Årsrapport 2015 Avdeling for mikrobiologi

Klinikk for laboratoriemedisin

1

Innhold

Generelt ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 2 Avdeling for mikrobiologi (MIK) ............................................................................................................................................................................................................................. 2 Antall kliniske analyser utført ved Avdeling for mikrobiologi 2015 ............................................................................................................. 3 Økonomi 2015 ....................................................................................................................................................................................................................................................................................... 3 Regnskap 2015 ..................................................................................................................................................................................................................................................................................... 3 Stillinger i 2015 ................................................................................................................................................................................................................................................................................... 3 Organisasjon 2015 .......................................................................................................................................................................................................................................................................... 4 Diagnostikk og produksjon ........................................................................................................................................................................................................................................................... 5 Seksjoner: Seksjon for kvalitet, IT og driftstøtte ................................................................................................................................................................................................................ 5 Seksjon for medisin ....................................................................................................................................................................................................................................................................... 5 Seksjon for felles eksternt prøvemottak ..................................................................................................................................................................................................... 6 Seksjon for Molekylærdiagnostikk, Virologi og Serologi ................................................................................................................................................. 6 Seksjon for bakteriologi ......................................................................................................................................................................................................................................................... 7 Seksjon for utvikling .................................................................................................................................................................................................................................................................... 8 Seksjon for kontroll og produksjon ..................................................................................................................................................................................................................... 9

Referansefunksjoner ............................................................................................................................................................................................................................................................................. 10 Det nasjonale referanselaboratorium for medisinske soppsykdommer ........................................................................................... 10 Referansefunksjon for Cytomegalovirus ................................................................................................................................................................................................ 10 Referansefunksjon for HIV ............................................................................................................................................................................................................................................ 11 Referansefunksjon for Toxoplasma gondii .......................................................................................................................................................................................... 11

Undervisning ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 12

Forskning .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 13 Forskningsgrupper og prosjektgrupper: Regulering og reparasjon av genomet ........................................................................................................................................................................................................ 14 Genomdynamikk-gruppen (GD) ......................................................................................................................................................................................................................... 14 Virologisk forskningsgruppe ..................................................................................................................................................................................................................................... 14 Cytomegalovirusinfeksjoner hos nyretransplanterte ....................................................................................................................................................... 15 Humant immunsviktvirus (HIV) ........................................................................................................................................................................................................................ 15 Dynamic responses to stress and development of novel treatment for leukemia ............................................................. 16 Bioinformatikk-gruppen ................................................................................................................................................................................................................................................... 16 Genomstabilitet i gjær .......................................................................................................................................................................................................................................................... 16 Cellular responses to DNA damage ................................................................................................................................................................................................................. 17 Cell signalling research group .................................................................................................................................................................................................................................. 17 Regulation of cellular metabolism and development by DNA modifications ............................................................................. 17 Antibiotikaresistens og translasjonsforskning ............................................................................................................................................................................ 18 Sopp-gruppen ..................................................................................................................................................................................................................................................................................... 18 Infeksjonsmedisin og mikrobiologi ved andre sykehus ................................................................................................................................................ 19

Priser og utmerkelser ......................................................................................................................................................................................................................................................................... 20

Publikasjonsliste ......................................................................................................................................................................................................................................................................................... 21

Generelt

2 3

Generelt

Kjetil K MelbyAvdelingsleder01.01.2015-07.06.2015

Fredrik MüllerAvdelingsleder (konst.)08.06.2015-03.11.2015

Avdeling for mikrobiologi (MIK)Avdelingen har sykehus- og universitetsfunksjoner som er integrert i virksomheten. Våre hovedoppgaver omfatter infeksjonsdiagnostikk, forskning og utdanning. Den diagnostiske virksomheten inkluderer å stille raske og korrekte infeksjonsdiagnoser, undersøke effekten av antimikrobielle midler (resistensbestemmelse), utvikle nye diagnostiske metoder, delta i konsulentvirksomhet på de kliniske avdelingene og infeksjonsteste blod og organer til transplantasjon. Forskningsvirksomheten, som er betydelig, omfatter både basal biologisk forskning, særlig knyttet til DNA-reparasjon, genomstabilitet og horisontal genoverføring og translasjonsforskning innen infeksjons-sykdommer og andre sykdomstilstander. Forskningsvirksomheten er i stor grad eksternt finansiert takket være godt tilslag på søknader, særlig innen grunnforskning. Avdelingens ansatte underviser medisin-, tannlege- og ernæringsstudenter i tillegg til egne leger i utdanning, eksterne leger i spesialisering, bioingeniørstudenter og andre personellgrupper.

Avdelingen har laboratorievirksomhet ved Ullevål (US) og Rikshospitalet (RH). Foruten å levere til OUS utføres også mikrobiologisk diagnostikk for Diakonhjemmet sykehus, Lovisenberg Diakonale sykehus, andre sykehus i Helse Sør-Øst samt den øvrige helsetjenesten i Oslo og nasjonalt. Vi er en akkreditert avdeling etter ISO 15189, i tillegg er Seksjon for kontroll og produksjon sertifisert etter ISO 13485.Avdelingen har landsfunksjoner i form av fire nasjonale referansefunksjoner i tillegg til regionsoppgaver for Helseregion Sør-Øst.Analyseoversikten for MIK 2015 viser at det er økning i anvendelse av avdelingens diagnostikk for sykehusinnlagte pasienter innen bakteriologi, med en viss nedgang innen virologi, mens det er en viss reduksjon i poliklinisk aktivitet spesielt innen bakteriologi.Forekomsten av resistente mikroorganismer øker. Avdelingen utgir en årlig rapport over antibiotikaresistens ved OUS, se OUS hjemmesider, Fag-Laboratorietjenester:http://www.oslouniversitetssykehus.no/fagfolk_/laboratorietjenester_/antibiotikaresistens_/Sider/default.aspx

MIK har hatt oppnådd en rekke mål i 2015, herunder etablering av elektronisk rekvirering av mikrobiologiske undersøkelser fra DIPS, innføring av bred venerologisk diagnostikk for Olafiaklinikken og andre rekvirenter, og kostnadsberegning av alle våre analyser på oppdrag fra Helsedirektoratet som ledd i arbeid med nytt takstsystem. En ny utfordring var håndtering av tuberkulosescreening (TB-IGRA) av et høyt antall flyktninger og asylsøkere i andre halvår. For øvrig har flere dyktige nøkkel-medarbeidere gått ut i pensjon i løpet av 2015, noe som særlig har vært utfordrende for legegruppen i avdelingen.

Antall kliniske analyser utført ved Avdeling for mikrobiologi 2015

En stor del av avdelingens analyser er polikliniske, dvs 459.460 analyser. Det utgjør 48% av analysene.Infeksjonstesting av blodgivere i 2015 var 153.714 analyser.Totalt var det en liten nedgang i antall analyser i 2015 i forhold til 2014. I 2014 ble det analysert 958.294 analyser mot 952.472 i 2015. Dette er en nedgang på 0,6 %.

ØkonomiAvdelingen hadde et budsjett for 2015 på 195 mNOK. På utgiftssiden hadde avdelingen et merforbruk på 4 mNOK. På inntektssiden var det en høyere inntekt enn budsjettert på 6 mNOK. Dette resulterte i et positivt driftsresultat på 2,3 mNOK.

Regnskap og budsjett 2015

Seksjon for forskning har et budsjett på ca 70 mNOK. 14 mNOK er interne OUS-midler, seksjonen er derved i hovedsak finansiert med eksterne forskningsmidler.

Stillinger i 2015Avdelingsleder 1 lederassistent og 0,5 rådgiver i stab8 seksjonsledere7 enhetsledere151 stillinger tilknyttet diagnostikk og produksjonCa. 80 stillinger tilknyttet forskning

Inneligende Polikliniske Blodgivere Total pr enhet Totalt pr seksjon Totalt pr seksjonEnhet for bakteriologi Ullevål 106.236 140.126 246.362Enhet for bakteriologi Rikshospitalet 96.219 33.581 129.800

Seksjon for bakteriologi 202.455 173.707 376.162Enhet for virologi og infeksjonsimmunologi 54.109 48.836 102.945

Enhet for serologi 30.186 188.301 153.714 372.201Enhet for molekylærdiagnostikk og virologi 52.341 48.616 100.957Seksjon for molekylærdiagnostikkvirologi og serologi 136.636 285.753 576.103Total antall analyser Mikrobiologisk avdelingen i 2015 339.091 459.46 153.714 952.472

Budsjett Regnskap Avvik

Driftsinntekter 195.702 202.068 6.366

Driftsutgifter 195.702 199.738 -4.036

Driftsresultat 2.324Alle tall er i mill kr.

