GASTROİNTESTİNAL SİSTEM ÖRNEKLERİKlebsiella oxytoca 3537 hastadan 5581 dışkı örneği SCITB...

GASTROİNTESTİNAL SİSTEMGASTROİNTESTİNAL SİSTEMÖRNEKLERİÖRNEKLERİ

Prof. Dr. Gülşen HasçelikProf. Dr. Gülşen HasçelikHacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi

Tıbbi Mikrobioloji Anabilim Dalı

G A S T R O İ N T E S T İ N A LG A S T R O İ N T E S T İ N A LS İ S T E M Y O L U Ö R N E K L E R İS İ S T E M Y O L U Ö R N E K L E R İ

DışkıRektal sürüntüKusmukDuodenal aspirasyonKanKemik iliği

OLOLGU 1

5 yaşında kız hasta Ani başlayan karın

ağrısı İshal

5 yaşında kız hasta Ani başlayan karın

ağrısı İshal

Karın ağrısının anidenbir gün önce başladığı

5-6 kere kanlı ishal Bulantı Kusma YOK

Karın ağrısının anidenbir gün önce başladığı

5-6 kere kanlı ishal Bulantı Kusma YOK

• Alınan öyküsünden bir hafta önce• Ateş, dizürü, suprapubik ve sağ böğründe ağrınedeniyle üriner sistem enfeksiyonu• Lökosit sayısı• CRP• Kültür: E. coli• iv amoxicillin - clavulanate

Olası etkenler ne olabilir?

I.I. SalmonellaSalmonellaII.II. ShigellaShigellaIII.III. EHECEHECIV.IV. EIECEIECV.V. YersiniaYersinia enterocoliticaenterocoliticaVI.VI. CampylobacterCampylobacter jejunijejuniVII.VII. ClostridiumClostridium difficiledifficile

a) I, II, III

b) II, III, IV

c) III, IV, V

d) I, II, III, IV,VI, VII

e) HEPSİ

a) I, II, III

b) II, III, IV

c) III, IV, V

e) HEPSİ

Olası etkenler ne olabilir?

a) I, II, III

b) II, III, IV

c) III, IV, V

e) HEPSİ

a) I, II, III

b) II, III, IV

c) III, IV, V

e) HEPSİ

Bakteri Makroskopi Mikroskopi

Lökosit Eritrosit

Campylobacter Sulu,şekilsiz,mukuslu +/++ +/++

Salmonella Sulu,şekilsiz, kanlı + -/+

Shigella Kanlı/mukuslu, şekilsiz +++ ++/+++

EHEC Kanlı,sulu - +++

EIEC Kanlı,mukuslu +++ ++/+++

ETEC Sulu - -

V cholerae Pirinç suyu - -

C difficile toksin Sulu,şekilsiz,Kanlı/mukuslu +/+++ +/+++

Lökosit Eritrosit

ETEC Sulu - -

Lökosit Eritrosit

ETEC Sulu - -

Bakteriyolojik inceleme:Dışkı yaymasıDışkı kültürü

Dışkı yayması:Eritrosit (+)Nadir lökosit

Dışkı kültürüSalmonella, shigella vecampylobacter üremedi

Hasta hikayesine ve kültür sonuçlarına göre aşağıdakibakterilerden hangisi/hangilerini ilk planda düşünürsünüz?

a) Yersinia enterocoliticab) Clostridium difficilec) Staphylococcus aureusd) Clostridium perfringense) a,b,c,df) b,c,d

Hasta hikayesine ve kültür sonuçlarına göre aşağıdakibakterilerden hangisi/hangilerini ilk planda düşünürsünüz?

a) Yersinşa enterocoliticab) Clostridium difficilec) Staphylococcus aureusd) Clostridium perfringense) a,b,c,df) b,c,d

Antibiyotiğe bağlı diyare(AAD) etkenleriAntibiyotiğe bağlı diyare(AAD) etkenleri

a) Clostridium difficileb) Staphylococcus aureusc) Clostridium perfringensd) Candida albicans (≥105 cfu/ml)

Enterotoxin oluşturan S. aureus ve C. perfringensdiyareyi indükler, primer AAD etkeni değildir.Ancak yaşlı kişilerde, C. difficile (-) olduğudurumlarda etken olarak düşünülmelidir.

a) Clostridium difficileb) Staphylococcus aureusc) Clostridium perfringensd) Candida albicans (≥105 cfu/ml)

Enterotoxin oluşturan S. aureus ve C. perfringensdiyareyi indükler, primer AAD etkeni değildir.Ancak yaşlı kişilerde, C. difficile (-) olduğudurumlarda etken olarak düşünülmelidir.

