Kartulihaiguste ja -kahjustajate analüüsimise meetodid Taimetervise ja

mikrobioloogia laboris

Piret Peterson

27.03.2013

2.04.2013

Ettekande sisu:

Labori struktuur ja tutvustusKartulist määratavad ohtlikud

kahjustajadKartulist määratavad viirusedTaimetervise laboris haiguste

diagnoosimiseks kasutatavad meetodid

TAIMETERVISE JA MIKROBIOLOOGIA LABORATOORIUM

� nematoodide määramine mugulatel, mullasNEMATOLOOGIA

MÜKOLOOGIA� seenhaiguste määramine taimsel materjalil ja mullas

ENTOMOLOOGIA

BAKTERIOLOOGIA

VIROLOOGIA

� enamlevinud putukkahjurite määramine

� ohtlike bakterhaiguste määramine

� viirushaiguste määramine

MOLEKULAAR-BIOLOOGIA

� kartuli värtnaviroidi määramine ja ohtlike organismide diagnoosi kinnitusmeetod

Taimetervise sektor

MIKRO-BIOLOOGILISED

ANALÜÜSID

MIKRO-ORGANISMID

� taimsetest söötadest

(silo, hein, jõusööt, teravili, šrott)

� taimsetest toiduainetest

(teraviljajahud, -tangud, -helbed, manna,

täisteratooted, toidukliid)

� orgaanilistest väetistest ja mullast

(kompost, kasvuturvas jne)

� taimekasvatusega seotud kollektsiooni

säilitamine ja täiendamine rakendusuuringuteks

TAIMETERVISE JA MIKROBIOLOOGIA LABORATOORIUM

Mikrobioloogia sektor

TAIMETERVISE SEKTORIS MÄÄRATAVAD OHTLIKUD TAIMEKAHJUSTAJAD

KARTULIL

• kartuli-ingerjas (Ditylenchus destructor);• valkjas kartuli-kiduuss (Globodera pallida);• kollane kartuli-kiduuss (Globodera

rostochiensis);• kartulivähk ( Synchytrium endobioticum);• kartuli pruun -baktermädanik ( Ralstonia

solanacearum);• kartuli ringmädanik ( Clavibacter michiganensis

subsp. sepedonicus);• kartuli värtnaviroid (PSTVd)

SERTIFITSEERIMISE EESMÄRGILKARTULIVIIRUSTE MÄÄRAMINE

Kartuliviiruste määramine:

• PVA (potato virus A) – kartuli A-viirus

• PVY (potato virus Y) – kartuli Y- viirus

• PVX (potato virus X) – kartuli X- viirus

• PVM (potato virus M) – kartuli M- viirus

• PVS (potato virus S) – kartuli S- viirus

• PLRV (potato leaf roll virus) – kartuli-keerdlehisuse viirus

Lisaks võimalik määrata: PMTV, TRV, AMV, CMV, TSWV

TAIMETERVISE SEKTORIS HAIGUSTE DIAGNOOSIMISEKS KASUTATAVAD

MEETODID

• Mikroskopeerimine• Agarsöötmetel kultuuride kasvatamine • Biotest indikaatortaimedel• Seroloogilised meetodid (IFAS, ELISA)• Molekulaarbioloogilised meetodid

(hübridiseerimine, PCR, RT-PCR, Real-Time PCR ja Real-Time RT-PCR )

Seroloogilised meetodid: IFAS

IFAS - Immunofluorescence Antibody Staining

Kasutusala TTML-s: bakterite määramiseks

Eelised: suurem spetsiifilisus (antigeen-antikeha reaktsioon), sama aegselt võimalik jälgida bakterite morfoloogiat

Puudused: vajab spetsiifiliste antikehade olemasolu, väike läbilaskevõime

Sellistena paistavad haigustekitajad-bakterid mikroskoobis 1000x suurendusel

Seroloogilised meetodid: ELISA

ELISA -test - Enzyme Linked Immunosorbent Assay (ensüüm-immuunsorbtsioon meetod)

Kasutusala: bakterite, seente ja viiruste määramiseks

Eelised: töökindel, usaldusväärne, suure läbilaskevõimega

Puudused: vajalik taimede ettekasvatamine (kulukas ja aeganõudev)

ELISA analüüsi tulemused:

Molekulaarbioloogilised meetodid: PCR ja RT-PCR

PCR –Polymerase Chain Reaction ehk polumeraasi ahelreaktsioon

Kasutusala: bakterite, seente, nematoodide, putukate viiruste ja viroidide määramiseks, kinnitusmeetod tavapärastele analüüsidele

Eelised: väga spetsiifiline, väga tundlik, ei vaja elus organismi olemasolu

Puudused: ristsaastumise oht, vajab spetsiifilisi praimereid, väike läbilaskvusvõime

Molekulaarbioloogilised meetodid: Real-Time PCR ja RT-

PCRKasutusala: bakterite, seente,

nematoodide, putukate viiruste ja viroidide määramiseks

Eelised: saab teha otse mugulast, kiire protsess, täpne ja tundlik meetod, suure läbilaskevõimega

Puudused: kulukas (erikemikaalid kallid)

Real-Time PCR tulemus arvutiekraanil:

Kontaktid:• Põllumajandusuuringute Keskus

– Teaduse 4/6, Saku, Harjumaa

Koduleht: https://pmk.agri.ee/• Taimetervise ja mikrobioloogia labor

– Labori juhataja Karme Petrutis, tel 6729161

• Taimetervise sektor– Sektori juhataja Jelena Bukštunovitš, tel

6729122– Peaspetsialist-viroloog Piret Peterson, tel

6729123, e-mail: piret.peterson@pmk.agri.ee

• Proovide vastuvõtt E-->R (8:00 kuni 16:00)

Teaduse 4/6, Saku, 75501www.pmk.agri.ee