8/7/2019 genomik_2
1/73
Fiziksel harita eitleri
Fiziksel haritalar genel tipe ayrlrlar:Kromozomal / sitogenetik haritalar,Radyasyon hibrid haritalar (RH), ve diziharitalar.
Haritalarn znrlkleri arasndaki farklaronlarn birbirine yakn elementleri ayrma
mesafeleriyle ilgilidir.
8/7/2019 genomik_2
2/73
Fiziksel haritalar
En dk znrlkteki fiziksel haritalar, boyanmkromozomlar zerindeki farkl bant tiplemesine gre yaplanKromozomal / sitogenetik haritalardr. Genetik balantharitalar gibi kromozomal haritalama organizma dzeyinde
gzlenebilen zellikler yoluyla saptanmas iin kullanlr. Kromozom haritalar fiziksel mesafenin tayin edilmesi
temeline dayandndan, fiziksel haritalar olarak kabuledilirler.
Bantlar arasndaki baz ifti says sadece tahmin edilebilir.
8/7/2019 genomik_2
3/73
Fiziksel haritalar
RH ve dizi haritalar daha ayrntl haritalardr.
RH haritalar balant haritalarna benzer ekildegenetik ve fiziksel markerler arasndaki mesafeyi
tahmin eder- benzer ulu olanlar-.
RH haritalar balant haritalarna gre markerlerarasndaki mesafeyi daha doru olarak salar.
8/7/2019 genomik_2
4/73
Fiziksel haritalar
RH haritalamas balant haritalarna benzer ekilde genetikmarkerlar arasndaki mesafeyi tahmin eder
Ancak balant haritalamasndan farkl olarak markerlar doalrekombinasyon yerine radyasyonla indklenen krklarn
oluumu ile ayrlrlar. Farkl dozlarda uygulanan radyasyon ile birbirine ok yaknolan markerlarn ayrlmalar znrl artrr.
RH haritalamas dier genomik fragmentlerin haritapozisyonlarn belirleyi salann yan sra hemen her eitgenetik marker lokalize etmek iin kullanlr.
RH haritalar polimorfik genetik markerlarn ender olduublgeler iin marker smarlamak iin ok yararldr.
8/7/2019 genomik_2
5/73
Fiziksel haritalar
En ayrnt fiziksel haritalar markerlarnarasndaki uzaklklar baz ifti olarakbelirlemeye yarayan dizi haritalardr.
8/7/2019 genomik_2
6/73
Fiziksel haritalar
Genetik haritalardan farkl olarak fiziksel haritalar,gerek DNA BRMLER (B) temeline dayal vebylece de dizileme iin uygun olan haritalardr.
HPGnin fiziksel haritalama aamas genomik DNAktphanelerinin oluturulmas ve contigler(genomun devamllk gsteren paralarn tayanklon serileri) olarak adlandrlan stste gelenklonlarn tanmlanmas ve birleterilmesini kapsar
8/7/2019 genomik_2
7/73
Fiziksel haritalar
nsan genom projesinin balamasyla klonlama amalyksek kapasitedeki vektrlerin kullanm, kozmitler(minumum insert boyu 40kb) mmknd.
nk, yzbinlerce kozmit klonun bir fizikselharitann birletirilebilmesi iin taranmas gerekliliinedeniyle byk insertleri klonlamaya yarayanvektrlere ihtiya vard.
Genomik taslak zerinde stste getirme ve klonkontiglerini birletirme Iin ayn zamanda yeniyaklamlara da gereksinim vard.
8/7/2019 genomik_2
8/73
Fiziksel haritalar
Klonlama vektrleri teknolojisinde olduka bykinsertlerin klonlanmasna olanak veren artificialklonlama vektrleri gelitirildi.
