1

DEÜ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ

MOLEKÜLER TIP ANABİLİM DALI

http://molekulertip.deu.edu.tr/

Sağlık Bilimleri Enstitüsü bünyesinde YÖK onayı ile kurulmuş multidisipliner bir anabilim dalıdır.

2009 akademik yılında Yüksek Lisans-Doktora Programlarına öğrenci kabul etmeye başlamıştır.

GÖREVLİ ÖĞRETİM ÜYELERİ

Prof. Dr. Hüray İŞLEKEL (AD Başkanı)

Doç. Dr. Zahide ÇAVDAR

Doç. Dr. Yasemin SOYSAL

Dr. Öğ. Üyesi Mehtap YÜKSEL EĞRİLMEZ

*Dr. Öğ. Üyesi Gamze TUNA

Dr. Öğ. Üyesi Harun SAID

**Dr. Öğ. Üyesi Özlenen ŞİMŞEK PAPUR

2547 sayılı kanunun 13/B maddesi uyarınca görevlendirilen öğretim üyeleri:

Prof. Dr. Merih BİRLİK

Prof. Dr. Oğuz ALTUNGÖZ

Prof. Dr. Erdener ÖZER

Prof. Dr. Nur ARSLAN

***Prof. Dr. Mukaddes GÜMÜŞTEKİN

Prof. Dr. Barış AKINCI

Prof. Dr. Ayfer ÜLGENALP

Prof. Dr. Hilal KOÇDOR

Doç. Dr. Zeynep YÜCE

* NIST bursiyeri olarak Haziran 2018-Kasım 2018 tarihleri arasında National Institute of Standards &

Technology (NIST), Biomolecular Measurement Division, Gaithersburg, MD 20899, ABD de

görevlendirilmiştir.

**TÜBİTAK 2219 Yurt Dışı Doktora Sonrası Araştırma Burs Programı kapsamında bir yıl süre ile

Hollanda Maastricht Üniversite'sinde görevlendirilmiştir.

***TÜBİTAK 2219 Yurt Dışı Doktora Sonrası Araştırma Burs Programı kapsamında bir yıl süre ile

Liverpool Üniversitesi, Wolfson Centre for Personalised Medicine bölümünde görevlendirilmiştir.

2

MİSYONUMUZ

Hücre, doku ve organizmalardaki moleküler mekanizmalara yönelik araştırmalar yapmak, bu

araştırma alanlarının tıp bilgileri ile entegre edilerek ele alınmasına ve moleküler tıp alanında yüksek

lisans ve doktora programları ile bilimsel donanımlı, etik değerleri her şeyin üzerinde tutan

araştırıcıların yetiştirilmesine olanak sağlamaktır.

VİZYONUMUZ

Moleküler tıp kavramını yansıtabilen bir eğitim programı ile uluslararası düzeyde araştırma

çalışmalarını yürüten ve translasyonel araştırma etkinliklerini koordine eden, moleküler tıp

çalışmalarının entegrasyonu ve multidisipliner yaklaşımın ivme kazanması açısından bütünleştirici bir

kimlik taşıyan, dinamik bir anabilim dalı olmayı hedeflemekteyiz.

GÜÇLÜ YÖNLERİMİZ

Klinik ve preklinik disiplinlerden oluşan öğretim üyesi profili nedeniyle anabilim dalımız hastalıkları

temelden-hasta başına uzanan derinlemesine bir bakış açısı ile ele almakta, multidisipliner yaklaşımla

oluşturulan projeler ve gerçekleştirilen çalışmalar ile tamamlayıcı bir ekip çalışması örneği

sunmaktadır. Oldukça genç sayılabilecek öğretim üyesi ekibimizden bir çoğu kısa/uzun süreli

uluslararası işbirlikleri kapsamında her yıl yurt dışı görevlendirmeler almakta, kongre kurs, eğitimlere

katılmakta ve ev sahipliği yapmaktadır. Bu görevlendirmeler ile kurulan işbirlikleri sonucunda ortak

projeler çalışmalar yürütülmekte, kurs ve eğitimler düzenlenmektedir.

2015 yılında Sağlık Bilimleri Enstitüsü olarak, anabilim dalımızın da büyük emeklerinin bulunduğu

zorlu bir süreç sonunda doktora eğitiminde Avrupa Standartlarını sağladığımızın göstergesi olan

ORPHEUS Etiketi’nin hak edilmesi ile anabilim dalımızda uluslararası kalitede eğitim verildiği

onaylanmış oldu. Görece genç bir anabilim dalı olmamıza karşın, on yıldan daha kısa bir sürede

uluslararası standartlarda moleküler tıp eğitiminin sağlam temellerini oluşturarak, bu anlamda gerek

kuramsal gerekse uygulamalı dersler örgüsü ile öğrencilerimizi dünyanın tüm ileri araştırma

merkezlerinde ve üniversitelerinde çalışmalarını sürdürebilecek kapasitede yetiştirmekteyiz. Bu

süreçte 20 den fazla doktora ve yüksek lisans diploması verilmiş olup ve halen 35 lisansüstü öğrenci

eğitim almaktadır.

ZAYIF YÖNLERİMİZ VE GEREKSİNİMLERİMİZ

Büyük özveriler ile vermekte olduğumuz eğitim, öğretim ve araştırma koşullarımız Moleküler Tıp

Anabilim Dalı açısından maalesef çok yetersizdir. Örneğin, anabilim dalımıza ait derslik, laboratuvar,

toplantı salonu, araştırma görevlisi ve öğretim üyelerinin konumlanabileceği belirli bir fiziki mekan

bulunmamaktadır. Sağlık Bilimleri Enstitüsü koridorunda birkaç öğretim üyesi odası ve ortak

kullanımda olan bir araştırma görevlisi odası dışında herhangi bir alan yoktur. Laboratuvar olarak

anabilim dalımızın çoğunluğunu oluşturan ve 13-B maddesi ile görevlendirilen öğretim üyelerinin esas

kadrolarının bulunduğu anabilim dallarından ve ARLAB’dan yararlanılmaktdır. Ancak, çok sayıda zorlu

prosedüre bağlı olan bu kullanım şekli öğrencileri ve asıl kadrosu Moleküler Tıp Anabilim Dalı olan

öğretim üyelerinin çalışma koşullarını ve motivasyonlarını olumsuz etkilemektedir.

Yukarıda belirtilen nedenlerle anabilim dalımızın, bir anabilim dalında verimliliği ve aidiyet duygusunu

pekiştiren fiziki mekanlara ivedilikle gereksinimi bulunmaktadır. Özellikle öğrencilerimizin ve öğretim

üyelerimizin çalışmalarını sürdürecekleri, gelecek hedeflerimizi gerçekleştireceğimiz kapsamlı bir

laboratuvar en olmazsa olmaz ihtiyacımızdır.

3

GELECEK HEDEFLERİMİZ

Aşağıda belirli başlı çalışma alanlarımız belirtilmiş olup, bu alanlarda tez ve tez dışı çalışmalarımız

sürmektedir. Özellikle, son yıllarda tüm dünyada klinik ve preklinik tüm çalışmalarda yararlanılan ve

kullanımı zorlu ve uzun bir eğitim süreci gerektiren Sıvı Kromatografi - Tandem Kütle Spektrometrik

alanında yetişmiş öğretim elemanlarımızın ve yayınlarımızın bulunması bize bu alanda daha ileri

çalışmalar yaparak ülkemizin de ihtiyacı olan yeni donanımlı öğrenciler yetiştime ve ülkemizde,

uluslararası alanda farkındalığımızı artırma motivasyonu vermektedir. Bu anlamda oluşturulacak

laboratuvarımızda, tam donanımlı öğrenciler yetiştirmek ve kaliteli yayınlara imza atabilmek için

başta kütle spektrometri olmak üzere Moleküler Biyolojinin ve Tıbbi Genetiğin olmazsa olmaz

donanımlarına gereksinimiz bulunmaktadır.

Uluslararası standartlarda araştırma alt yapımızı güçlendirerek impakt faktörü yüksek dergilerde

yayın yapma hedefleri yanı sıra, translasyonel tıp kapsamında bulgularımızı ürünlere dönüştürecek

çalışmalarımızı da sürdürmek hedefindeyiz. Bu anlamda Depark ile işbirliğimiz sürmektedir.

Diğer yandan kurmayı planladığımız İngilizce program ile yurt dışından özellikle komşu ülkelerden

gelecek öğrencilere lisansüstü eğitim vermeyi ve ortak projelere altyapı oluşturmayı hedeflemekteyiz.

BAŞLICA ÇALIŞMA ALANLARIMIZ

Klinik ve temel laboratuvar araştırmalarında “küçük moleküllerin, metabolit ve proteinlerin

Sıvı Kromatografi - Tandem Kütle Spektrometrik ölçümleri

Moleküler hücre biyolojisi

Hücresel biyokimyasal mekanizmalar

Moleküler genetik, Tıbbi genetik

Oksidatif stres, DNA hasarı ve onarımı

Yara iyileşmesi ve ekstrasellüler matriks

Moleküler metabolizma

Nörolojik ve inflamatuar hastalıklar, immunolojik araştırmalar

Ateroskleroz, hipertansiyon, çeşitli metabolik hastalıklar (diyabet, obezite vb.)

Kanser biyolojisi

Doğuştan metabolizma hastalıklarının spesifik hasta gruplarında taranması

Doğuştan metabolizma hastalıklarında yeni tedavi stratejileri

Sistemik skleroz, otofaji ve kollajen arasındaki ilişki

Ateroskleroz ve otofaji arasındaki ilişki

Obstrüktif uyku apne sendromu gelişiminde rol oynayan inflamatuvar belirteçler ve metabolik değişiklikler ile ilişkisi

İnflamasyon ve sinyal ileti yollarına etki eden moleküller

Obezite ve inflamasyon

Pediatrik Patoloji, Perinatal Patoloji, Plasenta Patolojisi, Kas Patolojisi, Moleküler Patoloji,

Dijital Patoloji

4

ARAŞTIRMA OLANAKLARI

Anabilim Dalımıza ait bir araştırma laboratuvarı bulunmamaktadır. Ancak tez ve münferit

projelerde aşağıdaki laboratuvarlardan yararlanılmaktadır.

o Diğer anabilim dallarından 13/B maddesi ile görevlendirilen öğretim üyelerinin

laboratuvarları

o AR-LAB

Bu laboratuvarlarda başlıca aşağıdaki olanaklar bulunmaktadır:

1. Kütle spektrometri (LC-MS/MS) (Biyokimya AD da arızalı durumda)

2. Thermal Cycler (Standart PCR)

3. Light Cycler (Real-time PCR)

4. Western Blot Analizi

5. Hücre kültürü

6. Spektrofotometri

7. Spektroflorometri

8. Elektroforez sistemleri

SEÇİLMİŞ YAYINLAR (Son beş yıl)

1. M. Kant, M. Akıs, M. Calan, T. Arkan, F. Bayraktar, H. Islekel. Evaluation of transcription

factor 7-like 2 gene polymorphism in patients with prediabetes and type 2 diabetes

mellitus. 43. FEBS Congress, 07-12.07.2018, Prag, Çek Cumhuriyeti, FEBS Open Bio, 8 (Suppl.

