View
448
Download
7
Embed Size (px)
Citation preview
Atelier PALUDISME 2007Institut Pasteur de Madagascar
Atelier PALUDISME 2007Atelier PALUDISME 2007Institut Pasteur de MadagascarInstitut Pasteur de Madagascar
DiversitDiversitéé, , MultiplicitMultiplicitéé des infections et rdes infections et réésistance aux sistance aux antipaludiquesantipaludiques de Plasmodium falciparum de Plasmodium falciparum dansdans un un
essaiessai contrôlcontrôléé de de moustiquairesmoustiquaires imprimpréégngnééesesdd’’insecticideinsecticide en zone de forte en zone de forte endendéémiemie
HervHervéé BogreauBogreau
[email protected] IMTSSA—URBEP, « le PHARO »
PLANPLAN
• Situation du paludisme– Émergence & Diffusion des résistances– Paludisme Urbain– Moyens de lutte Évaluation ?
• Quels marqueurs pour une surveillance des populations plasmodiales ?
– Que disent les marqueurs moléculaires ?– Marqueurs non biaisés ?
• Structure or not structure ?– À l’échelle du continent– À l’échelle locale
• Transmission palustre & population plasmodiales– Transmission locale & diversité génétique…– Impacte transmission sur les populations plasmodiales
(Multiplicité, He, Fst,..)• Conclusion
SITUATION DU PALUDISMESITUATION DU PALUDISME
1960
Chloroquinorésistance
SITUATION DU PALUDISMESITUATION DU PALUDISME
Chloroquinorésistance
1970-1980
SITUATION DU PALUDISMESITUATION DU PALUDISME
Chloroquinorésistance
2006
SITUATION DU PALUDISMESITUATION DU PALUDISME
Chloroquinorésistance
2006
Sulfadoxine-pyrimethamine, Mefloquine
Mefloquine
Sulfadoxine-pyrimethamine
Mefloquine, Halofantrine, Sulfadoxine-purimethamine,Quinine
SITUATION DU PALUDISMESITUATION DU PALUDISME
Chloroquinorésistance
20062006
35 % de la population mondiale 2 millions morts / an
Essentiellement les enfants en Afrique (> 90% des cas)
SITUATION DU PALUDISMESITUATION DU PALUDISME
Paludisme urbain
SolutionsSolutions
Stade sanguin Anophèle
Stade hépatique
SolutionsSolutions
Stade hépatique
Stade sanguin Anophèle
PolychimiothPolychimiothéérapierapie (ACT) limite :(ACT) limite :-- Emergence des souches rEmergence des souches réésistantessistantes-- Transmission aux anophTransmission aux anophèèlesles
Lutte antiLutte anti--vectorielle limite :vectorielle limite :-- Transmission de Transmission de P. falciparumP. falciparum-- Recours aux soins & pression Recours aux soins & pression de sde séélectionlection-- Diffusion des souches Diffusion des souches rréésistantessistantes
Comment Comment éévaluer leur efficacitvaluer leur efficacitéé contre contre les rles réésistances ?sistances ?
• Quelles échelle spatiale pour la surveillance ?
Comment Comment éévaluer leur efficacitvaluer leur efficacitéé contre contre les rles réésistances ?sistances ?
• Quelles échelle spatiale pour la surveillance ?
1 population Homogène
Comment Comment éévaluer leur efficacitvaluer leur efficacitéé contre contre les rles réésistances ?sistances ?
• Quelles échelle spatiale pour la surveillance ?
Comment Comment éévaluer leur efficacitvaluer leur efficacitéé contre contre les rles réésistances ?sistances ?
• Quelles échelle spatiale pour la surveillance ?
Plusieurs populations
Comment Comment éévaluer leur efficacitvaluer leur efficacitéé contre contre les rles réésistances ?sistances ?
• Quelles échelle spatiale pour la surveillance ?
Plusieurs populations
&
Migration de parasites
(flux de gènes)
Comment Comment éévaluer leur efficacitvaluer leur efficacitéé contre contre les rles réésistances ?sistances ?
• Quelle échelle spatiale pour la surveillance ?
Population structurée
Déterminer le niveau de structuration des populations plasmodiales
A partir de quelle distance les populations plasmodiales diffèrent-elles10km, 100km, 1000km ?
Comment Comment éévaluer leur efficacitvaluer leur efficacitéé contre contre les rles réésistances ?sistances ?
• Quelle échelle spatiale pour la surveillance ?
– Niveau de structuration ?
• Facteur(s) influençant les populations plasmodiales ?
– Niveau de transmission palustre ?
Quels marqueurs pour une surveillance Quels marqueurs pour une surveillance des populations des populations plasmodialesplasmodiales ??
Quels marqueurs pour une surveillance Quels marqueurs pour une surveillance des populations des populations plasmodialesplasmodiales ??
• Des marqueurs associés à la chimiorésistance de P. falciparum aux antipaludiques.
– Pf-crt, pf-mdr1– Dhfr, dhps– …
Informations apportInformations apportéées par les es par les marqueurs gmarqueurs géénnéétiques de rtiques de réésistances ?sistances ?
Distribution de la mutation Pfcrt T76 associée à la résistance de
P. falciparum à la chloroquine (CQ)
Sud deSud deDananDananéé
Informations apportInformations apportéées par les es par les marqueurs gmarqueurs géénnéétiques de rtiques de réésistances ?sistances ?
Distribution de la mutation Pfcrt T76 associée à la résistance de
P. falciparum à la chloroquine (CQ)
Sud deSud deDananDananéé
Informations apportInformations apportéées par les es par les marqueurs gmarqueurs géénnéétiques de rtiques de réésistances ?sistances ?
Distribution de la mutation Pfcrt T76 associée à la résistance de
P. falciparum à la chloroquine (CQ)
LibLibéériaria Côte dCôte d’’IvoireIvoire
10 Km
35 Km
% de 76T différents entre villages
76T : % isolats avec seulement Pfcrt 76T
Bepleu (23)76T =56%
Méantouo (24)76T =50%
Finneu (24) 76T =33%
Biétouo (24) 76T= 25%
Zoleu (21)76T =42%
Bouenneu (24) 76T =5%
Informations apportInformations apportéées par les es par les marqueurs gmarqueurs géénnéétiques de rtiques de réésistances ?sistances ?
Distribution de la mutation Pfcrt T76 associée à la résistance de
P. falciparum à la chloroquine (CQ)
Sud deSud deDananDananéé
LibLibéériaria Côte dCôte d’’IvoireIvoire
10 Km
35 Km
% de 76T différents entre villages
76T : % isolats avec seulement Pfcrt 76T
Bepleu (23)76T =56%
Méantouo (24)76T =50%
Finneu (24) 76T =33%
Biétouo (24) 76T= 25%
Zoleu (21)76T =42%
Bouenneu (24) 76T =5%
Populations Isolées ?
- Évolution indépendante
- Faibles flux de gènes entre populations P.f.
Informations apportInformations apportéées par les es par les marqueurs gmarqueurs géénnéétiques de rtiques de réésistances ?sistances ?