Generelt

4 5

Diagnostikk og produksjon

Organisasjon Seksjon for kvalitet, IT og driftstøtteSeksjonsleder: Espen Kibsgård Øvrige stillinger: 1 ingeniør, 2 spesialbioingeniører

Seksjonens hovedoppgaver er å lede kvalitetssikringsarbeidet og vedlikeholde kvalitetssikringssystemet, samt å koordinere avdelingens HMS-arbeid og samarbeidet med Medisinsk Teknologisk Virksomhetsområde (MTV). I tillegg er seksjonen ansvarlig for å koordinere generelle driftssaker (bygning, renhold, heiser, kontor, låsing) ved begge lokaliteter, og har det overordnede ansvaret for oppfølging av avdelingens IT-systemer og beredskap (spesielt i forhold til Isolatsenteret). I 2015, som i 2014, var videreføring av DIPS og innføring av elektronisk rekvirering de største prosjektene seksjonen var involvert i. Dette trakk store ressurser fra seksjonen som kun delvis ble dekket opp ved frikjøp. Store deler av avdelingens analyser kan nå rekvireres elektronisk av interne rekvirenter, noe som på sikt bør lette hverdagen for både avdelingens laboratorier og rekvirenter.På kvalitetssikringssiden har hovedfokuset vært å opprettholde og vedlikeholde kvalitetssikringssystemet. Arbeidet med å CE-merke avdelingens egenutviklede analyser er påbegynt, og videreføres til 2016. Det sammen gjelder etablering av system for kvalitetskontroll av svarvisning i eksterne rekvirenters mottakersystem.

Seksjon for medisinSeksjonsleder: Kjetil Klaveness Melby(jan-juni)/Gorm Hansen(konstituert juni-desember)Seksjonen organiserer alle legespesialister og leger i spesialisering ansatt ved de diagnostiske enhetene i avdelingen, 12 overleger og 9 LIS.

Seksjonen skal bidra til å sikre kompetanseutvikling, utdanning, medisinskfaglig høyt nivå og godt arbeidsmiljø blant legene på tvers av geografi, og skal ivareta arbeidsgivers administrative forpliktelser overfor leger ansatt ved avdelingen.Seksjonen samarbeider tett med de andre øvrige seksjonene i avdelingen og seksjonsleder representerer legene i avdelingsledelsen. Leger tilknyttet seksjonen har det medisinsk faglige ansvaret ved enhetene og for bakteriologiske analyser utført ved Radiumhospitalet.

UndervisningslederHalvor Rollag/Tone Tønjum

Rådgiver Magli Bøvre

Avdeling for mikrobiologi(MIK)

AvdelingslederKjetil K Melby/Fredrik Müller

Lederassistent Kristin Eftestøl

Genome dynamics groupGruppelederTone Tønjum

Enhet for kontroll og produksjon

Ullevål/Rikshospitalet/Hausmannsgate

EnhetslederRolf Hugo Jespersen

Enhet for bakteriologiI Ullevål

(BAKUL-I)EnhetslederGuri Mugaas

Enhet for virologi og infeksjonsimmunologi

(WIM)EnhetslederTone Berge

Bioinformatics groupGruppeleder

Torbjørn Rognes

Enhet for bakteriologiRikshospitalet

(BAKR)Enhetsleder

Marit H. Bruun

Enhet for Serologi(SERO)

EnhetslederMona E. Olsen

Gene regulation andepigenetics group

GruppelederArne Klungland

Cell signalling groupGruppelederStefan Krauss

Dynamic responses to cell stress groupGruppeleder

Jorrit Enserink

Enhet for bakteriologiII Ullevål

(BAKUL-II)Enhetsleder

Wibeke Lunde

Enhet for molekylærdiagnostikk

og virologi(MOV)

EnhetslederKirsti Jacobsen

Yeast genome stability group

GruppelederIngrun Alseth

Cellular responses toDNA damage group

GruppelederMagnar Bjørås

Virology groupGruppeleder

Fredrik Müller

Seksjon for bakteriologi(BAKT)

SeksjonslederPeter Gaustad/

Heidi Barbøl Langaas

Seksjon for utvikling(UTS)

SeksjonslederFredrik Müller/

Mona Holberg-Petersen

Seksjon for forskning(FOR)

SeksjonslederArne Klungland

Medisinsk seksjon(MED)

SeksjonslederKjetil K Melby/Gorm Hansen

Seksjon for felles eksternt prøvemottak

(FPM)Seksjonsleder

Dora Haugenes

Seksjon for kontroll ogproduksjon

(KOP)Seksjonsleder

Ingun Ytterhaug

Seksjon for kvalitet, IT og driftsstøtte

(KID)Seksjonsleder

Espen Kibsgård

Seksjon for molekylærdiagnostikk og

virologi(MVS)

SeksjonslederJane Glende

6 7

Diagnostikk og produksjonDiagnostikk og produksjon

Seksjon for felles eksternt prøvemottak Seksjonsleder: Dora HaugenesØvrige stillinger; 2 spesialbioingeniører, 1 ingeniør, 1,5 bioingeniører og 9 sekretærer/helsesekretærer samt et engasjement høsten 2015 i forbindelse med TB-igra undersøkelser på flyktninger.

Seksjonen ligger i bygg 25 på Ullevål og mottar, kontrollerer og registrerer prøver til Avdeling for mikrobiologi og Avdeling for immunologi og transfusjonsmedisin. Dette er i hovedsak prøver fra eksterne rekvirenter og fra interne rekvirenter på OUS, Ullevål.Seksjonen jobber mot tre laboratoriedatasystem (Swisslab, Unilab og Prosang).For 2015 mottok seksjonen rekvisisjoner og prøver tilhørende 566 013 mikrobiologiske analyser.Alle prøver til Enhet for Allergi og autoantistoffer registreres og fordeles i sekundærrør ved seksjonen. I 2015 mottok seksjonen prøver tilhørende 443092 analyser til medisinsk immunologi, 11960 prøver til Cellelab og TI på RH, og 13693 svangerskapsprøver til blodbanken.Seksjonen har i 2015 gjort endringer i drift i forbindelse med innføring av scanning til arkiv, innføring av elektronisk rekvirering, stopp av utsending av papirsvar til interne rekvirenter, blodkulturprosjekt i avdelingen og i forbindelse med kraftig økning av TB-Igra prøver høsten 2015.

Seksjon for Molekylærdiagnostikk, Virologi og Serologi Seksjonsleder: Jane GlendeSeksjonen har til sammen 37 stillinger fordelt på tre enheter.

Enhet for molekylærdiagnostikk og virologi (MoV) Enhetsleder: Kirsti JakobsenØvrige stillinger: 1 overingeniør, 4 spesialbioingeniører, 6,5 bioingeniørerEnheten utvidet Veneriadiagnostikken i 2015. Det ble anskaffet en ny automatisk PCR analyseplattform, Roche Flow. Enheten tok over alle veneriaprøvene fra Olafiaklinikken i november. Dette ga vesentlig økning i antall analyser på enheten.

Enhet for serologi (Sero) Enhetsleder: Mona Elisabeth OlsenØvrige stillinger: 4 spesialbioingeniører, 8,5 bioingeniørerEnheten fikk en stor økning av TB-Igra på slutten av året på grunn av den sterkt økende asyltilstrømmingen til landet fra oktober. Sammen med VIM greide enheten å analysere alle TB- Igra prøvene som kom inn.

Enhet for virologi og infeksjonsimmunolgi (VIM) Enhetsleder: Tone BergeØvrige stillinger: 5 spesialbioingeniører, 1 avdelingsingeniør, 3 bioingeniørerEnheten fikk oppgradert sin automatiske analyseplattform Roche Flow. Dette skapte en del ekstraarbeid og endring av rutiner og prosedyrer. Utvidelse av åpningstiden til kl 17 på slutten av 2014 har gitt en mye kortere svartid på serologiske analyser.

Seksjonen har i 2015 hatt nesten samme aktivitet som i 2014. I 2015 har det vært analysert 576 103 analyser mot 575 838 i 2014. En nedgang på 0,1 %.Det ble utført 27 066 TB-igra analyser i 2015, en økning fra 9658 i 2014.

Det ble i 2015 innført elektronisk rekvirering i DIPS på mikrobiologiske analyser. Alle enhetene var sterkt involvert i og brukte mye ressurser på dette. Seksjonen hadde i 2015 en bemanningsgjennomgang. Automasjon av mange arbeidsprosesser på Enhet for serologi (Sero) frigjorde bioingeniør ressurser. En bioingeniør flyttet i februar fra Sero til VIM og en bioingeniør flyttet i august fra Sero til MOV.