S1):107–496.

2. M. Akıs, M. Kant, Z. Yuce, M. Dizdaroglu, H. Islekel. Effects of paricalcitol on hydrogen

peroxide-induced oxidative damage in human umbilical vein endothelial cells through

vitamin D receptor signaling. 43. FEBS Congress, 07-12.07.2018, Prag, Çek Cumhuriyeti,

FEBS Open Bio, 8 (Suppl. S1):107–496.

3. Melis Kant, Merve Akıs, Mehmet Çalan, Tuğba Arkan, Fırat Bayraktar, Miral Dizdaroğlu,

Hüray İşlekel Elevated urinary levels of 8-oxo-2’-deoxyguanosine, (5’R)- and (5’S)-8,5’-cyclo-

2’-deoxyadenosines, and 8-iso-prostaglandin F2αas potential biomarkers of oxidative stress

in patients with prediabetes. DNA Repair, 2016,

http://dx.doi.org/10.1016/j.dnarep.2016.09.004. TBD-Prof. Dr. Nazmi Özer Bilim Ödülü

2017

4. İşlekel H. Preparation for ORPHEUS Label: Dokuz Eylül University Graduate School of

Health Sciences (DEU-GSHS) Experience. Biyotıp ve Sağlık Alanında Lisansüstü Danışmanlık:

ORPHEUS Yaklaşımı (Davetli konuşmacı), Türk Biyokimya Dergisi, 21-22.06.2018.

5. İşlekel H, Yüksel Eğrilmez M, Erbayraktar Z, Akdoğan G, Pekçe n, Ç. To ards Orpheus

Labelling Standard: Dokuz Eylül University Graduate School of Health Sciences Experience.

Biyotıp ve Sağlık Alanında Lisansüstü Danışmanlık: ORPHEUS Yaklaşımı, Türk Biyokimya

Dergisi, 21-22.06.2018.

6. Tuna G, Dal NE, Kanıt Mat N, Karabay U, İşlekel H. Molecular Medicine ORPHEUS-PhD

Program in Dokuz Eylül University Graduate School Of Health Sciences. Biyotıp ve Sağlık

Alanında Lisansüstü Danışmanlık: ORPHEUS Yaklaşımı, Türk Biyokimya Dergisi, 21-

22.06.2018.

5

7. Kanıt Mat N, Dal NE, Karabay U, İşlekel H, Ozer E. YÖK 100/2000 Doktora Burslu Dokuz Eylül

Üniversitesi ORPHEUS Doktora Programı Öğrencileri. Biyotıp ve Sağlık Alanında Lisansüstü

Danışmanlık: ORPHEUS Yaklaşımı, Türk Biyokimya Dergisi, 21-22.06.2018.

8. Hüray İşlekel. Challenges and opportunities for women in science – a personal appraisal.

FEBS Congress (Invited Speaker), 10-14.09.2017, Jerusalem, İsrail.

9. Harmanci D, Engin K, Durmaz Engin C, Kant M, Yaman A, Akış M, Özel Yıldız S, Islekel H,

Guner Akdogan G, Söylev Bajin M. Is clinical course of optic neuropathy associated ith

oxidative damage and dynamics of antioxidant response? a case-control study in patients

with nonarteritic ischemic optic neuropathies. Congress of the European Society of

Ophthalmology (SOE), Abstract Book p:20, 10-13.06.2017, Barselona/İspanya.

10. Hüray İşlekel. Isocitrate Dehydrogenase Mutation in Cancer and Progress Toward

Development of Targeted Therapeutics. Turkish Journal of Molecular Biology &

Biotechnology (Supplement 1), 22.05.2017, page:48.

11. Yusufoğlu N, Kant M, Akış M, Şanlı A, Özdemir N, İşlekel H. Evaluation of angiogenesis with

serum and tissue vascular endothelial growth factor, angiopoietin-1 and angiopoietin-2

levels in relation to clinicopathological features in lung cancer patients. Turk J Biochem,

2017;42(5).

12. Algın Halil İbrahim, Parlar Ali İhsan, Yıldız Ismail, Altun Zekiye Sultan, İşlekel Gül Hüray, Uyar

İbrahim, Tulukoglu Engin. Which Mechanism is Effective on the Hyperamylasaemia After

Coronary Artery Bypass Surgery? Heart Lung Circ. 2017;26(5):504-508. Doi

10.1016/j.hlc.2016.09.006. S

13. Nuriyeva G, Kose S, Tuna G, Kant M, Akıs M, Altunyurt S, Dogan O.E, Islekel H. Predictive

power of mean uterine artery pulsatility index, maternal serum placental growth factor and

placenta associated plasma protein A levels fort he development of ischemic placental

diseases. Turkish Journal of Molecular Biology & Biotechnology (Supplement 1), 22.05.2017,

pp:81.

14. Nuriyeva G, Kose S, Tuna G, Kant M, Akıs M, Altunyurt S, Dogan O.E, Islekel H. A

prospective study on first trimester prediction of ischemic placental diseases. Prenat Diagn.

2017 Feb 6. doi: 10.1002/pd.5017.

15. Sedat Abuşoğlu, İlknur Aydın, Funda Bakar, Tan Bekdemir, Özlem Gülbahar, Hüray İşlekel,

Yeşim Özarda, Macit Pektaş, Kamil Pir, Oytun Portakal, Muhittin Serdar, Turan Turhan,

Doğan Yücel, Oğuzhan Zengi. Kronik böbrek hastalığında tıbbi laboratuvar uygulamaları için

kısa kılavuz. Türk Biyokimya Dergisi, 2016; 41 (4): 292-301.

16. Kant M, Akış M, Çalan M, Arkan T, Bayraktar F, Dizdaroglu M, İşlekel H. Elevated urinary

levels of 8-oxo-2'-deoxyguanosine, (5'R)- and (5'S)-8,5'-cyclo-2'-deoxyadenosines, and 8-iso-

prostaglandin F2α as potential biomarkers of oxidative stress in patients ith prediabetes.

DNA Repair (Amst), 2016 Dec;48:1-7.

17. “Klinik ve araştırma laboratuvarlarında LC-Tandem MS kullanımı kursu”, XXVII. Ulusal

Biyokimya Kongresi, 3-6.11.2015, Antalya

18. Tuna G, Islekel GH, Ozkaya F, Yener G, Kirkali G. Plasma levels of matrix metalloproteinases-

2, -9 and tissue inhibitors of metalloproteinases-1, -2 in Alzheimer's disease. 40th FEBS

Congress, 04-09.07.2015, Berlin, Germany, The FEBS Journal 2015;282,S1.

19. Tuna G, Islekel H, Ozkaya F, Yener G, Kirkali G, Oxidatively Induced Macromolecular

Damage and Expression of DNA Repair Enzymes in Alzheimer's Disease, Clin Chem Lab Med,

2014; 52, Special Suppl, pp:1356.

6

20. Kumral A, Okyay E, Guclu S, Gencpinar P, Islekel GH, Oguz SS, Kant M, Demirel G, Duman N,

Ozkan H. Cord blood ischemia-modified albumin: Is it associated with abnormal Doppler

findings in complicated pregnancies and predictive of perinatal asphyxia? J Obstet Gynaecol

Res. 2013 Mar;39(3):663-71. doi: 10.1111/j.1447-0756.2012.02055.x. Epub 2012 Dec 21

21. Sayın O, Tokgoz Y, Arslan N. Investigation of adropin and leptin levels in pediatric obesity-

related nonalcoholic fatty liver disease. J Pediatr Endocrinol Metab 2014;27:479-484.

22. Bilen O, Altun Z, Arslan N, Onvural B, Akan P, Coker C. The effect of malnutrition on protein

glycosylation in children. Iran J Pediatr 2014;24:273-279.

23. Angın Y, Arslan N, Kuralay F. Leptin-to-adiponectin ratio in obese adolescents with

nonalcoholic fatty liver disease. Turk J Pediatr 2014;56:259-266.

24. Celik T, Guler E, Atas Berksoy E, Arslan N. Mean platelet volume as a negative marker of

inflammation in children with rotavirus gastroenteritis. Iran J Pediatr 2014;24:617-622.

25. Arslan N. Obesity, fatty liver disease and intestinal microbiota. World J Gastroenterol

2014;20(44):16452-16463.

26. Arslan N, Sayın O, Tokgöz Y. Evaluation of serum xenin and ghrelin levels and their

relationship with nonalcoholic fatty liver disease and insulin resistance in obese

adolescents. J Endocrinol Invest 2014;37:1091-1097.

27. Yis U, Ezgu FS, Karakaya P, Polat I, Arslan N, Cankaya T, Bozkaya OG, Kurul SH. A novel

mutation in the mitochondrial DNA cytochrome B gene (MTCYB) in a patient with Prader

Willi Syndrome. J Child Neurol 2015;30:378-381.

28. Kansu A, Kuloğlu Z, Demir A, Yaman A; Turkish Celiac Study Group. Yield of coeliac screening

in abdominal pain-associated functional gastrointestinal system disorders. J Paediatr Child

Health 2015;51:1066-1070.

29. Kocak N, Arslan N, Kartı O, Tokgöz Y, Ozturk T, Günenç U, Kaynak S. Evaluation of the

intraocular pressure in obese adolescents. Minerva Pediatr 2015;67:413-418.

30. Duman M, Gençpınar P, Biçmen M, Arslan N, Özden Ö, Üzüm O, Çelik D, Sayıner A, Gülay Z.

Fecal calprotectin: can be used to distinguish between bacterial and viral gastroenteritis in

children? Am J Emerg Med 2015;33:1436-1439.

31. Gunduz M, Arslan N, Unal O, Cakar S, Kuyum P, Bulbul S. Depression and anxiety among

parents of phenylketonuria children. Neurosciences 2015;20:350-356.

32. Gunduz M, Cakar S, Kuyum P, Makay B, Arslan N. Comparison of atherogenic risk factors

among poorly-controlled and well-controlled adolescent phenylketonuria patients. Cardiol

Young 2016 Jun;26:901-908

33. Guzel O, Yılmaz U, Uysal U, Arslan N. The effect of olive oil-based ketogenic diet on serum

lipid levels in epileptic children. Neurol Sci 2016;37:465-470.

34. Arslan N, Guzel O, Kose E, Yılmaz U, Kuyum P, Aksoy B, Calik T. Is ketogenic diet treatment

hepatotoxic for children with intractable epilepsy? Seizure 2016;43:32-38.

