Embed Size (px)
Citation preview
Farmakogenetska načela liječenja i preporuke zanjihovu primjenu u kliničkoj praksi
Komljenović, Sven
Master's thesis / Diplomski rad
2017
Degree Grantor / Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: University of Zagreb, Faculty of Pharmacy and Biochemistry / Sveučilište u Zagrebu, Farmaceutsko-biokemijski fakultet
Permanent link / Trajna poveznica: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:163:500729
Rights / Prava: In copyright
Download date / Datum preuzimanja: 2021-11-15
Repository / Repozitorij:
Repository of Faculty of Pharmacy and Biochemistry University of Zagreb
Sven Komljenović
Farmakogenetska načela liječenja i preporuke za
njihovu primjenu u kliničkoj praksi
DIPLOMSKI RAD
Predan Sveuĉilištu u Zagrebu Farmaceutsko-biokemijskom fakultetu
Zagreb, 2017.
Ovaj diplomski rad je prijavljen na kolegiju Specijalna podruĉja kliniĉke biokemije na
Zavodu za medicinsku biokemiju i hematologiju Farmaceutsko-biokemijskog fakulteta
Sveuĉilišta u Zagrebu, a izraĊen je na Kliniĉkom zavodu za kemiju KBC Sestre
milosrdnice u Zagrebu pod struĉnim vodstvom nasl.doc.dr.sc. Maria Štefanovića
Zahvala
Zahvaljujem na ukazanom povjerenju pri odabiru i izradi diplomskog rada koje mi je
pruţio mentor nasl.doc.dr.sc. Mario Štefanović.
Veliko hvala mojoj mami, koja je bila tu za mene tokom cijelog ţivotnog puta, bratu i
ostatku o obitelji, prijateljima te osobama koje su me motivirale da ciljam na više.
Temeljna dokumentacijska kartica
Sveuĉilište u Zagrebu
Farmaceutsko-biokemijski fakultet
Studij: Medicinska biokemija
Zavod za medicinsku biokemiju i hematologiju
Domagojeva 2, 10000 Zagreb, Hrvatska
Diplomski rad
Farmakogenetski načela liječenja i
preporuke za njihovu primjenu u kliničkoj praksi
Sven Komljenović
SAŢETAK
Farmakogenetika je disciplina koja prouĉava interindividualne razlike u slijedu DNA, a koje dovode do varijabilnog
odgovora na terapiju lijekovima. Krajnji cilj farmakogenetike jest uspostava lijeĉenja na principima tzv.
personalizirane medicine, u kojoj se svakoj osobi, odnosno bolesniku, pristupa kao pojedincu. Naĉin na koji se to
postiţe je da mu se metodama molekularne dijagnostike odredi farmakogenetski status i tako pruţi mogućnost
prilagodbe lijeĉenja po njegovoj mjeri.
Cilj ovog rada je sustavno prikazati aţurne informacije i smjernice farmakogenetskih principa lijeĉenja, pribliţiti ih i
uĉiniti dostupnima kliniĉarima i drugim korisnicima, te tako potaknuti širu upotrebu farmakogenetike u kliniĉkoj
praksi.
Poseban naglasak je stavljen na kliniĉku interpretaciju smjernica na kojima se temelji odabir i doziranje lijekova s
varijabilnim uĉinkom i nuspojavama, a koje ovise o rezultatu farmakogenetskog testiranja.
Osim sustavnog prikaza smjernica iz relevantnih izvora koje su danas dostupne i primjenjive te prikaza potencijala
farmakogenetike i farmakogenomike u fazama razvoja lijeka, naĉinjen je i kritiĉki osvrt farmakogenetskih naĉela s
obzirom na ograniĉenja koja oteţavaju njihovo uvoĊenje u kliniĉku praksu. MeĊu tim ograniĉenjima su cijena
molekularnih testova, njihova relativna nedostupnost te sloţenost interpretacija rezultata.
Ovaj je rad osnova za u skoroj budućnosti planiranu izradu web stranice – priruĉnika na hrvatskom jeziku, koja bi
kliniĉarima i drugim zainteresiranim korisnicima omogućila jednostavniji pristup informacijama o farmakogenetskim
naĉelima lijeĉenja te dostupnosti pojedinih pretraga.
U zakljuĉku, farmakogenetika i farmakogenomika pruţaju velike mogućnosti za poboljšanje kvalitete zdravstvene
skrbi za svakog bolesnika. MeĊutim, one imaju smisla dok su ekonomski isplative, tj. odreĊivanje terapeutskog profila
ne prelazi financijska sredstva koja bi bila utrošena korištenjem konvencionalnih terapeutskih postupaka.
Rad je pohranjen u Središnjoj knjiţnici Sveuĉilišta u Zagrebu Farmaceutsko-biokemijskog fakulteta.
Rad sadrţi: 75 stranica, 5 grafiĉkih prikaza, 4 tablica i 121 literaturni navod. Izvornik je na hrvatskom jeziku.
Kljuĉne rijeĉi: farmakogenetika, farmakogenomika, genotip, farmakogenetsko testiranje, smjernice, lijekovi,
polimorfizmi, personalizirana medicina
Mentor: Dr. sc. Mario Štefanović, naslovni docent Farmaceutsko-biokemijskog fakulteta Sveučilišta u
Zagrebu
Ocjenjivaĉi: Dr. sc. Mario Štefanović, naslovni docent Farmaceutsko-biokemijskog fakulteta Sveučilišta u
Zagrebu
Dr. sc. Jerka Dumić, redoviti profesor Sveučilišta u Zagrebu Farmaceutsko-biokemijskog
fakulteta
Dr. sc. Lidija Bach Rojecky, izvanredni profesor Sveučilišta u Zagrebu Farmaceutsko-
biokemijskog fakulteta
Rad prihvaćen: srpanj 2017.
Basic documentation card
University of Zagreb
Faculty of Pharmacy and Biochemistry
Study: Medicinal biochemistry
Department of medicinal biochemistry and hematology
Domagojeva 2, 10000 Zagreb, Croatia
Diploma thesis
Pharmacogenetic principles of treatment and
recommendations for their application in clinical practice
Sven Komljenović
SUMMARY
Pharmacogenetics is a discipline that studies interindividual differences in DNA which cause a variable drug therapy
response. The ultimate goal of pharmacogenetics is the establishment of treatment on the principles of so-called
Personalized medicine, in which every person or patient is managed as an individual. The way in which it is achieved -
is to determine its pharmacogenetic status by molecular diagnostic methods and thus provide the possibility of
adjusting the treatment to each patient’s needs.
The aim of this paper is to systematically present pharmacogenetic principles up-to-date information and treatment
recommendations, to make them available to clinicians and other users, thus promoting the use of pharmacogenetics in
clinical practice.
Particular emphasis has been put on the clinical interpretation of the guidelines which are the basis of drug choice and
dosage, with variable outcomes and side effects that depend on the pharmacogenetic testing result.
In addition to a systematic overview of the relevant sources available and applicable today, as well as the
pharmacogenetics and pharmacogenomic potential in drug development phases, a critical review of the
pharmacogenetic principles has been made, with regard to the constraints that make them difficult to be introduced
into clinical practice. Among these limitations are the price of molecular tests, their relative inaccessibility, and the
complexity of the interpretation of results.
This work is the basis for the construction of a Croatian language website - manual in the near future, which would
provide easier access to information on pharmacogenetic treatment principles and specific tests availability to
clinicians and other interested users.
In conclusion, pharmacogenetics and pharmacogenomics provide great opportunities to improve the quality of health
care for each patient. However, they make sense while being economically viable, i.e. determining a therapeutic
profile does not exceed the financial resources that would be spent using conventional therapeutic procedures.
The thesis is deposited in the Central Library of the University of Zagreb Faculty of Pharmacy and Biochemistry.
Thesis includes: 75 pages, 5 figures, 4 tables and 121 references. Original is in Croatian language.
Keywords: pharmacogenetics, pharmacogenomics, genotype, pharmacogenetic testing, guidelines, drugs,
polymorphisms, personalized medicine
Mentor: Mario Štefanović, Ph.D. Assistant Professor, University of Zagreb Faculty of Pharmacy and
Biochemistry
Reviewers: Mario Štefanović, Ph.D. Assistant Professor, University of Zagreb Faculty of Pharmacy and
Biochemistry
Jerka Dumić, Ph.D. Full Professor, University of Zagreb Faculty of Pharmacy and Biochemistry
Lidija Bach Rojecky, Ph.D. Associate Professor, University of Zagreb Faculty of Pharmacy and
Biochemistry
The thesis was accepted: July 2017.
SADRŢAJ:
1 UVOD .................................................................................................................................... 1
1.1 POVIJESNA STANOVIŠTA FARMAKOGENETIKE ............................................................................................... 1 1.2 PERSONALIZIRANA MEDICINA I INDIVIDUALIZIRANA TERAPIJA ..................................................................... 2
1.2.1 Problematika vezana za regulativu u testiranja gena .............................................................................. 4 1.3 GENOM ĈOVJEKA .......................................................................................................................................... 4
1.3.1 Promjene u ljudskom genomu ................................................................................................................ 5 1.3.1.1 Mutacije .............................................................................................................................................................5
Polimorfizam jednog nukleotida .....................................................................................................................5 Neravnoteţa vezanosti gena, eng. Linkage Disequilibrium .............................................................................6
1.3.1.2 Haplotipovi.........................................................................................................................................................6 1.3.1.3 Etniĉke skupine i alelne varijante .......................................................................................................................6
1.3.2 Epigenetika ............................................................................................................................................. 7 1.3.2.1 DNA metilacija ..................................................................................................................................................7 1.3.2.2 Modifikacije histona ...........................................................................................................................................8
Koordinacija epigenetskog sustava kod utišavanja ekspresije.........................................................................8 1.3.2.3 Epigenetika i bolesti ...........................................................................................................................................8 1.3.2.4 Farmakoepigenetika ...........................................................................................................................................9 1.3.2.5 Epigenetsko lijeĉenje .........................................................................................................................................9
1.3.3 Geni kandidati ........................................................................................................................................ 9 1.3.4 Cjelogenomski test asocijacije ................................................................................................................ 9
1.4 PODRUĈJA INTERESA FARMAKOGENETIKE .................................................................................................. 10 1.4.1 Enzimi metabolizma lijekova ............................................................................................................... 10
1.4.1.1 Reakcije prve faze ............................................................................................................................................11 Citokromi ......................................................................................................................................................11
1.4.1.2 Reakcije druge faze ..........................................................................................................................................14 1.4.1.3 Enzimska indukcija ..........................................................................................................................................14 1.4.1.4 Enzimska inhibicija ..........................................................................................................................................14
1.4.2 Receptori .............................................................................................................................................. 14 1.4.2.1 Nuklearni receptori ...........................................................................................................................................15
Mineralokortikoidni receptor ........................................................................................................................15 Estrogen i estrogenski receptori ....................................................................................................................16
1.4.2.2 Površinski receptori ..........................................................................................................................................16 β2-adrenergiĉki receptor ................................................................................................................................16 C-C kemokinski receptor tip 5 ......................................................................................................................17
1.4.3 Transporteri .......................................................................................................................................... 17 1.4.3.1 Transporteri lijekova ........................................................................................................................................17
P-glikoprotein ...............................................................................................................................................17 1.4.4 Transporteri neurotransmitora .............................................................................................................. 18
1.5 ISTRAŢIVANJE I RAZVOJ LIJEKA ................................................................................................................... 19 1.5.1 Istraţivanje lijeka.................................................................................................................................. 19 1.5.2 Faze razvoja lijekova ............................................................................................................................ 19
1.5.2.1 Pretkliniĉka istraţivanja ...................................................................................................................................19 1.5.2.2 Kliniĉka istraţivanja .........................................................................................................................................19
1.6 OSTALE TEME OD ZNAĈAJA ZA FARMAKOGENOMIKU .................................................................................. 20 1.6.1 Molekularna dijagnostika ..................................................................................................................... 20
1.6.1.1 Metode .............................................................................................................................................................20 1.6.1.2 Izraţavanje rezultata .........................................................................................................................................21
1.6.2 Metabolomika i metabonomika ............................................................................................................ 24 1.6.3 Proteomika ............................................................................................................................................ 24 1.6.4 Bioinformatika ...................................................................................................................................... 24 1.6.5 Baze podataka ....................................................................................................................................... 25
1.6.5.1 National Center for Biotechnology Information (NCBI) ..................................................................................25 1.6.5.2 International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) .............................................................25 1.6.5.3 Uniprot .............................................................................................................................................................25 1.6.5.4 Pubmed ............................................................................................................................................................26 1.6.5.5 Baze podataka koje sadrţe informacije o farmakogenetski relevantnim alelima..............................................26
The Human Cytochrome P450 (CYP) Allele Nomenclature Database .........................................................26 GeneCards .....................................................................................................................................................26
SNPedia ........................................................................................................................................................26 My Cancer Genome ......................................................................................................................................26 PharmGKB ....................................................................................................................................................27
2 OBRAZLOŢENJE TEME ................................................................................................ 29
3 MATERIJALI I METODE............................................................................................... 30
4 REZULTATI ...................................................................................................................... 31
4.1 TABLICA LIJEKOVA I FARMAKOGENETSKIH POLIMORFIZAMA ZA KOJE JE KLINIĈKI UĈINAK ZNAĈAJAN ...... 31
5 RASPRAVA ....................................................................................................................... 50
5.1 PREPORUKE ZA KORIŠTENJE FARMAKOGENETSKIH NAĈELA ........................................................................ 50 Preporuke za optimizaciju terapije lijekovima koji se metaboliziraju putem CYP2C9 i VKORC1 ..............50 Preporuke za optimizaciju terapije lijekovima koji se metaboliziraju putem CYP2C19 ...............................52 Preporuke za optimizaciju terapije lijekovima koji se metaboliziraju putem CYP2D6.................................53 Preporuke za optimizaciju terapije tricikliĉkim antidepresivima koji se metaboliziraju putem CYP2C19
i CYP2D6: amitriptilin, doksepin, imipramin, klomipramin i trimipramin ...................................................56 Preporuke za optimizaciju terapije irinotekanom zasnovano na genotipu UGT1A1 .....................................56 Preporuke za optimizaciju terapije azatioprinom zasnovano na genotipu TPMT ........................................57 Probir na faktor V Leiden mutaciju pri uvoĊenju oralnih kontraceptiva baziranih na estrogenu ..................57 Preporuke za optimizaciju terapije derivatima 5-fluoruracila: kapecitabin, tegafur i 5-FU, koji se
metaboliziraju putem DPYD ........................................................................................................................57 Preporuke za optimizaciju terapije takrolimusom zasnovano na genotipu CYP3A5 ...................................58 Preporuke za optimizaciju terapije simvastatinom zasnovano na genotipu SLCO1B1 .................................58 Preporuke za optimizaciju terapije antidepresivima i antipsihoticima zasnovano na genotipu SLC6A4 .....59 Procjena uĉinka kombinirane terapija peginterferonom i ribavirinom bazirano na genotipu IFNL3 ...........59 Probir na pojedine haplotipove HLA-B ........................................................................................................59 Preporuke za optimizaciju terapije razburikazom zasnovano na genotipu G6PD .........................................60
5.2 BIOMARKERI ĈIJA JE DETEKCIJA KLJUĈNA PRI ODLUCI O UVOĐENJU ILI ISKLJUĈIVANJU LIJEKA ZA
ODREĐENA PATOLOŠKA STANJA .......................................................................................................................... 61 Probir na c-KIT mutaciju pri odluci o uvoĊenju imatiniba ..........................................................................61 Probir na CFTR mutaciju pri odluci o uvoĊenju ivakaftora .........................................................................61 Probir na Bcr-ABL1 translokaciju pri odluci o uvoĊenju busulfana .............................................................61
5.3 POTENCIJAL, PROBLEMI I BUDUĆNOST FARMAKOGENETIKE ........................................................................ 61 5.4 KRITIĈKI OSVRT NA POTENCIJALNU PRIMJENU FARMAKOGENETSKIH NAĈELA I NJIHOVA UVOĐENJA U
KLINIĈKU PRAKSU ............................................................................................................................................... 63
6 ZAKLJUČCI ...................................................................................................................... 65
7 INDEKS PRIKAZANIH LIJEKOVA I GENA .............................................................. 66
8 LITERATURA ................................................................................................................... 67
9 SAŢETAK .......................................................................................................................... 74
10 SUMMARY ........................................................................................................................ 75
74
9 SAŢETAK
Farmakogenetika je disciplina koja prouĉava interindividualne razlike u slijedu DNA, a
koje dovode do varijabilnog odgovora na terapiju lijekovima. Krajnji cilj farmakogenetike
jest uspostava lijeĉenja na principima tzv. personalizirane medicine, u kojoj se svakoj
osobi, odnosno bolesniku, pristupa kao pojedincu. Naĉin na koji se to postiţe je da mu se
metodama molekularne dijagnostike odredi farmakogenetski status i tako pruţi mogućnost
prilagodbe lijeĉenja po njegovoj mjeri.
Cilj ovog rada je sustavno prikazati aţurne informacije i smjernice farmakogenetskih
principa lijeĉenja, pribliţiti ih i uĉiniti dostupnima kliniĉarima i drugim korisnicima, te
tako potaknuti širu upotrebu farmakogenetike u kliniĉkoj praksi.
Poseban naglasak je stavljen na kliniĉku interpretaciju smjernica na kojima se temelji
odabir i doziranje lijekova s varijabilnim uĉinkom i nuspojavama, a koje ovise o rezultatu
farmakogenetskog testiranja.
Osim sustavnog prikaza smjernica iz relevantnih izvora koje su danas dostupne i
primjenjive te prikaza potencijala farmakogenetike i farmakogenomike u fazama razvoja
lijeka, naĉinjen je i kritiĉki osvrt farmakogenetskih naĉela s obzirom na ograniĉenja koja
oteţavaju njihovo uvoĊenje u kliniĉku praksu. MeĊu tim ograniĉenjima su cijena
molekularnih testova, njihova relativna nedostupnost te sloţenost interpretacija rezultata.
Ovaj je rad osnova za u skoroj budućnosti planiranu izradu web stranice – priruĉnika na
hrvatskom jeziku, koja bi kliniĉarima i drugim zainteresiranim korisnicima omogućila
jednostavniji pristup informacijama o farmakogenetskim naĉelima lijeĉenja te dostupnosti
pojedinih pretraga.
U zakljuĉku, farmakogenetika i farmakogenomika pruţaju velike mogućnosti za
poboljšanje kvalitete zdravstvene skrbi za svakog bolesnika. MeĊutim, one imaju smisla
dok su ekonomski isplative, tj. odreĊivanje terapeutskog profila ne prelazi financijska
sredstva koja bi bila utrošena korištenjem konvencionalnih terapeutskih postupaka.
75
10 SUMMARY
Pharmacogenetics is a discipline that studies interindividual differences in DNA which
cause a variable drug therapy response. The ultimate goal of pharmacogenetics is the
establishment of treatment on the principles of so-called Personalized medicine, in which
every person or patient is managed as an individual. The way in which it is achieved - is to
determine its pharmacogenetic status by molecular diagnostic methods and thus provide
the possibility of adjusting the treatment to each patient’s needs.
The aim of this paper is to systematically present pharmacogenetic principles up-to-date
information and treatment recommendations, to make them available to clinicians and
other users, thus promoting the use of pharmacogenetics in clinical practice.
Particular emphasis has been put on the clinical interpretation of the guidelines which are
the basis of drug choice and dosage, with variable outcomes and side effects that depend
on the pharmacogenetic testing result.
In addition to a systematic overview of the relevant sources available and applicable today,
as well as the pharmacogenetics and pharmacogenomic potential in drug development
phases, a critical review of the pharmacogenetic principles has been made, with regard to
the constraints that make them difficult to be introduced into clinical practice. Among
these limitations are the price of molecular tests, their relative inaccessibility, and the
complexity of the interpretation of results.
This work is the basis for the construction of a Croatian language website - manual in the
near future, which would provide easier access to information on pharmacogenetic
treatment principles and specific tests availability to clinicians and other interested users.
In conclusion, pharmacogenetics and pharmacogenomics provide great opportunities to
improve the quality of health care for each patient. However, they make sense while being
economically viable, i.e. determining a therapeutic profile does not exceed the financial
resources that would be spent using conventional therapeutic procedures.
1
1 UVOD
1.1 Povijesna stanovišta farmakogenetike
Farmakogenetika je znanstvena disciplina koja se bavi utjecajem nasljeĊa na varijabilnost
u odgovoru na terapiju lijekovima.1 Ta se disciplina afirmirala devedesetih godina prošlog
stoljeća kao kombinacija farmakologije i genetike. Sam utjecaj genetike na uĉinak lijeka
prepoznat je još u prvoj polovici 20. stoljeća u knjizi „Inborn Factors― (Garrod, 1931) te u
ĉlanku „Disease and Evolution― (Haldane, 1949). Vogel 1959. godine uvodi pojam
'farmakogenetika'.2
Zbog razvoja velikog broja novih analitiĉkih metoda molekularne biologije,
farmakogenetika je poĉela ubrzano napredovati devedesetih godina prošlog stoljeća.
Utjecaj gena se moţe oĉitovati u razliĉitom metabolizmu lijeka, promjeni ciljne molekule
na koju lijek djeluje, promjeni receptora i transportera za lijek. Promjena bilo kojeg
navedenog koraka moţe dovesti do neprimjerenog uĉinka lijeka. Npr. promjena u
metabolizmu moţe biti uzrokovana genskom promjenom strukture enzima, oštećenom
transkripcijom ili translacijom, izostankom induktora ili regulatora, promjenom u
promotorskoj regiji, ili nemogućnošću lijeka da doĊe do enzima zbog ĉvrstog vezanja na
transporter ili manjka transportera. Utjecaj gena je kompleksan, a osobito u poligenskom
nasljeĊivanju gdje je teško procijeniti koliki je udio utjecaja genskih, a koliko vanjskih
ĉimbenika.
S razvojem sve kompleksnijih metoda i mogućnošću analize cijelog genoma, razvilo se i
podruĉje farmakogenomike. Farmakogenomika je disciplina koja prouĉava genom i
opisuje višestruke varijacije, interakcije i funkcije više razliĉitih gena na farmakodinamiku
i farmakokinetiku lijeka.3 Glavne stavke kojima se predviĊa razdvajanje farmakogenetike i
farmakogenomike su:
Korištenje genomskih metoda kojima bi se u budućnosti trebalo unaprijediti
genotipizaciju, dok bi se fenotipizacija kao starija metoda procjene uĉinkovitosti
lijeka mogla koristiti rjeĊe, ali će i dalje ostati vaţna u procjeni medicinskog
znaĉaja genske varijacije.
Za razliku od farmakogenetike koja se prvenstveno bavi strukturnim varijacijama
gena zbog polimorfizama i mutacija, farmakogenomika se bavi i utjecajem genske
ekspresije na uĉinak lijekova.
2
Korištenjem genomskih metoda moguće je otkriti nove ciljne molekule za lijekove,
osobito za ĉeste bolesti poput hipertenzije, astme ili shizofrenije.
1.2 Personalizirana medicina i individualizirana terapija
Personalizirana medicina se temelji na pronalaţenju rješenja zdravstvenih problema
korištenjem molekularne dijagnostike koja pruţa mogućnost prilagoĊavanja dijagnostike i
lijeĉenja svakom pojedinom bolesniku, tj. zdravstvenu skrb prema osobnoj potrebi
bolesnika.4 U podlozi ovog koncepta nalaze se razlike u ljudskom genomu te utjecaj
vanjskih ĉimbenika. Personalizirana medicina i individualizirana terapija već su nekoliko
desetljeća središnje podruĉje interesa kliniĉke farmakologije i medicine.
U praksi su bitne dvije kljuĉne stavke koje su vezane za prilagoĊenu terapiju: izbor i doza
lijeka. MeĊutim, pristup lijeĉenju je puno sloţeniji zbog molekularne heterogenosti u
bolestima, razlikama u djelovanja lijeka izmeĊu populacija, itd.5 Zbog toga nam je
potreban cijeli set dijagnostiĉkih pretraga na molekularnoj razini.
Štetne reakcije lijeka [eng. Adverse Drug Reaction (ADR)] predstavljaju vodeće uzroke
smrtnosti unatoĉ korištenja kliniĉki propisanih doza zbog ĉega je ovo jedan od glavnih
zadataka personalizirane medicine.6 Npr. veliki dio ĉesto primjenjivanih lijekova
metabolizira se s jednim ili više enzima, koji mogu imati manjkave alelea.
Farmakogenomskom analizom mogle bi se izbjeći nepotrebne štetne reakcije lijeka te
dodatni troškovi lijeĉenja.
Preventivna terapija još je jedan od ciljeva farmakogenomike, a samim time i
personalizirane medicine. OdreĊivanjem farmakogenomskog profila, bolesniku bi se
mogao odrediti dugoroĉni ishod te omjer koristi i rizika terapije. Zbog toga je potrebno
educirati i bolesnike kako bi oni pravilno primjenjivali terapiju usklaĊenu s
farmakogenetskim naĉelima.
Kako bismo personaliziranu medicinu ostvarili i u klinici, potrebna su daljnja istraţivanja
prospektivnih farmakogenomskih studija u razvoju te validaciji pojedinih biomarkera.
Farmakogenomika moţe imati i osobiti doprinos u razvoju nekih uobiĉajenih lijekova
osmišljenih za male skupine ljudi kod kojih je primijećena izraţena toksiĉnost.
a Varijanta odreĊenog gena koji se nalazi na genskom lokusu (mjestu unutar kromosoma).
3
Dijagnostiĉka osjetljivosta testova za procjenu uĉinka lijeka koji potencijalno moţe biti
izrazito toksiĉan, mora biti vrlo visoka jer je taj test ponekad jedina informacija koja nam
moţe reći hoće li lijek biti terapijski prihvatljiv.
