genomik_2

8/7/2019 genomik_2

1/73

Fiziksel harita eitleri

Fiziksel haritalar genel tipe ayrlrlar:Kromozomal / sitogenetik haritalar,Radyasyon hibrid haritalar (RH), ve diziharitalar.

Haritalarn znrlkleri arasndaki farklaronlarn birbirine yakn elementleri ayrma

mesafeleriyle ilgilidir.

8/7/2019 genomik_2

2/73

Fiziksel haritalar

En dk znrlkteki fiziksel haritalar, boyanmkromozomlar zerindeki farkl bant tiplemesine gre yaplanKromozomal / sitogenetik haritalardr. Genetik balantharitalar gibi kromozomal haritalama organizma dzeyinde

gzlenebilen zellikler yoluyla saptanmas iin kullanlr. Kromozom haritalar fiziksel mesafenin tayin edilmesi

temeline dayandndan, fiziksel haritalar olarak kabuledilirler.

Bantlar arasndaki baz ifti says sadece tahmin edilebilir.

8/7/2019 genomik_2

3/73

Fiziksel haritalar

RH ve dizi haritalar daha ayrntl haritalardr.

RH haritalar balant haritalarna benzer ekildegenetik ve fiziksel markerler arasndaki mesafeyi

tahmin eder- benzer ulu olanlar-.

RH haritalar balant haritalarna gre markerlerarasndaki mesafeyi daha doru olarak salar.

8/7/2019 genomik_2

4/73

Fiziksel haritalar

RH haritalamas balant haritalarna benzer ekilde genetikmarkerlar arasndaki mesafeyi tahmin eder

Ancak balant haritalamasndan farkl olarak markerlar doalrekombinasyon yerine radyasyonla indklenen krklarn

oluumu ile ayrlrlar. Farkl dozlarda uygulanan radyasyon ile birbirine ok yaknolan markerlarn ayrlmalar znrl artrr.

RH haritalamas dier genomik fragmentlerin haritapozisyonlarn belirleyi salann yan sra hemen her eitgenetik marker lokalize etmek iin kullanlr.

RH haritalar polimorfik genetik markerlarn ender olduublgeler iin marker smarlamak iin ok yararldr.

8/7/2019 genomik_2

5/73

Fiziksel haritalar

En ayrnt fiziksel haritalar markerlarnarasndaki uzaklklar baz ifti olarakbelirlemeye yarayan dizi haritalardr.

8/7/2019 genomik_2

6/73

Fiziksel haritalar

Genetik haritalardan farkl olarak fiziksel haritalar,gerek DNA BRMLER (B) temeline dayal vebylece de dizileme iin uygun olan haritalardr.

HPGnin fiziksel haritalama aamas genomik DNAktphanelerinin oluturulmas ve contigler(genomun devamllk gsteren paralarn tayanklon serileri) olarak adlandrlan stste gelenklonlarn tanmlanmas ve birleterilmesini kapsar

8/7/2019 genomik_2

7/73

Fiziksel haritalar

nsan genom projesinin balamasyla klonlama amalyksek kapasitedeki vektrlerin kullanm, kozmitler(minumum insert boyu 40kb) mmknd.

nk, yzbinlerce kozmit klonun bir fizikselharitann birletirilebilmesi iin taranmas gerekliliinedeniyle byk insertleri klonlamaya yarayanvektrlere ihtiya vard.

Genomik taslak zerinde stste getirme ve klonkontiglerini birletirme Iin ayn zamanda yeniyaklamlara da gereksinim vard.

8/7/2019 genomik_2

8/73

Fiziksel haritalar

Klonlama vektrleri teknolojisinde olduka bykinsertlerin klonlanmasna olanak veren artificialklonlama vektrleri gelitirildi.

Bu vektrlerin ilki Yeast Artificial Chromosome (YAC) idi. 1Mbdan byk paralarn klonlanmasna olanak verirler

Bylece genomun tmn kapsamak iin gerekli olan klonsaysn 10000 kadar azaltrlar

Bunlarla birlikte YAClarn kullanm ile ilgili sorun kimerik

insertleri (genomda uygun lokasyonlardan olmayan 2 ya dadaha fazla DNA parasn kapsayan insert) almaeilimleridir.

8/7/2019 genomik_2

9/73

Fiziksel haritalar

Bu nedenle dizileme iin kullanlacak sonfiziksel haritalarn yapmnda kullanlacakyksek gvenirlikli vektrler gerekti.

