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Università degli studi di Padova Biblioteca Centrale Arduino
Corso di ricerca bibliografica con PubMed
A cura della Dott.ssa Micaela De Col
PUBMED
nasce nel 1997 grazie nasce nel 1997 grazie alla National Library of alla National Library of Medicine di BethesdaMedicine di Bethesda
è un’interfaccia di è un’interfaccia di ricerca gratuita per tutti ricerca gratuita per tutti gli utenti di Internet gli utenti di Internet
garantisce l'accesso a garantisce l'accesso a due banche dati due banche dati principali: Medline e principali: Medline e Premedline Premedline
viene aggiornata ogni viene aggiornata ogni settimana. settimana.
MEDLINE
è la banca dati bibliografica della U.S.National Library of Medicine e copre i settori della medicina, infermieristica, odontoiatria, MEDICINA VETERINARIA, il sistema sanitario e le scienze precliniche
il sistema contiene all'incirca 9 milioni di dati a partire dal 1966
la banca dati contiene citazioni bibliografiche e abstracts di circa 4500 periodici biomedici.
Collegamento
Per collegarti a Pubmed devi digitare:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/
La schermata che ti apparirà sarà questa
Cosa cercare e quali risultati
Si possono impostare ricerche su:
1. un determinato soggetto
2. un determinato autore
3. per titolo di rivista
4. altro
Si ottengono:
liste di citazioni bibliografiche di articoli,
con eventuali link ai full-text o a articoli similari (related articles)
Struttura di MEDLINE
Gli articoli, che giornalmente vengono inviatidagli editori alla NLM, in breve tempo esecondo l’importanza della rivista vengono:
indicizzati con più termini MESH (descrittori medici controllati) che sintetizzano il contenuto dell’articolo e permettono di effettuare una ricerca mirata
suddivisi in campi (autore, titolo etc.)
Una premessa fondamentale: i MeSH (Medical subheadings)
ogni documento viene indicizzato tramite descrittori (MeSH, Medical subheadings), che prescindono dal linguaggio naturale e sono organizzati secondo una struttura gerarchica ad albero (Tree structures) e raccolti in un Thesaurus
ad ogni parola chiave può essere attribuito un subheadings (su) per focalizzare l’argomento
Un MeSH può essere argomento principale di un articolo e si indica col qualificatore MAJR (MeSH Major Topic)
Esempio:
Animal Diseases [C22] Abortion, Veterinary[C22.021] +Actinobacillosis [C22.039]Aleutian Mink Disease [C22.062]Anal Gland Neoplasms [C22.073]Anaplasmosis [C22.085]Bird Diseases [C22.131] +Borna Disease [C22.152]Cat Diseases [C22.180] +Cattle Diseases [C22.196]
+Disease Models, Animal [C22.232
Mesh Browser
http://www.nlm.nih.gov/mesh/MBrowser.html
Campi interrogabili
Tutte le citazioni sono divise in campi(formato MEDLINE)che possono essereutili per raffinare laricerca e vannosempre inseriti dopo il termine tra parentesi quadre
Campi di indicizzazione MEDLINE
E’ possibile scegliere di effettuare una ricerca direttamente sui campi di indicizzazione.
La sintassi è: termine [etichetta di campo]
Es.: merkel [au] ; liver cirrhosis [ti]; cancer [jour]
Le abbreviazioni dei campi possono essere scritte indifferentemente in minuscolo o in maiuscolo.
RICERCA AUTOMATICA DEL TERMINE (AUTOMATIC TERM MAPPING): Se in Pubmed inserisco un termine senza nessuna qualificazione
(etichetta di campo), il sistema cercherà il termine nel seguente ordine in : Tabella dei termini MESH, Tabella dei nome delle riviste, Elenco di frasi, Indice degli autori
ETICHETTE DI CAMPO
Prima di cominciare: alcuni strumenti
() : per modulare l’ordine in cui i termini di ricerca sono analizzati dal sistema utilizzando gli operatori booleani: quelli tra parentesi sono analizzati per primi
[] :per racchiudere i qualificatori di campo – es. Albertini m[AU] per cercare nel campo autore, Liver diseases[MH] per cercare il termine come Mesh
Troncamento
Usa l’asterisco * per sostituire zero o più caratteri Ad esempio, risk* produrrà risk, risks, risk-
taking L’uso del termine infection* non produrrà
infection control perché è presente uno spazio dopo il termine infection
RICERCA PER FRASE ESATTA: UTILIZZO DELLE “ ……..”