Distribution de la mutation Pfcrt T76 associée à la résistance de
P. falciparum à la chloroquine (CQ)
Sud deSud deDananDananéé
LibLibéériaria Côte dCôte d’’IvoireIvoire
10 Km
35 Km
% de 76T différents entre villages
76T : % isolats avec seulement Pfcrt 76T
Bepleu (23)76T =56%
Méantouo (24)76T =50%
Finneu (24) 76T =33%
Biétouo (24) 76T= 25%
Zoleu (21)76T =42%
Bouenneu (24) 76T =5%
Populations Isolées ?
- Évolution indépendante
- Faibles flux de gènes entre populations P.f.
Populations Mélangées ? (migrations)
- Importants flux de gènes
- Utilisation de CQ différente
Des marqueurs non biaisDes marqueurs non biaiséés ?s ?
Population A Population B
Marqueurs sous pression de sélection(Médicaments, immunité… modifications environnementales)
Sensible Résitant
Marqueurs sélectivement neutres
Des marqueurs non biaisDes marqueurs non biaiséés ?s ?
Population A Population B
Marqueurs sous pression de sélection(Médicaments, immunité… modifications environnementales)
Sensible Résitant
Marqueurs sélectivement neutres
Parasite
Des marqueurs non biaisDes marqueurs non biaiséés ?s ?
Population A Population B
Flux de gènes
Migrations
Des marqueurs non biaisDes marqueurs non biaiséés ?s ?
Population A Population B
Reproduction sexuée & Recombinaison génétique
Des marqueurs non biaisDes marqueurs non biaiséés ?s ?
Population A Population B
Élimination des P. falciparum avec l’allèle sensible & Sélection
des résistants (pression médicamenteuse…)
Des marqueurs non biaisDes marqueurs non biaiséés ?s ?
Population A Population B
Élimination des P. falciparum avec l’allèle sensible & Sélection
des résistants (pression médicamenteuse…)
Des marqueurs non biaisDes marqueurs non biaiséés ?s ?
Population A Population B
Conclusions différentes selon le marqueur observéMarqueur sous pression de sélection
Population A : ≠ Population B : Marqueur sélectivement neutres
Population A : = Population B :
Difficile d’étudier la structure des populations avec des gènes soumis à pression de sélection :
sélection médicamenteuse ou immunepeut camoufler des migrations de populations,
simuler ou masquer une structuration
Etudes avec des marqueurs (supposés) sélectivement neutres
(Anderson et al. 2000 Mol. Biol. Evol.)
MicrosatellitesMicrosatellites
A T C G T T A A T A A T A A T A A T A A A G T C A G T A G C A A T T A T T A T T A T T A T T T C A G T C
Régions flanquantes constantes
1 5 nucleotides par unité de répétition (TAA)n, (CA)n, (TA)n
Séquences ADN répétées en tandem
MicrosatellitesMicrosatellites
A T C G T T A A T A A T A A T A A T A A A G T C A G T A G C A A T T A T T A T T A T T A T T T C A G T C
Régions flanquantes constantes
1 5 nucleotides par unité de répétition (TAA)n, (CA)n, (TA)n
Unité de 3 nucleotides région codante ?
Séquences ADN répétées en tandem
MicrosatellitesMicrosatellites
X 13
X 23
X 9
La taille des microsatellites varie par leur nombre d’unités de répétition en tandem
Polymorphisme de taille entre individus
MicrosatellitesMicrosatellites
X 13
X 23
X 9
Temps de migration = f(taille de l’allèle)
A BÉlectrophorèse
PCR - amorce marquée fluorescente
Structure des populations de P. falciparum Structure des populations de P. falciparum avec marqueurs microsatellites : avec marqueurs microsatellites :
rréésultats incohsultats incohéérentsrentsPopulations Populations homoghomogèènes nes
((Afrique centrale, Afrique centrale, Anderson, 2000Anderson, 2000))
Dissimilitude Dissimilitude VillagesVillages——VilleVille
(Soudan(Soudan AbdelAbdel--MuhsinMuhsin, 2002, 2002))
ZimbabweZimbabwe
SoudanSoudanKhartoum vs. villagesKhartoum vs. villages
R.D.C. R.D.C.
OugandaOuganda
DDééssééquilibre de liaisonquilibre de liaisonEquilibre de liaisonEquilibre de liaison
Structure des populations de Structure des populations de P. falciparumP. falciparumavec marqueurs microsatellites : avec marqueurs microsatellites :
rréésultats incohsultats incohéérentsrentsPopulations Populations homoghomogèènes nes
((Afrique centrale, Afrique centrale, Anderson, 2000Anderson, 2000))
Dissimilitude Dissimilitude VillagesVillages——VilleVille
(Soudan(Soudan AbdelAbdel--MuhsinMuhsin, 2002, 2002))
DDééssééquilibre de quilibre de liaison en zones de liaison en zones de
fortes et faible fortes et faible transmission transmission (Leclerc, (Leclerc,
2002; Durand 2003)2002; Durand 2003)
ZimbabweZimbabwe
SoudanSoudanKhartoum vs. villagesKhartoum vs. villages
R.D.C. R.D.C.
OugandaOuganda
DakarDakar
DDééssééquilibre de liaisonquilibre de liaisonEquilibre de liaisonEquilibre de liaison
CongoCongo
DDééssééquilibre de Liaison gquilibre de Liaison géénnéétiquetique
Locus A
Locus B
1 population
DDééssééquilibre de Liaison gquilibre de Liaison géénnéétiquetique
Locus A
Locus B
Association aléatoire des allèles
Équilibre de liaison génétique
1 population
DDééssééquilibre de Liaison gquilibre de Liaison géénnéétiquetique
Locus A
Locus B
1 population
Association aléatoire des allèles
Équilibre de liaison génétique
DDééssééquilibre de Liaison gquilibre de Liaison géénnéétiquetique
Locus A
Locus B
1 population 2 populations
Association aléatoire des allèles
Équilibre de liaison génétique
DDééssééquilibre de Liaison gquilibre de Liaison géénnéétiquetique
Locus A
Locus B
1 population 2 populations
Association non aléatoire des allèles
Déséquilibre de liaison génétique
Association aléatoire des allèles
Équilibre de liaison génétique
DDééssééquilibre de Liaison gquilibre de Liaison géénnéétiquetique
Déséquilibre = proport. [ ] observée – proport.[ ] attendue si 1seule Liaison génétique population
Locus A
Locus B
1 population 2 populations
Marqueurs non biaisMarqueurs non biaiséés ?s ?
Données microsatellites :
- Populations P. falciparum non structurées
- Déséquilibre de liaison génétique
Résultats incohérents…
Microsatellites neutres ?
