemeriksaan hama, penyakit ikan dan lingkunganya. Namun demikian,

LP2IL Serang dapat mandiri dalam menjalakan anggarannya sejak tahun 2012.

Peran serta LP2IL Serang dalam pengembangan sistem kesehatan ikan dan

lingkungan di Indonesia telah dilakukan sejak awal pendiriannya. Visi dan Misi

telah dicanangkan, rencana strategis pun telah ditetapkan dengan melakukan

kegiatan-kegiatan dan membangun sarana - prasarana serta melakukan kegiatan

perekayasaan. LP2IL menerapkan pengujian sesuai dengan ISO 17025 dan

melakukan monitoring penyakit dan lingkungan.

17 4.1.2 Lokasi dan Letak Geografis LP2IL Serang, Banten

Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten

(Gambar 1) berlokasi di Jalan Raya Carita, Desa Umbul Tanjung, Kecamatan

Cinangka, PO BOX 123 Anyer Lor Serang, Banten. Lokasi LP2IL terletak pada

6.23o Lintang Selatan dan 105.83o Bujur Timur, dapat dilihat pada Lampiran 1.

Luas lahan total Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL)

Serang, Banten mencapai ±5.9 hektar yang berdekatan dengan pantai, lahannya

digunakan untuk bercocok tanam yaitu tanaman anggur, buah naga, pohon

pisang dan cabai, dengan bangunannya yang terdiri dari laboratorium,

perpustakaan, rumah dinas, guest house, asrama, dan kolam (bak uji lapang).

Adapun batas–batas wilayahnya adalah sebagai berikut:

Sebelah Utara : Desa Labuan

Sebelah Barat : Selat Sunda

Sebelah Selatan : Anyer

Sebelah Timur : Gunung Karang

Gambar 1. LP2IL Serang Banten

4.1.3 Struktur, Organisasi dan Tenaga Kerja

Sesuai dengan struktur organisasi Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan

Lingkungan (LP2IL) - Serang yang terdiri dari Kepala Loka, Kepala Urusan Tata

Usaha, kepala Subseksi Metode Pemeriksaan, Subseksi Pelayanan Operasional,

18 serta Kelompok Jabatan Fungsional dalam penjabaran tugas sehari-hari dibantu

oleh pelaksana-pelaksana yang mengelola kegiatan. Struktur organisasi LP2IL

Serang (Gambar 2).

Gambar 2. Struktur Organisasi LP2IL – Serang

Dalam rangka memudahkan pelaksaan kegiatan-kegiatan Loka

Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan Serang, maka dilakukanpembagian

tugas sesuai struktur organisasi yang ada, yaitu sebagai berikut:

Urusan Tata Usaha mempunyai tugas melakukan penyusunan rencana,

program dan anggaran, urusan tata usaha dan rumah tangga, serta evaluasi

dan penyusunan laporan.

Subseksi Metode Pemeriksaan mempunyai tugas melakukan penyusunan

dan penerapan metode, pengujian dan analisis data di bidang pemeriksaan

hama, penyakit ikan, dan lingkungannya, serta monitoring dan pengawasan

(surveillance).

Subseksi Pelayanan Operasional mempunyai tugas melakukan pelayanan

teknis di bidang kesehatan ikan, dan lingkungannya serta pengolahan data,

pengelolaan system informasi, dan diseminasi informasi mengenai hama,

penyakit ikan, dan lingkungannya;

KEPALA

KASUBSIE. PELAYANAN

OPERASIONAL

KELOMPOK JABATAN

FUNGSIONAL

KASUBSIE. METODE

PEMERIKSAAN

KAUR. TATA USAHA

19

Kelompok Jabatan Fungsional mempunyai tugas melaksanakan kegiatan

yang berkaitan dengan pemeriksaan hama, penyakit ikan, dan

lingkungannya, serta kegiatan lain yang sesuai dengan tugas masing-masing

jabatan fungsional berdasarkan peraturan perundang-undangan.

Sampai dengan tahun 2016 jumlah pegawai LP2IL - Serang adalah 41

orang (PNS) dengan Rincian data kepegawaian LP2IL Serang, Banten dapat

dilihat pada Lampiran 2.

4.2 Kedudukan, Tugas dan Fungsi LP2IL Serang, Banten

Sesuai dengan Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor:

PER.28/MEN/2010, Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL)

Serang, Banten merupakan Unit Pelaksana Teknis (UPT) di bidang pemeriksaan

hama, penyakit ikan dan lingkungan. LP2IL Serang, Banten berada dibawah dan

bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Perikanan Budidaya (DJPB). Untuk

melaksanakan tugas pokok tersebut, LP2IL - Serang menyelenggarakan fungsi :

(1) Penyusunan rencana, program dan anggaran, serta evaluasi dan

penyusunan laporan di bidang pemeriksaan hama, penyakit ikan, dan

lingkungannya;

(2) Penyusunan dan penerapan metode di bidang pemeriksaan hama, penyakit

ikan, dan lingkungannya;

(3) Pengujian dan analisis data di bidang pemeriksaan hama, penyakit ikan, dan

lingkungannya;

(4) Pelaksanaan pelayanan teknis di bidang kesehatan ikan, dan lingkungannya;

(5) Pelaksanaan monitoring dan pengawasan (surveillance) mengenai

penyebaran penyakit ikan, zonasi dan eradikasi hama dan penyakit ikan;

(6) Pengolahan data, pengelolaan system informasi, dan diseminasi informasi

mengenai hama, penyakit ikan, dan lingkungannya;

20 (7) Pelaksanaan urusan tata usaha dan rumah tangga LP2IL-Serang.

4.3 Visi dan Misi LP2IL Serang, Banten

Dalam rangka mendukung terwujudnya pembangunan perikanan dan

kelautan yang lebih terarah, terukur, konsisten dan akuntabel di bidang penyakit

ikan dan lingkungannya, diperlukan visi dan misi yang dapat menggambarkan

harapan dan kenyataan yang akan diperoleh melalui kebijakan dan program,

serta kegiatan yang dilakukan. Dalam RPJMN III LP2IL Serang menetapkan

visinya sebagai berikut: “Terdepan dalam Pengelolaan Kesehatan Ikan dan

Lingkungan”.

Perwujudan visi yang telah ditetapkan diformulasikan dalam bentuk

penetapan misi. Misi LP2IL pada periode tahun 2015-2019 adalah sebagai

berikut:

a. Meningkatkan kualitas tata kelola organisasi menuju tata kelola pemerintah

yang bersih, transparan dan akuntabel;

b. Melakukan pelayanan yang professional dan berorientasi pada kepuasan

pelangganan;

c. Mewujudkan LP2IL Serang sebagai rujukan nasional di bidang pengelolaan

kesehatan ikan dan lingkungan;

d. Meningkatkan peran LP2IL Serang dalam pengendalian mutu, khasiat dan

keamanan obat ikan.

Selanjutnya sebagai tata nilai bagi setiap pegawai LP2IL Serang, telah

ditetapkan sebuah motto dalam aktivitas sehari-hari, yaitu: “Profesional, Cepat,

Tepat dan Akurat” (Pro CETA).

21 4.4 Sarana dan Prasarana

4.4.1 Sarana Laboratorium Mikrobiologi LP2IL Serang, Banten

Laboratorium Mikrobiologi LP2IL Serang memiliki layanan diagnosa yang

meliputi pemeriksaan dan pengujian ALT bakteri, identifikasi bakteri dan jamur

dengan metode konvensional, serologis dan automatic identification system.

Sarana yang dimiliki laboratorium Mikrobiologi, Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan

dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten terdiri dari ruang sterilisasi, ruang

pembuatan media, ruang inkubasi dan ruang pengujian. Fungsi dari ruangan

tersebut antara lain:

a. Ruang Sterilisasi: fungsi dari ruang sterilisasi adalah untuk melakukan

serangkaian proses sterilisasi baik bagi alat maupun bahan yang akan

digunakan dalam pengujian sampel.

b. Ruang Pembuatan Media: fungsi dari ruang pembuatan media adalah untuk

melakukan kegiatan dalam pembuatan media, mulai dari preparasi alat dan

bahan hingga penyimpanan media di lemari penyimpanan.

c. Ruang Inkubasi: fungsi dari ruang inkubasi adalah ruang yang berisi

inkubator yang digunakan untuk menyimpan isolat pada suhu ruang.

d. Ruang pengujian : fungsi dari ruang identifikasi adalah ruang yang digunakan

dalam serangkaian kegiatan identifikasi mulai dari subkultur dan pemurniaan

hingga pembacaan hasil identifikasi.