Hem stabiliteleri hem de ksmen bykparalarn klonlanabilmesi (200-300 kb) iinkullanlabilmeleri nedeniyle BAC (Bacterial

Artificial Chromosome) ve PAC (P1 ArtificialChromosome) lar seildi.

8/7/2019 genomik_2

10/73

Fiziksel haritalar

QuickTime and adecompressor

are needed to see this picture.

(a)YAC: TEL-telomer, TRP-triptofan sentezi iin seleksiyon

markr, ARS-

maya replikasyonOrijini, CEN- sentromer,LEU-lsin seleksiyon markr

(b) BAC: CmR--antibiyotik direnGeni, oriS/repE- replikasyon

Orijini, par A/parB-kopyaSaysn dzenleme

dizisi

8/7/2019 genomik_2

11/73

Fiziksel haritalar

Fiziksel klonlarn kontiglerde birletirilmesi iingelitirilen eitli stratajilerin hepsi, uygun klonlarnstste gelmesine yneliktir.

BU STRATEJLER: Kromozom walking

RE fingerprinting

Tekrarl DNA fingerprinting

SST haritalamas

8/7/2019 genomik_2

12/73

Fiziksel haritalar

Kromozom walking

Bu yntem pozisyonel klonlama iin yaygnolarak kullanlr ve klonlarn aamal olarak

stste gelenlerin saptamak iin hibridizasyonproblar olarak kullanmn ierir.

pozisyonel klonlama: genetik haritalamalarla

daha nceden genomun belli bir blgesindeolduu saptanan genellikle hastalk genlerininmarkr olarak kullanmna dayanr.

8/7/2019 genomik_2

13/73

Fiziksel haritalar

8/7/2019 genomik_2

14/73

Fiziksel haritalar

Kromozom walking

Alternatif olarak her her klonun dizisine ait

son blgenin dizisi primer ifti tasarlamak iinkullanlr ve bu primerler stste gelenklonlarn PCR ile saptanmas iin kullanlr

8/7/2019 genomik_2

15/73

Fiziksel haritalar

8/7/2019 genomik_2

16/73

Fiziksel haritalar

RE fingerprinting

Bu yntem klonlarn REler ile paralanmasesasna dayanr

nemli sayda identik restriksiyon fragmentitayan tayan iki klon stste getirilir

Ayrm yapmak iin kompleks bir uygulama

olduu iin bilgisayar ortamndan yararlanmakgerekir.

8/7/2019 genomik_2

17/73

Fiziksel haritalar


Restriksiyon fragmentlerinin Southern blotlar Alu gibigenom boyunca tekrarlanan diziler iin problanabilir

Alu elementleri genomda 1 milyondan fazla kopyasvardr (4kbda 1), 100kb.lk tipik bir BAC klonunda 20-30 tekrarlar vardr.

stste gelen klonlar hibridlenen bantlarn nemli bir

ksmn tarlarPCR temelli fingerprint testleri tekrarl DNAlar iin de

kullanlabilir

8/7/2019 genomik_2

18/73

Fiziksel haritalar

8/7/2019 genomik_2

19/73

Fiziksel haritalar

RE fingerprinting

Bu yntem klonlarn REler ile paralanmasesasna dayanr

nemli sayda identik restriksiyon fragmentitayan tayan iki klon stste getirilir

Ayrm yapmak iin kompleks bir uygulama

olduu iin bilgisayar ortamndan yararlanmakgerekir.

8/7/2019 genomik_2

20/73

Fiziksel haritalar


Restriksiyon fragmentlerinin Southern blotlar Alu gibigenom boyunca tekrarlanan diziler iin problanabilir

Alu elementleri genomda 1 milyondan fazla kopyasvardr (4kbda 1), 100kb.lk tipik bir BAC klonunda 20-30 tekrarlar vardr.

stste gelen klonlar hibridlenen bantlarn nemli bir

ksmn tarlarPCR temelli fingerprint testleri tekrarl DNAlar iin de

kullanlabilir

8/7/2019 genomik_2

21/73

Fiziksel haritalar

SST haritalamas SST (Sequence tagged site) PCR ile kolaylkla

saptanabilen 100-200 b. uzunluunda ve genomdatek olarak bulunan dizilerdir. Eer iki klon ayn SSTpaylayorsa stste gelme esasna gre kotiglerinsaptanmas iin kullanlrlar

Bir dizinin SST olabilmesi iin mutlak konumunun vebaz dizisinin bilinmesi gerekir. Ayrca bu dizi allan

kromozomda sadece bir kere bulunmaldr.