P. falciparumP. falciparum : : 900 Microsatellites900 Microsatellites
Microsatellite tous les 2-3kb, uniformément sur l’ensemble du génome
Microsatellites complexesMicrosatellites complexes
(AAT) Unité répét. 1
(ATTTAT) Unitérépét. 2 (mini/microsatellite)
(AT) Unité répét. 3
Région flanquante
avec unités de répétition autres que tri-nucléotidiques
SSéélection de lection de 60 microsatellites60 microsatellites
1) Microsatellites complexes, non basés sur répétitions tri-nucléotidiques2) Taille comprise entre 50 et 350 bp
SpSpéécificitcificitéé
ADN P. falciparum
ADN autres Plasmodii
Séquence ADN des régions flanquantes des locimicrosatellites de Plasmodium falciparum absente du
génome humain ou d’autres Plasmodii
ADN Humain
SSéélection lection 17 microsatellites17 microsatellites
3) Spécificité : ADN autres Plasmodii et ADN Humain4) Sensibilité : séquences ADN des régions flanquantes constantes
DDéétermination facile de la taille termination facile de la taille
Trident « Cathédrale » Double pic
SSéélection par lection par «« autoauto--stopstop »»
Locus sous sélection
Microsatellite
Microsatellite
♂♀
Recombinaisons
Recombinaisons rares
Microsatellites à distance de loci sous sélection
Recombinaisons fréquentes indépendance des loci
PolymorphismePolymorphisme
0%
5%
10%
15%
20%
25%
118
218
221
223
225
228
231
233
235
237
239
242
245
252
255
259
263
270
283
326
Freq
uenc
y
0%
10%
20%
30%
40%
50%
60%
70%
80%
91 94 98 101 110
Polymorphisme élevéPuissance d’analyse basse
Polymorphisme basFaible discrimination
Taille des allèles
Microsatellites à polymorphisme intermédiaire
SSéélection de lection de 6 microsatellites6 microsatellites
5) Electrophorégrames faciles à lire6) Microsatellites sur des chromosomes différents7) Distance entre loci microsatellites et loci sous sélection8) Polymorphisme intermédiaire
PLANPLAN
• Situation du paludisme– Émergence & Diffusion des résistances– Paludisme Urbain– Moyens de lutte Évaluation ?
• Quels marqueurs pour une surveillance des populations plasmodiales ?
– Que disent les marqueurs moléculaires ?– Marqueurs non biaisés ?
• Structure or not structure ?– À l’échelle du continent– À l’échelle locale
• Transmission palustre & population plasmodiales– Transmission locale & diversité génétique…– Impacte transmission sur les populations plasmodiales
(Multiplicité, He, Fst,..)• Conclusion
À l’échelle du continent africain ?
Structure or not structure ?Structure or not structure ?[Pour [Pour P. falciparumP. falciparum en Afrique]en Afrique]
Hypothèse : croisement aléatoire en Afrique intertropicale.
Pas de différences significatives entre les populations plasmodiales.
ProtocoleProtocole
Trans < 1 Trans < 1 Ib/pers/yIb/pers/yP rate <5%P rate <5%Djibouti Djibouti
Trans < 1 Trans < 1 Ib/pers/yIb/pers/yP rate <5%P rate <5%
DakarDakar
Trans < 1 Trans < 1 Ib/pers/yIb/pers/yP rate <5%P rate <5% 30%30%
NiameyNiamey
Trans > 300 Trans > 300 b/pers/yb/pers/yP rate >80%P rate >80%
South South DananDananéé
Trans : nbr de piqures infectantes /pers./anP. Rate : index plasmodique
ProtocoleProtocole
DakarDakar
NiameyNiameyDjiboutiDjibouti
South South DananDananéé
ProtocoleProtocole
Génotypage (6 à 17 microsatellite) AFCFst (pop comparées 2 à 2)
DjiboutiDjiboutin(42)n(42)
DakarDakarn(37)n(37)
SouthSouthDananDananéén(118)n(118)
NiameyNiameyn(43)n(43)
AFC 6 AFC 6 lociloci microsatellitemicrosatellite
-3.0 -1.5 0.0 1.5AXE I
-1.70
-1.02
-0.34
0.34
1.02
1.70AX
E II
NiameyDjiboutiDakarSud Danané
Sites
Dissemblances et diversité génétique
(Bogreau H. et al. AJTMH 2006)
DiffDifféérences grences géénnéétiques entre tiques entre populations (populations (FstFst))
Total population
Population 1 Population 2
Total population
Population 1 Population 2
Population 1 = Population 2 Fst = 0
flux importants de gènes entre pop1 & 2
Population 1 ≠ Population 2Fst = 1
pas d’échange entre les populations0 Pas de divergence
<0.05 Differentiation génétique négligeable0.05-0.15 Modérée0.15-0.25 Importante>0.25 Populations très structurées
1 Fixation d’allèles
DiffDifféérences grences géénnéétiques entre tiques entre populations (populations (FstFst))
Importante différentiation génétique entre les
populations de Djibouti et des autres sites
Structure à l’échelle du continent !
θθ==0.1890.189(0.121(0.121--0.265)0.265)
θθ==0.2100.210(0.152(0.152--0.272)0.272)
θθ==0.2460.246(0.166(0.166--0.321)0.321)
DjiboutiDjibouti
DakarDakar
SouthSouthDananDananéé
NiameyNiamey
0 Pas de divergence<0.05 Differentiation génétique négligeable0.05-0.15 Modérée0.15-0.25 Importante>0.25 Populations très structurées
1 Fixation d’allèles
(Bogreau H. et al. AJTMH 2006)
DiffDifféérences grences géénnéétiques entre tiques entre populations (populations (FstFst))
Différentiation modérée entre la zone rurale de
Danané et les autres sites
θθ==0.1890.189(0.121(0.121--0.265)0.265)
θθ==0.2100.210(0.152(0.152--0.272)0.272)
θθ==0.2460.246(0.166(0.166--0.321)0.321)
DjiboutiDjibouti
DakarDakar
SouthSouthDananDananéé
NiameyNiamey
0 Pas de divergence<0.05 Differentiation génétique négligeable0.05-0.15 Modérée0.15-0.25 Importante>0.25 Populations très structurées
1 Fixation d’allèles
θθ==0.1050.105(0.081(0.081--0.172)0.172) θθ==0.0840.084
(0.074(0.074--0.171)0.171)
(Bogreau H. et al. AJTMH 2006)
DiffDifféérences grences géénnéétiques entre tiques entre populations (populations (FstFst))
Pas de Différentiation entre Dakar et Niamey
Réseau routier Migrationhumaine
θθ==0.1890.189(0.121(0.121--0.265)0.265)
θθ==0.2100.210(0.152(0.152--0.272)0.272)
θθ==0.2460.246(0.166(0.166--0.321)0.321)
DjiboutiDjibouti
DakarDakar
SouthSouthDananDananéé
NiameyNiamey
0 Pas de divergence<0.05 Differentiation génétique négligeable0.05-0.15 Modérée0.15-0.25 Importante>0.25 Populations très structurées
1 Fixation d’allèles
θθ==0.1050.105(0.081(0.081--0.172)0.172) θθ==0.0840.084
(0.074(0.074--0.171)0.171)
θθ==0.0260.026(0.008(0.008--0.048)0.048)
(Bogreau H. et al. AJTMH 2006)
RRéésultats divergents avec les sultats divergents avec les marqueurs smarqueurs séélectivement neutres !!lectivement neutres !!
ZIMBABWE
Dakar DjiboutiNiamey
Danané
CONGO
UGANDA0.003
0.003 0.01
2
0.189
0.0260.105
0.210
0.2460.084
Différents Microsatellites différents Fst
Différents échantillonnages différents Fst
??