4.4.2 Prasarana Laboratorium Mikrobiologi LP2IL Serang, Banten

Laboratorium Mikrobiologi Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan

Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten memiliki prasarana yang mendukung tugas

pelaksanaan kegiatan identifikasi bakteri yang mempengaruhi hasil diagnosa

sampel bakteri yang diujikan. Prasarana yang ada di laboratorium Mikrobiologi

Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten

22 meliputi alat komunikasi, komputer, vitek 2 compact, printer, penyejuk ruangan,

dan lampu UV dengan fungsinya sebagai berikut:

a. Alat komunikasi: merupakan prasarana penunjang yang penting karena akan

menghubungkan satu sama lain dengan lebih cepat. Alat komunikasi yang

ada di laboratorium Mikrobiologi Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan

Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten berupa telephone sebanyak satu buah.

b. Komputer: fungsi sebagai peyimpan data dan pengelola data serta penyarian

informasi yang berkaitan dengan identikfikasi bakteri.

c. Vitek 2 Compact : sebagai alat untuk pendugaan/identifikasi bakteri secera

automatis (Automatic Identification System)

d. Printer: berfungsi sebagai alat pencetak dokumen-dokumen yang dibutuhkan

dalam proses identifikasi.

e. Penyejuk ruangan (AC): fungsi dari peyejuk ruagan adalah untuk

meyesuaikan suhu optimal sesuai kebutuhan laboratorium, jumlah alat

penyejuk ruangan sebanyak 4 buah.

f. Lampu UV: berfungsi dalam kegiatan mensterilisasikan seluruh ruangan yang

ada di laboratorium Mikrobiologi, kegiatan sterilisasi ruangan dilakukan setiap

hari selama kurang lebih 15-20 menit dimulai dari pukul 07.30 WIB.

4.5 Kegiatan Identifikasi Bakteri

4.5.1 Mekanisme Pengelolaan Sampel

Prosedur mekanisme pengelolaan sampel di Loka Pemeriksaan Penyakit

Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten, dimulai dari customer

menyerahkan sampel dan wajib mengisi formulir permohonan pemeriksaan

sampel (FPPS) yang diberikan oleh penata usaha lab (PUL), Kemudian penata

usaha lab (PUL) menerima sampel dan melakukan verifikasi permintaan

23 customer. Dilakukan penggantian identitas sampel dengan No/Kode Lab

(Gambar 3) pada sampel sesuai dengan urutan buku induk.

I / 91/ VIII / 16

Keterangan :

: Jenis sampel yang masuk

(I : Ikan, U : Udang, A : air,

L : Lain-lain)

: Kode Sampel

: Bulan sampel masuk

: Tahun sampel masuk

Gambar 3. Contoh Pemberian Kode Sampel

Selanjutnya manajer teknik (MT) akan membuat formulir STP (Surat

Tugas Pengujian) dan memarafnya. Surat tugas pengujian (STP) beserta sampel

diserahkan kepada penyelia lab dan penyelia akan melekukan verifikasi

kesusaian sampel dengan STP. Kemudian sampel yang telah disetujui

diserahkan pada analisis laboratorium beserta STP. Analis akan melakukan

pengujian dan mengisi work sheet analis dan mengisi laporan hasil uji sementara

(LHUS) dan ditandatangani/diparaf. Kemudian LHUS diserahkan kepada

penyelia untuk diverifikasi dan ditandatangani. LHUS yang telah disahkan

diberikan kepada penata usaha lab (PUL) untuk diubah menjadi laporan hasil uji

(LHU).

LHU beserta LHUS diserahkan ke manajer teknik (MT) untuk diverifikasi

dan diberikan ke penata usaha lab (PUL) untuk diserahkan ke customer serta

mengarsipkan LHU dan LHUS. Prosedur makanisme dapat disimpulkan dalam

Lampiran 3. Contoh Formulir Permohonan Pemeriksaan Sampel (FPPS), Surat

Tugas Pengujian (STP), work sheet, Laporan Hasil Uji Sementara (LHUS) dan

Laporan Hasil Uji (LHU) dapat dilihat pada Lampiran 4 sampai Lampiran 8.

v

24 4.5.2 Sterilisasi Alat dan Bahan

Alat dan bahan yang digunakan untuk pengujian dalam Laboratorium

Mikrobiologi harus dalam keadaan yang steril, dimana steril merupakan suatu

keadaan alat dan bahan yang terbebas dari pencemar dan agen pencemar,

sehingga diperlukan tahap sterilisasi sebagai tahap awal. Menurut Achmad et al.

(2011), sterilisasi adalah suatu cara untuk membebaskan suatu benda dari jasad

hidup, baik terkait dengan wadah atau alat yaang digunakan, media bagi jasad

mikro, spesimen (benda yang menjadi sumber diperolehnya jasad mikro yang

dikehendaki), maupun lingkungan/ruang kerja.

Pada kegiatan Praktek Kerja Magang (PKM) yang dilakukan pada Loka

Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten, tahapan

awal yang dilakukan dalam mengawali semua proses di Lab. Mikrobiologi adalah

sterilisasi. Kegiatan sterilisasi alat dan bahan yang dilakukan dibagi menjadi dua

tahap yaitu: sterilisasi pra kegiatan dan sterilisasi pasca kegiatan.

a. Sterilisasi pra kegiatan yaitu mensterilkan alat maupun bahan dengan

beberapa proses, meliputi :

- Perebusan menggunakan uap bertekanan tinggi (autoklaf) dengan suhu

121oC selama 15 menit.

- Pengeringan menggunakan oven dengan suhu 60 oC selama 24 jam.

- Setelah 24 jam alat di ambil dan disimpan pada rak-rak alat steril dan alat

siap untuk digunakan.

b. Sterilisasi pasca kegiatan yaitu sterilisasi yang dilakukan pada pada

peralatan yang telah digunakan, meliputi beberapa proses sebagai berikut :

- Pemisahan alat-alat dari bahan yang telah digunakan, misalnya cawan

petri yang berisi agar (media) maupun bakteri dibersihkan dengan

semacam pinset dan dimasukkan kedalam plastik tahan panas.

25

- Alat yang telah dipisahkan dari media maupun bakteri dimasukkan dalam

panci, serta untuk sisa media maupun bakteri dimasukkan dalam plastik

tahan panas rangkap tiga dan dimasukkan dalam panci beserta pinset dan

sarung tangan yang digunakan kemudian diberi desinfektan.

- Pemberian desinfektan secukupnya yang memiliki sifat anti bakteri.

- Penambahan air diberikan hingga mencapai sekitar 3cm dari batas atas

panci.

- Ditutup dan dimasukkan kedalam alat destruksi, selama 2 jam.

- Kemudian setelah selesai, alat dimasukkan dalam dish driyer selama 1

jam.

- Setelah kering, proses selanjutnya adalah pembungkusan dengan kertas

(untuk gelas tabung dan cawan petri), khusus untuk gelas tabung dilakukan

penutupan dengan menggunakan kapas. Setelah semua terbungkus rapih,

lalu dimasukan kedalam plastik anti panas dan berlanjut ke tahap sterilisasi

pra kegiatan begitu pula selanjutanya.

4.5.3 Preparasi Alat dan Bahan

Pada Praktek Kerja Magang (PKM) di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan

dan Lingkungan (LP2IL) Serang, preparasi alat dan bahan bertujuan untuk

mempermudah dalam melakukan identfikasi bakteri. Kegiatan preparasi alat

pada Laboratorium Mikrobiologi, LP2IL Serang ini berupa pemberian nomor atau

label pada alat yang akan digunakan (Gambar 4). Tujuan dari pemberian nomor

atau label ini agar tidak terjadi kesalahan atau kekeliruan pada kegiatan

identifikasi bakteri. Menurut Hardi et al. (2011) pemberian tanda pada setiap

tabung reaksi dilakukan untuk memudahkan pekerjaan.

26

Gambar 4. Pemberian tanda pada tabung reaksi

Rincian dari alat dan bahan yang digunakan dalam proses identifikasi

bakteri secara automatis menggunakan Vitek 2 Compact di LP2IL Serang,

Banten dapat dilihat pada Lampiran 9 dan 10. sedangkan intruksi pengoprasian

alat dalam identifikasi bakteri secara automatis dengan vitek 2 compact dapat

dilihat pada Lampiran 11.

4.5.4 Pembuatan Media Kultur

Pada Praktek Kerja Magang (PKM) di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan

dan Lingkungan (LP2IL) Serang, pembuatan media kultur berguna untuk

menumbuhkan bakteri pada suatu media tertentu. Pembuatan media ini

dilakukan dalam kondisi yang steril sehingga menimalisir kontaminasi pada

media. Menurut Sutarma (2000), media adalah suatu subtansi yang

komposisinya terdiri dari nutrisi tertentu yang diperlukan untuk menumbuhkan

dan mempelajari sifat-sifat bakteri.

Tahapan dalam pembuatan media kultur yaitu :

1. Mempersiapkan botol scoot (wadah untuk media)

2. Media ditimbang sesuai dengan kebutuhan

3. Dihomogenkan menggunakan aquades sesuai dengan ukuran

4. Media disterilisasi dengan autoklaf 121oc selama 15 menit.

27

5. Setelah selesai, media di dinginkan dengan dimasukkan kedalam water

bath agar tidak memadat. Jika memadat dapat dicairkan menggunakan

microwave selama 15 menit.

