8
PARC RECERCA BIOMÈDICA BARCELONA CONNECTEM CIÈNCIA I DIVERSITAT EN UN ESPAI CREATIU ÚNIC Juny de 2014 NÚM. 75 www.prbb.org GRATUÏT Editorial A quiet man with a resounding presence J ulian Lewis, fellow of the Ro- yal Society and emeritus pro- fessor, passed away on April 30th from prostate cancer. With his proverbial sense of humour he claimed to “have become an experiment”. Julian made important contributions to the understanding of the molecular aspects of embryonic develop- ment and he was greatly admi- red by colleagues. Julian was also well known to students as co-author of the famous book “Molecular Biology of the Cell” , the bible of basic biomedical science. His studies were particularly important in highlighting the importance of the Notch sig- nalling pathway as a cell com- munication system in vertebra- tes. He developed influential mathematical models for the generation of cellular patterns, and the “segmentation clock” . His models were always sim- ple and powerful, reflecting his own personality. Julian had clear and elegant foresight, a powerful mind, and was a warm person who in- fluenced many careers. Fernando Giráldez Julian Lewis, un home tranquil de gran presència J ulian Lewis, membre de la Royal Society i professor emèrit, va morir el pas- sat 30 d’abril als 68 anys d’un càncer de pròstata. Amb el seu proverbial sentit de l’humor, Lewis afirmava que «havia es- devingut un experiment». Molt admirat pels seus col·legues, Lewis va fer importants con- tribucions a la comprensió dels aspectes moleculars del desenvolupament embriona- ri. També era ben conegut pels estudiants com un dels autors del famós llibre Biologia mole- cular de la cèl·lula, la «Bíblia» de la ciència biomèdica bàsica. Els seus estudis van ser im- portants per subratllar la impor- tància de la via de senyalització Notch com un sistema de comu- nicació cel·lular en els vertebrats. Va desenvolupar influents mo- dels matemàtics sobre la gene- ració de patrons cel·lulars i sobre el «rellotge de segmentació». Els seus models eren sempre sen- zills i potents, tot reflectint la seva pròpia personalitat. Lewis tenia una visió clara i elegant, una ment poderosa i era una càlida persona que va influir en moltes carreres. Fernando Giráldez DESTACAT / HIGHLIGHT La UPF escala posicions entre les millors universitats La revista Times Higher Education (THE) ha publicat la tercera edició del rànquing «100 Under 50», un llistat de les 100 primeres univer- sitats de tot el món de menys de 50 anys d’antiguitat. La UPF és la tretzena globalment, la setena a Europa i la primera espanyola. D’altra banda, la UE acaba de presentar un nou rànquing, el U-Multirank, en el qual qual- sevol interessat pot escollir sota quins paràmetres elabora la tria. D’entre les 478 universitats eu- ropees que imparteixen titula- cions de grau, màster i doctorat, la UPF ocupa la quinzena posició —i la primera a Espanya— se- gons criteris de docència, recer- ca, transferència, internacionalit- zació i implicació regional. UPF ranked among the top universities The Times Higher Education sup- plement (THE) has published the 3 rd edition of the “100 Under 50” ranking, a list of the hundred best universities from around the world that are less than 50 years old. The UPF is positioned 13th globally, 7th in Europe and 1st in Spain. The EU has also just presented a new ranking, the U-multirank, where anyone may decide which parameters to use to make the se- lection. Among the 478 European universities offering undergradu- ate, Master’s and doctoral courses, the UPF occupies the 15th posi- tion, and is top in Spain, according to the criteria of teaching, research, technology transfer, internationali- sation and regional involvement La resta de la conferència es va centrar en l’NGS, també conegu- da com seqüenciació d’alt rendi- ment, un conjunt de tecnologies modernes que permet la seqüen- ciació de forma molt més ràpida i barata que la metodologia de Sanger. Les xerrades van tractar diversos mètodes de seqüenci- ació, així com mètodes d’anàlisi d’epigenètica, així com l’ús de dades d’NGS per a l’estudi de la genòmica poblacional, la genèti- ca i l’expressió gènica. Segons un dels organitzadors, Cedric Notredame, «la seqüenci- ació de nova generació es pot uti- litzar tant per recopilar informació de tota la població com a nivell de cèl·lules individuals. Ens està do- nant informació i dades necessà- ries en un espectre de problemes biològics sorprenentment variat, des de la genètica mendeliana a la diferenciació cel·lular». «Esperem fer d’aquesta conferència una cita regular al CRG-PRBB per a biòlegs de tot el món», afegeix el també coorganitzador Roderic Guigó. Next generation sequencing takes centre stage O n the 2nd and 3rd of Ju- ne, about 200 researchers met at the PRBB Confe- rence Hall to discuss the latest advances in the processing and analysis of Next Generation Se- quencing (NGS) data. They came from 23 countries, including 22 from Germany, 16 from the UK and 15 from the US. The Next Generation Confe- rence 2014, an official conferen- ce of the International Society for Computational Biology (ISCB) co-organised by the CRG, started with the “Sanger Memorial Ses- sion”. This was in commemora- tion of Fred Sanger, who passed away last year and who was the father of the first DNA sequencing method, a major breakthrough at the time that eventually enabled the sequencing of the human ge- nome. The rest of the meeting focu- sed on NGS, also known as high- throughput sequencing. This modern set of technologies allows much faster and cheaper sequen- cing than the Sanger method. The talks included discussions on va- rious sequencing and assembly methods as well as epigenetic analysis techniques, and the use of NGS data for the study of po- pulation genomics, genetics and gene expression. According to one of the meeting organisers Cedric Notredame, the take home message was how the great depths and breath of NGS can be used to collect information from entire populations, down to the level of single cells. “Sequencing is now providing insights and ne- cessary data on a surprisingly wide range of biological problems, from Mendelian genetics to cell differen- tiation” , added the researcher. “It has been a success, and we hope we can make this conferen- ce a regular annual feature at the CRG-PRBB for worldwide biolo- gists” , concluded co-organiser Ro- deric Guigó Maruxa Martínez-Campos E l 2 i 3 de juny prop de 200 investigadors de 23 països —majoritàriament d’Es- panya, però també 22 persones d’Alemanya, 16 del Regne Unit i 15 dels Estats Units, entre d’altres països— es van reunir a l’Audito- ri del PRBB per discutir els últims avenços en el processament i l’anàlisi de dades de next genera- tion sequencing (NGS) o seqüen- ciació de nova generació. La Next Generation Sequencing Conference 2014, una conferèn- cia oficial de la Societat Internaci- onal de Biologia Computacional (ISCB) coorganitzada pel CRG, es va iniciar amb la sessió «Sanger Memorial», en memòria de Fred Sanger, que va morir l’any passat i que va ser el pare de la primera metodologia de seqüenciació de l’ADN. Aquesta va constituir un avenç molt important en el seu moment i va permetre la seqüen- ciació del genoma humà. La seqüenciació de nova generació pren protagonisme NEXT GENERATION SEQUENCING CONFERENCE 2014