RRéésultats divergents avec les sultats divergents avec les marqueurs smarqueurs séélectivement neutres !!lectivement neutres !!
ZIMBABWE
Dakar Djibouti
CONGO
UGANDA0.003
0.003 0.01
2
0.189
Différents Microsatellites le même Fst
Différents échantillonnages différents Fst
0.193
(Bogreau H. et al. AJTMH 2006)
Structure or not structure ?Structure or not structure ?
Structure des populations de plasmodium falciparum à l’échelle du continent africain !!
Et localement ?
DDééssééquilibre de liaison gquilibre de liaison géénnéétique: tique: structure locale ?structure locale ?
Conditions pouvant engendrer un déséquilibre de liaison local :– Structure des populations– Expansion épidémique de souches– Croisement préférentiel entre souches
Sans dSans dééssééquilibrequilibrede liaisonde liaison
Sud Sud DananDananéé
Sans dSans dééssééquilibrequilibrede liaisonde liaisonNiameyNiamey
Sans dSans dééssééquilibrequilibrede liaisonde liaison
DakarDakarAvec dAvec dééssééquilibrequilibre
de liaisonde liaisonDjiboutiDjibouti
(Bogreau H. et al. AJTMH 2006)
Structure or not structure ?Structure or not structure ?
Difficile d’établire une Structure des populations de plasmodium falciparum àl’échelle locale avec un indicateur (D.L.) influencer par plusieurs paramètres…
PLANPLAN
• Situation du paludisme– Émergence & Diffusion des résistances– Paludisme Urbain– Moyens de lutte Évaluation ?
• Quels marqueurs pour une surveillance des populations plasmodiales ?
– Que disent les marqueurs moléculaires ?– Marqueurs non biaisés ?
• Structure or not structure ?– À l’échelle du continent– À l’échelle locale
• Transmission palustre & population plasmodiales– Transmission locale & diversité génétique…– Impacte transmission sur les populations plasmodiales
(Multiplicité, He, Fst,..)• Conclusion
DDééfinition : Transmission Palustrefinition : Transmission Palustre
Nombre de piqûres infectantes /pers / an
DDééfinition : Multiplicitfinition : Multiplicitéé des Infectionsdes Infections
Nombre de souches dans un isolat sanguin
DDééfinition : Diversitfinition : Diversitéé GGéénnéétiquetique(H(Hééttéérozygotie)rozygotie)
Probabilité d’obtenir 2 allèles =
Avec 2 tirages au sort
(Probabilité d’avoir un hétérozygotesi diploïde)
Population de Parasites
Transmission & GTransmission & Géénnéétique des tique des populations populations plasmodialesplasmodiales
Hypothèse : Transmission (en milieu urbain)⇒ Multiplicité & Diversité Génétique
Trans < 1 Trans < 1 b/pers/yb/pers/yP rate <5%P rate <5%DjiboutiDjibouti
Trans < 1 Trans < 1 b/pers/yb/pers/yP rate <5%P rate <5%
DakarDakar
Trans > 300 Trans > 300 b/pers/yb/pers/yP rate >80%P rate >80%
SouthSouthDananDananéé
Trans < 1 Trans < 1 b/pers/yb/pers/yP rate <5%P rate <5% 30%30%
NiameyNiamey
Transmission & GTransmission & Géénnéétique des tique des populations populations plasmodialesplasmodiales
Hypothèse : Transmission (en milieu urbain)⇒ Multiplicité & Diversité Génétique
Multiplicité en accord avec le niveau de transmission palustre
TransTrans < 1 b/pers/y< 1 b/pers/yMultMult.: 1.31.: 1.31DjiboutiDjibouti
TransTrans < 1 b/pers/y< 1 b/pers/yMultMult.: 1.41.: 1.41
DakarDakar
TransTrans > 300 b/pers/y> 300 b/pers/yMultMult.: 2.68.: 2.68
southsouthDananDananéé
TransTrans < 1 b/pers/y< 1 b/pers/yMultMult.: 1.63.: 1.63NiameyNiamey
Transmission & GTransmission & Géénnéétique des tique des populations populations plasmodialesplasmodiales
Fort niveau de transmission & production locale de diversitégénétique
Danané : Fort niveau de transmission P. falciparum& Importante diversité génétique
DjiboutiDjiboutiNiameyNiamey
DakarDakar
H=0.76H=0.76SouthSouth
DananDananéé
Transmission & GTransmission & Géénnéétique des tique des populations populations plasmodialesplasmodiales
Faible niveau de transmission & savane aride
Djibouti : Faible niveau de transmission P. falciparum& faible diversité génétique
H=0.53H=0.53DjiboutiDjibouti
NiameyNiameyDakarDakar
H=0.76H=0.76SouthSouth
DananDananéé
Transmission & GTransmission & Géénnéétique des tique des populations populations plasmodialesplasmodiales
Fort niveau de transmission autour des zones urbainesDiversité génétique importée !!
Dakar et Niamey : Faible niveau de transmission P. falciparum & grande diversité génétique
H=0.53H=0.53DjiboutiDjibouti
H=0.76H=0.76SouthSouth
DananDananéé
H=0.76H=0.76NiameyNiamey
H=0.73H=0.73DakarDakar
Transmission du paludisme et Transmission du paludisme et diversitdiversitéé ggéénnéétique (Htique (Hééttéérozygotie)rozygotie)
0
0,5
1
1,5
2
2,5
3
Djibouti Dakar Niamey Danané
Mul
tiplic
ity
00,10,20,30,40,50,60,70,80,91
Het
eroz
ygos
ity
Multiplicity Heterozygosity
< 1b/pers/Y < 1b/pers/Y < 1b/pers/Y >300b/pers/Y
Le niveau de transmission ne peut pas expliquer à lui seul la diversitégénétique observé
La diversité génétique locale est en relation avec :
– situation palustre dans les zones environnantes &
Migration humaine
– Niveau Transmission local du paludisme
PLANPLAN
• Situation du paludisme– Émergence & Diffusion des résistances– Paludisme Urbain– Moyens de lutte Évaluation ?
• Quels marqueurs pour une surveillance des populations plasmodiales ?
– Que disent les marqueurs moléculaires ?– Marqueurs non biaisés ?
• Structure or not structure ?– À l’échelle du continent– À l’échelle locale
• Transmission palustre & population plasmodiales– Transmission locale & diversité génétique…– Impacte transmission sur les populations plasmodiales
(Multiplicité, He, Fst,..)• Conclusion
Effet de la rEffet de la rééduction de transmission ?duction de transmission ?