6. Media dituangkan pada tabung reaksi atau cawan petri.

7. Ditunggu 24 jam untuk mengetahui kontaminasi pada media

8. Diberi label dan dibungkus

9. Di inkubasi dalam showcase dengan suhu -100C.

Pada identifikasi bakteri dengan vitek 2 compact, media yang dibutuhkan

yaitu TSA (Tryptic Soy Agar) sebagai media tumbuh dan media untuk pemurnian

dan subkultur, media darah (Blood Agar) sebagai media pengkaya dan media

yang digunakan saat isolasi bakteri dan NB+Glyserol untuk media awetan

bakteri serta MR-VP (Methyl Red–Voges Prokaeur) yang dibutuhkan dalam

suplemental test (Tes untuk pemisahan). Untuk komposisi media dapat dilihat

pada Lampiran 13 dan perhitungan perbandingan media dan aquades dapat

dilihat pada Tabel 1.

Tabel 1. Perhitungan Media dengan Perbandingan Aquades

NO MEDIA JUMLAH

MEDIA (Gram) AQUADES

1 Triptic Soy Agar (TSA) 16 384 ml

2 Blood Agar 8 92 ml

3 NB+ gly 20,8 79,2 ml

4 MR-VP 1,7 48,3 ml

4.5.5 Persiapan Sampel

Pada Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang,

sampel dapat berupa isolat maupun organisme. Persiapan sampel dikakukan

ketika terdapat sampel masuk dan parameter yang di ujikan sesuai dengan

28 keinginan customer. Pada Praktek Kerja Magang (PKM) di Laboratorium

Mikrobiologi, LP2IL Serang, didapatkan sampel berupa organisme (ikan), udang,

isolat dan air. Akan tetapi yang dipergunakan dalam Praktek Kerja Magang

(PKM) untuk identifikasi bakteri berupa ikan.

Pada sampel yang masuk berupa organisme dapat dilakukan tahap-tahap

persiapan sampel dimulai dari penanganan sampel hingga subkultur bakteri.

a. Penangan Sampel

Dalam penangan sampel akurasi hasil pengujian sangat ditentukan oleh

cara pengambilan dan penanganan sampel yang benar. Sehingga harus

dikerjakan dengan teliti dan sesuai prosedur yang digunakan. Sampel yang

digunakan berasal dari ikan yang sakit, ikan yang masih hidup, ikan yang sekarat

atau ikan yang mati segar (sekurang-kurangnya dalam waktu 2 jam).

Tahap penanganan sampel dilakukan dengan cara:

1 Sampel yang datang, di lihat gejala klinisnya. Gejala klinis merupakan tanda-

tanda yang terdapat pada morfologis seperti terdapat perubahan fisik seperti

adanya lesi. Bila terdapat lesi dilakukan pembedahan/penyayatan disekitar

lesi untuk di isolasi dan didapatkan koloni murni.

2 Bila sampel yang datang tidak menunjukan gejala klinis, dilakukan

pembedahan / bedah bangkai pada ikan dan dilakukan pengamatan

abnormalitas pada organ, selanjutnya dilakukan isolasi pada organ target

yaitu pada ginjal, hati dan limfa yang dikerjakan secara aseptis.

Gejala klinis pada ikan yang sakit biasanya ditandai dengan adanya

pendarahan, luka pada tubuh, sirip yang gripis dan berenang abnormal. Menurut

Hardi et al. (2014), gejala klinis ikan nila yang terinfeksi sama dengan gejala

pada ikan lele yang diinjeksi dengan A. hydrophila yaitu adanya pendarahan

29 pada organ yang terinfeksi, sisik lepas, sirip gripis dan Luka/borok di tempat

infeksi.

b. Isolasi Bakteri

Isolasi bakteri dapat dilakukan terhadap organ target. Organ target yang

dimaksud adalah lesi tubuh, darah, cairan abnormal atau organ dalam (hati, limfa

dan ginjal) dimana dilakukan dalam kondisi aseptis. Isolasi bakteri berujuan untuk

menumbuhkan bakteri patogen dengan di isolasi pada umum TSA (Tryptic Soy

Agar) atau media lain yang sejenis. Menurut Kismiyati, et al. (2009), isolasi

bakteri bertujuan untuk mendapatkan bakteri yang menyerang pada sampel yang

diduga terinfeksi bakteri. Sumber isolasi pada ikan adalah semua bagian tubuh

yang mengalami kelainan patologi yang diduga disebabkan oleh penyakit

bakterial dari bagian tubuh eksternal maupun internal. Isolasi bakteri ini dilakukan

dengan menggunakan media agar yang bersifat umum, yaitu media Triptic Soy

Agar (TSA) atau Nutrient Agar (NA).

Tingkat keberhasilan isolasi akan lebih baik apabila menggunakan media

yang diperkaya, antara lain media agar darah, media serum atau media agar

coklat. Kelebihan penggunaan isolasi menggunakan media agar darah selain

sebagai media diperkaya, sekaligus dapat digunakan sebagai media untuk

diferensiasi berdasar sifat hemolisanya. Dimana pada Praktek Kerja Magang

(PKM) di Laboratorium Mikrobiologi LP2IL Serang, isolasi bakteri dilakukan

dengan media diperkaya yaitu media darah untuk menumbuhkan bakteri dapat

dilihat pada Gambar 5.

Tahap isolasi bakteri antara lain sebagai berikut.

1. Isolasi bakteri pada permukaan luar tubuh

Dilakukan pemeriksaan terhadap lesi pada permukaan tubuh

Seluruh permukaan tubuh didesinfeksi dengan iodine 2%

30

Apabila ditemukan lesi, pada bagian tersebut disterilkan dengan

menempelkan spatula panas pada bagian permukaan lesi.

Dilakukan penyayatan tepat pada bagian bawah lesi, kemudian penampang

sayatan bagian dalam di usapkan pada media.

Bagian media agar yang telah diusap dengan organ tubuh dilakukan

penggoresan kuadran sedemikian rupa sehingga mendapatkan koloni

tunggal.

2. Isolasi terhadap organ dalam tubuh

Isolasi pada bagian organ dalam tubuh dilakukan apabila ikan

menunjukan gejala infeksi yang sistemik atau apabila terdapat lesi (luka) pada

organ tersebut.

Dilakukan nekropsi dan dilanjutkan pengamatan terhadap organ target

Apabila terdapat lesi pada organ dalam, organ diambil dengan pinset.

Sedangkan apabila tidak ditemukan lesi, isolasi dilakukan terhadap ginjal.

Selanjutnya pada permukaan organ didesinfeksi dengan iodine 2%

dilanjutkan dengan sterilisasi bagian permukaan organ dengan cara

menempelkan spatula panas. Tepat dibawah permukaan organ yang

disterilisasi, organ di sayat dan kemudian pada bagian penampang sayatnya

diusapkan pada media umum. Isolasi dilakukan dengan ose steril dengan

menjaga prinsip-prinsip kerja steril.

Pada bagian media yang telah diusap dengan jaringan dilakukan

penggoresan secara kuadran pada media dengan tujuan mendapatkan

biakan bakteri dengan koloni tunggal.

Media diinkubasi selama 24 jam pada suhu 250C sampai dengan 300C.

Setelah itu dilakukan pengamatan karakteristik koloni bakteri secara

makrokopis diantaranya: bentuk, elevasi, dan tepian.

31

.

Gambar 5. Isolasi bakteri pada media darah

4.5.6 Pemurnian Isolat Bakteri

Pemurnian bakteri bertujuan untuk memperoleh dominasi bakteri yang

telah tumbuh dan untuk mendapatkan koloni tunggal. Menurut Huda et al. (2012),

pemurnian isolat bakteri bertujuan untuk memisahkan hasil inokulasi yang terdiri

dari banyak koloni yang berlainan jenis sehingga didapat koloni murni pada

setiap cawan petri.

Pada Praktek Kerja Magang (PKM) di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan

dan Lingkungan (LP2IL) Serang, tahapan yang dilakukan untuk pemurnian

bakteri yaitu menyiapkan isolat yang telah tumbuh. Koloni bakteri yang diambil

untuk dimurnikan adalah koloni yang dominan. kemudian disiapkan media

berupa TSA (Tryptic Soy Agar) dan Jarum ose. Proses pengerjaan dilakukan

pada BSC (Biosafety Cabinet) dengan prinsip aseptis. Kemudian dilakukan

pemurnian dengan memanaskan jarum ose bulat diatas bunsen dan dipilih koloni

tunggal yang akan diinokulasi pada media baru lalu dilakukan strike 4 kuadran

untuk mendapatkan koloni tunggal dan dominasi bakteri (Gambar 6). Setelah

dilakukan strike pada semua isolat disimpan pada inkubasi dengan suhu 30oC.

Apabila ditemukan beberapa koloni bakteri yang berbeda bentuk dilakukan

32 proses pemurnian, Pemurnian dilakukan dengan mengulang kembali metode

gores kuadran sampai didapatkan koloni tunggal dan murni.

Gambar 6. Pemurnian Bakteri pada media TSA

4.5.7 Pengawetan dan Subkultur Isolat Bakteri

Pengawetan bakteri dilakukan untuk memperpanjang daya simpan isolat

dengan dimasukkan pada freeze dan subkultur / peremajaan bakteri adalah

proses untuk memperoleh koloni bakteri baru yang telah dimurnikan sebelumnya,

selain itu juga dapat digunakan untuk mendapatkan isolat berumur 24-48 jam

agar meminimalisir error pada saat karakterisasi. Subkultur juga berguna untuk

membuat kultur stock dan kultur kerja. Menurut Wijayati et al. (2014)

berpendapat bahwa subkultur bertujuan agar bakteri memulai metabolisme

kembali setelah penyiapan.