Gorkiewicz G. Int J Antimicrob Agents 2009;33:37-41

İlk akla gelen C. difficile olarak düşünülmüş. Bu durumdadoktor tanı için hangi testleri istemeli?

a) C. difficile toksin saptanması için hücrekültürü

b) C. difficile için ELİSA testi ile toksin A+Bc) Glutamat dehidrogenaz antijend) Toksin A+B PCRe) Hepsi

İlk akla gelen C. difficile olarak düşünülmüş. Bu durumdadoktor tanı için hangi testleri istemeli?

C difficileAntibiyotiğe bağlı ishallerin %10-20si

Toksin A/ B testi(EIA, membran assay, otomatize immunassay)

Glutamat dehidrogenaz antijen (GDH) Tarama

Glutamat dehidrogenaz antijen (GDH)/Toksin Membran assay

Toksijenik kültür(Kültür + Sitotoksin) Altın standart PCR

C. difficile için

RUTİN KÜLTÜR YAPALIM MI?

C. difficile için

RUTİN KÜLTÜR YAPALIM MI?

C difficile

Rutin kültüre gerek yok .

* Epidemiyolojik çalışmalar için gerekli* Yeni bir testin değerlendirilmesi* Salgınlarda* Antibiyotik direnç sürveyansı

C difficile

Rutin kültüre gerek yok .

* Epidemiyolojik çalışmalar için gerekli* Yeni bir testin değerlendirilmesi* Salgınlarda* Antibiyotik direnç sürveyansı

Ultrason: kolon duvarında kalınlaşma veinflamasyonEndoskopi: Kolon mukozasında hemorajikdeğişiklikler görülüyorPseudomembran saptanmıyor

C. difficile toksin A+B ELISA test: NegatifC. difficile toksin PCR: Negatif

TEKRAR DÜŞÜN !!!!

Dışkı yayması:Eritrosit (+)Nadir lökosit

Dışkı kültürüLaktoz (+) koloniler

Kültür incelendiğinde:

Çok sayıda benzer laktoz (+)Gram negatif basilOksidaz (-)

Kültür incelendiğinde:

Çok sayıda benzer laktoz (+)Gram negatif basilOksidaz (-)

Spot indol test: Pozitif

Sitrat testi : Pozitif

Spot indol test: Pozitif

Sitrat testi : Pozitif

Aşağıda yer alan bakterilerden hangisiAşağıda yer alan bakterilerden hangisietken olabilir?etken olabilir?

a) Enterohemorajik E.coli

b) Klebsiella oxytoca

c) Enteroinvazif E. coli

d) Klebsiella pneumonia

e) Shigella sonnei

Aşağıda yer alan bakterilerden hangisiAşağıda yer alan bakterilerden hangisietken olabilir?etken olabilir?

e) Shigella sonnei

KlebsiellaKlebsiella oxytocaoxytoca

• İlk olarak 1978 yılında Toffler tarafındantanımlanmış

• Segmental antibiyotiğe bağlı hemorajik kolit

• Penisiline bağlı hemorajik kolit• Sağ tarafı tutan antibiyotiğe bağlı hemorajik kolit

• ABHK genellikle penisilin tedavisindensonra görülüyor

• K. oxytoca koliti özelikle sağ kolonda vesegmental olarak gözleniyor

• K.oxytoca bağlı ishallerde hücrekültürlerinde (Hep-2 hücreleri) toksingösterilmiş ve KOCH postulatı ileispatlanmış.

• Sitotoksinin moleküler ağırlığı 217 dalton,ısıya duyarlı, ökaryotik DNA senteziniinhibe ediyor.