Per effettuare una ricerca per frase esatta è necessario mettere l’espressione tra virgolette.
Ad esempio: “myocardial infarction” restituirà tutti casi in cui questafrase compare così come l’ho scritta, ossia senza altri termini in mezzo.
Senza “…..” Pubmed inserisce per default l’operatore AND tra i due termini brain death
Questo metodo di ricerca permette di escludere l’automatic term mapping. In questa maniera PubMed cerca i termini solo nell’indice delle frasi.
Operatori booleani
Gli operatori booleani sono AND, OR e NOT
Nella ricerca vanno digitati a lettere maiuscole
Vanno usati per cercare più concetti o descrittori tra loro correlati secondo questa sintassi: termine [qualificatore di campo] - operatore booleano - termine [qualificatore di campo]
Operatori di base: OR
L’operatore OR corrisponde alla somma logica di due o più termini; trova tutte le citazioni che contengono ALMENO UNO di essi.
hepatitis C hepatitis B Hepatitis C OR Hepatitis B
Operatori di base: AND
L’operatore AND ha valenza restrittiva: recuperai record che contengono TUTTI i termini di ricerca inseriti contemporaneamente
Anesthesia dental aged Anesthesia dental AND aged
Operatori di base: NOT
E’ un operatore restrittivo e disgiuntivo: esclude infatti i record che contengono un
dato termine.
Mandibular diseases Mandibular neoplasms Mandibular diseases NOT mandibular neoplasms
Ordinamento degli operatori booleani
Se usi due o più operatori booleani in una ricerca il primo a sinistra viene processato per primo
In una stringa con più operatori AND viene processato prima di OR
una ricerca con "influenza AND vaccine OR vaccination" produrrà articoli che hanno sia il termine "influenza" che il termine "vaccine" e produrrà anche tutti gli articoli su "vaccination"
per cambiare il risultato scrivi così: "influenza AND (vaccine OR vaccination)"
Esempi
Ricerca di record sulla rivista Javma e che contengano cancer nel testo:Javma [JOUR] AND cancer [TW]
Record che contengano liver in genere, ma che non trattino di studi sull’uomoliver [ALL] NOT human [MH]
Record su neoplasie nei cani e/o nei gatti indifferentemente(cat or dog or small animal) and neoplasm
Strategia di ricerca di base
Dividi il soggetto in concetti essenziali
Trova i termini o i descrittori (MeSH
headings) che rappresentano i concetti
Combina i concetti con AND, OR e NOT
A. Ricerca semplice e avanzata senza Mesh
1. Ricerca per parola libera o per soggetto
2. Per frase
3. Per autore
4. Per titolo di rivista
Quando usarla
per trovare gli articoli di un autore
quando hai un solo termine di ricerca o cerchi più termini all’interno di uno stesso campo
per trovare articoli con il titolo di un periodico
per trovare gli articoli più recenti tramite la PREMEDLINE
Come effettuarla
Digita i tuoi termini di ricerca nella casella "Search".
Puoi usare "AND", "OR" e "NOT“
Pubmed disporrà i risultati nella forma standard di brevi citazioni in batches di 20 citazioni. Se vuoi cambiare il numero delle citazioni visualizzate in una schermata basta selezionare un numero diverso dal menu a tendina "show" e cliccare di nuovo"go"
Ricerca per parola libera o per soggetto
da utilizzare quando non si trova alcun descrittore specifico tra i termini MeSH
si può effettuare la ricerca su parole significative del titolo, abstract e campi del record
digitare nella casella di ricerca uno o più termini significativi, che verranno ricercati nel Thesaurus, nell’elenco delle riviste di Medline, nell’indice autori, nell’indice delle frasi
Per visualizzare in quale elenco è stato trovato il termine cliccare su Details
Ricerca per parola libera o per soggetto
Ricordare di digitare in SEARCH anche i sinonimi del termine
Usare * per troncamento
Vantaggio: si utilizzano parole usate comunemente e frasi colloquiali
Svantaggio: non tutte le parole del linguaggio comune sono chiavi di ricerca
Ricerca per frasi
si usa per cercare un soggetto composto da più parole che devono trovarsi nell’esatto ordine es. molecular sequence data
per essere certi che i termini introdotti vengano riconosciuti come frase racchiudili tra virgolette " "
N.B. Senza “ ” il sistema unisce i termini con AND e li cerca in
qualsiasi campo , ma non nell’esatto ordine di scrittura
Attenzione:
L'uso delle frasi o delle parole libere può dare risultati non sempre centrati
perchè il sistema esegue la ricerca sul testo cercando le parole casualmente.
