Click here to load reader
Upload
budapest-science-meetup
View
625
Download
3
Embed Size (px)
Citation preview
A Fölcserélhető Szabványos ElemekreÉpülő Szintetikus Biológia
Bálint Bálint L.Debreceni Egyetem-OEC
Klinikai Genomikai Központ
A mérnöki tervezéseszközei
• absztrakció• hierarhikus elem összeszerelés• modularitás• szabványosítás• izolálás• rugalmasság
Tom Knight
“In this country, no organized attempt has yet been made toestablish any system, each manufacturer having adopted whateverhis judgment may have dictated as best, or as most convenient forhimself.”
Williams Sellers “On a Uniform System of Screw Threads”Franklin Institute April 21, 1864
Tom Knight
Szabványosítás a technikában
Biológiában használt szabványos fileformátumok
Szabványosított kísérlet leírások
Moduláris felépítés
Moduláris, több szintű felépítés-szabványosított kapcsolódási pontok-
Complex engeneering requires modular buildingand standard assembly procedures
Moduláris felépítés-obiektum orientált programozás-
Abstraction levels in Synthetic Biology
Szintetikus biológiai szabványok
Standard Component Formgca GAATTC gcggccgc t TCTAGA g
cgt CTTAAG cgccggcg a AGATCT c
EcoRI XbaI
t ACTAGT a GCGGCCG CTGCAG gct
a TGATCA t cgccggc GACGTC cga
SpeI PstI
E X S P
No internal sequences of the form
EcoRI: GAATTCXbaI: TCTAGASpeI: ACTAGTPstI: CTGCAG
Tom Knight
BBF_RFC_10
Assembly 3-Way
E P
E X S t A CTAGA a a TGATC T t SpeI XbaI
t ACTAGA a a TGATCT t mixed
E X S P
X S P
vector origin antibiotic resistance
Tom Knight
Klasszikusplazmid
reprezentációEugene plazmid
leírás
Szabványoselemek vizuálisreprezentációja
Szabványoselemek textuálisreprezentációja
EUGENE kimenetek szabványos elemekre-Genetic Compiler-
Klasszikusplazmid
reprezentációEugene plazmid
leírás
Biology is the nanotechnology whichworks!!!
Standard composition
Standard function
Standard measurements
Synthetic biology based on interchangeable parts
iGEM = International Genetically Engineered Machine competition
2004: 6 csapat,2010: 133 csapat, MIT Boston, MA
Dzembori/Jamboree, November 6-8, 1300 résztvevőGyőztes: Szlovénia
BioBrick Foundation, Parts Registry, Open Wetware
iGEM WorkflowSynthetize parts +
test your hypothesis
Predesigned parts +published knowledge
Extract knowledge + redesign published
sequences
Draw conclusions +present your work
Share knowledge +newly designed parts
Szabványos Elemek Regisztere
partsregistry.org
Team: Debrecen-Hungary 2010
On the Media
Science!!!
http://2010.igem.org/Team:Debrecen-Hungary/meetteam
http://2010.igem.org/Team:Debrecen-Hungary
Objective I
Addition of lipid sensing tools to the Parts Registry, which may be used for the rational design of lipid responsive transcription factors
Expanding the possibilities of the eukaryote chassis in synthetic biology
Debrecen Team 2010
Objective II
• Creating a toolkit containing Lipid sensors which may be activated by extracellular lipids and comes equipped with a PoPs (Polymerase Per Second) output DNA binding domains, chimeric receptors, expression vectors and more
• Side projects Creating a library of video tutorials for elaboration of basic lab techniques Collaboration with team Edinburgh 2006 (arsenic biosensor) assessment of arsenic contamination in drinking water
Function and structuralorganization of nuclear receptors
a. Function
Metabolism
Development
Homeostasis
b. Structure
Nat Struct Mol Biol. 2008 Sep;15(9):924-31.Itoh et al.
Nuclear receptors in C. elegans
Robinson et al. J Mol Evol (2005) 60:577–586
Drosophila 21
Human 48
C. Elegans 284
Results IV – Western Blot
anti-Gal4
anti-Actin
Confirmation of protein expression proved by WB in transfected293T cells
Logical Boolean “AND” operator = Ligand+ Tetracycline
Arsenic side project
Importance: 10 µg per liter is the WHO threshold for arsenic in drinking waterBackground: Team Edinburgh, 2006 made an arsenic biosensor, which can be a usefultool for on site arsenic detectionOur aim: We tested the system on real samples from South-East Hungary, and theresults are the followings
Cambridge 2010 Team
A jövő fényforrása a világító élölény
• http://genomikon.ca/ Osztály terembenhasználható „open source” szintetikusbiológiai eszköztár.
Debrecen-Hungary Team Szponzorok:
Video protokollok:
http://2010.igem.org/Team:Debrecen-Hungary/protocols
Dote Apoptozis Kutatási Alapítvány, DEOEC-BMBI
Diák tagok Alternatív Közgazdasági Gimnáziumból:
Sólyom Alexandra, Jakab Dorottya és Székely Áron és tanáruk Nádori Gergely
Köszönöm a figyelmet!!!