8/7/2019 genomik_2

22/73

STSlerin kaynaklar

Expressed sequence tags (ESTs) ler cDNA klonlarnn analizi yoluyla eldeedilen ksa dizilerdir. cDNAlar ift iplikli bir DNAnn mRNAya evrilmesi ileelde edilirler ve anlatm yapan genleri temsil ederler. Bir EST eer bir genailesi ( Tm genler ayn ya da benzer dizilimdedirler) deil de zgn bir

gene ait ise STS olarak kullanlabilir. Simple sequence length polymorphisms (SSLPs) uzunluk varyasyonugsteren tekrarl diziler serisidir. SSLPler polimorfiktir. Genetik ve fizikselharitalarn balantsnn yaplmasn saladklarndan deerlidirler.

Random genomic sequences klonlanm genomik DNA ya da databankasndaki mevcut dizilerin rasgele seilip, dizilenmesi sonucu eldeedilirler.

8/7/2019 genomik_2

23/73

Fiziksel haritalar

SST haritalamas HPGde kontiglerin birletirilmesi iin en nemlistratejidir.

NK, fiziksel bir referans harita ortalama 200 kb.lk aralkl 15.000 SSTmarkr ierir

Bylece belli bir SST markr ieren klonlar kromozomlardaki mutlaklokasyonlarn gsteren referans haritalara yerletirilebilirler(demirlenebilirler)

Baz SSTler polimorfik mikrosatellit dizileri ierdiklerinden genetikharitalar ile birletirilmeleri iin genetik markrlar olarak da i grrler

cDNA klonlarndan trevlenenE

STler (Ex

pressed Sequence Taqs) isegenlerin pozisyonlarn saptamak iin kullanlrlar

8/7/2019 genomik_2

24/73

Dizileme Stratejileri

Tm genom projelerinin temeli zincir sonlanmadizilemesi teknolojisine dayanr.

En kompleks dizileme cihazlar da kullanlsa 600-700nkleotidden uzun DNA paralarnn doru biimdedizilenmesi mmkn deildir.

Bu nedenle PAC ve BAC gibi byk insert tayanvektrlerin (> 200kb) tadklar DNA kkparalara ayrldktan sonra dizilenmelidir

8/7/2019 genomik_2

25/73

Dizileme Stratejileri

Byk insertlerin kk paralara (1-2 kb)ayrlmas genellikle rasgele paralama ileyaplr.

Ksalm paralar dizilenir Dizi bilgileri bilgisayara aktarlr

stste gelen diziler aratrlr

BirletirilirSHOTGUN DZLEME

8/7/2019 genomik_2

26/73

8/7/2019 genomik_2

27/73

8/7/2019 genomik_2

28/73

8/7/2019 genomik_2

29/73

Hiyararik Shotgun

nsan Genom Projesinde Hiyararik Shotgunstratejisi uygulanmtr

Hiyararik Shotgun stratejisi her bir BAC klonu(nun

tad insert) iin teker teker uygulanmtr. Her BAC bu aamada fiziksel olarak dizilendii iin

fiziksel referans haritasndaki pozisyonu kolaylklasaptanabilir.

8/7/2019 genomik_2

30/73

Tm Genom Shotgun

1999da insan genom dizilemesi amacyla kurulmu zelCelera firmas alternatif tm genom shotgun stratejisinikulland

Bu stratejide shotgun dizileme tm genom iin uyguland

Haritalama yatrm yerine 600-700 nkleotidlik diziokumalarndan tm genomun oluturulmas iinbilgisayarlarn gcnden yararlanld.

lk kompleks hcresel genom iin tm genom shotguntekniini 1995de kullanan ve geerliliini kantlayan projesorumlusu Craig Venter bu tekniin kompleks karyotikgenomlardan Drosophila melanogasterin kromatin ksmnndizilenmesi ile HPG kapsamnda uygulad.

8/7/2019 genomik_2

31/73

Tm Genom Shotgun

Hzl data birikimine neden oldu

Tekrarl ksmlarn dizilenmesi sorunu

Harita ve dizi datalarnn her ikisine dayalolarak TASLAK harita Natureda 2000,yaynland.