Pada Praktek Kerja Magang (PKM) di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan

dan Lingkungan (LP2IL) Serang, subkultur dilakukan dengan menginokulasi

kembali menggunakan jarum ose bulat yang telah dipanaskan diatas bunsen dan

dilakukan strike pada media baru baik TSA miring maupun TSA plate kemudian

di inkubasi dapat dilihat pada Gambar 7. Menurut Anggraini et al. (2013),

Peremajaan bakteri dilakukan dengan memindahkan satu sampai empat ose

mikroba dari masing masing stok murni kedalam medium nutrien agar baru

33 didalam tabung reaksi dalam bentuk miring. Digoreskan pada medium nutrien

agar, kemudian diinkubasi pada suhu 35–37oC selama 24 jam.

Gambar 7. Subkultur bakteri pada TSA miring

Sedangkan, untuk pengawetan bakteri dilakukan dengan menginokulasi

pada media NB + Glyserol dan disimpan dalam deep freeze (Gambar 8).

Menurut Sugiawan (2000), pengawetan mikroba salah satunya dengan cara

pengering-bekuan (freeze drying). Teknik ini merupakan salah satu cara

pengawetan mikroba melalui proses sublimasi. Suspensi mikroba (bakteri,

khamir, atau kapang) dalam medium cair yang berfungsi pula sebagai medium

pelindung (cryoprotective medium) diisikan sebanyak 0,2 ml ke dalam ampul-

ampul stern yang sudah diberi kertas label di dalamnya, lalu dibekukan hingga

mencapai suhu -45 °C,

Gambar 8. Pengawetan bakteri

34 4.6 Pengujian Isolat Bakteri dengan Vitek 2 Compact

4.6.1 Alat dan Bahan

Pada proses identifikasi bakteri secara AIS (Automatic Identification

System) menggunakan Vitek 2 Compact diperlukan alat dan bahan untuk

menunjang proses identifikasi. Pada Praktek Kerja Magang (PKM) di Loka

Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, adapun alat yang

digunakan, antara lain : dispensette, mikropipet, densichek, vitek 2 cassete, vitek

2 compact, obyek glass. Sedangkan bahan yang digunakan meliputi : tabung

disposable, vitek card identification, larutan fisiologis, blue tip, tisue, media kultur,

isolat bakteri, KOH 3%.

4.6.2 Persiapan Isolat

Persiapan isolat digunakan untuk memilih isolat yang akan di uji dengan

Vitek 2 compact. isolat yang digunakan dalam identifikasi secara automatis

memiliki umur kultur yang berbeda-beda sesuai dengan card idetification

(Lampiran 12) dan yang telah murni.

Pada Praktek Kerja Magang (PKM) di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan

dan Lingkungan Serang, umur kultur isolat yang dipergunakan adalah 18-24 jam

dikarenakan bakteri tergolong jenis bakteri gram negatif sehingga menggunakan

GN card.

4.6.3 Pengamatan Morfologi Bakteri

Pengamatan morfologi bakteri yang dilakukan di laboratorium Mikrobiologi

Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten

meliputi pengamatan karakteristik koloni bakteri secara makrokopis dan

mikrokopis. Pengamatan secara makrokopis meliputi pengamatan warna, bentuk,

elevasi, opacity dan pinggiran. Sedangkan dalam pengamatan secara mikrokopis

dilakukan pewarnaan sederhana untuk mengetahui morfologi sel.

35

a. Morfologi Koloni Bakteri

Pengamatan koloni bakteri dilakukan di laboratorium Mikrobiologi Loka

Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten memiliki

tujuan untuk mengetahui karakteristik koloni bakteri secara makrokopis meliputi

warna, bentuk, margin, elevasi, opacity dan ukuran. Menurut Kismiyati et al.

(2009), pengamatan morfologi koloni bakteri dilakukan setelah mendapatkan

biakan murni. Pengamatan ini meliputi warna, bentuk, tepian koloni, elevasi atau

permukaan koloni dan struktur dalam koloni. Keterangan karakteristik ( dapat

dilihat pada Gambar 9). setiap koloni bakteri yang ada pada isolat murni memiliki

karakteristik yang berbeda-beda.

Gambar 9. Karakteristik Koloni Bakteri (Cappuccino dan Natalie 2005)

b. Morfologi Sel Bakteri

Pengamatan koloni bakteri secara mikrokopis untuk mengetahui bentuk

sel dari koloni bakteri. Dilakukan dengan cara pewarnaan sederhana dengan

mengunakan safranin, giemsa, metilen blue atau pewarna lainnya.

Pada Praktek Kerja Magang (PKM) di laboratorium Mikrobiologi, Loka

Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, kegiataan

36 pewarnaan yang dilakukan untuk mengidentifikasi morfologi sel bakteri,

menggunakan pewarna sederhana safranin. Dengan cara sebagai berikut:

a. Teteskan larutan fisiologis steril / aquades ke obyek glass sebanyak satu

tetes dengan menjaga prinsip-prinsip kerja aseptis.

b. Kemudian koloni bakteri diambil dengan menggunakan ose steril dan

diusapkan pada kaca benda yang berisi larutan fisologis.

c. Dihomogenkan dan diratakan dengan mengunakan ose steril.

d. Fiksasi di atas Bunsen hingga mengering.

e. Dilakukan pemberian warna sederhana, dengan menggunakan pewarna

safranin. Diteteskan pada seluruh permukaan dan diratakan.

f. Ditunggu selama 45 detik, dibilas dengan air mengalir dan dikering anginkan.

g. Setelah kering, diidentifikasi di bawah mikroskop dengan perbesaran 400x

dengan pemberian minyak imersi.

h. Didapatkan hasil (Gambar 10).

Gambar 10. Koloni Bakteri (Tanda Panah) secara Mikrokopis

Prinsip dari pewarnaan sederhana yaitu dengan memberi zat pewara baik

safranin, methylen blue, giemsa dll. Menurut Purwani et al. (2013), Obyek glass

disterilkan dan difiksasi. Diambil 1 tetes aquades steril dan diteteskan pada

obyek glass. Diambil 1-2 ose isolate mikrobia dan dicampurkan pada aquades di

37 obyek glass. Preparat dikeringkan dengan fiksasi, dengan melalukan pada lidah

api Bunsen. Preparat yang sudah kering diberi metylen blue dan dibiarkan 3

menit, setelah itu dicuci dengan air mengalir dan dikeringkan. Preparat diamati

dengan mikroskop dengan perbesaran 100 x 10.

4.6.4 Pengujian Gram

Proses pengujian Uji Gram berfungsi untuk mengetahui bakteri tersebut

adalah bakteri gram positif atau bakteri gram negatif. Pada Praktek Kerja

Magang (PKM) di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan Serang

(LP2IL) Serang, pengujian gram dilakukan dengan uji KOH 3% pada biakan

murni. Mekanisme pengujian gram yaitu dengan mencampurkan setetes 3%

KOH dengan biakan padat bakteri umur 24 – 48 jam di atas objek glass dan

diulang 2 kali untuk memastikan kebenarannya. Pengujian gram dilakukan

dengan menggunakan mikropipet dan dilakukan didalam BSC (Biosafety

Cabinet) dapat dilihat pada Gambar 11.

Menurut Huda et al. (2012), apabila suspensi berubah menjadi berlendir,

lengket dan terangkat seperti benang bersama jarum ose, berarti bakteri gram

negatif (-). Apabila suspensi tetap encer, tidak terangkat dengan jarum ose,

berarti bakteri Gram positif (+). Hasil uji gram dapat dilihat pada gambar

Gambar 11. Uji Gram dengan KOH 3%

38 4.6.5 Pemilihan Card

Pada pengujian identifikasi bakteri secara automatis dengan vitek 2

compact terdapat berbagai jenis card yang digunakan. Card yang digunakan

memiliki berbagai fungsi yang berbeda dan standar kekeruhan yang berbeda

untuk mengidentifikasi organisme sesuai spesifikasi dari jenis card, standar

kekeruhan menggunakan satuan McFarland yang dapat dilihat pada Lampiran 12

Oleh karena itu diperlukan pemilihan card agar tidak salah dalam

penggunaannya. Prinsip dari card identification ini memiliki media uji biokimiawi

yang telah di modifikasi sedemikian rupa sehingga dapat digunakan untuk

identifikasi secara automatis.

Adapun jenis card untuk pengujian sampel adalah sebagai berikut :

ANC (Anaerobic and Corynebacteria Identification Card)

ANC merupakan card yang digunakan untuk mengidentifikasi automatis

pada organisme anaerobic dan spesies Corynebacterium. Pengujian sebelum

digunakan card ini yaitu dengan menginkubasi secara anaerob (dengan

ditumbuhkan ke media umum dan ditambah parafin).

BCL (Bacillus identification Card)

BCL merupakan card yang digunakan untuk identifikasi organisme yang

bersifat aerobic endospore yaitu famili Bacillaceae. Pengujian sebelum

digunakan card ini yaitu dengan dilakukan uji gram, bentuk sel, morfologi koloni

pada media umum (TSA) serta pewarnaan spora.