35. Dworski S, Lu P, Khan A, Maranda B, Mitchell JJ, Parini R, Di Rocco M, Huegle B, Yosmitsu M,

Magnusson B, Makay B, Arslan N, Guelbert N, Ehlert K, Jarisch A, Medwin JG, Dagher R,

Terreri MT, Lorenco CM, Arias LB, Tanpaiboon P, Solyom A, Norris JS, He X, Schucman EH,

Levade T, Medin JA. Acid ceramidase deficiency is characterized by a unique plasma

cytokine and ceramide profile that is altered by therapy. BBA: Molecular Basis of Disease

2017;1863(2):386-394

36. Arslan N, Kose E, Guzel O. The effect of ketogenic diet on serum selenium levels in patients

with intractable epilepsy. Biol Trace Element Res 2017;178:1-6

7

37. Tokgöz Y, Işık IA, Akbari S, Kume T, Sayın O, Erdal E, Arslan N. Perilipin polymorphisms are

risk factors for the development of obesity in adolescents? A case-control study. Lipids

Health Dis 2017;16:52. DOI 10.1186/s12944-017-0440-7

38. Kose E, Unal O, Bulbul S, Gunduz M, Haberle J, Arslan N. Identification of three novel

mutations in fourteen patients with citrullinemia type 1. Clin Biochem 2017;50:686-689.

39. Kose E, Guzel O, Demir K, Arslan N. Changes of thyroid hormonal status in patients

receiving ketogenic diet due to intractable epilepsy. J Pediatr Endocrinol Metab

2017;30(4):411-416

40. Kose E, Yis U, Hız S, Arslan N. A novel mutation in the glycine decarboxylase gene in patient

with non-ketotic hyperglycinemia. Neurosciences 2017;22:131-133.

41. Isık I, Tokgoz Y, Erdur B, Arslan N. Alanine and aspartate aminotransferase elevations in

children with rotavirus positive and negative acute gastroenteritis and its relation with

disease severity. Minerva Pediatr 2017;69:36-41.

42. Dogan E, Uysal S, Ozturk Y, Arslan N, Coker C. Selective screening of inborn errors of

metabolism: A report of six years experience. Iran J Pediatr 2017;27:e11323

43. Beser OF, Cokugras FC, Erkan T, Kutlu T, Yagci RV; TUHAMAR Study Group (Ertem D, Yaşöz

G, Yüksekkaya HA, Artan R, Önal Z, Coşkun ME, Aydoğan A, Zorlu P, Akçaboy M, Tosun MS,

Urgancı N, Kaya RG, Satar M, Yüce A, Karhan AN, Civan HA, Kasırga E, Volkan B, Certel AC,

Güzelçiçek A, Özkan T, Demirören K, Akşit S, Gökçe Ş, Kızılcan S, Dalgıç B, Demirtaş Z, Karbuz

A, Kalaycı AG, Gülbahçe A, Sayar T, Güler S, Aktar F, Kansu A, Altuntaş C, Ağalıoğlu D, Arslan

D, Karakurt H, Sazak S, Halıcıoğlu OB, İnce G, Üstündağ G, Soysal YD, Karacabey N, Arslan N,

Öztürk Y, Kuyum P, Deveci U, Selimoğlu MA, Varol Fİ, Güven B, Doğan G, Çakır M, Gülerman

F, Dursun E, Kıyan E, Doğan AE, Kırbıyık F). Evaluation of malnutrition development risk in

hospitalized children. Nutrition 2017;48:40-47.

44. Kose E, Kuyum P, Aksoy B, Häberle J, Arslan N, Ozturk Y. First report of carglumic acid in a

patient with citrullinemia type 1 (argininosuccinate synthetase deficiency). J Clin Pharm

Ther 2018;43:124-128.

45. Kose E, Guzel O, Arslan N. Analysis of hematological parameters in patients treated with

ketogenic diet due to drug-resistant epilepsy. Neurol Sci 2018;39:85-89

46. Kose E, Aksoy B, Kuyum P, Tuncer N, Arslan N, Ozturk Y. The Effects of Breastfeeding in

Infants With Phenylketonuria. J Pediatr Nurs 2018;38:27-32

47. Gürsoy S, Ataman E, Bozkaya ÖG, Köse E, Ayanoğlu M, Polat Aİ, Arslan N, Kurul SH, Erçal D.

Identification of the largest homozygous glycine decarboxylase gene deletion in a Turkish

infant. Pediatr Neonatol 2018 (in press)

48. Kose E, Arslan N. Vitamin/mineral and micronutrient status in patients with classical

phenylketonuria. Clin Nutr 2018 (in press).

49. Ulusoy E, Arslan N, Kume T, Ulgenalp A, Cıralı C, Bozkaya O, Ercal D. Serum motilin level and

its relation with clinical findings and motilin gene polymorphisms in children with

constipation. Minerva Pediatr (in press).

50. Cıralı C, Ulusoy E, Kume T, Arslan N. Elevated serum neopterin levels in children with

functional constipation: association with systemic proinflammatory cytokines. World J

Pediatr (in press).

51. Yıldırım Ö, Demircan T, Tüfekçi Ö, Kızılca Ö, Kuyum P, Kır M, Abacı A, Ünal N, Arslan N,

Böber E, Yılmaz Ş, Ören H. Anemia and its effect on cardiovascular findings in obese

adolescents. Turk J Haematol 2018 (in press).

8

52. Cubukcu D, Guzel O, Arslan N. Effect of ketogenic diet on motor functions and daily living

activities of children with multidrug-resistant epilepsy: A prospective study. J Child Neurol

(in press).

53. Dalkılıc F, Dogan Y, Arslan N, Kut A. Mediterranean Diet Optimization by Improved Hybrid

Quantum Genetic Algorithm. J Med Imaging Health Inf 2018;8:669–675.

54. Acar S, Arslan N, Paketçi A, Okur TD, Demir K, Böber E, Abacı A. Presentation of central

precocious puberty in two patients with Tay-Sachs disease. Hormones (Athens). (in press)

55. Transition to virtual microscopy in medical undergraduate pathology education: First

experience of Turkey in Dokuz Eylül University Hospital. Sagol O, Yorukoglu K, Lebe B, Durak

MG, Ulukus C, Tuna B, Musal B, Canda T, Ozer E. Turk J Pathol 2015; 31:175-180.

56. Arun MZ, Ustunes L, Sevin G, Ozer E. Effects of vitamin C treatment on collar-induced

intimal thickening. Drug Design Development and Therapy. 2015; 9:6461-73.

57. Kose S, Altunyurt S, Yıldırım N, Keskinoğlu P, Çankaya T, Bora E, Erçal D, Ozer E. Termination

of pregnancy for fetal abnormalities: Main arguments and adecision-tree model. Prenat

Diagn. 2015;35:1128-36.

58. Karakuş OZ, Ulusoy O, Guray G, Ateş O, Olgun EG, Dalgıc M, Hakgüder G, Ozer E, Olguner

M, Akgür FA. The density of interstitial cells of Cajal is diminished in choledochal cysts. Dig

Dis Sci 2016;61:900-904.

59. Aslier M, Erdağ TM, Sarioglu S, Guneri EA, Ikiz AÖ, Uzun E, Ozer E. Analysis of

histopathological aspects and bone destruction characteristics in acquired middle ear

cholesteatoma of pediatric and adult patients. Int J Pediatr Otorhinolaryngol 2016;82:73-

77.

60. Ulusoy O, Karakuş OZ, Ateş O, Hakgüder G, Ozer E, Olguner M, Akgür FM. The intestinal

damage induced by lipid soluble meconium subfraction is profound compared to the

intestinal damage induced by water soluble meconium subfraction J Pediatr Surg

2016;51:1303-6.

61. Erşen A, Ağalar AA, Özer E, Ağalar C, Ünek T, Egeli t, Özbilgin M, Astarcıoğlu I, Olguner M,

Obuz F, Sagol O. Solid-pseudopapillary neoplasm of the pancreas: a clinicopathological

review of 20 cases including rare examples. Pathol Res Prac 2016;11:1052-8.

62. Senfter D, Erkan EP, Özer E, Jung irth G, Madlener S, Kool M, Ströbel T, Saydam N, Saydam

O. Overexpression of minichromosome maintenance protein 10 in medulloblastoma and its

clinical implications. Ped Blood Cancer 2017; 64: e26670 doi: 10.1002/pbc.26670

63. Anuk AT, Kose S, Fırat C, Ozer E, Altunyurt S. Pendrin expression in preeclampsia: A

prospective immunohistochemical staining study on placental bed biopsies. Fetal Pediatr

Pathol. 2017; 36: 364-372. doi: 10.1080/15513815

64. Kanik A, Eliacik K, Yesiloglu S, Turker M, Helvaci M, Ozer E. An unusual presentation of

Langerhans cell histiocytosis: perianal lesion. Paediatrics Today 2014;10(1):43-46.

65. Çatlı G, Abacı A, Anık A, Guleryüz H, Ozer E, Ocal İ, Yüceer N, Mutafoğlu K. A case of central

precocious puberty due to concomitant hypothalamic hamartoma and juvenile pilocytic

astrocytoma. J Clin Res Pediatr Endocrinol 2014;6:183-186

66. Karaoglu P, Topçu Y, Bayram E, Yis U, Akarsu S, Atalay E, Köroglu T, Cakmakçi H, Ozer E, Hiz

S. Severe neurologic involvement of Degos Disease in a Pediatric patient. J Child Neurol

2014;29:550-554.

9

67. Caglayan Sozmen S, Isik S, Arikan Ayyildiz Z, Yildiz K, Cakır Y, Ozer E, Asilsoy S, Uzuner N,

Karaman O, Anal O. Cyclosporin Treatment Improves Skin Findings in Omenn Syndrome.

Pediatr Dermatol. 2015; 32:54-57.

68. Ozbagcivan O, Akarsu S, Ilknur T, Ozer E, Fetil E. Lichen planus after rabies vaccination. Int J

Dermatol. 2015; 54:558-9.

69. Karaoglu P, Quizon N, Pergande M, Wang H, Polat AI, Ersen A, Ozer E, Willkomm L, Hiz Kurul

S, Heredia R, Yis U, Selcen D, Çirak S. Dropped head congenital muscular dystrophy caused

by de novo mutations in LMNA. Brain Dev 2017; 39:361-364.

70. İnce D, Demirağ B, Ataseven E, Oymak Y, Tuhan H, Karakuş OZ, Hazan F, Abacı A, Özer E,

Mutafoglu K, Olgun N. Child with RET proto-oncogene codon 634 mutation. Turk J Pediatr.

2017;59(5):590-593.

71. Çakmaklı S, Çankaya T, Gürsoy S, Koç A, Kırbıyık Ö, Kılıçarslan ÖA, Özer E, Erçal D, Bozkaya

ÖG. T o cases ith ring chromosome 13 at either end of the phenotypic spectrum.

Cytogenet Genome Res 2017;153(4):175-180.

