MENGGABUNGKAN SEKUEN FORWARD DAN SEKUEN REVERSE DENGAN MEGA 5

1. Buka program Mega 5

2. Klik Allign kemudian pilih Edit/View Sequencer Files (Trace)

3. Pilih file sekuen forward mana yang akan digunakan lalu klik open

4. Pilih grafik yang bagus untuk memulai kemudian hilangkan grafik dengan kualitas buruk. Caranya dengan klik pada basa nitrogen yang dijadikan sebagai awalan, kemudian klik Edit dan pilih Mask Upstream

5. Pilih grafik yang bagus sebagai akhir kemudian hilangkan grafik dibelakangnya yang memiliki kualitas buruk. Caranya dengan klik pada basa nitrogen yang dijadikan sebagai akhiran, kemudian klik Edit dan pilih Mask Downstream

6. Klik Data kemudian pilih Add to Allignment Explorer untuk memasukkan sekuen forward yang telah di trim ke dalam Allignment Explorer

7. Klik Allign kemudian pilih Edit/View Sequence Files (Trace)

8. Pilih file sekuen reverse mana yang akan digunakan lalu klik open

9. Pilih grafik yang bagus untuk memulai kemudian hilangkan grafik dengan kualitas buruk. Caranya dengan klik pada basa nitrogen yang dijadikan sebagai awalan, kemudian klik Edit dan pilih Mask Upstream

10. Pilih grafik yang bagus sebagai akhir kemudian hilangkan grafik dibelakangnya yang memiliki kualitas buruk. Caranya dengan klik pada basa nitrogen yang dijadikan sebagai akhiran, kemudian klik Edit dan pilih Mask Downstream

11. Klik Data kemudian pilih Add to Allignment Explorer untuk memasukkan sekuen forward yang telah di trim ke dalam Allignment Explorer

12. Klik kotak reverse

13. Klik Data dan pilih Reverse Complement

14. Klik Edit kemudian pilih Select All

15. Untuk menggabungkan klik Allignment lalu pilih Align by ClustalW lalu klik OK

16. Edit-edit sekuen secara manual (untuk kolom yang kosong, isi dengan basa yang sama dengan di atas/di bawahnya)

17. Copy basa yang berada di kolom reverse yang berada di bawah garis -----

18. Paste pada kolom forward yang isinya ----

19. Hapus kolom reverse

20. Sekuens total telah terbentuk