CBC (Corynebacteria Identification Card)

CBC merupakan card yang digunakan untuk identifikasi bakteri coryneform

(genus Corynebacterium). Pengujian sebelum digunakan card ini yaitu dengan

menginkubasi secara anaerob (dengan ditumbuhkan ke media umum dan

ditambah parafin).

39

GN (Gram-Negative Identificatin Card)

GN digunakan untuk identifikasi bakteri yang memiliki sifat gram negatif

(memiliki dinding sel tipis). Pengujian sebelum digunakan card ini yaitu dengan

uji gram.

GP (Gram-Possitve Identification Card)

GP card digunakan untuk identifikasi bakteri secara automatis yang memiliki

sifat gram positif. Pengujian sebelum digunakan card ini yaitu dengan uji gram.

NH (Neisseria-Haemophilus Identification Card)

NH merupakan card yang digunakan untuk identifikasi bakteri dengan sistem

automatis fastidious organisms (Bakteri yang susah tumbuh). Pengujian sebelum

digunakan card ini yaitu dengan menumbuhkan ke dalam media spesifik.

YST (Yeast Identification Card)

YST merupakan card yang digunakan untuk identifikasi jamur. Pengujian

sebelum digunakan card ini yaitu dengan menumbuhkan ke media PDA

(Potatoes Dextrose Agar) untuk identifikasi Jamur.

Pada Praktek Kerja Magang (PKM) di Laboratoirum Mikrobiologi, Loka

Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten. Card

identification yang digunakan dalam proses identifikasi adalah GN (Gram-

Negative Identification Card) (Gambar 12), karena bakteri yang diuji tergolong

dalam gram negatif.

Gambar 12. GN card identification

40 4.6.6 Mekanisme Pengujian dengan Vitek 2 Compact

Pada pengujian dengan Vitek 2 Compact di Laboratorium Mikrobiologi,

Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, tahapan yang

dilakukan sebagi berikut :

1. Gunakan isolate bakteri yang muda dan koloni murni.

2. Siapkan masing-masing 3 tabung untuk setiap isolate.

3. Tabung 1 dan 2 diisi dengan 3 ml larutan fisiologis dan tabung ke 3 dibiarkan

kosong kemudian disusun pada cassete.

Keterangan : Tabung 1 digunakan untuk pengujian, tabung 2 digunakan

untuk menambahkan sahline, tabung 3 digunakan untuk pembuangan.

4. Ambil koloni bakteri, buat suspensi pada sahline dan dihomogenisasi.

5. Untuk kekeruhan inokulum dapat dilakukan menggunakan alat Densicheck

dengan cara:

- Tabung inokulum yang akan diukur dibersihkan terlebih dahulu pada

bagian luarnya dengan tisu.

- Masukkan tabung ke lubang pengukuran pada densicheck, putar 360º

selama 2 detik.

- Angka hasil pengukuran akan muncul dalam satuan McFarland dapat

dilihat pada Lampiran 12.

6. Jika kekeruhan kurang maka tambahkan koloni bakteri.

7. Jika kekeruhan berlebih, maka ambil sejumlah volume inokulum dan

diencerkan dengan menambahkan sahline pada tabung 2 dan bila volume

pada tabung berlebih dapat dibuang ke tabung 3.

8. Letakkan card Vitek 2, sesuai dengan urutan untuk identifikasi.

9. Masukkan card Vitek kedalam alat dan ditunggu sampai hasil keluar.

Untuk instruksi penggunaan alat dapat dilihat pada Lampiran 10.

41 4.6.7 Pembacaan Hasil

Pada pengujian sampel dengan vitek 2 compact, setelah sampel

dimasukkan dalam alat, sampel akan dianalisis secara automatis dengan well

seperti uji biokimiawi yang telah dimodifikasi dan dimasukkan dalam card

identification. Well pada GN Card dapat dilihat pada Lampiran 14. Hasil yang

telah dianalisis berupa lembar print hasil identifikasi (dapat dilihat pada Lampiran

15, dimana memiliki keterangan sebagai berikut :

- Tipe card, number cassete, status, tanggal pengujian.

- Organisme yang berhasil di identfikasi.

- Prosentase kebenaran (Probability).

- Analysis organism dan Test to separate (Tes pemisahan untuk

menentukan spesies dengan uji tambahan Suplementas test).

- Biochemical details.

Hasil yang diperoleh dalam identifikasi dengan Vitek 2 compact

dinyatakan dalam prosentase untuk kebenaran organisme yang berhasil di

identifikasi. Untuk prosentase dalam hasil analisis dengan vitek 2 compact dapat

dilihat pada Tabel 2.

Tabel 2. Keterangan Hasil Identifikasi

Confidence level Choice % Probability

Excellent 1 96 to 99

Very Good 1 93 to 95

Good 1 89 to 92

Acceptable 1 85 to 88

Low discrimination 2 to 3

Inconclusive >3 n/a

Unidentified Organism 0 n/a

42

Pada vitek 2 compact, hasil yang diperoleh berasal dari kemiripan bakteri

yang diuji dengan database pada alat. Dimana terdapat limit keberterimaan yaitu

jika %probaility > 85% maka hasil tersebut masih dapat diterima. Jika , < 85%

maka bakteri yang teridentifikasi masih meragukan dan harus diulang kembali

dalam pemurnian.

Seringkali dalam lembar hasil identifikasi muncul dua organisme yang

teridentifikasi (Gambar 13). Dengan demikian harus dilakukan pemisahan (Test

to Separate) yaitu dengan melakukan suplemental test untuk memisahkan

bakteri yang teridentifikasi sehingga dapat diketahui spesies dari bakteri tersebut.

Gambar 13. Lembar hasil identifikasi

Praktek Kerja Magang (PKM) di Laboratorium Mikrobiologi, Pemeriksaan

Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten, didapatkan hasil seperti

Gambar 13. Untuk itu perlu dilakukan pemisahan yaitu dengan suplemental test

melalui uji VP (Voges Prokaeur).

Uji VP (Voges Prokaeur) bertujuan untuk mendeteksi kemampuan bakteri

dalam menghasilkan asetoin dan/atau diasetil pada media. Prosedur pengujian

uji VP yaitu dilakukan inokulasi bakteri dan dihomogenkan pada media MR-VP

dan dinkubasi selama 24 jam dengan suhu 30oC. Setelah 24jam, ditambahkan

43 reagen VP-1 dengan volume ½ dari volume suspensi bakteri yang digunakan,

dan kemudian ditambahkan reagen VP-2 dengan volume ½ dari volume reagen

VP-1 yang ditambahkan, kemudian dihomogenkan dan ditunggu hingga

beberapa menit sampai terjadi reaksi.

Untuk hasil uji VP (Voges Prokaeur), jika terjadi perubahan warna pada

media menjadi warna merah dinyatakan positif (+) dan jika tidak terjadi

perubahan warna pada media dinyatakan negatif (-) (Gambar 14).

Gambar 14. Hasil Uji- VP

Ketika uji-VP selesai dilakukan untuk tes pemisahan maka dilihat kembali

lembar hasil analisa (Gambar 13), jika mendapatkan hasil positif (+) maka bakteri

tersebut termasuk dalam A.hydrophilla dan jika uji-VPnya mendapatkan hasil

negatif (-) maka bakteri tersebut termasuk dalam A.caviae. Ketika VP (+) dapat

dinyatakan bahwa bakteri tersebut dapat memproduksi asetoin dari fermentasi

glukosa sehingga dapat merubah warna media menjadi merah dan ketika VP (-)

berarti sebaliknya.

4.6.8 Bakteri yang Teridentifikasi

Pada identifikasi bakteri didapatkan hasil bahwa bakteri dapat

digolongkan menurut gramnya (lapisan peptidoglikan) yaitu gram negatif dan

gram positif. Menurut Benson (2001), bakteri yang tergolong dalam gram positif

berasal dari kelompok Bacillus, Clostridium, Sporolactobacillus, Mycobacterium,

44 Lactobacillus, Listeria, Kurthia, Corynebacterium, Propionibacterium,

Arthrobacter, Sporosarcina, Micrococcus, Planococcus, Staphylococcus dan

Streptococcus. Sedangkan untuk gram negatif berasal dari kelompok

Pseudomonas, Aeromonas, Alcaligenes, Halobacterium, Flavobacterium,

Shigella, Klbesiella, Neisseria, Veillonella, Escherichia, Enterobacter, Citrobacter,

Erwinia, Proteus, Providencia, Morganella, Salmonella.

Pada Praktek Kerja Magang (PKM) di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan

dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten didapatkan hasil berdasar analisis dari

Vitek 2 Compact, antara lain :

a) Aeromonas hydrophila

Bakteri A. hydrophila ditemukan pada organ target yaitu hati. Setelah

dilakukan inokulasi pada media TSA dan di identfikasi dengan vitek 2 compact,

menunjukan bahwa 98% terdapat bakteri A. hydrophila dapat dilihat pada

Gambar 15.