S druge strane, veliki izazovi za farmakogenomiku, a samim time i personaliziranu
medicinu su:
a) OdreĊivanje utjecaja gen-okoliš u ostvarenju odreĊenog fenotipa.
b) Suradnja bolesnika i lijeĉnika. Prema jednoj provedenoj studiji, 50% ljudi bi se
podvrgnulo genetskom testiranju kako bi im se odredilo koji je lijek najbolji za njih. U
SAD-u oko 80% lijeĉnika i osoba koje su se podvrgnule genetskom testiranju smatra
da genetsko testiranje ima pozitivan utjecaj na personaliziranu medicinu.7
c) Cijena, tj. isplativost genetskih analiza. Lijekovi koji su nastali primjenom
genetskih testiranja imaju visoke cijene kako bi se vratila ulaganja tih istraţivanja. U
drţavama u kojima je zdravstvo javno financirano, genetsko testiranje moţe biti veliki
financijski teret. S druge strane, optimiziranje terapije ipak moţe dovesti do smanjenja
ukupnih troškova zdravstva. Tako npr. psihijatrijski bolesnici s oštećenim enzimom
metabolizma lijekova CYP2D6, uzrokuju povećanje troškova lijeĉenja za oko 5.000$
kada koriste lijekove koji se metaboliziraju tim enzimom.8 Veenestra je predloţio 5
pravila koja bi omogućila povećanje financijske isplativosti farmakogenomskih
testova:9
1) dokazati kako će kliniĉke i ekonomske posljedice biti izbjegnute
korištenjem testova
2) dokazati da trenutne metode praćenja djelovanja lijeka nisu primjerene
3) dokazati nedvosmislenu povezanost izmeĊu genotipa i (kliniĉkog) fenotipa
4) omogućiti dostupnost brzog i relativno jeftinog testa
5) dokazati da je u pitanju relativno ĉesta genetiĉka varijacija koja se ţeli
testirati
Od 2010. godine nadalje, većina provedenih studija potvrdila je ekonomsku korist
farmakogenetskih i farmakogenomskih testiranja.10
a Dijagnostiĉka osjetljivost testa je sposobnost testa da kod bolesnika potvrdi ispitivano stanje. Jednaka je
omjeru broja pozitivnih bolesnika otkrivenih testom i stvarnom broju bolesnika.
4
1.2.1 Problematika vezana za regulativu u testiranja gena
DNA uzorci i osobne genetiĉke informacije tema su brojnih društvenih, zakonskih i etiĉkih
rasprava. Genetiĉka informacija osobe potencijalno moţe biti zlouporabljena. Osoba koja
daje uzorak oĉekuje privatnost te da će informacija biti iskorištena samo za ono za što je
namijenjena. Ako nasuprot tome stoji pretjerana regulacija - ona ograniĉava mogućnost
novih otkrića na podruĉju genetike. Zbog toga su u genetskim istraţivanjima osmišljena
ĉetiri glavna podruĉja razmatranja:11
1) Informiranost – pitanje prihvaćanja uvjeta i povjerljivosti podataka.
2) Resursi – usvajanjem farmakogenomskih naĉela predviĊa se pad cijene razvoja
lijekova, ali moguć je i njen porast ukoliko genetska testiranja u fazama razvoja i
dizajniranja lijeka postanu obavezna.
3) Pravičnost – primjenom naĉela farmakogenomike za neke bi se bolesnike lijeĉenje
moglo znaĉajno poboljšati, ali bi drugi dio bolesnika koji ne pripada skupini za
koju je lijek razvijen mogao biti i zapostavljen i to zbog smanjene financijske
motivacije za razvoj lijeka za manjinske skupine, osobito u siromašnim
populacijama.
4) Kontrola – tko odreĊuje treba li pacijent pristupiti testu i ima li pravo na lijek ako
se ne podvrgne tom testu?
1.3 Genom čovjeka
Ukupna genetiĉka informacija slijeda DNA svake naše stanice predstavlja ljudski genom.
Ĉini ga DNA iz 23 para kromosoma koji se nalaze u jezgri stanice te mitohondrijska DNA.
Diploidni genomi se sastoje od oko 6 milijardi baznih parova. Gen je odreĊeni dio DNA
koji kodira molekulu RNA. RNA tu gensku informaciju prenosi dalje - u smjeru nastanka
polipeptidnog lanca koji u stanici ima odreĊenu svrhu i funkciju (regulacijsku,
metaboliĉku, strukturnu ili neku drugu). Procjenjuje se da ljudski genom ima oko 25.000
gena. Slijed i varijacija DNA u ljudskom genomu izmeĊu svake osobe se razlikuje oko
0,1%.
Genotip ĉini skup svih gena (odnosno alela gena) pojedinog organizma. Fenotip ĉine sve
osobine nekog organizma tj. sva njegova fiziološka i morfološka svojstva. Fenotip je pod
utjecajem genotipa, epigenetike i vanjskih ĉimbenika. Fenotipska svojstva se mogu
nasljeĊivati monogenski i poligenski. Monogenska svojstva su većinom produkt alelnih
5
varijanti odreĊenog gena, npr. krvna grupa, albinizam, itd. Poligenska su svojstva
kompleksni produkt interakcije više gena s velikim utjecajem vanjskih ĉimbenika. Primjeri
ovakvih svojstava su boja koţe, kose, oĉiju, ali i pojavnost npr. razliĉitih karcinoma ili
dijabetesa tipa 2. S obzirom na sloţenost ovih interakcija, u dešifriranju informacije DNA,
RNA i svih procesa koji nose ovu informaciju - osim laboratorijskog analitiĉara i
genetiĉara, danas je za napredak i interpretaciju farmakogenomskih podataka
nezaobilazano ukljuĉiti i bioinformatiĉare.
1.3.1 Promjene u ljudskom genomu
1.3.1.1 Mutacije
Mutacija je trajna promjena u nukleotidnom slijedu DNA molekule nekog organizma ili
virusa. Mutacije su rezultat razliĉitih mehanizama koje mogu, ali i ne moraju dovesti do
promjene u fenotipu organizma. One su bitne u evoluciji organizama, karcinogenezi te
razvoju imunosnog sustava. S obzirom da je većina mutacija nepovoljna, stanice su razvile
veliki broj mehanizama kojim pokušavaju vratiti originalni slijed DNA.
Polimorfizam jednog nukleotida
Polimorfizam jednog nukleotida [eng. Single-Nucleotide Polymorphism (SNP)] je oblik
mutacije u kojemu je jedna baza zamijenjena drugom, a u populaciji se pojavljuje
frekvencijom većom od 1%. SNP-ovi su temelj osjetljivosti na razne bolesti poput cistiĉne
fibroze, Alzheimerove demencije, itd.
SNP-ovi mogu nastati u kodirajućoj ili nekodirajućoj regiji. Oni koji su nastali u
kodirajućoj regiji ne moraju dovesti do promjene u slijedu aminokiselina konaĉno nastalog
proteina budući je genetiĉki kod degenerirana, ali mogu dovesti do promjene u razini
ekspresije. Ovakvi SNP-ovi su sinonimni. Nesinonimni SNP-ovi u kodirajućoj regiji
dovode do promjene u aminokiselini što utjeĉe na funkciju proteina. Nesinonimni SNP-ovi
mogu biti krivosmisleni [eng. missense] kod kojih dolazi do promjene u aminokiselini, ali
ne uzrokuju prestanak translacije proteina, dok besmisleni [eng. nonsense] SNP-ovi
uzrokuju preuranjeni prestanak u translaciji proteina. SNP-ovi u nekodirajućoj regiji mogu
utjecati na prekrajanje gena, vezanje transkripcijskih faktora, razgradnju mRNA ili slijed
nekodirajuće RNA.
a Svojstvo genetiĉkog koda zbog kojega neke aminokiseline mogu biti kodirane s razliĉitim trinukleotidima.
6
Neravnoteţa vezanosti gena, eng. Linkage Disequilibrium
Neravnoteţa vezanosti gena [eng. Linkage Disequilibrium (LD)] je nenasumiĉna
povezanost alela na razliĉitim genskim lokusima, tj. SNP-ovi i DNA slijedovi koji su bliski
u genomu te se zajedno nasljeĊuju. Ako nema povezanosti tih alela, govorimo o linkage
equilibriumu. LD je pod utjecajem selekcije, mutacije, brzini rekombinacije, genetiĉkom
pomaku, sustavu razmnoţavanja, populacijskoj strukturi te genetskoj povezanosti. LD
ovisi o dva parametra:12
1) udaljenost izmeĊu SNP-ova/slijedova DNA je obrnuto proporcionalna s LD
2) brzina rekombinacije je obrnuto proporcionalna s LD
1.3.1.2 Haplotipovi
Haplotip je skupina gena u organizmu koja je naslijeĊena od jednog roditelja. Haplotipom
se opisuje i nasljeĊivanje skupa SNP-ova na odreĊenom kromosomu koji se ĉesto
pojavljuju zajedno, tj. utvrĊena je njihova statistiĉka povezanost.13
Budući da je moguće
utvrditi statistiĉku povezanost, odreĊivanje pojedinaĉnih alela moţe nam dati informaciju o
udaljenim polimorfizmima u haplotipu što nam olakšava analizu genomskih podataka u
razliĉitim bolestima, ali i farmakogenetici.
Haplotipove moţemo podijeliti u dvije kategorije:14
Lokalni haplotipni blokovi su
specifiĉne kombinacije nukleotida prisutne u kraćim regijama (obiĉno 10-100 kb). Ove
blokove moţemo naći kod više ljudskih populacija, dok su neki blokovi specifiĉni za
odreĊene populacije. Globalni haplotipovi su specifiĉne kombinacije nukleotida, prisutne
unutar cijele duţine pojedinog kromosoma. Uglavnom ih nalazimo unutar jedne ljudske
populacije. Analiza globalnog haplotipa ima potencijal za otkrivanje kompleksnih genskih
i polimorfnih interakcija na udaljenim mjestima u kromosomu.
Metode otkrivanja i analize lokalnih haplotipova zasnivaju se na razliĉitim varijantama
lanĉane reakcije polimeraze [eng. Polymerase Chain Reaction (PCR)] i sekvenciranja
DNA.
1.3.1.3 Etničke skupine i alelne varijante
Etniĉka skupina, odnosno etnicitet je pripadnost ljudi odreĊenoj društvenoj skupini koja
ima zajedniĉku nacionalnu i društvenu tradiciju.15
Većina etniĉkih skupina najĉešće ima
divlji alel za pojedino svojstvo jer su evolucijski najuĉinkovitiji za preţivljavanje te su se
7
proširili na potomke. MeĊutim, uoĉeno je da odreĊene etniĉke skupine imaju veću
frekvenciju pojave odreĊenih alela koji nisu divljeg tipa. Ova pojava se moţe objasniti
principima prilagodbe (adaptacije), tj. takvi izmijenjeni (mutirani) aleli su optimalni u
okolišu gdje se odreĊena osoba nalazi te im povećava vjerojatnost da preţivi i samim time
prenese svoje alele na potomke. Farmakogenetiĉki primjer je povećana frekvencija alela
1xn i 2xn za CYP2D6 u Africi koji rezultiraju nastajanjem ultra-brzog metabolizatora, a
objašnjava se dijetalnim pritiskom. Naime, prehrana odreĊenih etniĉkih skupina u Africi se
sastojala od biljaka koje su sadrţavale biljne otrove pa je višestruko povećani metabolizam
smanjavao mogućnost trovanja.16, 17
1.3.2 Epigenetika
Epigenetika je grana biologije koja se bavi istraţivanjem mehanizama koji aktiviraju i
inaktiviraju ekspresiju gena.18
Epigenetski faktori sudjeluju u velikom broju genomskih
funkcija: regulacija genske aktivnosti, genomska stabilnost i segregacija kromosoma (npr.
genomski utisak [eng. Genomic imprinting], X-inaktivacija [eng. X-Inactivation] te
genomska obrana od parazitarnih slijedova [eng. Geneome Defense Against Parasitic
Sequence]). Epigenetska regulacija ostvaruje se pomoću dva glavna mehanizma:
metilacijom citozina u slijedu DNA i modifikacijom histonskih proteina oko kojih je u
staniĉnoj jezgri omotana DNA. Povezanost ova dva mehanizma ima velik uĉinak na
remodeliranje kromatina i promjenu ekspresije.
1.3.2.1 DNA metilacija
DNA metilacija dogaĊa se na petoj poziciji citozina, većinom u citozin-gvanin-
dinukleotida (CpG). DNA metilacija odvija se pomoću DNA metiltransferaza (DNMT).
Metil-CpG vezujući proteini [eng. Methyl-CpG-binding Protein (MeCP)] su proteini koji
imaju domenu zavezanje na met
CpG te domenu za represiju ekspresije [eng.
Transcriptional Repressional Domain (TRD)] s kojom se veţu s ostalim proteinima kako
bi potisnuli ekspresiju.
8
1.3.2.2 Modifikacije histona
Post-translacijske modifikacije histona metilacijom, acetilacijom, fosforilacijom,
ubikvitinizacijom, sumoilacijom ili poliADP-ribozilacijom mijenjaju strukturu nukleosoma
i kondenzaciju kromatina zbog ĉega se mijenja ekspresija.19, 20
Većina histon acetil-transferaza (HAT) funkcioniraju poput transkripcijskih koaktivatora.
HAT-ovi acetiliraju ε-amino skupinu na lizinu što dovodi do transkripcijske aktivacije.
Histon deacetilaze (HDAC) djeluju opreĉno od HAT-ova deacetilirajući acetilne skupine
vezane na ε-amino skupinu na lizinu što dovodi do kondenzacije kromatina i
transkripcijske represije.
ATP-ovisni remodelirajući kompleksi koriste ATP kako bi izazvali promjenu konformacije
u DNA. Promjenom konformacije, razliĉiti proteini dobivaju pristup DNA te kontroliraju
transkripciju, replikaciju ili rekombinaciju.
Metilacija ili demetilacija pomoću histon metiltransferaza (HMT) dogaĊa se na lizinu,
serinu i argininu na N-krajevima histonskih repova. Tako je npr. metilacija lizina 4 na
histonu 3 povezana s aktivacijom ekspresije, dok je metilacija lizina 9 na tom istom
histonu povezana s utišavanjem ekspresije.21
Koordinacija epigenetskog sustava kod utišavanja ekspresije
Predloţena su tri modela kako DNA metilacija i modifikacija histona neovisno utjeĉu na
remodeliranje kromatina i utišavanje gena:
1) DNA metilacija privlaĉi metil-vezujuće proteine koji onda dovode HDAC kod
metilirane regije što dovodi do deacetilacije i utišavanja gena. Kromatin zatim
privlaĉi HMT koji metilira histone i stabilizira inaktivno kromatinsko stanje.
2) Metilacija histona privlaĉi heterokromatin protein 1 koji privlaĉi DNMT-ove što
odrţava DNA metilaciju i stabilizira inaktivni kromatin.
3) ATP-ovisni kompleksi izazivaju promjenu konformacije DNA što olakšava pristup
DNMT-ovima, HDAC-ovima i HMT-ovima te modificira histone i metilira DNA
kako bi se inaktivirao kromatin.
1.3.2.3 Epigenetika i bolesti
Velik broj bolesti je povezan s epigenetskim faktorima. Tako su npr. mutacije u genu za
DNMT1 letalne, dok mutacije u MeCP-ovima mogu, ali ne moraju dovesti do nastanka
patoloških stanja. Pedijatrijske bolesti poput Prader-Willi/Anglemanova sindroma su
9
posljedica defektnog genomskog utiska.22
Neprimjerena metilacija je povezana s
karcinogenezom, sindrom imunodeficijencije, centromerne nestabilnosti i facijalne
abnormalnosti (ICF sindrom), itd.
1.3.2.4 Farmakoepigenetika
Cilj ove discipline je predvidjeti odgovor na lijek i njegove nuspojave s obzirom na
epigenetski status osobe. Budući su epigenetske varijacije meĊu pojedincima puno veće od
varijacija u DNA slijedu, informacije o epigenetskim polimorfizmima bi nam mogle dati
saznanja o uĉinku na ekspresiju receptora ili enzima, tj. farmakodinamiĉkih i
farmakokinetiĉkih parametara (npr. informaciju zašto osoba ipak ne metabolizira neki lijek
oĉekivano djelotvorno iako je farmakogenetski utvrĊeno da je brzi metabolizator).
1.3.2.5 Epigenetsko liječenje
Cilj ove terapije je ostvariti primjerenu ekspresiju gena. Trenutno su najkorišteniji
inhibitori HDAC-a i DNMT-a. TakoĊer se razmatra uporaba sintetiĉkih
oligodeoksinukleotida koji sadrţe CpG motive, a sliĉni su Pathogen-Associated Molecular
Patterns (PAMPs) koji aktivira Th1 imunosni odgovor. Korištenjem ovih deoksinukleotida
bi se mogao ostvariti snaţniji uĉinak u cjepivima.
1.3.3 Geni kandidati23
''Geni kandidati'' predstavljaju pristup u istraţivanju genetske povezanosti koji se zasniva
na vezi izmeĊu genetske varijacije u genu od interesa s fenotipom ili odreĊenom bolesti.
Najĉešće se biraju oni geni koji imaju poznat utjecaj na svojstvo ili bolest. Studije tog tipa
većinom su osmišljene tako da ispitaju je li alelna varijanta gena kandidata ĉešća u
subjekata s odreĊenim svojstvom/bolešću nego u zdravih subjekata.
1.3.4 Cjelogenomski test asocijacije24
Cjelogenomski test asocijacije [eng. Genome-Wide Association Study (GWAS)] ima
suprotan pristup od ''gena kandidata'' te prouĉava mnogo genetskih varijanti kod razliĉitih
pojedinaca kako bi otkrili je li odreĊena varijanta povezana s odreĊenim svojstvom ili
bolešću.
10
1.4 Područja interesa farmakogenetike
Farmakokinetika (FK), uz farmakodinamiku (FD) je grana farmakologije koja opisuje
sudbinu lijeka (ksenobiotika) u organizmu, tj. opisuje uĉinak organizma na lijek.
Farmakokinetika ukljuĉuje oslobaĊanje lijeka iz farmaceutskog oblika (tableta, kapsula,
itd.), apsorpciju lijeka u krv, distribuciju lijeka u razliĉita tkiva i tjelesne tekućine,
metabolizam koji dovodi do transformacije ili inaktivacije lijeka jer ga organizam
prepoznaje kao stranu supstancu i eliminacije lijeka, premda se neki lijekovi mogu
ireverzibilno akumulirati u organizmu. Farmakogenetski polimorfizmi na
farmakokinetiĉkoj razini, poput enzima u metabolizmu, prijenosnika lijekova ili proteina
plazme na koje se veţu lijekovi, bitni su za farmakološki uĉinak lijeka.
Farmakodinamika je grana farmakologije koja opisuje uĉinak lijeka na organizam, a glavni
principi su djelovanje na neku ciljnu molekulu te odnos koncentracije i uĉinka. Ciljne
molekule djelovanja mogu biti regulacijski proteini, ionski kanali, enzimi, prijenosnici,
strukturni proteini, citoplazmatski proteini, dijelovi staniĉne stijenke bakterije, DNA, itd.
Lijek se moţe definirati kao tvar koja svojim kemijskim uĉinkom uzrokuje promjenu
biološke funkcije u kvantitativnom smislu (ne dolazi do stvaranja nove fiziološke funkcije,
nego se moduliraju već postojeće), a svaki lijek moţe na biološku regulacijsku molekulu
koju nazivamo receptor djelovati:
agonistički (aktivirajuće) i to parcijalno ili u potpunosti
antagonistički (inhibirajuće)
modulacijski – kada mijenja uĉinak supstrata za odreĊenu ciljnu molekulu;
blokator; itd.25
Farmakogenetski polimorfizmi na farmakodinamiĉkoj razini korisni su u predviĊanju
uĉinka lijeka.
1.4.1 Enzimi metabolizma lijekova
Enzimi u metabolizmu lijeka vaţni su za njegovu farmakokinetiku. Enzimi prepoznaju
ksenobiotik te ga biotransformiraju ili inaktiviraju u odreĊene metabolite. Nalazimo ih
unutar ili izvan stanice. U metabolizmu lijekova razlikujemo kemijske biotransformacije
prve i druge faze. OdreĊeni ksenobiotici takoĊer mogu utjecati na aktivnost enzima pa
razlikujemo enzimske induktore i inhibitore.
11
1.4.1.1 Reakcije prve faze
Reakcije prve faze su reakcije kojima se na supstrate u strukturu lijeka uvode hidrofilnije i
reaktivnije skupine od izvorno prisutnih. Reakcije prve faze predvodi superobitelj
citokroma P450 (CYP), ali osim nje, ove reakcije kataliziraju i alkohol dehidrogenaze
(ADH), aldehid dehidrogenaze (ALDH), flavin monooksigenaze (FMO), aldo-
ketoreduktaze (AKR), mijeloperoksidaze (MPO) i mnoge druge.
Citokromi
Superobitelj citokroma P450 sastoji se od 57 pojedinaĉnih enzima. U sastavu proteina
nalazimo hem. Citokromi kataliziraju više od 70% reakcija prve faze. U velikoj mjeri su
eksprimirani u jetri, a znaĉajna je ekspresija i u stijenci tankog crijeva, mozgu i koţi.26
Citokrome nalazimo na membrani endoplazmatskog retikuluma i mitohondrija stanice. S
farmakogenetskog stanovišta, najvaţniji su polimorfni oblici CYP2D6, CYP2C9 i
CYP2C19, a nešto manjeg znaĉaja su CYP1A2, CYP2A6 i CYP3A5.
CYP2D6
Gen CYP2D6 nalazi se na kromosomu 22q13.1 te je vrlo polimorfan.27
Otkriće
polimorfizama u genu za CYP2D6 pripada britanskim istraţivaĉima koji su opisali razlike
u hidroksilaciji lijeka debrisokina, ali su i neovisno Eichelbaum i suradnici opisali
oksidaciju sparteina.28
CYP2D6 je vaţan za metabolizam antidepresiva, antihipertenziva,
antiaritmika, analgetika, opijata, beta blokatora, antiemetika i neuroleptika.29
Alelne
varijante ukljuĉuju divlji tip [eng. wild type (wt)] *1 te alel *2, oba s normalnom
aktivnošću enzima, nulla alele (npr. *3 u kojem dolazi do delecije na A2637 što dovodi do
pomaka u okviru ĉitanja, *4 kod kojeg supstitucija G1934A dovodi do nepravilnog
prekrajanja, *5 kod kojeg dolazi do delecije gena, itd.) kod kojih nema aktivnog enzima te
alele kod kojih dolazi do smanjene aktivnosti enzima (*10 što posljediĉno dovodi do
supstitucije u aminokiselinama P34S i S486T). Fenotipski razlikujemo brze metabolizatore
[eng. extensive metabolizer (EM)], srednje-brze metabolizatore [eng. intermediate
metabolizer (IM)] kod heterozigota s divljim i mutiranimb (najĉešće null) alelom, spore
metabolizatore [eng. poor metabolizer (PM)] kod homozigota za null alele te ultra-brze
metabolizatore [eng. ultra extensive metabolizer (UEM)] koji nastaje kao posljedica
a Null alel odnosi se na alel kojeg je proteinski produkt potpuno bez funkcije
b 'mut' je generalna oznaka za mutirani alel kod kojega je izgubljena funkcija
12
umnaţanja gena (*1xn ili *2xn) – pojave da se odreĊeni gen naĊe u nekoliko kopija i zbog
toga poveća nastanak ukupnog genskog produkta. Bitno je naglasiti da su ovo izvedeni
fenotipovi, tj. ne moraju odgovarati stvarnom fenotipu. Nabrojani fenotipovi su prikazani u
Tablica 1.
Tablica 1. Prikaz mogućih fenotipova CYP2D6 enzima i njihovih svojstava
Fenotip Svojstva fenotipa
Brzi
metabolizator
(EM)
osoba koja ima enzim podjednake aktivnosti kao i većina populacije te
je lijek konstruiran za takvog metabolizatora
bolesnici nemaju potrebu za izmjenom redovno propisane doze
Ultra-brzi
metabolizator
(UEM)
osoba ima enzim povećane aktivnosti brţa biotransformacija lijeka
smanjen ili rjeĊe povećan uĉinak lijeka kod redovno propisanih doza
bolesnici najĉešće imaju potrebu za megadozama lijeka
Srednje-brzi
metabolizator
(IM)
osobama enzim smanjenje aktivnosti smanjena biotransformacija
lijeka
povećan ili rjeĊe smanjen uĉinak lijeka kod redovno propisanih doza
bolesnici najĉešće imaju potrebu za smanjenim dozama lijeka
Spori
metabolizator
(PM)
osoba ima enzim izrazito smanjenje aktivnosti izrazito smanjena
biotransformacija lijeka
povećan ili rjeĊe smanjen uĉinak lijeka kod redovno propisanih doza
bolesnici najĉešće imaju potrebu za izrazito smanjenim dozama lijeka
Slika 1. Srednje koncentracije nortriptilina (lijevo) i njegovog metabolita
10-hidroksinortriptilina (desno) nakon jedne oralne doze nortriptilina kod razliĉitih
genotipova u vremenu. Utjecaj UEM fenotipa na metabolizam nortriptilina i nastanak
metabolita ovisi o broju kopija CYP2D6 gena (prikazano brojem pored krivulja).30
CYP2C9
Gen za CYP2C9 nalazi se na 10. kromosomu te je vrlo polimorfan, a za njega je danas
poznato više od 50 alelnih varijanti. CYP2C9 je znaĉajan za metabolizam nesteroidnih
protuupalnih lijekova [eng. non-steroidal anti-inflammatory drugs (NSAIDs)],
13
antiepileptika, antidijabetika te oralnih antikoagulansa. Najĉešće alelne varijante ukljuĉuju
divlji tip (alel *1) te polimorfne alele *2 i *3 kod kojih je aktivnost enzima višestruko
smanjena (dolazi do supstitucije C430T, odnosno A1075C što dovodi do gubitka funkcije
enzima). Fenotipski razlikujemo brze metabolizatore kodirane s parom divljeg alela,
srednje-brze metabolizatore kod heterozigota s divljim i polimorfnim alelom te sporo
metabolizirajući fenotip kod homo- i heterozigota s polimorfnim alelima. Genotipizacija
CYP2C9 gena je korisna za procjenu doziranja celekoksiba, fenitoina te kumarinskih
derivata.
CYP2C19
CYP2C19 je kodiran genom koji se nalazi na 10. kromosomu, u skupini sa genima
CYP2C18, CYP2C9 i CYP2C8. CYP2C19 sudjeluje u metabolizmu velikog broja
antidepresiva, benzodiazepina, inhibitora protonske crpke te antiagregacijskog lijeka
klopidogrela. Kliniĉki relevantne alelne varijante su *1 ili divlji tip, *2 kod koje dolazi do
supstitucije G681A, što dovodi do nepravilnog prekrajanja i gubitka funkcije enzima, *3,
koja je besmislena supstitucija G636A i kodira za preuranjeni stop kodon što dovodi do
gubitka funkcije te *17 kod kojih je došlo do mutacija u promotorskim mjestima C-806T i
C-3402T, zbog ĉega je pojaĉana ekspresija samog gena. Navedene alelne varijante tvore 4
teorijska fenotipa (Tablica 2).