En théorie
En thEn thééorieorie
Contrôle du vecteur
Transmission
Diffusion des résistances
sur la probabilité d’avoir des résistances
Transmission palustre, Transmission palustre, effets supposés
S SSS
R RS
S
S
S
S
S
SS
SS
S
SS
S
S S
S
S S
S
S
Faible Transmission
ProblProbléématiquematique
RS
Parasite muté résistant
Parasite sauvage sensible
Forte Transmission
sur la probabilité d’avoir des résistances
Transmission palustre, Transmission palustre, effets supposés
S SSS
R RS
S
S
S
S
S
SS
SS
S
SS
S
S S
S
S S
S
S
Faible Transmission
ProblProbléématiquematique
probabilité d’avoir des résistancesR
S
Parasite muté résistant
Parasite sauvage sensible
Forte Transmission
R1
R2
SS
SS
SS
S
SS
Transmission palustre, Transmission palustre, effets supposés ProblProbléématiquematique
sur la diversité génétiqueForteTransmission
R1
R2S S
recombinaison inter chromosomique
ProblProbléématiquematiqueTransmission palustre, Transmission palustre, effets supposés
sur la diversité génétiqueFaibleTransmission
R1
R2S S
recombinaison inter chromosomique
combinaison de gène de résistance
ProblProbléématiquematiqueTransmission palustre, Transmission palustre, effets supposés
sur la diversité génétiqueFaibleTransmission
Sur la pression médicamenteuseutilisation d’antipaludiques dans la population
ProblProbléématiquematiqueTransmission palustre, Transmission palustre, effets supposés
S SSS
R RS
S
S
S
S
S
SS
SS
S
SS
S
S SS
RS
S
SS S
S
Faible Transmission
Sur la pression médicamenteuseutilisation d’antipaludiques dans la populationImmunité acquise
proportion infections symptomatiques
ProblProbléématiquematiqueTransmission palustre, Transmission palustre, effets supposés
S SSS
R RS
S
S
S
S
S
SS
SS
S
SS
S
S SS
RS
S
SS S
S
Faible Transmission
Sur la pression médicamenteuseutilisation d’antipaludiques dans la populationImmunité acquise
proportion infections symptomatiquesproportion infections traitées
ProblProbléématiquematiqueTransmission palustre, Transmission palustre, effets supposés
S SSS
R RS
S
S
S
S
S
SS
SS
S
SS
S
S SS
RS
S
SS S
S
Faible Transmission
Sur la pression médicamenteuseutilisation d’antipaludiques dans la populationImmunité acquise
proportion infections symptomatiquesproportion infections traitées
ProblProbléématiquematiqueTransmission palustre, Transmission palustre, effets supposés
SS S SR
R SS SSSS S SSS S SS
SSS SSS SSSS
R
Faible Transmission
R R
Sur la pression médicamenteuseutilisation d’antipaludiques dans la populationImmunité acquise
proportion infections symptomatiquesproportion infections traitées
ProblProbléématiquematiqueTransmission palustre, Transmission palustre, effets supposés
SS
S SS SSSSS S S SSS SSS
SS SS
S SS
S S
R
Faible Transmission
portion de parasites résistants
Relation complexe nécessitant des données expérimentales
Transmission palustre & ChimiorTransmission palustre & Chimioréésistance ?sistance ?ProblProbléématiquematique
transmission Chimiorésistancestransmission Chimiorésistances
Transmission du paludisme
•Diversité génétique•Multiplicité infection•Chimiorésistancede Plasmodium falciparum
?
Objectif de lObjectif de l’é’étudetude
Données expérimentales
MEANTOUOMEANTOUO
ZOLEUZOLEUPEPLEUPEPLEU
BEPLEUBEPLEU
BOUENNEUBOUENNEU
SEILEUSEILEU
DANTADANTA
FINNEUFINNEU
BIETOUOBIETOUO
COTE COTE DD’’IVOIREIVOIRE
LIBERIALIBERIA
GUINEEGUINEE
GHANAGHANA
BURKINABURKINAMALIMALI
HoloendemicitHoloendemicitéé≈≈ 300 piq300 piqûûres infect./pers./an.res infect./pers./an.
An. An. gambiaegambiae s.s. & An. s.s. & An. funestusfunestus1er 1er IntentIntent. . CQCQ22ééme me IntentIntent. SP. SP
MoustiquairesMoustiquaires SimplesSimples (MS)(MS)
MoustiquairesMoustiquaires ImprImpréégngnééeses (MI)(MI)
ContrôleContrôle (CTL)(CTL)
ZOLEUZOLEUPEPLEUPEPLEU
MEANTOUOMEANTOUO
BEPLEUBEPLEU
BOUENNEUBOUENNEU
SEILEUSEILEU
DANTADANTA
FINNEUFINNEU
BIETOUOBIETOUO
COTE COTE DD’’IVOIREIVOIRE
LIBERIALIBERIA
GUINEEGUINEE
GHANAGHANA
BURKINABURKINAMALIMALI
Juin1998
Mai1999
MaiMai20012001
JuinJuin20022002
E1E1 E8E8E2 E3 E4 E5 E6 E7
Intervention
Taux d’Inoculation Entomologique:72 Individus-nuits/site/année
MatMatéériels et Mriels et Mééthodesthodes: : Volet entomologiqueVolet entomologique
Juin1998
Mai1999
MaiMai20012001
JuinJuin20022002
E1E1 E8E8E2 E3 E4 E5 E6 E7
Intervention
Détection active de cas ≈ 100 enfants 0-5 ans (choix aléatoire) / site /étude (7 jours / étude)
Taux de prévalence des infections asymptomatiques (enfant 0.5-5 ans)
Isolat sanguin (Enfants asymptomatiques & symptomatique) :≈ 25 enfants (choix aléatoire) / site / mission
MatMatéériels et Mriels et Mééthodes:thodes: Volet cliniqueVolet clinique
MatMatéériels et Mriels et Mééthodes:thodes: Volet gVolet géénnéétiquetique
(E1 & E8, 420 isolats)
Amorce Amorce
5 loci Microsatellite (sélectivement neutre) par PCR fluo
Polymorphisme de taille
Analyse de fragment
MatMatéériels et Mriels et Mééthodes:thodes: Volet gVolet géénnéétiquetique
Points de mutation associés aux résistancesPf-dhfr (codon 16, 51, 59, 108 & 164) Pf-dhps (codon 437, 540, 581 & 613)
(E1 & E8, 420 isolats)
5 loci Microsatellite (sélectivement neutre) par PCR fluo
1 nucléotide polymorphe
Amorce Elongationd’amorce
MatMatéériels et Mriels et Mééthodes:thodes: Volet gVolet géénnéétiquetique
Points de mutation associés aux résistancesPf-dhfr (codon 16, 51, 59, 108 & 164) Pf-dhps (codon 437, 540, 581 & 613)
Pf-tcr (codon 76; PCR allèle-spécifique )
(E1 & E8, 420 isolats)
5 loci Microsatellite (sélectivement neutre) par PCR fluo
1 nucléotide polymorphe
AmorceAmorce PCR Spécifique
MatMatéériels et Mriels et Mééthodes:thodes: StatistiqueStatistique
Diversité génétique: Hétérozygotie (He)
Dissemblance entre les populations plasmodiales (Fst)comparées deux à deux
entre chaque village avant et après intervention
entre avant et après intervention pour chaque village
(FSTAT v2.9.4).....