72. Ince D, Mutafoglu K, Yenigurbuz F, Ataseven E, Kizmazoglu D, Erdem M, Olguner M,

Guleryuz, H, Ozer E, Demiral A, Olgun N. Treatment results of pediatric germ cell tumors

from a single institution. Pediatr Blood Cancer 2015;62:s298-299.

73. Mutafoglu K, Ince D, Kizmazoglu D, Erdem M, Ataseven E, Yenigurbuz F, Ozer E, Olguner M,

Demiral A, Guleryuz, H, Olgun N. Pediatr Blood Cancer 2015;62:s371.

74. Camlar SA, Ozdemir T, Soylu A, Turkmen MA, Ozer E, Olguner M, Guleryuz H, Kavukcu S.

Renal mass in a two years old girl: xanthogranulomatous pyelonephritis. Pediatr Nephrol

2015;30:s1625-26.

75. Ekmekci S, Olgun N, Ozer E. The relationship between apoptotic activity and prognostic

factors in neuroblastomas. Virchows Arch 2015;467:s99.

76. Karakuş OZ, Ulusoy O, Aktürk G, Ateş O, Olgun EG, Dalgıc M, Hakgüder G, Ozer E, Olguner

M, Akgür FA. The density of interstitial cells of Cajal is diminished in choledochal cysts.

Virchows Archiv 2015;s467:98.

77. Ince D, Mutafoglu K, Yenigurbuz F, Kizmazoglu D, Çetinayak O, Erdem M, Ataseven E,

Guleryuz, H, Ozer E, Kalemci O, Demiral A, Olgun N. A single center experience of a

treatment for medulloblastoma. Pediatr Blood Cancer 2016;63:s134.

78. Mutafoglu K, Ince D, Demiral A, Yenigurbuz F, Kizmazoglu D, Armağan C, Ozer E, Guleryuz,

H, , Sarialioğlu F, Olgun N. Paediatric Hodgkin lymphoma: A single center experience from

the West Part of Turkey. Pediatr Blood Cancer 2016;63:s182.

79. Ince D, Mutafoglu K, Ataseven E, Kizmazoglu D, Yenigurbuz F, Erdem M, Aktürk N, Olguner

M, Ozer E, Guleryuz, H, Demiral A, Olgun N. Wilms tumor: A single center experience.

Pediatr Blood Cancer 2016;63:s246.

80. Ince D, Erdem M, Cecen RE, Kızmazoglu D, Özer E, Demiral AN, Çetingöz ER, Aktas S,

Güleryüz H, Olguner M, Mutafoglu K, Olgun HN. Treatment of relapse neuroblastoma:

Dokuz Eylul University experience . Pediatr Blood Cancer 2017; 64 (supp 3): s448.

81. Ince D, Kızmazoglu D, Cecen RE, Erdem M, Aktas S, Serinan EF, Demiral AN, Çetingöz ER,

Güleryüz H, Özer E, Olguner M, Olgun HN. Dokuz Eylul University treatment experience of

neuroblastoma. Pediatr Blood Cancer 2017; 64 (supp 3): s447.

82. Treatment results in pediatric head and neck rhabdomyosarcomas a single center

experience. Mutafoglu K, Ince D, Kızmazoglu D, Olgun Y, Erdem M, Demiral AN, Çetingöz ER,

Güleryüz H, Özer E, Erdag KT, Olgun HN. Pediatr Blood Cancer 2017; 64 (supp 3): s455.

10

83. Işık S; Ayyıldız ZA, Sözmen ŞC, Özer E, Karaman Ö, Uzuner N. A case of atypical urticarial

vasculitis associated with thrombosis Asthma Allergy Immunol 2014;12:117-121

84. Bayır O, Guneri EA, Dilek M, Ozer E, Cakmakci, H, Erdag TK. Nasopharyngeal mature

teratoma in the ne born. Türk Ped Arş 2014; 49: 257-60.

85. Ekmekcı S, Aysal A, Olgun N, Olguner M, Cakmakci H, Ozer E. Pleuropulmonary Blastoma: A

Case Report. Turk Patoloji Derg. 2015;31:68-71.

86. Ekmekçi S, Ozer E. Decidual cast: A case report. İzmir Dr. Behçet Uz Çocuk Hast. Dergisi

2016; 6:234-236.

87. Hız S, Yiş U, Ozer E, Karaoğlu P, Polat AI. Clinical features and psychomotor development at

one year of age in infants born from a mother with chorioamnionitis. Behcet Uz Cocuk Hast

Derg. 2014; 4(1): 15-19

88. İşbir C, Karakuş OZ, Ateş O, Gülce Hakgüder G, Ozer E, Olguner M, Feza Miraç Akgür FM

Distribution of interstitial cells of Cajal in the esophagus of fetal rats with esophageal

atresia. J Clin Anal Med 2015;6:869-73. DOI: 10.4328/JCAM.3794.

89. Tekin A, Karakuş OZ, Hakgüder G, Ateş O, Özer E, Olguner M, Akgür FM. Distribution of

interstitial cells of Cajal in the bladders of fetal rats with retinoic acid induced

myelomeningocele. Turk J Urol 2016; 42: 285-289 DOI: 10.5152/tud.2016.98474

90. Ekmekci S, Olgun N, Ozer E. The relationship between apoptotic activity and prognostic

factors in neuroblastomas. Turk J Pathol 2016;32:199-204.

91. Yörükoğlu K, Özer E, Alptekin B, Öcal C. Improving Histopathology Laboratory Productivity:

Process Consultancy and A3 Problem Solving. Turk Patoloji Derg. 2017;33:47-57.

92. Kılınç G, Alpöz R, Aktan Ş, Ünsal E, Özer E. Psöriatik eritrodermi ve jüvenil romatoid artiritli

olguda süt dişi dentinasyonunda mine hipoplazisi. J Dent Fac Atatürk Uni 2014; 24:408-412.

93. Memiş H, Ataman E, Celiloğlu M, Özer E, Ülgenalp A, Erçal MD, Bora E. Prenatal dönemde

saptanan tanatoforik displazi olgusu. Dokuz Eylül Derg 2017; 31: 181-186.

94. Durmuşoğlu M, Doğan E, Közen MA, Sarıoğlu S, Özer E, Erdağ TK, İkiz AÖ. Submandıbüler

Bez Pleomorfik Adenomları. KBB-Forum 2014;13(4) 56-60.

95. Aslıer M, Erdağ TM, Sarıoğlu S, Güneri EA, İkiz AÖ, Uzun E, Özer E. Pediatrik ve erişkin

kolesteatomlarında subepitelyal anjiogenez. Türk Otolarengoloji Arşivi 2015;53:47-50.

96. Ayhan Z, Unlu B, Parlak M, Yaman A, Berk AT, Ozer E, Saatci AS. Coat’s hastalığı ve tedavi

yaklaşımları. J Retina Vitreus 2017;26:301-6.

97. Özer E, Aktaş S. Çocukluk çağı kanserleri: Histolojik ve moleküler patolojik özellikler. Kanser

Gündemi Dergisi 2016;4:32-47.

98. Köroğlu TF, Yılmaz O, Gökmen N, Tuğyan K, Baskın H, Eğrilmez MY. Erythropoietin prevents

lymphoid apoptosis but has no effect on survival in experimental sepsis. Pediatr Res. 2013

74;2:148-53.

99. Sert M, Ateş H, Çavdar Ç, Yüksel Eğrilmez M, Çelik A, Çavdar C, Özcan MA, Çamsarı T. Demir

Sükroz Ve Demir Dekstran’ın Sıçanlarda Periferik Kanda Lenfosit Dağılım Ve İşlevleri Üzerine

Olan Etkilerinin Karşılaştırılması. DEU Med J. 2014 28;3:105-12.

100. Cavdar Z, Ozbal S, Celik A, Ergur BU, Guneli E, Ural C, Camsari T, Guner GA. The effects of

alpha-lipoic acid on MMP-2 and MMP-9 activities in a rat renal ischemia and re-perfusion

model. Biotech Histochem. 2014 May;89(4):304-14.

101. Ersan S, Celik A, Tanrisev M, Kose I, Cavdar Z, Unlu M, Kocak A, Ural C, Yilmaz B, Kose T.

Pretreatment with paricalcitol attenuates level and expression of matrix metalloproteinases

11

in a rat model of renal ischemia-reperfusion injury. Clinical nephrology, 2017 88(11), 231-

238.

102. Ersan S, Tanrısev M, Cavdar Z, Celık A, Unlu M, Kocak A, Kose T. Pretreatment with

nebivolol attenuates level and expression of matrix metalloproteinases in a rat model of

renal ischaemia-reperfusion injury. Nephrology (Carlton). 2017 Dec;22(12):1023-1029.

103. Cavdar Z, Ural C, Celik A, Arslan S, Terzioglu G, Ozbal S, Yildiz S, Ergur UB, Guneli E, Camsari

T, Akdogan G. Protective effects of taurine against renal ischemia/reperfusion injury in rats

by inhibition of gelatinases, MMP-2 and MMP-9, and p38 mitogen-activated protein kinase

signaling. Biotech Histochem. 2017;92(7):524-535.

104. Papur OS, Akman SA, Terzioglu O, Clinical and Genetics Analysis in Pediatric Patients with

Wilson disease, Turkish Journal of Gastroenterology, 2015 Sep;26(5):397-403.

105. Ozlenen Simsek Papur, Orhan Terzioglu, Ahmet Koc ‘Functional Characterization of Ne

Mutations in Wilson Disease Gene (ATP7B) Using The Yeast Model’ Journal of Trace

elements in Medicine and Biology 2015,31;7:33-36.

106. Ozlenen Simsek Papur, Sezin Asik Akman, Raif Cakmur, Orhan Terzioglu ‘Mutation analysis of ATP7B gene in Turkish Wilson disease patients: identification of five novel mutations’. European Journal of Medical Genetics 2013,56;4:175-179.

107. Ö.Şimşek Papur, S.Aşık akman, O.Terzioglu, ‘Screening of c.2363C>T Mutation in ATP7B Gene by Direct Sequencing in a Family ith Wilson disease’ European Journal of Human Genetics 2013; 21(supplement 2): J08.19 European Human Genetics Conference, Paris, France 8-11 June 2013.

108. Simsek Papur O, Sun A, Glatz JFC, Luiken JJFP, Nabben M. Acute and Chronic Effects of Protein Kinase-D Signaling on Cardiac Energy Metabolism. Front Cardiovasc Med. 2018 Jun 7;5:65.

109. Uludag F, Bilgin S, Zorlu Y, Tuna G, Kirkali G, Interleukin-6, Interleukin-1 Beta and Interleukin-1 Receptor Antagonist Levels in Epileptic Seizures, Seizure, 2013; 22 (6): 457–461.

