Upload
others
View
10
Download
0
Embed Size (px)
Citation preview
Pathologist Perspective: Positioning RT PCR, Antibody and Other Test to
Support COVID-19 Patient Management
Prof. Dr. Aryati, dr., MS, SpPK(K) Ketua Umum Pengurus Pusat
Perhimpunan Dokter Spesialis Patologi Klinik (PDS PatKLIn)
Minggu, 26 April 2020
Memperingati 34th Anniversary PATELKI
Topik Bahasan
1. Mengenal Virus SARS-CoV-2
2. Mekanisme Penularan dan Patogenesis
3. RT-PCR
4. Tes Serologi
5. Parameter Laboratorium Untuk Manajemen Covid-19
6. Penanganan Spesimen
2
1. Mengenal Virus SARS-CoV-2
3
Virus SARS-CoV-2
6 jenis Coronavirus yang menginfeksi manusia:
• HKU1 (Beta Coronavirus)
• OC43 (Beta Coronavirus)
• 229E (Alpha Coronavirus)
• NL63 (Alpha Coronavirus)
• SARS-CoV
• MERS-CoV
• SARS-CoV-2
4
Ordo : Nidovirales
Family : Coronaviridae
Genus : Beta coronavirus
Subgenus: Sarbecovirus
Sumber gambar: Peiris & Yuan, 2003. Severe acute respiratory syndrome. doi:10.1038/nm1143
Penyebab penyakit Coronavirus
Disease 2019 (COVID-19)
2. Mekanisme Penularan dan Patogenesis
5
1. Droplet Transmission Terkena percikan droplet (5 – 10 µm) yang terinfeksi
dalam jarak 1 meter dari batuk / bersin Resiko mukosa (mulut/hidung) atau konjungtiva
(mata) terpapar droplet
2. Contact Transmission Kontak langsung dengan pasien yang terinfeksi Kontak tidak langsung dengan permukaan / benda
yang digunakan pada pasien yang terinfeksi (stetoskop / termometer)
6
PENULARAN VIRUS SARS-CoV-2
WHO Scientific Brief 29 March 2020. Modes of transmission of virus causing COVID-19: Implications for IPC precaution recommendations
Belum ada laporan penularan airborne dapat terjadi pada kondisi/tindakan yang menghasilkan aerosol
Ilustrasi Transmisi Penyebab COVID-19
7
Kemungkinan Penularan Lewat Cairan Tubuh Lain?
8
• Wang et al, 2020 RNA virus terdeteksi di darah (1%), dan feses (29%). Terdeteksi virus hidup pada feses 2 pasien
• Zhang et al, 2020 RNA Virus terdeteksi di darah pada 6 dari 15 pasien (40%)
• Tan et al, 2020 RNA virus terdeteksi pada 5,7% plasma sampel
• Lescure et al, 2020 terdeteksi RNA virus di serum pada 1 dari 5 pasien dengan jumlah rendah
Mendeteksi RNA virus, bukan deteksi virus hidup (infektivitas?)
9 Dr. Joao Toledo. February 19, 2020. Infection Prevention and Control and novel coronavirus (COVID-19): standard precautions and use of personal protective equipment.Pan American Health Organization
Belum ada data
Skema Replikasi dan Patogenesis Virus
10
1 Susilo, et al. 2020. Coronavirus Disease 2019: Tinjauan Literatur Terkini. Jurnal Penyakit Dalam Indonesia |
Vol. 7,
No. 1 | Maret 2020 2 Riordan, 2003. Angiotensin-I-converting enzyme and its relatives. Genome Biology 2003, 4:225
PENTING RESEPTOR ACE2
EKSPRESI RESEPTOR ACE2
• Type II alveolar cells (AT2) of lung • Esophagus upper and stratified epithelial cells • enterocytes from ileum and colon
• Myocardial cells • Kidney proximal tubule cells • Bladder urothelial cells
Mehra & Siddiqi, 2020. COVID-19 Illness in Native and Immunosuppressed States: A
Clinical-Therapeutic Staging Proposal. https://doi.org/10.1016/j.healun.2020.03.012.