Dizileme 2003de tamamland.

8/7/2019 genomik_2

32/73

nsan Genom Projesi SALIK 1998-2007

2003: Human Genome Projesinin TamamlanmasA VISION FOR THE FUTURE OF GENOMICS RESEARCHFRANCIS S. COLLINS, ERIC D. GREEN, ALAN E. GUTTMACHER &

MARK S. GUYERNature, Vol. 422, No. 6934, April 24, 2003, p. 835-847.

8/7/2019 genomik_2

33/73

A VISION FOR THE FUTURE OF GENOMICS RESEARCHFRANCIS S. COLLINS, ERIC D. GREEN, ALAN E. GUTTMACHER & MARK

S. GUYERNature, Vol. 422, No. 6934, April 24, 2003, p. 835-847.

3 TEMATK ALAN GENOMK - BYOLOJ GENOMK - NSAN SALII

GENOMK - TOPLUMv t yl k sien lt l nl r1. Kaynaklar2. Teknoloji gelitiril esi

3. Biyoinformatik4. ELSI5. Eiti

8/7/2019 genomik_2

34/73

8/7/2019 genomik_2

35/73

GENOMK - BYOLOJ

nsan genomundaifrelenen bileenlerinkarlatrmal katalounun yaplmas

Hcresel veorganizmadzeyindegenomunifreledii bileenlerin ilevlerininintegratif belirlenmesi

Genomun yeni ilevler kazanmak zere

nasl deitiininanlalmas

8/7/2019 genomik_2

36/73

GENOMK - BYOLOJ:

Aama 1 : Genomun %1-2si protein ifreler, ifreleme yapmayan(fonksiyonel elementler ieren) blgelerin katalounun yaplmas

Aama 2:Genetik network veprotein sentez yollarnn cresel veorganizmedzeyindeetkilerininanlalmas, knock-out, knock-downyaklam, kk molekl inhibitrleri

Aama 3:nsan genomunda kaltsal varyasyonunayrntl incelenmesi,SNPler, HapMap Projesi

Aama 4: Trlerarasevolusyonel varyasyonmekanizmasnnanlalmas

Aama 5:Genom bilgisininaratrma ve klinik amal kullanmn

kolaylatrma kurallarnn gelitirilmesi

8/7/2019 genomik_2

37/73

GENOMK - NSAN SALII

Salk vehastalkta rol olan genlerin veevresel faktrlerlenasl etkiletiklerininbelirlenmesi

Genom temelli diagnostik geliimi, ila cevab,erken tan, hastalklarndoru tans

Genomik bilgiyi teraptik gelimelere evirecekkatalizrmetodlarn geliimi

8/7/2019 genomik_2

38/73

GENOMK - NSAN SALII

Aama 1:Hastalk ve ila cevabna genetikkatknn belirlenmesi iin robotikstratejilerin gelitirilmesi: oklu genetik vegenetik olmayan faktrler, alleller sorunu

Haplotipharitalar ilepopulasyonlarhakknda bilgi

8/7/2019 genomik_2

39/73

GENOMK - NSAN SALII

Aama 2: Salk / hastalk direncine katksolan genetik varyantlarn belirlenmesi

r:HNPCC mutasyonluolup, kolon kanserigeliimi olmayanlarnaratrlmas

8/7/2019 genomik_2

40/73

GENOMK - NSAN SALII

Aama 3:la cevab,erkentan vehastalk durumlarnnmoleklertaksonomisininaklanmasnda genomtemelliyaklamlarngelitirilmesi

Hastalk riskine neden olan genetik varyasyonlarn kefi Hastalklarnklasifiyeedilmesiiinsomatik varyasyonlarnsistematikanalizi,epigenetikmodifikasyonlar, genanlatmmodifikasyonu (r:bellitipkanserler,nromuskulerhastalklar)

Ayrntlmoleklertaksonomiileerkentan Iinetkinmetodlarn gelitirilmesir: SENTNEL METODU vucutsvlarndaproteomikanalizi,lkositlerdeki genanlatm,doku biyopsirneklerininilerimolekleranalizi