110. Reddy P, Jaruga P, Kirkali G, Tuna G, Nelson B, Dizdaroglu M, Identification and Quantification of Human DNA Repair Protein NEIL1 by Liquid Chromatography/Isotope-Dilution Tandem Mass Spectrometry, Journal of Proteome Research, 2013;12(2):1049-61.

111. Demirhan E, Purdas-Eskut N, Zorlu Y, Çukurova I, Kirkali G, Tuna G, Blood Levels of TNF-α, IL-10, and IL-12 in Idiopathic Sudden Sensorineural Hearing Loss, The Laryngoscope, 2013;123(7):1778-81.

112. Kulaksiz-Erkmen G, Dalmizrak O, Dincsoy-Tuna G, Dogan A, Ogus I.H, Ozer N, Amitriptyline may have a Supportive Role in Cancer Treatment by Inhibiting Glutathione S-Transferase Pi (Gst-π) and Alpha (Gst-α), Journal of Enzyme Inhibition and Medicinal Chemistry, 2013;28 (1): 1–6.

113. Kulu U, Tiftikcioğlu Bİ, Zorlu Y, Çetiner M, Şener U, Tuna G, Kirkali G. Efficacy of Different Durations of Intravenous Methylprednisolone Treatment in Relapses of Multiple Sclerosis. Noro Psikiyatr Ars. 2017 Mar;54(1):57-61.

114. Ceylan D, Tuna G, Kirkali G, Tunca Z, Can G, Arat HE, Kant M, Dizdaroglu M, Özerdem A. Oxidatively-induced DNA damage and base excision repair in euthymic patients with bipolar disorder. DNA Repair (Amst). 2018 May;65:64-72.

115. Apaydin, N., Toz, E., Saatli, B., Demir, N., Ozkaya, F., and Tuna, G. Evaluation of the Effect of Anti-Macrophage Migration Inhibitory Factor Antibody in a Mouse Model of Lipopolysaccharide-Induced Preterm Delivery. Journal of Reproductıve Medicine, 2018: 63(1-2), 56-62.

12

116. G. Tuna, G. Yener, FG Kırkalı, Oxidatively Induced Macromolecular Damage in

Frontotemporal Dementia and Dementia with Lewy Bodies. 42nd FEBS Congress, 10-

14.09.2017, Kudüs, İsrail. The FEBS Journal 2017;284,S1.

117. Harmanci D, Erbayraktar Z, Sayin O, Guner G. In Vitro Effects Of Selenium On Human Glioblastoma Multiforme Cell Lines: A Preliminary Study. ActaClinica Croatica- Yayına kabu edildi.

118. Tosun M, Soysal Y, Mas N, Karabekir S. Comparison of the effects of 13-cis retinoic acid and melatonin on the viabilities of SH-SY5Y neuroblastoma cell line. The Journal of Korean Neurosurgigal Society, 57(3): 147-151; 2015.DOI:10.3340/jkns.2015.57.3.147.

119. Saat H, Soysal Y, Kurtgoz S, Ergun MA, Perçin EF. A patient ith partial chromosome 12q dublication and 10q deletion. Genetic Counseling, 26(4): 401-407; 2015.

120. Tumer S, Altungoz O, Bagci O, Olgun HN. The Detection of Genetic Parameters for Prognostic Stratification of Neuroblastoma Using Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification Technique. Genet Test Mol Biomarkers. 2016 Feb;20(2):74-80. doi: 10.1089/gtmb.2015.0165.

121. Keles D, Arslan B, Terzi C, Tekmen I, Dursun E, Altungoz O, Oktay G. Expression and activity levels of matrix metalloproteinase-7 and in situ localization of caseinolytic activity in colorectal cancer. Clin Biochem. 2014 Sep;47(13-14):1265-71. doi: 10.1016/j.clinbiochem.2014.06.004.

122. Cingoz S, Agilkaya S, Oztura I, Eroglu S, Karadeniz D, Evlice A, Altungoz O, Yilmaz H, Baklan B. Identification of the variations in the CPT1B and CHKB genes along with the HLA-DQB1*06:02 allele in Turkish narcolepsy patients and healthy persons. Genet Test Mol Biomarkers. 2014 Apr;18(4):261-8. doi: 10.1089/gtmb.2013.0391.

123. Aksoy A, Solmaz D, Can G, Cetin P, Balci A, Akar S, Birlik M, Akkoc N, Onen F. Increased Frequency of Hand Osteoarthritis in Patients ith Primary Sjögren Syndrome Compared with Systemic Lupus Erythematosus. J Rheumatol. 2016 Jun;43(6):1068-71. doi: 10.3899/jrheum.150841.

124. Taylan A, Karakas B, Gulcu A, Birlik M. Bilateral orbital pseudotumor in a patient with Takayasu arteritis: a case report and review of the literature. Rheumatol Int. 2016 May;36(5):743-6. doi: 10.1007/s00296-016-3432-4. Review.

125. Birlik M, Kücükyavas Y, Aksu K, Solmaz D, Can G, Taylan A, Akar S, Sari I, Keser G, Onen F, Akkoc N. Epidemiology of Takayasu's arteritis in Turkey. Clin Exp Rheumatol. 2016 May-Jun;34(3 Suppl 97):S33-9.

126. Aydin SZ, Can M, Alibaz-Oner F, Keser G, Kurum E, Inal V, Yazisiz V, Birlik M, Emmungil H, Atagunduz P, Direskeneli H, McGonagle D, Pay S. A relationship between spinal new bone formation in ankylosing spondylitis and the sonographically determined Achilles tendon enthesophytes. Rheumatol Int. 2016 Mar;36(3):397-404. doi: 10.1007/s00296-015-3360-8.

127. A.Merih Birlik, Duygu Harmanci, Ayşe Kocak, Roles of microRNAs in Rheumatoid Arthritis- "Pathogenesis of Rheumatoid Arthritis", ISBN 978-953-51-5016-9.

128. Onen F, Solmaz D, Cetin P, Sari I, Balci A, Birlik M, Akar S, Akkoc N. Prevalence of Inflammatory Back Pain and Axial Spondyloarthritis Among University Employees in Izmir, Turkey. J Rheumatol. 2015 Sep;42(9):1647-51. doi: 10.3899/jrheum.141600.

129. Solmaz D, Gunduz O, Akar S, Can G, Birlik M, Akkoc Y, Gerdan V, Onen F, Akkoc N.Telephone interview strategy can be used for screening inflammatory back pain in the community. Int J Rheum Dis. 2015 May 20. doi: 10.1111/1756-185X.12587. [Epub ahead of print].

130. Akar S, Sarı İ, Çömlekci A, Birlik M, Önen F, Göktay Y, Özaksoy D, Akkoç N. Body composition in patients with rheumatoid arthritis is not different than healthy subjects. Eur J Rheumatol. 2014 Sep;1(3):106-110.

13

131. Cetin P, Sari I, Sozeri B, Cam O, Birlik M, Akkoc N, Onen F, Akar S. Efficacy of interleukin-1 targeting treatments in patients with familial mediterranean Fever. Inflammation. 2015 Feb;38(1):27-31. doi: 10.1007/s10753-014-0004-1.

132. Solmaz D, Akar S, Soysal O, Akkoc Y, Can G, Gerdan V, Birlik M, Onen F, Akkoc N. Performance of different criteria sets for inflammatory back pain in patients with axial spondyloarthritis with and without radiographic sacroiliitis. Clin Rheumatol. 2014;33(10):1475-9. doi: 10.1007/s10067-014-2622-2.

133. Sarı İ, Birlik M, Kasifoğlu T. Familial Mediterranean fever: An updated review. Eur J Rheumatol. 2014 Mar;1(1):21-33. Review.

134. Solmaz D, Gunduz O, Akar S, Can G, Birlik M, Akkoc Y, Gerdan V, Onen F, Akkoc N. Telephone interview strategy can be used for screening inflammatory back pain in the community. nt J Rheum Dis. 2017 Jan;20(1):33-38.

135. Kucuk U, Sarioglu S, Cetin P, Sari I, Birlik M. Histopathological differences between primary Sjögren's syndrome and Sjögren's syndrome accompanied by scleroderma. Indian J Pathol Microbiol. 2018 Jul-Sep;61(3):319-322.

136. Ayhan Z, Kaya M, Ozturk T, Arikan G, Birlik M. Association between Skin Thickness Measurements with Corneal Biomechanical Properties and Dry Eye Tests in Systemic Sclerosis. Ocul Immunol Inflamm. 2018 Aug 15:1-6.

137. Taylan A, Birlik M, Kenar G, Toprak B, Gundogdu B, Gurler O, Karakas B, Akinci B, Sisman AR. Osteoprotegrin interacts with biomarkers and cytokines that have roles in osteoporosis, skin fibrosis, and vasculopathy in systemic sclerosis: a potential multifaceted relationship between OPG/RANKL/TRAIL and Wnt inhibitors. Mod Rheumatol. 2018 Jul 13:1-16. [Epub ahead of print]

138. Kocdor H, Ates H, Aydin S, Cehreli R, Soyarat F, Kemanli P, Harmanci D, Cengiz H, Kocdor MA Zinc supplementation induces apoptosis and enhances antitumor efficacy of docetaxel in non-small-cell lung cancer. Drug Des Devel Ther. 2015 Jul 27;9:3899-909. doi: 10.2147/DDDT.S87662.

139. Yildirim Simsir I, Sarer Yurekli B, Saygili F, Altay C, Akinci B. First metreleptin treatment for generalized lipodystrophy in Turkey. Diabetes Obes Metab. 2016 Sep 26. doi: 10.1111/dom.12796. [Epub ahead of print].

140. Akinci G, Topaloglu H, Akinci B, Onay H, Karadeniz C, Ergul Y, Demir T, Ozcan EE, Altay C, Atik T, Garg A. Spectrum of clinical manifestations in two young Turkish patients with congenital generalized lipodystrophy type 4. Eur J Med Genet. 2016 Jun;59(6-7):320-4. doi: 10.1016/j.ejmg.2016.05.001.

141. Akinci B, Onay H, Demir T, Ozen S, Kayserili H, Akinci G, Nur B, Tuysuz B, Nuri Ozbek M, Gungor A, Yildirim Simsir I, Altay C, Demir L, Simsek E, Atmaca M, Topaloglu H, Bilen H, Atmaca H, Atik T, Cavdar U, Altunoglu U, Aslanger A, Mihci E, Secil M, Saygili F, Comlekci A, Garg A Natural History of Congenital Generalized Lipodystrophy: A Nationwide Study From Turkey. J Clin Endocrinol Metab. 2016 Jul;101(7):2759-67. doi: 10.1210/jc.2016-1005.

142. Demir T, Akinci B, Demir L, Altay C, Atik T, Cavdar U, Secil M, Comlekci A. Partial lipodystrophy of the limbs in a diabetes clinic setting. Prim Care Diabetes. 2016 Aug;10(4):293-9. doi: 10.1016/j.pcd.2015.12.006.