La seqüenciació de nova generació pren protagonisme · ries en un espectre de problemes biològics sorprenentment variat, des de la genètica mendeliana a la diferenciació cel·lular»

  • Upload
    others

  • View
    1

  • Download
    0

Embed Size (px)

Citation preview

Page 1: La seqüenciació de nova generació pren protagonisme · ries en un espectre de problemes biològics sorprenentment variat, des de la genètica mendeliana a la diferenciació cel·lular»

Parc recercaBiomèdica Barcelona

connectem ciència i diversitat en un esPai creatiu únic Juny de 2014 NÚM. 75 www.prbb.org GRATUÏT

Editorial

A quiet man with a resounding presence

Julian Lewis, fellow of the Ro­yal Society and emeritus pro­fessor, passed away on April

30th from prostate cancer. With his proverbial sense of humour he claimed to “have become an experiment”. Julian made important contributions to the understanding of the molecular aspects of embryonic develop­ment and he was greatly admi­red by colleagues. Julian was also well known to students as co­author of the famous book “Molecular Biology of the Cell”, the bible of basic biomedical science. His studies were particularly important in highlighting the importance of the Notch sig­nalling pathway as a cell com­munication system in vertebra­tes. He developed influential mathematical models for the generation of cellular patterns, and the “segmentation clock”. His models were always sim­ple and powerful, reflecting his own personality. Julian had clear and elegant foresight, a powerful mind, and was a warm person who in­fluenced many careers.

Fernando Giráldez

Julian Lewis, un home tranquil de gran presència

Julian Lewis, membre de la Royal Society i professor emèrit, va morir el pas­

sat 30 d’abril als 68 anys d’un càncer de pròstata. Amb el seu proverbial sentit de l’humor, Lewis afirmava que «havia es­devingut un experiment». Molt admirat pels seus col·legues, Lewis va fer importants con­tribucions a la comprensió dels aspectes moleculars del desenvolupament embriona­ri. També era ben conegut pels estudiants com un dels autors del famós llibre Biologia mole-cular de la cèl·lula, la «Bíblia» de la ciència biomèdica bàsica. Els seus estudis van ser im­portants per subratllar la impor­tància de la via de senyalització Notch com un sistema de comu­nicació cel·lular en els vertebrats. Va desenvolupar influents mo­dels matemàtics sobre la gene­ració de patrons cel·lulars i sobre el «rellotge de segmentació». Els seus models eren sempre sen­zills i potents, tot reflectint la seva pròpia personalitat. Lewis tenia una visió clara i elegant, una ment poderosa i era una càlida persona que va influir en moltes carreres.

Fernando Giráldez

DESTACAT / HIGHLIGHT

La UPF escala posicions entre les millors universitats

La revista Times Higher Education (THE) ha publicat la tercera edició del rànquing «100 Under 50», un llistat de les 100 primeres univer­sitats de tot el món de menys de 50 anys d’antiguitat. La UPF és la tretzena globalment, la setena a Europa i la primera espanyola. D’altra banda, la UE acaba de presentar un nou rànquing, el U­Multirank, en el qual qual­sevol interessat pot escollir sota

quins paràmetres elabora la tria. D’entre les 478 universitats eu­ropees que imparteixen titula­cions de grau, màster i doctorat, la UPF ocupa la quinzena posició —i la primera a Espanya— se­gons criteris de docència, recer­ca, transferència, internacionalit­zació i implicació regional.

UPF ranked among the top universities

The Times Higher Education sup­plement (THE) has published

the 3rd edition of the “100 Under 50” ranking, a list of the hundred best universities from around the world that are less than 50 years old. The UPF is positioned 13th globally, 7th in Europe and 1st in Spain. The EU has also just presented a new ranking, the U­multirank, where anyone may decide which parameters to use to make the se­lection. Among the 478 European universities offering undergradu­ate, Master’s and doctoral courses, the UPF occupies the 15th posi­

tion, and is top in Spain, according to the criteria of teaching, research, technology transfer, internationali­sation and regional involvement ■

La resta de la conferència es va centrar en l’NGS, també conegu­da com seqüenciació d’alt rendi­ment, un conjunt de tecnologies modernes que permet la seqüen­ciació de forma molt més ràpida i barata que la metodologia de Sanger. Les xerrades van tractar diversos mètodes de seqüenci­ació, així com mètodes d’anàlisi d’epigenètica, així com l’ús de dades d’NGS per a l’estudi de la genòmica poblacional, la genèti­ca i l’expressió gènica. Segons un dels organitzadors, Cedric Notredame, «la seqüenci­ació de nova generació es pot uti­litzar tant per recopilar informació de tota la població com a nivell de cèl·lules individuals. Ens està do­nant informació i dades necessà­ries en un espectre de problemes biològics sorprenentment variat, des de la genètica mendeliana a la diferenciació cel·lular». «Esperem fer d’aquesta conferència una cita regular al CRG­PRBB per a biòlegs de tot el món», afegeix el també coorganitzador Roderic Guigó.