Gambar 15. Hasil identifikasi bakteri A.hydropila

Hasil dari pengamatan morfologi dengan pewarnaan menunjukkan bahwa

bakteri A. hydrophila memiliki bentuk batang (Gambar 16). Bakteri A. hydrophila

merupakan bakteri patogen dimana dapat menyerang ikan dan dapat

menyebabkan kematian masal. Menurut Haryani et al. (2012), bakteri Aeromonas

hydrophila adalah jenis bakteri yang bersifat pathogen dan dapat menyebabkan

45 penyakit sistemik serta mengakibatkan kematian secara masal. Penularan

bakteri Aeromonas hydrophila sangat cepat melalui perantara air, kontak bagian

tubuh ikan, atau peralatan budidaya yang tercemar/terkontaminasi bakteri.

Bakteri ini bersifat patogen, menyebar secara cepat pada padat penebaran yang

tinggi dan dapat mengakibatkan kematian benih sampai 100%.

Gambar 16. Bakteri A.hydrophila

b) Aeromonas caviae

Bakteri A. caviae ditemukan pada organ target yaitu terletak pada ginjal. .

Setelah dilakukan inokulasi pada media TSA dan di identfikasi dengan vitek 2

compact, menunjukan bahwa 98% terdapat bakteri A. caviae. Hasil dari vitek 2

compact dapat dilihat pada Gambar 17.

Gambar 17. Hasil identifikasi bakteri A.caviae

46

Hasil dari pengamatan morfologi dengan pewarnaan menunjukkan bahwa

bakteri A. caviae memiliki bentuk batang (Gambar 18). Bakteri A. caviae

biasanya menyerang pada ikan air tawar yaitu pada lele, dimana bakteri tersebut

dapat menimbulkan luka dan pendarahan bagian tubuh luar maupun oragn

dalam. Menurut Kurniawan et al. (2014), gejala klinis ikan lele yang diinfeksi

bakteri A. caviae menunjukkan adanya luka kemerahan pada tubuh, sungut, sirip

dan ekor, serta geripis pada sirip punggung, sirip dada, dan sirip perut.

Sedangkan menurut Kabata (1985) dalam Kurniawan et al. (2014), warna tubuh

menjadi gelap, timbul pendarahan yang selanjutnya akan menjadi borok

(hemorrhagic) diikuti oleh luka-luka borok dan borok pada kulit yang dapat

meluas ke jaringan otot, hemoragi insang, rongga mulut, sirip, dan sisik.

Kemampuan berenang menurun dan sering di atas permukaan air karena

insangnya rusak sehingga sulit bernafas, terjadi pendarahan pada organ bagian

dalam seperti hati, ginjal maupun limpa.

Gambar 18. Bakteri A. caviae

c) Aeromonas veronii

Bakteri A. veronii ditemukan pada organ target yaitu terletak pada darah

koloni bening. Setelah dilakukan inokulasi pada media TSA dan di identfikasi

47 dengan vitek 2 compact, menunjukan bahwa 96% terdapat bakteri A. caviae.

Hasil dari vitek 2 compact dapat dilihat pada Gambar 19.

Gambar 19. Hasil identifikasi bakteri A.veronii

Hasil dari pengamatan morfologi dengan pewarnaan menunjukkan bahwa

bakteri A. veronii memiliki bentuk batang (Gambar 20). Menurut Roberts et al.

(2006), Bakteri A. veronii merupakan salah satu spesies dari aeromonas yang

tergolong dalam bakteri gram-negatif, heterofermentatif. A.veronii menginfeksi

pada luka yang berakibat pendarahan, organ pencernaan, saluran empedu,

septic arthritis atau septicemia. A.veronii merupakan bakteri yang langka.

Gambar 20. Bakteri A. Veronii

48

d. Aeromonas sobria

Bakteri A. sobria ditemukan pada organ target yaitu terletak pada darah

koloni putih kuning. Setelah dilakukan inokulasi pada media TSA dan di

identfikasi dengan vitek 2 compact, menunjukan bahwa 96% terdapat bakteri A.

sobria. Hasil dari vitek 2 compact dapat dilihat pada Gambar 21.

Gambar 21. Hasil identifikasi bakteri A.sobria

Hasil dari pengamatan morfologi dengan pewarnaan menunjukkan bahwa

bakteri A. veronii memiliki bentuk batang (Gambar 22). Menurut Austin (2012),

A.sobria merupakan bakteri yang menyebabkan penyakit internal dan eksternal.

Infeksi A.sobria ditandai dengan berenang tidak normal, terdapat haemorrhages

(pendarahan) dan terdapat luka pada kulit. A.sobria merupakan spesies dari

Aeromonas spp. yang menyerang ikan air tawar dan infeksinya juga terdapat

pada hati, ginjal dan limfa.

Gambar 22. Bakteri A. sobria

49

5. KESIMPULAN DAN SARAN

5.1 Kesimpulan

Berdasarkan hasil Praktek Kerja Magang (PKM) mengenai identifikasi

bakteri Vibrio sp. pada sampel didapatkan kesimpulan sebagai berikut:

• Teknik yang digunakan untuk identifikasi bakteri yaitu menggunakan

Automatic Identification System yaitu dengan alat Vitek 2 compact

• Automatic Identification System (Vitek 2 compact) memiliki kelebihan

yaitu identifikasi secara cepat dibandingkan dengan metode konvensional

(uji biokimiawi).

• Bakteri yang diperoleh dari serangkaian teknik identifikasi dengan metode

Automatic Identification System pada sampel adalah A. hydrophila,

A.sobria, A. caviae dan A. veronii

5.2 Saran

Sebaiknya perlu dikembangkan lagi dengan menambah database dalam

pengujian dengan metode identifikasi secara automatis menggunakan vitek 2

compact sehingga banyak organisme yang dapat identifikasi.

50

DAFTAR PUSTAKA

Adam, S. 1992. Dasar-Dasar Mikrobiologi dan Parasitologi untuk Perawat. EGC.

Jakarta. 115 hlm. Ahmad, Mugiono, T. Arlianti dan C.Azmi. 2011. Panduan Lengkap Jamur.

Penebar Swadaya. Jakarta. 252 hlm. Afrianto, E., E. Liviawaty, Z. Jamaris, dan Hendi. 2015. Penyakit Ikan. Penebar

Swadaya. Jakarta. 220 hlm. Amri, K dan Khairuman. 2008. Buku Pintar Budi Daya 15 Ikan Konsumsi.

AgroMedia Pustaka. Jakarta. 358 hlm. Anggraini, D., N. Rahmawati dan S. Hafsah. 2013. Formulasi gel antijerawat dari

ekstrak etil asetat gambir. Jurnal Penelitian Farmasi Indonesia. 1(2), : 62-66.

Austin, B. 2012. Bacterial Fish Pathogen. Springer science. New York. 143 p. Benson. 2001. Microbiological Applications Lab Manual, Eighth Edition. The

McGraw−Hill Companies. 478 p. Cappucino, James G dan Natalie Sherman. 2005. Microbiology : A Laboratory

Manual International Edition 7th ed. San Francisco : Pearson Education Inc., publishing as Benjamin Cummings. 528 p.

Danim, S. 2003. Riset keperawatan: Sejarah dan Metodologi. EGC. Jakarta. 297

hlm. Djaelani, A.R. 2013. Teknik pengumpulan data dalam penelitian kualitatif.

Majalah Ilmiah Pawiyatan. 20 (1) : 82-92. Hardi, E.H., Sukenda, E.Haris dan A.M.Lusiastuti. 2011. Toksisitas produk

ekstrasellular (ECP) Streptococcus agalactiae pada Ikan Nila (Oreochromis niloticus). Jurnal Natur Indonesia. 13 (3): 187-199

., C. A. Pebrianto, T. Hidayanti dan R.T. Handayani. 2014. Infeksi

Aeromonas hydrophila melalui jalur yang berbeda pada ikan Nila (Oreochromis niloticus) di Loa Kulu Kutai Kartanegara Kalimantan Timur. Jurnal kedokteran hewan. 8 (2) : 130-133.

Haryani, A., R. Grandiosa, I.D. Buwono dan A. Santika. 2012. Uji efektivitas daun

pepaya (Carica papaya) untuk pengobatan infeksi bakteri Aeromonas hydrophila pada ikan Mas koki (Carassius auratus). Jurnal Perikanan dan Kelautan. 3 (3) : 213-220.

Huda, C., Salni dan Melki. 2012. Penapisan aktivitas antibakteri dari bakteri yang

berasosiasi dengan karang lunak Sarcophyton sp. Maspari journal. 4 (1) : 69-76.

51 Istijanto. 2005. Riset Sumber Daya Manusia. PT Gramedia Pustaka Utama.

Jakarta. 283 hlm. Kismiyati, S.Subekti, R. W. N. Yusuf dan R. Kusdarwati. 2009. Isolasi dan

identifikasi bakteri gram negatif pada luka ikan Maskoki (Carassius auratus) akibat infestasi ektoparasit Argulus sp. Jurnal Ilmiah Perikanan dan Kelautan 1 (2) : 129-134.