• K. oxytoca’ya bağlı(ABHK) ishallerdeK. oxytoca > 10 6cfu/ml

• K. oxytoca sağlıklı kişilerin dışkısında%8-10 oranında bulunuyor

Simmons-citrate-inositol-tryptophan-bile salts (SCITB agar)

KlebsiellaKlebsiella oxytocaoxytoca 3537 hastadan 5581 dışkı örneği SCITB ve Mac

Conkey besiyerine ekim 104(%2.9) hastadan 117(%2.1) örnekten

K.oxytoca tanımlama 76 (%73.1) hastada tek patojen 41 hastada diğer etkenlerle birlikte

9 hastada nörovirus 7 hastada C. difficile

4 hastada Salmonella spp 1 hastada Campylobacter

1 hastada Aeromonas caviae 4 hastada rotavirus

2 hastada nörovirus ve C. difficile

24 hastada(%31.6) sitotoksin oluşumu(hepsinde antibiyotik kullanma öyküsü

3537 hastadan 5581 dışkı örneği SCITB ve MacConkey besiyerine ekim

104(%2.9) hastadan 117(%2.1) örnektenK.oxytoca tanımlama

76 (%73.1) hastada tek patojen 41 hastada diğer etkenlerle birlikte

3537 hastadan 5581 dışkı örneği SCITB ve MacConkey besiyerine ekim

104(%2.9) hastadan 117(%2.1) örnektenK.oxytoca tanımlama

76 (%73.1) hastada tek patojen 41 hastada diğer etkenlerle birlikte

Cheng et al. J Clin Microbiol 2012;50:1571.

Akut karın ağrısıKanlı ishalAntibiyotik kullanımı

OLOLGU 2

● 21 yaşında bayan hastabir haftadır kanlı ishal

Yakınmaları bir ay öncesulu ishal şeklindebaşlamış

Yüksek ateş, bulantı,kusma YOK

● Sigmoidoskopi: Kolonmukozasının inflamasyonve kronik kanama,makroskobik kolit

● Biyopsi PatolojiHistoloji

Gastroenterolog mikrobiyoloji uzmanını arayarak buhastadan mikrobiyoloji için nasıl bir örnek alınması

gerektiğini soruyor?

Gastroenterolog mikrobiyoloji uzmanını arayarak buhastadan mikrobiyoloji için nasıl bir örnek alınması

a) Bu bölgeden örnek alınmazb) Rektal sürüntüc) Dışkı kültürüd) Kolon yıkama sıvısıe) Hiçbiri

Gastroenterolog mikrobiyoloji doktorunu arayarak buhastadan mikrobiyoloji için nasıl bir örnek alınması

a) Bu bölgeden örnek alınmazb) Rektal sürüntüc) Dışkı kültürüd) Kolon yıkama sıvısıe) Hiçbiri

Mikrobiyolog laboratuvara gönderilecek buörneğin laboratuvara nasıl gönderilmesi ve

hangi besiyerlerine ekilmesi ve nasıldeğerlendiridirilmesi gerektiğini bilmediği için

kitaplara bakıyor. Klasik kitaplarda vepubmedte bir bilgiye rastlamıyor.

Mikrobiyolog laboratuvara gönderilecek buörneğin laboratuvara nasıl gönderilmesi ve

hangi besiyerlerine ekilmesi ve nasıldeğerlendiridirilmesi gerektiğini bilmediği için

kitaplara bakıyor. Klasik kitaplarda vepubmedte bir bilgiye rastlamıyor.

Kolon yıkama sıvısı laboratuvara nasılgönderilmeli ve hangi besiyerlerine

ekilmelidir?

a) En kısa zamanda gönderilmeli, Mac Conkey besiyerineekilmeli

b) Stuart besiyerinde gönderilmeli, SS besiyerine ekilmelic) Cary Blair besiyerinde gönderilmeli, Mac Conkey , SS ve

Sorbitollü Mac Conkey besiyerine ekilmelid) Stuart besiyerinde gönderilmeli, Mac Conkey ve SS,

CCDA ve Sorbitollü Mac Conkey besiyerine ekilmelie) Cary Blair besiyerinde gönderilmeli, Mac Conkey , SS,

CCDA ve Sorbitollü Mac Conkey besiyerine ekilmeli

Kolon yıkama sıvısı laboratuvara nasılgönderilmeli ve hangi besiyerlerine

ekilmelidir?