Diakses 22 April 2020 11
BADAI SITOKIN
Posisi RT-PCR, Antibodi dan Laboratorium Lain Pada Manajemen
COVID-19
12 https://www.ifcc.org/ifcc-news/2020-03-26-ifcc-information-guide-on-covid-19/
3. RT-PCR SARS-CoV-2
13
14 Torres, 2008
Target Gen RT-PCR SARS-CoV-2
Nama Alat Target Gene
CDC 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV) Real-Time RT-PCR Diagnostic Panel 1
N1, N2
Xpert® Xpress SARS-CoV-22 E dan N2
Abbott RealTime SARS-CoV-23 RdRP dan N
STANDARD M nCoV Real-Time Detection kit4 Orf1ab (RdRp) dan E
QIAstat-Dx® Respiratory SARS-CoV25 Orf1b poly gen (RdRp) dan E
Cobas SARS-CoV-26 Orf1a/b dan E 15
Pemilihan Jenis Sampel
16
1 Tan et al, 2020. Viral Kinetics and Antibody Responses in Patients with COVID-19.
https://doi.org/10.1101/2020.03.24.20042382
2 Wang et al, 2020. Detection of SARS-CoV-2 in Different Types of Clinical Specimens.
https://jamanetwork.com/
on 04/01/2020
SkemaTahapan real time RT-PCR
17 1 http://www.differencebetween.net/science/difference-between-rt-pcr-and-qpcr/ 2 Gachon et al, 2020. DOI: 10.1093/jxb/erh181
Pengambilan Sampel Nasofaring / Orofaring
18 Puslitbang Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan Badan Litbangkes. Workshop Case Management COVID-19. Jakarta, 21 Februari 2020
Sampel Swab Nasofaring Sampel Swab Orofaring
Sampel Sputum
Pengambilan Sampel Swab Anak
Virus Transpor Media
19 Puslitbang Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan Badan Litbangkes. Workshop Case Management COVID-19. Jakarta, 21 Februari 2020
Kemungkinan Penyebab False Negative KARAKTERISTIK PENYAKIT KETERBATASAN PENGAMBILAN SAMPEL
1. Kadar muatan virus berbeda di tahap infeksi yang berbeda
2. Ada perbedaan spesifik terhadap organ tubuh yang diserang virus
1. Pelaksanaan pengambilan sampel, lokasi, volume
2. Penggunaan polyester atau kapas sintetis (swab) untuk deteksi virus dan PCR
3. Tenaga medis pengambilan sampel yang tidak berstandar
TRANSPORTASI, PENYIMPANAN, MASALAH LAINNYA
KELEMAHAN REAGEN PCR
1. Pemilihan wadah penyimpanan cairan virus (VTM)
2. Faktor eksternal (suhu/ waktu penyimpanan/ transportasi)
3. Virus RNA mudah terdegradasi
1. Siklus R&D yang singkat dan stabilitas produk yang buruk
2. Belum melalui verifikasi berulang kali dan verifikasi klinis
3. Kekurangan situs gen spesifik yang tidak mencukupi saat merancang
4. Kualitas qPCR bervariasi dari produsen berbeda
20 Liu Min, Dept. Laboratorium Medis RS Pertama Afiliasi Universitas Sun Yat-Sen. Mindray Webinar. 14 April
2020
FAKTOR YANG PERLU DIPERHATIKAN PADA PCR COVID-19
1.Jenis spesimen (nasofaring /orofaring swab, sputum, BAL) tingkat positivitas berbeda
2.Persyaratan laboratorium yang dapat mengerjakan PCR (sesuai SE HK.02.01/MENKES/234/2020)
3.Ketersediaan APD, Swab & VTM, Reagen Ekstraksi dan PCR
4.Kompetensi SDM dalam (1). Pengambilan sampel; (2) Ekstraksi; (3) PCR
5.Perbedaan proses ekstraksi: manual/semi otomatis/otomatis
6.Perbedaan alat PCR: open/closed system
7.Perbedaan target gen Interpretasi dan keseragaman pelaporan hasil
21
4. Tes Serologi
22
Prinsip Tes Serologi (Rapid Test / Immunochromatography)
• Deteksi antibodi yang dihasilkan tubuh terhadap antigen (IgM, IgG, antibodi total, dll)
• Berbagai metode:
ELISA
CLIA
IFA
Immunochromatography (Rapid Test)