Referansefunksjoner for Toxoplasma gondii, Cytomegalovirus og HIV er underlagt seksjonen.

Seksjonen har i 2015 publisert 6 postere og flere artikler. Flere ansatte har holdt innlegg på kongresser, konferanser og fagmøter.

Seksjon for bakteriologi Seksjonsleder: Heidi Barbøl LangaasSeksjonen består av tre enheter med til sammen 57 stillinger.Enhetsledere: Marit Hektoen Bruun, Wibeke Lunde og Guri MugaasØvrige stillinger: 18 spesialbioingeniører, 35 bioingeniører, 1 laborant

Seksjonen utfører laboratoriebasert infeksjonsdiagnostikk på materiale fra pasienter innlagt i Oslo-sykehusene og fra pasienter i primærhelsetjenesten samt noen nasjonale funksjoner. Det ble i 2015 utført totalt 376 162 analyser. Av nye analyser innført dette året kan nevnes Zygomycetes PCR, parasitt PCR, inkludert malaria PCR, leishmania PCR, og veneria PCR kombi-plattform med PCR for til sammen 7 ulike agens.Et fokus de siste årene har vært automasjon innen bakteriologi. To utsædsmaskiner (WASP) ble implementert i 2015. Instrumentparken på TB-laboratoriet ble utvidet med et nytt MGIT BACTEC instrument. Sikkerhet og smittevern står i fokus, og 8 nye sikkerhetsbenker ble montert ved seksjonen i 2015.

Figur1. Utviklingen av TB-diagnostikk i antall mykobakterie-analyser ved MIK/RH og MIK/UUS 2010-15Målsetningen for Mykobakterie-laboratoriene ved OUS er å utføre oppdatert diagnostikk av høy kvalitet og med kostnadseffektiv drift, med optimal logistikk, forskningsnær aktivitet og spesialtilpasset undervisning. Antall mykobakterieprøver og funn av Mycobacterium tuberculosis (Mtb)-komplekset og andre mykobakterier enn M. tuberculosis (non-tuberkuløse mykobakterier, NTM)ved OUS, samt forekomst av TB i Norge, er økende, ikke minst på grunn av økt migrasjon i 2015.

0

2000

4000

6000

8000

10000

12000

14000

2010 2011 2012 2013 2014 2015

MIK-RHMIK-UUS

8 9

Diagnostikk og produksjonDiagnostikk og produksjon

Rask blodkulturdiagnostikk er også et satsningsområde og et blodkulturskap (BACTEC FX) ble plassert i akuttmottak ved Ullevål for å sikre rask inkubasjon av prøver tatt i akuttmottaket. Prosjektet viste seg å være svært vellykket og tiden fra disse prøvene ble tatt til påbegynt inkubering ble redusert fra ca 16 timer til < 1 time. Dette ble videre implementert i rutinen i 2015.

Utvalgte analyser 2015:

Fordelt på lokalisasjon:

Elektronisk rekvirering av bakteriologiske analyser ble innført for interne rekvirenter.

Referansefunksjon for medisinske soppsykdommer er underlagt seksjonen.

Seksjonen gjør en årlig opptelling av forekomsten av antibiotikaresistente bakterier ved Ullevål, Rikshospitalet og innen primærhelsetjenesten i Oslo.Se nettside for opptelling 2015:http://www.oslo-universitetssykehus.no/fagfolk_/laboratorietjenester_/antibiotikaresistens_

Seksjon for utvikling Seksjonsleder: Professor/overlege Fredrik Müller til 8/6-15Kst seksjonsleder: Overingeniør/dr scient Mona Holberg-Petersen, 8/6-31/12-15Øvrige stillinger: 6 molekylærbiologer (1 dr scient, 5 MSc (2 i 50%)) og 3 spesialbioingeniører.

Seksjonen har tre hovedoppgaver; utvikle nye diagnostiske metoder for identifikasjon, typing og genotypisk resistensbestemmelse av mikroorganismer, forskningprosjekter knyttet til dette og utføre enkelte molekylærbiologiske analyser. Prosjekter som ble ferdig utviklet/testet i 2015:PCR for Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis LGV, Mycoplasma genitalium, Malaria, Leishmania sp., Zygomycetes, Giardia, Entamoeba histolytica, Cryptosporidium, Aspergillus genotypisk resistens, og beta-lacta test direkte på blodkultur.

Pågående utviklingsprosjekter:Genbasert påvisning av M. genitalium makrolid resistens, resistensmekanismer hos resistente Gram-negative stavbakterier og bakterier i fæces, artsidentifikasjon av M. chelonae gruppen, innføre selherpesvirus til real time PCR internkontroll og genotyping av bakterier ved NGS.

Forskningsprosjekter seksjonen er involvert i:Sero- og pilustyping av GBS hos fødende, HIV resistensgen-dypsekvensering, 16S-dypsekvensering av fecesprøver fra kvinner med hyperemesis gravidarum og enterovirus D68. Rutineanalyser:Gen-basert påvisning av sopp (ITS/D1D2), bakterier (16S), M. tuberculosis rifampicin resistens, HIV-resistensmutasjoner og HIV-tropisme med sekvensering, samt PCR-påvisning av meningokokker inkludert serogruppe, pneumokokker, H. influenzae, GBS, Listeria monocytogenes, E. coli, van-A og –B (vankomycin-resistente enterokokker), malaria og Leishmania sp.

Seksjon for kontroll og produksjon

Seksjonen er sertifisert etter ISO 13485:2003/NS-EN ISO 13485:2012. Seksjon for kontroll og produksjon produserer mikrobiologiske vekstmedier, eller in vitro diagnostisk medisinsk utstyr (IVD), til interne og eksterne kunder. Vi produserer løsninger, buffere, reagenser og medier fra kommersielt tilgjengelige dehydrerte dyrkningsmedier, og dyrkningsmedier tillaget fra enkeltkomponenter. Vi ferdigstilte CLP direktivets(Forskrift om klassifisering, merking og emballering av stoffer og stoffblandinger) krav om merking av IVD i juni 2015.

Seksjonen har ansvar for stammebanken på Ullevål. Vi kjøper inn, oppbevarer stammene i -70°C fryser, opparbeider og leverer ut arbeidskulturer til seksjon for bakteriologi. Arbeidskulturene benyttes også i seksjonen til kontroll av våre produksjoner.

Produksjonsvolumet for 2015 var på ca 20 000 000 (oppgitt i antall ml). Dette er en økning på 1,2 % fra 2014. Det ble produsert ca 780 000 skåler og ca 200 000 flasker /rør.

Seksjonen har også ansvar for dekontaminasjon, smitteavfallshåndtering og destruksjon ved avdelingene MIK og IMM med satellitt lokasjon på Hausmannsgate.

Seksjonsleder: Ingun YtterhaugEnhetsleder: Rolf Hugo JespersenØvrige stillinger tilknyttet til UiO:1,5 avdelingsingeniører1 spesialbioingeniør4 laboranter11 laboratorieassistenter 0,5ingeniør

Analyse Antall

Aerob blodkultur 21 587

Anaerob blodkultur 19 218

Soppdyrkning blodkultur 4653

MRSA 35 515

Lokalisasjon Analyse Antall

Ullevål Aerob blodkultur 15 158

Anaerob blodkultur 13 689

Soppdyrkning blodkultur 1132

MRSA-screening 31 975

RH Aerob blodkultur 6429

Anaerob blodkultur 5530

Soppdyrkning blodkultur 3521

MRSA-screening 3540

10 11

ReferansefunksjonerReferansefunksjoner

Det nasjonale referanselaboratorium for medisinske soppsykdommer Referanselaboratoriet utfører undersøkelser på prøver og soppisolater tilsendt fra andre laboratorier og på prøver fra OUS Rikshospitalet. Vi samarbeider med bakteriologisk enhet og enhet for infeksjonsserologi og virologi på Rikshospitalet og utviklingsseksjonen om oppgaven. Leger og bioingeniører tilknyttet referansefunksjonen utfører oppgavene ved siden av sine oppgaver ved Mikrobiologisk avdeling. Lonny Marie Kløvfjell er fagansvarlig bioingeniør og Cecilie Torp Andersen ansvarlig overlege. Referanselaboratoriet har nært forskningssamarbeid med Regionalt forskningsnettverk for sopp-infeksjoner i HelseSør-Øst ledet av Peter Gaustad.