Kolon yıkama sıvısıKolon yıkama sıvısı

Endoskopi esnasında alınan dışkı enterik bakterikültürü olarak laboratuvarda değerlendirilmelidir(Manual of Microbiology 10th ed p 229)

Pubmedte bilgi yok

Örnek toplanması ve laboratuvara gönderilmedegecikme olacaksa Cary Blair besiyerindegönderilmelidir.

Hastada kanlı ishal olduğundan Mac Conkey, SS,Campylobacter selektif besiyeri(CCDA),laboratuvar rutinin de olmasa da mutlaka E.coliO157H7 için Sorbitollü Mac Conkey kullanılmalı

Pubmedte bilgi yok

OLOLGU 3

● 30 yaşında bayanhasta bir aydan beridevam eden sulu ishal

● Kramp tarzında ağrı● Kilo kaybı

● 30 yaşında bayanhasta bir aydan beridevam eden sulu ishal

● Kramp tarzında ağrı● Kilo kaybı

● Hastaya çeşitli tanı testlerinin yanındalaboratuvardan kantitatif duodenal kültüristeniyor.

LaboratuvardaLaboratuvarda kantitatifkantitatif duodenalduodenalkültürü nasıl yaparsanız?kültürü nasıl yaparsanız?Nasıl değerlendirirsiniz ?Nasıl değerlendirirsiniz ?

KantitatifKantitatif duodenalduodenal kültür ??kültür ??

● Duodenal aspiratın kendisi, 0.1, 0.01 ve 0.001ml dilüsyonları kanlı agara ekim

● 37 C de inkübasyon● Bakteri sayımı● Bakteri sayısı cfu/ml rapor● Referans aralık: <1000cfu/ml● Duodenuma anaerob kültür yapılmaz

OLOLGU 4

● 25 yaşında bayan hasta 10saatten beri devam edensulu ishal

● Bulantı, kusma● Karın ağrısı● Evde kardeşinin ve

annesinin de benzeryakınmaları mevcut

● Hepsinde aynı pudingtenyeme hikayesi

Bu durumda hastadan hangi örnekleri alarak laboratuvaragönderirsiniz?

a) Dışkıb) Kusmukc) Yenen besind) Hepsi

Bu durumda hastadan hangi örnekleri alarak laboratuvaragönderirsiniz?

a) Dışkıb) Kusmukc) Yenen besind) Hepsi

● Laboratuvar gelen kusmuk,dışkı örneği ve yenenbesinler(kantitatif ekim)aşağıda yazılı uygunbesiyerlerine ekim:

– Kanlı– Mac Conkey– Salmonella Shigella agar– Campylobacter (CCDA)

● 37 ve 42 °C de inkübasyon

● Dışkı mikroskobisi: Grampozitif ve negatif basil, grampozitif kok

● Pudingden yapılanmikroskobi: Gram pozitifbasil

● Dışkı mikroskobisi: Grampozitif ve negatif basil, grampozitif kok

● Pudingden yapılanmikroskobi: Gram pozitifbasil

DIŞKI VE PUDİNG:● Kanlı agar: Gri, opak,

granüllü, yayılan koloniler● Mac Conkey ve SS: (-)● Campylobacter: (-)

DIŞKI VE PUDİNG:● Kanlı agar: Gri, opak,

granüllü, yayılan koloniler● Mac Conkey ve SS: (-)● Campylobacter: (-)

● Gram pozitif basil● Gram pozitif basil

Mikroskobide gram pozitif basil olarak görülen ve kültürdeüreyen bu bakteriye tanıyı nasıl koyarsınız?

a) Hareket testib) Lizozim testic) Lesitinaz testid) Penisilin duyarlılığıe) a, b,cf) a, c, d

Mikroskobide gram pozitif basil olarak görülen ve kültürdeüreyen bu bakteriye tanıyı nasıl koyarsınız?