Next generation sequencing takes centre stage

On the 2nd and 3rd of Ju­ne, about 200 researchers met at the PRBB Confe­

rence Hall to discuss the latest advances in the processing and analysis of Next Generation Se­quencing (NGS) data. They came from 23 countries, including 22 from Germany, 16 from the UK and 15 from the US. The Next Generation Confe­rence 2014, an official conferen­ce of the International Society for Computational Biology (ISCB) co­organised by the CRG, started with the “Sanger Memorial Ses­sion”. This was in commemora­tion of Fred Sanger, who passed away last year and who was the father of the first DNA sequencing method, a major breakthrough at the time that eventually enabled the sequencing of the human ge­nome. The rest of the meeting focu­sed on NGS, also known as high­

throughput sequencing. This modern set of technologies allows much faster and cheaper sequen­cing than the Sanger method. The talks included discussions on va­rious sequencing and assembly methods as well as epigenetic analysis techniques, and the use of NGS data for the study of po­pulation genomics, genetics and gene expression. According to one of the meeting organisers Cedric Notredame, the take home message was how the great depths and breath of NGS can be used to collect information from entire populations, down to the level of single cells. “Sequencing is now providing insights and ne­cessary data on a surprisingly wide range of biological problems, from Mendelian genetics to cell differen­tiation”, added the researcher. “It has been a success, and we hope we can make this conferen­ce a regular annual feature at the CRG­PRBB for worldwide biolo­gists”, concluded co­organiser Ro­deric Guigó ■

Maruxa Martínez-Campos

El 2 i 3 de juny prop de 200 investigadors de 23 països —majoritàriament d’Es­

panya, però també 22 persones d’Alemanya, 16 del Regne Unit i 15 dels Estats Units, entre d’altres països— es van reunir a l’Audito­ri del PRBB per discutir els últims avenços en el processament i l’anàlisi de dades de next genera-tion sequencing (NGS) o seqüen­ciació de nova generació. La Next Generation Sequencing Conference 2014, una conferèn­cia oficial de la Societat Internaci­onal de Biologia Computacional (ISCB) coorganitzada pel CRG, es va iniciar amb la sessió «Sanger Memorial», en memòria de Fred Sanger, que va morir l’any passat i que va ser el pare de la primera metodologia de seqüenciació de l’ADN. Aquesta va constituir un avenç molt important en el seu moment i va permetre la seqüen­ciació del genoma humà.

La seqüenciació de nova generació pren protagonisme

NEXT GENERATION SEQUENCING CONFERENCE 2014

Page 2: La seqüenciació de nova generació pren protagonisme · ries en un espectre de problemes biològics sorprenentment variat, des de la genètica mendeliana a la diferenciació cel·lular»

Ciència www.prbb.org | juny de 2014 2

PERFIL DE GRUP / GROUP PROFILE

NOTÍCIA CIENTÍFICA / SCIENTIFIC NEWS

obtenir imatges del seu cervell i veure el seu funcionament. Els resultats se sumaran als dels tests cognitius que ja s’han dut a terme i per­metran combinar la informació per trobar pistes que ens ajudin a entendre com co­mença la malaltia. L’objectiu és prevenir­la incidint en el seu curs, abans que apare­guin els símptomes. Podeu trobar més informació a www. alfaestudi.org.

María Escrivà

La Fundació Pasqual Maragall ha do­nat un pas més en l’estudi de les fa­ses asimptomàtiques de l’Alzheimer

incorporant tècniques de ressonància mag­nètica cerebral a l’Estudi Alfa (Alzheimer i Famílies).En aquesta primera fase, fins a 700 voluntaris sans, fills i filles de malalts d’Alzheimer, se sotmetran a la prova per

Neuroimaging for the early detection of Alzheimer’s

The Pasqual Maragall Foundation has taken a further step in the study of the asymptomatic stages of Alzhei­

mer’s by incorporating magnetic resonan­ce techniques for studying the brain in the Alpha study (Alzheimer’s and Families). In this first phase of the work, up to 700 healthy

Neuroimatge per a la detecció precoç de l’Alzheimervolunteers, the offspring of Alzheimer’s pati­ents, will have magnetic resonance images taken of their brains to see how it works. The results will be added to those of the cognitive tests that have already been carried out. The combined information will aid in the search for clues to help understand how the disease begins. The aim is to prevent the disease before symptoms appear. You can find more information at www.alfaestudi.org ■

«Descobrim el passat amb tecnologies del present»CARLES LALUEZA-FOX – LABORATORI DE PALEOGENÒMICA DE L’IBE (CSIC: UPF)

Maruxa Martínez-Campos

Carles Lalueza­Fox dirigeix el labo­ratori de paleogenòmica de l’IBE (CSIC: UPF) des del 2008. L’objectiu

del grup és recuperar i analitzar genomes del passat per tal d’entendre processos evo­lutius. La seva definició de «passat» és molt laxa: des de poques dècades fins a desenes de milers d’anys. «Ara mateix estem es­tudiant un exemplar de neandertal d’uns 170.000 anys», explica. Estudiar ADN antic presenta certes di­ficultats, com ara la seva degradació. El percentatge de seqüències d’ADN que re­alment pertanyen a la mostra respecte del total de seqüències recuperades (anomenat «eficiència» de la mostra) és molt baix al sud d’Europa, en part a causa de les condicions tèrmiques desfavorables. «En la majoria de mostres de neandertals, neolítics o de ma­muts trobats a la península Ibèrica, les se­qüències d’ADN endogen es troben per sota de l’1%. La resta pertanyen a bactèries», ex­plica Lalueza­Fox. Això fa que sigui complex i car recuperar ADN, perquè cal seqüen ciar­ne molt. «Sempre dic que he nascut al lloc incorrecte. Sibèria hauria estat millor», bro­meja el científic. Per sobreposar­se a aquesta dificultat, el grup intenta estudiar mostres amb la major eficiència possible. «Fa poc vam aconseguir recuperar una dent del primer caçador­recol·lector europeu que tenia un 50% d’efi­ciència. Això ens va facilitar l’anàlisi i vam mostrar que, sorprenentment, tenia la pell fosca i els ulls blaus», diu el cap del grup. Quan malgrat tot l’eficiència és baixa, uti­litzen tècniques «de captura» que faciliten identificar aquest 1% endogen.