Bu vektrlerin ilki Yeast Artificial Chromosome (YAC) idi. 1Mbdan byk paralarn klonlanmasna olanak verirler
Bylece genomun tmn kapsamak iin gerekli olan klonsaysn 10000 kadar azaltrlar
Bunlarla birlikte YAClarn kullanm ile ilgili sorun kimerik
insertleri (genomda uygun lokasyonlardan olmayan 2 ya dadaha fazla DNA parasn kapsayan insert) almaeilimleridir.
8/7/2019 genomik_2
9/73
Fiziksel haritalar
Bu nedenle dizileme iin kullanlacak sonfiziksel haritalarn yapmnda kullanlacakyksek gvenirlikli vektrler gerekti.
Hem stabiliteleri hem de ksmen bykparalarn klonlanabilmesi (200-300 kb) iinkullanlabilmeleri nedeniyle BAC (Bacterial
Artificial Chromosome) ve PAC (P1 ArtificialChromosome) lar seildi.
8/7/2019 genomik_2
10/73
Fiziksel haritalar
QuickTime and adecompressor
are needed to see this picture.
(a)YAC: TEL-telomer, TRP-triptofan sentezi iin seleksiyon
markr, ARS-
maya replikasyonOrijini, CEN- sentromer,LEU-lsin seleksiyon markr
(b) BAC: CmR--antibiyotik direnGeni, oriS/repE- replikasyon
Orijini, par A/parB-kopyaSaysn dzenleme
dizisi
8/7/2019 genomik_2
11/73
Fiziksel haritalar
Fiziksel klonlarn kontiglerde birletirilmesi iingelitirilen eitli stratajilerin hepsi, uygun klonlarnstste gelmesine yneliktir.
BU STRATEJLER: Kromozom walking
RE fingerprinting
Tekrarl DNA fingerprinting
SST haritalamas
8/7/2019 genomik_2
12/73
Fiziksel haritalar
Kromozom walking
Bu yntem pozisyonel klonlama iin yaygnolarak kullanlr ve klonlarn aamal olarak
stste gelenlerin saptamak iin hibridizasyonproblar olarak kullanmn ierir.
pozisyonel klonlama: genetik haritalamalarla
daha nceden genomun belli bir blgesindeolduu saptanan genellikle hastalk genlerininmarkr olarak kullanmna dayanr.
8/7/2019 genomik_2
13/73
Fiziksel haritalar
8/7/2019 genomik_2
14/73
Fiziksel haritalar
Kromozom walking
Alternatif olarak her her klonun dizisine ait
son blgenin dizisi primer ifti tasarlamak iinkullanlr ve bu primerler stste gelenklonlarn PCR ile saptanmas iin kullanlr
8/7/2019 genomik_2
15/73
Fiziksel haritalar
8/7/2019 genomik_2
16/73
Fiziksel haritalar
RE fingerprinting
Bu yntem klonlarn REler ile paralanmasesasna dayanr
nemli sayda identik restriksiyon fragmentitayan tayan iki klon stste getirilir
Ayrm yapmak iin kompleks bir uygulama
olduu iin bilgisayar ortamndan yararlanmakgerekir.
8/7/2019 genomik_2
17/73
Fiziksel haritalar
Tekrarl DNA fingerprinting
Restriksiyon fragmentlerinin Southern blotlar Alu gibigenom boyunca tekrarlanan diziler iin problanabilir
Alu elementleri genomda 1 milyondan fazla kopyasvardr (4kbda 1), 100kb.lk tipik bir BAC klonunda 20-30 tekrarlar vardr.
stste gelen klonlar hibridlenen bantlarn nemli bir
ksmn tarlarPCR temelli fingerprint testleri tekrarl DNAlar iin de
kullanlabilir
8/7/2019 genomik_2
18/73
Fiziksel haritalar
8/7/2019 genomik_2
19/73
Fiziksel haritalar
RE fingerprinting
Bu yntem klonlarn REler ile paralanmasesasna dayanr
nemli sayda identik restriksiyon fragmentitayan tayan iki klon stste getirilir
Ayrm yapmak iin kompleks bir uygulama
olduu iin bilgisayar ortamndan yararlanmakgerekir.