1
3
+−∑
i yxi
0
100
200
300
400
Contrôle MoustiquaireSimple
MoustiquaireImprégnée
Juin 1998 - Mai 1999 (avant intervention)
Juin 2001 - Mai 2002 (pendant intervention)
- 13%
pi/p/a
(piqûre infectante / pers. / année)RRéésultats: Taux Annuel dsultats: Taux Annuel d’’Inoculation EntomologiqueInoculation Entomologique
-- 80%80% -- 97%97%
Mai 2001 (E1 : avant intervention)Juin - Dec. 2001 (E2 - E4 : pendant intervention)
0
0.2
0.4
0.6
0.8
1867 ej 4622 ej 1353 ej 4142 ej 1829 ej 5797 ej
+21% -9%
Accès P. / 100Enf. Jour (ej)
Contrôle MoustiquaireSimple
MoustiquaireImprégnée
RRéésultats: sultats: Incidence des Incidence des accaccèès s palustrespalustres
-- 50%50%
Mai 2001 (E1 : avant intervention)Déc. 2001 (E4 : pendant intervention)
-12% -21%
0%
20%
40%
60%
80%
100%
Contrôle Moustiquairesimple
MoustiquaireImprégnée
n=255 n=203 n=126 n=135 n=234 n=253
RRéésultats:sultats:Taux de prTaux de préévalence des infections valence des infections àà P. falciparumP. falciparum((enfant enfant asymptomatiqueasymptomatique ≤≤ 5 ans5 ans))
-- 25%25%
Contrôle Moustiquaires Simples
MoustiquairesImprégnées
1n=73 n=69 n=66 n=67 n=76 n=73
2
3
4
5
6
7
+10%(-39% +101%)
-8%(-23% +10%)
--15%15%((--21% 21% --9%)9%)
p<0.01p<0.01
Multiplicité
RRéésultats: sultats: MultiplicitMultiplicitéé des infections des infections àà P. falciparumP. falciparum(5 (5 lociloci microsatellite)microsatellite)
E1-Avant E8-Après
Mai 2001 (E1 : avant intervention)Juin 2002 (E8 : après intervention)
He
n=67 n=69 n=65 n=66 n=71 n=710,00
0,20
0,40
0,60
0,80
1,00
Contrôle Moustiquaires Simples
MoustiquairesImprégnées
RRéésultats: Diversitsultats: Diversitéé ggéénnéétique population tique population P. falciparumP. falciparum((HeHe))
(5 (5 lociloci microsatellite)microsatellite)
Mai 2001 (E1 : avant intervention)Juin 2002 (E8 : après intervention)
He
n=67 n=69 n=65 n=66 n=71 n=710,00
0,20
0,40
0,60
0,80
1,00
Contrôle Moustiquaires Simples
MoustiquairesImprégnées
RRéésultats: Diversitsultats: Diversitéé ggéénnéétique population tique population P. falciparumP. falciparum((HeHe))
(5 (5 lociloci microsatellite)microsatellite)
Pas de Pas de diffdifféérencerence
RRéésultats:Diffsultats:Difféérenciation des populations de renciation des populations de P. P. falciparum (falciparum (FstFst))
((5 loci microsatellite)
MEANTOUOMEANTOUO
ZOLEUZOLEU
PEPLEUPEPLEU
BEPLEUBEPLEU
BOUENNEUBOUENNEU
SEILEUSEILEU
DANTADANTA
FINNEUFINNEU
BIETOUOBIETOUO
AVANT INTERVENTION
Aucune différencesignificative entre les
populations plasmodialesdes villages comparés deux
à deuxMEANTOUOMEANTOUO
RRéésultats:Diffsultats:Difféérenciation des populations de renciation des populations de P. P. falciparum (falciparum (FstFst))
((5 loci microsatellite)
MEANTOUOMEANTOUO
ZOLEUZOLEU
PEPLEUPEPLEU
BEPLEUBEPLEU
BOUENNEUBOUENNEU
SEILEUSEILEU
DANTADANTA
FINNEUFINNEU
BIETOUOBIETOUO
APRES INTERVENTION
Aucune différencesignificative entre les
populations plasmodialesdes villages comparés deux
à deuxMEANTOUOMEANTOUO
RRéésultats:Diffsultats:Difféérenciation des populations de renciation des populations de P. P. falciparum (falciparum (FstFst))
((5 loci microsatellite)
MEANTOUOMEANTOUO
ZOLEUZOLEU
PEPLEUPEPLEU
BEPLEUBEPLEU
BOUENNEUBOUENNEU
SEILEUSEILEU
DANTADANTA
FINNEUFINNEU
BIETOUOBIETOUO
AVANT & APRESINTERVENTION
Aucune différencesignificative entre les
populations plasmodialesdans un village avant et
après interventionMEANTOUOMEANTOUO
Thr Lys/Thr Lys
0%
20%
40%
60%
80%
100%
RRéésultats:Mutation sultats:Mutation PfPf tcrtcr Codon 76Codon 76
Contrôle Moustiquaires Simples
MoustiquairesImprégnées
APRESn=68
AVANTn=65
APRESn=64
AVANTn=78
APRESn=70
AVANTn=71
Thr Lys/Thr Lys
0%
20%
40%
60%
80%
100%
RRéésultats:Mutation sultats:Mutation PfPf tcrtcr Codon 76Codon 76
Contrôle Moustiquaires Simples
MoustiquairesImprégnées
APRESn=68
AVANTn=65
APRESn=64
AVANTn=78
APRESn=70
AVANTn=71
Pas de diffPas de difféérences significativesrences significatives
RRéésultats: Mutation sultats: Mutation PfPf--dhfrdhfr PfPf--dhpsdhps
Les proportions de mutants, de double ou triple mutants ne sont pas modifiées
Réduction importante de la transmission palustre
ConclusionConclusion
Réduction importante de la transmission palustre
faible effet (court terme) sur la multiplicité
pas d’effet (court terme) sur la diversitégénétique du parasite
pas d’effet (court terme) sur les fréquences des marqueurs associés aux résistances
Flux de parasites entre les sites!(Bogreau H. et al. AJTMH 2006)
ConclusionConclusion
CollaborateursCollaborateurs
Centre Centre MurazMuraz& & InstitutInstitut P. P. RichetRichet
M.C. HenryM.C. HenryS.B. AssiS.B. Assi
InstitutInstitut PasteurPasteuràà ParisParis
O. O. PuijalonPuijalon
IRD IRD Montpellier,Montpellier,F. F. RenaudRenaudP. DurandP. Durand
UnitUnitéé de de RechercheRecherche en en BiologieBiologie & & EpidEpidéémiologiemiologie
ParasitairesParasitaires -- IMTSSAIMTSSAC. C. RogierRogier
B. B. PradinesPradinesH. H. BouchibaBouchibaR. R. AmalvictAmalvict
M. HenryM. Henry
MinistMinistèèrere de de la Santla Santéé DjiboutiDjibouti
M.A. M.A. KamilKamil
INSERM U399INSERM U399LaboratoireLaboratoire de de ParasitologieParasitologie et et
MycologieMycologie
P. P. ParolaParola
HôpitalHôpital PrincipalPrincipalde Dakarde Dakar
B. WadeB. Wade
HôpitalHôpital National National de Niameyde Niamey
E. E. AdehossiAdehossi
HIA HIA LaveranLaveranE. E. GarnotelGarnotel
RemerciementsRemerciementsRemerciements