La prehistòria més propera

Les noves tecnologies de seqüenciació mas­siva faciliten el control de la contaminació i han permès recuperar genomes de la nostra prehistòria més propera. «Els meus interessos estan canviant cap al mesolític, l’arribada de l’agricultura, l’edat del bronze... Curiosament estan menys explorats que els neandertals, tot i que són més recents», ex­plica el cap del grup. Hi ha moltes cultures definides arqueo­lògicament que no s’han estudiat genèti­cament. Fer­ho pot donar pistes sobre com han sorgit. Per exemple, la cultura del vas campaniforme ­ feien ceràmica en forma de campana ­ es troba des d’Alemanya fins

a Portugal. El grup està analitzant mostres d’individus enterrats a diferents llocs d’Euro­pa on hi ha aquesta ceràmica. Si troben que s’assemblen més entre ells que a les pobla­cions actuals d’aquestes zones, això indicaria que l’aparició d’aquesta cultura per tot Euro­pa va ser deguda a moviments migratoris, i no a una expansió d’idees.

Diversitat de projectes

Recentment el laboratori ha desmentit amb les seves anàlisis que una taca de sang de 200 anys pertanyés a Lluís XVI. Ara estan analitzant ossos d’un cementiri del Quebec que podrien ser part de la petita població de fundadors que hi van arribar al segle XVII. L’anàlisi d’aquest genoma és interessant des del punt de vista biomèdic, perquè hi ha malalties mendelianes greus presents al Quebec que són molt poc freqüents en al­tres llocs. Segons aquest investigador, només la ima­ginació és el límit del que es pot estudiar. «Fa unes setmanes vaig anar a la cova d’El Casti­llo per seqüenciar una pintura rupestre de fa 45.000 anys. Es va fer bufant el pigment des de la boca i vaig pensar que, si hi quedava sa­liva, podria trobar ADN i podríem saber qui va fer­la. Hi ha gent que creu que l’haurien fet els neandertals, i no els humans. És una bogeria, però tinc curiositat!», confessa. El grup de l’IBE és un dels quatre labora­toris al món que han seqüenciat genomes antics sencers. Lalueza­Fox, a més, ha escrit diversos llibres de divulgació. A l’investiga­dor li apassiona la seva feina i per això hi escriu, però té altres raons: «Els científics que treballem en diversitat i evolució hu­mana tenim un cert deure moral de parlar d’aquests temes, per la quantitat i fortalesa dels estereotips i prejudicis que hi ha».

“We discover things from the past with today’s technologies”

Carles Lalueza­Fox has headed up the palaeogenomics lab at the IBE (CSIC­UPF) since 2008. The group aims to

retrieve and analyse genomes from the past in order to understand evolutionary processes. Lalueza­Fox’s definition of “the past” is very loose: it can be a few decades to tens of thou­sands of years. “Right now we are looking at a Neanderthal specimen about 170,000 years old”, he explains. Studying ancient DNA presents certain difficulties, including its degradation. The percentage of DNA sequences that truly belong to the sample in respect to the total number of recovered sequences (the so­ca­lled “efficiency” of the sample) is very low in the south of Europe, in part due to unfavou­rable thermal conditions. “In the majority of Neanderthal, Neolithic and mammoth samples found in the Iberian Peninsula, the endogenous DNA sequences are less than 1%. The rest are bacterial”, explains Lalueza­Fox. This makes it complex and expensive to recover DNA, because it is necessary to sequence a lot of it. “I always say that I was born in the wrong place. Siberia would have been better”, jokes the scientist. To overcome this difficulty, the group tries to study samples with the greatest efficiency possible. “A little while ago we managed to retrieve a tooth from the first European hunter­gatherer that had 50% efficiency. This enabled us to carry out an analysis and we showed that, surpri­singly, he had dark skin and blue eyes”, says the head of the group. When, despite everything, efficiency is low, they use “cap­ture” techniques to make it easier to identi­fy this endogenous 1%.

The closest prehistory

The new massive sequencing technologies have permitted scientists to recover geno­mes from our closest prehistory. “My inter­ests are moving towards the Mesolithic, the advent of agriculture, and the Bronze Age. Interestingly, these have been looked at less than Neanderthals, although they are more recent”, explains the head of the group. There are many cultures defined archaeo­logically that have not been studied at the ge­netic level. Doing this could give us clues as to how they arose. For example, the Bell­Beaker culture, who made bell­shaped ceramics, are found from Germany to Portugal. The group is analysing individuals buried in different places where this kind of ceramic is seen. If they are more similar to each other than to the present day populations in these areas, the emergence of this culture throughout Euro­pe can be said to be due to migratory move­ments, and not an expansion of ideas.

Diversity of projects

Recently, an analysis carried out in the labo­ratory has debunked the theory that a 200 year old smear of blood belonged to Louis XVI. And now they are analysing bones from Quebec that could be from the small town of founders who arrived in the 17th century. The analysis of this genome is interesting at a bio­medical level because there are serious Men­delian diseases present in Quebec that are very uncommon in other parts of the world. Imagination is the only limit to what you can study. “A while ago I went to the El Cas­tillo cave to sequence a 45,000­year old cave painting. They used to blow the pigment and I figured that if there was saliva, I could get the DNA and we could find out who did it., the Neanderthals or the modern humans. It’s cra­zy, but I’m curious!”, he confesses. The group from the IBE is one of four la­boratories in the world that has sequenced complete ancient genomes. In addition, La­lueza­Fox has written several popular science books. The researcher is passionate about his job, but he has other reasons to write: “I think that there is a certain moral duty on the part of the scientists who work on human evolution to talk about these issues, due to the strength of the stereotypes and prejudices there are”■

PERFIL DE GRUP / GROUP PROFILE

Dos estudiants de doctorat, dos de màster i un postdoc: els membres del grup de paleogenòmicaThe paleogenomics group: two PhD students, two master students and a postdoc

You can see a short video here:

Page 3: La seqüenciació de nova generació pren protagonisme · ries en un espectre de problemes biològics sorprenentment variat, des de la genètica mendeliana a la diferenciació cel·lular»