Nettside: http://www.oslo-universitetssykehus.no/fagfolk_/laboratorietjenester_/nasjonale-referanse-funksjoner_/Sider/Nasjonalt-referanselaboratorium-for-medisinsk-mykologi.aspx

Referansefunksjon for CytomegalovirusCytomegalovirus-referansefunskjon har som mål å utvikle og validere metoder for påvisning av virus i ulike prøvematerialer, tidfesting av infeksjon hos gravide, påvisning av resistens mot antivirale midler, måling av humoral og cellememediert immunitet samt kunnskapsbasert rådgiving. I 2015 har vi spesielt vektlagt påvisning av cytomegalovirusinfeksjon hos gravide, fostre og nyfødte.

Nettside: http://www.oslo-universitetssykehus.no/fagfolk_/laboratorietjenester_/nasjonale-referanse-funksjoner_/Sider/Nasjonalt-referanselaboratorium-for-cytomegalovirus.aspx

Referansefunksjon for HIV Referansefunksjon for humant immunsviktvirus (HIV) har som mål å utvikle, kvalitetssikre og validere metoder for diagnostikk og oppfølging av HIV-infeksjon. For primærdiagnostikk av HIV-infeksjon, utføres konfirmasjonstesting av reaktive primærprøver, oppfølging av barn født av mødre med HIV-infeksjon, donorutredning, utredning og konfirmasjonstesting av mulig HIV-2 infeksjon, samt rådgivning om diagnostikk. Referanselaboratoriet har ansvar for primærdiagnostikk i Oslo-området, inkludert serologisk screening av gravide og blodgivere. For oppfølging av pasienter med HIV-infeksjon, utføres viruskvantitering, undersøkelser av resistens mot antiretrovirale midler, samt virologisk rådgivning om klinisk resistens.

HIV referanseundersøkelser:

Nettside: http://www.oslo-universitetssykehus.no/fagfolk_/laboratorietjenester_/nasjonale-referanse-funksjoner_/Sider/nasjonalt-referanselaboratorium-for-hiv.aspx

Referansefunksjon for Toxoplasma gondii Referansefunksjon for Toxoplasma gondii har som mål å utvikle og validere metoder for påvisning av parasitten, enten DNA- eller antistoffpåvisning, tidfesting av infeksjon hos gravide, samt rådgiving ved mistanke om smitte i svangerskap, med evt smitte av foster. Diagnostikken har også en plass ved utredning av uklare infeksiøse tilstander, ved eksempelvis glandelsvulst og feber, ved transplantasjoner, ved immunsvikt, ved øyeinfeksjoner og ved sykdom hos nyfødte.

Toxoplasma-referanseundersøkelser:

Nettside: http://www.oslo-universitetssykehus.no/fagfolk_/laboratorietjenester_/nasjonale-referanse-funksjoner_/Sider/Nasjonalt-referanselaboratorium-for-toxoplasmose.aspx

Utvalgte analyser Antall i 2015

Soppisolat til referanseundersøkelse 473 hvorav 203 fra blodkultur

Aspergillus-antigen (galaktomannan) 2197

Spesifikke sopp PCR (Aspergillus sp/A.fumigatus/Mucoralis sp) 1336

DermatofyttPCR 990

Soppsekvenseringer direkte på prøvematerialet 440

Pneumocystis jirovecii PCR 898

PCP-IF mikroskopi 179

Calcofluorwhite mikroskopi 166

Presipiterende antistoff mot ulike sopparter 180

Kryptokokkantigen 130

Utvalgte CMV analyser Antall

CMV-PCR i blod 17 575

CMV-PCR i andre materialer 1250

CMV-PCR i fostervann 2

CMV-PCR på filterpapir fra Nyfødte 5

CMV-IgG aviditet hos gravide 21

CMV-resistens 27

Analyse Antall analyser utført i 2015 (%-vis endring fra 2014)

Ag/As EIA kombinasjonstest 24.148 (8%)

Ag/As EIA kombinasjonstest (gravide) 6.874 (-31%)

Ag/As EIA kombinasjonstest (blodgivere) 39.585 (4%)

HIV-1 Ag-test 37

Western blot 502 (4%)

Supplerende As-konfirmasjonstest (Geenius) 20 (kun november og desember)

HIV-2 Western blot (New LAV blot) 9

HIV-2 Pepti-LAV -

Provirus HIV-1 DNA 223 (21%)

Provirus HIV-2 DNA 1

HIV-1 RNA kvantitering 6.255 (-2%)

HIV-1 Resistensundersøkelser (Revers transkriptase- og proteasehemmere) 281 (-18%) (119 meldt RAVN )

HIV-1 Resistensundersøkelser (Integrasehemmere) 44

HIV-1 co-reseptor tropisme 7

HIV-1 hurtigtest 0

Kvalitativ HIV RNA PCR (HIV-1 + HIV-2) 10 (5 + 5)

Undersøkelser i 2015 Antall

Toxo-IgG 3,109

Toxo-IgM 1,49

Toxo-IgA 33

Toxo-IgG aviditet 319

Toxo-PCR 245

12 13

ForskningUndervisning

Halvor RollagUndervisningsleder UiO01.2015-06.2015

Tone TønjumUndervisningsleder UiO07.2015-12.2015

Arne KlunglandSeksjonsleder

MIK UiO har ansvar for undervisning av medisinstudenter, odontologer og ernæringsstudenter i mikrobiologi og relaterte fagfelt. Våre undervisere holder forelesninger, seminarer, kurs, problembasert læring (PBL) og teambasert læring (TBL).

1. Den nye studieplanen Oslo 2014 som er under innføring fordrer at undervisningen i tillegg til å være forskningsbasert oppdatert, fag-integrert og problemløsende også skal være klinisk rettet og studentaktiviserende. Derfor lager nå MIK mange nye seminarer, kurs, gruppeundervisning og TBL og er engasjert i modul 1 og modul 3-8. Her er det viktig å lage nye læringsverktøy og presentasjonsmateriell. Samtidig løper den gamle studieplanen Oslo96 til våren 2017 og det er et betydelig dobbeltløp 2015-2017. Ressursene er knappe og MIK gjennomgår samtidig et generasjonsskifte i sin undervisningsstab. All undervisning blir hele tiden nøye evaluert.

2. E-læring er generelt et viktig nytt tema, idet elektronisk basert læring i ulike formater (pod-cast, digitale selvstudier, MOOC, etc) bør utvikles og videreformidles.

3. Det er høsten 2015 innført digital eksamen der MIK har gjennomført elektronisk ordinær og konte-eksamen med godt hell. Den psykometriske analysen av MIK-oppgaver viste at oppgavene var representative og at de skjelnet godt mellom studentenes prestasjoner, derfor blir MIKs første oppgavesett publisert offentlig slik at studentene kan øve seg på det. Utvikling av digitale eksamensoppgaver er en høyspesialisert utfordring som krever stort forarbeid. Vi bygger nå opp en stor bank av nye eksamensoppgaver.

4. Gradert karakterskala skal nå gjeninnføres i profesjonsstudiet medisin. Digital eksamen med god psykometri er en god basis for vurdering av graderte karakterer. Dette krever imidlertid grundig forarbeid for at det skal bli rettferdig.

5. Generelt representerer MIK undervisningstilbud en gullgruve for kompetanseheving hos våre studenter og ansatte.

Leder av utdanningsutvalget MIK OUS: Karianne Wiger Gammelsrud

MIK OUS/UiO har betydelig undervisning av egne og eksterne LIS og bioingeniører, stor møte-, seminar- og kursaktivitet og organiserer også internasjonale konferanser. MIK legger stor vekt på utadvendt informasjonsaktivitet i sin service.

Seksjonen består av 8 forskningsgrupper og 3 prosjektgrupper. Vi rekrutterer PhD studenter og postdoctorer internasjonalt og totalt arbeider ca 80 personer fra 17 land på fulltid med forskning. Alle forskningsgruppene har et solid nasjonalt og internasjonalt nettverk av samarbeidende forskningsgrupper. Vi har ukentlige seminarer med lokale og internasjonale forelesere, årlig konferanse for forskningsseksjonen og ukentlige gruppemøter.

Forskningsseksjonen ved MIK har lenge fokusert på genomstabilitet og DNA-reparasjon, horisontal genoverføring og antibiotikaresistens. Etterhvert som forskningsseksjonen har ekspandert har vi også utvidet forskningsfokus. Vi benytter tverrfaglige molekylærbiologiske verktøy innen blant annet molekylærbiologi, biokjemi, strukturbiologi, mikrobiell patogenese, kreftbiologi, neurobiologi og stamcelleforskning. Vi benytter flere modellorganismer som E. coli, gjær, bananflue og mus samtidig som vi har translasjonsforskning med flere kliniske humanstudier på infeksjoner, aldring og ikke-overførbare sykdommer. MIK er også ansvarlig for flere kjernefasiliteter ved OUS og UiO inkludert NORBRAIN.