• Programme PAL+, Ministère de la Recherche• Impact-Malaria (Sanofi-Aventis)• Délégation Générale pour l'Armement, Ministère
de la défence• Société de Pathologie Exotique
•• Programme PAL+, MinistProgramme PAL+, Ministèère de la Recherchere de la Recherche•• ImpactImpact--Malaria (Malaria (SanofiSanofi--AventisAventis))•• DDéélléégation Ggation Géénnéérale pour l'Armement, Ministrale pour l'Armement, Ministèère re
de la de la ddééfencefence•• SociSociééttéé de Pathologie Exotiquede Pathologie Exotique
Institut de Médecine Tropicaledu Service de Santé des Armées
« Le Pharo »
Institut de MInstitut de Méédecine Tropicaledecine Tropicaledu Service de Santdu Service de Santéé des Armdes Armééeses
«« Le Le PharoPharo »»
[email protected] IMTSSA—URBEP, « le PHARO »
DananDananéé
NiameyNiameyDakarDakar
DiengaDienga
DjiboutiDjibouti
THIAGOTHIAGO
TEMEYE SALANETEMEYE SALANE
SANINTESANINTENDIAKHAYENDIAKHAYE
MALLAMALLA
FATINFATIN
TIPTENGATIPTENGA
S29S29--3030NIOKO II S26NIOKO II S26
PISSY S17PISSY S17
KATEKATE
YOUKOUTYOUKOUT
TCHOLLIRE IITCHOLLIRE II
SAKDJESAKDJE
BOCKIBOCKI
MELEN/MELEN/NKOLAFENDEKNKOLAFENDEK
MIATTA / DJOUZEMIATTA / DJOUZE
ENDEGUE/ENDEGUE/ABDELONABDELON
ZOEBEFAM/ZOEBEFAM/NKOLEMBOULANKOLEMBOULA
YEN/YEN/MEBAN IIMEBAN II
NIENANIENA
TENASSOTENASSO
Q. SAMAGANQ. SAMAGAN
Q. DOGONAQ. DOGONA
Q. KUINIMAQ. KUINIMA
TIABEDJITIABEDJI
LANDELANDERUNDE/BAITILRUNDE/BAITIL
SAMALSAMALTHIOBOTHIOBO
BANTATABANTATA
ASSONIASSONI
Sites Sites éétuditudiéés s –– programme DYNAPOP programme DYNAPOP –– PAL+/DGAPAL+/DGA
CTRL UBN IBN
Bepleu Bietouo Meantouo Pepleu Seileu Zoleu Bouenneu Dania Finneu
Bepleu 0.0210 0.0209 0.0006 -0.0016 0.0061 0.0052 0.0333 0.0215 0.0100
CTL Bietouo -0.0132 0.0010 -0.0084 0.0077 -0.0029 0.0003 0.0092 0.0101 -0.0101
Meantouo 0.0123 -0.0015 -0.0025 0.0008 -0.0106 -0.0009 0.0107 0.0271 -0.0133
Pepleu 0.0020 0.0186 0.0120 -0.0134 -0.0109 -0.0180 0.0227 0.0384 -0.0120
UBN Seileu 0.0496 0.0390 0.0316 0.0299 0.0244 -0.0122 0.0184 0.0333 -0.0143
Zoleu 0.0124 0.0073 0.0033 -0.0118 0.0127 -0.0180 0.0155 0.0171 -0.0080
Bouenneu 0.0150 0.0185 0.0131 -0.0025 0.0190 -0.0085 0.0422 0.0292 -0.0024
IBN Dania 0.0274 0.0375 0.0362 -0.0103 0.0137 0.0057 -0.0049 0.0153 0.0255
Finneu 0.0134 0.0168 0.0166 -0.0176 0.0109 -0.0050 -0.0109 -0.0178 0.0078
P. falciparumP. falciparum populations populations differentiationdifferentiation(Estimated Fst between all pairs of villages and between S1 & S8,
5 microsatellite loci : 7A11, C4M69, C4M79, Pf2689 & Pf2802 )
Before (S1) After (S8) S1 vs. S8
0%
20%
40%
60%
80%
100%
Control Unimpregnatedbednet
Impregnatedbednet
S1-Beforen=61
S8-Aftern=63
S1-Beforen=63
S8-Aftern=65
S1-Beforen=53
S8-Aftern=58
PfPf--dhfrdhfr codon 51, 59 & 108 codon 51, 59 & 108 haplotypehaplotypeTriple mutant present (51 Ile, 59 Arg & 108 Asn) Absent Indeterminate
0%
20%
40%
60%
80%
100%
Control Unimpregnatedbednet
Impregnatedbednet
S1-Beforen=56
S8-Aftern=62
S1-Beforen=42
S8-Aftern=59
S1-Beforen=49
S8-Aftern=50
PfPf--dhfrdhfr 108 & 108 & dhpsdhps 437 double mutation437 double mutationDouble mutant present Absent Indeterminate
Mutated Mixte Wild-type
PfPf--dhfrdhfr codon 16, 51, 59 108 & 164 codon 16, 51, 59 108 & 164 genotypegenotype
0%
20%
40%
60%
80%
100%
dhfr 16n=367
dhfr 51n=370
dhfr 59n=374
dhfr 108n=366
dhfr 164n=375
0%
20%
40%
60%
80%
100%
Ser Ser/Thr Ser/Asn Asn/Thr Thr Asn
Control Unimpregnatedbednet
Impregnatedbednet
S1-Beforen=62
S8-Aftern=63
S1-Beforen=63
S8-Aftern=65
S1-Beforen=55
S8-Aftern=58
PfPf--dhfrdhfr codon 108 codon 108 genotypegenotype
Mutated Mixte Wild-type
PfPf--dhpsdhps codon 437, 540, 581 & 613 codon 437, 540, 581 & 613 genotypegenotype
0%
10%20%30%
40%50%60%
70%80%90%
100%
dhps 437n=370
dhps 540n=375
dhps 581n=374
dhps 613n=369
Gly Ala/Gly Ala
Control Unimpregnatedbednet
Impregnatedbednet
S1-Beforen=63
S8-Aftern=67
S1-Beforen=57
S8-Aftern=60
S1-Beforen=67
S8-Aftern=56
PfPf--dhpsdhps codon 437 codon 437 genotypegenotype
0%
20%
40%
60%
80%
100%
Liaison (pseudoLiaison (pseudo--RR22) entre les all) entre les allèèles de 6 loci microsatellitesles de 6 loci microsatellites(C4M79, Pf2689, TRAP, Pf2802, 7A11, C4M69), (C4M79, Pf2689, TRAP, Pf2802, 7A11, C4M69), DiiboutiDiibouti, 2002, 2002
avec (avec ( ) ou sans () ou sans ( ) prise en compte des g) prise en compte des géénotypes notypes multilocusmultilocus««doublonsdoublons»» (( significatif avec p< 0,0009)significatif avec p< 0,0009)
Pseu
doPs
eudo
-- RR22
C4M79C4M79Pf2689Pf2689
C4M79C4M79TRAPTRAP
C4M79C4M79Pf2802Pf2802
C4M79C4M797A117A11
C4M79C4M79C4M69C4M69
Pf2689Pf2689TRAPTRAP
Pf2689Pf2689Pf2802Pf2802
Pf2689Pf26897A117A11
Pf2689Pf2689C4M69C4M69
TRAPTRAPPf2802Pf2802
TRATRAPP7A117A11
TRAPTRAPC4M69C4M69
Pf2802Pf28027A117A11
Pf2802Pf2802C4M69C4M69
7A117A11C4M69C4M69
00
0,050,05
0,10,1
0,150,15
0,20,2
0,250,25
0,30,3
0 20km
Erythrée
Ethiopie
Somalie
Ali SabiehDikhil
Tadjoura
Obock
DjiboutiDjibouti
Djibouti, Corne de lDjibouti, Corne de l’’AfriqueAfrique
•• Cas de paludisme Cas de paludisme autochthoneautochthonedepuis les anndepuis les annéées 1970es 1970
•• Transmission faible et irrTransmission faible et irrééguligulièère re ((AnophelesAnopheles arabiensisarabiensis))
•• Incidence Incidence àà habituellement faiblehabituellement faible
•• RRéésistance sistance àà la chloroquine la chloroquine ddéécrite depuis 1990 (RII/RIII, crite depuis 1990 (RII/RIII, NAMRUNAMRU--3, Rodier 3, Rodier et al.et al.))