143. Kutbay NO, Yurekli BS, Onay H, Altay CT, Atik T, Hekimsoy Z, Saygili F, Akinci B. A case of familial partial lipodystrophy caused by a novel lamin A/C (LMNA) mutation in exon 1 (D47N). Eur J Intern Med. 2016 Apr;29:37-9. doi: 10.1016/j.ejim.2015.12.012.

144. Akinci G, Akinci B. Metreleptin Treatment in Patients with Non-HIV Associated Lipodystrophy. Recent Pat Endocr Metab Immune Drug Discov. 2015;9(2):74-8. Review.

145. Akinci B, Koseoglu FD, Onay H, Yavuz S, Altay C, Simsir IY, Ozisik S, Demir L, Korkut M, Yilmaz N, Ozen S, Akinci G, Atik T, Calan M, Secil M, Comlekci A, Demir T. Acquired partial lipodystrophy is associated with increased risk for developing metabolic abnormalities. Metabolism. 2015 Sep;64(9):1086-95. doi: 10.1016/j.metabol.2015.06.004.

14

146. Hooper AJ, Akinci B, Davis MR, Burnett JR. SPG11 mutation in a Turkish familial hypobetalipoproteinemia family with hereditary spastic paraplegia. Clin Chim Acta. 2015 May 20;445:1. doi: 10.1016/j.cca.2015.03.001.

147. Akinci B, Terzi C, Sevindik G, Yuksel F, Tunc UA, Tunali S, Yesil S. Hyperglycemia is associated with lower levels of urokinase-type plasminogen activator and urokinase-type plasminogen activator receptor in wound fluid. J Diabetes Complications. 2014 Nov-Dec;28(6):844-9. doi: 10.1016/j.jdiacomp.2014.07.013.

148. Akinci B, Celtik A, Tunali S, Genc S, Yuksel F, Secil M, Ozcan MA, Bayraktar F. Circulating apelin levels are associated with cardiometabolic risk factors in women with previous gestational diabetes. Arch Gynecol Obstet. 2014 Apr;289(4):787-93. doi: 10.1007/s00404-013-3070-y.

149. Colak A, Akinci B, Diniz G, Turkon H, Ergonen F, Yalcin H, Coker I. Postload hyperglycemia is associated with increased subclinical inflammation in patients with prediabetes. Scand J Clin Lab Invest. 2013 Aug;73(5):422-7. doi: 10.3109/00365513.2013.798870.

150. Ulusoy E, Arslan N, Kume T, Ulgenalp A, Cirah C, Bozkaya O, Ercal D. Serum motilin levels and motilin gene polymorphisms in children with functional constipation. Minerva Pediatr. 2016 Oct 5. [Epub ahead of print]

151. Giray Bozkaya O, Ataman E, Aksel Kilicarslan O, Cankaya T, Ulgenalp A. Identification of a novel frameshift heterozygous deletion in exon 8 of the PAX6 gene in a pedigree with aniridia. Mol Med Rep. 2016 Sep;14(3):2150-4. doi: 10.3892/mmr.2016.5467.

152. Bayram MT, Çankaya T, Bora E, Kavukçu S, Ülgenalp A, Soylu A, Türkmen M. Risk factors for subclinical inflammation in children with Familial Mediterranean fever Rheumatol Int. 2015 Aug;35(8):1393-8. doi: 10.1007/s00296-015-3227-z.

153. Uğur Kantar F, Simşek İ, Ercal D, Ülgenalp A, Bora E. Alpha-2-adrenergic receptor gene polymorphism in Turkish population with irritable bowel syndrome. Turk J Gastroenterol. 2013;24(6):483-8.

154. Gunes A, Iscan E, Topel H, Avci ST, Gumustekin M, Erdal E, Atabey N. Heparin treatment increases thioredoxin interacting protein expression in hepatocellular carcinoma cells. Int J Biochem Cell Biol. 2015 Aug;65:169-81. doi: 10.1016/j.biocel.2015.05.025.

155. Evcim AS, Micili SC, Karaman M, Erbil G, Guneli E, Gidener S, Gumustekin M.The Role of Rac1 on Carbachol-induced Contractile Activity in Detrusor Smooth Muscle from Streptozotocin-induced Diabetic Rats.Basic Clin Pharmacol Toxicol. 2015 Jun;116(6):476-84. doi: 10.1111/bcpt.12346.

156. Gelal A, Gumustekin M, Arici MA, Gidener S., Rational pharmacotherapy training for fourth-year medical students. Indian J Pharmacol. 2013 Jan-Feb;45(1):4-8. doi: 10.4103/0253-7613.106426.

157. Gumustekin M, Micili SC, Arici MA, Karaman M, Guneli ME, Tekmen I. The effect of insulin treatment on Rac1 expression in diabetic kidney. Ren Fail. 2013;35(3):396-402. doi: 10.3109/0886022X.2013.764256.

158. Lv X, Zhang L, Zhu Y, Said HM, Shi J, Xu G. Regulative Effect of Nampt on Tumor Progression and Cell Viability in Human Colorectal Cancer.J Cancer. 2015 Jul 16;6(9):849-58. doi: 10.7150/jca.12341.

159. Said HM, Hagemann C, Carta F, Katzer A, Polat B, Staab A, Scozzafava A, Anacker J, Vince GH, Flentje M, Supuran CT. Hypoxia induced CA9 inhibitory targeting by two different sulfonamide derivatives including acetazolamide in human glioblastoma. Bioorg Med Chem. 2013 Jul 1;21(13):3949-57. doi: 10.1016/j.bmc.2013.03.068.

DEVAM EDEN PROJELERİMİZ

TÜBİTAK projeleri (Sürmekte olan ve son beş yılda tamamlanan)

15

Hüray İşlekel, Gamze Tuna (Araştırmacı), “Depresyonda DNA Hasarının Ve Onarımının

Belirtili Dönem Ve Düzelme ile İliskisi, Projedeki görevi: Araştırmacı. Başlangıç-Bitiş Tarihi:

15.12.2017- 15.12.2018.

Yasemin Soysal (Proje Yürütücüsü), Harun Muayad Said, Gül Güner Akdoğan, Güler Gül.

Curcumin ve hidroksiürenin gen düzenleyici ve antianjiyogenik etkilerinin meme kanserli

hücre hattında araştırılması-TUBİTAK 215S169 (3001)

Harun Muayad Said (Proje Yürütücüsü), Özlem Özbahçıvan, Şebnem Aktan, Serpil Tanrıverdi

Akhisaroğlu, Burcu Açıkgöz. Psoriasislilerde Kanda FOXP3 Geninde TSDR Metilasyonu ve

Sitokin Düzeylerinin Belirlenmesi- TUBİTAK 116S159 (3001)

Serkan Yener (Proje Yürütücüsü), Hüray İşlekel, Gamze Tuna, Melis Kant, Merve Akış, Şerife

Kahya. Adrenal adenomu olan hastalarda deksametazon supresyon testi sonuçlarına serum

kortikosteroid bağlayıcı globulin düzeyi, plazma deksametazon konsantrasyonu, kortizol

ölçüm yöntemi ve ölçülen kortizol fraksiyonunun etkilerinin araştırılması TUBİTAK 215S632

(3001).

Fatma Demet İnce (Proje yürütücüsü), Harun Muayad Said, Yasemin soysal, Cengiz Aydın,

Levent Uğurlu, Tayfun Kaya, Mustafa Değirmenci, Emel Ebru Pala, Ayşe Gülden Diniz Ünlü,

Rektal kanser tedavi etkinliğinin takibinde kullanılabilecek aday tümör belirteçlerinin gen

ifadelenmesinin araştırılması- TUBİTAK 116S255 (3001)

Nur Arslan (Yardımcı araştırmacı), Uyarılmış pluripotent kök hücrelerin (UPKH) üretim ve

farklılaştırma teknolojilerinin geliştirilmesi ve deneysel hücre tedavilerinde uygulanması

213S182 (TUBITAK 1003 projesi) Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2013-25.07.2018

Nur Arslan (Proje Yürütücüsü), In-Vitro Hepatik Organoid Modelinin Geliştirilmesi. 115S465

(TUBITAK 1001 projesi) Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2015- 02.07.2018

Erdener Özer (Araştırmacı/Uzman), Nude Farelerde İmatinib-Dirençli Lösemik Hücrelerin

Tümörojenite Ve Yuvalanma (Homing) Potansiyellerinin İncelenmesi (TUBITAK 216S727)

Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2018-2019

Erdener Özer (Araştırmacı/Uzman), Pediatrik Burkitt lenfoma hastalarında dolaşımsal

serbest ve ekzozomal mikroRNA ifade seviyelerinin invazif olmayan tanı biyobelirteci olma

potansiyellerinin incelenmesi (TUBITAK 2018-1001) Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2018-2019

BAP ve diğer kaynaklardan alınan projeler (Son beş yılda tamamlanan ve sürmekte olan)

Hüray İşlekel, (Proje Yürütücüsü), Gamze Tuna, Oğuz Erbağcı, Semir Köse, Sabahattin

Altınyurt, Melis Kant, Merve Akış. DEÜ Rektörlüğü BAP/ 2016.KB.SAG.013. Gestasyonel

diabetes mellitus ve bozulmuş glukoz toleransı olan gebelerde oksidatif DNA hasarının demir

düzeyleriyle ilişkisinin incelenmesi. Başlangıç-Bitiş Tarihi: 06.2016-06.2018

Hüray İşlekel, (Araştırmacı) DEÜ Rektörlüğü BAP 2015.KB.SAG.019 nolu projesi, Projenin adı:

“Plasental Growth Faktör ve Uterin Arter Doppler İndekslerinin Kombine Tarama Testi ile

Birlikte Değerlendirilmesinin İskemik Plasental Hastalıkları Öngörme Etkinliği” Başlangıç-Bitiş

Tarihi: 04.2015-04.2017

Hüray İşlekel (Proje Yürütücüsü), DEÜ Rektörlüğü BAP 2014.KB.SAĞ.41 nolu projesi Projenin

adı: “D Vitamininin İn Vitro Oksidatif DNA Hasarı Üzerine Etkilerinin İncelenmesi” Başlangıç-

Bitiş Tarihi: 09.2014-09.2016

16

Hüray İşlekel (Araştırmacı), DEÜ Rektörlüğü BAP 2014.KB.SAG.062 nolu projesi Projenin adı:

“Nonarteritik İskemik Optik Nöropatilerde Oksidatif Stres Hasarının Değişkenliğinin

Değerlendirilmesi” Projedeki görevi: Araştırmacı. Başlangıç-Bitiş Tarihi: 12.2014-12.2016

Hüray İşlekel (Proje Yürütücüsü), DEÜ Rektörlüğü 2015.KB.SAG.019 nolu projesi Projenin adı:

“Gestasyonel Diyabetes Mellitus ve Bozulmuş Glukoz Toleransı Olan Gebelerde Oksidatif DNA