a) Hareket testib) Lizozim testic) Lesitinaz testid) Penisilin duyarlılığıe) a, b,cf) a, c, d

● Hareket (37°C) Corynebacterium , listeria ve

B. anthracis’ten ayırım

Lesitinaz Bacillus türleri arasında ayırım

Penisilin duyarlılığı Bacillus türleri arasında ayırım

B. anthracis penisilin duyarlı B. cereus dirençli

Yapılan testler sonucunda bakterinin hareketli, lesitinazpozitif ve penisiline dirençli olduğu saptanarak B. cereus

tanısı konuyor.Eğer bakteri tek başına dışkıda üremiş olsaydı bu

durumda dışkı kültürünü nasıl değerlendirir ve nasıl raporedersiniz?

tanısı konuyor.Eğer bakteri tek başına dışkıda üremiş olsaydı bu

durumda dışkı kültürünü nasıl değerlendirir ve nasıl raporedersiniz?

a) Salmonella, shigella ve campylobacterüremedi

b) Patojen bakteri üremedic) Normal flora üredid) B. cereus üredi

tanısı konuyor.Bu durumda dışkı kültürünü nasıl değerlendirir ve nasıl

rapor edersiniz?

tanısı konuyor.Bu durumda dışkı kültürünü nasıl değerlendirir ve nasıl

rapor edersiniz?

BacillusBacillus cereuscereus

Besin zehirlenmelerine neden olanaerobik,spor oluşturan gram pozitif basil

Suda, ve çeşitli besinlerde(et, süt ve sütürünleri, kuru yiyecekler, sebze, pirinç….)

B.cereus sporları normal bir temizlıkletemizlenemez, biyofilm oluşturur. Biyofilmoluşumu sporu ve vejetatif hücreyi sanitasyonesnasında bakterinin inaktivasyonundan korur.

Uzun süre buzdolabında bekletilmişyiyeceklerde yaşayabilir.

105-108 bakteri alınmasıyla 8-16 saat sonrabulgular başlar. 103 bakteri alınması ile debulguların gözlendiği belirtiliyor.

Patogenez: Enterotoksin

Sitotoksin(Hb1, Nhe, Cyt K, hemolizin)

Dışkı kültüründe %14 oranında sağlıklıbireylerde izole ediliyor

Kesin tanı: Dışkı, kusmuk ve şüpheli yiyecekten aynı

serotipin bulunması Dışkı veya kusmuk veya şüpheli

yiyecekte bir serotipin fazla sayıda izoleedilmesi

Şüpheli yiyecekten B. cereus izolasyonu(enterotoksin saptanması)

BacillusBacillus cereuscereusRAPOR???RAPOR???

CDC İki veya daha fazla kişinin dışkısından

B. cereus izolasyonu, kontrollerdenüretilmemesi

Besinden 105organizma/gr üretilmesi

Tek kişiden B.cereus üremesi anlamlı değil

(Dışkı kültüründe %14 oranında sağlıklıbireylerde izole ediliyor)

BacillusBacillus cereuscereusRAPOR???RAPOR???

B. cereus’un kültürü ve tanımlanmasızaman aldığı için ANCAK SALGINZAMANLARINDA VE ÖZEL İSTEKOLDUĞUNDA TANIMLANMALIDIR.

Konfirmasyon için serotiplendirmeyapılmalıdır.

Halk sağlığı laboratuvarlarında kültür, toksinçalışılmalı, antibiyotik duyarlılığına gerekyoktur.

GASTROİNTESTİNAL SİSTEM ÖRNEKLERİKlebsiella oxytoca 3537 hastadan 5581 dışkı örneği SCITB...