•• Suspicion dSuspicion d’’importation de importation de paludisme des pays adjacentspaludisme des pays adjacents
Incidence mensuelle des cas de paludisme, DjiboutiIncidence mensuelle des cas de paludisme, Djibouti--ville, ville, CHA CHA BouffardBouffard, Janvier 1997 , Janvier 1997 -- Juin 2002Juin 2002
0
50
100
150
200
250
Jan 19
97MarMayJu
lSep Nov
Jan 19
98MarMayJu
lSep Nov
Jan 19
99MarMayJu
lSep Nov
Jan 20
00MarMayJu
lSep Nov
Jan 20
01MarMayJu
lSep Nov
Jan 20
02MarMay
AccAcc
èè s p
alus
tres
s
palu
stre
s àà
P. f
alci
paru
mP
. fal
cipa
rum
(Rogier C et al. Emerg Inf Disease 2005)
00
2020
4040
6060
8080
100100
120120
140140
160160
180180
200200
00
Jan
Jan 19
9719
97MarMarMaMaiiJu
lJu
lSepSep NovNov
Jan
Jan 19
9819
98MarMarMaMaiiJu
lJu
lSepSep NovNov
Jan
Jan 19
9919
99MarMarMaMaiiJu
lJu
lSepSep NovNov
Jan
Jan 20
0020
00MarMarMaMaii Ju
lJu
lSepSep NovNov
Jan
Jan 20
0120
01MarMarMaMaiiJu
lJu
lSepSep NovNov
Jan
Jan 20
0220
02MarMarMaMaii
AccAcc
èè s p
alus
tres
s
palu
stre
s àà
P. f
alci
paru
mP
. fal
cipa
rum
Plui
esPl
uies
(mm
(mm
))
100100
200200
300300
400400
500500
600600
Incidence mensuelle des cas de paludisme et pluviomIncidence mensuelle des cas de paludisme et pluvioméétrie, Djiboutitrie, Djibouti--ville , ville , CHA CHA BouffardBouffard (( ) & dispensaires de la ville de Djibouti () & dispensaires de la ville de Djibouti ( ), Janvier 1997 ), Janvier 1997 -- Juin Juin
20022002
ÉÉtendue des trois principales ptendue des trois principales péériodes de prriodes de prééllèèvements, vements, DjiboutiDjibouti--ville, CHA ville, CHA BouffardBouffard, ,
00
5050
100100
150150
200200
250250
Jan
Jan 19
9719
97MarMarMayMayJu
lJu
lSepSep NovNov
Jan
Jan 19
9819
98MarMarMayMayJu
lJu
lSepSep NovNov
Jan
Jan 19
9919
99MarMarMayMayJu
lJu
lSepSep NovNov
Jan
Jan 20
0020
00MarMarMayMayJu
lJu
lSepSep NovNov
Jan
Jan 20
0120
01MarMarMayMayJu
lJu
lSepSep NovNov
Jan
Jan 20
0220
02MarMarMayMay
19981998 19991999 20022002A
ccAcc
èè s p
alus
tres
s
palu
stre
s àà
P. f
alci
paru
mP
. fal
cipa
rum
(Rogier C et al. Emerg Inf Disease 2005)
1998 1999 2002
0
20
40
60
80
K1K1
129 203 166 184 193 202 237 241 131 221 226 248 253 261 275 282 284 308 346 366 371 173 373 408 444 468
Mad20Mad20 RO33RO33 3D73D7 FC27FC27
msp1msp1 block2block2 msp2msp2
pourcentage
Distribution des Distribution des allalléélesles msp1msp1 block2 et block2 et msp2msp2 àà DjiboutiDjiboutiavant, pendant et apravant, pendant et aprèès ls l’é’épidpidéémiemie
(Rogier C et al. Emerg Inf Disease 2005)
0%0%
20%20%
40%40%
60%60%
80%80%
100%100%
19981998(n=46)(n=46)
19991999(n=61)(n=61)
20022002(n=32)(n=32)
Het
eroz
ygoc
itH
eter
ozyg
ocit éé
atte
ndue
: at
tend
ue :
HeHe
msp1msp1 block2block2msp2msp2
DiversitDiversitéé ggéénnéétique des populations de tique des populations de P. falciparumP. falciparumavant, pendant et apravant, pendant et aprèès ls l’é’épidpidéémie de 1999mie de 1999
(probabilit(probabilitéé que deux parasites tirque deux parasites tiréés au hasard aients au hasard aientdes alldes allèèles diffles difféérents rents àà un locus donnun locus donnéé))
(Rogier C et al. Emerg Inf Disease 2005)
Souche sauvage (pas de mutation détectée)
combinée (souche sauvage et souche mutante présentes en même temps)
Mutant (seulement des souches mutantes sont détectées)
Pf-crtcodon
76
Pf-dhpscodon
437
Pf-dhfrcodon
59 10851 436 540
0%
20%
40%
60%
80%
100%
98 99 98 99 98 99 98 99 98 99 98 99 98 99
GenotypesGenotypes PfPfcrtcrt,, PfdhfrPfdhfr et et PfPfdhpsdhps avant pendant et apravant pendant et aprèès ls l’é’épidpidéémiemie
0%
20%
40%
60%
80%
100%
98 99 02 98 99 02 98 99 02 98 99 02 98 99 02 98 99 02 98 99 02
Souche sauvage (pas de mutation détectée)
combinée (souche sauvage et souche mutante présentes en même temps)
Mutant (seulement des souches mutantes sont détectées)
Pf-crtcodon
76
Pf-dhpscodon
437
Pf-dhfrcodon
59 10851 436 540
GenotypesGenotypes PfPfcrtcrt,, PfdhfrPfdhfr et et PfPfdhpsdhps avant pendant et apravant pendant et aprèès ls l’é’épidpidéémiemie