8/7/2019 genomik_2
20/73
Fiziksel haritalar
Tekrarl DNA fingerprinting
Restriksiyon fragmentlerinin Southern blotlar Alu gibigenom boyunca tekrarlanan diziler iin problanabilir
Alu elementleri genomda 1 milyondan fazla kopyasvardr (4kbda 1), 100kb.lk tipik bir BAC klonunda 20-30 tekrarlar vardr.
stste gelen klonlar hibridlenen bantlarn nemli bir
ksmn tarlarPCR temelli fingerprint testleri tekrarl DNAlar iin de
kullanlabilir
8/7/2019 genomik_2
21/73
Fiziksel haritalar
SST haritalamas SST (Sequence tagged site) PCR ile kolaylkla
saptanabilen 100-200 b. uzunluunda ve genomdatek olarak bulunan dizilerdir. Eer iki klon ayn SSTpaylayorsa stste gelme esasna gre kotiglerinsaptanmas iin kullanlrlar
Bir dizinin SST olabilmesi iin mutlak konumunun vebaz dizisinin bilinmesi gerekir. Ayrca bu dizi allan
kromozomda sadece bir kere bulunmaldr.
8/7/2019 genomik_2
22/73
STSlerin kaynaklar
Expressed sequence tags (ESTs) ler cDNA klonlarnn analizi yoluyla eldeedilen ksa dizilerdir. cDNAlar ift iplikli bir DNAnn mRNAya evrilmesi ileelde edilirler ve anlatm yapan genleri temsil ederler. Bir EST eer bir genailesi ( Tm genler ayn ya da benzer dizilimdedirler) deil de zgn bir
gene ait ise STS olarak kullanlabilir. Simple sequence length polymorphisms (SSLPs) uzunluk varyasyonugsteren tekrarl diziler serisidir. SSLPler polimorfiktir. Genetik ve fizikselharitalarn balantsnn yaplmasn saladklarndan deerlidirler.
Random genomic sequences klonlanm genomik DNA ya da databankasndaki mevcut dizilerin rasgele seilip, dizilenmesi sonucu eldeedilirler.
8/7/2019 genomik_2
23/73
Fiziksel haritalar
SST haritalamas HPGde kontiglerin birletirilmesi iin en nemlistratejidir.
NK, fiziksel bir referans harita ortalama 200 kb.lk aralkl 15.000 SSTmarkr ierir
Bylece belli bir SST markr ieren klonlar kromozomlardaki mutlaklokasyonlarn gsteren referans haritalara yerletirilebilirler(demirlenebilirler)
Baz SSTler polimorfik mikrosatellit dizileri ierdiklerinden genetikharitalar ile birletirilmeleri iin genetik markrlar olarak da i grrler
cDNA klonlarndan trevlenenE
STler (Ex
pressed Sequence Taqs) isegenlerin pozisyonlarn saptamak iin kullanlrlar
8/7/2019 genomik_2
24/73
Dizileme Stratejileri
Tm genom projelerinin temeli zincir sonlanmadizilemesi teknolojisine dayanr.
En kompleks dizileme cihazlar da kullanlsa 600-700nkleotidden uzun DNA paralarnn doru biimdedizilenmesi mmkn deildir.
Bu nedenle PAC ve BAC gibi byk insert tayanvektrlerin (> 200kb) tadklar DNA kkparalara ayrldktan sonra dizilenmelidir
8/7/2019 genomik_2
25/73
Dizileme Stratejileri
Byk insertlerin kk paralara (1-2 kb)ayrlmas genellikle rasgele paralama ileyaplr.