Nyttig info (men noe gammel): http://www.ous-research.no/home/microbiology/Staff

Figur2. Studie av gener som regulerer atferd (fra Bjørge et al Cell Reports, 2015, 13:2671–2678)

14 15

ForskningForskning

Regulering og reparasjon av genometGruppeleder: Arne Klungland

Forskergruppens hovedfokus er å identifisere og karakterisere nye mekanismer for dynamiske modifi-kasjoner i relasjon til reparasjon og regulering av genomet. Våre nye genetiske modeller inkluderer også gener som affiserer post-translasjonelle modifikasjoner i RNA og proteiner og epigenetisk arv. Vi har for tiden hovedfokus på studier av dynamiske modifikasjoner i RNA. Vår gruppe er samlokalisert med syv forskningsgrupper som fokuserer sin forskning omkring DNA-reparasjon, DNA-regulering, epigenetikk og deres rolle i sykdom.http://www.ous-research.no/klungland/

Genomdynamikk-gruppen (GD)Gruppeleder: Tone Tønjum

Genomdynamikk-gruppen fokuserer på mekanismene involvert i variasjon og vedlikehold av arvematerialet (DNA) hos mikrober og mennesker og hvilken effekt dette har på helse og sykdom. Vi studerer genominstabilitet og horisontal genoverføring i bakterier, noe som har betydning for antibiotikaresistens, infeksjoner, vaksiner og nye antibiotika. Hos mennesker undersøker vi betydningen av genomintegritet for normal helse, aldring, infeksjoner og ikke-overførbare sykdommer som Alzheimer’s sykdom og inflammatorisk tarmsykdom (the brain-gut axis). Link til OUS nettside: http://www.ous-research.no/tonjum/

Virologisk forskningsgruppeGruppeleder: Fredrik Müller

Virologisk forskningsgruppe er et samarbeid mellom klinikere og forskere ved OUS, vi forsker på molekylære og kliniske aspekter ved CMV og HIV-infeksjoner. Vårt fokus er å øke forståelsen for hva som skjer mellom viruset og vertcellen, både i celler med aktiv og latent infeksjon. Vi studerer bl.a. mekanismer for latens og reaktivering av CMV, samt regulering av virusreplikasjon. Når det gjelder HIV forsker vi på sammenhenger mellom behandling, ulike prognostiske markører og genetisk variasjon.Link til OUS nettside: http://ous-research.no/virology/

Cytomegalovirusinfeksjoner hos nyretransplanterteProsjektgruppeledere: Halvor Rollag og Grete A. Birkeland Kro

Samarbeidspartnere: Mariann Nilsen, Knut Ivan Kristiansen, Anders Hartmann, Anders Åsberg, Fredrik Müller

Delprosjekter; Dypsekvensering for påvisning av gangciclovirresistens. Cellulær immunrespons mot cytomegalovirus hos nyretransplanterte. Infeksjoners assosiasjon til inflammasjon etter nyretransplantasjon.

Humant immunsviktvirus (HIV) Prosjektgruppeleder: Anne-Marte Bakken Kran Genetisk og biologisk variabilitet hos HIV både under antiretroviral behandling og under påvirkning fra cellulære immunresponser og vaksiner mot HIV. Sammen-henger mellom behandling, ulike prognostiske markører og genetisk variasjon.

Generelt

16 17

Forskning

Cellular responses to DNA damage

Gruppeleder: Magnar Bjørås

Forskergruppens hovedfokus er å studere reparasjon av endogene DNA skader og mekanismer for å fjerne DNA skader. På celle- og organisme-nivå, er målet å forstå mekanismene for genomisk vedlikehold i mammalske så vel som mikrobielle celler og utvikle ny intervensjon for å forebygge kreft og nevrologiske sykdommer assosiert genom-instabilitet forårsaket av av DNA-skader.

Link til OUS nettside: http://www.ous-research.no/bjoras/

Cell signalling research group damage Gruppeleder: Stefan Krauss Laboratoriet for celle-signalering fokuserer på Hh og Wnt/beta-catenin-signalering i utvikling, stamceller og kreft.Laboratoriet studerer nå mekansimer og interaksjoner som påvirkerHh og Wnt/beta-catenin-signalering. Ved bruk av kjemisk biologi,utvikler gruppen nå former for Hh og Wnt/beta-catenin og hemmende stoffer.

Link til OUS nettside: http://www.ous-research.no/krauss/

Regulation of Cellular Metabolism and Development by DNA Modifications

Prosjektgruppeleder: Adam B. Robertson

Cellular processes involving in the metabolism of the modified cytosine base 5-hydroxymethylcytosine. Development of a continuous directed evolution platform for use in eukaryotic cells.

Link til OUS nettside: http://ous-research.no/home/robertson/home/13993

Dynamic Responses to Stress, and Development of Novel Treatment for Leukemia

Group leader: Jorrit EnserinkGroup Enserink lab. From left to right:Helene Knævelsrud, Aurélie Nguéa, Pilar Ayuda, Carmen Herrera, Dagim Tadele, Pierre Chymkowitch, Nacho Garcia, Beibei Zhang, Joe Robertson, Laure Piechaczyk and Jorrit Enserink

The research group focuses on both basic and translational research. Our basic research projects are aimed at understanding the molecular mechanisms that

promote cell survival during stress, such as nutrient stress as well as stress resulting from exposure of cells to anticancer drugs. Our translational research exploits the knowledge gained from the basic research projects with the goal of developing novel treatment strategies for cancer, particularly acute myeloid leukemia (AML).Link til OUS nettside: http://www.ous-research.no/enserink/

Bioinformatikk-gruppen

Gruppeleder: Torbjørn Rognes Gruppen arbeider med utvikling og anvendelse av dataverktøy for analyse av biologiske data. For tiden arbeider vi med utvikling av nye og bedre verktøy for å undersøke sammensetningen av mikrobiomer basert på analyse av data fra metagenomikk-prosjekter. Vi gjør også mutasjonsdeteksjon i HTGS-data fra musecellelinjer. I samarbeid med andre grupper anvender vi også avanserte bioinformatikkverktøy til å undersøke sekvenser og prøve å forstå molekylære mekanismer. Vi analyserer også proteinstrukturer involvert i DNA-reparasjon

Link til OUS nettside: http://www.ous-research.no/rognes/

Genomstabilitet i gjær

Gruppeleder: Ingrun Alseth

Forskergruppens hovedfokus har vært, som tittelen sier, å øke forståelsen av proteiner, enzymer og mekanismer som bidrar til å holde DNAet intakt. Vi har brukt gjær som modellorganisme, fordi disse prosessene er svært like i alle arter, og kunnskap funnet i gjær vil ofte være direkte overførbar til mennesket. I vårt arbeid har vi funnet at aktiviteten for enkelte proteiner ikke begrenser seg til kun skader/modifikasjoner i DNA, men inkluderer også RNA. Dette har ført til en dreining i forskningsfokus til analyser av RNA og RNA metabolisme/vedlikehold.

Link til OUS nettside: http://ous-research.no/alseth/

18 19

ForskningForskning

Antibiotikaresistens og translasjonsforskning

Karianne Wiger Gammelsrud

Sopp-gruppen

Gruppeleder: Peter Gaustad Sopp-gruppen arbeider med mikrobiologiske problemstillinger som er knyttet til sopp og systemiske soppinfeksjoner. Dette er infeksjoner hos immunsvekkede personer. I tillegg har gruppen arbeidet innenbakteriologi (streptokokkinfeksjoner) og antimikrobielle midler ogresistensutvikling. Det er et nært samarbeid med Det Nasjonale referanse laboratoriet i mykologi i arbeidet med å studere candidemier i Norge og Helse Sør Øst sitt regionale nettverk ”Invasivefungal infections: epidemiology, resistance mechanisms and host-pathogen interactions”.

Link til OUS nettside: www.mykologi.no

Mikrobiologi ved andre sykehus, tilknyttet ved UiO-stillinger

Prosjektgruppeleder: Truls LeegaardAvdelingsoverlege på Avdeling for mikrobiologi og smittevern,Divisjon for diagnostikk og teknologi, Akershus universitetssykehus.Førsteamanuensis, Medisinsk mikrobiologi, UiO.