Tablica 2. Ovisnost fenotipa o alelnoj kombinaciji
Alelna kombinacija Fenotip
wt/wt Brzi metabolizator (EM)
wt/mut Srednje-brzi metabolizator (IM)
mut/mut Spori metabolizator (PM)
wt/*17, *17/*17 Ultra-brzi metabolizator (UEM)
Osim genotipa, na enzim utjeĉe i stupanj ekspresije gena djelovanjem induktora i
inhibitora. Indukcija ekspresije ovog enzima je uzrokovana velikim brojem endogenih
molekula, ali i lijekovima kao što su karbamazepin, noretindron, prednizon i rifampicin.
Inhibicija ekspresije, koja posljediĉno moţe uzrokovati lijek-lijek interakcije, moţe biti
uzrokovana djelovanjem oralnih kontraceptiva, pojedinih selektivnih inhibitora ponovne
pohrane serotonina [eng. selective serotonin reuptake inhibitors (SSRI)] te inhibitora
protonske crpke.
14
1.4.1.2 Reakcije druge faze
Reakcije druge faze su reakcije konjugacije metabolita lijekova s razliĉitim nabijenim
skupinama. Kako bi se radilo o reakcijama konjugacije, nuţan je uvjet da se ksenobiotik
veţe na neku endogenu molekulu.31
Najveći broj supstrata konjugira se pomoću porodice
uridindifosfo-glukuroniltransferaza (UGT), od kojih je UGT1A1 zanimljiva u dijagnozi
Gilbertova sindroma, ali i farmakogenetskom doziranju citostatika irinotekana.
Farmakogenetski su nam zanimljivi i geni za tiopurin S-metiltransferazu (TPMT) ĉija je
uloga u metabolizmu imunosupresiva azatioprina, 6-merkaptopurina i 6-tiogvanina, N-
acetiltransferazu 2 (NAT2) kod metabolizma prokarcinogenih aromatskih amina,
izoniazida i sulfonamida te dihidropirimidin dehidrogenazu (DPYD) kod metabolizma 5-
fluoruracila i kapecitabina zbog mogućeg letalnog ishoda terapije.
1.4.1.3 Enzimska indukcija
Enzimska indukcija je proces u kojem molekula inducira (inicira ili pojaĉava) ekspresiju
enzima. Posljediĉno pojaĉana aktivnost enzima rezultira promijenjenim uĉinkom
djelovanja lijeka, ali takoĊer moţe izmijeniti toksiĉnost lijeka. Najĉešći lijekovi koji su
induktori enzima su barbiturati, rifampicin, fenitoin, itd.32
Alkohol i pušenje su takoĊer
bitni induktori enzima u metabolizmu lijekova.
1.4.1.4 Enzimska inhibicija
Enzimska inhibicija u kojem neka molekula uzrokuje smanjenje ekspresije enzima ili
interferira s aktivnošću samog enzima. Enzimska inhibicija u terapeutskom smislu ima
manji znaĉaj od indukcije. Promjena u doziranju lijeka zbog inhibicije se primjenjuje samo
kod lijekova s uskim terapeutskim indeksom. Neki od lijekova koji uzrokuju inhibiciju su:
izoniazid, sulfonamidi, kloramfenikol, valproat, itd.33
Grejp i sok grejpa je jedan od
najpoznatijih neterapijskih inhibitora lijekova te konzumacija samo jednog ploda grejpa
moţe uzrokovati inhibiciju CYP3A4 koja moţe dovesti do toksiĉnosti lijeka.34
1.4.2 Receptori
Receptori pripadaju u farmakodinamsko podruĉje farmakologije. Većina odgovora viših
organizama na ksenobiotike posredovana je receptorima. Zbog toga, kako bismo razumjeli
osjetljivost na ksenobiotike bitna je i informacija o varijacijama formi receptora. Prvu
15
strukturalnu razliĉitost u receptorima prepoznao je Ahlquist primjetivši u istraţivanjima
animalnog tkiva, razliĉiti adrenergiĉki antagonisti imaju dva uzorka farmakološkog
odgovora te je zakljuĉio da postoje dva tipa receptora: α i β.35
Razvoj molekularnih metoda ubrzano je proširio strukturne i funkcionalne analize genskih
obitelji za receptore. Sam cilj farmakogenetike receptora je putem prouĉavanja utjecaja
varijacije u DNA slijedu gena te kodiranom proteinu saznati kako receptori mijenjaju
odgovor na lijek. Velik broj receptorskih obitelji je već pomno prouĉen. S druge strane,
velik broj polimorfizama ovih gena još nije razjašnjen ili nema kliniĉki znaĉaj.
Receptore tradicionalno dijelimo u dvije skupine: nuklearne i površinske.
1.4.2.1 Nuklearni receptori
U nuklearne receptore spadaju regulatorni proteini koji ulaze u interakciju sa spolnim
hormonima, kortizolom, tiroksinom, lijekovima, itd. Receptori su direktni prijenosnici
signala kad na sebi imaju vezani ligand. Veţu se na hormon-reagirajući element [eng.
Hormone response element] i pojaĉivaĉke elemente u genomu što uzrokuje promjenu u
transkripciji. Ovi proteini su inaktivni dok se na njih ne veţe ligand te se nalaze po
citoplazmi vezani za proteine pratioce [eng. chaperon]. Vezanjem hormona, receptor
mijenja konformaciju te se disocira sa proteina pratioca, homodimerizira i translocira u
jezgru. Mutacije u domenama ovih receptora mogu ometati transkripciju gena i dovesti do
hormonske rezistencije ili neke bolesti vezane za hormone.
Mineralokortikoidni receptor
Mineralokortikoidni receptor (MR) je zasluţan za retenciju Na+ u bubrezima, salivarnim
ţlijezdama, znojnim ţlijezdama i kolonu preko djelovanja aldosterona. Mutacije ΔG1226,
ΔT1597, C1831T (preuranjeni stop kodon), ΔA (u mjestu za prekrajanje) tvore receptore
koji su neosjetljivi na mineralokortikoidne receptore te dovode do
pseudohipoaldosteronizma.36
Uranjena hipertenzija uzrokovana je krivosmislenom
mutacijom S810L u receptoru za mineralokortikoide što uzrokuje konstitutivnu aktivaciju
bez prisutnosti steroidnog agonista, ali normalnu aktivaciju aldosteronom.
Kortikoidni antagonisti bez 21-hidroksi skupine poput spironolaktona uzrokuju agonistiĉki
uĉinak.36, 37
Spironolakton bi tako kod bolesnika s S810L mutacijom mogao biti ukinut iz
razmatranja kao potencijalna terapija.
16
Estrogen i estrogenski receptori
Estrogeni su kljuĉni modulatori u razvoju i diferencijaciji stanice. Zasluţni su za razvoj
reproduktivnog sustava, mlijeĉnih ţlijezda, ali i raka dojke, endometrija i prostate. Postoje
dva tipa receptora: ERα i ERβ. Ovi receptori su genetiĉki razliĉiti, te su većinom
eksprimirani u razliĉitim tkivima zbog ĉega vjerojatno reguliraju razliĉite setove gena.
Supstitucija Arg157 u preuranjeni stop kodon (C>T) tvori receptor bez DNA-vezujuće i
hormon-vezujuće domene što za posljedicu ima neosjetljivost na egzogeni estrogen.38,
39
Supstitucije L543A/L544A ili M547A/L548A tvore receptor manje osjetljiv na estradiol, ali
osjetljiviji na 4-hidroksi tamoksifen.40
Krivosmislena mutacija L540N uzrokuje uĉinak pri
kojem se djelovanje estrogena pretvara u ono od antiestrogena, dok za antiestrogene vrijedi
obrnuto.41
1.4.2.2 Površinski receptori
Receptori na površini stanica zasluţni su za vezanje amina, proteina, polipeptidnih
hormona, neurotransmitera te egzogenih kemikalija. Dijelimo ih u tri skupine:
1) ionski kanali i transporteri koji igraju ulogu u QT sindromu, uroĊenom
hiperinzulinizmu, DM2, itd.
2) receptori koji djeluju putem enzimske kaskade i sekundarnog glasnika (adenilat
ciklaza, fosfoinozitol...) kao što je β2-adrenergiĉki receptor i CCR5 receptor
3) receptori ĉiji uĉinak ovisi o integralnoj aktivnosti enzima kao npr. inzulinski
receptor
β2-adrenergički receptor
β2-adrenergiĉki receptor je tip G-protein-vezanog receptora te je vaţan za djelovanje
kateholamina u raznim tkivima. Polimorfizmi u genu za ovaj receptor su organizirani u 12
haplotipova te mijenjaju uĉinak β2-agonista kod astmatiĉara kod bolesnika na kroniĉnoj
terapiji. Bolesnici s koji imaju GG genotip na poliformnom mjestu 46 u haplotipu (kodiraju
za Gly) te imaju bolji odgovor na lijekove kao što su albuterol i salmeterol, od osoba koje
imaju GA ili AA (A kodira Arg).42
17
C-C kemokinski receptor tip 5
C-C kemokinski receptor tip 5 (CCR5) je koreceptor na zrelim T-pomagaĉkim limfocitima
(TH) koji omogućuje vezanje i infekciju R5 virusima kao što je HIV-1. Osobe s mutacijom
ovog gena imaju uroĊenu otpornost prema R5 virusima.43, 44
1.4.3 Transporteri
1.4.3.1 Transporteri lijekova
Transporteri lijekova spadaju u farmakokinetiĉku domenu te sudjeluju u prolazu lijeka
kroz staniĉnu membranu. Transporteri koji prenose lijek u stanicu koriste elektrokemijski
gradijent izmjenom ili kotrasportom unutarstaniĉnih i/ili izvanstaniĉnih iona (npr. Na+, H
+
ili HCO3-). U ovu skupinu pripada porodica organskih anionskih transportnih polipeptida
[eng. Organic Anion Transporting Polypeptide (OATP)], prijenosnika organskih aniona
[eng. Organic Anion Transporter (OAT)], prijenosnika organskih kationa [eng. Organic
Cation Transporter (OCT)], novih prijenosnika organskih kationa [eng. Novel Organic
Cation Transporter (OCTN)] te porodica peptidnih prijenosnika [eng. Peptide Transporter
(PepT)].45
Efluks transporteri izvoze lijekove iz stanice. Većinom se radi o porodici
transmembranskih prijenosnika s ATP-vezujućom domenom. Ovi prijenosnici koriste
hidrolizu ATP-a kako bi prenijeli supstrat nasuprot njegovom koncentracijskom gradijentu.
U ATP-vezujuće domene spadaju Multidrug Resistance Protein (MDR), Multidrug
Resistance-Related Protein (MRP) porodica, izvozna pumpa za ţuĉne kiseline [eng. Bile
Acid Efflux Transporter (BSEP)] te Breast Cancer Resistance Protein (BCRP).
Većina transportera sadrţi izoforme te su uglavnom lokalizirani na kljuĉnim organima
zbog ĉega su modulatori apsorpcije, distribucije i eliminacije.
P-glikoprotein
P-glikoprotein (P-gp), takoĊer poznat kao i MDR1 je transmembranski protein koji
posreduje efluks razliĉitih endogenih i egzogenih substrata. Kodiran je ABCB1 genom koji
se nalazi na 7. kromosomu. Ekspresija P-glikoproteina ovisi o razliĉitim substratima pa
tako antineoplastici koji djeluju na nuklearne receptore smanjuju ekspresiju dok npr.
rifampicin povećava ekspresiju P-glikoproteina. Moduliranje aktivnosti P-glikoproteina u
velikoj mjeri utjeĉe na dispoziciju lijekova. S obzirom na mogućnost modulacije P-
18
glikoproteina, razvijeni su inhibitori P-glikoproteina kako bi se poboljšala doprema lijeka u
stanicu.
Unatoĉ velikom broju ispitivanja genetskih varijanti MDR1 koji su otkrili velik broj SNP-
ova i haplotipova, rezultati nisu pokazali jasan uĉinak na kliniĉke fenotipove.46
1.4.4 Transporteri neurotransmitora
Transportere neurotransmitora nalazimo na presinaptiĉkim neuronima u centralnom
ţivĉanom sustavu [eng. central nervous system (CNS)] te sluţe ponovnoj pohrani
neurotransmitora koji su se ranije našli u presinaptiĉkoj pukotini. S obzirom na raznolikost
neurotransmitora, razlikujemo i velik broj transportera od kojih su farmakološki najbitniji
serotoninski transporter (SERT), norepinefrinski transporter (NET) i dopaminski
transporter (DAT). Oni su ujedno ciljne molekule razliĉitih psihofarmaka. Promjene u
genima za ove transportere mogu uzrokovati psihijatrijske simptome te nezadovoljavajući
uĉinak psihofarmacima.
SERT je kodiran SLC6A4 genom te u svojoj promotorskoj regiji sadrţi sekvencu baznih
parova koja se ponavlja te taj varijabilni broj ponavljanja predstavlja polimorfno mjesto
koje utjeĉe na razinu ekspresije gena gdje manji broj ponavljanja tvori kratki [eng. short
(S)] alel sa smanjenom ekspresijom, podloţnošću depresiji te slabijim odgovorom na
antidepresive, a dugaĉki [eng. long (L)] alel s većom ekspresijom i boljim odgovorom na
antidepresive. Osim polimorfizma u ponavljanju, uoĉen je i SNP A-1629G u dugaĉkom
alelu koji uzrokuje smanjenu ekspresiju te je ekvivalentan kratkom alelu.47
DAT je kodiran SLC6A3 genom, a u svojoj 3'-netranslatiranoj regiji sadrţi varijabilni broj
tandemski ponavljanja koji odreĊuje razinu ekspresije gena. Primjećeno je da alel koji
sadrţi 10 ponavljanja ima veću ekspresiju od osoba s manjim brojem. Osobe s
neprimjerenom dopaminergiĉnom transmisijom su sklonije razvoju ADHD-a,a
alkoholizma, Parkinsonove bolesti i shizofrenije premda sam utjecaj varijacije gena za
DAT nema dovoljno jasnu poveznicu.48
NET je kodiran SLC6A2 genom te je ciljna molekula atomoksetina kod djece s ADHD-
om. Unatoĉ brojnim polimorfizmima u ovom genu, nije odreĊena korelacija izmeĊu
genotipova za NET i odgovora na terapiju ADHD-a atomoksetinom.49
a Poremećaj hiperaktivnosti i deficita paţnje [eng. Attention Deficit and Hyperactivity Disorder]
19
1.5 Istraţivanje i razvoj lijeka50
Razvoj lijeka je dugaĉak i financijski zahtjevan proces. Uspješan razvoj lijeka zahtjeva
više od 10 godina istraţivanja te ulaganja do ĉak milijardu dolara. Karakterizira ga nizak
stupanj uspješnosti s obzirom da od velikog broja poĉetnih supstancija, malo njih završi na
trţištu.
1.5.1 Istraţivanje lijeka
Moderno otkrivanje lijekova se zasniva na identifikaciji ciljne molekule na koju će
djelovati potencijalni lijek, traţenju supstancija, kliniĉko-kemijskim ispitivanjima i
optimizaciji supstancija kako bi se poboljšao afinitet, selektivnost, uĉinkovitost,
metaboliĉka stabilnost i oralna bioraspoloţivost. Nakon što supstancija koja je
identificirana ispuni ove kriterije, kreće se u razvojnu fazu.
1.5.2 Faze razvoja lijekova
Razvojna faza se sastoji od pretkliniĉkih testova na mikroorganizmima, kulturama stanica i
ţivotinjama nakon koje slijede kliniĉka istraţivanja te praćenje lijeka ako bude pušten u
promet.
1.5.2.1 Pretklinička istraţivanja
U ovoj se fazi istraţuje toksiĉnost i sigurnost in vitro u kulturama stanica, izoliranim
organima te in vivo animalnim modelima bolesti. Farmakogenomski potencijal u
pretkliniĉkim istraţivanjima je identificiranje gena povezanih sa ĉestim bolestima koji bi
mogli pridonijeti boljim pretkliniĉkim modelima u efikasnosti lijeka.
1.5.2.2 Klinička istraţivanja
Odvijaju se u 4 faze:
1) na zdravim dobrovoljcima (25-50) pomoću kojih se ispituje farmakokinetika,
sigurnost i podnošljivost lijeka
2) na bolesnicima (100-200) na kojima se ispituje djelotvornost samog lijeka pomoću
jednostruko slijepih ispitivanja
20
3) na velikom broju bolesnika (1000 ili više) na kojima se ispituje djelotvornost i
sigurnost u dvostruko-slijepim i multi-centriĉnim studijama
4) prati se djelotvornost i nuspojave lijeka stavljenog na trţište koji je dobio odobrenje
od nadleţne agencije za lijekove na velikom broju bolesnika
Korištenjem farmakogenomskih biomarkera u ovoj fazi moţemo dobiti informacije o
promjeni ekspresije gena koji kodiraju ciljne molekule lijeka ili neke nizvodne ciljne
molekule u molekularnoj (signalizacijskoj) kaskadi. Nadalje, korištenjem ovih biomarkera
moglo bi se skratiti potrebno vrijeme za dugoroĉne studije te ubrzati vrijeme za razvoj
novih lijekova. TakoĊer, genomske metode obiĉno imaju bolju „mjerljivost― uĉinkovitosti i
sigurnosti lijeka. Zbog ovoga moţemo dobiti širu sliku o uĉinku lijeka te katkad doći i do
otkrića dodatnih djelovanja lijeka.
U kasnoj kliniĉkoj fazi razvoja lijekova, informacije dobivene farmakogenomskim
testiranjem na subpopulacijama, mogu pozitivno utjecati na prilagoĊavanje lijeka,
meĊutim, ta su testiranja rijetka. Većina farmakogenomskih biomarkera se prvenstveno
koristi za demonstraciju uĉinkovitosti i sigurnosti zbog ograniĉenog vremena testiranja u
kasnoj kliniĉkoj fazi koja smanjuju fleksibilnost u analizi i interpretaciji
farmakogenomskih podataka.
1.6 Ostale teme od značaja za farmakogenomiku
1.6.1 Molekularna dijagnostika
Molekularna dijagnostika je disciplina koja integrira molekularnu biologiju i
konvencionalnu laboratorijsku medicinu u postavljanju dijagnoze, praćenju bolesti,
procjeni rizika i optimizaciji terapije. Testovi molekularne dijagnostike bitni su nam za
razliĉite grane medicine poput imunologije, infektologije, onkologije, koagulacije, itd.
1.6.1.1 Metode
Većina analiza zasniva se na odreĊivanju specifiĉnog slijeda DNA molekule korištenjem
metode lanĉane reakcije polimkeraze, PCR [eng. Polymerase Chain Reaction]. Tijekom
izvoĊenja PCR, odreĊeni fragment DNA molekule razdvaja se na dva lanca na temperaturi
oko 95°C te se na pojedinaĉne lance veţe DNA poĉetnica na temperaturi oko 55°C.
Korištenjem termostabilne polimeraze, na temperaturi oko 72°C, poĉetnica biva
produljena, tj. vrši se replikacija DNA slijeda od interesa. Ovaj se ciklus ponavlja odreĊeni
21
broj puta te se zatim vrši procjena veliĉine i uspješnost reakcije nastanka novih DNA
lanaca elektroforetskim razdvajanjem i identifikacijom pomoću boja koje veţu DNA.
Postoji veliki broj izvedbi ove metode kao što su: PCR u stvarnom vremenu [eng. Real
Time-PCR (qPCR)], testovi koji koriste restrikcijske endonukleaze uz PCR, testovi s alel-
specifiĉnim oligonukleotidima, alel-specifiĉna amplifikacija, itd.
Tekućinska kromatografija visoke djelotvornosti [eng. High-Performance Liquid
Chromatography (HPLC)] je metoda koja nam omogućava analizu DNA heterodupleksa i
homodupleksa koji imaju razliĉite mobilnosti u denaturirajućoj koloni.
Masena spektrometrija (MS) se takoĊer primjenjuje u nekim naprednijim laboratorijima.
Njena Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization - Time Of Flight (MALDI-TOF)
izvedba nam omogućava široku primjenu pri analizi više genetskih regija i mutacija.
Zbog veliĉine ljudskog genoma, sve se više koriste DNA ĉipovi koji na sebi imaju
odreĊene slijedove nukleotida i komplementarno veţu dijelove DNA iz ispitivanog uzorka,
a omogućavaju jednostavnu detekciju pomoću flourescentnih signala.
DNA mikropostroj [eng. DNA microarray] je metoda koja koristi veliki broj razliĉito
sintetiziranih DNA slijedova (proba) koji su kovalentno ili nekovalentno vezanina površinu
mikroploĉice. Mikroploĉica je podijeljena na velik broj zasebnih mjesta [eng. spots], a na
razliĉitom mjestu su razliĉite probe definiranog slijeda na koje se moţe vezati DNA slijed
iz ispitivanog uzorka. Budući da su ove probe oznaĉene fluoroforama, omogućena je i
kvantitativna analiza. Analiza ekspresije gena se ostvaruje tako što se mRNA prevede u
komplementarnu DNA [eng. complementary DNA (cDNA)] te ovisno o koliĉini nastale
cDNA veţe na probe te se kvantificira fluorescencijom.51, 52
Sekvenciranje nove generacije [eng. Next-Generation Sequencing (NGS)] je metoda kojom
se odreĊuje slijed cijelog genoma. Platforme u NGS vrše paralelno odreĊivanje slijeda na
više milijuna dijelova genoma. S obzirom na ovoliku koliĉinu podataka, potrebno je znanje
bioinformatike kako bi se dobiveni podaci mogli mapirati i usporediti s referentnim
uzorkom genoma. NGS je specifiĉan jer je tehnika izvedbe metode puno razliĉitija od
proizvoĊaĉa do proizvoĊaĉa spram ostalih analitiĉkih metoda.53
1.6.1.2 Izraţavanje rezultata
Rezultati testiranja metodama molekularne biologije prikazuju se drugaĉije od ostalih
nalaza laboratorijske dijagnostike budući da sadrţe više informacija koje trebaju biti
22
precizno prezentirane. Nalazi koji se izdaju, a odnose se na bolesnikov DNA moraju se
ĉuvati trajno jer je genom konstantan osim u sluĉaju steĉenih mutacija.
Svaki nalaz molekularne dijagnostike mora sadrţavati:54,
55
1) Instituciju koja je vršila analizu
2) Datum primitka uzorka
3) Barkod/protokol uzorka
4) Vrstu uzorka
5) Ime, prezime i datum roĊenja bolesnika, a po potrebi i etniĉku skupinu
6) Naruĉitelja analize
7) Datum kada je izvršena analiza
8) Datum izdavanja nalaza
9) Analiza koja se izvodi, koje se mutacije ispituju, rezultati ispitivanja
prisustva alela, genotipa i izvedenog fenotipa (koji ne mora odgovarati
stvarnom fenotipu), kvantitativni rezultati u sluĉaju odreĊivanja
koliĉine strane DNA ili RNA kod detekcije mikroorganizama
10) Metoda kojom se izvodi analiza
11) Objašnjenje rezultata analize s kliniĉkim znaĉenjem koje moţe
sadrţavati i preporuke za dodatna testiranja i genetiĉka savjetovanja
12) Literaturne podatke
13) Razliĉite napomene
14) Potpis odgovorne osobe
Ovisno o laboratoriju, nalaz moţe sadrţavati još dodatnih informacija.
23
Slika 2. Primjer nalaza molekularne dijagnostike. Izraţavanje rezultata genotipizacije
CYP2C19.
24
1.6.2 Metabolomika i metabonomika
Metabolomika je disciplina koja se bavi prouĉavanjem intermedijera i produkata
metabolizma. Metaboliĉko profiliranje nam omogućava da saznamo trenutnu fiziologiju
stanice. Nasuprot tome, metabonomika proširuje metaboliĉko profiliranje, dajući nam
informacije o uĉinku vanjskih ĉimbenika na metabolizam (prehrana, toksini, bolest itd.). U
analizi metaboloma, najĉešće korištene tehnike su kombinacija plinske kromatografije i
masene spektrometrije (GC-MS), HPLC-MS/MS i nuklearna magnetska rezonanca
(NMR). Analiziranje metabolita pruţa veliku koliĉinu informacija u analizi toksiĉnosti
lijeka u razvoju.
1.6.3 Proteomika
Proteomika je disciplina koja se bavi prouĉavanjem svih proteina u organizmu. Dijeli se na
tri glavne skupine: Ekspresijska se proteomika bavi analizom diferencijalne ekspresije
proteina pomoću identifikacije i kvantifikacije, tj. usporeĊuje proteom kod odreĊenih
uvjeta sa standardnim proteomom. Funkcionalna proteomika prouĉava interakciju
proteina i kako te interakcije odreĊuju funkciju, bilo ona normalna ili abnormalna.
Strukturalna proteomika bavi se strukturom i modifikacijom proteina, uglavnom
analizom pomoću X-zraka i NMR analizom proteinskih kristala. Korištenje
farmakoproteomike omogućava alternativni pristup u identifikaciji i validaciji proteinskih
ciljnih molekula te karakterizaciji djelovanja lijeka. Zbog toga postaje sve zanimljivija
farmaceutskoj industriji pri otkrivanju i razvoju lijekova.
1.6.4 Bioinformatika
Bioinformatika je interdisciplinarno podruĉje koje razvija metode i softver za
razumijevanje bioloških podataka. Bioinformatika kombinira biološke i raĉunalne znanosti
uz doprinos ostalih disciplina. Analiza sloţenog slijeda makromolekula je osnova
istraţivanja bioinformatiĉara. Većina bioloških struktura sastoji se od ĉetiri razine
sloţenosti molekule. Primarna struktura odnosi se na slijed monomernih jedinica u
polimernoj makromolekuli. Tehnike analize primarne strukture se zasnivaju na
standardnim raĉunalnim algoritmima. Sekundarna struktura se odnosi na lokalnu
25
trodimenzionalnu strukturu makromolekule. Tercijarna struktura se zasniva na ukupnoj
trodimenzionalnoj strukturi makromolekule. Kvarterna struktura predstavlja interakciju
izmeĊu podjedinica unutar cijele makromolekule. Analize viših struktura su puno
kompleksnije.
Još jedno od bitnih podruĉja interesa bioinformatike je 'rudarenje podataka', odnosno
duboko pretraţivanje literature [eng. data mining]. Data mining je proces izvlaĉenja
kvalitetnih informacija iz gomila tekstova i baza podataka.56
1.6.5 Baze podataka
Baza podataka je organizirana kolekcija podataka. Omogućuje nam odrţati korak s
ogromnom koliĉinom podataka, pretraţivanje, vizualizaciju podataka te globalizaciju
istraţivanja. Većina relevantnih baza podataka dostupna je na Internetu.