Kurniawan, A., Sarjito dan S.B. Prayitno. 2014. Pengaruh pemberian ekstrak

daun binahong (Anredera cordifolia) pada pakan terhadap kelulushidupan dan profil darah Lele Dumbo (Clarias gariepinus) yang diinfeksi Aeromonas caviae. Journal of Aquaculture Management and Technology. 3 (3) : 76-85.

Mahyuddin, K. 2010. Panduan Lengkap Agribisnis Patin. Penebar Swadaya.

Jakarta. 212 hlm. Nadeak, A. 2009. Kawasan basis sektor perikanan dan kelautan. Jurnal

Perencanaan & Pengembangan Wilayah. 4 (3) : 102-110. Pakpahan, H.T, R. W. E. Lumintang, dan D. Susanto. 2006. Hubungan Motivasi

Kerja Dengan Perilaku Nelayan Pada Usaha Perikanan Tangkap. Jurnal Penyuluhan. 2 (1) : 26-34.

Purwani, E., E. Retnaningtyas dan D. Widowati.2013. Pengembangan model

pengawet alami dari ekstrak lengkuas (Languas galanga), kunyit (Curcuma domestica) dan jahe (Zingiber officinale) sebagai pengganti formalin pada daging segar. Seminar Nasional IX Pendidikan Biologi FKIP UNS : 629 – 634.

Puspitasari, F.D., M. Shovitri dan N. D. Kuswytasari. 2012. Isolasi dan

karakterisasi bakteri aerob proteolitik dari tangki septik. Jurnal Sains dan Seni ITS. 1 (1) : 1-4.

Ratnawati, A., U. Purwaningsih dan Kurniasih. 2013. Histopatologis dugaan

Edwardsiella tarda sebagai penyebab kematian ikan Maskoki (Crassius auratus): postulat koch. Jurnal Sain Veteriner. 31 (1) : 55-65.

Roberts, M. T. M., D.A. Enoch, K. A. Harris dan J. A. Karas. 2006. Aeromonas

veronii biovar sobria bacteraemia with septic arthritis confirmed by 16S rDNA PCR in an immunocompetent adult. Journal of Medical Microbiology. 55 :241–243.

Said, A. 2007. Budidaya Ikan Kakap. JP Books. Jakarta. 60 hlm. Santosa, P.B dan M. Hamdani. 2007. Statistika Deskriptif dalam Bidang Ekonomi

dan Niaga. Erlangga. Jakarta. 300 hlm. Saparinto, C. 2009. Budi Daya Ikan di Kolam Terpal. Penebar Swadaya. Jakarta.

100 hlm.

52 Saraswati, D.A dan Setiawardhana. 2011. Sistem pendeteksian bakteri dengan

histogram citra biner. Jurnal matematika dan ilmu pengathuan alam. 14 (2) : 12-18.

Sitanggang, M. 2008. Mengatasi Penyakit & Hama pada Ikan Hias. AgroMedia

Pustaka. Jakarta. 53 hlm. Sugiawan, W. 2000. Teknik pengawetan bakteri, khamir dan kapang dengan

metode pengering-bekuan (freeze drying). Temu teknis fungsional non peneliti : 29-39.

Supriyadi, H. 2004. Membuat Ikan Hias Tampil Sehat & Prima. PT AgroMedia

Pustaka. Jakarta. 70 hlm. Susanto, H. 2014. Budidaya 25 Ikan di Pekarangan. Penebar Swadaya. Jakarta. Susilowati, B.E dan B.E.Purnama. 2011. Analisis dan perancangan sistem

informasi pasien Rumah Sakit Umum Nirmala Suri Sukoharjo. Journal Speed – Sentra Penelitian Enginering dan Edukasi. 3 (4) : 10-17.

Sutarma. 2000. Kultur media bakteri temu teknis fungsional non peneliti. 52-57. Thomas, K. W. L., P.C.Tam, Z. K. Liu and A.F.B.Cheng. 2001. Evaluation of

VITEK 2 Rapid identification and susceptibility testing system against gram-negative clinical isolates. Journal of clinical microbiology. 39 (8) : 2964-2966.

Tranggono, I.R dan F. Latifah. 2007. Buku Pegangan Ilmu Pengetahauan

Kosmetik. PT Gramedia Pustaka Utama. Jakarta. 223 hlm. Wallet, F., C. Louiz, E. Renaux, N. Lemaitre and R.J. Courcol. 2005.

Performances of VITEK 2 colorimetric cards for Identification of gram-positive and gram-negative bacteria. Journal of clinical microbiology. 43 (9) : 4402-4406.

Wibisono, D. 2003. Riset Bisnis Panduan bagi Praktisi dan Akademisi. PT.

Gramedia Pustaka. Jakarta. 310 hlm. Wijayati, N., C. Astutiningsih dan S. Mulyati. 2014. Transformasi α-Pinena

dengan bakteri Pseudomonas aeruginosa ATCC 25923. Journal of Biology & Biology Education. 6 (1) : 24-28.

Yusuf, R. W. N. 2009. Isolasi dan Identifikasi bakteri gram negatif pada luka ikan

Maskoki (Carassius Auratus) akibat infestasi ektoparasit Argulus Sp. (Skripsi). Universitas Airlangga: Surabaya. (tidak dipublikasikan). 81 hlm.

53

LAMPIRAN

Lampiran 1. Peta Lokasi LP2IL Serang, Banten

54 Lampiran 2. Data Pegawai LP2IL Serang, Banten

No. Nama Jabatan

1 Yayan Sofyan, A.Pi, M.P Kepala Loka

2 drh. Muhammad Aziz Hakim Ka. Ur. Tata Usaha

3 Cahyadi, A.Pi Kepala SubSeksi Pelayanan Operasional

4 Suherman, S.Si Kepala SubSeksi Metode Pemeriksaan

5 Bambang Widyo Prastowo, S.Pi, M.Si Perekayasa Muda

6 Manja Meyky Bond, S.Pi, M.Si Perekayasa Muda

7 Wiwin Wiyani, A.Pi PHPI Pertama

8 Betutu Senggagau, S.Pi, M.Si Perekayasa Muda

9 drh. Joko Suwiryono Pranata Laboratorium

10 Nefa Yulia, S.T PHPI Pertama

11 Indriasih, S.Si PHPI Pertama

12 Swastika Dita Soraya, S.Pi Pranata Laboratorium

13 Tanjung Penataseputro, S.KH Perekayasa Pertama

14 Ellis Mursitorini, S.Pi PHPI Pertama

15 Dwi Rahwanto, S.Pi PHPI Pertama

16 Niezha Eka Putri, S.Si PHPI Pertama

17 Suzana Meidwi Ratriningrum, S.T Pranata Laboratorium

18 Yan Evan, S.Pi PHPI Pertama

19 Didik Santoso, S.Pi PHPI Pertama

20 Dinarti, S.Si PHPI Pertama

55 Lampiran 2 (lanjutan)

No. Nama Jabatan

21 Rd. Kusyadi, S.St.Pi Pranata Laboratorium

22 Ronny Irawan Wibisana, S.T Pranata Komputer

23 Isnawati, A.Md.Pi Pengadm. Keuangan

24 Nur Alim A Analis Kepegawaian

25 Reynaldo Pengelola Laboratorium

26 Iman Suseno, A.Md Bendahara Pengeluaran

27 Sukmawati, A.Md Arsiparis Pelaksana

28 Nana Heryana Pengelola Laboratorium

29 Subhan Teknisi Litkayasa Pertama

30 Robani Pengelola Laboratorium

31 Taufik Penata Usaha RTP

32 Muktari Pengelola Laboratorium

33 Jamingun Pengelola Laboratorium

34 Sodirin Teknisi Jaringan instalasi

35 Faturrohman Pengelola Laboratorium

36 drh. Ratna Amalia Kurniasih PHPI Ahli Pratama

37 Ezra Yuni Tyastutiningsih, S. Farm Pengelola Laboratorium

38 Agus Firmansyah, S.E Penyiap Bahan

39 Silvian Rusminar, A.md Pengelola Laboratorium

40 Sofian Ansori, S.Si PHPI Ahli Pratama

41 Indra Pratama, A.Md Teknisi Peralatan dan Instalasi

56 Lampiran 3. Skema Mekanisme Pengelolaan Sampel

57 Lampiran 4. Formulir Permintaan Pengujian Sampel (FPPS)

58 Lampiran 5. Surat Tugas Pengujian (STP)

59 Lampiran 6. Work sheet

60 Lampiran 7. Lembar Hasil Uji Sementara (LHUS)

61 Lampiran 8. Lembar Hasil Uji (LHU)

62 Lampiran 9. Alat yang digunakan dalam identifikasi bakteri

Bunsen

Nampan

BSC

Obyek glass

Sectio set

Beaker glass

Sprayer

Cawan Petri

Mikropipet

Timbangan digital

Autoklaf

Waterbath

63 Lampiran 9 (Lanjutan)

Laminary Air Flow

Gelas Ukur

Hot Plate

Show case

Tabung reaksi

Jarum Ose

Inkubator

Mikroskop

Desikator

64 Lampiran 9 (Lanjutan)

Pipet tetes

Oven

Vitek 2 compact

Cassete

Densycheck

Dispensette

Card identification

Botol scoot

Kulkas

65 Lampiran 10. Bahan yang digunakan dalam identifikasi bakteri

Ikan sampel

Spuit

Iodine

Blood agar

TSA

Aquadest

Tisu

KOH 3%

Larutan Pewarna

Tisu lensa

Reagen VP

Minyak emersi

66 Lampiran 11. Instruksi Pengoprasian Kerja Alat

a. Prosedur Pengoprasian Analitical Balance

Hubungkan kabel POWER ke stop contact.