Per impostare correttamente la ricerca consigliamo di utilizzare il MESh che, essendo un vocabolario controllato,
permette di ridurre la dispersione dei record sotto sinonimi.
Ricerca per autore
Per eseguire la ricerca esclusivamente nel campo autore inserisci cognome e iniziali tra virgolette e indica tra parentesi quadre l’etichetta di campo [AU] Es. “Smith JB” [AU]
Il nome degli autori deve rispettare la forma Smith JB, ma le iniziali del nome di battesimo sono opzionali
Se si digita cognome più iniziali il sistema cerca tutte le varianti come Jr, Senior, etc.
Se digiti solo il cognome senza iniziali, Pubmed ricerca in tutti i campi, non solo in quello Autore
Attenzione: Pubmed non distingue l'omonimia per cui nel caso
degli omonimi sarà il contenuto dei documenti trovati a indirizzarci
sulla selezione degli argomenti di nostro interesse
Ricerca per Autore Ricerca per Autore – – ricerca semplicericerca semplice
l’autore l’autore non è non è sempre 1° sempre 1° autore, ma autore, ma può essere può essere anche anche coautorecoautore
Ricerca per Autore – ricerca avanzata
La ricerca per autore può essere effettuata anche da ADVANCED SEARCH, inserendo il cognome comparirà una lista di autori dalla quale si potrà effettuare la scelta.
Ricerca di più autori con operatore AND
Ricerca di più autori con operatore OR
Ricerca per titolo della rivista
I titoli dei periodici possono essere digitati per esteso o con l'abbreviazione riconosciuta da MEDLINE seguiti dal qualificatore di campo [JOUR] oppure [TA] tra parentesi quadre, oppure con il numero ISSN e il qualificatore [IS]
Se non si inserisce il qualificatore di campo il sistema potrebbe scambiare il termine inserito per parola chiave (es. Science)
I risultati della ricerca appariranno dopo che avrai cliccato sul bottone "Go" o avrai premuto il tasto "Invio".
Ricerca di articoli su una o più riviste specifiche da Advanced search
Ricerca di articoli su una o più riviste specifiche da Advanced search
B. La ricerca con Mesh
intendi ricercare delle voci di soggetto MeSH devi cercare più di un concetto devi combinare tra loro più termini o più
ricerche vuoi operare la tua ricerca in un settore
specifico vuoi selezionare dei limiti alla tua ricerca
(come la lingua, il tipo di pubblicazione,etc.)
Uso dei MeSH: Thesaurus
Ogni citazione nella sezione MEDLINE della banca dati PubMed è indicizzata con il Medical Subject Headings ( o MeSH )
Thesaurus MESh
E’ consigliabile partire utilizzando il ThesaurusMESh che, essendo un vocabolario controllato:
permette di ridurre la dispersione dei record sotto sinonimi
dà la possibilità di essere molto selettivi nell'impostare la ricerca (con l'utilizzo delle sottovoci)
riduce al minimo il "rumore" che si otterrebbe lavorando solo con la parola libera (che viene infatti rintracciata in ogni campo del record)
Ricerca con descrittori MeSH
Quando si digita un termine sulla barra di comando il sistema lo traduce ove possibile in MeSH e ne effettua l’esplosione per default
Per evitare esplosione (vd. Diapositiva 7) bisogna far seguire il termine da [MH:NOEXP]
La parola chiave principale si trova nel campo MeSH Major Topic [MAJR];
per non farla esplodere [MAJR:NOEXP]
Ricerca su MESH Browser: perché?
Il MeSH Browser ti permette di cercare articoli tramite i termini indicizzati in MeSH.