1.6.5.1 National Center for Biotechnology Information (NCBI)
NCBI sadrţi javne baze podataka, vrši istraţivanja u raĉunalnoj biologiji, razvija softver za
analiziranje genomskih podataka i proširuje biomedicinske informacije. NCBI odrţava
stranicu GenBank.a NCBI-u se moţe pristupiti na: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/.
1.6.5.2 International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC)b
INSDC je udruţenje koje prikuplja i proširuje baze podataka koje sadrţe sekvence DNA i
RNA. Sastoji se od DNA Data Bank of Japan (DDBJ)c, GenBank i European Nucleotide
Archive (ENA)d.
1.6.5.3 Uniprote
UniPROT je baza podataka proteinskih slijedova i funkcija. Konzorcij se sastoji od
European Bioinformatics Institute (EBI)f, Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)
a i Protein
Information Resource (PIR)b.
ahttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/
bhttp://www.insdc.org/
chttp://www.ddbj.nig.ac.jp/
dhttp://www.ebi.ac.uk/ena
ehttp://www.uniprot.org/
fhttp://www.ebi.ac.uk/
26
1.6.5.4 Pubmedc
PubMed je traţilica koja pretraţuje bazu podataka MEDLINE. MEDLINE sadrţi teme iz
bioloških znanosti i biomedicine.
1.6.5.5 Baze podataka koje sadrţe informacije o farmakogenetski relevantnim
alelima
The Human Cytochrome P450 (CYP) Allele Nomenclature Databased
Ova baza podataka sadrţava informacije o promjenama nukleotida, ekspresiji i/ili
aminokiselina koje se dogaĊaju kod pojedinih alela za CYP gene, a organizirana je u
tablice.
GeneCardse
GeneCards je opseţna baza podataka ljudskih gena koja je organizirana kao traţilica. Za
svaki gen je opisan pseudonim, povezanost s bolešću, alelne varijante, ekspresija, struktura
produkta koji nastaje, funkcija itd.
SNPediaf
SNPedia je baza podataka o uĉincima razliĉitih polimorfizama koja moţe biti aţurirana,
brisana i izmjenjivana od bilo koga, a bazira se na recenziranim ĉlancima.
My Cancer Genomeg
My Cancer Genome je baza podataka usmjerena na aţurirane informacije o mutacijama u
razliĉitim karcinomima te njihov uĉinak na mogućnosti lijeĉenja, ukljuĉujući kliniĉke faze
istraţivanja lijeka.
ahttp://www.sib.swiss/
bhttp://pir.georgetown.edu/
chttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
dhttp://www.cypalleles.ki.se/
ehttp://www.genecards.org/
fhttps://www.snpedia.com/index.php/SNPedia
ghttps://www.mycancergenome.org
27
PharmGKBa
PharmGKB je javna baza znanja, tj. baza strukturiranih podatke iz podruĉja
farmakogenomike koji obuhvaćaju kliniĉke informacije za doziranje lijekova, deklariranje
lijekova, poveznice izmeĊu gena i lijeka te veze izmeĊu genotipa i fenotipa.Glavne
smjernice na PharmGKB-u dolaze od The Clinical Pharmacogenetics Implementation
Consortium-a (CPIC) i Dutch Pharmacogenetics Working Group-a (DPWG).
Slika 3: PharmGKB-ova piramida znanja.57
The Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium (CPIC)
CPIC objavljuje smjernice za lijekove bazirane na genotipu kako bi kliniĉarima omogućili
razumijevanje na koji naĉin genetski testovi mogu poboljšati lijeĉenje bolesnika. Svaka
smjernica rabi standardni format koji sadrţava razine dokaza [eng. level of evidence (LoE)]
za poveznicu izmeĊu genotipa i fenotipa, gdje:
visoka [eng. high] razina dokaza sadrţava dosljedne rezultate dobro
osmišljenih i provedenih istraţivanja
osrednja [eng. moderate] razina dokaza koja ima dovoljan broj dokaza
kojima bi se odredili uĉinci, ali je snaga dokaza ograniĉena brojem
kvalitetnih studija te harmonizacijom u rutinsku uporabu
ahttps://www.pharmgkb.org/
28
slaba [eng. weak] razina dokaza kod koje nema dovoljno dokaza o uĉinku na
zdravlje, ozbiljnim propustima u dizajniranju studije;
te snagu preporuke [eng. strength of recommendation (SoR)] za svaku preporuku u
doziranju te informacije koje omogućuju kliniĉaru prijevod bolesnikovih diplotipovaa u
fenotipove i/ili odgovarajuće terapijske skupine. S obzirom na SoR podjela je izvršena na
tri skupine:
jaka [eng. strong] snaga preporuke kod koje kvalitetnim dokazima
ustanovljeno da su poţeljni uĉinci prevagnuli nepoţeljne uĉinke
osrednja [eng. moderate] snaga preporuke kod koje postoji ravnoteţa
izmeĊu poţeljnih i nepoţeljnih uĉinaka ili ta granica nije razjašnjena
neobavezna [eng. optional] snaga preporuke kod koje su poţeljni i
nepoţeljni uĉinci u ravnoteţi te treba provesti raspravu o odluci proveĊenja
testiranja.58
Dutch Pharmacogenetics Working Group (DPWG)
DPWG je skupina koja je osnovana od strane the Royal Dutch Association for the
Advancement of Pharmacy s ciljem implementiranja terapeutskih doza u raĉunalne sustave
za propisivanje lijekova, doziranje i automatsko praćenje terapije baziranih na
farmakogenetskim podacima iz literature te obrazovanih osoba. 59
a haplotipni par odreĊene jedinke
29
2 OBRAZLOŢENJE TEME
1) sakupiti i sustavno prikazati podatke o kliniĉki relevantnim
farmakogenetskim/farmakogenomskim biljezima s ciljem optimiranja pristupa
lijeĉenju na principima individualizacije terapije
2) obuhvatiti kliniĉke relevantne farmakogenetske/farmakogenomske biljege i
prikazati ih na pregledan, upotrebljiv dostupan naĉin
3) pruţiti temeljne informacije o farmakogenomici te objasniti utjecaj genotipa i
fenotipa na farmakodinamiku i farmakokinetiku lijeka
4) objasniti ulogu farmakogenetike/farmakogenomike u personaliziranoj medicini,
odnosno terapiji
5) opisati potencijal farmakogenetike/farmakogenomike u razvoju lijekova
6) pruţiti informacije o izvorima aţurnih farmakogenomskih podataka (baze
podataka) u svrhu poticanja kliniĉke primjene najnovijih spoznaja vezane uz
farmakogenetiku/farmakogenomiku te dostupnosti izrade testova u Republici
Hrvatskoj
7) stvoriti osnovu za izradu web stranice/priruĉnika s aţurnim farmakogenetskim
smjernicama
30
3 MATERIJALI I METODE
Budući je ovaj diplomski rad baziran na teorijskim osnovama, sva se metodologija
zasnivala na pretraţivanju relevantne literature i prikupljanju podataka.
Osnova farmakogenetskih naĉela većinski je preuzeta iz Pharmacogenomics Second
Edition (Werner Kalow i sur., 2005) odakle su korišteni podaci o općenitim temama
farmakogenetike i farmakogenomike, personalizirane medicine, organizacije ljudskog
genoma, promjenama u genima i njihovoj ekspresiji koje utjeĉu na farmakokinetiku i
farmakodinamiku lijekova i druge. Osim toga, pretraţena je i dostupna literatura sa stranice
NCBI-a i drugih aţurnih resursa na Internetu koji se bave temama iz farmakogenetike.
Materijali koji su korišteni u svrhu primarnog cilja ovog diplomskog rada većinski su
preuzeti s glavne baze podataka o farmakogenetici i farmakogenomici: PharmGKB gdje su
po naputku CPIC-a i DPWG-a prikazani lijekovi i kliniĉki relevantni geni (s pojedinim
alelima i genotipovima) koji mogu utjecati na farmakokinetiku i farmakodinamiku tih
lijekova. Ostale relevantne baze podataka s Interneta kojima su proširene informacije o
kliniĉki relevantnim polimorfizmima su: SNPedia, GeneCards i The Human Cytochrome
P450 (CYP) Allele Nomenclature Database, dok je baza podataka My Cancer Genome
korištena pri pretraţivanju mutacija u malignim promjenama te utjecaj mutacija na odabir
farmakoterapije.
Idealni primjer individualizacije terapije je stranica warfarindosing.com koja omoguće
toĉan izraĉun doze varfarina te se kasnije obraĊuje u diskusiji.
31
4 REZULTATI
4.1 Tablica lijekova i farmakogenetskih polimorfizama za koje je
klinički učinak značajan
U tablici koja slijedi prikazani su genetski polimorfizmi od visokog do osrednjeg stupnja
kliniĉkog znaĉaja prema smjernicama CPIC-a i DPWG-a. Tablica takoĊer navodi i druge
biomarkere visokog stupnja znaĉaja za unaprijeĊivanje terapije na farmakogenetskim
principima (koje je danas smisleno odreĊivati metodama molekularne biologije i
citogenetike). Tablica je poredana u stupce sljedećeg redosljedom:
1) Relevantni geni, odnosno biomarkeri.
2) Lijekovi koji su vezani za te gene, njihov naziv na engleskom jeziku te indikacija.
3) Genotip i pripadajući pretpostavljeni fenotip (previĊen iz genotipa zbog ĉega treba
biti na oprezu pri njegovoj interpretaciji)
4) Polimorfizmi i njihovo pojašnjenje.
5) rs oznaka polimorfizma [od eng. Reference SNP cluster ID] je svojevrsni kôd kojim
se precizno referira na specifiĉni SNP.60
6) Uĉestalost kojom se odreĊeni polimorfizam ili genotip [prikazano brojem u obloj
zagradi] pojavljuje u populaciji. Prikazani rezultati uĉestalosti pribliţno odgovaraju
uĉestalosti polimorfizama ili genotipa u Europi, odnosno RH, zbog ĉega ne smiju
biti korištene za udaljene etniĉke skupine.
7) Interpretacija fenotipa.
Metabolizam lijekova: oĉituje li se bolesnikov metabolizam kao
povećan (), normalan () ili smanjen () spram EM, tj. većine populacije za koju je i
lijek predviĊen
Transporteri i ostali enzimi: uĉinak alelnih varijanti na funkciju spram divljeg tipa
Biomarkeri: uĉinak nepovoljnih mutacija na djelovanje biomolekula i signalnih puteva
8) Preporuka doze utvrĊena farmakogenetskim testiranjem u cilju optimizacije terapije
9) Broj ispitanika na kojem se ispitivao utjecaj polimorfizama na lijek
10) Razina dokaza koja je proizašla farmakogenetiĉkim istraţivanjima
(skala: slab, osrednji, dobar, NP = nije poznato)
11) Kliniĉka znaĉajnost mogućeg rizika prema nuspojavama, smanjenom uĉinku lijeka
ili drugom nepovoljnom uĉinku uzrokovanom interakcijom gen-lijek:61
32
NP - nije poznato
AA - bez nepovoljnih uĉinaka
A - blaţi nepovoljan uĉinak poput produljenja ispravljenog QT intervala,
povećanja PV-INR-a koje nije veće od 4,5
B - kratkotrajna nelagoda (do 48 sati): npr. veći broj otkucaja srca pri
mirovanju, manja tahikardija pri vjeţbanju, smanjeni uĉinak oksikodona kod
bolova; potencijalni štetni uĉinci lijeka zbog povećane bioraspoloţivosti (npr.
smanjen apetit, insomnija, ostali poremećaji sna, itd.); neutropenija koja nije
manja od 1,5x109/L; leukopenija koja nije manja od 3,0x10
9/L; trombocitopenija
koja nije manja od 75x109/L; umjerena dijareja; smanjeno povećanje glukoze
kod testa oralne tolerancije glukoze (oGTT)
C - dugotrajna nelagoda (48-168 sati) bez trajne posljedice kao npr. neuspjele
terapije tricikliĉkim antidepresivima, atipiĉnim antipsihoticima;
ekstrapiramidalni simptomi; štetni uĉinci lijeka zbog povećane bioraspoloţivosti
tricikliĉkih antidepresiva, metoprolola, propafenona (npr. vrtoglavica); INR 4,5-
6,0; neutropenija 1,0-1,5x109/L; leukopenija 2,0-3,0x10
9/L; trombocitopenija
50-75x109/L
D - dugotrajna nelagoda (>168 sati) s trajnom posljedicom ili ozljedom kao npr.
neuspješna profilaksa atrijalne fibrilacije; venska tromboembolija; smanjeni
uĉinak klopidogrela; nuspojave uzrokovane povećanom bioraspoloţivošću
fenitoina; INR > 6,0; neutropenija 0,5-1,0x109/L; leukopenija 1,0-2,0x10
9/L;
trombocitopenija 25-50x109/L; teški proljev
E - mogućnost neuspjeha terapije i pojava mijelosupresije; prevencija relapsa
karcinoma dojke; aritmija; neutropenija koja je manja od 0,5x109/L; leukopenija
koja je manja od 1x109/L; trombocitopenija koja je manja od 25x10
9/L; po ţivot
opasne komplikacije od dijareje
F - smrt; aritmija; neoĉekivana mijelosupresija
12) Laboratoriji u Zagrebu koji izvode pretragu
13) Izvori i reference
14) Je li odreĊeni lijek uvršten u listu lijekova pri Agenciji za lijekove i medicinske
proizvode (HALMED)
15) Razliĉite napomene za gen, lijek ili nešto drugo
33
Tablica 3. Lijekovi i pripadni farmakogeni odgovorni za prilagodbu doziranja - prema rezultatima farmakogenetiĉkih testiranja (smjernice CPIC i DPWG)
Lijek Genotip
(fenotip)
Interpretacija
fenotipa
Preporuka
doze
Ispitano na
N ispitanika
Stupanj/
razina dokaza
Klinički
značaj
Gdje se
radi? Izvor HALMED Napomena
CYP2C9 inducira ga: rifampicin; inhibira ga: amiodaron, flukokonazol i sulfafenazol
Polimorfizmi rs oznaka Učestalost alela % Izvor
*1 (wt) - ~80 62,
63
*2 (C430T=Arg144Cys) (gubitak funkcije) rs1799853 ~10
*3 (A1075C=Ile359Leu) (gubitak funkcije) rs1057910 ~10
acenokumarol acenocumarol
(oralni antikoagulant)
EM (wt/wt)
normalan
D
6.811
- -
KBCSM, KBCZg
64 Ne
IM (wt/mut) M naprama EM ↕ D rezultatima INR-a Dobar F
PM (mut/mut) M naprama EM
celekoksib celecoxib
(antireumatik)
IM (wt/mut) M naprama EM nema preporuke o D NP
*1/*2 opreĉni rezultati
studija; *1/*3 bolji rezultati
studija NP
KBCSM, KBCZg
65 Da
PM (mut/mut) M naprama EM D 50% ili odabrati AL NP
flurbiprofen flurbiprofen
(antireumatik)
IM (wt/mut) M naprama EM nema preporuke NP
Osrednji NP
KBCSM,
KBCZg 66
Da PM (mut/mut) M naprama EM nema preporuke, ↑oprez Slab
glibenklamid glibenclamide
(antidijabetik) / / nema preporuke 86 Osrednji /
KBCSM,
KBCZg 62
Da
gliklazid
gliclazide (antidijabetik)
/ / nema preporuke 912 Osrednji / KBCSM,
KBCZg 62
Da
glimepirid glimepiride
(antidijabetik) / / nema preporuke 442 Osrednji /
KBCSM,
KBCZg 62
Da
fenprokumon phenprocoumon
(oralni antikoagulant)
IM (wt/mut) M naprama EM nema preporuke NP Dobar F
KBCSM,
KBCZg 59
Ne PM (mut/mut) M naprama EM ↕ D rezultatima INR-a
fenitoin phenytoin
(antikonvulziv)
IM (wt/mut) M naprama EM
zapoĉeti Th s D,
D odrţavanja 25%,
odrediti KL nakon 7-10 dana te ↑ oprez 1.354 Dobar A
KBCSM, KBCZg
62 Da
PM (mut/mut) M naprama EM
zapoĉeti Th s D,
D odrţavanja 50%, odrediti KL nakon 7-10 dana te ↑ oprez
tolbutamid tolbutamide
(antidijabetik) / / nema preporuku 544 Osrednji /
KBCSM,
KBCZg 59
Ne
varfarin warfarin
(oralni antikoagulant)
IM (wt/mut) M naprama EM koristiti warfarindosing.org NP Dobar NP
KBCSM,
KBCZg 62, 67
Da PM (mut/mut) M naprama EM
34
Lijek Genotip
(fenotip)
Interpretacija
fenotipa
Preporuka
doze
Ispitano na
N ispitanika
Stupanj/
razina dokaza
Klinički
značaj
Gdje se
radi? Izvor HALMED Napomena
CYP2C19 inducira ga: karbamazepin, noretindron, prednizon, rifampicin;
inhibira ga: kloramfenikol, cimetidin, felbamat, fluoksetin, fluvoksamin, indometacin, ketokonazol, lansoprazol, modafinil, omeprazol, okskarbazepin, probenecid, tiklopidin, topiramat
Polimorfizmi rs oznaka Učestalost alela % Izvor
*1 (wt) - ~87
68, 69, 70
*2 (G681A) (prekrajanje, gubitak funkcije) rs4244285 ~13
*3 (G636A=Trp212Stop) (Stop kodon, gubitak funkcije) rs4986893 ~1
*17 (C-806T) (pojaĉana kspresija) rs12248560 18 [Švedska]
amitriptilin amitriptyline
(TCA)
EM (wt/wt)
normalan
D
NP
- -
KBCSM, KBCZg 62
Da
IM (wt/mut) M naprama EM D Dobar NP
PM (mut/mut) M naprama
EM ↓D 50%,pratiti KL te naknadno↕D Osrednji NP
UEM (*1/*17 ili
*17/*17) M naprama EM odabrati AL ili D uz praćenje uĉinka NP NP KBCZg
citalopram citalopram
(SSRIantidepresiv)
IM (wt/mut) M naprama EM nema preporuke
2.396 Dobar A
KBCSM,
KBCZg 59
Da PM (mut/mut)
M naprama
EM nema preporuke
UEM (*1/*17 ili
*17/*17) M naprama EM
pratiti KL te naknadno ↕D do max 150% poĉetne
D
iliodabrati AL
KBCZg
klomipramin clomipramine
(TCA)
IM (wt/mut) M naprama EM nema preporuke
NP Osrednji NP
KBCSM,
KBCZg 71 Ne PM (mut/mut)
M naprama
EM
odabrati AL ili D 50%,pratiti KL te naknadno
↕D
UEM (*1/*17 ili
*17/*17) M naprama EM odabrati AL ili pratiti KL te naknadno ↕D KBCZg
klopidogrel clopidogrel
(antiagregacijski prolijek)
IM (wt/mut) M ( rizik za neuspjeh
Th) nedovoljno podataka o D, razmisliti o AL
11.785
Dobar F KBCSM,
KBCZg 59, 72,
73
Da PM (mut/mut) M ( rizik za neuspjeh
Th) nedovoljno podataka o D, razmisliti o AL
UEM (*1/*17 ili
*17/*17) M naprama EM ( rizik
prema nuspojavama) nema preporuke Osrednji A KBCZg
doksepin doxepin
(TCA)
IM (wt/mut) M naprama EM D 25%
NP Osrednji NP
KBCSM, KBCZg 62
Ne PM (mut/mut) M naprama
EM D 50%
UEM (*1/*17 ili
*17/*17) M naprama EM odabrati AL ili pratiti KL te naknadno ↕D KBCZg
escitalopram escitalopram
(SSRI antidepresiv)
IM (wt/mut) M naprama EM nema preporuke
NP Dobar A
KBCSM,
KBCZg 59
Da PM (mut/mut)
M naprama EM
nema preporuke
UEM (*1/*17 ili
*17/*17) M naprama EM
pratiti KL te naknadno ↕Ddo max 150% poĉetne D
ili odabrati AL
KBCZg
35
Lijek Genotip
(fenotip)
Interpretacija
fenotipa
Preporuka
doze
Ispitano na
N ispitanika
Stupanj/
razina dokaza
Klinički
značaj
Gdje se
radi? Izvor HALMED Napomena
esomeprazol esomeprazole
(antiulkusni lijek)
IM (wt/mut) M naprama EM nema preporuke
975
Dobar AA KBCSM,
KBCZg 59 Da
PM (mut/mut) M naprama
EM nema preporuke
UEM (*1/*17 ili
*17/*17) M naprama EM D 50-100% te oprez NP NP KBCZg
imipramin imipramine
(TCA)
IM (wt/mut) M naprama EM nedovoljno podataka o D, razmisliti o AL
541
Osrednji A KBCSM,
KBCZg 59 Ne
PM (mut/mut) M naprama
EM
odabrati AL
ili D 30%,pratiti KL te naknadno ↕D
UEM (*1/*17 ili
*17/*17) M naprama EM nema preporuke NP NP KBCZg
lansoprazol
lansoprazole
(antiulkusni lijek)
IM (wt/mut) M naprama EM nema preporuke
2.304
Dobar AA KBCSM,
KBCZg 59 Da
PM (mut/mut) M naprama
EM nema preporuke
UEM (*1/*17 ili
*17/*17) M naprama EM D 200% te oprez NP NP KBCZg
moklobemid moclobemide
(MAO inhibitor) / / nema preporuku 31 NP NP
KBCSM, KBCZg
59 Da
omeprazol omeprazole
(antiulkusni lijek)
IM (wt/mut) M naprama EM nema preporuke
2.522
Dobar AA KBCSM,
KBCZg 59 Da
PM (mut/mut) M naprama
EM nema preporuke
UEM (*1/*17 ili
*17/*17) M naprama EM D 100-200% te oprez Osrednji A KBCZg
pantoprazol pantoprazole
(antiulkusni lijek)
IM (wt/mut) M naprama EM nema preporuke
829
Dobar AA
KBCSM,
KBCZg 59 Da
PM (mut/mut) M naprama
EM nema preporuke
UEM (*1/*17 ili
*17/*17) M naprama EM D 400% te oprez Osrednji KBCZg
rabeprazol rabeprazole
(antiulkusni lijek) / / nema preporuku 2.239 NP NP
KBCSM, KBCZg
59 Da
sertralin sertraline
(SSRI antidepresiv)
IM (wt/mut) M naprama EM ↔D
26
Osrednji
A KBCSM,
KBCZg 59 Da
PM (mut/mut) M naprama
EM
↓D 50%, pratiti KL te naknadno ↕Dili odabratiAL
C
UEM (*1/*17 ili
*17/*17) M naprama EM ↔D, promijeniti Th ako nema odgovora NP NP KBCZg
trimipramin trimipramine
(TCA)
IM (wt/mut) M naprama EM ↓D 25%, pratiti KL te naknadno ↕Dili odabrati
AL
NP Osrednji NP
KBCSM, KBCZg 62
Ne
PM (mut/mut)
M naprama EM
odabrati AL
ili ↓D 50%, pratiti KL te naknadno ↕D
UEM (*1/*17 ili
*17/*17) M naprama EM
odabrati AL
ili pratiti KL te naknadno↕D KBCZg
36
Lijek Genotip
(fenotip)
Interpretacija
fenotipa
Preporuka
doze
Ispitano na
N ispitanika
Stupanj/
razina dokaza
Klinički
značaj
Gdje se
radi? Izvor HALMED Napomena
vorikonazol voriconazole
(antimikotik)
IM (wt/mut) M naprama EM pratiti KL te naknadno ↕D
314 Osrednji A
KBCSM,
KBCZg 59 Da
PM (mut/mut) M naprama
EM pratiti KL te naknadno ↕D
UEM (*1/*17 ili
*17/*17) M naprama EM nema preporuke KBCZg
CYP2D6 inducira ga: deksametazon, rifampicin
inhibira ga: amiodaron, celekoksib, klorokin, klorpromazin, cimetidin, klomipramin, kodein, delaviridin, desipramin, diltiazem, doksorubicin, fluvoksetin, flufenazin, fluvoksamin, haloperidol, labetalol, lobelin, lomustin, metadon, mibefradil, moklobemid, paroksetin, perfenazin, propafenon, ranitidin, ritonavir, serindol, tioridazin, valproat, vinblastin, vinkristin, vinorelbin, johimbin
Polimorfizmi rs oznaka Učestalost alela (genotipa) % Izvor
*1 i *2 (wt) - ~70
74, 75
*1xn i *2xn (duplikacija gena) rs1135840 ~3
*3 (ΔA2549) (frameshift, gubitak funkcije) rs35742686 ~1
*4 (G1846A)(prekrajanje, gubitak funkcije) rs3892097 ~20
*5 (delecija cijelog gena, gu itak funkcije) - ~5
*6 (ΔT1707)(frameshift, gubitak funkcije) rs5030655 ~1,5
* 7 (A2935C=His324Phe)(gubitak funkcije) rs5030867 ~1,5
* 8 (G1758T=Gly169X)(gubitak funkcije) rs5030865 < 1
* 10 (G100C=Phe34Ser)(djelomiĉan gubitak funkcije) rs1065852 1
* 41 (G2988A)(prekrajanje, djelomiĉan gubitak funkcije) rs28371725 NP
amitriptilin
amitriptyline
(TCA)
EM (wt/wt)
normalan
↔D 459 - -
KBCZg 62,
59
Da
UEM (aleli s
dupliciranim genima) M naprama EM
odabrati AL
ili pratiti KL te naknadno ↕D 459 Osrednji C
IM (wt/mut) M naprama EM ↓D 25%,pratiti KL te naknadno ↕D 459 Dobar C
PM (mut/mut) M naprama
EM
odabrati AL ili↓D 50%, pratiti KL te naknadno ↕D
459 Osrednji A
aripiprazol aripiprazole
(antipsihotik)
UEM (aleli s
dupliciranim genima) M naprama EM nema preporuke
124
NP NP
KBCZg 59
Da
IM (wt/mut) M naprama EM nema preporuke
Dobar
A
PM (mut/mut) M naprama
EM ↓D 33% C
atomoksetin
atomoxetine (lijek za
ADHD)
UEM (aleli s
dupliciranim genima) M naprama EM nedovoljno podataka o D, razmisliti o AL
10.081
NP NP
KBCZg 59
Da
IM (wt/mut) M naprama EM nema preporuke Dobar A
PM (mut/mut) M naprama
EM ↔D, ↑oprez Osrednji B
karvedilol carvedilol
(beta blokator) / / nema preporuku 135 / / KBCZg
59 Da
klomipramin clomipramine
(TCA)
UEM (aleli s
dupliciranim genima) M naprama EM
odabrati AL
ili pratiti KM te naknadno↕D
272
Slab
C KBCZg 59
Ne
IM (wt/mut) M naprama EM pratiti KM te naknadno ↕D
Dobar PM (mut/mut) M naprama EM ↓D 50%, pratiti KM te naknadno ↕D
37
Lijek Genotip
(fenotip)
Interpretacija
fenotipa
Preporuka
doze
Ispitano na
N ispitanika
Stupanj/
razina dokaza
Klinički
značaj
Gdje se
radi? Izvor HALMED Napomena
klozapin clozapine
(atipiĉni antipsihotik) / / nema preporuku 297 / / KBCZg
59 Da
kodein codeine
(opiodni analgetik)
UEM (aleli s
dupliciranim genima) M naprama EM (↑ rizik
prema nuspojavama) odabrati AL
453
Dobar F
KBCZg 76
Da
kod
ein
se
met
abo
lizi
ra u
pote
ntn
iji
mo
rfin
IM (wt/mut) M naprama EM ↔D te naknadno ↕D ili odabrati AL ako nema
odgovora Osrednji A
PM (mut/mut) M naprama
EM odabrati AL Dobar B
desipramin desipramine