Ksalm paralar dizilenir Dizi bilgileri bilgisayara aktarlr
stste gelen diziler aratrlr
BirletirilirSHOTGUN DZLEME
8/7/2019 genomik_2
26/73
8/7/2019 genomik_2
27/73
8/7/2019 genomik_2
28/73
8/7/2019 genomik_2
29/73
Hiyararik Shotgun
nsan Genom Projesinde Hiyararik Shotgunstratejisi uygulanmtr
Hiyararik Shotgun stratejisi her bir BAC klonu(nun
tad insert) iin teker teker uygulanmtr. Her BAC bu aamada fiziksel olarak dizilendii iin
fiziksel referans haritasndaki pozisyonu kolaylklasaptanabilir.
8/7/2019 genomik_2
30/73
Tm Genom Shotgun
1999da insan genom dizilemesi amacyla kurulmu zelCelera firmas alternatif tm genom shotgun stratejisinikulland
Bu stratejide shotgun dizileme tm genom iin uyguland
Haritalama yatrm yerine 600-700 nkleotidlik diziokumalarndan tm genomun oluturulmas iinbilgisayarlarn gcnden yararlanld.
lk kompleks hcresel genom iin tm genom shotguntekniini 1995de kullanan ve geerliliini kantlayan projesorumlusu Craig Venter bu tekniin kompleks karyotikgenomlardan Drosophila melanogasterin kromatin ksmnndizilenmesi ile HPG kapsamnda uygulad.
8/7/2019 genomik_2
31/73
Tm Genom Shotgun
Hzl data birikimine neden oldu
Tekrarl ksmlarn dizilenmesi sorunu
Harita ve dizi datalarnn her ikisine dayalolarak TASLAK harita Natureda 2000,yaynland.
Dizileme 2003de tamamland.
8/7/2019 genomik_2
32/73
nsan Genom Projesi SALIK 1998-2007
2003: Human Genome Projesinin TamamlanmasA VISION FOR THE FUTURE OF GENOMICS RESEARCHFRANCIS S. COLLINS, ERIC D. GREEN, ALAN E. GUTTMACHER &
MARK S. GUYERNature, Vol. 422, No. 6934, April 24, 2003, p. 835-847.
8/7/2019 genomik_2
33/73
A VISION FOR THE FUTURE OF GENOMICS RESEARCHFRANCIS S. COLLINS, ERIC D. GREEN, ALAN E. GUTTMACHER & MARK
S. GUYERNature, Vol. 422, No. 6934, April 24, 2003, p. 835-847.
3 TEMATK ALAN GENOMK - BYOLOJ GENOMK - NSAN SALII
GENOMK - TOPLUMv t yl k sien lt l nl r1. Kaynaklar2. Teknoloji gelitiril esi
3. Biyoinformatik4. ELSI5. Eiti
8/7/2019 genomik_2
34/73
8/7/2019 genomik_2
35/73
GENOMK - BYOLOJ
nsan genomundaifrelenen bileenlerinkarlatrmal katalounun yaplmas
Hcresel veorganizmadzeyindegenomunifreledii bileenlerin ilevlerininintegratif belirlenmesi
Genomun yeni ilevler kazanmak zere
nasl deitiininanlalmas
8/7/2019 genomik_2
36/73
GENOMK - BYOLOJ:
Aama 1 : Genomun %1-2si protein ifreler, ifreleme yapmayan(fonksiyonel elementler ieren) blgelerin katalounun yaplmas
Aama 2:Genetik network veprotein sentez yollarnn cresel veorganizmedzeyindeetkilerininanlalmas, knock-out, knock-downyaklam, kk molekl inhibitrleri
Aama 3:nsan genomunda kaltsal varyasyonunayrntl incelenmesi,SNPler, HapMap Projesi
Aama 4: Trlerarasevolusyonel varyasyonmekanizmasnnanlalmas
Aama 5:Genom bilgisininaratrma ve klinik amal kullanmn
kolaylatrma kurallarnn gelitirilmesi
8/7/2019 genomik_2
37/73
GENOMK - NSAN SALII
Salk vehastalkta rol olan genlerin veevresel faktrlerlenasl etkiletiklerininbelirlenmesi