8/7/2019 genomik_2

41/73

GENOMK - NSAN SALII

Aama 4:Yeni terapotik yaklamlarngelitirilmesi iin genler vepathwaylerinanlalmas

lalarnhedeflenebilecei ok fazla genvar. r:Gleevec

Kimyasal genomik: tedavi amal kk

molekl ktphaneleri

8/7/2019 genomik_2

42/73

GENOMK - TOPLUM

Genomik almalarn etik snrlarkapsamnda yaplmas iin kurallarnbelirlenmesi

Genomik etkisinin analizi Irk,

etnik kken,

akrabalk,

bireysel ve grup tanmlamalar,

zellikler ve davranlarda salk, hastalk venormalite kavramlar

8/7/2019 genomik_2

43/73


2003: ENCODE Programnn Balamas ENCyclopdia OfDNA Elements (ENCODE) AMA: Genomdaki tm protein kodlayan ve protein kodlamayan, fonksiyonel

elementlerin (gen anlatmnn dzenlenmesinde nemli etkileri olan, kromozomyapsn ve ilevini belirleyen, genlerin alp kapanmasnda sinyal rol olan junkDNA da denilen DNA dizileri) dier fonksiyonel DNA elementlerinin de

haritanmas da kapsamaktadr nsan salnn genetik temelinin anlalmas, hastalklardan korunma ve tedaviye

ynelik almlar salayacaktr 2007 Eyllde 1.faznn tamamlanmas dnlyor ENCODE-HapMap ilikilendirilmesi

10 HapMap-EnCODE blgesinin 48 farkl bireyde yeniden dizilenmesi (16 Yoruba,16 CEPH, 8 Han Chinese, and 8 Japanese) ve 30,000 SNPninbulunmas

8/7/2019 genomik_2

44/73


2003: Erken yalanma geninintanmlanmas Hutchinson-Gilford progeria syndrome (HGPS), bilinen ad

progeria, 1/8 milyon sklk

Tan ve tedavisi yok, 5 -10 kat hzl yalanma Kromozom 1deki geninde tek nkleotid deiimine bal

hastalk geliimi Genini tanmlanmasna balolarak DNA temelli tan

Yeni doanda tan / hastalnaratrlmas

8/7/2019 genomik_2

45/73


2004: FDAin ilk Microarray onaylamas Roche AmpliChip Cytochrome P450 test

sistemi Affymetrix GeneChip Microarray

donanm ile hastalara kiisel zelliklerinegreetkin ila vedoz uygulamalarnaolanak verdi

8/7/2019 genomik_2

46/73


2004: nsan Genomununnce Analizi 20,000-25,000 gen Az gen - ok ilev ilikisi: 1 insan geninden

yaklak farkl rn 2.85 milyar nkleotidin 341 akla dizilenmesi (%99) -Her 100,000 bazda 1 hata-

19,599 protein ifreleyen gen, 2,188 proteinifreleyen genlerle ilikili dierDNA segmentleri

8/7/2019 genomik_2

47/73


2005: HapMap Projesinin Tamamlanmas The International HapMap Consortium un insan genetik varyasyon katalounu

yaynlamas Astm, kanser, diyabet, inme mental hastalklar ve kalp hastalklar gibi yaygn

hastalklarla ilikili genlerin, infektif ajanlar, alar, ilalar ve eitli evreselfaktrlere cevabn kiiden kiiye gre deiik olmasndan sorumlu

varyasyonlarnn saptanmasna (SNPlerin haritalanmasna) olanak vermekte tan ve tedavi kiiye zg ila gelitirilmesinin yolu almakta

Kanada, in, Japonya, Nijerya ve ABDdenpopulasyon analizi Faz I HapMap 1 milyondan

fazla genetik markr

Faz II HapMap 3 milyondan fazla genetik markr

8/7/2019 genomik_2

48/73


Projenin nemi her DNA varyasyonunun bamsz olarak nesilden nesile gemesinden okkromozomlar zerindeki bir seri varyasyonun blok halinde sonraki nesile aktarlmasgereine dayanr

Herhangi iki birey arasndaki DNA benzerlii %99.9 ok kk orandaki varyasyon (SNPler) hastalk riskini nemli derecede etkilemekte Ayn kromozom zerinde bulunan komu SNPler blok halinde dle geerler

Bir bloktaki SNP

biimi haplotip olarak adlandrlr. Genomun yaklak %65-85i 10.000 baz ya da daha uzun olan haplotip bloklarndabulunmakta

Bloklarda ok sayda SNP bulunabilir, ama birka haplotipi tanmlamak iin yeterlidir HapMap bu haplotip bloklarnn ve haplotiplerin ayrt edilmesi iin zgn olan SNPlerin (tag