Antibiotikaresistens - bl.a. anaerobe bakterier, antibiotikasparende tiltak, resistente bakterier av sykehushygienisk interesse, epidemiologi, matematisk modellering Klinisk mikrobiologisk forskning i samarbeid med kliniske avdelinger. Herunder nevnes tre prosjekter: ”Invasive stafylokokkinfeksjoner” i samarbeid med infeksjonsmedisinsk avdeling, ”Pneumonier hos barn” i

samarbeid med Barne og ungdomsavdelingen AHUS og Folkehelseinstituttet og ”Helicobacter pylori - infeksjon, blødning, metronidazolresistens” i samarbeid med Avdeling for gastroenterologi AHUS og Sykehuset Østfold.Leder for forskningsgruppen: Infeksjon og mikrobiologi - AHUS Forskningsgruppen består av medarbeidere fra både Avdeling for infeksjonsmedisin og Avdeling for mikrobiologi og smittevern. I tillegg er to forskere fra Institutt for klinisk epidemiologi og molekylærbiologi (tidligere Epigen) tilknyttet gruppen. Det er for tiden fire stipendiater i gruppen.http://www.med.uio.no/klinmed/forskning/grupper/infeksjonsmedisin-og-mikrobiologi-ahus/index.html

Prosjektgruppeleder: Pål A. JenumAvdelingsoverlege for Medisinsk mikrobiologi ved Avdeling for laboratoriemedisin, Klinikk for medisinsk diagnostikk, Vestre VikenProfessor II, Medisinsk mikrobiologi, UiO. Professoratet finansieres avVestre Viken.

Forskningsaktiviteten er knyttet til 3 hovedområder:1) Escape-prosjektet: Samarbeid mellom Vestre Viken, Ahus, K-res ogVeterinærinstituttet. Forekomst og risiko for infeksjon og bærerskap av ESBL-produserende bakterier og assosiasjon til spredning av slike mikrober i miljøet.

2) Toxoplasma epidemiologi og diagnostikk: Prosjektet er knyttet til gravide kvinner og springer ut fra Kvinneklinikken ved Rikshospitalet. Materialet baseres i stor grad på analysedata knyttet til Mikrobiologisk avdelings referansefunksjon for Toxoplasmose. Deler av studien er i samarbeid med Folkehelseinstituttet og St Olavs hospital.

3) EHEC-studien: Vestre Viken-prosjekt med utgangspunkt i nye genmolekylære diagnostiske rutinemetoder for påvisning av tarmpatogene mikrober. Betydningen av spesifikke funn av virulensgener hos syke skal belyses ved funn hos friske. Også forekomst av ESBL hos friske vurderes.

20 21

PublikasjonslistePrisen og utmerkelser

Early career award

Forsker John Arne Dahl fikk OUS-prisen ”Early Career Awards” for sin forskning innen epigenetikk.

Pris for fremragende artikkel

Pierre Chymkowitch og Jorrit Enserink fikk pris for for fremragendeartikkel ved OUS for våren 2015.

Chymkowitch P, Nguéa AP, Aanes H, Koehler CJ, Thiede B, Lorenz S, Meza-Zepeda LA, Klungland A, Enserink JM. Sumoylation of Rap1 mediates the recruitment of TFIID to promote transcription of ribosomal protein genes. Genome Res Jun;25(6):897-906, 2015.

Beste poster på Høstkonferansen i mikrobiologi 2015Forekomst av Enterovirus D68 i luftveisprøver i 3 sesongerIngvild Klundby, Bente Krog, Kirsti Jakobsen, Mina Holberg- Pettersen og Anne- Marte B. Kran

Publikasjonsliste for Avdeling for Mikrobiologi OUS/UiO for 2015

Publikasjonsår basert på første offentliggjøring (på nett eller trykket). Sortert på førsteforfatter. Forfattere ved MIK er uthevet.

Inkluderer tidsskriftspublikasjoner, rapporter, bøker, deler av bøker; totalt 66:

Andersen CT, Arnesen TM, Astrup E, Blix HS, Caugant DA, Grave K, Larssen KW, Norström M, Radtke A, Slettemeås JS, Simonsen GS, Skaare D, Steinbakk M, Syversen G, Urdahl AM, Vestrheim DF, Wester AL, Width-Gran F (2015) Usage of Antimicrobial Agents and Occurrence of Antimicrobial Resistance in Norway NORM / NORM-VET, 2014, 1-116

Berents TL, Carlsen KC, Mowinckel P, Skjerven HO, Kvenshagen B, Rolfsjord LB, Bradley M, Lieden A, Carlsen KH, Gaustad P, Gjersvik P (2015) Skin Barrier Function and Staphylococcus aureus Colonization in Vestibulum Nasi and Fauces in Healthy Infants and Infants with Eczema: A Population-Based Cohort Study PLoS One, 10 (6), e0130145

Berents TL, Rønnevig J, Søyland E, Gaustad P, Nylander G, Løland BF (2015) Topical treatment with fresh human milk versus emollient on atopic eczema spots in young children: a small, randomized, split body, controlled, blinded pilot study BMC Dermatol, 15, 7

Béziat V, Sleiman M, Goodridge JP, Kaarbø M, Liu LL, Rollag H, Ljunggren HG, Zimmer J, Malmberg KJ (2015)Polyclonal Expansion of NKG2C(+) NK Cells in TAP-Deficient Patients Front Immunol, 6, 507

Bjørge MD, Hildrestrand GA, Scheffler K, Suganthan R, Rolseth V, Kuśnierczyk A, Rowe AD, Vågbø CB, Vetlesen S, Eide L, Slupphaug G, Nakabeppu Y, Bredy TW, Klungland A, Bjørås M (2015) Synergistic Actions of Ogg1 and Mutyh DNA Glycosylases Modulate Anxiety-like Behavior in Mice Cell Rep, 13 (12), 2671-8

Bragstad K, Jakobsen K, Rojahn AE, Skram MK, Vainio K, Holberg-Petersen M, Hungnes O, Dudman SG and Kran A-M B. High frequency of enterovirus D68 in children hospitalised with respiratory illness in Norway, autumn 2014. Influenza and Other Respiratory Viruses, 2015 Mar;9(2):59-63. Brigtsen AK, Dedi L, Melby KK, Holberg-Petersen M, Radtke A, Lyng RV, Andresen LL, Jacobsen AF, Fugelseth D, Whitelaw A. Comparison of PCR and serotyping of Group B Streptococcus in pregnant women: The Oslo GBS-study. J Microbiol Methods. 2015 Jan;108:31-5.

Brigtsen AK, Jacobsen AF, Dedi L, Melby KK, Fugelseth D, Whitelaw A (2015) Maternal Colonization with Group B Streptococcus Is Associated with an Increased Rate of Infants Transferred to the Neonatal Intensive Care Unit Neonatology, 108 (3), 157-63

Broch K, Andreassen AK, Hopp E, Leren TP, Scott H, Müller F, Aakhus S, Gullestad L (2015) Results of comprehensive diagnostic work-up in ’idiopathic’ dilated cardiomyopathyOpen Heart, 2 (1), e000271

Casadella M, van Ham PM, Noguera-Julian M, van KA, Pou C, Hofstra LM, Santos JR, Garcia F, Struck D, Alexiev I, Bakken Kran AM, Hoepelman AI, Kostrikis LG, Somogyi S, Liitsola K, Linka M, Nielsen C, Otelea D, Paraskevis D, Poljak M, Puchhammer-Stockl E, Stanekova D, Stanojevic M, Van LK, Zidovec LS, Clotet B, Boucher CA, Paredes R, Wensing AM. Primary resistance to integrase strand-transfer inhibitors in Europe. J.Antimicrob.Chemother. 2015; 70:2885-2888

22 23

PublikasjonslistePublikasjonsliste

Chymkowitch P, Nguéa P A, Enserink JM (2015) SUMO-regulated transcription: challenging the dogma Bioessays, 37 (10), 1095-105

Chymkowitch P, Nguéa AP, Aanes H, Koehler CJ, Thiede B, Lorenz S, Meza-Zepeda LA, Klungland A, Enserink JM (2015) Sumoylation of Rap1 mediates the recruitment of TFIID to promote transcription of ribosomal protein genes Genome Res, 25 (6), 897-906

Dahlberg D, Mariussen E, Goverud IL, Tønjum T, Mæhlen J, Antal EA, Hassel B (2015) Staphylococcal α-hemolysin is neurotoxic and causes lysis of brain cells in vivo and in vitro Neurotoxicology, 48, 61-7