(TCA)
UEM (aleli s
dupliciranim genima) M naprama EM
odabrati AL
ili ↑D, pratiti KM te naknadno ↕D
NP Osrednji NP KBCZg 77 Ne
IM (wt/mut) M naprama EM ↓D 25%, pratiti KM te naknadno ↕D
PM (mut/mut) M naprama
EM
odabrati AL
ili ↓D 50%, pratiti KM te naknadno ↕D
doksepin doxepin
(TCA i anksiolitik)
UEM (aleli s
dupliciranim genima) M naprama EM
odabrati AL ili ↑D 100%, pratiti KM te
naknadno ↕D
76 Osrednji
A
KBCZg 59
Ne
IM (wt/mut) M naprama EM ↓D 20%, pratiti KM te naknadno ↕D A
PM (mut/mut) M naprama
EM ↓D 40%, pratiti KM te naknadno ↕D F
duloksetin duloxetine
(SSRI antidepresiv) / / nema preporuku 0 / / KBCZg
59 Da
flekainid flecainide
(antiaritmik)
UEM (aleli s
dupliciranim genima) M naprama EM
↕D ovisno o rezultatima
EKG-a i KL ili odabrati AL
145
NP
A KBCZg 59
Ne
IM (wt/mut) M naprama EM
↓D 25% te naknadno ↕D ovisno o rezultatima
EKG-a i KL Osrednji
PM (mut/mut) M naprama
EM
↓D 50% te naknadno ↕D ovisno o rezultatima EKG-a i KL Dobar
flupentiksol flupenthixol
(antipsihotik) / / nema preporuku 0 / / KBCZg
59 Ne
fluvoksamin fluvoxamine
(SSRI antidepresiv)
UEM (aleli s
dupliciranim genima) M naprama EM nema preporuke, razmisliti o AL
NP Osrednji NP KBCZg 78
Da
IM (wt/mut) M naprama EM ↔D
PM (mut/mut) M naprama
EM ↓D 25-50% te naknadno ↕Dili odabrati AL
haloperidol haloperidol
(antipsihotik)
UEM (aleli s
dupliciranim genima) M naprama EM
pratiti KLte naknadno ↕D
ili odabrati AL
1.411 Dobar
C
KBCZg 59
Da
IM (wt/mut) M naprama EM nema preporuke A
PM (mut/mut) M naprama
EM
↓D 50% ili
odabratiAL C
38
Lijek Genotip
(fenotip)
Interpretacija
fenotipa
Preporuka
doze
Ispitano na
N ispitanika
Stupanj/
razina dokaza
Klinički
značaj
Gdje se
radi? Izvor HALMED Napomena
imipramin imipramine
(TCA)
UEM (aleli s
dupliciranim genima) M naprama EM
odabrati AL
ili ↑D 70%, pratiti KM te naknadno ↕D
268 Dobar
A KBCZg
59 Ne
IM (wt/mut) M naprama EM D 30%, pratiti KM te naknadno ↕D
PM (mut/mut) M naprama
EM D 70%, pratiti KM te naknadno ↕D C
metoprolol metoprolol
(beta blokator)
UEM (aleli s
dupliciranim genima) M naprama EM
kod zatajenja srca odabrati AL
1.966 Dobar
D
KBCZg 59
Da
kod svih ostalih indikacija ↕D do maksimalno
250% poĉetneD
IM (wt/mut) M naprama EM
kod zatajenja srca odabrati AL
B kod svih ostalih indikacija ↕D do maksimalno
50% poĉetneD
PM (mut/mut) M naprama
EM
kod zatajenja srca odabrati AL
C kod svih ostalih indikacija ↕D do maksimalno 25% poĉetneD
mirtazapin mirtazapine
(antipsihotik)
nema preporuku 333 / / KBCZg 79
Da
nortriptilin nortriptyline
(TCA)
UEM (aleli s
dupliciranim genima) M naprama EM
odabrati AL
ili ↑D 60%, pratiti KL i KM te naknadno ↕D
270
Osrednji
C KBCZg 62, 59
Ne
IM (wt/mut) M naprama EM ↓D40%, pratiti KL i KM te naknadno ↕D Dobar
PM (mut/mut) M naprama
EM
odabrati AL ili ↓D 60%, pratiti KL i KM te naknadno ↕D
Osrednji
olanzapin
olanzapine (antipsihotik)
/ / nema preporuku 201 / / KBCZg 80
Da
oksikodon oxycodone
(opioidni analgetik)
UEM (aleli s
dupliciranim genima) M naprama EM (↑ rizik
prema nuspojavama) ↑oprez ili odabrati AL
78
Objavljeni nedovršeni
sluĉajevi A
KBCZg 62
Da
CY
P2
D6
met
abo
lizm
om
ok
sik
odo
na
nas
taje
akti
vn
iji
met
abo
lit
IM (wt/mut) M naprama EM (↑rizik za
neupjeh Th) ↑oprez ili odabrati AL Osrednji NP
PM (mut/mut) M naprama
EM (↑rizik za neupjeh Th) ↑oprez ili odabrati AL Osrednji B
paroksetin paroxetine
(SSRI antidepresiv)
UEM (aleli s
dupliciranim genima) M naprama EM odabrati AL
633 Dobar
C
KBCZg 62,
81
Da
IM (wt/mut) M naprama EM ↔D
A PM (mut/mut)
M naprama
EM
odabrati AL
ili ↓D 50%,pratiti KL te naknadno ↕D
propafenon propafenone
(alfa i beta blokator)
UEM (aleli s
dupliciranim genima) M naprama EM
↕D ovisno o rezultatima EKG-a i KL ili odabrati AL
257
Osrednji D
KBCZg 62
Da
IM M naprama EM ↕D ovisno o rezultatima
EKG-a i KL ili odabrati AL Osrednji A
PM (mut/mut) M naprama
EM
↓D 70% tenaknadno ↕D ovisno o rezultatima
EKG-a i KL Dobar C
39
Lijek Genotip
(fenotip)
Interpretacija
fenotipa
Preporuka
doze
Ispitano na
N ispitanika
Stupanj/
razina dokaza
Klinički
značaj
Gdje se
radi? Izvor HALMED Napomena
risperidon risperidone
(antipsihotik)
UEM (aleli s
dupliciranim genima) M naprama EM
odabrati AL
ili ↕D ovisno o uĉinku
1.721 Dobar
C
KBCZg 62
Da
IM (wt/mut) M naprama EM odabrati AL
ili ↕D ovisno o uĉinku C
PM (mut/mut) M naprama
EM
odabrati AL
ili ↕D ovisno o uĉinku D
tamoksifen tamoxifen
(SERM)
UEM (aleli s
dupliciranim genima) M naprama EM (↑rizik za
neuspjeh Th) nema preporuku
5.020 Dobar
A
KBCZg 62
Da
tam
ok
sife
n j
e p
roli
jek
IM (wt/mut) M naprama EM ( rizik
prema nuspojavama)
izbjegavati korištenje inhibitora CYP2D6,
razmisliti o uvoĊenju inhibitora aromataze kod
ţena u menopauzi E
PM (mut/mut)
M naprama
EM ( rizik prema
nuspojavama)
izbjegavati korištenje inhibitora CYP2D6,
razmisliti o uvoĊenju inhibitora aromataze kod
ţena u menopauzi E
tramadol tramadol
(opioidni analgetik)
UEM (aleli s
dupliciranim genima) M naprama EM ( rizik
prema nuspojavama)
↓D 30% i ↑oprez
ili odabrati AL
968
Osrednji C
KBCZg 62
Da
CY
P2
D6
met
abo
lizm
om
tram
ado
la
nas
taje
akti
vn
iji
met
abo
lit
IM (wt/mut) M naprama EM (↑rizik za
neuspjeh Th)
↑D, naknadno ↕D te↑oprez ili odabrati AL Dobar B
PM (mut/mut) M naprama
EM (↑rizik za neuspjeh Th) AL ili ↑D, naknadno ↕D te↑oprez Dobar B
trimipramin trimipramine
(TCA)
UEM (aleli s
dupliciranim genima) M naprama EM odabrati AL ili pratiti KL te naknadno ↕D
NP Osrednji NP KBCZg 62
Da
IM (wt/mut) M naprama EM ↓D 25%,pratiti KL te naknadno ↕D
PM (mut/mut) M naprama
EM
odabrati AL
ili ↓D 50%,pratiti KL te naknadno ↕D
venlafaksin venlafaxine
(SSRI antidepresiv)
UEM (aleli s
dupliciranim genima) M naprama EM
pratiti KL i KM te naknadno ↕D do max 150% poĉetne D te↑oprez
ili odabrati AL
251 Dobar
A
KBCZg 62
Da
IM (wt/mut) M naprama EM odabrati AL
ili pratiti pratiti KL i KM te naknadno ↕D C
PM (mut/mut) M naprama
EM
odabrati AL
ili pratiti pratiti KL i KM te naknadno ↕D C
zuklopentiksol zuclopenthixol (antipsihotik)
UEM (aleli s
dupliciranim genima) M naprama EM
pratiti KL te naknadno ↕D ili odabrati AL
231
NP NP
KBCZg 62
Da
IM (wt/mut) M naprama EM ↓D 25% ili odabrati AL Dobar A
PM (mut/mut) M naprama
EM ↓D 50% ili odabrati AL Dobar A
40
Lijek Genotip
(fenotip)
Interpretacija
fenotipa
Preporuka
doze
Ispitano na
N ispitanika
Stupanj/
razina dokaza
Klinički
značaj
Gdje se
radi? Izvor HALMED Napomena
UGT1A1
Polimorfizmi rs oznaka Učestalost alela % Izvor
*1 (wt) - ~70 82 *28 (TA)7 ponavljanja u promotorskoj regiji (smanjena ekspresija za 70%) rs8175347 26-31
irinotekan irinotecan
(citostatik - Ca kolona)
EM (wt/wt)
normalan
↔D
3.883
- -
KBD,
KBCSM, KBCZg
59, 83
Da
u s
luĉa
ju p
oĉe
tne
do
ze
man
je o
d 1
80
mg
/m2
gen
oti
piz
acij
a nij
e
potr
ebna
IM (wt/mut) M naprama EM kod D>180mg/m2,
↑oprez te pratiti KLi uĉinak Osrednji F
PM (mut/mut) M naprama
EM
kod D>180mg/m2,
↑oprez te pratiti KL i uĉinak
Osrednji E kod D>250mg/m2, ↓D30% te naknadno ↕D ovisno o broju
neutrofilnih granulocita
atazanavir atazanavir
(HIV antivirotik)
IM (wt/mut) ↓glukuronidacija bilirubina ↔D te informirati bolesnika da je ţutica slabo
vjerojatna s obzirom na njegov genotip
NP NP NP
KBD,
KBCSM, KBCZg
84 Da
ataz
anav
ir
se n
e
met
abo
lizi
r
a s
ovim
enzi
mo
m,
ali
ga
inh
ibir
a
PM (mut/mut) ↓↓glukuronidacija
bilirubina razmisliti o AL
TPMT Polimorfizmi rs oznaka Učestalost alela % Izvor
*1 (wt) - ~95 85
*2 (Ala80Pro) (gubitak funkcije) NP <1
TPMT*3A (Ala154Thr, Tyr240Cys) (gubitak funkcije) NP ~5
azatioprin azathioprine
(imunosupresiv)
EM (wt/wt)
normalan
↔D - - - KBCZg
59, 73
Da
IM (wt/mut) M naprama EM
odabrati AL
ili ↓D 50% te naknadno ↕D ovisno o hematološkim rezultatima i uĉinku
2.853 Dobar
E
KBCZg Da
PM (mut/mut) M naprama
EM
odabrati AL
ili ↓D 90% te naknadno ↕D ovisno o
hematološkim rezultatima i uĉinku F
VKORC1 Polimorfizmi rs oznaka Učestalost % Izvor
(wt) - ~39 (wt/wt homozigot) 86
C1173T (ili C6484T) rs9934438 ~40 (wt/mut heterozigot)
G-1639A (promjena u ekspresiji) rs9923231 ~40
varfarin warfarin
(oralni antikoagulant)
homozigot (wt/wt)
normalna aktivnost enzima
koristiti warfarindosing.org NP Dobar F KBCSM,
KBCZg 67
Da
heterozigot (wt/mut) ↓aktivnost enzima (↑
uĉinak Th)
homozigot (mut/mut) ↓ aktivnost enzima (↑
uĉinak Th)
41
Lijek Genotip
(fenotip)
Interpretacija
fenotipa
Preporuka
doze
Ispitano na
N ispitanika
Stupanj/
razina dokaza
Klinički
značaj
Gdje se
radi? Izvor HALMED Napomena
acenokumarol acenocumarol
(oralni antikoagulant)
homozigot (wt/wt)
normalna aktivnost enzima ↔D
776 Dobar A KBCSM,
KBCZg 59, 87
Ne heterozigot (wt/mut) ↓ aktivnost enzima (↑
uĉinak Th) nema preporuke, ĉešće odreĊivati INR
homozigot (mut/mut) ↓ aktivnost enzima (↑
uĉinak Th) nema preporuke, ĉešće odreĊivati INR
fenprokumon phenprocoumon
(oralni antikoagulant)
homozigot (wt/wt)
normalna aktivnost enzima ↔D
391
Dobar A KBCSM,
KBCZg
59, 88 Ne
heterozigot (wt/mut)
↓ aktivnost enzima (↑
uĉinak Th) nema preporuke NP A
KBCSM,
KBCZg
homozigot (mut/mut) ↓ aktivnost enzima (↑
uĉinak Th) nema preporuke, ĉešće odreĊivati INR NP NP
KBCSM,
KBCZg
Faktor V Polimorfizmi rs oznaka Učestalost % Izvor
FV - ~90
89
Factor V Leiden (G1691A=Arg506Gln)
(rezistencija na razgradnju s aktiviranim proteinom C, hiperkoagulabilnost) NP 3-15
homozigot (mut/mut) <1
oralni kontraceptivi s
estrogenom estrogen-containing oral
contraceptives
homozigot (wt/wt)
normalno djelovanje akt.
proteina C na aktivirani FV
↔D
7.441
- -
KBD,
KBCSM,
KBCZg
59
Da
heterozigot (wt/mut) ↑rizik za razvoj DVT
kod pozitivne obiteljske anamneze na
tromboembolijske bolesti odabrati alternativnu
opciju Dobar D kod negativne obiteljske anamneze izbjegavati
riziĉne ĉimbenike
homozigot (mut/mut) ↑↑ rizik (50%) za razvoj
DVT
kod pozitivne obiteljske anamneze na tromboembol. bolesti odabrati alternativnu opciju
Osrednji D kod negativne obiteljske anamneze izbjegavati
riziĉne ĉimbenike
DPYD Polimorfizmi rs oznaka Učestalost alela % Izvor
*1 (wt) - (95-97)
90, 91
*2A (G>A) (prekrajanje, gubitak funkcije) rs3918290 (3-5)
*3 (ΔC1898) (gubitak funkcije) rs72549303 (0,2)
*4 (G1601A=Ser534Asn) (uĉinak nije jasan) rs1801158 NP
*5 (T>C) (uĉinak nije jasan) rs1801159 NP
*6 (upitno smanjena aktivnost) rs1801160 NP
*9A (upitno povećana aktivnost) rs1801265 NP
kapecitabin capecitabine
(citostatik, prolijek 5-FU)
EM (wt/wt)
normalan
↔D
3.773
- -
KBCZg 62, 59
Da
IM (wt/mut) M naprama EM
odabrati AL
ili↓D 50% te naknadno ↕D Osrednji F
PM (mut/mut) M naprama EM odabrati AL Osrednji
F
42
Lijek Genotip
(fenotip)
Interpretacija
fenotipa
Preporuka
doze
Ispitano na
N ispitanika
Stupanj/
razina dokaza
Klinički
značaj
Gdje se
radi? Izvor HALMED Napomena
fluorouracil fluorouracil
(citostatik)
EM (wt/wt)
normalan ↔D
3.773
- -
KBCZg 62, 59
Da IM (wt/mut) M naprama EM
odabrati AL
ili↓D 50% te naknadno ↕D Osrednji F
PM (mut/mut) M naprama EM odabrati AL Osrednji F
tegafur/uracil kombinacija tegafur/uracil combination
(citostatik)
EM (wt/wt) normalan ↔D
3.773
- -
KBCZg 62, 59
Da
IM (wt/mut) M naprama EM ↓D 50% te naknadno ↕D Osrednji AA
PM (mut/mut) M naprama EM odabrati AL Osrednji AA
CYP3A5 Polimorfizmi rs oznaka Učestalost alela % Izvor
*1 - <1
92, 93
*2 (C27289A=Tyr398Asn)(djelomiĉno smanjenje funkcije) rs28365083 ~1
*3 (A6986G) (prekrajanje, smanjena funkcija) rs776746 82-95
*6 (G14690A)(prekrajanje, gubitak funkcije) rs10264272 <1
takrolimus tacrolimus
(imunosupresiv)
EM (wt/wt)
M naprama PM ↑D 50-100%, ali da ne prelazi 0,3
mg/kg/dan,pratiti KLte naknadno ↕D
1.302
Dobar
B
KBCZg 59,
92 Da
naj
ĉešć
i fe
noti
p
je P
M t
e se
pre
ma
nje
mu
pla
nir
a T
h
IM (wt/mut) M naprama PM ↑D 50-100%, ali da ne prelazi 0,3
mg/kg/dan,pratiti KLte naknadno ↕D D
PM (mut/mut)
normalan ↔D, pratiti KL te naknadno ↕D
NP
NAT2 Polimorfizmi rs oznaka Učestalost alela % Izvor
haplotip: *4 (wt) -
50 brzi (wt/wt ili wt/mut)
50 spori (mut/mut) 94
haplotip: *5 (T341C=Ile114Thr) rs1801280
haplotip: *6 (G590A=Arg197Gln) rs1799930
haplotip: *7 (G857A=Gly286Glu) rs1799931
izoniazid isoniazid
(antituberkulotik)
Brzi (wt/wt ili
wt/mut)
normalan
nema preporuku NP - NP KBCZg 95
Da
rifampicin rifampicin (antibiotik)
Spori (mut/mut) M naprama EM
pirazinamid pyrazinamide
(antituberkulotik) - -
izosorbid dinitirat isosorbide dinitrate
(vazodilatator) - -
hidralazin hydralazine
(vazodilatator) - -
43
Lijek Genotip
(fenotip)
Interpretacija
fenotipa
Preporuka
doze
Ispitano na
N ispitanika
Stupanj/
razina dokaza
Klinički
značaj
Gdje se
radi? Izvor HALMED Napomena
ABCB1 (P-gp)
aliskiren aliskiren
(inhibitor renina) - - nema preporuku NP - NP KBCZg
96 Da
Indu
cira
ga
rifa
mp
icin
što m
oţe
sm
anji
ti
bio
rasp
olo
ţivo
st
alis
kir
ena
i d
o 5
0%
.
SLCO1B1 (OATP) Polimorfizmi rs oznaka Učestalost alela % Izvor
haplotip: *1A (wt) rs72559745 NP
97
haplotip: *1B (wt) rs2306283 37-46
haplotip: *5 (T37041C) (oslabljena funkcija) rs4149056 12-20
haplotip: *15 (T521C i G388A) (oslabljena funkcija) <1
simvastatin simvastatin
(hipolipemik)
normalna funkcija
(wt/wt)
normalna funkcija
transporta
↔D te naknadno ↕D ovisno o indikaciji
NP Dobar NP KBCZg 98, 99
Da "osrednja" funckija
(wt/mut) ↓ funkcija transporta
odabrati AL(npr. pravastatin ili rosuvastatin)
ili ↓D uz odreĊivanje CK
slaba funkcija
(mut/mut) ↓↓ funkcija transporta
odabrati AL (npr. pravastatin ili rosuvastatin)
ili ↓D uz odreĊivanje CK
SLC6A4 / HTTLPR (SERT) Polimorfizmi rs oznaka Učestalost alela % Izvor
Dugaĉki long [L] (insercija 43-44 nukleotida) rs25531T NP 100 Kratki short [S] (delecija 43-44 nukleotida) rs25531T NP
SSRI antidepresivi SSRI antidepressives
LL
↑ rizik za seksualnu
disfunkciju pri konzumaciji SSRI od LS i SS
genotipova
nema preporuku NP Osrednji NP KBCZg,
KBCSM 59
Da
ost
ali
gen
etsk
i i
kli
niĉ
ki
ĉim
ben
ici
mogu
ist
o
utj
ecat
i n
a odg
ovo
r
anti
dep
resi
vim
a
LS ↓ rizik za seksualnu
difunkciju od LL genotipa
SS
↓ rizik za seksualnu
difunkciju od LL i LS genotipova
escitalopram escitalopram
(SSRI antidepresiv)
LL
↑ odgovor na escitalopram i ↓ nuspojava nasuprot LS i
SS
nema preporuku NP Osrednji NP KBCZg,
KBCSM 59
Da
inte
rpre
taci
ja
feno
tipa
zasn
ov
ana
na
per
iodu
od 6
mje
seci
nak
on
stre
snog
isk
ust
va
LS ↑ odgovor na escitalopram
i ↓ nuspojava nasuprot SS
SS
↓ odgovor na escitalopram
i ↑ nuspojava nasuprot LS i SS
44
Lijek Genotip
(fenotip)
Interpretacija
fenotipa
Preporuka
doze
Ispitano na
N ispitanika
Stupanj/
razina dokaza
Klinički
značaj
Gdje se
radi? Izvor HALMED Napomena
ondansetron ondansetron
(antiemetik i lijek protiv
vrtoglavice kod
kemoterapije)
LL ↑dana apstitencije od LS i
SS
nema preporuku NP Osrednji NP KBCZg,
KBCSM 59 Ne za ovu
indikaciju
pre
po
ruka
se
odno
si n
a
lije
ĉenje
ovis
no
sti
o
alk
oho
lu š
to j
e u
fazi
ist
raţi
van
ja
LS ↓ broj dana apstitencije od
LL
SS ↓ broj dana apstitencije od
LL i LS
kvetiapin quetiapine
(antipsihotik)
LL ↑ rizik prema nuspojavama
od LS i SS
nema preporuku NP Osrednji NP KBCZg, KBCSM
59 Da
LS ↑ rizik prema nuspojavama
od SS
SS ↓ rizik prema nuspojavama
od LS i LL
olanzapin olanzapine
(antipsihotik)
LL ↑ rizik prema nuspojavama
od LS i SS
nema preporuku NP Osrednji NP KBCZg,
KBCSM 59
Da
ost
ali
gen
etsk
i i
kli
niĉ
ki
ĉim
ben
ici
mogu
isto
utj
ecat
i n
a
nu
spo
jave
LS ↑ rizik prema nuspojavama
od SS
SS ↓ rizik prema nuspojavama
od LS i LL
risperidon risperidone
(antipsihotik)
LL ↑ rizik prema nuspojavama
od LS i SS
nema preporuku NP Osrednji NP KBCZg,
KBCSM 59
Da
LS ↑ rizik prema nuspojavama
od LS i SS
SS ↓ rizik prema nuspojavama
od LS i LL
SLC6A3 (DAT1) Polimorfizmi rs oznaka Učestalost alela % Izvor
DAT1-VNTR (utjecaj na ekspresiju transportera)
rs27072 NP 101
T>C rs27048 NP
C>A rs2963238 NP
- -
DAT1-VNTR homozigot ima ↑ rizik za ADHD te
apstinencijsku krizu od alkohola
nema preporuku / / / KBCZg,
KBCSM 48
/
(teo
rets
ki)
fen
oti
pov
i
se z
asniv
aju
na
rs
bro
jev
ima
iz
pri
pad
ajuće
g r
eda
- -
T>C i C>A homozigoti
imaju ↑ rizik za
apstinencijsku krizu od
alkohola
45
Lijek Genotip
(fenotip)
Interpretacija
fenotipa
Preporuka
doze
Ispitano na
N ispitanika
Stupanj/
razina dokaza
Klinički
značaj
Gdje se
radi? Izvor HALMED Napomena
HLA-B Polimorfizmi rs oznaka Učestalost alela % Izvor
haplotip: HLA-B*57:01 - 2 102
haplotip: HLA-B*58:01 - ~1
haplotip: HLA-B*15:02 - <1
abakavir abacavir
(HIV antivirotik)
normalna funkcija
(X/X)
ili ↓ rizik za reakcije
preosjetljivosti ↔D
3.791 Dobar E / 59,
103
Da slaba funkcija
(*57:01/*57:01 ili
*57:01/*X)
↑ rizik za razvoj reakcije
preosjetljivosti odabrati AL
alopurinol
allopurinol
(lijek za hiperuricemiju)
normalna funkcija
(X/X) ili ↓ rizik za reakcije
preosjetljivosti ↔D
NP Dobar E / 104
Da slaba funkcija
(*58:01/*58:01 ili
*58:01/*X)
↑ rizik za razvoj reakcije preosjetljivosti
odabrati AL
karbamazepin carbamazepine (antikonvulziv)
normalna funkcija
(X/X)
ili ↓ rizik za reakcije
preosjetljivosti ↔D
NP
Dobar
NP / 105
Da slaba funkcija
(*15:02/*15:02 ili
*15:02/*X)
↑ rizik za reakcije
preosjetljivosti
ako bolesnik nije prethodno bio na Th odabrati AL
Dobar
ako je bio na Th bez nuspojava zadnjih 3 mjeseca nastaviti Th s oprezom
Osrednji
fenitoin
phenytoin
(antikonvulziv)
normalna funkcija
(X/X)
ili ↓ rizik za reakcije
preosjetljivosti ↔D
NP
Dobar
NP / 106
Da slaba funkcija
(*15:02/*15:02 ili
*15:02/*X)
↑ rizik za reakcije preosjetljivosti
ako bolesnik nije prethodno bio na Th odabrati
AL Dobar
ako je bio na Th bez nuspojava zadnjih 3 mjeseca
nastaviti Th s oprezom Osrednji
IFNL3 (IL28B) Polimorfizmi rs oznaka Učestalost alela % Izvor
*C - 63 107 *T rs12979860 37
peginterferon
alfa-2A/B
peginterferon
alfa-2A/B (HCV antivirotik)
normalna funkcija
(C/C)
↑ vjerojatnost za smanjenje
virusne RNA na nedetektabilnu
koncentraciju nema preporuke 1.171 Dobar NP /
107 Da
slaba funkcija
(C/T ili T/T)
↓ vjerojatnost za smanjenje
virusne RNA na nedetektabilnu
koncentraciju
ribavirin ribavirin
(HCV antivirotik)
normalna funkcija
(C/C)
↑ vjerojatnost za smanjenje
virusne RNA na
nedetektabilnu koncentraciju nema preporuke 1.171 Dobar NP /
107 Da
slaba funkcija
(C/T ili T/T)
↓ vjerojatnost za smanjenje
virusne RNA na
nedetektabilnu
46
Lijek Genotip
(fenotip)
Interpretacija
fenotipa
Preporuka
doze
Ispitano na
N ispitanika
Stupanj/
razina dokaza
Klinički
značaj
Gdje se
radi? Izvor HALMED Napomena
koncentraciju
G6PD Polimorfizmi rs oznaka Učestalost alela % Izvor
Haplotip: B (wt) - NP 108 Haplotipovi (mut): Cosenza, Mediterranean, Seattle, Union, Cassano, Split - NP
razburikaza rasburicase
(rekombinantni enzim za hiperuricemiju)
normalna funkcija
(wt/wt kod ţena ili wt
kod muškaraca)
aktivnost enzima ↔ D
NP
Dobar
NP / 109
Da "osrednja" funkcija
(wt/mut, samo kod
ţena)
zbog mozaicizma mogućnost nuspojava, ali i
izostanak
razmisliti o odabiru Th s obzirom na aktivnost
enzima Osrednji
slaba funkcija
(mut/mut kod ţena ili
mut kod muškaraca)
↓ aktivnost enzima odabrati AL Dobar
COMT Polimorfizmi rs oznaka Učestalost alela % Izvor
*G (wt) - NP 110 *A (Val158Met) (smanjena funkcija) rs4680 NP
kateholamini catecholamines
normalna funkcija
(wt/wt)
↑ aktivnost enzima,
otpornost prema boli i stresu
↓ koncentracija dopamina i
sposobnost kongnitivnih funkcija
nema preporuke NP NP NP KBCSM 110
Da "osrednja" funkcija
(wt/mut)
fenotipski izmeĊu
normalne i slabe funkcije
slaba funkcija
(mut/mut)
↓ aktivnost enzima,
otpornost prema boli i
stresu ↑ koncentracija dopamina i
sposobnost kongnitivnih
funkcija
ACE Polimorfizmi rs oznaka Učestalost alela %
insercijski alel [I]
rs1799752 40 (homozigoti I/I ~30)
delecijski alel [D] rs1799752 60 (heterozigoti I/D ~50, homozigoti D/D~20)
ACE inhibitori ACE inhibitors
normalna funkcija
(I/I)
↓ rizik za CV bolesti, bolji
odgovor na ACE inhibitore
nema preporuke 60 Slab NP
KBD,
KBCSM,
KBCZg, MFRI
111 Da
"osrednja" funkcija
(I/D)
rizik za CV bolesti,
osrednji odgovor na ACE
inhibitore
slaba funkcija (D/D) ↑ rizik za CV bolesti, lošiji odgovor na ACE inhibitore
47
Fenotip/genotip: EM-fenotip brzog metabolizma; IM-fenotip srednjeg metabolizma; PM-fenotip sporog metabolizma; UEM-fenotip ultra-brzog metabolizma; wt-divlji tip; mut-mutirani tip
Interpretacija fenotipa: M-metabolizam lijeka ( - nepromijenjen; - povećan; - smanjen)
Preporuka doze: ↑ - povećati; ↓ - smanjiti; ↔ - normalno, preporuĉeno; ↕ - prilagoditi, titrirati; D – doza lijeka; MP- metaboliĉki put; AL-alternativni lijek koji koristi drugi metaboliĉki put ili
transportni sustav; KL-koncentracija lijeka; KM-koncentracija metabolita; Th – terapija; NP-nije poznato
Kliniĉki znaĉaj: NP - nije poznato
AA - bez nepovoljnih uĉinaka
A – blaţi nepovoljan uĉinak poput produljenja ispravljenog QT intervala, povećanja INR-a koje nije veće od 4,5
B - kratkotrajna nelagoda (do 48h): npr. veći broj otkucaja srca pri mirovanju, manja tahikardija pri vjeţbanju, smanjeni uĉinak oksikodona kod bolova; potencijalni štetni
uĉinci lijeka zbog povećane bioraspoloţivosti (npr. smanjen apetit, insomnija, ostali poremećaji sna, itd.); neutropenija koja nije manja od 1,5x109/L; leukopenija koja nije
manja od 3,0x109/L; trombocitopenija koja nije manja od 75x10
9/L; umjerena dijareja; smanjeno povećanje glukoze kod testa oralne tolerancije glukoze (oGTT).