23 Sumber gambar: https://www.clinisciences.com/lire/newsletter-26/sars-cov-2-covid-19-test-rapide-2264.html
Dynamic Titers of IgM Antibodies to SARS-CoV-2
24 Tan et al, 2020. Viral Kinetics and Antibody Responses in Patients with COVID-19.
https://doi.org/10.1101/2020.03.24.20042382.
Dynamic Titers of IgG Antibodies to SARS-CoV-2
25 Tan et al, 2020. Viral Kinetics and Antibody Responses in Patients with COVID-19.
https://doi.org/10.1101/2020.03.24.20042382.
Tingkat Positivitas PCR, IgM, IgG Terhadap Perjalanan Penyakit
26 Guo et al, 2020. Profiling Early Humoral Response to Diagnose Novel Coronavirus Disease (COVID-19). Clin Infect Dis. 2020 Mar 21. pii: ciaa310. doi: 10.1093/cid/ciaa310
Kemungkinan Penyebab False Positive
FAKTOR INTERNAL FAKTOR EKSTERNAL
1. Rheumatoid Factor 2. Antibodi heterofilik 3. Sistem komplemen: reaksi imunitas
cross-linking dengan antibodi 4. Anti-mouse antibody Ig 5. Lisozim: dapat membentuk
jembatan antara IgG fase padat dan IgG marker
1. Hemolisis: Selama inkubasi, kadar Hb yang meningkat teradsorpsi pada fase padat, lalu bereaksi dengan substrat HRP menyebabkan hasil “false positive”.
2. Waktu penyimpanan terlalu lama: IgG dapat berpolimerisasi, di imunoasai tidak langsung akan menyebabkan reaksi background yang dalam, sehingga hasil“false positive”
3. Spesimen tidak membeku sempurna: Pada ELISA, terbentuk blok fibrin sering false positive
4. Pengaturan cut-off hasil positif: area abu-abu
27 Liu Min, Dept. Laboratorium Medis RS Pertama Afiliasi Universitas Sun Yat-Sen. Mindray
Webinar.
14 April 2020
Kemungkinan Penyebab False Negative
KLINIS LABORATORIUM
1. Masa awal infeksi, antibodi belum terbentuk atau belum terdeteksi
2. Fungsi kekebalan tubuh terganggu tidak dapat menghasilkan antibodi yang cukup untuk terdeteksi
1. Reagen yang dipilih (Antigen dan kualitasnya)
2. Kondisi laboratorium (temperatur dan kelembaban)
3. Cara pengerjaan tes
28 Liu Min, Dept. Laboratorium Medis RS Pertama Afiliasi Universitas Sun Yat-Sen. Mindray
Webinar.