Untuk mengaktifkan, tekan tombol POWER pada posisi ON.

Diamkan sebentar sampai display angka pada monitor

menunjukan angka nol.

Timbang wadah / alas yang akan digunakan (catat beratnya).

Masukan bahan yang akan ditimbang sesuai dengan kebutuhan

dengan cara menambahkan berat wadah dengan berat bahan.

Atau tekan tombol ZERO setelah menimbang wadah / alas yang

akan digunakan (untuk mengembalikan pada angka nol),

kemudian masukkan bahan yang akan ditimbang sesuai dengan

yang diinginkan.

Setelah selesai penggunaan, tekan kembali tombol pada posisi

OFF dan lepaskan kabel.

b. Prosedur Pengoprasian Waterbath

Hubungkan kabel power ke sumber listrik.

Cek / isi akuades sampai pada batas yang tertera di dalam mesin.

Tekan tombol ON/OFF

Atur suhu, dengan cara menekan tombol kecil / select dan

memutar tombol besar hingga angka yang diinginkan.

Tunggu hingga beberapa menit sampai suhu yang diinginkan.

Masukkan botol yang berisi sampel dalam posisi separuh

mengapung.

Tutup kembali mesin.

Setelah selesai ambil sampel.

67 Lampiran 11 (lanjutan)

Matikan dengan menekan tombol OFF.

Cabut kabel power dengan hati-hati.

c. Prosedur Pengoprasian Hot plate

Hubungkan kabel power supply ke sumber listrik.

Tekan tombol ON pada sisi kiri untuk menyalakan alat.

Masukan magnetic stirrer bar ke dalam Erlenmeyer/botol berisi

yang akan dipanaskan dan letakkan tepat ditengah plate.

Atur suhu dengan memutar knop suhu kecepatan (RPM).

Setelah selesai, putar kembali knop kecepatan dan suhu ke posisi

minimal.

Tekan tombol OFF pada sisi kiri untuk mematikan alat

Cabut kabel power dengan hati-hati.

d. Prosedur Pengoprasian Autoklaf

Hubungkan kabel power supply sumber listrik.

Tekan tombol ON pada bagian sisi kanan untuk meyalakan alat.

Buka bagian depan autoklaf, isi botol exhaust dengan air sampai

batas Iow Level Water.

Buka penutup autoklaf dengan cara memutar tuas pada bagian

atas berlawanan arah jarum jam.

Angkat keranjang bagian dalam, kemudian isi autoklaf dengan

aquades sampai sensor terendam.

Masukkan peralatan dan bahan yang akan distrilisasi ke dalam

keranjang dan letakkan keranjang di dalam autoklaf. Tutup

kembali penutup autoklaf, dan kunci penutup dengan cara

memutar tuas searah jarum jam.

68 Lampiran 11 (lanjutan)

Tekan tombol MODE pada panel untuk memilih mode autoklaf

(mode sterilisasi, sterilisasi-penghangat atau pemanas).

Atur suhu autoklaf dengan menekan tombol tanda panah atas

atau panah bawah pada sisi kiri panel.

Tekan tombol START untuk memulai sterilisasi.

Setelah selesai, ambil peralatan dan bahan dengan cara yang

sama seperti saat memasukan peralatan dan bahan.

Keringkan peralatan yang telah steril dalam oven 600C.

Tekan tombol OFF pada bagian sisi kanan alat untuk memetikan

inkubator.

Cabut kabel power dengan hati-hati.

e. Prosedur Pengoprasian Horizontal Laminar Flow Cabinets-Streamline

Hubungkan kabel power dengan horizontal laminar flow cabinets-

streamline.

Buka penutup kaca bagian depan alat, kemudian kipas dihidupkan

dan dibiarkan selama 3 menit sebelum bekerja. Lampu dihidupkan

pada strip 1 (lampu putih).

Bersihkan alas dengan alkohol 70%. Hindari penggunaan

desinfektan yang mengandung chlorine.

Siapkan bahan yang akan digunakan dan letakkan didalam alat.

Minimalisir aktifitas dalam ruangan.

Setelah selesai rapikan semua alat dan bahan, kemudian

bersihkan alas laminar dengan alkohol 70%.

Matikan lampu, kipas dan tutup kembali alat dengan penutup kaca

secara hati-hati, kemudian nyalakan lampu UV dengan hati-hati.

69 Lampiran 11 (lanjutan)

Matikan lampu UV dengan hati-hati.

Kabel penghubung dapat dilepaskan dari power.

f. Prosedur Pengoprasian BioSafety Cabinet (BSC)

Hubungkan kabel power untuk meyalakan cabinet.

Tekan tombol ON/OFF untuk menyalakan cabinet.

Tekan tombol FAN untuk mengaktifkan kipas, untuk

menonaktifkan kipas, tekan kembali tombol FAN.

Tekan tombol FL LAMP jika membutuhkan lampu penerangan,

untuk menonaktifkan, tekan kembali tombol FL LAMP.

Tekan tombol UV LAMP untuk melakukan sterilisasi, sebelum

mengaktifkan UV LAMP, setting terlebih dahulu lamanya UV lamp

bekerja dengan cara:

a. Tekan tombol MODE

b. Atur waktu yang diinginkan dengan menggunakan tombol >>

dan ^.

Lampu UV akan nonaktif secara otomatis ketika timernya telah

habis.

Setelah selesai penggunaan, tekan kembali tombol ON/OFF dan

lepaskan kabel power.

g. Prosedur Pengoprasian Vitek 2 Compact

1. Cara Memulai Sistem

- Hidupkan PC (Power Conditioner) dan Hidupkan UPS

- Tekan power switch ON yang terletak dibagian samping alat

- Hidupkan CPU dan Monitor

- Alat akan melakukan inisialisasi ± 15 menit

70 Lampiran 11 (lanjutan)

- Pada komputer untuk masuk ke windows masukkan user name

dan pasword

- Setelah terbuka, untuk masuk ke menu aplikasi Vitek 2 Compact ,

klik dua kali pada gambar/icon Vitek 2 Systems dan masukkan

user name dan password.

- Kemudian cek status , (OK, Warning atau Error).

2. Cara Mengakhiri Sistem

- Tutup seluruh aplikasi pada tampilan monitor komputer.

- Shut down computer dari menu start pada tampilan komputer.

- Matikan instrument dengan menekan tombol “status/menu key”.

- Kemudia pilih “maintenance.”

- Kemudian pilih “shutdown”.

- Pilih “Yes” dan tunggu proses selesai

3. Menjalankan Pemeriksaan

- Masukkan cassete ke dalam “Filler”.

- Tekan “Start Fill”.

- Lampu indicator pada filler “ON”, tungg proses ± 2 menit dan bunyi

alarm.

- Ambil cassete dan pindahkan ke “Loader”.

- Lampu indicator loader “ON”.

- Tunggu hingga proses selesai

- Ambil cassete dari Loader

71 Lampiran 11 (lanjutan)

Keterangan :

1. Filler

2. Loader

4. Melihat Hasil dan Cetak Hasil

- Pada menu utama pilih “Enter Isolate View”

- Kemudian akan muncul tampilan sebagi berikut :

1

2

72

Lampiran 11 (lanjutan)

- Pilih date test di View by

- Pilih show all di Filter by yang akan dilihat

- Pilih tanggal dan no isolate

- Untuk cetak hasil pilih gambar “Printer”

- Pilih mode untuk cetak dan klik “Print All”, kemudian tekan “OK”.

73 Lampiran 12. Standar kekeruhan Card Identification

No Kartu Umur Kultur Densitas Inokulum

(McFarland)

1 GN 18-24 0.50-0.63

2 GP 12-48 0.50-0.63

3 BCL 18-24 1.80-2.20

4 YST 18-72 1.80-2.20

5 CBC 18-24 2.70-3.30

6 NH 18-24 2.70-3.30

7 ANC b. Corynebacteria 18-24 c. Anaerobic 18-72

2.70-3.30

74 Lampiran 13. Media Tumbuh dalam Identfikasi Bakteri dengan Vitek 2 compact

No. Nama Media Komposisi

1. Triptic Soy Agar (TSA) - Pepton from casein 15 g/l - Pepton from soymeal 5 g/l - Sodium chloride 5 g/l - Agar-agar 15 g/l

2. Blood Agar - Nutrient substrate 20,0 g/l - Sodium chloride 5,0 g/l - Agar-agar 15 g/l

3. MR-VP - Peptone from meat 7.0 - D(+)glucose 5.0 - Phosphate buffer 5.0.

75 Lampiran 14. GN well Card Identification

76 Lampiran 14 (Lanjutan)

77 Lampiran 15. Hasil Identifikasi dengan Vitek 2 Compact