C - dugotrajna nelagoda (48-168 sati) bez trajne posljedice kao npr. neuspjele terapije tricikliĉkim antidepresivima, atipiĉnim antipsihoticima; ekstrapiramidalni simptomi;
štetni uĉinci lijeka zbog povećane bioraspoloţivosti tricikliĉkih antidepresiva, metoprolola, propafenona (npr. vrtoglavica); INR 4,5-6,0; neutropenija 1,0-1,5x109/L;
leukopenija 2,0-3,0x109/L; trombocitopenija 50-75x10
9/L.
D - dugotrajna nelagoda (>168 sati) s trajnom posljedicom ili ozljedom kao npr. neuspješna profilaksa atrijalne fibrilacije; venska tromboembolija; smanjeni uĉinak
klopidogrela; nuspojave uzrokovane povećanom bioraspoloţivošću fenitoina; INR > 6,0; neutropenija 0,5-1,0x109/L; leukopenija 1,0-2,0x10
9/L;
trombocitopenija 25-50x109/L; teški proljev.
E - mogućnost neuspjeha terapije i pojava mijelosupresije; prevencija relapsa karcinoma dojke; aritmija; neutropenija koja je manja od 0,5x109/L; leukopenija koja je manja
od 1x109/L; trombocitopenija koja je manja od 25x10
9/L; po ţivot opasne komplikacije od dijareje
F - smrt; aritmija; neoĉekivana mijelosupresija
Gdje se radi: KBD - KB Dubrava; KBCSM – KBC Sestre milosrdnice, Zagreb; KBCZg - KBC, Zagreb; KBM - KB Merkur; MFRI - Medicinski fakultet, Rijeka, KBCSt- KBC Split
HALMED – Agencija za lijekove i medicinske proizvode
/ - podatak nije opisan
48
Tablica 4. Prikaz molekularnih i citogenetskih biomarkera, njihov uĉinak te znaĉenje pri odluci o uvoĊenju/iskljuĉivanju lijeka u/iz terapije
Biomarker Lijek / lijekovi Mutacija / mutacije
Udio navedene
mutacije meĎu
mogućim
mutacijama (%)
Interpretacija fenotipa Preporuka Gdje se radi Izvor HALMED Napomena
ALK
kinaza anaplastičnog limfoma,
anaplastic lymphoma kinase
alectinib, crizotinib
alectinib, crizotinib
(ALK inhibitori za rak pluća
nemalih stanica)
ALK/EML4, ALK/RANBP2,
ALK/ATIC, ALK/TFG,
ALK/NPM1, ALK/SQSTM1,
ALK/KIF5B, ALK/CLTC,
ALK/TPM4, ALK/MSN
NP
preuredbe ALK gena mogu
eksprimirati onkogeni fuzijski
proteinmaligna transformacija
nuţna detekcija navedenih
mutacija kako bi se moglo
odabrati jedan od ovih lijekova
KBCSt 112, 113 Da
ceritinib
ceritinib
(ALK inhibitor za rak pluća
nemalih stanica kod bolesnika
otpornih na crizotinib)
ALK/EML4, ALK/RANBP2,
ALK/ATIC, ALK/TFG,
ALK/NPM1, ALK/SQSTM1,
ALK/KIF5B, ALK/CLTC,
ALK/TPM4, ALK/MSN
NP
preuredbe ALK gena mogu
eksprimirati onkogenoni fuzijski
proteina maligna transformacija
nuţna detekcija navedenih
mutacija kako bi se moglo
odabrati ovaj lijek
KBCSt 112, 113
Da
BRAF dabrafenib, vemurafenib
dabrafenib, vemurafenib
(B-raf inhibitori za melanom)
T1799A = Val600Glu [V600E] 80-90 stalna aktivacija Ser/Thr kinaze
maligna transformacija
nuţna detekcija navedene
mutacije kako bi se moglo
odabrati jedan od ovih lijekova
KBCZg 112, 114
Da
c-KIT
imatinib, regorafenib
imatinib, regorafenib
(c-KIT inhibitori za
gastrointestinalni stromalni
tumor)
prekomjerna ekspresija 85 ↑ tirozin-kinazna aktivnost
maligna transformacija
nuţna detekcija navedenog
biomarkera kako bi se moglo
odabrati jedan od ovih lijekova
KBD 112, 115
Da
imatinib
imatinib
(c-KIT inhibitor za agresivnu
sistemsku mastocitozu)
A2447T = Asp816Val [D816V] NP uzrokuje nastajanje receptorske
tirozin kinaze otporne na imatinib
nuţna detekcija navedenog
biomarkera kako bi se iskljuĉio
ovaj lijek iz razmatranja terapije
KBD 112, 115
Da
CCR5
kemokinski C-C motiv receptor 5,
C-C chemokine receptor type 5
maraviroc
maraviroc
(HIV antivirotik)
wt/wt, wt/mut ~90
prisutsvo CCR5 omogućuje
odreĊenim podvrstama HIV-1
virusa vezanje za stanicu
nuţna detekcija navedenog
biomarkera kako bi se moglo
odabrati ovaj lijek kod osoba koje
su otporne na terapiju ostalim
HIV antiviroticima
/ 112, 115
Da
CFTR
transmembranski regulator
provodljivosti cistične fibroze,
Cystic fibrosis transmembrane
conductance regulator
ivacaftor
ivacaftor
(terapija za cistiĉnu fibrozu)
Gly178Arg, Ser549Asn,
Ser549Arg, Gly 551Ser,
Gly551Asp, Ser1251Asn,
Gly1244Glu, Ser1251Asn,
Ser1255Pro, Gly1349Asp
<3 neprimjerena regulacija kanala
nuţna detekcija navedenih
mutacija kako bi se moglo
odabrati ovaj lijek
KBCZg 112, 116
Da
lumacaftor + ivacaftor
lumacaftor + ivacaftor
(terapija za cistiĉnu fibrozu)
ΔPhe508 [ΔF508] 85 nastajanje okrnjenog proteina ne
dolazi do staniĉne membrane
nuţna detekcija
navedenemutacije kako bi se
mogla odabrati ova kombinacija
lijekova
KBCZg,
Klinika za
djeĉje bolesti
Zagreb
112 Da
5. kromosom
5th chromosome
lenalidomid
lenalidomide
(citostatik za
mijelodisplastiĉni sindrom)
delecija duljeg kraka nije primjenjivo haploinsuficijencija uzrokuje
mijelodisplastiĉni sindrom (MDS)
nuţna detekcija delecije kako bi
se moglo odabrati ovaj lijek
Klinika za
djeĉje bolesti
Zagreb
112 Da
cito
gen
etsk
a
met
od
a
49
Biomarker Lijek / lijekovi Mutacija / mutacije
Udio navedene
mutacije meĎu
mogućim
mutacijama (%)
Interpretacija fenotipa Preporuka Gdje se radi Izvor HALMED Napomena
ERBB2 ili HER2/Neu
receptor 2 za humani epidermalni
faktor rasta,
human epidermal growth factor
receptor 2
trastuzumab, pertuzumab,
lapatinib
trastuzumab, pertuzumab,
lapatinib
(monoklonska protutijela za
karcinom dojke)
prekomjerna ekspresija 30 ↑ tirozin-kinazna aktivnost
maligna transformacija
nuţna detekcija navedenog
biomarkera kako bi se moglo
odabrati jedan od ovih lijekova
MFRI,
KBCSt
112, 117,
118
Da
Gly309Ala, Asp769His,
Asp769Tyr, Val777Leu,
insPhe780, Val842Ile,
Arg896Cys
2 ↑ tirozin-kinazna aktivnost
maligna transformacija
nuţna detekcija jedne od
navedenih mutacija kako bi se
moglo odabrati jedan od ovih
lijekova
MFRI,
KBCSt
112, 117,
118
Da
KRAS
panitumumab, cetuksimab
panitumumab,cetuximab
(monoklonska protutijela za
kolorektalni karcinom)
-u mRNA:
G34T/C/A (Gly12Cys/Arg/Ser),
G35C/A/T (Gly12Ala/Asp/Val),
G37C/T (Gly13Arg/Cys),
G38A/T (Gly13Asp/Val),
G175A (Ala59Thr),
C176T (Ala59Val),
C181A (Gln61Lys),
A182T (Gln61Leu),
A183T/C (Gln61His),
A351C/T (Lys117Asn),
G436C/A (Ala146Phe/Thr), C437T
(Ala146Val)
40
↑ RAS GTPaze bez vezanja faktora
rasta maligna transformacija,
osobe s ovim mutacijama su
otporne na djelovanje ovih lijekova
nuţna detekcija navedenih
mutacija kako bi se iskljuĉili ovi
lijekovi iz razmatranja terapije
KBCZg,
MFRI 112, 119
Da
Bcr-ABL1 busulfan
busulfan
(antineoplastik)
translokacija kromosoma 9 i 22
(Philadelphia kromosom) nije primjenjivo
nastajanje fuzijskog gena Bcr-
ABL1 ↑ tirozin-kinazna
aktivnost maligna transformacija
biti na oprezu jer je lijek slabije
djelotvoran kod osoba s
kroniĉnom mijeloiĉnom
leukemijom bez prisutne
translokacije
KBD, KBM,
KBCZg 112
Da
50
5 RASPRAVA
Ovaj rad ima namjeru prikazati farmakogenetiku kao jednu od brzorastućih grana
molekularne dijagnostike i njena naĉela pribliţiti kliniĉkoj upotrebi.
Zamisao je da izvlaĉenje relevantnih podataka posluţi kao podloga za izradu web aplikacije
na hrvatskom jeziku koja bi kliniĉarima i drugom medicinskom osoblju, kao i javnosti
omogućila jednostavniji pristup izabranim farmakogenetskim naĉelima personalizacije
terapije.
Personalizirani pristup medicini ima veliki potencijal kako za samog bolesnika, tako i za
bolniĉki tim. Farmakogenetika, a sve više i farmakogenomika jedna je od glavnih sastavnica
personalizirane medicine jer omogućuje optimizaciju lijeĉenja, odnosno individualizaciju
terapije. Farmakogenetiĉkim i farmakogenomskim testiranjem potencijalno moţemo odrediti
najbolji lijek i doziranje kako bi se izbjegle potencijalno po ţivot opasne nuspojave te
korištenje lijekova kojima bi uĉinak mogao biti nedovoljan ili izostati.
Istraţivanja kliniĉki relevantnih farmakogena predvode CPIC i DPWG koji objavljuju svoja
istraţivanja na PubMed bazi podataka. Rezultati istraţivanja su oblikovani tako da opisuju
uĉinak genotipa, tj. teoretskog fenotipa na odabir i doziranje terapije, kliniĉku znaĉajnost
mogućeg rizika prema nuspojavama, smanjenom uĉinku lijeka i sliĉno te navode razinu
dokaza i snagu preporuke koje kliniĉaru mogu pruţiti informaciju kolika je korist izvoĊenja
farmakogenetskog testa za odreĊeni lijek. Istraţivanja na temu farmakogenomike objavljena
na PubMed-u se objavljuju i u glavnoj bazi podataka vezanu za farmakogenomiku –
PharmGKB. PharmGKB vrši sistematizaciju istraţivanja u obliku smjernica kako bi
informacije prikazane istraţivanjima bile dostupnije i preglednije u interpretaciji, a ujedno
sadrţi i saţetke o genima koji imaju kliniĉki znaĉaj ili pokazuju potencijal u farmakogenetici.
Sa stanovišta personalizirane medicine najprouĉavaniji farmakogeni su CYP2C9, CYP2C19,
CYP2D6, UGT1A1, DPYD, SERT, dok su CFTR, AML1-ETO, Bcr-ABL1 najprouĉavaniji
kao biomarkeri u molekularnoj dijagnostici.
5.1 Preporuke za korištenje farmakogenetskih načela
Preporuke za optimizaciju terapije lijekovima koji se metaboliziraju putem CYP2C9 i
VKORC1
Najbolji primjer farmakogenetskih podataka koji se danas moţe kliniĉki koristiti je
genotipizacija CYP2C9 u kombinaciji s genotipizacijom podjedinice-1 K-vitamin ovisne
51
epoksid reduktaze [eng. Vitamin K epoxide reductase complex subunit 1 (VKORC1)]. Ta
kombinacija farmakogneteskog testiranja, pokazala se kao najznaĉajnija pri procjeni doziranja
antikoagulantne terapije acenokumarolom, fenprokumonom ili varfarinom (od kojih je
varfarin jedini registrirani lijek u Hrvatskoj), dok je zasebna genotipizacija CYP2C9 gena
znaĉajna pri doziranju fenitoina, a nešto manje celekoksiba i flurbiprofena.65, 66
Najznaĉajniji polimorfizmi u bolesnika su *2 i *3 koji uzrokuju promjenu aminokiselina što
posljediĉno uzrokuje gubitak funkcije samog enzima.
Zasebno odreĊivanje genotipova za CYP2C9 i VKORC1 pri doziranju antikoagulantne
terapije daje samo grubu procjenu.
Fenitoin 62, 106
Bolesnici kojima je indiciran antikonvulziv fenitoin mogu zapoĉeti terapiju s regularnom
poĉetnom dozom, ali dozu odrţavanja trebaju spustiti za 25% u sluĉaju IM, odnosno 50% u
sluĉaju PM genotipa te odrediti koncentraciju lijeka u krvi nakon tjedan dana kako bi se doza
mogla prilagoditi i izbjeći moguće nuspojave zbog neprimjerene koncentracije.
Kao dodatnu mjeru predostroţnosti bi trebalo napraviti genotipizaciju na prisutstvo haplotip
HLA-B*15:02 zbog moguće pojave Stevens-Johnsonovog sindroma ili toksiĉne epidermalne
nekrolize.
HLA tipizacija zasad još nije dostupna u Hrvatskoj.
Acenokumarol i fenprokumon62, 64, 63, 59, 87, 88
Bolesnici na terapiji acenokumarolom ili fenprokumonom koji su EM ili IM za CYP2C9
mogu zapoĉeti sa standardnom dozom, a ako im je genotipizacijom VKORC1 utvrĊen
heterozigotni ili homozigotni mutirani genotip, dozu trebaju naknadno prilagoditi
vrijednostima PV-INR. Bolesnici koji su PM za CYP2C9 zasigurno će imati povećane
koncentracije lijeka koje se oĉituju produţenim djelovanjanjem i riziku za krvarenje neovisno
o rezultatima genotipizacije VKORC1, zbog ĉega doziranje treba prilagoditi redovitom
odreĊivanju PV-INR-a.
Varfarin62, 67
Doziranje varfarina najbolji je primjer u individualizaciji terapije farmakogenetiĉkim
testiranjem. WarfarinDosing.org je internet stranica koja omogućuje optimizaciju doziranja
varfarina kod bolesnika kombiniranjem antropoloških, medicinskih, farmakoterapijskih te
farmakogenetskih podataka.
52
Slika 4: Suĉelje upitnika za doziranje varfarinom.
Preporuke za optimizaciju terapije lijekovima koji se metaboliziraju putem CYP2C19
Genotipizacija CYP2C19 znaĉajna je zbog velikog broja antidepresiva, benzodiazepina,
inhibitora protonske crpke te klopidogrela koji se metaboliziraju ovim enzimom.
Polimorfizmi koji se ispituju su: *2 kod kojeg dolazi do nepravilnog prekrajanja i gubitka
funkcije enzima, *3 koji kodira za preuranjeni stop kodon što dovodi do gubitka funkcije te
*17, karakteriziran pojaĉanom ekspresijom samog gena.
Citalopram i escitalopram59
Bolesnicima kojima se uvodi SSRI antidepresiv citalopram ili escitalopram preporuĉa se
genotipizacija kako bi se utvrdilo jesu li UEM fenotipa, uslijed ĉega bi kod takvih pacijenata
regularnu poĉetnu dozu trebalo naknadno povećati do 50% uz redovito odreĊivanje
koncentracije samog lijeka zbog mogućih smanjenih koncentracija i smanjenog uĉinka ili
odabrati alternativni antidepresiv koji se ne metabolizira putem CYP2C19.
Sertralin59
Terapija SSRI antidepresivom sertralinom kod bolesnika koji su UEM treba biti izmijenjena u
sluĉaju izostanka odgovora, dok kod PM fenotipa terapiju treba zapoĉeti s 50% preporuĉene
53
doze, a zatim dozu prilagoĊavati s obzirom na odgovor i koncentraciju lijeka ili odabrati
alternativni lijek koji se ne metabolizira enzimom CYP2C19.
Inhibitori protonske pumpe: esomeprazol, lansoprazol, omeprazol i pantoprazol 59
UtvrĊivanje prisutnosti UEM fenotipa preporuĉeno je kod bolesnika kojima se uvodi jedan od
inhibitora protonske pumpe s ciljem povećanja doze za 50-100% u sluĉaju esomeprazola,
200% u sluĉaju lansoprazola, 100-200% u sluĉaju omeprazola ili 400% u sluĉaju
pantoprazola.
Klopidogrel 59, 72, 73
Pri uvoĊenju terapije klopidogrelom kod kardiovaskularnih bolesnika naknadno testiranje
moţe posluţiti kako bi klopidogrel eventualno bio iskljuĉen kao terapija zbog mogućeg
smanjenog uĉinka kod bolesnika kojima je utvrĊeno da su IM ili PM jer se prolijek
nedovoljno metabolizira u aktivni metabolit.
Preporuke za optimizaciju terapije lijekovima koji se metaboliziraju putem CYP2D6
Genotipizacija CYP2D6 znaĉajna je za optimizaciju terapije antidepresivima,
antihipertenzivima, antiaritmicima, opioidnim i neopiodnim analgeticima, beta blokatorima,
antiemeticima, antipsihoticima, a naroĉito pri lijeĉenju raka dojke s tamoksifenom.
Najĉešći polimorfizmi koji se odreĊuju su *3 kod kojeg zbog delecije nukleotida dolazi do
pomaka u okviru ĉitanja, *4 je supstitucija nukleotida kod koje dolazi do nepravilnog
prekrajanja u mRNA prijepis te *5 kod kojega je došlo do kompletne delecije gena. Sve tri
varijante dovode do gubitka funkcije enzima. Nasuprot ovih polimorfizama, duplikacija alela
*1 i *2 dovodi do pojaĉanog stvaranja CYP2D6 što rezultira njegovom znaĉajnom pojaĉanom
metaboliĉkom aktivnosti.
Aripiprazol 59
Smanjenje doze antipsihotika aripiprazola za 33% preporuĉuje se bolesnicima s PM
fenotipom.
Analgetici koji djeluju na opioidne receptore: kodein, oksikodon i tramadol 62,76
Bolesnicima kojima se uvodi jedan od navedenih analgetika, a genotipizacijom im je utvrĊen
UEM trebali bi odabrati alternativni lijek koji se ne metabolizira putem CYP2D6 budući
povećano stvaranje aktivnih metabolita povisuje rizik za nastanak nuspojava.
54
Terapija tramadolom kod UEM genotipa ipak se moţe korigirati smanjenjem doze za 30%,
dok u sluĉaju IM genotipa, terapija moţe zapoĉeti povećanom dozom lijeka. Terapija
kodeinom i oksikodonom u bolesnika s IM genotipom moţe zapoĉeti preporuĉenom dozom.
U sluĉaju IM genotipa, doza se moţe naknadno titrirati za sva tri navedena analgetika, a ako
odgovor izostane, terapiju treba promijeniti. Bolesnicima kojima se utvrdi PM genotip ne
treba uvoditi ove lijekove zbog njihove neuĉinkovitosti u bolesnika PM fenotipa.
Desipramin77
Pri uvoĊenju terapije TCA desipraminom, bolesnicima kojima se utvrdi UEM genotip
preporuĉuje se odabir alternativnog lijeka, a ako se kliniĉar ipak odluĉi za desipramin, treba
zapoĉeti s većom dozom te pratiti koncentracije lijeka kako bi mogao prilagoditi doziranje.
Bolesnicima koji su IM ili PM doziranje treba smanjiti za 25% (IM) ili 50% (PM) te takoĊer
pratiti koncentracije desipramina kako bi se doza mogla naknadno prilagoditi.
Flekainid 59
Bolesnicima na terapiji flekainidom (antiaritmik) doziranje treba popratiti rezultatima EKG-a
i koncentraciji lijeka. Bolesnicima koji su UEM moţe se razmotriti i odabir alternativnog
lijeka, dok kod IM poĉetnu dozu treba smanjiti za 25%. Bolesnici koji su PM trebaju smanjiti
dozu za 50%.
Propafenon62
Kao i u sluĉaju flekainida, doziranje propafenona (alfa i beta blokator) treba popratiti
rezultatima EKG-a i koncentraciji lijeka te se u sluĉaju UEM genotipa moţe razmotriti odabir
alternativnog lijeka. Prilagodba doziranja vrši se kod bolesnika koji su PM genotip
smanjavanjem doze za 70%.