Genom temelli diagnostik geliimi, ila cevab,erken tan, hastalklarndoru tans
Genomik bilgiyi teraptik gelimelere evirecekkatalizrmetodlarn geliimi
8/7/2019 genomik_2
38/73
GENOMK - NSAN SALII
Aama 1:Hastalk ve ila cevabna genetikkatknn belirlenmesi iin robotikstratejilerin gelitirilmesi: oklu genetik vegenetik olmayan faktrler, alleller sorunu
Haplotipharitalar ilepopulasyonlarhakknda bilgi
8/7/2019 genomik_2
39/73
GENOMK - NSAN SALII
Aama 2: Salk / hastalk direncine katksolan genetik varyantlarn belirlenmesi
r:HNPCC mutasyonluolup, kolon kanserigeliimi olmayanlarnaratrlmas
8/7/2019 genomik_2
40/73
GENOMK - NSAN SALII
Aama 3:la cevab,erkentan vehastalk durumlarnnmoleklertaksonomisininaklanmasnda genomtemelliyaklamlarngelitirilmesi
Hastalk riskine neden olan genetik varyasyonlarn kefi Hastalklarnklasifiyeedilmesiiinsomatik varyasyonlarnsistematikanalizi,epigenetikmodifikasyonlar, genanlatmmodifikasyonu (r:bellitipkanserler,nromuskulerhastalklar)
Ayrntlmoleklertaksonomiileerkentan Iinetkinmetodlarn gelitirilmesir: SENTNEL METODU vucutsvlarndaproteomikanalizi,lkositlerdeki genanlatm,doku biyopsirneklerininilerimolekleranalizi
8/7/2019 genomik_2
41/73
GENOMK - NSAN SALII
Aama 4:Yeni terapotik yaklamlarngelitirilmesi iin genler vepathwaylerinanlalmas
lalarnhedeflenebilecei ok fazla genvar. r:Gleevec
Kimyasal genomik: tedavi amal kk
molekl ktphaneleri
8/7/2019 genomik_2
42/73
GENOMK - TOPLUM
Genomik almalarn etik snrlarkapsamnda yaplmas iin kurallarnbelirlenmesi
Genomik etkisinin analizi Irk,
etnik kken,
akrabalk,
bireysel ve grup tanmlamalar,
zellikler ve davranlarda salk, hastalk venormalite kavramlar
8/7/2019 genomik_2
43/73
nsan Genom Projesi SALIK 1998-2007
2003: ENCODE Programnn Balamas ENCyclopdia OfDNA Elements (ENCODE) AMA: Genomdaki tm protein kodlayan ve protein kodlamayan, fonksiyonel
elementlerin (gen anlatmnn dzenlenmesinde nemli etkileri olan, kromozomyapsn ve ilevini belirleyen, genlerin alp kapanmasnda sinyal rol olan junkDNA da denilen DNA dizileri) dier fonksiyonel DNA elementlerinin de
haritanmas da kapsamaktadr nsan salnn genetik temelinin anlalmas, hastalklardan korunma ve tedaviye
ynelik almlar salayacaktr 2007 Eyllde 1.faznn tamamlanmas dnlyor ENCODE-HapMap ilikilendirilmesi
10 HapMap-EnCODE blgesinin 48 farkl bireyde yeniden dizilenmesi (16 Yoruba,16 CEPH, 8 Han Chinese, and 8 Japanese) ve 30,000 SNPninbulunmas
8/7/2019 genomik_2
44/73
nsan Genom Projesi SALIK 1998-2007
2003: Erken yalanma geninintanmlanmas Hutchinson-Gilford progeria syndrome (HGPS), bilinen ad
progeria, 1/8 milyon sklk
Tan ve tedavisi yok, 5 -10 kat hzl yalanma Kromozom 1deki geninde tek nkleotid deiimine bal
hastalk geliimi Genini tanmlanmasna balolarak DNA temelli tan
Yeni doanda tan / hastalnaratrlmas
8/7/2019 genomik_2
45/73
nsan Genom Projesi SALIK 1998-2007