Hasarınn Demir Düzeyleri ile İlişkisinin İncelenmesi”

Hüray İşlekel (Proje Yürütücüsü), DEÜ Rektörlüğü 2013174 nolu projesi Projenin adı:

“Prediyabet ve Tip 2 Diyabet Hastalarında Oksidatif Makromolekül Hasarının ve

Transkripsiyon Faktör 7 Benzeri 2 (TCF7L2) Gen Polimorfizminin İncelenmesi.” Başlangıç-Bitiş

Tarihi: 12.2013-12.2015

Hüray İşlekel (Araştırmacı), DEÜ Rektörlüğü 2013.KB.SAĞ.54 nolu projesi “Maternal iskemi

modifiye albümin, non stres test ve fetal doopler ultrasonografinin perinatal asfiksiyi

öngöremedeki yeri.” Başlangıç-Bitiş Tarihi: 06.2013-06.2014

Hüray İşlekel (Araştırmacı), DEÜ Rektörlüğü 2013.KB.SAĞ.61 nolu projesi “Adipoz Doku

Kökenli Erişkin Kök Hücre Uygulamasının D-Galaktoz Yaşlanma Modeli Oluşturulmuş Deride

Yara İyileşmesi Üzerindeki Etkilerinin Moleküler Düzeyde Gösterilmesi”. Başlangıç-Bitiş Tarihi:

07.2013-12.2013

Merih Birlik (Proje Yürütücüsü), Ayşe Koçak, Duygu Harmancı Karagülle, Gül Güner Akdoğan,

Osman Yılmaz, Sülen Sarıoğlu. Farelerde bleomisin ile oluşturulmuş skleroderma modelinde

epigallokateşin 3 gallatın fibrozis üzerine olası koruyucu etkilerinin araştırılması. DEÜ

BAP/2014. KB.SAG.024- Ayşe Koçak Doktora tezi.

Nur Arslan (Proje Yürütücüsü), Konstipasyonu olan çocuklarda enflamasyon belirteçlerinin

klinik bulgularla ilişkisinin araştırılması. 2013.KB.SAG.001 (DEU- BAP projesi) Başlangıç-Bitiş

Tarihi: 2013-2016

Nur Arslan (Yardımcı araştırmacı), Konstipasyonu olan çocuklarda motilin gen

polimorfizminin serum motilin düzeyi ve klinik bulgularla ilişkisinin araştırılması

2012.KB.SAĞ.047 (DEU- BAP projesi) Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2012-2014

Nur Arslan (Yardımcı araştırmacı), GLP1 reseptör polimorfizmlerinin obesiteye olan

etkilerinin araştırılması 2014.KB.SAG.007 (DEU- BAP projesi) Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2014-2015

Erdener Özer (Araştırmacı), Pendrin ekspresyonunun Preeklampsi ve Gestasyonel

Hipertansiyon olgularında immunohistokimyasal yöntem ile analizi (BAP 2014.KB.SAG.030)

Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2014-2015

Erdener Özer (Yürütücü), Dijital yöntemlere dayalı patolojik inceleme sürecinin tanı süresi ve

doğruluğu üzerine etkisi (BAP 2014.KB.SAG.039) Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2015-2016

Erdener Özer (Yürütücü), Hirschsprung hastalığında kan ta f morfolojik değişikliklerin dijital

morfolojik ölçümü (BAP 2015.KB.SAG.045) Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2015-2017

Erdener Özer (Yürütücü), Kanser tanısına yönelik tümör paneli geliş rme (KOSGEB

2016/3133) Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2016-2017

Erdener Özer (Yürütücü), RAF-MEK-ERK yolak mutasyonları: Pediatrik Langerhans hücreli

his yositozunda prognos k ve predik f belirteçler (BAP 2017.KB.SAG.022) Başlangıç-Bitiş

Tarihi: 2017-2018

Erdener Özer (Araştırmacı), Akut apandisit ayırıcı tanısında serum kalprotektin ölçümünün

değeri (BAP 2017.KB.SAG.032) Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2017-2018

Erdener Özer (Yürütücü), “Çocukluk Çağı Hodgkin Lenfomalarında Hedefli Dizileme Analizi ile

Pd-L1/Pd-L2 Genleri Mutasyon Frekanslarının İdentifikasyonu” (TPOG Araştırma Projeleri

Desteği) Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2018-2019

17

Aylin Yaman (Proje Yürütücüsü), Kaya Engin, Meltem Bajin Söylev, Gül Güner Akdoğan,

Hüray İşlekel, Duygu Harmancı Karagülle, Ceren Durmaz, Merve Akış, Melis Dinç Kant.

Nonarteritik iskemik optik nöropatilerde oksidatif stres hasarının değişkenliğinin

değerlendirilmesi DEÜ BAP/2014. KB.SAG. 062

Cenk Demirdöver (Proje Yürütücüsü), Duygu Harmancı Karagülle, Gül Güner Akdoğan, Merih

Birlik, Banu Lebe, Alper Bağrıyanık, Serap Cilaker, Harun Said, Ayşe Koçak. Fibro-proliferatif

Skar Dokularında miR-29 ailesi varlığının, miR29’un kollajen maturasyonuna etkisinin ve

ekstasellüler matriks sentezi ile ilişkili sinyal yolaklarındaki rolünün incelenmesi.

2016.KB.SAG. 019- Duygu Harmancı Karagülle Doktora tezi.

Mehtap Yüksel (Proje Yürütücüsü), İn vitro Fibroblast Hücre Kültüründe Oluşturulan Yara

Modelinde Matriks Metalloproteinaz-8 (MMP-8)' in Rolü, Aktive Protein C'nin MMP-8 üzerine

etkisi ve ilişkili Sinyal İleti Yolaklarının Araştırılması.

Mehtap Yüksel (Proje Yürütücüsü), Deguelin'in Akciğer Kanseri Hücrelerinde Tek Başına ve

Dosetaksel ile Birlikte Anti-Kanser Etkinliğinin Araştırılması

Zahide Çavdar (Proje Yürütücüsü), Aslı Çelik, Cemre Ural, Seda Özbal, Ensari Güneri, Bekir

Ergür, Taner Çamsarı, Gül Güner Akdoğan, Renal İskemi-Reperfüzyon Hasarında Lipoik Asitin

MMP-2 ve MMP-9 Enzimleri Üzerine Etkisinin Araştırılması DEÜ BAP, 2013. KB.SAG. 28.

Zahide Çavdar (Proje Yürütücüsü), Cemre Ural, Deneysel renal iskemi-reperfüzyon hasarında

parikalsitol ve nebivololün MMP-2 ve MMP-9 aktivitelerine etkisi (Tepecik eğitim ve

araştırma Hastanesi, Nefroloji bölümü).

Zahide Çavdar (araştırmacı), Damardan demir verilen farelerde lipoik asidin antioksidan

özelliğinin ve böbrek hasarı üzerine etkisinin araştırılması (DEÜ İç Hastalıkları AD)

Zahide Çavdar (araştırmacı),Sıçanlarda torsiyon/detorsiyon modeline bağlı olarak

oluşturulan testis hasarına karşı ferulik asitin etkisi (DEÜ, Histoloji AD)

Zahide Çavdar (araştırmacı) Sıçanlarda sklerozan enkapsüle peritonit modelinde pirfenidone’

nin periton fibrozisini tedavi edici etkisinin incelenmesi (DEÜ İç Hastalıkları AD)

TAMAMLANAN TEZ PROJELERİ:

Toplam 20 proje bulunmaktadır.

Doktora öğrencisi Ayşe KOÇAK (Danışman: Prof.Dr. Gül GÜNER AKDOĞAN) Tez Konusu: Farelerde Bleomisin ile Oluşturulmuş Skleroderma Modelinde Epigallokateşin 3 Gallat’ın Fibrozis Üzerine Olası Koruyucu Etkilerinin Araştırılması BAP kapsamında desteklenmiştir.

Doktora öğrencisi Reza SELAMİ (Danışman: Dr. Öğr. Üye Nilgün YENER) Tez Konusu: Filamin Proteinlerinin Hücrelerdeki İşlevlerinin Araştırılması BAP kapsamında desteklenmiştir.

Doktora Öğrencisi ROGHAİYEH SAFARİ (Danışman: PROF. DR. MERAL SAKIZLI) Tez konusu: Bipolar bozukluk olgularında GDNF (Glia Kökenli nörotrofik faktör)geninin SNP ler yönünden incelenmesi / The effect of glial derived neurotrophic factor SNPs on the development of bipolar disorder. Bu araştırma, Dokuz Eylül Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri BAP kapsamında DEÜ 2011.KB.SAG.022 no ile desteklenmiştir.

Doktora Öğrencisi FERİHA ÖZKAYA (Danışman: DOÇ. DR. ZEYNEP SERCAN; PROF. DR. FATOŞ

GÜLDAL KIRKALI) Tez konusu: Pankreas kanserinde DNA hasar ve onarımının incelenmesi /

Investigation of DNA damage and repair in pancreatic cancer. Bu araştırma DEÜ Bilimsel

Araştırma Projeleri Şube Müdürlüğü BAP tarafından 2009.KB.SAG.063 sayı ile

desteklenmiştir.

Doktora Öğrencisi Dr. YASEMİN SAYGIDEĞER KONT (Danışman: PROF. DR. SAFİYE NEŞE

ATABEY; PROF. DR. AYKUT ÜREN) Tez konusu: Küçük hücreli dışı akciğer kanseri hücrelerinde

18

ezrin ve EGFR ilişkisinin incelenmesi / Evaluation of ezrin and EGFR interaction in non small

cell lung cancer cells. Bu araştırma Amerika Birleşik Devletleri Washington DC, Georgeto n

Üniversitesi, Lombardi Comprehensive Kanser Merkezi, Onkoloji Bölümü Toretsky-Üren Lab.

olanakları ile yapılmıştır.

YL Öğrencisi Zeliha KILIÇ (Danışman: Prof. Dr. Hilal KOÇDOR) Tez Konusu: Pankreas ve

Prostat Kanserinde Deguelin’in İn Vitro Etkinliğinin Araştırılması Tıbbi Bilimsel Aktiviteleri

Destekleme Derneği tarafından karşılanmıştır.

YL Öğrencisi ŞENİZ İNANÇ (Danışman: PROF. DR. GÜLGÜN OKTAY) Tez konusu: Matriks

metalloproteinaz -1, -8 ve -13 aktivitelerinin belirlenmesi amacıyla kollajen zimografi

yöntemi'nin standardizasyonu / Standardization of collagen zymography to determine the

activation of matrix metalloproteinases -1, -8 and -13. Bu araştırma münferit Projelerden

alınan malzemelerle tamamlanmıştır.