Antipsihotici: haloperidol i zuklopentiksol 62, 59
Doziranje tipiĉnih antipsihotika haloperidola ili zuklopentiksola u sluĉaju UEM genotipa
treba biti prilagoĊeno rezultatima koncentracije lijeka, dok u sluĉaju PM dozu treba smanjiti
za 50%. Smanjenje doze za 25% se takoĊer vrši bolesnicima na zuklopentiksolu za koje se
utvrdi da su IM. Za sva 3 genotipa moţe se razmotriti promjena lijeka.
Metoprolol 59
Odluku o uvoĊenju beta blokatora metoprolola, kliniĉar treba zakljuĉiti rezultatima
genotipizacije, ali i indikaciji. Bolesnicima koji su UEM, IM ili PM kod zatajenja srca treba
55
odabrati alternativni lijek, dok kod ostalih indikacija dozu treba prilagoditi na maksimalno
250% (UEM), 50% (IM), odnosno 25% (PM) poĉetne doze ovisno o odgovoru na lijeĉenje.
Nortriptilin62, 59
Terapiju tricikliĉkog antidepresiva nortriptilina kod UEM i PM genotipova treba promijeniti
alternativnim lijekom ili prilagoditi povećanjem, odnosno smanjenjem poĉetne doze za 60% u
sluĉaju UEM, odnosno PM genotipa te praćenjem koncentracije nortriptilina i
(10-hidroksi)-nortriptilina. Bolesnicima koji su IM poĉetnu dozu treba smanjiti za 40% te
naknadno prilagoditi dozu koncentraciji nortriptilina, (10-hidroksi)-nortriptilina te samom
odgovoru na terapiju.
Paroksetin 62 ,81
UvoĊenje terapije SSRI antidepresivom paroksetinom ne preporuĉa se bolesnicima koji su
UEM ili PM. U sluĉaju da se kliniĉar ipak odluĉi na terapiju paroksetinom, doziranje za PM
genotip vrši se smanjenjem doze za 50% te praćenjem koncentracije kako bi se lijek mogao
naknadno titrirati.
Risperidon62
Terapija atipiĉnim antipsihotikom risperidonom ne preporuĉa se bolesnicima kojima se utvrdi
da nisu EM, a ako se kliniĉar ipak na to odluĉi, dozu treba prilagoĊavati ovisno o odgovoru
bolesnika.
Tamoksifen62
Bolesnicama na terapiji tamoksifenom (selektivni modulator estrogenskih receptora) kojima
se utvrdi IM ili PM fenotip trebaju biti na oprezu od povećanog rizika za relaps karcinoma
dojke te trebaju izbjegavati inhibitore CYP2D6 kako se transformacija tamoksifena u aktivne
metabolite ne bi dodatno smanjila. Kliniĉar bi takoĊer trebao razmisliti o uvoĊenju inhibitora
aromataze za bolesnice u menopauzi.
Venlafaksin62
Odabir terapije venlafaksinom ne preporuĉa se kod osoba koje su IM ili PM genotipa, dok se i
kod UEM genotipa moţe razmisliti o alternativnom lijeku. U sluĉaju da se kliniĉar odluĉi na
izbor venlafaksina, treba pratiti koncentraciju venlafaksina i (O-)desmetil-venlafaksina uz
odgovor na terapiju kako bi naknadno mogao prilagoditi doziranje koje u sluĉaju UEM moţe
biti do 50% veće.
56
Preporuke za optimizaciju terapije tricikličkim antidepresivima koji se metaboliziraju
putem CYP2C19 i CYP2D6: amitriptilin, doksepin, imipramin, klomipramin i
trimipramin62, 59, 70, 71
Odabir i doziranje tricikliĉkim antidepresivima (amitriptilin, doksepin, imipramin,
klomipramin i trimipramin) treba prilagoditi rezultatima genotipizacije CYP2C19 i CYP2D6.
Ako se bolesniku utvrdi da je za jedan od ova dva enzima nosioc UEM fenotipa, treba
odabrati alternativni antidepresiv koji se ne metabolizira ni s jednim od ovih enzima. Ako se
kliniĉar svejedno odluĉi na jedan od ovih TCA, treba povećati poĉetnu dozu i do 100% te
pratiti koncentracije samog lijeka ili nordoksepina u sluĉaju doksepina te desimipramina u
sluĉaju imipramina kako bi se doziranje moglo naknadno prilagoditi. Bolesnici koji su IM
genotip za CYP2C19 mogu zapoĉeti terapiju s normalnom dozom u sluĉaju amitriptilina, dok
u sluĉaju doksepina i trimipramina dozu treba smanjiti za 25%. Prilagodba doze TCA kod IM
genotipa za CYP2D6 vrši se smanjavanjem doze za 20% u sluĉaju doksepina, 25% u sluĉaju
amitriptilina i trimipramina ili 30% u sluĉaju imipramina uz eventualnu naknadnu titraciju
ovisno o uĉinku. Bolesnicima koji su PM za CYP2D6 ili CYP2C19 preporuĉuje se odabir
alternativne terapije, a ako se kliniĉar izriĉito odluĉi za jedan od nabrojanih TCA, doziranje se
moţe regulirati smanjavanjem doze za 30% (CYP2C19) ili 70% (CYP2D6) u sluĉaju
imipramina, 50% u sluĉaju amitriptilina, doksepina, klomipramina i trimipramina te
praćenjem koncentracije lijeka, odnosno nordoksepina u sluĉaju doksepina ili desimipramina
u sluĉaju imipramina. U sluĉaju da je bolesnik PM za oba gena, treba odabrati alternativni
lijek ili strogo pratiti koncentraciju lijeka ili metabolita te uĉinak.
Preporuke za optimizaciju terapije irinotekanom zasnovano na genotipu UGT1A159, 82, 83
Genotipizacija UGT1A1 znaĉajna je za dijagnozu Gilbertova sindroma koji je karakteriziran
neprimjerenom glukuronidacijom bilirubina što dovodi do ţutice. Osim glukuronidacije
bilirubina, UGT1A1 vrši glukuronidaciju ksenobiotika pa je u farmakogenetskom smislu
znaĉajna glukuronidacija irinotekana – citostatika koji se daje u raku kolona. S obzirom da je
rak kolona 2. po uĉestalosti u RH, genotipizacijom bi se mogle smanjiti nuspojave u obliku
teške dijareje koja moţe dovesti i do hospitalizacije te imunosupresije koja moţe uzrokovati
neutropeniju. Bolesnici nosioci alela *28 imaju 7 ponavljanja TA dinukleotida nasuprot 6
ponavljanja koja se nalaze u divljem tipu. Ova varijanta uzrokuje smanjenu ekspresiju gena i
smanjenu aktivnost enzima.
57
Genotipizacija se vrši kod bolesnika kojima je indicirana doza veća od 180 mg/m2.
Bolesnicima koji su IM ili PM treba pratiti koncentraciju lijeka te biti na oprezu od nuspojava,
a u sluĉaju PM doza ne smije prelaziti 250 mg/m2. U sluĉaju da koncentracija lijeka prijeĊe
vrijednost od 250 mg/m2, dozu je potrebno smanjiti za 30% te se zatim moţe naknadno
titrirati ovisno o broju neutrofilnih granulocita.
Preporuke za optimizaciju terapije azatioprinom zasnovano na genotipu TPMT 59, 73, 85
Azatioprin je imunosupresiv koji se metabolizira tiopurin S-metiltransferazom koja je
kodirana TPMT genom. OdreĊivanje genotipa za ovaj gen ima veliki kliniĉki znaĉaj kako bi
se mogle izbjeći opasne nuspojave poput mijelosupresije koje mogu biti uzrokovane
neprimjerenim doziranjem. Polimorfizmi *2 i *3 uzrokuju krivosmislene supstitucije koje se
oĉituju gubitkom funkcije enzima.
Bolesnici kojima se utvrdi prisutstvo jednog od ovih polimorfizama preporuĉa se odabir
alternativnog lijeka. U protivnom, dozu treba smanjiti za 50% u sluĉaju IM, odnosno 90% u
sluĉaju PM genotipa. Doza se moţe naknadno titrirati uz veliki oprez i rezultate hematoloških
nalaza kako bi se utvrdila funkcija koštane srţi.
Probir na faktor V Leiden mutaciju pri uvoĎenju oralnih kontraceptiva baziranih na
estrogenu59, 89
Osim odreĊivanja rizika za razvoj venske tromboembolije, genotipizacija faktora V ima
znaĉaj pri odluci o odabiru oralnih kontraceptiva baziranih na estrogenu. Faktor V Leiden je
krivosmislena mutacija kod koje faktor V ima rezistenciju na razgradnju faktorom C, a samim
time povećanu sklonost za hiperkoagulabilnost.
Ţene koje imaju obiteljsku povijest bolesti za tromboembolijske bolesti trebaju odabrati
alternativnu metodu kontracepcije ako su pozitivne na faktor V Leiden. U sluĉaju da je
povijest bolesti negativna, a mutacija svejedno utvrĊena, moguće je zapoĉeti s oralnim
kontraceptivima baziranih na estrogenu uz izbjegavanje riziĉnih faktora poput pušenja i
povećane tjelesne mase koji mogu uzrokovati hiperkoagulabilna stanja.
Preporuke za optimizaciju terapije derivatima 5-fluoruracila: kapecitabin, tegafur i
5-FU, koji se metaboliziraju putem DPYD 62, 67, 90, 91, 120
Dihidropirimidin dehidrogenaza kodirana je DPYD genom koji ima veliki broj alelnih
varijanti, od kojih neke nemaju jasno definiranu funkciju, zbog ĉega je doziranje zasnovano
na rezultatima genotipizacije oteţano. Alelne varijante koje uzrokuju gubitak funkcije enzima,
58
a u populaciji se pojavljaju vrlo malom frekvencijom su: *2 kod koje dolazi do supstitucije
nukleotida i nepravilnog prekrajanja te *3 kod koje delecija nukleotida uzrokuje pomak u
okviru ĉitanja. Alelne varijante *4, *5, *6 i *9A pojavljuju se puno većom frekvencijom, ali
njihov uĉinak nije jasno definiran. CPIC smjernice upućuju da su ove alelne varijante
uzrokom normalnog enzima, odnosno brzih metabolizatora.
Odabir kapecitabina koji je prolijek fluorouracila ovisi o genotipu DPYD-a. Bolesnicima
kojima se utvrdi prisutstvo samo jednog nefunkcionalnog alela ne treba uvoditi kapecitabin
kao terapiju. U sluĉaju IM genotipa, kliniĉar se moţe odluĉiti na uvoĊenje terapije
kapecitabinom, odnosno fluorouracilom uz smanjavanje doze za 50% kako bi se izbjegle
potencijalno letalne nuspojave. Dozu se moţe naknadno titrirati ovisno o uĉinku i
nuspojavama. Smjernice za kapecitabin i fluorouracila se takoĊer moţe primijeniti za
doziranje tegafura u kombinaciji s uracilom.
Preporuke za optimizaciju terapije takrolimusom zasnovano na genotipu
CYP3A559, 92, 93
Prilagodba doziranja imunosupresiva takrolimusa vrši se odreĊivanjem genotipa za CYP3A5,
tj. prisutnošću alela *1 i *2. Naime, *3 je alelna varijanta kod koje supstitucija A6986G
uzrokuje grešku u prekrajanju za RNA prijepis zbog ĉega je smanjena funkcija nastalog
enzima, ali je u populaciji najĉešća - zbog ĉega je uobiĉajeno doziranje takrolimusa
osmišljeno za PM genotip. Ostale varijante uzrokuju nastajanje enzima veće aktivnosti pa
tako alel *1 ima normalnu funkciju, dok *2 ima djelomiĉno smanjenu funkciju zbog
supstitucije C27289A što uzrokuje zamjenu aminokiseline u proteinu.
Bolesnicima kojima se utvrdi da su EM ili IM treba povećati dozu za 50-100%, ali pripaziti da
ta doza ne prelazi 0,3 mg po kg tjelesne mase u danu. Uz to se preporuĉuje praćenje
koncentracije lijeka i uĉinka kako bi se dozu moglo naknadno prilagoditi.
Preporuke za optimizaciju terapije simvastatinom zasnovano na genotipu
SLCO1B197,98,99
OdreĊivanje prisutnosti ili odsutnosti divljih haplotipova *1A i *1B u genu SLCO1B1 koji
kodira organski anionski transportni polipeptid korisno je pri odabiru terapije simvastatinom.
SLCO1B1 sadrţi nekoliko haplotipova. Haplotipovi *5 i *15 karakterizirani su supstitucijama
u nukleotidnom slijedu što uzrokuje oslabljenu funkciju organskog anionskog transportnog
polipeptida kojeg koristi simvastatin.
59
Bolesnicima kojima se utvrdi izostanak barem jednog divljeg haplotipa preporuĉuje se odabir
alternativnog lijeka (pravastatin ili rosuvastatin) kako bi se izbjegao rizik za miopatiju koja je
moguća nuspojava ovog lijeka. Kliniĉar koji se unatoĉ ovim preporukama odluĉi na terapiju
simvastatinom treba smanjiti dozu lijeka i redovito pratiti aktivnost enzima kreatin kinaze u
serumu bolesnika.
Preporuke za optimizaciju terapije antidepresivima i antipsihoticima zasnovano na
genotipu SLC6A4 59, 100
Genotipizacija gena SLC6A4 (poznat i kao HTTLPR) koji kodira SERT nema kliniĉku
primjenu u doziranju lijeka, ali moţe predvidjeti odgovor bolesnika na terapiju SSRI
antidepresivima. Iako SLC6A4 ima velik broj alelnih varijatni, najĉešća genotipizacija vrši se
odreĊivanjem prisutstva dugaĉkog (L) i kratkog (S) alela. Ove varijante karakterizirane su
prisutstvom ili izostankom 43-44 nukleotida u genu.
Bolesnici koji imaju prisutan L alel imaju bolji odgovor na terapiju SSRI antidepresivima od
bolesnika koji imaju samo S alele, ali samo u sluĉajevima kad se dogaĊaj koji je uzrokovao
depresiju dogodio u zadnjih 6 mjeseci. Nasuprot tome, bolesnici koji imaju prisutan L alel
imaju povećan rizik za seksualnu disfunkciju kod terapije SSRI antidepresivima, ali i
generalnih nuspojava kod terapije antipsihotikom kvetiapinom, olanzapinom ili risperidonom.
Procjena učinka kombinirane terapija peginterferonom i ribavirinom bazirano na
genotipu IFNL3 107
OdreĊivanje genotipa za IFNL3 (poznat i kao IL28B) koji kodira IFN-λ 3 od znaĉaja je za
procjenu funkcije interferona i antiviralnog potencijala bolesnika. IFN-λ 3 je bitan za
antiviralan uĉinak, a prisutnost rs12979860 u genu IFNL3 uzrokuje stvaranje slabije
funkcionalnog interferona.
Prisutnost ili odsutnost ove mutacije omogućuje kliniĉaru procjenu odgovora na terapiju
peginterferonom alfa-2A, peginterferonom alfa-2B i ribavirinom (RBV) kod infekcije
hepatitis C virusom. U sluĉaju smanjene funkcije, kliniĉar se treba odluĉiti na dualnu terapiju
PEG-IFN-α/RBV ili ĉak trostruku terapiju koja uz IFN-α/RBV sadrţi i direktno djelujuće
antivirotike. Genotipizacija IFNL3 zasad nije dostupna u Hrvatskoj.
Probir na pojedine haplotipove HLA-B
OdreĊivanje odreĊenih haplotipova HLA-B gena znaĉajno je u predviĊanju nuspojava koje se
mogu pojaviti kod bolesnika koji su na terapiji abakavirom kod infekcije HIV-om,
60
alopurinolom kod gihta te fenitoinom ili karbamazepinom u sluĉaju epilepsije i sliĉnih stanja.
HLA tipizacija zasad nije dostupna u Hrvatskoj.
Abakavir59,103
OdreĊivanjem prisutnosti ili odsutnosti HLA-B*57:01 omogućuje izuzimanje ili odabir
terapije abakavirom. Bolesnici s HLA-B*57:01 haplotipom imaju povećani rizik za razvoj
reakcija preosjetljivosti.
Fenitoin i karbamazepin105, 106
Sliĉne nuspojave kao kod abakavira mogu se dogoditi kod bolesnika s HLA-B*15:02 na
terapiji antikonvulzivom fenitoinom ili karbamazepinom. Ipak, ako im se utvrdi
HLA-B*15:02, a na terapiji su bili već 3 mjeseca bez nuspojava, nastavak terapije je
prihvatljiv uz povećani oprez.
Alopurinol, 103,
104
Ispitivanje prisutnosti HLA-B*58:01 prije terapije alopurinolom kod bolesnika s povećanom
koncentracijom mokraćne kiseline znaĉajno je kako bi se alopurinol mogao iskljuĉiti u sluĉaju
prisutnosti ovog haplotipa zbog mogućnosti nastanka teških koţnih nuspojava.
Preporuke za optimizaciju terapije razburikazom zasnovano na genotipu G6PD109
Odabir terapije rekombinantim enzimom razburikazom kod bolesnika s povećanom
koncentracijom mokraćne kiseline ovisi o aktivnosti enzima glukoza-6-fosfat dehidrogenaze.
Ovaj enzim stvara NADPH koji je znaĉajan u eliminaciji reaktivnih skupina i spojeva u
organizmu kao što je vodikov peroksid. Enzim je kodiran G6PD genom koji ima veliki broj
haplotipova koji variraju s geografskim podruĉjem.
UtvrĊivanje prisutnosti divljeg haplotipa *1B bitno je za odluku o zapoĉinjanju terapije
razburikazom budući da ovaj rekombinantni enzim uzrokuje stvaranje vodikova peroksida, što
kod osoba s mutiranim haplotipovima pospješuje nastanak hemolitiĉke anemije. S obzirom da
je ovaj gen lociran na X kromosomu, bolesnici s divljim haplotipom će imati normalnu
funkciju, dok će kod mutiranog haplotipa enzim biti nefunkcionalan te im je razburikaza u
tom sluĉaju kontraindicirana. Bolesnice zbog mozaicizma mogu imati varijabilnu aktivnost
enzima u prisutnosti mutiranog i divljeg alela, zbog ĉega bi kliniĉar trebao dovesti odluku na
temelju rezultata o aktivnosti glukoza-6-fosfat dehidrogenaze.
Genotipizacija ovog gena nije dostupna u Hrvatskoj.
61
5.2 Biomarkeri čija je detekcija ključna pri odluci o uvoĎenju ili
isključivanju lijeka za odreĎena patološka stanja
Osim gena koji se uvrštavaju u podruĉuje farmakogenetike, odreĊeni biomarkeri koji se
odreĊuju molekularnom dijagnostikom omogućuju kliniĉaru izbor ili izuzimanje lijeka u
lijeĉenju stanja koja su vrlo ĉesto malignog karaktera.
Probir na c-KIT mutaciju pri odluci o uvoĎenju imatiniba 112, 115
Dokazivanje prisutnosti supstitucije A2447T, koja uzrokuje zamjenu aminokiselina
Asp816Val, poznatije i kao mutacija D816V u genu za c-KIT kod agresivne sistemske
mastocitoze znaĉajno je kako bi se izuzela terapija imatinibom. Mutacija D816V uzrokuje
nastajanje tirozin kinaze koja ne moţe biti inhibirana imatinibom zbog ĉega treba odabrati
alternativni inhibitor koji djeluje i na ovu mutaciju.
Probir na CFTR mutaciju pri odluci o uvoĎenju ivakaftora 112, 116
Mutacije CFTR gena uzrokuju razliĉite promjene u funkciji transmembranskog regulatora
provodljivosti cistiĉne fibroze koje uzrokuju cistiĉnu fibrozu. Detekcija jedne od navedenih
mutacija: Gly178Arg, Ser549Asn, Ser549Arg, Gly551Ser, Gly551Asp, Ser1251Asn,
Gly1244Glu, Ser1251Asn, Ser1255Pro i/ili Gly1349Asp, bitna je kako bi se mogao uvesti
ivakaftor za tretman cistiĉne fibroze.
Bolesnicima kojima se detektira delecija Phe508 moţe se uvesti terapija lumakaftorom u
kombinaciji s ivakaftorom.
Probir na Bcr-ABL1 translokaciju pri odluci o uvoĎenju busulfana112
Bcr-ABL1 fuzijski je gen koji nastaje translokacijom kromosoma 9 i 22 (poznat i kao
Philadephia kromosom) te uzrokuje nastajanje stalno aktivne tirozin kinaze. Detekcijom
translokacije ili fuzijskog gena moţe se sigurnije ući u terapiju antineoplastikom busulfanom
zbog jaĉeg uĉinka na tirozin kinazu nastalu ovim fuzijskim genom.
5.3 Potencijal, problemi i budućnost farmakogenetike
Prema dostupnim podacima iz prikupljenih studija evidentan je potencijal farmakogenetike u
prilagodbi doziranja terapije zbog ĉega su neke tvrtke već zapoĉele i s razvojem point of care
testing analiza za pojedine gene, gdje je dovoljan samo bris bolesnikove bukalne sluznice.
62
Slika 5: Analizator za CYP2C19 gena
S druge strane, postoje i problemi koji usporavaju uvrštavanje farmakogenetike i
farmakogenomike u rutinsku kliniĉku uporabu. Prvenstveni razlog su farmakogenetske
smjernice koje zasad nisu dovoljno optimizirane, tj. ne pokazuju dovoljnu ekonomsku korist
ili ne sadrţe dovoljnu razinu dokaza. S obzirom da su cijene testova molekularne dijagnostike
i do 100 puta veće od općih biokemijskih pretraga, teško je oĉekivati da će široki probir na
teret zdravstvenog sustava moći biti ostvaren u bliţoj budućnosti. Ostali problemi ukljuĉuju
potrebu za obrazovanjem zdravstvenog osoblja kako bi ono moglo interpretirati rezultate.
Problem je i vrijeme za izvedbu samog testa te standardizacija rezultata. Trenutno vrijeme
koje je potrebno za izdavanje nalaza [eng. turnaround time (TAT)] nekog genetiĉkog testa
jest ponekad i do mjesec dana, zbog ĉega bolesnicima s hitnim stanjima farmakogenetiĉko
testiranje nije od koristi. Osim toga, donedavno nije bilo standardizirano ni iskazivanje
rezultata, zbog ĉega je rezultate farmakogenetskog testiranja bilo teško usporeĊivati izmeĊu
razliĉitih laboratorija. Tek je prošle godine CPIC ostvario koncenzus kako bi se prilikom
izdavanja rezultata rabili ujednaĉeni pojmovi.121
S istraţivaĉkog stanovišta, koliĉina samih radova na temu farmakogenetike i
farmakogenomike nema više toliki porast kao u razdoblju izmeĊu 1998. i 2007. Razloge tome
moţemo naći u ĉinjenici da se u tome se razdoblju vidio potencijal u svakom genu koji je
imao poveznicu s farmakološki aktivnim tvarima. Ipak, nakon toga se utvrdilo da je broj
kliniĉki relevantnih gena ograniĉen, a da pojedinaĉni geni nisu za individualizaciju terapije
presudni u onoj mjeri u kojoj se to u poĉetku smatralo, a odreĊivanje farmakogenetski
optimalne terapije inicijalno je skuplje od lijeĉenja nuspojava regularno indiciranog lijeka
kada se optimizacija ne radi.
a analizator Spartan RX tvrtke Spartan
63
Danas se većina farmakogenetiĉkih testiranja u Hrvatskoj izvode u KBC Zagreb i KBC Sestre
milosrdnice, dok se u ostalim kliniĉkim bolnicama i kliniĉkim bolniĉkim centrima ono izvodi
na molekularno-dijagnostiĉkoj razini kod onkoloških bolesnika ĉime se utvrĊuje benefit
terapije odreĊenim ciljanim lijekovima.
U Hrvatskoj je problem i usporedba dobivenih rezultata sa referentnim DNA materijalom za
našu populaciju i dok taj referentni materijal ne bude utvrĊen, pojedine rezultate moţemo
usporeĊivati jedino s rezultatima sliĉnih europskih populacija.
Treba spomenuti i da osim u optimiranju terapije, farmakogenetsko tesitranje ima i znaĉaj i za
farmaceutsku industriju koja na osnovu farmakogenetskih probiranja skupina bolesnika sada
moţe kvalitetnije odabrati ciljne molekule za potencijalne lijekove, uslijed ĉega postaje
moguće preciznije utvrditi krajnji povoljan i nepovoljana uĉinak lijeka. Iako farmakogenetsko
i farmakogenomsko testiranje povisuje cijenu otkrivanja i razvoja novih lijekova, uvoĊenjem
ovih testova farmaceutska industrija potencijalno moţe i uštedjeti jer omogućava ranije
predviĊanje neuspjeha lijeka koji se istraţuje.
5.4 Kritički osvrt na potencijalnu primjenu farmakogenetskih načela i
njihova uvoĎenja u kliničku praksu
Unatoĉ ĉinjenici da optimizacija terapije i uvoĊenja individualiziranog pristupa bolesniku
pokazuje veliki potencijal i zasigurno ima budućnost, smatram da dobar dio smjernica nema
dovoljnu korist za testiranje farmakogena. Primjer ovakvih farmakogenetskih smjernica je
doziranje za antikoagulantnu terapiju acenokumarolom i fenprokumonom, gdje je bolesnicima
kojima se utvrdi prisutstvo PM genotipa bilo za CYP2C9 ili VKORC1 i dalje potrebno
redovito odreĊivanje PV-INR, zbog ĉega smatram da bi kliniĉar koji se odluĉi na
individualizaciju antikoagulantne terapije trebao pribjeći varfarinu. Korištenjem
WarfarinDosing obrasca terapija varfarinom se moţe uĉinkovitnije optimizirati. Osim
varfarina, kliniĉar se jednostavno moţe odluĉiti na jedan od antikoagulantnih lijekova nove
generacije koji zahtjevaju rjeĊe odreĊivanje laboratorijskih parametara te imaju širi terapijski
interval.
Nadalje, pri odabiru terapije antidepresivima koji koriste metaboliĉki put preko CYP2C19 i/ili
CYP2D6, smatram da genotipizacija jedino ima smisla kao iskljuĉna analiza zbog
kompleksne interpretacije rezultata pri doziranju kod fenotipova razliĉitih od EM. Štoviše,
većina antidepresiva zahtjeva redovito titriranje doze ovisno o uĉinku, nuspojavama te
koncentraciji u krvi unatoĉ rezultatima genotipizacije.
64
Nasuprot tome, smatram da je genotipizacija poţeljna u sluĉajevima gdje lijek moţe izazvati
teške i letalne nuspojave npr. irinotekan koji ima jasnije definirane smjernice za doziranje
ovisno o genotipu UGT1.
