UD5.NA2TIPUSDEMICROORGANISMES.

TAXONOMIA

Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5

Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 2

9.Taxonomia 9.1 Taxonomia

Taxonomia: ciència de la classificació biològica. Agrupa ordenadament els organismes vius partint de les seves propietats més generales a

las més específiques.

La taxonomia es descompon en tres parts independents però interelacionades:

• Classificació

• Nomenclatura

• Identificació

La classificació és l’estructuració dels organismes en grups o taxons en funció de

semblances mútues o del parentesc evolutiu.

La nomenclatura es la branca de la taxonomia que s’ocupa de l’assignació de noms a

grups taxonòmics de conformitat amb normes publicades.

La identificació constitueix el costat pràctic de la taxonomia, el procés de determinar que

un determinat organisme pertany a un taxó reconegut.

Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 3

Criteris de classificació: basats en las característiques anatòmiques, morfològiques, citològiques, fisiològiques, genètiques i altres dels organismes, donant origen a diferents grups o taxons de característiques més o menys similars.

Taxó: grup d’organismes, considerat como una unitat en qualsevol rang del

sistema classificatori.

En BIOLOGIA, la unitat bàsica de la classificació és l’espècie:

grup d’organismes capaços d’encreuar-se i de produir descendència fèrtil.

La classificació taxonòmica dels organismes, des del més general fins

l’espècie, respon als següents nivells:

Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 4

* Regne. Els organismes es classifiquen (tradicionalment) en cinc grans regnes:

Els virus no són assignats a cap regne ja que són microorganismes acel·lulars

que comparteixen només unes poques característiques d’éssers vius.

Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 5

*Divisió o Phylum. Per als vegetals és anomenada “Divisió vegetal” i per

als animals Phylum animal (Filo o Filum).

*Classe. Es el tercer nivell de classificació i compren diversos ordres.

*Ordre. Compren un conjunt de famílies amb certs caràcters comuns.

*Família. És el cinquè nivell. Compren els gèneres afins.

*Gènere. Un conjunt d’espècies molt properes entre sí.

*Espècie. Individus que no sols s’hi semblen molt entre sí externament, sinó

que el seu material genètic és tan similar que permet, en aquells organismes

que se reprodueixen sexualment, que la seva descendència sigui fèrtil.

Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 6

Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 7

Antecedents

Fins mitjans del segle XIX només es consideraven dos regnes: animal i vegetal.

Després de conèixer l’existència de microorganismes, en 1866, Ernst Kaeckel va crear un tercer regne

que va anomenar els Protists.

El desenvolupament del microscopi possibilità el reconeixement de les cèl·lules eucariotes i procariotes

i això va conduir a ubicar els bacteris en un regne separat de microorganismes sense nucli al que se li

va donar el nom Procariotae (Robert G. E. Murray, 1968). En 1969, R. H. Whittaker va proposar un sistema de classificació en cinc regnes.

Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 8

Noves tècniques de biologia molecular que s’utilitzen per estudiar la composició de l’ARN ribosòmic han demostrat que realment hi ha dos tipus de cèl·lules procariotes (arquees i bacteris) i un tipus de cèl·lules eucariotes. En 1978, Carl R. Woese va proposar elevar els tres tipus de cèl·lules a un nivell per sobre del regne, anomenat Domini i d’aquí sorgeix el sistema de classificació de tres dominis que es coneix a l’actualitat, que compren:

• Bacteri (procariotes unicel·lulars la paret cel·lular dels quals conté peptidoglicà)

• Arquea (procariotes unicel·lulars la paret cel·lular dels quals no conté peptidoglicà)

• Eukarya (tots els eucariotes)

Això condueix a la inclusió d’un nou regne: arqueobacteris CONTROVERSIES

Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 9

Árbol Filogenético Universal (Olsen y Woese, 1993)

• Termofilia representada en los grupos mas profundos de Archaea y Bacteria• Muchos de los linajes profundos son anerobios o microaerofílicos• Fotosíntesis basada en clorofilas: distribuida en varios linajes de Bacteria

Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 10

Nomenclatura Els noms científics dels éssers vius s’escriuen (generalment) amb dues paraules: el gènere i l’espècie, en llatí, en cursiva o lletra normal subratllada. Aquest sistema per anomenar els organismes és el sistema binomial (Linneo, s.

XVIII) EX: Pinus pinea L. Phantera tigris (anomenada per Linneo Felis tigris). Felis silvestris catus (gat domèstic) (Nomenclatura trinomial que inclou la subespècie)

Codis de Nomenclatura Animals (Código Internacional de Nomenclatura Zoológica) Plantes (Código Internacional de Nomenclatura Botánica), inclou fongs icianobacteris Bacteris (Código Internacional de Nomenclatura de Bacterias) Virus (Código Internacional de Nomenclatura de Virus). Les normes dels codis de Nomenclatura varien d’uns als altres .

Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 11

9.2 Taxonomia bacteriana

En microbiologia la unitat taxonòmica bàsica és l’espècie

Espècie: Grup de soques que té un grau de similitud alt en les seves propietats i que

difereixen de forma significativa d’altres grups de soques.

Soca o clon: població de cèl·lules genèticament idèntiques derivades de la divisió

successiva d’una sola cèl·lula (clon)

Un grup de soques que té la majoria o totes les característiques en comú serà classificat

como una ESPÈCIE, i les espècies relacionades es classifiquen en el mateix GÈNERE.

Rangs dels grups taxonòmics:

Un grup taxonòmic és un grup de microorganismes tractats com un grup amb nom en una

taxonomia formal.

Las categories taxonòmiques que es donen a continuació estan col·locades en rang

taxonòmic descendent:

Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 12

Estructura Jerarquica en Taxonomía

α-proteobacteria ß-proteobacteria

Chromatiales Thiotrichales Legionellales Pseudomonadales Vibrionales

Escherichia Klebsiella Proteus Salmonella Serratia

S. flexneri S. soneei

Shigella Yersinia

Enterobacteriaceae

Enterobacteriales Pasteurellales

γ-proteobacteria δ-proteobacteria ε−proteobacteria

Proteobacteria

EubacteriaMONERA

Domini Phylum Classe Ordre Família Tribu Gènere Espècie Subespècie

Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 13

Exemple:

Domini Bacteria

Regne Monera

Phylum Proteobacteria

Classe Gammaproteobacteria

Ordre Enterobacteriales

Família Enterobacteriaceae

Gènere Escherichia

Espècie Coli

Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 14

El nom del grup taxonòmic entre el ordre i el gènere es forma afegint el sufix

corresponent a l’arrel del nom del gènere tipus. Grup taxonòmic Sufix Exemple Ordre -ALES Pseudomonadales Família -ACEAE Pseudomonadaceae Tribu -EAE Pseudomonadeae Gènere Pseudomones

Per anomenar els bacteris s’usa l’esquema binomial en el qual el nom del bacteri està

constituït per 2 paraules; la primera és una paraula en llatí o llatinitzada, que s’escriu amb

la primera lletra en majúscula i indica el GÈNERE. Usualment aquesta paraula prové del

nom del descobridor o un altre científic relacionat o descriu la morfologia del

microorganisme. La segona paraula indica l‘ESPÈCIE, s’escriu amb minúscula, i és

usualment descriptiu referint-se al color, origen, patogenicitat, etc.

Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 15

Exemple: Bacillus subtilis

Gènere Espècie

Els noms científics dels bacteris s’han d’escriure en lletra cursiva

(itàlica) o cada paraula ha d’estar subratllada.

Les regles i mètodes del sistema de Nomenclatura Bacteriana es

troben en el Código Internacional de Nomenclatura Bacteriana.

Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 16

MANUAL BERGEY DE BACTERIOLOGÍA SISTEMÁTICA

Per a la classificació, identificació i nomenclatura dels bacteris, la millor

referència que existeix és el Bergey's Manual of Sistematic Bacteriology,

conegut com el Manual Bergey.

L’edició més recent està constituïda por 5 volums, en ella estan incloses

totes les espècies de bacteris conegudes fins la data de publicació i, a

diferència de la anterior que tenia un enfocament que emfatitzava en las

característiques fenotípiques, aquesta edició té un anàlisis filogenètic basat

en la seqüenciació del ARN r, del ADN i de les proteïnes.

Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 17

Família Gènere Pseudomonadaceae Pseudomones

Acetobacteriaceae Gluconobacter, acetobacter

Enterobacteriaceae

Escherichia Citrobacter Salmonella Shigella Klebsiella Enterobacter Serratia

Micrococaceae Micrococcus Staphylococcus

Estreptococaceae Estreptococcus Leuconostococaceae Leuconostoc Bacillaceae Bacillus Clostridiaceae Clostridium

Lactobacillaceae Lactobacillus Pediococcus

Micobacteriaceae Mycobacterium Estreptomicetaceae Streptomyces

Classificació dels bacteris més importants en aigües i aliments segons el Bergey’s Manual

Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 18

Bergey's Manual of Systematic Bacteriology 2nd Edition

Published by Springer, New York The second edition is being published in 5 volumes Volume 1 (2001) The Archaea and the deeply branching and phototrophic Bacteria Editor-in-Chief: George M. Garrity Editors: David R. Boone and Richard W. Castenholz ISBN 0-387-98771-1 Volume 2 (2005) The Proteobacteria Editor-in-Chief: George M. Garrity Editors: Don J. Brenner, Noel R. Krieg and James T. Staley ISBN 0-387-95040-0 Volume 3 (2009) The Firmicutes Editors: Paul De Vos, George Garrity, Dorothy Jones, Noel R. Krieg, Wolfgang Ludwig, Fred A. Rainey, Karl-Heinz Schleifer and William B. Whitman ISBN 0-387-95041-9 Volume 4 (2010) The Bacteroidetes, Spirochaetes, Tenericutes (Mollicutes), Acidobacteria, Fibrobacteres, Fusobacteria, Dictyoglomi, Gemmatimonadetes, Lentisphaerae, Verrucomicrobia, Chlamydiae, and Planctomycetes Editors: Noel R. Krieg, James T. Staley, Daniel R. Brown, Brian P. Hedlund, Bruce J. Paster, Naomi L. Ward, Wolfgang Ludwig and William B. Whitman ISBN 0-387-95042-6 Volume 5 (2011) The Actinobacteria Editors: Michael Goodfellow, Peter Kämpfer, Hans-Jürgen Busse, Martha E. Trujillo, Ken-ichiro Suzuki, Wolfgang Ludwig and William B. Whitman ISBN 0-387-95042-7

Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 19

CLASSIFICACIÓ DELS FONGS

Identificació i classificació dels fongs filamentosos: basada principalment en els seus trets estructurals i morfològics. Alguns fongs tenen un aspecte tan característic que poden ser identificats fàcilment, però en la majoria dels casos es requereix observar una preparació del fong al microscopi i estudiar les seves característiques tals com: • Morfologia de las hifes • Presència o absència de septes • Ramificacions • Tipus d’espores • Característiques de les colònies, las que se estudien macroscòpicament.

La classificació dels fongs ha evolucionat molt en les darreres dècades. La X edició del Dictionary of the Fungi (2008) classifica el regne dels fongs en 5 Divisions (o filum)

• F. Chytridiomycota. • F. Zygomycota. • F. Ascomycota. • F. Basidiomycota. • F. Glomeromycota

Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 20

CLASSIFICACIÓ DELS VIRUS

Els virus es classifiquen sobre la base de la seva morfologia, composició química i manera

de replicació. Els virus que infecten humans sovint s'agrupen en 21 famílies. Nomenclatura

En alguns casos s’anomenen segons la malaltia que produeixen, per exemple el virus

pòlio es diu així perquè produeix la poliomielitis.

En altres casos es dóna el nom dels descobridors com el virus de Epstein-Barr, o s’utilitzen

característiques estructurals dels virus com els coronavirus.

Alguns tenen un nom derivat del lloc on se'ls va trobar per primera vegada, (virus Coxsackie

o Norwalk)

Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 21

El ICTV (International Committee on taxonomy of viruses) ha proposat un

sistema universal de classificació viral. El sistema utilitza una sèrie de tàxons

com s'indica a continuació:

Ordre (-virals) Família (-viridae) Subfamília (-virinae) Gènere (-virus)

Espècie ()

Per exemple, el virus de l’Ebola de Kikwit es classifica de la manera següent: - Ordre: Mononegavirales

- Família :Filoviridae

- Gènere: Filovirus

- Espècie: Ebola virus Zaire

Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 22

VIRUS   ADN Familia Género Ejemplo

Herpesviridae Alphaherpes-virinae

Herpes simplex virus type 1 (aka

HHV-1)

Encefalitis, estomatitis aguda, llaga labial del resfriado.

    Herpes simplex virus tipo 2 (aka

HHV-2) Herpes genital, encefalitis

    Varicella zoster virus (aka HHV-3) Varicela, Herpes Zóster

  Gammaherpes-virinae

Epstein Barr virus (aka HHV-4)

Mononucleosis hepatitis, tumores (BL, NPC)

   

Sarcoma de Kaposi, asociado al herpesvirus,

KSHV (aka Human

herpesvirus 8)

Probablemente: tumores, Sarcoma de Kaposi (KS) y algunos linfomas de células

B

Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 23

  VIRUS ARN

Familia Género Ejemplo

Paramyxoviridae Paramyxo-virus Parainfluenza viruses

4 tipos; Resfriado común, bronquiolitis, neumonía

  Rubula-virus Virus de las Paperas

Paperas: parotitis, meningitis aséptica (raro: orquitis, encefalitis)

  Morbilli-virus Virus del sarampión

Sarampión: fiebre, exantema (raro: encefalitis, SSPE)

  Pneumo-virus Virus

Sincitial respiratorio

Resfríado común(adultos), bronquiolitis, neumonia (niños)

Orthomyxoviridae Influenza-virus A

Influenza virus A

Gripe: fiebre, mialgias, malestar general, tos, neumonia

  Influenza-virus B

Influenza virus B

Gripe: fiebre, mialgias, malestar general, tos, neumonia