SNPler) haritalanmasdr HapMap projesi, kabaca 500.000inin tag SNP olduu 10 milyon SNP arasnda bir fenotipten

sorumlu olan bulmak iin tm genomun taranmasna gerek olmad Iin avantajl

8/7/2019 genomik_2

49/73

8/7/2019 genomik_2

50/73


BAZI YAYGIN HASTALIKLAR N GENETK RSKFAKTRLER

Tip 1 diyabet (human leukocyte antigen (HLA5), insulin6 and CTLA4

Alzheimers disease (APOE)8

Derin ven trombozu (factor V)9 Enflamasyonlu barsak hastal(NOD2 ve 5q31) Hipertriglisidemi (APOAV)13

Tip 2 diyabet (PPARG)14,15

izofreni (neuregulin 1)16 Astm (ADAM33)17,

nme(PDE4D)18 Miyokart infarks (LTA)19

8/7/2019 genomik_2

51/73

8/7/2019 genomik_2

52/73

8/7/2019 genomik_2

53/73


2006: Kanser Genom Atlas Projesinin (TCGA) Balamas NCI (National Cancer Institute) ve NIH a balNHGRI (National Human Genome

Research Institute) eitli kanser tiplerine zel genlerin tanmlanmas 9 yl srmesi bekleniyor 1.35 milyar $ bte Wellcome Trust Sanger Institute 2001de 378 kanser rneinde 20 genin analizini

balatt B-RAFgeninin %70 melanoma vakasnda mutant mutasyon sonucu fazla retilen MEK in RNAi yaklam ile tedavisi 5 yl sonra klinik uygulama

Gleevec kronik miyeloid lsemi iin mutant BCR-ABLgenlerinin inhibitr olarak

kullanlyor Herceptin, reseptr protein HER2yi basklamak Iin meme kanserinde baarylakullanlyor

8/7/2019 genomik_2

54/73

Mapping the Cancer GenomePinpointing the genes involved in cancer will help

chart a new course across the complex landscape of human malignanciesBy Francis S. Collins and Anna D. Barker, Scientific American.com, March, 2007

Kanser hcresi genomunda kanserle ilikili anlamsz mutasyonlarntanmlanmas zor, nk: ayn tip kanserlere ait tmrlerdeki genetikvaryasyonlar farkl

Ayn organ ve ayn dokudaki kanserlerdeki genetik varyasyonlar bireydenbireye deiiyor

2006da beyin, akcier veovaryumkanserleri ile allmaya baland 6 merkez tmr rneklerinde dizi deiimlerini kapsamayan kromozom

yeniden dzenlenmeleri, kopya says deiimleri, epigenetik deiimlerebal gen anlatm dzeyindeki farkllklar belirleyecek.

1500den fazla tmrde 2000den fazla gendeki genetik deiiklikler

analiz edilecek (hcre siklusu genleri, tirozin kinaz, fosfatazlar vb.)

8/7/2019 genomik_2

55/73

0

200

400

600

800

10001200

1400

1600

1800

2000

1981

1982

1983

1984

1985

1986

1987

1988

1989

1990

1991

1992

1993

1994

1995

1996

1997

1998

1999

2000

2001

2002

2003

2004

2005

Cumulative Pace of Disease Gene Discovery 1981-2005

Year

Number

of Genes

Associatedwith

Disease

Source: Online Mendelian Inheritance in Man

8/7/2019 genomik_2

56/73

Gene Discoveries for Common Complex Diseases

NIH Research Initiatives

Human

Genome

Project

Completed

Human

Genome

Project

Begins

HapMap

Project

Completed

Genes and

Environment

Initiative

Launched

Genetic

Association

Information

Network

Launched

HapMap

Project

Initiated

The Cancer

Genome

Atlas

Launched

YR 90 91 92 93 94 95 96 97

98

99 00 01 02 03 04 05 06 07

8/7/2019 genomik_2

57/73

8/7/2019 genomik_2

58/73

GENOMK-MKROPLER

1. DNA Analiz ipleri

2. Gen Anlatm Analiz ipleri

3. Gen Dzenlenmesinin Analizine Ynelikipler

8/7/2019 genomik_2

59/73

DNAAnaliz ipleri

Genom apnda SNP analizleri

Hedeflenmi genotipleme ve

Yeniden dizileme

r:Genom apnda SNP analizleri kategorisindekiGenome-Wide Human SNP Array 6.0, 906.600adet SNP ve kopya says varyasyonunu belirlemeyeyarayan 946.000den fazla sayda prob ieren 1.8

milyon genetik markr tar.