7 febrer de 2011 | www.prbb.org 3 juny de 2014 | www.prbb.org Ciència

NOTÍCIES CIENTÍFIQUES / SCIENTIFIC NEWS

Núria Pérez

Investigadors de l’IBE (CSIC­UPF) dirigits per David Martín i Xavier Franch­Marro han demostrat que el factor de trans­

cripció E93 és clau i imprescindible perquè s’indueixi i es desenvolupi correctament la metamorfosi en tots els insectes alats. Fins ara se sabia que l’hormona juvenil era la responsable de mantenir l’insecte en la seva forma juvenil i que la seva desa­parició durant els últims estadis preadults permetia la metamorfosi. Però es desco­neixien els factors responsables de la di­ferenciació adulta en els diferents òrgans i teixits. En un article publicat a Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), els científics de l’IBE han mos­trat com l’expressió d’E93 incrementa radicalment durant el període meta­mòrfic en tots els insectes alats, tant els que creixen de nimfa a adult com els que passen per una fase pupal. A més, quan els investigadors van silenciar l’expres­

Gisela Sanmartín

Utilitzar la cuina de gas pot con­tribuir a augmentar la reactivitat bronquial, una característica de

l’asma relacionada amb la contracció de les vies respiratòries petites, segons un estudi en què han participat Jan­Paul Zock, Manolis Kogevinas i Francesc Castro­Giner, investigadors del CREAL, centre de recerca ISGlobal. La cuina de gas és una font important de diòxid de nitrogen dins de les llars i, en menor mesura, de partícules fines. Els resultats

Núria Pérez

Un treball publicat a Nature Commu-nications es fa ressò del desenvolu­pament d’un nou test, un microarray

o xip que ha permès als investigadors traçar amb molta precisió (a escala de pocs cen­tenars de quilòmetres) l’origen geogràfic de diferents individus de poblacions humanes a partir d’uns cent mil marcadors genètics. Fins avui, aquest tipus de geolocalització a partir de dades genètiques s’havia pogut fer en poblacions d’origen europeu, de les quals es disposava de nombroses dades. Amb aquest nou xip, a partir d’una petita mostra de sang, és possible analitzar l’origen geogràfic d’individus de poblacions d’arreu del món. L’estudi s’emmarca dins del projecte Ge­nographic, finançat entre d’altres pel Na­tional Geographic i l’empresa IBM, i en el qual hi participa David Comas, investiga­dor de l’Institut de Biologia Evolutiva (IBE: UPF­CSIC). Genographic té com a principal objectiu reconstruir la història de les pobla­

Descobert el factor que controla la metamorfosi

La cuina de gas i els símptomes de l’asma

Un nou test permet identificar l’origen geogràfic

sió d’E93 en nimfes d’últim estadi de la panerola Blattella germanica o durant el període pupal de Tribolium castaneum i Drosophila melanogaster, en lloc de mu­dar a la fase d’adult, tots els insectes van mudar repetidament a noves fases nim­fals o pupals. Aquest treball no només representa un avenç significatiu en la caracterització dels mecanismes moleculars que controlen la metamorfosi dels insectes, sinó que és im­portant per entendre la transició a les for­mes adultes dels organismes superiors.

Factor controlling insect metamorphosis discovered

Researchers from the IBE (CSIC­UPF) led by David Martin and Xavier Franch­Marro have demonstrated

that transcription factor E93 is essential for inducing metamorphosis and also for it to occur correctly in all winged insects. Until now, it was known that the juve­nile hormone was responsible for keeping insects in their non­adult form and that its

de l’estudi, publicat a la revista Thorax, mostren que cuinar amb gas afecta un grup específic de persones, aquelles amb mutacions al gen GSTM1, involucrat en les defenses antioxidants. A aquestes persones, els efectes oxidants del diòxid de nitrogen en els bronquis els afecten més greument. L’estudi va incloure dades dels subjec­tes que participen en l’Enquesta de Salut de Malalties Respiratòries de la Comunitat Europea (ECRHS), un estudi internacio­nal multicèntric de cohorts dissenyat per identificar factors de risc per a l’asma. En total, prop de 5.000 persones procedents

disappearance during the last pre­adult sta­ges allowed metamorphosis to take place. However, it was not known which factors were responsible for adult differentiation in the various organs and tissues. In an article published in the Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), scientists from the IBE have shown how the expression of E93 increases dramatically during the period of metamorphosis in all winged insects, both in those that grow from a nymph to adult and those that go through a pupal stage. In addition, when the rese­archers silenced the expression of E93 in the last instar of the cockroach Blattella germa-nica and during the pupal period of Triboli-um castaneum and Drosophila melanogas-ter, instead of moving to the adult phase, all the insects repeatedly transformed into new nymphal or pupal phases. This work not only represents a signifi­cant advance in characterising the mole­cular mechanisms controlling insect me­tamorphosis, but it is also important for understanding the transition of higher orga­nisms into adult forms ■

de 19 centres de 14 països van ser incloses en aquest estudi.

Gas cooking may increase symptoms of asthma

Gas cooking may contribute to an increase in bronchial responsi­veness, a characteristic of asth­

ma related to the contraction of the small airways, according to a study involving the CREAL researchers Jan­Paul Zock, Mano­lis Kogevinas and Francesc Castro­Giner. Gas cooking is a major source of indoor nitrogen dioxide and, to a lesser extent, fine

particles. The results of the study published in Thorax show that cooking with gas speci­fically affects people with mutations in the GSTM1 gene, a gene involved in antioxi­dant defences. This may reflect the oxidant effects on bronchi of exposure to nitrogen dioxide, which would be stronger in these people. This study included data from subjects participating in the European Community Respiratory Health Survey (ECRHS), an in­ternational multicentre cohort study desig­ned to identify asthma risk factors. In total, around 5,000 people from 19 centres in 14 countries were included in this study ■

cions humanes a partir de les dades genèti­ques. Aquests avenços tècnics en la geolo­calització genètica obren noves possibi­litats en altres àmbits, com ara els tests d’ancestralitat, en ciències biomèdiques i forenses, així com nous reptes en l’àmbit de la privacitat genètica.