Ad esempio, vogliamo effettuare una ricerca sull'efficacia della terapia farmacologica rispetto a quella chirurgica nel tumore al seno. Facendo una ricerca semplice con i termini "breast cancer", "therapy" e "surgery" otterremmo 17778 risultati, molti dei quali non hanno nulla a che fare con la nostra ricerca. Per raffinare la nostra ricerca possiamo allora usare il MeSH Browser
Per entrare nel MeSH browser http://www.nlm.nih.gov/mesh/meshhome.html
Per cercare il termine MeSh corretto digita il tuo termine di ricerca nel form del browser MeSH oppure seleziona Mesh al posto di Pubmed nel box di ricerca iniziale
Se il termine adoperato non è un termine MeSH, PubMed ti darà un elenco dei termini più simili
Ricerca con MeSH semplice
Puoi attuare una ricerca direttamente sul termine spuntando il quadratino all sua sinistra e mandandolo nel box di ricerca come MeSH col tasto “SEND” e la scelta
“Search box with AND” (il termine di ricerca successivo verrà automaticamente unito al primo con AND) oppure
“Search box with OR” (il termine di ricerca successivo verrà automaticamente unito al primo con OR) oppure
“Search box with NOT” (il termine di ricerca successivo verrà automaticamente unito al primo con NOT) oppure
Ricerca con MeSH composta
Per delimitare meglio la ricerca cliccare sul termine MeSH proposto dal Browser Si visualizzano:
• tutti i Subheadings utilizzabili e applicabili spuntando i quadratini al loro fianco
• “Restrict Search to Major Topic headings only” per selezionare il termine come argomento principale
• “Do Not Explode this term (i.e., do not include MeSH terms found below this term in the MeSH tree)” per evitare l’esplosione
• la struttura ad albero di cui fa parte il termine
• i termini correlati
Esempio di uso di MEsh
Ricerca su Mesh Browser
Le citazioni sono visualizzate nell'ordine cronologico inverso in formato summary (titolo, autore, fonte bibliografica).
Cliccare sul:
titolo dell’articolo per vedere l’abstract di un singolo articolo.
quadratino a sinistra della citazione per selezionare l’articolo (apparirà il segno di spunta V);
Display setting per scegliere il formato di visualizzazione dal menu a tendina;
Display settings – Visualizzazione degli articoli
Display settings – Visualizzazione degli articoli
Menu a tendinaMenu a tendina
I formati principali di visualizzazione sono:
Summary: per default (titolo, autore, rivista)Abdo A, Meddings J, Swan MLiver abnormalities in celiac diseaseClin Gastroenterol Hepatol. 2004 Feb;2(2):107-12. PMID: 15017614 [PubMed - in process]
Summary text: summary in formato testo In process: In process: Articoli non Articoli non ancora ancora indicizzatiindicizzati
con MESHcon MESH
Display settings – Visualizzazione degli articoli
Abstract: include anche l’abstract ma non le parole chiave (MESH) Clin Gastroenterol Hepatol. 2004 Feb;2(2):107-12.
Liver abnormalities in celiac disease.Abdo A, Meddings J, Swain M.Celiac disease is an intolerance of the small bowel to gluten. Although most symptomatic patients have symptoms related to the gastrointestinal tract, many extra-intestinal manifestations have been described. A wide spectrum of hepatobiliary diseases have been described, including asymptomatic elevations of liver enzyme levels, nonspecific hepatitis, nonalcoholic fatty liver disease, and autoimmune and cholestatic liver disease. In addition, celiac disease may be the underlying cause of unexplained elevations of liver enzyme levels. Because most patients do not have overt gastrointestinal symptoms, a high index of suspicion is required. Moreover, in the majority of patients, liver enzyme levels will normalize on a gluten-free diet. We review the literature pertaining to hepatic abnormalities that may be seen in association with celiac disease. We also suggest an approach to the investigation and management of these patients.PMID: 15017614 [PubMed in process]
Abstract text: abstract in formato testo
Display settings – Visualizzazione degli articoli
MEDLINE:mostra tutti i campi dell’articolo con le relative etichette.
PMID- 14618955 IS - 0001-5644VI – 66IP – 3DP - 2003 Jul-SepTI - Epidemiology of coeliac disease.PG - 234-6 AB - In this article we review recent worldwide epidemiological data of
coeliac disease (CD). An emphasis is made on adult figures….. AD - Gastroenterologie, Hopital de Jolimont, 7100 Haine Saint Paul,
Belgique. AU - Schapira M AU - Maisin JM LA - eng Etc.
Display settings – Visualizzazione degli articoli
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Sotto a ogni record bibliografico:
Related articles: conduce ad articoli su argomenti simili, in ordine di somiglianza
Links (solo nel formato Abstract)1. Books:conduce a libri di testo in formato elettronico 2. Link out: permette la localizzazione del testo tramite risorse su providers
esterni fornitrici di full-text o biblioteche che possono fornire il documento
Links dalle citazioni
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seleziona il formato di salvataggio tra quelli del menu a tendina: puoi salvare le citazioni sia come file di testo che come file html
Strumenti opzionali
Opzioni per approfondire le proprie ricerche:
“Clipboard” (icona presente solo dopo il primo salvataggio di record col SEND TO)
“Search Details” "Limits" “Preview/Index“ (advanced search) “Search History“ (advanced search)
Clipboard: Blocco appunti
La Clipboard (Blocco Appunti) ti permette di salvare temporaneamente e visualizzare citazioni selezionate da una o più ricerche.