2004: FDAin ilk Microarray onaylamas Roche AmpliChip Cytochrome P450 test
sistemi Affymetrix GeneChip Microarray
donanm ile hastalara kiisel zelliklerinegreetkin ila vedoz uygulamalarnaolanak verdi
8/7/2019 genomik_2
46/73
nsan Genom Projesi SALIK 1998-2007
2004: nsan Genomununnce Analizi 20,000-25,000 gen Az gen - ok ilev ilikisi: 1 insan geninden
yaklak farkl rn 2.85 milyar nkleotidin 341 akla dizilenmesi (%99) -Her 100,000 bazda 1 hata-
19,599 protein ifreleyen gen, 2,188 proteinifreleyen genlerle ilikili dierDNA segmentleri
8/7/2019 genomik_2
47/73
nsan Genom Projesi SALIK 1998-2007
2005: HapMap Projesinin Tamamlanmas The International HapMap Consortium un insan genetik varyasyon katalounu
yaynlamas Astm, kanser, diyabet, inme mental hastalklar ve kalp hastalklar gibi yaygn
hastalklarla ilikili genlerin, infektif ajanlar, alar, ilalar ve eitli evreselfaktrlere cevabn kiiden kiiye gre deiik olmasndan sorumlu
varyasyonlarnn saptanmasna (SNPlerin haritalanmasna) olanak vermekte tan ve tedavi kiiye zg ila gelitirilmesinin yolu almakta
Kanada, in, Japonya, Nijerya ve ABDdenpopulasyon analizi Faz I HapMap 1 milyondan
fazla genetik markr
Faz II HapMap 3 milyondan fazla genetik markr
8/7/2019 genomik_2
48/73
nsan Genom Projesi SALIK 1998-2007
Projenin nemi her DNA varyasyonunun bamsz olarak nesilden nesile gemesinden okkromozomlar zerindeki bir seri varyasyonun blok halinde sonraki nesile aktarlmasgereine dayanr
Herhangi iki birey arasndaki DNA benzerlii %99.9 ok kk orandaki varyasyon (SNPler) hastalk riskini nemli derecede etkilemekte Ayn kromozom zerinde bulunan komu SNPler blok halinde dle geerler
Bir bloktaki SNP
biimi haplotip olarak adlandrlr. Genomun yaklak %65-85i 10.000 baz ya da daha uzun olan haplotip bloklarndabulunmakta
Bloklarda ok sayda SNP bulunabilir, ama birka haplotipi tanmlamak iin yeterlidir HapMap bu haplotip bloklarnn ve haplotiplerin ayrt edilmesi iin zgn olan SNPlerin (tag
SNPler) haritalanmasdr HapMap projesi, kabaca 500.000inin tag SNP olduu 10 milyon SNP arasnda bir fenotipten
sorumlu olan bulmak iin tm genomun taranmasna gerek olmad Iin avantajl
8/7/2019 genomik_2
49/73
8/7/2019 genomik_2
50/73
nsan Genom Projesi SALIK 1998-2007
BAZI YAYGIN HASTALIKLAR N GENETK RSKFAKTRLER
Tip 1 diyabet (human leukocyte antigen (HLA5), insulin6 and CTLA4
Alzheimers disease (APOE)8
Derin ven trombozu (factor V)9 Enflamasyonlu barsak hastal(NOD2 ve 5q31) Hipertriglisidemi (APOAV)13
Tip 2 diyabet (PPARG)14,15
izofreni (neuregulin 1)16 Astm (ADAM33)17,
nme(PDE4D)18 Miyokart infarks (LTA)19
8/7/2019 genomik_2
51/73
8/7/2019 genomik_2
52/73
8/7/2019 genomik_2
53/73
nsan Genom Projesi SALIK 1998-2007
2006: Kanser Genom Atlas Projesinin (TCGA) Balamas NCI (National Cancer Institute) ve NIH a balNHGRI (National Human Genome