A new genetic chip for identifying geographical origin

Astudy published in Nature Commu-nications echoes the development of a new test, a microarray or chip that

enables researchers to precisely trace (at a scale of a few hundreds of kilometres) the geographical origin of different indivi duals from human populations based on a few hundred thousand genetic markers. Until now, this type of geolocation from genetic data had only been possible in po­pulations originating in Europe, on which there is a lot of data. With this new chip, the geographical origin of individuals

from populations around the world can be analysed using a small sample of blood. The study is part of the Genographic Pro­ject, funded by, amongst others, The National Geographic and IBM, and includes David Co­mas, a researcher at the Institute of Evolutio­nary Biology (IBE: UPF­CSIC). Genographic’s

main goal is to reconstruct the history of hu­man populations from genetic data. These technical advances in genetic geo­location open up new possibilities in other areas such as ancestry tests, the forensic and biomedical sciences, as well as new challen­ges in the field of genetic privacy ■

Geolocalització a través de dades genètiques / Geolocation from genetic data

Page 4: La seqüenciació de nova generació pren protagonisme · ries en un espectre de problemes biològics sorprenentment variat, des de la genètica mendeliana a la diferenciació cel·lular»

Ciència www.prbb.org | abril de 2011 4Ciència www.prbb.org | juny de 2014 4

CARRERA CIENTÍFICA / SCIENTIFIC CAREER

PERFIL / PROFILESandra Peiró va néixer a Barcelona fa 42 anys, va estudiar bioquímica a la UB i enguany ha esdevingut una nova cap de grup a l’IMIM, on estudia epi-genètica i càncer. Mare de dos fills de 12 i 14 anys, la bona organització ha estat essencial per al seu èxit professional. Ha rebut el premi Betty Hay i gaudeix d’ajuts de l’Associació Internacional per a la Recerca en Càncer (AICR), de La Marató de TV3 i un ajut del FIS (Fondo de Investigaciones Sanitarias) del Ministeri. Aquest mes ha rebut també la Beca Fero, amb una dotació de 70.000 euros.

Sandra Peiró was born in Barcelona 42 years ago. She studied biochemistry at the UB and this year became a new group leader at the IMIM, where she looks at epigenetics and cancer. Mother of two children aged 12 and 14, good organisation has been essential for her professional success. She has received the Betty Hay prize and enjoys grants from the Association for International Cancer Research (AICR), La Marató de TV3 and aid from the Ministry’s FIS (Fondo de Investigaciones Sanitarias —fund for health research). This month she was also awarded 70,000 Euros as a Fero grant.

«La ciència és de tots, s’ha de compartir»Maruxa Martínez-Campos

Sempre has tingut clar que volies fer recerca?

Vaig tenir una crisi al final del doc­torat. La meva situació personal no em permetia marxar a fora del

país, que és el que tothom fa, i no sabia què fer. Vaig començar a treballar en una empresa, però no vaig durar ni un mes: el que m’agradava era la recerca. Per sort, va sorgir una plaça de professor associ­at a la UPF i vaig poder fer un postdoc a l’IMIM, primer al grup de Paco Real i Pilar Navarro i després amb Antonio García de Herreros. Sense el seu suport incondicio­nal no hagués arribat mai on sóc ara.

Què és el millor de la ciència?Que és molt creativa. I que aprens cada dia, no només de ciència, sinó també d’in­teraccionar amb la gent, comunicar­te, etc.

I el pitjor?Per una banda el sou, els científics estem infravalorats. Per una altra, les publica­cions. Tu fas un treball perquè et sembla interessant, però després l’has de «ven­dre» i si no tens un nom o no has estat al laboratori d’algú famós, costa més... Per exemple, l’article que vam publicar a Mo-lecular Cell el 2012 va estar un any i mig a Science, d’on va ser finalment rebutjat. Era un bon article i crec que si hagués estat algú conegut, l’haguessin acceptat.

Recerca: competència o col·laboració?La ciència és de tots, s’ha de compartir. No s’ha d’utilitzar per triomfar personal­ment. Jo no amago dades a conferències, per exemple, on a vegades la gent parla de la proteïna X, sense dir­ne el nom, per por que algú li agafi la idea. Penso que si hi ha algú a l’audiència que treballa en el ma­teix, potser li interessa col·laborar. És clar, pot ser que algun dia algú me la jugui... però fins ara m’ha anat bé.

Has notat la crisi?Per sort m’ha coincidit amb un moment en què estic aconseguint molts ajuts. Pe­rò als estudiants els costa més obtenir beques perquè en donen molt poques... I això és un problema, perquè jo tinc diners per a projectes, però sovint no els puc fer servir per pagar personal. Això hauria de canviar. T’haurien de deixar gestionar els diners com et vagi millor. Si, per exemple,

SANDRA PEIRó – GRUP DE RECERCA EN DINàMICA DE LA CROMATINA EN CèL·LULES TUMORALS (IMIM)

m’han sobrat diners que volia utilitzar per a fungibles, podria aprofitar per contrac­tar algú. Però la partida de personal sol ser la més estricta.

Te’n penedeixes d’alguna cosa?No marxar fora m’ha condicionat. No puc demanar un contracte ICREA, per exemple. I a entrevistes de feina es veu com un punt negatiu, potser dóna la sen­sació que no t’has sacrificat prou, no sé... Crec que és injust. A vegades no depèn de tu. A mi ja m’hagués agradat marxar —encara vull fer­ho algun dia!— però no vaig poder. I crec que el no haver estat a l’estranger no m’ha afectat negativament a nivell científic: he après tot el que havia d’aprendre, tinc moltes interaccions a nivell internacional, vaig a conferències i he fet estades curtes a l’estranger quan ho he necessitat.

“Science is for everyone, you have to share it”

Have you always been sure you wan-ted to do research?

I had a crisis at the end of my doctora­te. My personal situation did not allow me to leave the country, which is what

everyone does. I did not know what to do. I started working in a company, but I did not even last a month: I liked research! Luckily, the possibility arose of becoming an associa­te professor at the UPF and doing a postdoc at the IMIM, at Paco Real and Pilar Navarro’s group first, then with Antonio García de Herreros: without his unconditional support I would never have got where I am now.

What is the best thing about science?That it is very creative. And that you learn every day, not only science, but also to

interact with people, communicate, and so on.

And the worst?On the one hand the salary; scientists are undervalued. And on the other, publica­tions. You carry out a study because you find it interesting, but then you have to “sell” it, and especially if you don’t yet have a name or you have not worked in the lab of someone famous it’s even more difficult. For example, the article that we published in Molecular Cell in 2012 spent a year and a half in Science, where it was eventually rejected from. It was a good article and I believe that if it had been by someone famous it would have been accepted.