14 April 2020
HATI-HATI HASIL RAPID TEST ANTIBODI FALSE POSITIVE/NEGATIVE (PDS PatKLIn)
Kemungkinan false positive:
Kemungkinan cross reactive antibody dengan berbagai virus lain (Coronavirus lain dan yang mirip)
Kemungkinan false negative:
1. Belum terbentuk antibodi saat pengambilan sampel (masa inkubasi)
2. Pasien immunocompromised (gangguan pembentukan antibodi)
3. Kadar antibodi di bawah deteksi alat
29
30 Revisi-4 Tanggal 27 Maret 2020 Tanggal 23 Maret 2020
5. Paramater Laboratorium Untuk Manajemen Covid
31
Protokol Laboratorium Pada COVID-19
32
1. SKRINING
2. DIAGNOSIS
3. PEMANTAUAN
4. SURVEILANS
USULAN PANDUAN PEMERIKSAAN LABORATORIUM COVID-19 PDS PATKLIN
33
34
Progres Perubahan Parameter Laboratorium
Awal MRS • DL dan LDH normal
• Limfopenia (<1000/µL) pada 29% kasus
Perjalanan Penyakit
• ALC menurun (<1000/µL), AMC
• CRP
• LDH
Klinis kembali
membaik
• WBC (bila sebelumnya rendah
• Limfosit absolut,
• NLR
35 Fan et al, 2020. Hematologic parameters in patients with COVID-19 infection. DOI: 10.1002/ajh.25774
Susilo, et al, 2020. Coronavirus Disease 2019: Tinjauan Literatur Terkini. Jurnal Penyakit Dalam Indonesia | Vol. 7, No. 1 | Maret 2020
36
Neutrophil – Lymphocyte Ratio (NLR)
• Cut-off 3,13
• Limfopenia absolut terjadi pada kasus berat
• NLR ≥ 3,13 dan usia ≥ 50 tahun risiko meningkat 50% untuk terjadi keparahan penyakit
• Saran penanganan berdasarkan NLR dan usia:
37
NLR USIA SARAN
< 3,13 < 50 tahun Tidak ada risiko, isolasi rumah
≥ 3,13 < 50 tahun Risiko rendah, rawat inap
< 3,13 ≥ 50 tahun Risiko sedang, rawat inap dengan monitoring respirasi
≥ 3,13 ≥ 50 tahun Risiko tinggi, ICU
Liu et al, 2020. Neutrophil-to-Lymphocyte Ratio Predicts Severe Illness Patients with 2019 Novel Coronavirus in the Early Stage. DOI: 10.1101/2020.02.10.20021584
Berbagai Cut-Off Nilai NLR
38
Sysmex Haematology Updates – Investigasi COVID-19 dengan Pemeriksaan Hematologi Sysmex. HEM/EM/010/III/2020
Pemantauan Laboratorium pada Protokol Tatalaksana Pasien Terkonfirmasi COVID-19
1. OTG 2. Gejala Ringan 3. Gejala Sedang
• Pemantauan laboratorium Darah Perifer Lengkap berikut dengan hitung jenis, bila memungkinkan ditambahkan dengan CRP, fungsi ginjal, fungsi hati dan ronsen dada secara berkala
4. Gejala Berat • Pemantauan laboratorium Darah Perifer Lengkap berikut dengan
hitung jenis, bila memungkinkan ditambahkan dengan CRP, fungsi ginjal, fungsi hati, Hemostasis, LDH, D-dimer.
• Monitor tanda-tanda sebagai berikut; - Takipnea, frekuensi napas ≥ 30x/min, - Saturasi Oksigen dengan pulse oximetry ≤93% (di jari), - PaO2/FiO2 ≤ 300 mmHg, - Peningkatan sebanyak >50% di keterlibatan area paru-paru pada pencitraan thoraks dalam 24-48 jam, - Limfopenia progresif, - Peningkatan CRP progresif, - Asidosis laktat progresif.
39 Protokol Tatalaksana COVID-19 PDPI, PERKI, PAPDI, PERDATIN, IDAI, 2020.
Pemantauan Laboratorium pada Protokol Tatalaksana Pasien BELUM Terkonfirmasi
COVID-19
1. OTG
2. Gejala Ringan
• Hematologi rutin, hitung jenis leukosit, dan laju endap darah
3. Gejala Sedang & Berat
• Pemeriksaan RDT/PCR Swab Nasofaring hari 1 dan 2 sesuai Pedoman Covid Kemenkes Hal 110
• Pemantauan laboratorium Darah Perifer Lengkap berikut dengan hitung jenis, bila memungkinkan ditambahkan dengan CRP, fungsi ginjal, fungsi hati, Hemostasis, LDH, D-dimer
40 Protokol Tatalaksana COVID-19 PDPI, PERKI, PAPDI, PERDATIN, IDAI
Usulan Alur Pemantauan Parameter Koagulasi Pada Pasien Dengan Infeksi Covid-19
41
42 Song et al, 2020. COVID-19 early warning score: a multi-parameter screening tool to identify highly suspected patients. https://doi.org/10.1101/2020.03.05.20031906.
