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Corso di Laurea Magistrale in BIOLOGIA CELLULARE E MOLECOLARE
BioinformaticaA.A. 2012/2013
Prof. Marco BottaDott. Massimiliano De Pierro
Orari di Ricevimento (per appuntamento)
• Prof. Marco BottaTel. 011 [email protected]
• Dott. Massimiliano De PierroTel. 011 [email protected]
Orario lezioni
• Lunedì 9-11• Martedì 9-11 (NON tutte le settimane !)• Mercoledì 9-11 (NON tutte le settimane !)
– Aula C – DBAU Via Accademia Albertina 13
Modalità d'esame
• Prova scritta • Discussione orale di un articolo scientifico
Materiale didattico
• Slide usate a lezione
•http://www.di.unito.it/~botta/didattica/aa1213/bioinfo.html
• Valle et al.Introduzione alla BioinformaticaZanichelli
• IntroBioinfo.pdf
Programma del corso
• Introduzione al corso (oggi)• Allineamento di sequenze• Allineamento multiplo e profili• Algoritmi di Clustering e filogenesi• Algoritmi di predizione e classificazione• Introduzione alle Basi di dati (biologiche)• Introduzione alla teoria dei grafi (reti biologiche)
Cos'è la Bioinformatica?
• E’ la disciplina che studia le interazioni fra Informatica e processi biologici. Essa viene anche chiamata Biologia Computazionale.
• Utilizza i metodi propri dell'informatica per la risoluzione di problemi biologici.
• La genomica e la proteomica sono basate sulla Bioinformatica, per l'elaborazione, l'interpretazione e la visualizzazione dell'enorme quantità di dati che producono.
• La nuova era è iniziata con il Progetto Genoma Umano e con la produzione della sequenza completa del DNA umano e di altri organismi.
La Bioinformatica
• Necessità di interpretare la grande mole di dati collezionate dai biologi.
• DNA(memoria), RNA(comunicazione), Proteine(computazione-esecuzione) etc..
• Quali parti del DNA controllano certi processi?
• Qual è la funzione di certe proteine?
I principali tipi di dati
• Biosequenze– DNA, RNA, Proteine
• Strutture– DNA, Secondaria dell'RNA, Secondaria e Terziaria
delle proteine• Dati di interazione
– DNA-Proteina, RNA-RNA, RNA-Proteina, Proteina-Proteina
• Livelli di espressione– RNA (microarray)– Proteine (protein array)
Esempio 1
• In una sequenza proteica è possibile individuare regioni funzionalmente importanti.
• Ogni sequenza proteica è codificata da una sequenza genomica.
• Supponiamo che la regione X nel moscerino sia cruciale in una certa funzione.
• Domanda: esiste un analogo nell'uomo?• Risposta: effettuando una ricerca per
similarità della regione X nel genoma umano è possibile individuare dei geni candidati.
Esempio 2
• Tutte le cellule di un individuo contengono lo stesso DNA.
• Eppure un neurone è molto diverso da un globulo bianco!
• Che cosa li rende così diversi nella forma e nella funzione?
• Sebbene il DNA sia lo stesso, esso contiene delle regioni importanti in tutte le cellule ed altre specifiche per alcune di esse.
• Mediante un'analisi del trascrittoma (microarray) è possibile stabilire quali regioni del DNA contengono informazioni relative al funzionamento di ognuna delle due cellule.