Research: competition or collaboration?Science is for everyone, you have to share it. It should not be used for personal triumph. I do not hide data at conferences, for example, where people sometimes talk about protein X, without revealing the name for fear that someone will steal their idea. I figure that if there is someone in the audience who works on the same thing, they may be interested in collaborating. Of course, it may be that some­day I get played, but so far it has worked well.

Have you noticed the crisis?Luckily for me, it has coincided with a time when I am getting a lot of aid. But it is har­der for the students to get grants, because they give so few. And that’s a problem, be­cause I have money for projects but often I am not able to use it to pay staff. This should be changed. You should be left to manage the money as you see fit. If, for example, I have money left over that was going to be used for consumables, I could use it to hire someone. But the staff budgets are usually the strictest.

Do you regret anything?Not going abroad has affected me. I can­not ask for an ICREA contract, for example. And in job interviews it is seen as a negative point. Maybe it gives the sensation that you have not sacrificed enough, I don’t know. I think that is unfair. Sometimes it does not depend on you. I would have liked to leave. I still want to someday! But I could not. And I think that not having been abroad has not affected me negatively on a scientific level: I have learned everything I needed to learn, I have a lot of interaction on an international level, I go to conferences and I’ve done short stays abroad when I needed them ■

CONFERÈNCIES PRBB-CRG / CONFERENCES PRBB-CRG Conference Programme financed by the CRG and the PRBB

CHRISTIAN JOPLING, Monday June 16. Jopling, from the Institut de Génomique Fonctionnelle in Montpellier, France, is interested in the molecular mechanisms of regeneration. His main objective is to identify genes which regulate myocardial rege­

neration in zebrafish and subsequently test these in mam­mals. To determine suitable target genes, he uses microarray data. Once candidates have been selected and confirmed in the zebrafish model system the idea is to test these in vitro in mamma lian cardiomyocytes before creating transgenic mouse models to determine whether they are capable of indu­cing myocardial re generation following cardiac ischemia in mam­mals. He has been invited by Ángel Raya (CMRB).

DAVID GLASS, Friday June 13. Glass, from the De­partment of Muscle Diseases of the Novartis Insti­tutes for Biomedical Research in Cambridge (MA), US, is trying to discover innovative therapies for muscle wasting and bone disorders, based on iden­

tification of novel signalling molecules regulating tissue growth. At present, he is concentrating on muscle atrophy associated with disuse (i.e. from other diseases such as cancer, chronic obstructive pulmonary disease, and aging) and osteoporosis. He has been invited by Pura Muñoz­Cánoves (UPF).

JACOB I. SZNAJDER, Wednesday June 11. Sznajder, from the Pulmonary and Critical Care Medicine, Fein­berg School of Medicine at the Northwestern University in Chicago, US, is interested in basic lung biology and translational/clinical research. His particular focus is

on asthma, chronic obstructive pulmonary disease (COPD), and interstitial lung disease. He is currently the Editor in Chief of the American Respiratory and Critical Care Journal. He has been invited by Esther Barreiro (IMIM).

Page 5: La seqüenciació de nova generació pren protagonisme · ries en un espectre de problemes biològics sorprenentment variat, des de la genètica mendeliana a la diferenciació cel·lular»

7 febrer de 2011 | www.prbb.org 5 juny de 2014 | www.prbb.org Ciència

ROBERT SCHNEIDER, Friday June 20. Schneider, from the Institut de Génétique et de Biologie Molecu­laire et Cellulaire (IGBMC) in Illkirch, France, focuses on medical epige­

netics, with a long­term aim to apply mechanistic insights towards therapy, for example by identify­ing novel therapeutic targets or new diagnostic markers. He is currently identifying and studying new histone modifications, how these are inherited, how they regulate gene expression and chromatin dynamics, and in particular their role in disease processes such as cancer. He has been invited by Luciano Di Croce (CRG).

MATTHIAS MANN, Friday June 27. Mann, from the Department of Pro­teomics and Signal Transduction of the Max­Planck Institute of Bio­chemistry in Martinsried, Germany,

develops and applies methods of mass spec­trometry (MS)­based proteomics in a variety of biological areas. Some highlights of his group have been the development of methods in proteomic sample preparation and in computa­tional proteomics, in particular the MaxQuant family of algorithms, which are now widely used. He has been invited by Juan Valcárcel (CRG). This talk is also a Severo Ochoa lecture.

CHRISTOPHER BURGE, Friday July 4. Burge, from the Department of Bio­logy of the Massachusetts Institute of Technology MIT in Cambridge (MA), US, is interested in the computational

biology of gene expression. He is studying mecha­nisms of posttranscriptional gene regulation using a combination of computational and expe­rimental methods to understand the RNA spli cing code. Amongst other things, he also studies the roles that microRNAs (miRNAs) play in gene regu­lation, with an emphasis on determining the rules for miRNA­directed targeting of mRNAs. He has been invited by Joao Curado (CRG).

GREG LONGMORE, Monday July 7. Longmore, from the Washington Uni­versity Medical School, BJC­IH BRIGHT Institute in St. Louis (MO), US, aims to understand how extracellular signals

are transduced inside cells to influence the cellular cytoskeleton and effect cell motility or cell migration. He uses biochemical and cellular imaging systems, as well as computational models, to identify and quantify the interactions between these processes during cell migration. He focuses in particular in epithelia biogenesis and morphogenesis, EMT and cancer metastasis, and lung cancer. He has been invited by Antonio García de Herreros (IMIM).