Dalhus B, Alseth I, Bjørås M (2015) Structural basis for incision at deaminated adenines in DNA and RNA by endonuclease V Prog Biophys Mol Biol, 117 (2-3), 134-42Enserink JM (2015) Sumo and the cellular stress response Cell Div, 10, 4

Findal G, Barlinn R, Sandven I, Stray-Pedersen B, Nordbø SA, Samdal HH, Vainio K, Dudman SG, Jenum PA (2015) Toxoplasma prevalence among pregnant women in Norway: a cross-sectional study APMIS, 123 (4), 321-5

Findal G, Stray-Pedersen B, Holter EK, Berge T, Jenum PA (2015) Persistent Low Toxoplasma IgG Avidity Is Common in Pregnancy: Experience from Antenatal Testing in Norway PLoSOne, 10 (12), e0145519

Fjaer R, Brodtkorb E, Øye AM, Sheng Y, Vigeland MD, Kvistad KA, Backe PH, Selmer KK (2015) Generalized epilepsy in a family with basal ganglia calcifications and mutations in SLC20A2 and CHRNB2 Eur J Med Genet, 58 (11), 624-8

Frye SA, Lång E, Beyene GT, Balasingham SV, Homberset H, Rowe AD, Ambur OH, Tønjum T (2015) The Inner Membrane Protein PilG Interacts with DNA and the Secretin PilQ in Transformation PLoS One, 10 (8), e0134954

Fusser M, Kernstock S, Aileni VK, Egge-Jacobsen W, Falnes PØ, Klungland A (2015)Lysine Methylation of the Valosin-Containing Protein (VCP) Is Dispensable for Development and Survival of Mice PLoS One, 10 (11), e0141472

Fykse EM, Tjarnhage T, Humppi T, Eggen VS, Ingebretsen A, Skogan G, Olofsson G, Wasterby P, Gradmark PA, Larsson A, Dybwad M, Blatny JM (2015) Identification of airborne bacteria by 16S rDNA sequencing, MALDI-TOF MS and the MIDI microbial identification system Aerobiologia, 31 (3), 271-281

Gurung I, Spielman I, Davies MR, Lala R, Gaustad P, Biais N, Pelicic V (2015) Functional analysis of an unusual type IV pilus in the Gram-positive Streptococcus sanguinis Mol Microbiol, 99 (2), 380-92

Hafver TL, Hodne K, Wanichawan P, Aronsen JM, Dalhus B, Lunde PK, Lunde M, Martinsen M, Enger UH, Fuller W, Sjaastad I, Louch WE, Sejersted OM, Carlson CR (2015) Protein Phosphatase 1c Associated with the Cardiac Sodium Calcium Exchanger 1 Regulates Its Activity by Dephosphorylating Serine 68-phosphorylated Phospholemman J Biol Chem, 291 (9), 4561-79

Haikarainen T, Waaler J, Ignatev A, Nkizinkiko Y, Venkannagari H, Obaji E, Krauss S, Lehtiö L (2015) Development and structural analysis of adenosine site binding tankyrase inhibitors Bioorg Med Chem Lett, 26 (2), 328-33

Heggelund L, Gaustad P, Håvelsrud OE, Blom J, Borgen L, Sundset A, Sørum H, Frøland SS (2015) Corynebacterium pseudotuberculosis Pneumonia in a Veterinary Student Infected During Laboratory Work Open Forum Infect Dis, 2 (2), ofv053

Heimdal K, Dalhus B, Rødningen OK, Kroken M, Eiklid K, Dheyauldeen S, Røysland T, Andersen R, Kulseth MA (2015) Mutation analysis in Norwegian families with hereditary hemorrhagic telangiectasia: founder mutations in ACVRL1 Clin Genet, 89 (2), 182-6

Hesstvedt L, Gaustad P, Andersen CT, Haarr E, Hannula R, Haukland HH, Hermansen NO, Larssen KW, Mylvaganam H, Ranheim TE, Sandven P, Nordøy I, Norwegian Yeast Study Group, Kanestrøm A, Grub C, Onken A, Thielsen C, Skaare D, Tofteland S, Sønsteby LJ, Hjetland R, Hide R, Vik E, Kümmel A, Åsheim S (2015) Twenty-two years of candidaemia surveillance: results from a Norwegian national study Clin Microbiol Infect, 21 (10), 938-45

Holter JC, Müller F, Bjørang O, Samdal HH, Marthinsen JB, Jenum PA, Ueland T, Frøland SS, Aukrust P, Husebye E, Heggelund L (2015) Etiology of community-acquired pneumonia and diagnostic yields of microbiological methods: a 3-year prospective study in Norway BMC Infect Dis, 15, 64

Hovig E, Rognes T (2015) Bioinformatikk - å forstå teksten In Mendels arv: Genetikkens æra (Hessen D, Lie T, Stenseth NC, eds.), Gyldendal Norsk Forlag, 329-354

Høyvoll LR, Fløisand Y, Orrem HL, Gunnarsson R, Landrø L, Brevig T, Gaustad P, Nordøy I (2015) Hemophagocytic lymphohistiocytosis in leprosy Lepr Rev, 86 (4), 403-6

Ke S, Alemu EA, Mertens C, Gantman EC, Fak JJ, Mele A, Haripal B, Zucker-Scharff I, Moore MJ, Park CY, Vågbø CB, Kusśnierczyk A, Klungland A, Darnell JE, Darnell RB (2015) A majority of m6A residues are in the last exons, allowing the potential for 3’ UTR regulation Genes Dev, 29 (19), 2037-53

Klungland A, Yang YG (2015) Endogenous DNA Damage and Repair Enzymes: -A short summary of the scientific achievements of Tomas Lindahl, Nobel laureate in Chemistry 2015 Genomics Proteomics Bioinformatics (in press)

Kaarbø M, Storm ML, Qu S, Wæhre H, Risberg B, Danielsen HE, Saatcioglu F (2015) Correction: TCTP is an androgen-regulated gene implicated in prostate cancer PLoS One, 10 (5), e0128727

Lauritzen KH, Kleppa L, Aronsen JM, Eide L, Carlsen H, Haugen ØP, Sjaastad I, Klungland A, Rasmussen LJ, Attramadal H, Storm-Mathisen J, Bergersen LH (2015) Impaired dynamics and function of mitochondria caused by mtDNA toxicity leads to heart failure Am J Physiol Heart Circ Physiol, 309 (3), H434-49

Lisboa LF, Egli A, O’Shea D, Åsberg A, Hartmann A, Rollag H, Pang XL, Tyrrell DL, Kumar D, Humar A (2015) Hcmv-miR-UL22A-5p: A Biomarker in Transplantation With Broad Impact on Host Gene Expression and Potential Immunological Implications Am J Transplant, 15 (7), 1893-902

Lund K, Dembinski JL, Solberg N, Urbanucci A, Mills IG, Krauss S (2015) Slug-dependent upregulation of L1CAM is responsible for the increased invasion potential of pancreatic cancer cells following long-term 5-FU treatment PLoS One, 10 (4), e0123684

24 25

PublikasjonslistePublikasjonsliste

Lundin KE, Hamasy A, Backe PH, Moens LN, Falk-Sörqvist E, Elgstøen KB, Mørkrid L, Bjørås M, Granert C, Norlin AC, Nilsson M, Christensson B, Stenmark S, Smith CI (2015) Susceptibility to infections, without concomitant hyper-IgE, reported in 1976, is caused by hypomorphic mutation in the phosphoglucomutase 3 (PGM3) gene Clin Immunol, 161 (2), 366-72

Machon O, Masek J, Machonova O, Krauss S, Kozmik Z (2015) Meis2 is essential for cranial and cardiac neural crest development BMC Dev Biol, 15, 40

Mahajan TR, Ytre-Arne ME, Strøm-Andersen P, Dalhus B, Gundersen LL (2015)Synthetic Routes to N-9 Alkylated 8-Oxoguanines; Weak Inhibitors of the Human DNA Glycosylase OGG1 Molecules, 20 (9), 15944-65

Mahé F, Rognes T, Quince C, de Vargas C, Dunthorn M (2015) Swarm v2: highly-scalable and high-resolution amplicon clustering PeerJ, 3, e1420

Mekasha S, Forsberg Z, Dalhus B, Bacik JP, Choudhary S, Schmidt-Dannert C, Vaaje-Kolstad G, Eijsink VG (2015) Structural and functional characterization of a small chitin-active lytic polysaccharide monooxygenase domain of a multi-modular chitinase from Jonesia denitrificans FEBS Lett, 590 (1), 34-42

Mi S, Klungland A, Yang YG (2015) Base-excision repair and beyond -A short summary attributed to scientific achievements of Tomas Lindahl, Nobel Prize Laureate in Chemistry 2015 Sci China Life Sci, 59 (1), 89-92

Naas AE, MacKenzie AK, Dalhus B, Eijsink VG, Pope PB (2015) Structural Features of a Bacteroidetes-Affiliated Cellulase Linked with a Polysaccharide Utilization Locus Sci Rep, 5, 11666

Olsen PA, Lund K, Krauss S (2015) Expression profiling of wild type and β-catenin gene disrupted human BxPC-3 pancreatic adenocarcinoma cells Genomics Data 4, 150-152

Ottesen AH, Louch WE, Carlson CR, Landsverk OJ, Kurola J, Johansen RF, Moe MK, Aronsen JM, Høiseth AD, Jarstadmarken H, Nygård S, Bjørås M, Sjaastad I, Pettilä V, Stridsberg M, Omland T, Christensen G, Røsjø H (2015) Secretoneurin is a novel prognostic cardiovascular biomarker associated with cardiomyocyte calcium handling J Am Coll Cardiol, 65 (4), 339-51

Ougland R, Rognes T, Klungland A, Larsen E (2015) Non-homologous functions of the AlkB homologs J Mol Cell Biol, 7 (6), 494-504

Pfeiffer HC, Bragstad K, Skram MK, Dahl H, Knudsen PK, Chawla MS, Holberg-Petersen M, Vainio K, Dudman SG, Kran AM, Rojahn AE (2015) Two cases of acute severe flaccid myelitis associated with enterovirus D68 infection in children, Norway, autumn 2014 Euro Surveill, 20 (10), 21062

Ricanek P, Lunde LK, Frye SA, Støen M, Nygård S, Morth JP, Rydning A, Vatn MH, Amiry-Moghaddam M, Tønjum T (2015) Reduced expression of aquaporins in human intestinal mucosa in early stage inflammatory bowel disease Clin Exp Gastroenterol, 8, 49-67

Rollag H, Holter E, Müller F (2015) [Re: Hearing loss in children in Östfold county 2000-09] Tidsskr Nor Laegeforen, 135 (6), 513

Raastad R, Tvete IF, Abrahamsen TG, Berild D, Leegaard TM, Walberg M, Müller F (2015) A worrying trend in weight-adjusted paediatric antibiotic use in a Norwegian tertiary care hospital Acta Paediatr, 104 (7), 687-92 San-Juan R, Oriol M, Hirsch HH, Fernandez-RUI F, Lopez-Medrano F, Comoli S, Caillard S, Grossi P, Agusto JM, ESGICH PTLD Survey Study Group (Rollag H). Current preventive strategies and management of Epstein-Barr virus related post-transplant lymphoproliferative disease in solid organ transplantation in Europe. Results of the ESGICH questionnaire-based cross-sectional survey. Clin Microbiol Infect 21: 604e1-604e9, 2015 Schandiz H, Olav Hermansen N, Jørgensen T, Roald B (2015) Staphylococcus lugdunensis endocarditis following vasectomy--report of a case history and review of the literature APMIS, 123 (8), 726-9

Seeberg TM, Austad HO, Clausen I, Cederkvist H, Bjørås M, Johansen RF (2015) An in vitro Study of Protein Adsorption to Biocompatible Coatings Stud Health Technol Inform, 211, 166-71

Skarpengland T, Laugsand LE, Janszky I, Luna L, Halvorsen B, Platou CG, Wang W, Vatten LJ, Damås JK, Aukrust P, Bjørås M, Åsvold BO (2015) Genetic variants in the DNA repair gene NEIL3 and the risk of myocardial infarction in a nested case-control study. The HUNT Study DNA Repair (Amst), 28, 21-7

Smedbråten YV, Sagedal S, Mjøen G, Hartmann A, Fagerland MW, Rollag H, Mollnes TE, Thiel S (2015) High ficolin-3 level at the time of transplantation is an independent risk factor for graft loss in kidney transplant recipients Transplantation, 99 (4), 791-6

Strøm TB, Laerdahl JK, Leren TP (2015) Mutation p.L799R in the LDLR, which affects the transmembrane domain of the LDLR, prevents membrane insertion and causes secretion of the mutant LDLR Hum Mol Genet, 24 (20), 5836-44

Thorvaldsen TE, Pedersen NM, Wenzel EM, Schultz SW, Brech A, Liestøl K, Waaler J, Krauss S, Stenmark H (2015) Structure, Dynamics, and Functionality of Tankyrase Inhibitor-Induced Degradasomes Mol Cancer Res, 13 (11), 1487-501

Ueland T, Rollag H, Hartmann A, Jardine A, Humar A, Bignamini AA, Åsberg A, Aukrust P (2015) Increased osteoprotegerin predicts poor virological outcome during anticytomegalovirus therapy in solid organ transplant recipients Transplantation, 99 (1), 100-5

van der Linden JWM, Arendrup MC, Warris A, Lagrou K, Pelloux H, Hauser PM, Chryssanthou E, Mellado E, Kidd SE, Tortorano AM, Dannaoui E, Gaustad P, Baddley JW, Uekötter A, Lass-Flörl C, Klimko NN, Moore CB, Denning DW, Pasqualotto AC, Kibbler C, Arikan-Akdagli S, Andes DR, Meletiadis J, Naumiuk Ł, Nucci M, Melchers WJG, Verweij PE Prospective multicenter international surveillance of azole resistance in Aspergillus fumigatus Emerging Infectious Diseases, 21 (6), 1041-1044

Wang W, Esbensen Y, Scheffler K, Eide L (2015) Analysis of mitochondrial DNA and RNA integrity by a real-time qPCR-based method Methods Mol Biol, 1264, 97-106

Xuan C, Lun LM, Zhao JX, Wang HW, Wang J, Ning CP, Liu Z, Zhang BB, He GW (2015)L-citrulline for protection of endothelial function from ADMA-induced injury in porcine coronary artery Sci Rep, 5, 10987

26 27

Publikasjonsliste

Xuan C, Tian QW, Li H, Zhang BB, He GW, Lun LM (2015) Levels of asymmetric dimethylarginine (ADMA), an endogenous nitric oxide synthase inhibitor, and risk of coronary artery disease: A meta-analysis based on 4713 participants Eur J Prev Cardiol, 23 (5), 502-10

Xue JH, Xu GF, Gu TP, Chen GD, Han BB, Xu ZM, Bjørås M, Krokan HE, Xu GL, Du YR (2015)Uracil-DNA Glycosylase UNG Promotes Tet-mediated DNA Demethylation J Biol Chem, 291 (2), 731-8

Yang M, Lin X, Rowe A, Rognes T, Eide L, Bjørås M (2015) Transcriptome analysis of human OXR1 depleted cells reveals its role in regulating the p53 signaling pathway Sci Rep, 5, 17409

Yimer SA, Norheim G, Namouchi A, Zegeye ED, Kinander W, Tønjum T, Bekele S, Mannsåker T, Bjune G, Aseffa A, Holm-Hansen C (2015) Mycobacterium tuberculosis lineage 7 strains are associated with prolonged patient delay in seeking treatment for pulmonary tuberculosis in Amhara Region, Ethiopia J Clin Microbiol, 53 (4), 1301-9

Yuzefovych LV, Kahn AG, Schuler MA, Eide L, Arora R, Wilson GL, Tan M, Rachek LI (2015) Mitochondrial DNA Repair through OGG1 Activity Attenuates Breast Cancer Progression and Metastasis Cancer Res, 76 (1), 30-4

Zhong L, Ding Y, Bandyopadhyay G, Waaler J, Börgeson E, Smith S, Zhang M, Phillips SA, Mahooti S, Mahata SK, Shao J, Krauss S, Chi NW (2015) The PARsylation activity of tankyrase in adipose tissue modulates systemic glucose metabolism in mice Diabetologia, 59 (3), 582-91

28

Avdeling for mikrobiologiEpostmikrolab@ous-hf.no

PostadresseOslo universitetssykehus HF Avdeling for mikrobiologi

Rikshospitalet Postboks 4950 Nydalen 0424 Oslo eller Ullevål sykehus Postboks 4956 Nydalen 0424 Oslo

BesøksadresseRikshospitalet: B2, 3.etg. Sognsvannsveien 20 Ullevål sykehus: Bygg 25 nord. Kirkeveien 166

Nettsidehttp://www.oslo-universitetssykehus.no/omoss_/avdelinger_/mikrobiologi_

Avdeling for mikrobiologiKlinikk for laboratoriemedisin