Nella clipboard puoi quindi stampare,salvare o ordinare le citazioni.
Il numero massimo di citazioni che puoi collocare nella clipboard è 500.
I documenti della clipboard verranno persi dopo 8 ore di inattività.
Salvare risultati in clipboard
Effettuare una ricerca secondo le modalità preferite
Ottenuti i risultati selezionare l’opzione SEND TO “clipboard”
Esempio:clipboard
DETAILS visualizza:1. la strategia e la sintassi che Pubmed ha usato per
eseguire la ricerca (può includere termini MESH così come frasi cercate nell’indice di PubMed. La visualizzazione includerà tutti i messaggi di errore, come gli stopwords, gli avvertimenti di troncamento oltre le 150 varianti e gli errori d'ortografia);
2. il numero di risultati ottenuto per la ricerca corrente (cliccando sul numero verrano visualizzate le citazioni);
3. query translation (che mostra come ogni termine è stato tradotto);
4. user query (come l’utente ha posto la domanda)
Search details
Search details - Esempio
Query= Search “Pubmed” for “cats”
Details: Query translation = "cats"[MeSH
Terms] OR cats[Text Word] Results 110821 Database = Pubmed User query = cats
Search details - Esempio
Applicazione dei limiti (LIMITS)
Search field tag (Selezione per campo):
per limitare ad un campo specifico di ricerca (es. parola del testo). Per default viene dato “all fields”.
Permette di applicare dei limiti alla ricerca per focalizzare l’argomento a determinati aspetti o per cercare in un determinato campo etc.
Applicazione dei limiti (LIMITS)
Type of Articletipo di materiale
che l'articolo rappresenta.
LanguagesLe riviste indicizzate in PubMed sono scritte in circa 50 lingue diverse. Con questa opzione si possono scegliere una o più lingue di pubblicazione dell’articolo.
Ages Per selezionare un gruppo d'età specificoper gli studi umani;
Species: Humans or animalsSelezionare un gruppo di studio specifico ( essere umano, animale);
Sex: Male/FemaleSelezionare un genere specifico per gli studi umani (femminile o maschile).
Applicazione dei limiti (LIMITS)
Subsets:Limita la ricerca a specifici gruppi di riviste o di banche dati della NLM.
Applicazione dei limiti (LIMITS)
Index (advanced search)
La ricerca sull'Indice(Index) presenta una lista di termini ordinati alfabeticamente nell'indice della banca dati e la ricorrenza numerica degli stessi termini.
E' un metodo per consultare l'indice.
Il termine "index" si può riferire anche ad un solo campo ( ad esempio Author, MeSh, Publication Type) e si attiva a partire dalla ricerca avanzata attraverso il Search builder, cliccando su Show index
Preview (advanced search)
Per vedere solo il numero di occorrenze del termine "hypertension" :
digitare "hypertension" nella casella di ricerca della Advanced search
cliccare su “Preview“ Si otterrà un risultato di questo tipo:
#10(nr. query) Search hypertension 08:02:07 239196 (nr. occorenze)
È possibile operare sulle query già eseguite a partire dalla Search history, cliccando col tasto destro del mouse sul numero preceduto da # (es. #1) corrispondente alla ricerca , ottenendo una serie di opzioni:
And Or per inviarle nel box di ricerca e combinarle
Not
Delete per cancellarle dalla HistoryView per visualizzare i risultatiDetails per vedere i dettagli della ricerca
Save in MyNCBI per mettere la ricerca nell’area personale ed eventualmente creare un alert
Search history (advanced search): funzioni per le ricerche
Search history (advanced search): ricerche combinate
Per operare ricerche combinate, ad esempio per "Obesity" e "Heart Attacks": effettua le due ricerche separatamente e vai in Search history per visualizzare i numeri assegnati (es. #2)
vai in PubMed Advanced Search digita i numeri corrispondenti alle ricerche, preceduti dal #, combinandoli con AND e clicca su “Search" (es.: #2 AND #6)
Le ricerche su "History" vanno perse dopo un’ora dal termine delle ricerche stesse.
Esempio: history
Grazie per l’attenzione e…buon lavoro!!!!!!!
Per qualsiasi chiarimento o suggerimento scrivete a:
