CIENCIA UANL / AÑO 17, No. 67, MAYO-JUNIO 2014 85

CiENCiAUANL TIPS BIOESTADÍSTICOS

Tema 36:R Commander R Markdown II

PETER B. MANDEVILLE*

Far out in the uncharted backwaters of the unfashionableend of the western spiral arm of the Galaxy lies

a small unregarded yellow sun. Orbiting this at a distance of roughly ninety-two million miles

is an utterly insignificant little blue green planetwhose ape-descended life forms are so amazingly primitivethat they still think digital watches are a pretty neat idea.

D. Adams1

*Consultor Asociado, BioEstadística, S.C.(www.bioestadistica.com)Contacto: peter.mandeville@bioestadistica.com

En el tema 352 se presentó cómo escribir code chunksen R Commander -> R Markdown. Entre los codechunks se puede incluir texto que es básicamente HyperText Markup Language (HTML). Para incluir carac-teres que no son American Standard Code for Informa-tion Interchange (ASCII), se utilizan los códigos deASCII extendido, en la tabla siguiente se muestranalgunos de los más importantes:

Nótese que solamente los caracteres ASCII queutiliza Notepad funcionan en los comandos de R3, yque los caracteres ASCII extendidos que utiliza Wordno funcionan.

R Commander4 versión 2.0-4 introduce loscomandos siguientes en los menús:

File -> Open R Markdown file…

Edit -> Edit R Markdown document

Se copia y pega el código R Markdown CheatSheet, que sigue en el archivo This PC -> Documents-> CheatSheet.txt.

Entonces se introduce el archivo de código enRcmdr con File -> Open R Markdown file o con Edit-> Edit R Markdown document.

Se puede almacenar el archivo de código como unarchivo R Markdown (.Rmd), con File -> Save RMarkdown file… o con File -> Save R Markdown fileas...

Entonces, se puede generar el documento HTMLcon R Markdown -> Generate HTML report. Tam-bién se puede generar el documento HTML en R con:

library(knitr)knit2html(«CheatSheet.Rmd»)

o con:

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library(knitr)knit2html(«CheatSheet.txt»)

Si se hacen cambios en el archivo en Rcmdr, singuardar los cambios con File -> Save R Markdownfile… o con File -> Save R Markdown file as…, éstosse perderán al salir de Rcmdr.

Después se pueden comparar los resultados de lageneración HTML con los comandos de formateo enel artículo.

R Markdown Cheat Sheet=======================### pbm### ‘r as.character(Sys.Date())‘“‘{r echo=FALSE}opts_chunk$set(comment=NA, prompt=TRUE,out.width=750, fig.height=8, fig.width=8)library(Rcmdr)“‘“‘{r}setwd(«E:/CIENCIA UANL/Tips 36»)“‘“‘{r}sessionInfo()“‘### Secciones

#### Titulo

# Titulo

Titulo=====

### Sección

Sección———

### Subsección

#### SubSubsección

###### SubSubSubSubsección

### Pârrafos

#### Se separa párrafos con unalínea (renglón) vacía

This planet has - or rather had - aproblem, which was this: most of the people livingon it were unhappy for pretty much of the time.Many solutions were suggested for this problem,but most of these were largely concerned with themovements of small green pieces of paper, which isodd because on the whole it wasn’t the small greenpieces of paper that were unhappy. [1]

And so the problem remained; lots of the peoplewere mean, and most of them were miserable, eventhe ones with digital watches. [1]

#### Se puede escribir un párrafo en unalínea larga

Many were increasingly of the opinion thatthey’d all made a big mistake in coming down fromthe trees in the first place. And some said that eventhe trees had been a bad move, and that no oneshould ever have left the oceans. [1]

#### o en líneas separadas

And then,one Thursday,nearly two thousand years after one man had

been nailed to a treefor saying how great it would be to be nice to

people for a change,…[1]

### Énfasis

*Cursiva* y **negrito** son fáciles,

_Cursiva_ y __negrito__ son fáciles.

### Ligas

Se pueden crear ligas

[códigos html ascii extendido]( http://techmantium.com/html-entity-codes-ascii-unicode-symbols/)

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### Listas

#### Lista con viñetas de círculoscerrados

* Bullet 1* Bullet 2* Bullet 2a* Bullet 2b* Bullet 3

#### Lista anidada con viñetas decírculos cerrados y vi/#241;etas abiertos

* Bullet 1* Bullet 2 * Bullet 2a * Bullet 2b* Bullet 3

#### Lista enumerada

1. Media2. Mediana3. Moda

### Tablas

“‘{r results=»asis»}kable(head(iris[,1:3]),align=c(«l»,»r»,»c»))“‘Para hacer el comando invisible, modifica el

*chunk* así:

“‘{r results=»asis», echo=FALSE}kable(head(iris[,1:3]),align=c(«l»,»r»,»c»))“‘

Referencias

1. Adams D. The Hitchhiker’s Guide to the Galaxy. Lon-

don: Pan Books; 1979.

2. Mandeville PB, Tema 35: Investigación reproducible

con R Commander. CiENCiAUANL. Ene.-Feb.

2014;17(65):77-80.

3. R Core Team. R: A language and environment for

statistical computing. R Foundation for Statistical

Computing, Vienna; 2014. URL http://www.R-

project.org/

4. Fox J. The R Commander: A Basic Statistics Graphical

User Interface to R. Journal of Statistical Software.

2005;14(9):1-42.