Documents

KLİNİK ÖRNEKTEN SONUÇ RAPORUNA UYGULAMA REHBERİ Sistem örnekleri.pdf · Rektal sürüntü Rectal swab Virüs Virus Yöntem Method. xii KLİMUD Mikrobiyoloji laboratuvarlarında

Klinik Örnekten Sonuç Raporuna: Mantar Enfeksiyonlarına ... · Fusarium/Candida/Aspergi llus türleri, zigomiçeteslerin çoğunun da üremesini engeller. • sikloheksimit SDA

ELEKTRONİK SAĞLIK KAYDIOsmanlıda ameliyattan önce hastadan alınan ... Acil Sağlık Hizmetleri Yönetimi 13. Acil Hasta Sevk ve Takip Yönetimi 14. Araç Yönetimi 15. RIS-LBYS-PACS

HASTANE TEMİZLİĞİ VE ÖZEL ALANLARIN TEMİZLİĞİ NASIL … › kaliteyonetim › bilgilendirme › ... · 2019-07-26 · DİŞ ÜNİTİ TEMİZLİĞİ Her hastadan sonra, kreşuar,

2008;47:e74-78. K.oxytoca as a causative organism of AB-associated hemorragic colitis AB-associated colitis : C.difficile +++ AB-associated hemorragic

Klinik Örnekten Sonuç Raporuna: Solunum Sistemi Örnekleri'' · Üst Solunum Yolu Enfeksiyonları Farenjit Bakteriyel Streptococcus sp.(A , C,G) N. meningitidis, N.gonorhoeae

2017-2018 EĞİTİM VE ÖĞRETİM YILI · 6) Anamnez ve fizik muayene bulgularını kayıt eder ve sunar 7) Anamnez ve fizik muayene bulguları ile hastadan ilk aşamada gerekli temel

COVID-19 - asyod.orgasyod.org/dokuman/Covid-19-8.pdf · COVID-19 şüphesi yüksek olan bir hastadan negatif sonuç elde edildiğinde, özellikle sadece üst solunum yolu örnekleri

Alınan örnekten hangi tetkikler istenmeli?febrilnotropeni.net/pdf/subat/SEVTAP_ARIKAN_AKDAGLI.pdf · Candida-PNA FISH: Türe özgü rRNA’yı hedef alan, floresan işaretli peptid

Örnekten Rapora KONVANSİYONEL TANI

· Web viewYetmiş beş yaşında sepsis tablosu olan bir hastadan alınan üç kan kültür örneğinde α-hemoliz yapan, Gram(+) kok morfolojisinde bakteri üremiştir. Yapılan

ÇEVRE KİMYASI LABORATUARI-I - cdn.bartin.edu.tr · Örnek, 100 ml’lik balonjojeye alınarak saf su ilavesiyle hacim 100 ml’ye tamamlanır. Bu örnekten, bir pipet yardımıyla

Sözde Bilim… Pseudosciencefen2018...• Anekdot kanıt sayılmaz çünkü bir ya da birkaç örnekten genellemeye varmak mümkün değildir. Tek bir örneğin her zaman istisna

ROTA Medical · 2020. 9. 4. · Vakum sistemi yardlnmyla bakteri içeren aerosol, filtreden geçirilir. Örne§in bakteri filtrasyon etkinli§i, örnekten geçen koloni olusturan

Şizofreniye Eşlik Eden Kişilik Bozuklukları: 75 Hastadan ...psikofarmakoloji.org/pdf/22_1_9.pdf · demographic - social variables and the status of symptoms evaluated by some

Devrimci D'e,mokrasi · 2019-06-07 · 'Devrimci Demokrasi ve Sosyalizm' böyle bir sürecin ürünü olarak ele alınmalı ve özel bir örnekten kalka rak,devrimci hareketin zaaflarının

Tıkayıcı Uyku Apnesi Tedavisinde Kullanılan Cihazlarda ...byoyo.cmpe.boun.edu.tr/posterler/mehmet_balci-byoyo18.pdf · *Böylece hava kontrol edilecek ve kontrol hastadan anlık

Vocal cord hemangioma in an adult · kabalaşma ve ses kısıklığı şikayetiyle gelebilir ve laringeal polip veya diğer tümöral lezyonlar düşünü-lerek hastadan biyopsi alınabilir

OLASILIK - imt hoca · OLASILIK. LGS Örnekten Gerçeğe Bir olayın olma olasılığı = İstenilen olası durumların sayısı

PET/MR Fiziğimedikalfizik.org/uploads/files... · 2019-08-26 · PET Gantri PET/MR gantrisinde hastadan yayılan 511 keV enerjili anhilasyon fotonları kristaller tarafından algılanarak