Research Institute) eitli kanser tiplerine zel genlerin tanmlanmas 9 yl srmesi bekleniyor 1.35 milyar $ bte Wellcome Trust Sanger Institute 2001de 378 kanser rneinde 20 genin analizini
balatt B-RAFgeninin %70 melanoma vakasnda mutant mutasyon sonucu fazla retilen MEK in RNAi yaklam ile tedavisi 5 yl sonra klinik uygulama
Gleevec kronik miyeloid lsemi iin mutant BCR-ABLgenlerinin inhibitr olarak
kullanlyor Herceptin, reseptr protein HER2yi basklamak Iin meme kanserinde baarylakullanlyor
8/7/2019 genomik_2
54/73
Mapping the Cancer GenomePinpointing the genes involved in cancer will help
chart a new course across the complex landscape of human malignanciesBy Francis S. Collins and Anna D. Barker, Scientific American.com, March, 2007
Kanser hcresi genomunda kanserle ilikili anlamsz mutasyonlarntanmlanmas zor, nk: ayn tip kanserlere ait tmrlerdeki genetikvaryasyonlar farkl
Ayn organ ve ayn dokudaki kanserlerdeki genetik varyasyonlar bireydenbireye deiiyor
2006da beyin, akcier veovaryumkanserleri ile allmaya baland 6 merkez tmr rneklerinde dizi deiimlerini kapsamayan kromozom
yeniden dzenlenmeleri, kopya says deiimleri, epigenetik deiimlerebal gen anlatm dzeyindeki farkllklar belirleyecek.
1500den fazla tmrde 2000den fazla gendeki genetik deiiklikler
analiz edilecek (hcre siklusu genleri, tirozin kinaz, fosfatazlar vb.)
8/7/2019 genomik_2
55/73
0
200
400
600
800
10001200
1400
1600
1800
2000
1981
1982
1983
1984
1985
1986
1987
1988
1989
1990
1991
1992
1993
1994
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
2004
2005
Cumulative Pace of Disease Gene Discovery 1981-2005
Year
Number
of Genes
Associatedwith
Disease
Source: Online Mendelian Inheritance in Man
8/7/2019 genomik_2
56/73
Gene Discoveries for Common Complex Diseases
NIH Research Initiatives
Human
Genome
Project
Completed
Human
Genome
Project
Begins
HapMap
Project
Completed
Genes and
Environment
Initiative
Launched
Genetic
Association
Information
Network
Launched
HapMap
Project
Initiated
The Cancer
Genome
Atlas
Launched
YR 90 91 92 93 94 95 96 97
98
99 00 01 02 03 04 05 06 07
8/7/2019 genomik_2
57/73
8/7/2019 genomik_2
58/73
GENOMK-MKROPLER
1. DNA Analiz ipleri
2. Gen Anlatm Analiz ipleri
3. Gen Dzenlenmesinin Analizine Ynelikipler
8/7/2019 genomik_2
59/73
DNAAnaliz ipleri
Genom apnda SNP analizleri
Hedeflenmi genotipleme ve
Yeniden dizileme
r:Genom apnda SNP analizleri kategorisindekiGenome-Wide Human SNP Array 6.0, 906.600adet SNP ve kopya says varyasyonunu belirlemeyeyarayan 946.000den fazla sayda prob ieren 1.8
milyon genetik markr tar.
8/7/2019 genomik_2
60/73
Gen Anlatm Analiz ipleri
3 u zerinde odaklanm olanlarndanHuman Genome U133A 2.0 Array insanbiyolojisi ve hastalk sreleri ile ilgili 14.500
adet iyi karakterize edilmi insan geninitamakta
Human Cancer G110 Array kanser
aratrmalar iin kullanlan 1.700 insan geninitamakta
8/7/2019 genomik_2
61/73
8/7/2019 genomik_2
62/73
DNA ipleri
cDNAnn karakterizasyonunu salar.