YL Öğrencisi FIRAT SOYARAT (Danışman: DOÇ. DR. HİLAL KOÇDOR) Tez konusu: Dosetaksel,

glutamin ve selenyum kombinasyonunun prostat kanseri hücre hatlarında kemoprevantif

etkinliğinin araştırılması / Investigation of the chemopreventive effects of docetaxel,

glutamine and selenium combination on prostate cancer cell lines. Bu çalışmada kullanılan

sarf malzemelerinin bir bölümü Tıbbi Bilimsel Aktiviteleri Destekleme Derneği tarafından

karşılanmıştır.

YL Öğrencisi NİDA DEMİRÇAK (Danışman: DOÇ. DR. PINAR AKAN) Tez konusu: PC12 nöronal

hücre hattında amiloid beta ile oluşturulan Alzheimer modelinde saponinlerin oksidatif

makromolekül hasarı üzerine etkisinin incelenmesi / The effects of saponins on oxidative

macromolecule damage in Alzheimer model generated by amyloid beta-induced PC12

neuronal cell line. Bu araştırma DEÜ Bilimsel Araştırma Projeleri Şube Müdürlüğü tarafından

BAP 2010.KB.SAG.039 ile desteklenmiştir.

YL Öğrencisi DUYGU HARMANCI (Danışman: PROF. DR. GÜL GÜNER AKDOĞAN)Tez konusu:

Selenyumun insan glioblastoma multiforme hücre hatlarında in vitroetkilerinin araştırılması /

In vitro effects of selenium on human glioblastoma multiforme cell line. Bu araştırma BAP

tarafından 2011.KB.SAG.024 proje numarasıyla desteklenmiştir.

YL Öğrencisi PINAR DAŞIYICI (Danışman: DOÇ. DR. HİLAL KOÇDOR) Tez konusu: Selektif RXR

ligandı Beksaroten'in Tiroid kanser hücre hatları üzerine etkinliğinin incelenmesi /

İnvestigation on the effects of selective RXR ligand Bexarotene on Thyroid cancer cell lines Bu

araştırma Tıbbi Bilimsel Aktiviteleri Destekleme Derneği tarafından desteklenmiştir.

YL Öğrencisi MURAT SİPAHİ (Danışman: PROF. DR. GÜLGÜN OKTAY) Tez konusu:

Indiferansiye insan anaplastik tiroit karsinoma hücre hattında kalsitriolün NDRG2 (N-Myc

downstream regulated gene-2) ve NIS (sodyum iyot simporter) gen ekspresyonları üzerindeki

olası etkisi / The possible effect of calcitriol on NDRG2 (N-Myc downstream regulated gene-2)

and NIS (sodium-iodide symporter) gene expressions in undifferantiated human anaplastic

thyroid cancer cell line. Bu araştırma DEÜ Bilimsel Araştırma Projeleri Şube Müdürlüğü BAP

tarafından 2012.KB.SAG.053 sayı ile desteklenmiştir.

YL Öğrencisi REZA SALİMİ (Danışman: Y. DOÇ. NİLGÜN YENER)Tez konusu: Yeni sentezlenen

fluoresans probların fibroblast hücrelerde oluşturulan OH radikallerinin belirtiminde

kullanılması ve değerlendirilmesi / Use and evaluation of OH radicals generated ith the ne

synthesized fluorescent probes in fibroblast cells. Bu araştırma Dokuz Eylül Üniversitesi,

Bilimsel Araştırma Projeleri Şube Müdürlüğü BAP tarafından DEU 2011-KB-SAG-065 proje

numarasıyla desteklenmiştir.

YL Öğrencisi FERNUR ÇAPA (Danışman: PROF. DR. NURULLAH AKKOÇ;DOÇ. DR. ZEYNEP

SERCAN) Tez konusu: Türk Ankilozan Spondilitli hastalar için olası genetik faktörlerin ve

19

rollerinin saptanması amacıyla biyolojik örnek havuzu oluşturulması / Forming a biological

sample pool with the aim of determining potential genetic factors and roles for the Turkish

patients with Ankylosing Spondylitis. Bu araştırma DEÜ Bilimsel Araştırma Şube Müdürlüğü

BAP tarafından 2010.KB.SAG.035 sayı ile desteklenmiştir.

YL Öğrencisi EREN ŞAHİN (Danışman: DOÇ. DR. ŞERİFE ESRA ERDAL) Tez konusu:

Hepatoselular karsinoma'da EpCAM sinyalizasyonunun rolü / The role of EpCAM signalling in

hepatocellular carcinoma. Bu araştırma Dokuz Eylül Üniversitesi, Bilimsel Araştırma Projeleri

Şube Müdürlüğü BAP tarafından DEU 2012-KB-SAG-069 sayı ile desteklenmiştir.

YL Öğrencisi MAHAFARIN MARALANI (Danışman: PROF. DR. AYFER ÜLGENALP) Tez konusu:

GLP-1 reseptör polimorfizmlerinin obeziteye olan etkilerinin araştırılması / Investigation of

GLP-1 receptor polymorphisms effects on obesity Bu araştırma Dokuz Eylül Üniversitesi

Bilimsel Araştırma Projeleri BAP kapsamında DEÜ 2013.KB.SAG.241 no ile desteklenmiştir.

YL Öğrencisi YAŞAR AYSUN MANİSALIGİL (Danışman: PROF. DR. MUKADDES GÜMÜŞTEKİN

GÜNELİ) Tez konusu: Radyokontrast madde enjeksiyonu sonrası gelişen nefropatilerde

apoptoz ve rac1 ekspresyonunun değerlendirilmesi / Evaluation of apoptosis and rac1

expression in nephropathy after injection of radiocontrast media. Bu araştırma DEÜ Bilimsel

Araştırma Projeleri Şube Müdürlüğü BAP tarafından 2013.KB.SAG.029 sayı ile

desteklenmiştir.

YL Öğrencisi CEMRE URAL (Danışman: YRD. DOÇ. DR. ZAHİDE ÇAVDAR) Tez konusu: Renal

iskemi-reperfüzyon modelinde taurinin ekstrasellüler matriks bütünlüğü üzerine olası

koruyucu etkisinin ve ilişkili sinyal yolaklarının tanımlanması / The investigation of possible

protective effect of taurine on extracellular matrix and related signaling pathway in renal

ischemia/reperfusion model Bu araştırma DEÜ Bilimsel Araştırma Projeleri Şube Müdürlüğü

BAP tarafından 2013.KB.SAG.076 sayı ile desteklenmiştir.

YL Öğrencisi GÜNEŞ ÖZEN (Danışman: PROF. DR. AYŞE SEMRA KOÇTÜRK) Tez konusu:

Resveratrol ve Sirtuin1'in p53(+/+) ve p53(-/-) kolon kanser hücreleri üzerindeki etkilerinin

incelenmesi / The investigation of the effects of resveratrol and Sirtuin1 on p53(+/+) and

p53(-/-) colon carcinoma cells. Bu araştırma DEÜ Bilimsel Araştırma Projeleri Şube Müdürlüğü

BAP tarafından 2013.KB.SAG.43 sayı ile desteklenmiştir.

YL Öğrencisi Recep Turan (Danışman Prof. Dr. Hüray İşlekel) Tez konusu: Obez adölesanlarda

B12 vitamin eksikliği fonksiyonel biyobelirteçleri, plazma metilmalonik asit ve homosistein

düzeylerinin incelenmesi Bu araştırma münferit Projelerden alınan malzemelerle

tamamlanmıştır.

20

Öğretim Üyesi

H-indeksi

Prof.Dr. Hüray İşlekel

16

Prof.Dr. Oğuz Altungöz

11

Prof.Dr. Nur Arslan

17

Prof.Dr. Merih Birlik

23

Prof.Dr. Mukaddes Gümüştekin

7

Prof.Dr. Hilal Koçdor

6

Prof.Dr. Erdener Özer

32

Prof.Dr. Ayfer Ülgenalp

5

Doç.Dr. Barış Akıncı

17

Doç.Dr. Zahide Çavdar

8

Doç.Dr. Yasemin Soysal

9

Dr. Öğr. Üyesi Mehtap Yüksel Eğrilmez

5

Dr. Öğr. Üyesi Harun M. Said

17

Dr. Öğr. Üyesi Gamze Tuna

5

Dr. Öğr. Üyesi Özlenen Şimşek Papur

3

21

PROGRAMA KAYITLI ÖĞRENCİLERİMİZ

DOKTORA

YÜKSEK LİSANS

Duygu HARMANCI KARAGÜLLE Recep TURAN Cemre URAL Hüsniye ŞAHİN Duygu ÜNÜVAR PURCU Serap ÇELEBİ Esra ATAMAN Burak KARABEY Fatma Demet ARSLAN Yağmur YAVAŞ Hakan CENGİZ Merve SOĞANCI Mehmet Ali KOÇDOR Serhat ÇAĞIRAL Nesin APAYDİN Buse AYTOP Güner Gamze BEYOĞLU Mehmet ÖZGÜNTAÇ Duygu ONUR CURA Ece YAPAR Aysan AFAGH Ömercan HASANKÖYLÜ Semir KÖSE Derya MURAT ÖZGÜN Tarık SALMAN Defne ÖZTÜRK Aylin ÇALLI

Muammer YÜCEL

Güray AKTÜRK

YÖK 100/2000 BURSU İLE DEVAM EDEN DOKTORA/BÜTÜNLEŞİK DOKTORA ÖĞRENCİLERİ

Nazlı Ecem DAL

Naz KANIT MAT

Ufkay KARABAY

Belma NALBANT

Ezgi Nur SARI (Bütünleşik Doktora)

Berzan EKMEN

Toplam 19 Doktora, 1 Bütünleşik Doktora, 13 Yüksek Lisans öğrencimiz bulunmaktadır.

DEÜ Sağlık Bilimleri Enstitüsünde görevli iki araştırma görevlisi Moleküler Tıp AD.’da görevlidir.

Ar.Gör. Duygu Harmancı

Ar.Gör. Cemre Ural

22

MEZUNLARIMIZ

Doktora (5)

Yüksek Lisans (17)

ROGHAİYEH SAFARİ (2013) FIRAT SOYARAT (2012)

YASEMİN SAYGIDEĞER (2015) NİDA DEMİRÇAK (2012)

FERİHA TOKSÖZ (2015) ŞENİZ İNANÇ (2012)

REZA SALİMİ (2018) DUYGU HARMANCI (2013)

AYŞE KOÇAK (2018) FERNUR ÇAPA (2013)

REZA SALİMİ (2013)

PINAR KEMANLI (2013)

MURAT SİPAHİ (2013)

MAHAFARIN MARALANI (2014)

EREN ŞAHİN (2014)

CEMRE URAL (2014)

AYSUN MANİSALIGİL (2015)

GÜNEŞ ÖZEN (2015)

GÜLER GÜL (2016)

ZELİHA CEYLAN (2017)

BURCU AÇIKGÖZ (2018)

NİNA GHANİTABE (2018)