Pistoia Alliance Sequence Services Phase 2 Overview

Pistoia – Sequence Services 2

24th April 2012Simon Thornber (Workgroup Chair)

Setting the Scene• Phase 1 (a quick reminder).

•Phase 2 Overview.

• The Pistoia Approach.

Phase 1

World Class Bioinformatics Software

Add private data

Business level security / cloud hosted

Ethical Hack

The data deluge

Taken from the Elixir business case

Launch of the 454 LifeSciencesPyrosequencing machine

(Mb/$) in a corporation

Open‐Source

• Some of the best NGS software is open‐source.•EBI / Broad Institute. (funding models / philosophies) • Great software written by people who use it.

• Where do you turn to for support?•Industry cannot cross their fingers & hope for community support on a project wiki.

• The politics of Open Source projects.

Security

Open‐Source Software is not always written with security concerns as a priority.

• We saw this from Phase 1. – was written to help good people do great things.

• A major part of testing in Phase 2.

• Pistoia is not going to publish the findings.• Nothing was found that isn’t fixable.• Some have more work to do than others.

Global & Externalised Projects

Rise in the number of global projects often with 3rd parties contributing.

This makes cloud hosted platforms attractive, and can reduce the risk of allowing 3rd parties inside corporate firewalls.

The Pistoia Approach

• A common set of requirements from a number of Pharmaceutical Companies.

• Shared risk funding to help kick‐start commercial services in this space.

Speak with a single voice.And do more…

Phase 2 – System Use Cases

10

Phase 2

Data Loading

Data Management

Simple Analysis pipelines

11

Ethical hack

Ease of use Secure

3 Different approaches to this challenge.