Birka cm2lik kat (cam, nitroselloz, silikon) biryzeyde binlerce (10000den fazla) hibridizasyonun
ayn anda gereklemesini salayan mikrodizilimleri(microarray) mmkn klar.
ipteki problarla hibridize olan cDNA miktar zel birscanner (laser) aracl ile bilgisayara aktarlr.
8/7/2019 genomik_2
63/73
DNA ipi
nsan p53 tmor supressor genindekimutasyonun gen ipi ile belirlenmesi
8/7/2019 genomik_2
64/73
DNA ipi
(a)ve(b) insan kanser hcrelerindenizole edilmi P32 ile iaretlicDNAlarn 588 insan ESTsiile hibridizasyonunu gste-ren otoradyogramlar
ve(d) otoradyogramlarn laserscanningi ve bilgisayaranalizi, gen ekspresyonun-daki deiiklikler
dk yksek
8/7/2019 genomik_2
65/73
Mikroip uygulamalar
Atipik ila metabolizmasna sahip hastalarda mutasyontaramas iin P450-2D6 mikroaray temelli test sisteminingelitirilmesi (Tm Bioscience)
siRNA teknolojisinin (gen sessizlemesinin RNAlar ilesaptanmas) optimize edilmesi, siRNAlarn gen sessizletiricietkilerinin tm genom dzeyinde incelenmesi ve kliniketkilerinin belirlenmesi (Affymetrix & Venlo, Qiagen)
8/7/2019 genomik_2
66/73
Mikroip uygulamalar
infektif hastalklarn RNA temelli tans, antiviral,antibakteriyal hastalklara kar ila gelitirilmesi vepatojenlere duyarl sensr oluturulmas (ISISFarmastik)
r: SARS coronavirus, West Nile virus, Monkeypoxvirus, ilaca direlibakteriler
Yeni bir SNP genotipleme teknolojisinin gelitirilmesi(GENE-CHECK)
SNP genotipleme sonularnn mikroaraylere aktarlarak, hastalk tans, iladuyarllk testleri ve ila hedeflemelerinin yaplmas
8/7/2019 genomik_2
67/73
Mikroip uygulamalar
Pediatrik lseminin tiplendirilmesi iin HG-U133 A ve Bmikroaraylerinin gelitirilmesi (Affymetrix)
ALL (Akut lenfoblastik lsemi)nin alt tiplerinin belirlenmesi tedaviemas iin ok nemli. Mevcut tiplendirme ya, akyuvar says,
lsemik hcre genetii vb. kriterlere gre yaplyor. HG U133A ve B mikroarayleri ile 7 ALL alt tipi belirlendi (Blood,
2003).
8/7/2019 genomik_2
68/73
Mikroip uygulamalar
Yeni gelitirilmi bir mikroaray (HG-U133 plus 2.0) iletranskript analizi yaplmas (Affymetrix)
Yaklak 50.000 transkriptin her biri iin 22 farkl prob ile hibridizasyon testiyaplarak anlatm dzeylerinin belirlenmesi hedefleniyor.
Poligenik hastalklarda mikroip uygulamas Poligenik hastalklarda etkin olan RNA mesajlarnn llp, tanmlanmasn
mmkn klan Gen anlatm seri analizi (SAGE) ve Massive Parallel SignatureExpression (MPSS) teknikleri ile bu hastalklarla ilikili elemanlar belirlemekiin gelitirilen yeni mikroip teknikleri
8/7/2019 genomik_2
69/73
8/7/2019 genomik_2
70/73
8/7/2019 genomik_2
71/73
8/7/2019 genomik_2
72/73
8/7/2019 genomik_2
73/73
Recommended