Genotipizacija pripadajućih farmakogena za lijekove poput azatioprina, derivate 5-FU,
analgetike s djelovanjem na opioidne receptore itd; bi trebala biti korištena prvenstveno kao
iskljuĉna metoda, unatoĉ ĉinjenici da se doza moţe prilagoditi ovisno o prisutstvu mutiranih
alela.
TakoĊer smatram opravdanu genotipizaciju za lijekove kojima uĉinak moţe izostati, a
koncentracija im se ne odreĊuje radila se genotipizacija ili ne, npr. tamoksifen, klopidogrel,
inhibitori protonske pumpe, itd; a naroĉito u sluĉajevima skupih lijekova koji djeluju ovisno o
prisutnošću odreĊenih biomarkera.
Unatoĉ svemu, nedvojbeno je kako će farmakogentika i farmakogenomika u budućnosti sve
više ulaziti u rutinsku kliniĉku praksu te omogućiti razvoj ciljanih lijekova prema principima
individualizacije terapije - lijek po mjeri svakog pojedinog bolesnika.
65
6 ZAKLJUČCI
1. Svrha farmakogenetike i farmakogenomike je u individualizaciji pristupa
terapije, a doprinos ovog rada je u sustavnom prikazu aktualnih i relevantnih
podataka oblikovanih u formi smjernica individualizacije terapije
2. Promjene u genima koje su od interesa farmakogenetike i farmakogenomike
objavljuju se i aţuriraju u javno dostupnim bazama podataka, od kojih je
PharmGKB od najvećeg znaĉaja
3. Za mnoge je lijekove putem rezultata farmakogenetskog testiranja moguće
procijeniti ili korigirati potrebnu dozu lijeka na osnovu predviĊenog fenotipa
metaboliĉkih enzima (brzi, srednje-brzi, spori te ultra-brzi metabolizatori)
4. Genotipizacija transportera za neurotransmitore omogućuje procjenu sklonosti
prema odreĊenim neurološkim i/ili psihijatrijskim stanjima te odgovora na
terapiju za ta stanja
5. Genotipizacija receptora zasad nema toliki kliniĉki znaĉaj, ali će omogućiti
procjenu uĉinka lijeka kod odreĊenih mutacija
6. Detekcija odreĊenih mutacija i biomarkera (najĉešće kod malignih stanja)
omogućuje odabir optimalne ili iskljuĉivanje neuĉinkovite terapije
7. Rezultati genotipizacije farmakogena ne smiju se automatski prevoditi u
fenotip jer on ovisi i o vanjskim ĉimbenicima te epigenetiĉkom statusu
bolesnika, zbog ĉega interpretaciju treba vršiti s oprezom
8. Analizom farmakogenomskih biomarkera u fazama razvoja lijeka moguće je
doći do informacije o promjeni ekspresije gena koji kodiraju ciljne molekule
lijeka ili neke nizvodne ciljne molekule u molekularnoj kaskadi, ali i skratiti
potrebno vrijeme za dugoroĉne studije te ubrzati vrijeme za razvoj novih
lijekova
9. UvoĊenje farmakogenetiĉkih i farmakogenomskih testova ima smisla dok je
ekonomski isplativo, tj. cijena testiranja i izrade terapije ne prelazi iznos koji bi
nastao lijeĉenjem nuspojava i manjkavom terapijom
10. Ovaj diplomski rad omogućit će polaznu osnovu za izradu web
stranice/priruĉnika s aţurnim farmakogenetskim smjernicama
66
7 INDEKS PRIKAZANIH LIJEKOVA I GENA
A
abakavir, 45, 60 ABCB1, 43
ACE, 46
ACE inhibitori, 46 acenokumarol, 33, 41, 51
alectinib, 48
aliskiren, 43 alopurinol, 45, 60
amitriptilin, 34, 36, 56
aripiprazol, 36, 53 atazanavir, 40
atomoksetin, 36 azatioprin, 40, 57
B
Bcr-ABL1, 61
busulfan, 49, 61
C
celekoksib, 33
ceritinib, 48
cetuksimab, 49 CFTR, 61
citalopram, 34, 52
c-KIT, 61 COMT, 46
crizotinib, 48
CYP2C19, 34, 52, 56 CYP2C9, 12, 33, 50
CYP2D6, 11, 36, 39, 50, 53, 56
CYP3A5, 42, 58
D
dabrafenib, 48
DAT1, 44
desipramin, 37, 54 doksepin, 34, 37, 56
DPYD, 41, 57
duloksetin, 37
E
escitalopram, 34, 43, 52
esomeprazol, 35, 53
F
faktor V, 57 Faktor V, 41
fenitoin, 33, 45, 60
Fenitoin, 51 fenprokumon, 51
fenprokumona, 41
flekainid, 37, 54 fluorouracil, 42
fluoruracil, 57
flupentiksol, 37 flurbiprofen, 33
fluvoksamin, 37
G
G6PD, 46, 60
glibenklamid, 33
gliklazid, 33 glimepirid, 33
H
haloperidol, 37, 54
hidralazin, 42 HLA-B, 45, 59
HTTLPR, 43
I
IFNL3, 45, 59
IL28, 45
imatinib, 48, 61 imipramin, 35, 38, 56
irinotekan, 40, 56
ivacaftor, 48 ivakaftor, 61
izoniazid, 14, 42
izosorbid dinitirat, 42
K
kapecitabin, 41, 57
karbamazepin, 45, 60
karvedilol, 36 kateholamini, 46
klomipramin, 34, 36, 56
klopidogrel, 34, 53 klozapin, 37
kodein, 37, 39, 53
kvetiapin, 44
L
lansoprazol, 35, 53
lapatinib, 49
lenalidomid, 48 lumacaftor, 48
M
maraviroc, 48
metoprolol, 38, 54 mirtazapin, 38
moklobemid, 35
N
NAT2, 42 nortriptilin, 38, 55
O
oksikodon, 32, 37, 38, 53
olanzapin, 38, 44
omeprazol, 35, 53 ondansetron, 44
oralni kontraceptivi, 41, 57
P
panitumumab, 49 pantoprazol, 35, 53
paroksetin, 38, 55
peginterferon, 45, 59 pertuzumab, 49
pirazinamid, 42
propafenon, 38, 54
R
rabeprazol, 35
razburikaza, 46, 60 regorafenib, 48
ribavirin, 45, 59
rifampicin, 42 rifampin, 42
risperidon, 39, 44, 55
S
SERT, 43, 50 sertralin, 35, 38, 39, 52
simvastatin, 43, 58
SLC6A3, 44 SLC6A4, 43, 59
SLCO1B1, 43, 58
SSRI antidepresivi, 43
T
takrolimus, 42, 58
tamoksifen, 39, 55
tegafur, 42, 57 tegafur kombinacija, 42
tolbutamid, 33
TPMT, 40, 57 tramadol, 39, 53
trastuzumab, 49
trimipramin, 35, 39, 56
U
UGT1A1, 40, 50, 56
V
varfarin, 33, 40, 50, 51
vemurafenib, 48 venlafaksin, 39, 55
VKORC1, 40, 50
vorikonazol, 36
Z
zuklopentiksol, 39, 54
67
8 LITERATURA
1Nebert DW. Pharmacogenetics and pharmacogenomics: why is this relevant to the clinical geneticist? Clin
Genet; 1999; 56(4):247–258.
2 Kalow W. Historical Aspects of Pharmacogenetics. U: Pharmacogenomics Second Edition. Kalow W, Meyer
UA, Tyndale RF, urednici Taylor & Francis Group; 2005; str. 1-11.
3O’Brien SJ i sur. The promise of comparative genomics in mammals. Science; 1999; 15: 458–481.
4Lijeĉenje prilagoĊeno bolesniku, 2016., http://www.roche.hr, pristupljeno u listopadu 2016.
5Ozdemir V, Lerer B. Pharmacogenomics and the Promise of Personalized Medicine. U: Pharmacogenomics
Second Edition. Kalow W, Meyer UA, Tyndale RF, urednici Taylor & Francis Group; 2005; str. 13-49.
6Lazarou J i sur. Incidence of adverse drug reactions in hospitalized patients: a meta-analysis of prospective
studies. JAMA; 1998; 279(15):1200–1205.
7[No author listed]. Bulletin Board:Study finds overwhelming majority of American consumers and physicians
back development of personalized medicine. Pharmacogenomics; 2003; 4(1):13.
8Chou WH i sur. Extension of a pilot study: impact from the cytochrome P450 2D6 polymorphism on outcome
and costs associated with severe mental illness. J Clin Psychopharmacol; 2000; 20:246-251.
9Veenstra DL i sur. Assessing the cost-effectiveness of pharmacogenomics. AAPS PharmSci. 2000; 2(3):E29.
10Berm EJJ i sur. Economic Evaluations of Pharmacogenetic and Pharmacogenomic Screening Tests: A
Systematic Review. Second Update of the Literature. PloS One; 2016; 11:146-262.
11Kalow W, Meyer UA, Tyndale RF. Pharmacogenomics Second Edition. Taylor & Francis Group; 2005; str.
40.
12Linkage disequilibrium and recombination, 2005., http://bio.classes.ucsc.edu/bio107, pristupljeno u travnju
2017.
13Haplotype, 2016., http://www.nature.com, pristupljeno u kolovozu 2016.
14Kalow W, Meyer UA, Tyndale RF. Pharmacogenomics Second Edition. Taylor & Francis Group; 2005; str.
444.
15Ethnicity, 2017., https://en.oxforddictionaries.com, pristupljeno u travnju 2017.
16Ingelman MS. Pharmacogenetics of cytochrome P450 and its applications in drug therapy: the past, present
and future. Trends Pharmacol Sci; 2004; 25: 193–200.
17 McLellan RA i sur. Frequent occurrence of CYP2D6 gene duplication in Saudi Arabians. Pharmacogenetics;
1997; 7: 187–191.
18A Super Brief and Basic Explanation of Epigenetics for Total Beginners, 2013.,
http://www.whatisepigenetics.com, pristupljeno u travnju 2017.
68
19
Jenuwein T i Allis CD. Translating the Histone Code. Science; 2001; 293(5532):1074–80.
20Turner BM. Cellular memory and the histone code. Cell; 2002; 111(3):285–91.
21Kalow W, Meyer UA, Tyndale RF. Pharmacogenomics Second Edition. Taylor & Francis Group; 2005; str.
466.
22Flanagan J, Petronis A. Pharmacoepigenetics: From Basic Epigenetics to Therapeutic Applications. U:
Pharmacogenomics Second Edition. Kalow W, Meyer UA, Tyndale RF, urednici, Taylor & Francis Group;
2005; str. 461-491.
23 Patnala R i sur. Candidate gene association studies: a comprehensive guide to useful in silico tools. BMC
Genetics; 2013; 14: 39.
24Kalow W, Meyer UA, Tyndale RF. Pharmacogenomics Second Edition. Taylor & Francis Group; 2005; str.
571-572.
25Opći principi farmakologije, 2013., http://perpetuum-lab.com.hr, pristupljeno u listopadu 2016.
26Nishimura i sur. Tissue Distribution of mRNA Expression of Human Cytochrome P450 Isoforms Assessed by
High-Sensitivity Real-Time Reverse Transcription PCR. Yakugaku Zasshi; 2003; 123:369–375.
27CYP2D6 gene, 2016., https://ghr.nlm.nih.gov, pristupljeno u listopadu 2016.
28Pharmacogenomics Second Edition. Kalow W, Meyer UA, Tyndale RF, urednici, Taylor & Francis Group;
2005; str 51.
29CYP2D6, 2016., https://www.ncbi.nlm.nih.gov, pristupljeno u listopadu 2016.
30 Dalén i sur. 10-hydroxylation of nortriptyline in white persons with 0, 1, 2, 3, and 13 functional CYP2D6
genes*. Clinical Pharmacology & Therapeutics;1998; 63:444–452.
31Drug Metabolism, 2017., http://www.msdmanuals.com, pristupljeno u travnju 2017.
32Park BK, Breckenridge AM. Clinical implications of enzyme induction and enzyme inhibition. Clinical
pharmacokinetics; 1981; 6:1–24.
33Cytochrome P 450 Hepatic enzyme inhibitors and inducers, 2014., http://www.preregpharm.co.uk, pristupljeno
u listopadu 2016.
34Bailey DG i sur. Grapefruit-medication interactions: forbidden fruit or avoidable consequences? Canadian
Medical Association Journal; 2013; 185:309–316.
35Weber WW. Receptors. U: Pharmacogenomics Second Edition. Kalow W, Meyer UA, Tyndale RF, urednici
Taylor & Francis Group; 2005; str. 71-107.
36Lifton RP i sur. Mutations in the mineralocorticoid receptor gene cause autosomal dominant
pseudohypoaldosteronism type I. Nat Genet; 1998; 19(3):279–281.
37Geller DS i sur. Activating mineralocorticoid receptor mutation in hypertension exacerbated by pregnancy.
Science; 2000; 289:119–123.
69
38
Smith EP i sur.. Estrogen resistance caused by a mutation in the estrogen-receptor gene in a man. N Engl J
Med; 1994; 331:1056–1061.
39Sudhir K i sur. Premature coronary artery disease associated with a disruptive mutation in the estrogen
receptor gene in a man. Circulation, 1997; 96:3774–3777.
40 Mahfoudi A i sur. Specific mutations in the estrogen receptor change the properties of antiestrogens to full
agonists. Proc Natl Acad Sci USA; 1995; 92:4206–4210.
41Montano MM i sur. Human estrogen receptor ligand activity inversion mutants: receptors that interpret
antiestrogens as estrogens and estrogens as antiestrogens and discriminate among different antiestrogens.
Mol Endocrinol; 1996; 10(3):230–242.
42Hizawa N. Beta-2 adrenergic receptor genetic polymorphisms and asthma. Journal of Clinical Pharmacy and
Therapeutics; 2009; 34:631–643.
43Liu R i sur. Homozygous defect in HIV-1 coreceptor accounts for resistance of some multiply-exposed
individuals to HIV-1 infection. Cell; 1996; 86: 367–377.
44Samson M i sur. Resistance to HIV-1 infection in Caucasian individuals bearing mutant alleles of the CCR-5
chemokine receptor gene. Nature; 1996; 382:722–725.
45Marzolini C i sur. Pharmacogenetics of Drug Transporters. U: Pharmacogenomics Second Edition. Kalow W,
Meyer UA, Tyndale RF, urednici Taylor & Francis Group, 2005, str. 109-155.
46ABCB1, 2017., https://www.pharmgkb.org, pristupljeno u travnju 2017.
47Hu XZ i sur. Serotonin transporter promoter gain-of-function genotypes are linked to obsessive-compulsive
disorder. American Journal of Human Genetics; 2006; 78:815–826.
48Fuke S i sur. The VNTR polymorphism of the human dopamine transporter (DAT1) gene affects gene
expression. The Pharmacogenomics Journal; 2001; 1: 152–156.
49Ramoz N i sur. A Haplotype of the Norepinephrine Transporter (Net) Gene Slc6a2 is Associated with Clinical
Response to Atomoxetine in Attention-Deficit Hyperactivity Disorder (ADHD). Neuropsychopharmacology;
2009; 34:2135–2142.
50B. Katzung: Temeljna i kliniĉka farmakologija, 11. izdanje, McGraw Hill, New York, 2011.
51Bumgarner R. Overview of DNA microarrays: types, applications, and their future. Current Protocols in
Molecular Biology; 2013; 22.
52DNA Microarray, 2017., http://learn.genetics.utah.edu, pristupljeno u travnju 2017.
53Behjati S, Tarpey PS. What is next generation sequencing? Archives of Disease in Childhood. Education and
Practice Edition; 2013; 98:236–238.
54Standards and Guidelines for Clinical Genetics Laboratories, 2006., https://www.acmg.net, pristupljeno u
lipnju 2017.
55Good Laboratory Practices for Molecular Genetic Testing for Heritable Diseases and Conditions, 2009.,
https://www.cdc.gov, pristupljeno u lipnju 2017.
70
56
Bioinformatics, 2016., http://www.bioinformatics.org, pristupljeno u kolovozu 2016.
57Whirl-Carillo M i sur. Pharmacogenomics knowledge for personalized medicine. Clinical Pharmacology and
Therapeutics; 2012; 92:414–417.
58Caudle KE i sur. Incorporation of pharmacogenomics into routine clinical practice: the Clinical
Pharmacogenetics Implementation Consortium (CPIC) guideline development process. Curr Drug Metab;
2014; 15:209–217.
59Swen JJ i sur. Pharmacogenetics: From Bench to Byte— An Update of Guidelines. Clinical Pharmacology &
Therapeutics; 2011; 89:662–673.
60What are all the rs numbers (rsids)?, 2017., https://customercare.23andme.com, pristupljeno u veljaĉi 2017.
61DPWG: Dutch Pharmacogenetics Working Group, 2017., https://www.pharmgkb.org, pristupljeno u travnju
2017.
62Hicks JK i sur. Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium guideline for CYP2D6 and CYP2C19
genotypes and dosing of tricyclic antidepressants. Clinical Pharmacology and Therapeutics; 2013; 93:402–
408.
63CYP2C9, 2014., https://www.snpedia.com, pristupljeno u prosincu 2016.
64Annotation of Dutch Pharmacogenetics Working Group (DPWG) guideline information for acenocoumarol
and CYP2C9, 2011., https://www.pharmgkb.org, pristupljeno u prosincu 2016.
65Annotation of U.S. Food and Drug Administration (FDA) label information for celecoxib and CYP2C9, 2013.,
https://www.pharmgkb.org, pristupljeno u prosincu 2016.
66Annotation of U.S. Food and Drug Administration (FDA) label information for flurbiprofen and CYP2C9,
2013., https://www.pharmgkb.org, pristupljeno u prosincu 2016.
67Warfarin Dosing, 2016., http://www.warfarindosing.org/, pristupljeno u prosincu 2016.
68CYP2C19, 2013., https://www.snpedia.com, pristupljeno u prosincu 2016.
69CYP2C19 allele nomenclature, 2015.,http://www.cypalleles.ki.se, pristupljeno u prosincu 2016.
70 Hagymási K i sur. Update on the Pharmacogenomics of Proton Pump. Pharmacogenomics; 2011; 12:873-888.
71Hicks J i sur. Clinical pharmacogenetics implementation consortium guideline (CPIC) for CYP2D6 and
CYP2C19 genotypes and dosing of tricyclic antidepressants: 2016 update. Clinical Pharmacology &
Therapeutics, 2017.
72Scott SA i sur. Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium. Clinical Pharmacogenetics
Implementation Consortium guidelines for CYP2C19 genotype and clopidogrel therapy: 2013 update.
Clinical Pharmacology and Therapeutics; 2013; 94:317–323.
73Scott SA i sur. Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium. Clinical Pharmacogenetics
Implementation Consortium guidelines for cytochrome P450-2C19 (CYP2C19) genotype and clopidogrel
therapy. Clinical Pharmacology and Therapeutics; 2011; 90:328–332.
71
74
Ingelman SM. Genetic polymorphisms of cytochrome P450 2D6 (CYP2D6): clinical consequences,
evolutionary aspects and functional diversity. The Pharmacogenomics Journal; 2005; 5: 6–13.
75CYP2D6, 2015., https://www.snpedia.com, pristupljeno u prosincu 2016.
76Annotation of Dutch Pharmacogenetics Working Group (DPWG) guideline information for codeine and
CYP2D6, 2011., https://www.pharmgkb.org, pristupljeno u prosincu 2016.
77Annotation of Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium (CPIC) guideline information for
desipramine and CYP2D6, 2016., https://www.pharmgkb.org, pristupljeno u prosincu 2016.
78Annotation of Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium (CPIC) guideline information for
fluvoxamine and CYP2D6, 2017., https://www.pharmgkb.org, pristupljeno u travnju 2017.
79Annotation of Dutch Pharmacogenetics Working Group (DPWG) guideline information for mirtazapine and
CYP2D6, 2011., https://www.pharmgkb.org, pristupljeno u prosincu 2016.
80Annotation of Dutch Pharmacogenetics Working Group (DPWG) guideline information for olanzapine and
CYP2D6, 2011., https://www.pharmgkb.org, pristupljeno u prosincu 2016.
81Annotation of Dutch Pharmacogenetics Working Group (DPWG) guideline information for paroxetine and
CYP2D6, 2011., https://www.pharmgkb.org, pristupljeno u prosincu 2016.
82Gene: UGT1A1 (UDP glucuronosyltransferase 1 family, polypeptide A1), 2016., https://www.pharmgkb.org,
pristupljeno u prosincu 2016.
83Annotation of Professional Society (PRO) guideline information for irinotecan and UGT1A1, 2015.,
https://www.pharmgkb.org, pristupljeno u prosincu 2016.
84Gammal RS i sur. Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium (CPIC) Guideline for UGT1A1 and
Atazanavir Prescribing. Clinical Pharmacology and Therapeutics; 2016; 99:363–369.
85Gene: TPMT (thiopurine S-methyltransferase), 2016., https://www.pharmgkb.org, pristupljeno u prosincu
2016.
86Gene: VKORC1 (vitamin K epoxide reductase complex, subunit 1), https://www.pharmgkb.org/, pristupljeno
u prosincu 2016.
87Annotation of Dutch Pharmacogenetics Working Group (DPWG) guideline information for acenocoumarol
and VKORC1, 2011., https://www.pharmgkb.org, pristupljeno u travnju 2017.
88Annotation of Dutch Pharmacogenetics Working Group (DPWG) guideline information for phenprocoumon
and VKORC1, 2011., https://www.pharmgkb.org, pristupljeno u travnju 2017.
89Kujovich JL. Factor V Leiden thrombophilia. Genetics in Medicine; 2011; 13:1–16.
90Gene: DPYD (dihydropyrimidine dehydrogenase), 2016., https://www.pharmgkb.org, pristupljeno u prosincu
2016.
91McLeod HL i sur. Nomenclature for human DPYD alleles. Pharmacogenetics. 1998; 8: 455–460.
72
92
Birdwell KA i sur. Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium (CPIC) Guidelines for CYP3A5
Genotype and Tacrolimus Dosing. Clinical Pharmacology and Therapeutics; 2015; 98:19–24.
93 van Schaik RHN i sur. CYP3A5 Variant Allele Frequencies in Dutch Caucasians. Clin Chem; 2002; 48.
94NAT2, 2016.; https://www.snpedia.com, pristupljeno u travnju 2017.
95Annotation of U.S. Food and Drug Administration (FDA) label information for isoniazid, pyrazinamide,
rifampin and NAT2, 2013., https://www.pharmgkb.org, pristupljeno u prosincu 2016.
96Annotation of European Medicines Agency (EMA) label information for aliskiren and ABCB1, 2014.,
https://www.pharmgkb.org, pristupljeno u prosincu 2016.
97Gene: SLCO1B1 (solute carrier organic anion transporter family, member 1B1) https://www.pharmgkb.org,
pristupljeno u prosincu 2016.
98Ramsey LB i sur. The clinical pharmacogenetics implementation consortium guideline for SLCO1B1 and
simvastatin-induced myopathy: 2014 update. Clinical Pharmacology and Therapeutics, 2014; 96:423–428.
99Wilke RA i sur. Clinical Pharmacogenomics Implementation Consortium (CPIC). The clinical
pharmacogenomics implementation consortium: CPIC guideline for SLCO1B1 and simvastatin-induced
myopathy. Clinical Pharmacology and Therapeutics; 2012; 92: 112–117.
100Haplotype SLC6A4 L allele-rs25531T, 2017., https://www.pharmgkb.org, pristupljeno u travnju 2017.
101SLC6A3, 2016., http://www.snpedia.com, pristupljeno u prosincu 2016.
102http://www.allelefrequencies.net, pristupljeno u svibnju 2017.
103Annotation of U.S. Food and Drug Administration (FDA) label information for abacavir and HLA-B, 2013.,
https://www.pharmgkb.org, pristupljeno u prosincu 2016.
104Annotation of Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium (CPIC) guideline information for
allopurinol and HLA-B, 2015., https://www.pharmgkb.org, pristupljeno u svibnju 2017.
105Annotation of Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium (CPIC) guideline information for
carbamazepine and HLA-B, 2013., https://www.pharmgkb.org, pristupljeno u travnju 2017.
106Annotation of Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium (CPIC) guideline information for
phenytoin and CYP2C9, HLA-B, 2017., https://www.pharmgkb.org, pristupljeno u travnju 2017.
107Annotation of Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium (CPIC) guideline information for
peginterferon alfa-2a, peginterferon alfa-2b, ribavirin and IFNL3, 2016., https://www.pharmgkb.org,
pristupljeno u travnju 2017.
108Barišić M i sur. Characterization of G6PD deficiency in southern Croatia: description of a new variant, G6PD
Split. J Hum Genet; 2005; 50:547–549.
109Annotation of Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium (CPIC) guideline information for
rasburicase and G6PD, 2014., https://www.pharmgkb.org, pristupljeno u travnju 2017.
110rs4680, 2017., https://www.snpedia.com, pristupljeno u travnju 2017.
73
111
Rigat B i sur. An insertion/deletion polymorphism in the angiotensin I-converting enzyme gene accounting
for half the variance of serum enzyme levels. J Clin Invest; 1990; 86:1343–1346.
112Selected genomic biomarkers in the context of US Food and Drug Administration (FDA)-approved drug
labels, 2017., http://www.uptodate.com, pristupljeno u travnju 2017.
113ALK Gene, 2017., http://www.genecards.org, pristupljeno u travnju 2017.
114BRAF, 2015., https://www.mycancergenome.org, pristupljeno u travnju 2017.
115Molecular Profiling of Gastrointestinal Stromal Tumor (GIST), 2015., https://www.mycancergenome.org,
pristupljeno u travnju 2017.
116Annotation of Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium (CPIC) guideline information for
ivacaftor and CFTR, 2016., https://www.pharmgkb.org, pristupljeno u travnju 2017.
117HER2 (ERBB2), 2015., https://www.mycancergenome.org, pristupljeno u travnju 2017.
118 Bose R i sur. Activating HER2 mutations in HER2 gene amplification negative breast cancer. Cancer Discov;
3:224–237.
119Molecular Profiling of Colorectal Cancer, 2016., https://www.mycancergenome.org, pristupljeno u travnju
2017.
120CPIC® Guideline for Fluoropyrimidines and DPYD, 2014., https://cpicpgx.org/, pristupljeno u svibnju 2017.
121Caudle KE i sur. Standardizing terms for clinical pharmacogenetic test results: consensus terms from the
Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium (CPIC). Genet Med. 2017.
