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PCR EN TIEMPO REAL DETECCIÓN DE PATÓGENOS EN INFECCIONES OCULARES
Escuela de Optometría
Patricia Durán Ospina
Escuela de optometría
Investigative Ophthalmology and Visual Science Scimago Factor H: 183
ObjetivoEvaluar un Nuevo test PCR multiple para detección simultánea de 24 patógenos eninfección ocular.
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El problema…..
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Queratitis micóticas
Queratitis micóticas
Fusarium Penicillium
Alternaria Aspergillus
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Fuente. Queratitis por Pseudomona. Durán, P. et al. Revista Chilena de Infectología 2008
Signos característicos de la infección por Chlamydia trachomatis
Tracoma – Conjuntivitis de inclusión en el adulto
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Signos característicos de la infección por Adenovirus FFC o QCE
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Infecciones mixtasFusarium solani
Pseudomona aeruginosaAdenovirus
CMV
Diagnóstico Rápido: PCRPCR Múltiple: variante de la PCR tradicional dos o más loci se
amplifican simultáneamente en la misma reacción
Tradicional: Cultivos en medios de cultivo (más días, no especie, mas costosa).
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Técnica PCR empleada
PCR reacción en cadena de la Polimerasa (Microsporidia, Propionibacterium acnés, Toxoplasma
gondii)
Uniplex, Multiplex
Panfungal PCR usando ITS demostró ser más sensible para diagnosticar hongos.
Usando primers de diferentes hongos es mayor que 18 S rDNA, 28S rDNA primers.
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ITS - internal transcription spacer
El espaciador transcrito interno (ITS) Espacio del ADN
situado entre el ARN ribosómico subunidad pequeña
(rARN) y los genes de rARN de la subunidad grande en el
cromosoma o la región transcrita correspondiente en el
transcodificador policistrónico del ARNr precursor.
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ITS - internal transcription spacer
En bacterias, ITS 1 está localizado en los genes 16S y 23S en el rRNA.
rARN es un componente de subunidad 30S de ribosomas procariontes
(Shine-Dalgarno). Short-Chain Dehydrogenases/Reductases “SDRS”.
Los genes que codifican: genes del 16 rRNA, y se utilizan para la reconstrucción
de filogenias.
Mientras que en eucariotes: existen dos: ITS1 e ITS2, en plantas está en la
fracción 18S y 5,8 S y en animales 28S
Ancestros genéticos……
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http://iovs.arvojournals.org/article.aspx?articleid=2611258
Multiplex solid-phase strip PCR assay (referred to as strip PCR)
Extracción del DNAQI Aamp MinElute Virus Spin kit (Qiagen, Hilden, Germany)Nanodrops 2000 (ThermoFisherScientific, USA).Primers: Bacterias: 16S rRNAFungal: 28SrRNA
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Fuente: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822004000200006
http://iovs.arvojournals.org/article.aspx?articleid=2611258
Date of download: 9/5/2017 The Association for Research in Vision and Ophthalmology Copyright © 2017. All rights reserved.
From: Establishment of Multiplex Solid-Phase Strip PCR Test for Detection of 24 Ocular Infectious Disease Pathogens
Invest. Ophthalmol. Vis. Sci.. 2017;58(3):1553-1559. doi:10.1167/iovs.16-20556
Muestras positivas para (A) bacterial 16S rRNA (5/10 samples, 39.77 ± 0.51 cycles) and (B) fungal
28S rRNA (3/10 samples, 40.55 ± 0.96 cycles) present in the PCR amplification reagents, as well as
for (C) P. acnes (5/10 samples, 37.10 ± 1.52 cycles), a resident microorganism in ocular fluids and
tissues. The cut-off of Cq values (a dotted line in the graph) was set to avoid false-positive results as
follows: 35.00 for bacterial 16S and fungal 28S rRNA, and 33.00 for P. acnes.
Comparación: Strip PCR, qPCR (Cuantitativa) , y PCR Capilar
Sensibilidad: strip PCR con PCR capilar y qPCR.
Strip PCR detectó HSV1, HSV2, VZV, EBV, CMV, HHV6 ,
HHV7, HTLV-1, adenovirus,bacterial 16S rRNA , Candida sp. C.
glabrata, Aspergillus, 28S rRNA fúngico, T. gondii, C.
trachomatis, and Acanthamoeba.
Strip PCR, y qPCR, fueron más sensibles que la PCR capilar.
Nuevos patógenos detectados con strip PCR: adenovirus, P.
acnes, Candida sp., C. glabrata, Aspergillus, Fusarium, C.
trachomatis, and Acanthamoeba.
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