6. Penanganan Spesimen
43
Prinsip Umum Penanganan Spesimen Rutin (Darah, Urin, Feses)
di Era Pandemi Covid-19
Semua spesimen yang diterima harus diperlakukan sebagai spesimen resiko tinggi
Wajib menerapkan Universal Precaution untuk semua spesimen (pelindung wajah, sarung tangan, gaun disposable)
Belum ada laporan keberadaan virus SARS-CoV-2 yang masih infeksius pada darah dan urin
Hati-hati terhadap berbagai prosedur yang menghasilkan aeorosol/droplet/tumpahan
44 Odega et al, 2020. Safe Laboratory Practices In The Light Of Covid-19 Pandemic: Way
Forward In A Resource Limited Setting. doi:10.20944/preprints202004.0103.v1
45 Dirjen Yankes, 6 April 2020. Petunjuk Teknis Penggunaan Alat Perlindungan Diri (APD) Dalam Menghadapi Wabah Covid-19
46
APD Sesuai Transmisi
TRANSMISI DROPLET DAN KONTAK TRANSMISI AEROSOL
• Gaun/gown • Sarung tangan • Masker N95 atau bedah • Pelindung kepala • Pelindung mata (goggles) • Sepatu pelindung Catatan: APD di atas dapat ditambahkan pelindung wajah (face shield)
• Gaun/gown • Sarung tangan • Masker N95 • Pelindung kepala • Pelindung mata (goggles) • Pelindung wajah (face shields) • Sepatu pelindung Catatan: APD di atas bisa ditambah dengan penggunaan apron
47
Pengerjaan Spesimen Rutin
48
49
http://2017.igem.org/Safety/What_is_Safety
Prosedur Laboratorium Yang Beresiko Menimbulkan Aerosol
50 https://wp.stolaf.edu/chemical-hygiene/preventing-aerosol-production
51
http://2017.igem.org/Safety/What_is_Safety
Tambahan: • Pengambilan swab nasofaring/
orofaring • Ekstraksi RNA
Kewaspadaan Penggunaan Sentrifugasi
52
TANGGAL PANDUAN
7 Maret 2020 Manajemen Spesimen Dan Diagnosis Laboratorium Kasus Suspek 2019-ncov
7 Maret 2020 2. Pencegahan Dan Pengendalian Infeksi Pada Suspek Infeksi 2019-ncov
19 Maret 2020 Press Release Kewaspadaan Tes Cepat (Rapid Test) COVID-19 Igm/Igg Berbasis Serologi
21 Maret 2020 Alur Pemeriksaan Rapid Test Sars-Cov-2 (COVID-19) Usulan PDS Patklin
25 Maret 2020 Panduan Tatalaksana Pemeriksaan Rapid Test Antibody Sars-cov-2 Metode Imunokromatografi
20 April 2020 Daftar Rapid Test Serologi COVID-19 Yang Sudah Terdaftar di FDA Negara
21 April 2020 Revisi Panduan Pemeriksaan Rapid Test Antibodi Metode Imunokromatografi
22 April 2020 Panduan Tatalaksana Pemeriksaan Tes Cepat Molekuler (TCM) dan Polymerase Chain Reaction (PCR) SARS-CoV-2 53
Berbagai Panduan COVID-19 oleh PDS PatKLIn
54
1. Email : [email protected]
2. Facebook : [email protected]
3. Website : www.pdspatklin.or.id
4. Youtube : PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik
5. Instagram : DOKTER PATOLOGI KLINIK
6. Twitter : www.twitter.com/patologi_klinik
Take Home Message
1. Di era pandemi, semua spesimen harus diperlakukan sebagai spesimen beresiko tinggi
2. Hati2 terhadap semua tindakan yg menimbulkan aerosol, perhatian pada APD yang digunakan
55
56
TERIMA KASIH