8/7/2019 genomik_2

60/73

Gen Anlatm Analiz ipleri

3 u zerinde odaklanm olanlarndanHuman Genome U133A 2.0 Array insanbiyolojisi ve hastalk sreleri ile ilgili 14.500

adet iyi karakterize edilmi insan geninitamakta

Human Cancer G110 Array kanser

aratrmalar iin kullanlan 1.700 insan geninitamakta

8/7/2019 genomik_2

61/73

8/7/2019 genomik_2

62/73

DNA ipleri

cDNAnn karakterizasyonunu salar.

Birka cm2lik kat (cam, nitroselloz, silikon) biryzeyde binlerce (10000den fazla) hibridizasyonun

ayn anda gereklemesini salayan mikrodizilimleri(microarray) mmkn klar.

ipteki problarla hibridize olan cDNA miktar zel birscanner (laser) aracl ile bilgisayara aktarlr.

8/7/2019 genomik_2

63/73

DNA ipi

nsan p53 tmor supressor genindekimutasyonun gen ipi ile belirlenmesi

8/7/2019 genomik_2

64/73

DNA ipi

(a)ve(b) insan kanser hcrelerindenizole edilmi P32 ile iaretlicDNAlarn 588 insan ESTsiile hibridizasyonunu gste-ren otoradyogramlar

ve(d) otoradyogramlarn laserscanningi ve bilgisayaranalizi, gen ekspresyonun-daki deiiklikler

dk yksek

8/7/2019 genomik_2

65/73

Mikroip uygulamalar

Atipik ila metabolizmasna sahip hastalarda mutasyontaramas iin P450-2D6 mikroaray temelli test sisteminingelitirilmesi (Tm Bioscience)

siRNA teknolojisinin (gen sessizlemesinin RNAlar ilesaptanmas) optimize edilmesi, siRNAlarn gen sessizletiricietkilerinin tm genom dzeyinde incelenmesi ve kliniketkilerinin belirlenmesi (Affymetrix & Venlo, Qiagen)

8/7/2019 genomik_2

66/73

Mikroip uygulamalar

infektif hastalklarn RNA temelli tans, antiviral,antibakteriyal hastalklara kar ila gelitirilmesi vepatojenlere duyarl sensr oluturulmas (ISISFarmastik)

r: SARS coronavirus, West Nile virus, Monkeypoxvirus, ilaca direlibakteriler

Yeni bir SNP genotipleme teknolojisinin gelitirilmesi(GENE-CHECK)

SNP genotipleme sonularnn mikroaraylere aktarlarak, hastalk tans, iladuyarllk testleri ve ila hedeflemelerinin yaplmas

8/7/2019 genomik_2

67/73

Mikroip uygulamalar

Pediatrik lseminin tiplendirilmesi iin HG-U133 A ve Bmikroaraylerinin gelitirilmesi (Affymetrix)

ALL (Akut lenfoblastik lsemi)nin alt tiplerinin belirlenmesi tedaviemas iin ok nemli. Mevcut tiplendirme ya, akyuvar says,

lsemik hcre genetii vb. kriterlere gre yaplyor. HG U133A ve B mikroarayleri ile 7 ALL alt tipi belirlendi (Blood,

2003).

8/7/2019 genomik_2

68/73

Mikroip uygulamalar

Yeni gelitirilmi bir mikroaray (HG-U133 plus 2.0) iletranskript analizi yaplmas (Affymetrix)

Yaklak 50.000 transkriptin her biri iin 22 farkl prob ile hibridizasyon testiyaplarak anlatm dzeylerinin belirlenmesi hedefleniyor.

Poligenik hastalklarda mikroip uygulamas Poligenik hastalklarda etkin olan RNA mesajlarnn llp, tanmlanmasn

mmkn klan Gen anlatm seri analizi (SAGE) ve Massive Parallel SignatureExpression (MPSS) teknikleri ile bu hastalklarla ilikili elemanlar belirlemekiin gelitirilen yeni mikroip teknikleri

8/7/2019 genomik_2

69/73

8/7/2019 genomik_2

70/73

8/7/2019 genomik_2

71/73

8/7/2019 genomik_2

72/73

8/7/2019 genomik_2

73/73

Documents

genomik_2