NOTÍCIES CIENTÍFIQUES / SCIENTIFIC NEWS

Marta Calsina

El trastorn per acumulació d’animals, conegut també com a síndrome de Noè, és un trastorn psiquiàtric que

consisteix a acumular un gran nombre d’animals de companyia a casa, nor­malment gossos i gats, sense proporcio­nar­los les mínimes cures. Investigadors de l’IMIM han fet ara el primer estudi europeu sobre aquest trastorn encara poc conegut i que té conseqüències molt negatives tant per a la salut de les perso­nes que el pateixen com per a la dels ani­mals. L’estudi, publicat a la revista Animal Welfare, ha analitzat de forma retrospec­tiva els casos que l’Associació Nacional d’Amics dels Animals (ANAA) havia reco­llit entre el 2002 i el 2011. «Aquest és el primer pas per al reco­neixement social d’aquest trastorn, que s’està convertint en un greu problema de salut pública», comenta Paula Calvo, investigadora del Grup de Recerca en Angoixa, Trastorns Afectius i Esquizofrè­nia de l’IMIM, i de la Càtedra Fundación Affinity Animales y Salud de la UAB. Actualment, quan es detecta un cas, es retiren els animals, però no es dóna cap mena d’atenció a la persona que pateix el

Juan Sarasua

Investigadors del CRG han descobert el paper clau que exerceix la ruta de senya­lització Wnt en la transformació de cèl­

lules adultes a cèl·lules mare pluripotents induïdes (iPS), un pas important cap a una comprensió i eficàcia millors de la repro­gramació cel·lular. La ruta de senyalització Wnt, una sèrie de reaccions bioquímiques que es produeixen a les cèl·lules, està implicada en nombro­sos processos durant el desenvolupament embrionari, la fusió cel·lular i la reprogra­mació. Els investigadors liderats per Maria Pia Cosma han estudiat com es comporta la ruta Wnt durant tot el procés de transfor­mació d’una cèl·lula adulta a iPS. «Hem vist que hi ha dues fases i que in­hibint la ruta al principi del procés i acti­vant­la al final podem augmentar l’eficièn­

La síndrome de Noè, un problema de salut pública

Un pas més cap a la reprogramació cel·lular

trastorn, la qual no reconeix que els seus animals estan malament i en poc temps torna a reincidir. De vegades aquests ani­mals es troben en nivells crítics i evidents de desnutrició, infestació parasitària o cria incontrolada, i en un espai amb molt po­ques mesures higièniques. El grup de l’IMIM treballa ara amb l’Ad­ministració en la creació de protocols d’ac­tuació multidisciplinaris que impliquin sectors com la protecció animal, la salut pública i el benestar social.

The Noah syndrome, a public health problem

The disorder of accumulating animals, also known as the Noah syndrome, is a psychiatric disease that consists of

gathering together a large number of pets at home, usually dogs and cats, without giving them the minimum care they need. Rese­archers at the IMIM have now carried out the first European study on the still little­known disorder that has very negative consequen­ces, both on the health of people who suffer from it as well as that of animals. The study, published in the journal Animal Welfare, was a retrospective analysis on the cases that the Associació Nacional d’Amics dels Animals (ANAA) collected between 2002 and 2011.

cia de la reprogramació i obtenir un nom­bre més gran de cèl·lules pluripotents», indiquen Ilda Theka i Francesco Aulicino, estudiants de doctorat i coautors de l’arti­cle publicat a Stem Cell Reports. Per controlar de forma artificial la ruta, han emprat un inhibidor de la secreció de

“This is the first step towards the social recognition of this disorder which is beco­ming a serious public health problem,” says Paula Calvo, researcher at the IMIM and at the Chair Affinity Foundation Animals and Health (UAP). Currently, when a case is detected, the animals are removed but no attention is gi­ven to the sufferer, who does not recognise that their animals are in a bad condition,

and in a short time they repeat the pattern. Sometimes these animals are found at criti­cal levels and suffering malnutrition, para­sitic infestations or uncontrolled breeding, and in an unhygienic area. The IMIM group now works with the administration to create multidisciplinary performance protocols that involve sectors such as animal protection, public health and social welfare■

Wnt que no altera de forma definitiva les cèl·lules, quelcom que altres investigaci­ons sobre reprogramació que fan servir altres factors encara no havien aconseguit. Aquest treball obre la porta a avenços en medicina regenerativa i aporta nova infor­mació sobre determinats tipus de tumors en què la ruta Wnt està implicada.

One step closer to cell reprogramming

Researchers at the CRG have discove­red the key role of the Wnt signalling pathway in transforming adult cells

into iPS cells, in an important step towards improving both our understanding and the efficiency of cell reprogramming. The Wnt signalling pathway is a series of biochemical reactions that are produ­ced in cells and it is involved in nume­rous processes during embryonic deve­lopment, cell fusion and reprogramming.

The researchers led by Maria Pia Cosma have studied how the Wnt route behaves throughout the entire process of transfor­ming adult cells into iPS cells. “We have seen that there are two phases and that by inhibiting Wnt at the beginning of the process and activating it at the end we can increase the efficiency of reprogramming and obtain a larger number of pluripotent cells”, indicate Ilda Theka and Francesco Aulicino, PhD students and co­authors of the article published in Stem Cell Reports. To artificially control the pathway, the group has employed a Wnt secretion in­hibitor which does not permanently alter the cells, something which other research into reprogramming using different fac­tors has still not been able to achieve. The work leads the way towards new advances in regenerative medicine and sheds light on certain types of tumours involving the Wnt pathway■

Les cèl·lules amb Wnt activat (verd) ja no es poden reprogramar / Cells with activated Wnt

(green) can no longer be reprogrammed

Page 6: La seqüenciació de nova generació pren protagonisme · ries en un espectre de problemes biològics sorprenentment variat, des de la genètica mendeliana a la diferenciació cel·lular»

Ciència www.prbb.org | abril de 2011 4Ciència www.prbb.org | juny de 2014 6

CIÈNCIA AL DESCOBERT / SCIENCE UNCOVERED

NOTÍCIA CIENTÍFICA / SCIENTIFIC NEWS NOTÍCIA GENERAL / GENERAL NEWS

Laia Miquel i Bernd Kuebler

Per tal d’estudiar organismes complexos sense haver d’usar models animals, els científics utilitzen cultius in vitro de cèl­

lules. En els cultius, les cèl·lules es fan créixer en una placa de Petri on s’hi afegeix medi de cultiu amb aigua, sals i els nutrients específics per a cada tipus cel·lular. Les plaques es man­tenen en sales especials amb incubadores que mimetitzen les condicions de l’organis­me d’on provenen les cèl·lules: temperatura, humitat, etc., i també es prevenen possibles contaminacions. Les línies cel·lulars s’obtenen dels ano­menats cultius primaris: a partir d’una biòpsia de l’organisme s’extreu el tipus cel­lular d’interès. D’aquesta manera es poden estudiar sense modificacions, però amb un inconvenient: després d’algunes divisions, les cèl·lules moren. Només es divideixen in­finitament si són cèl·lules mare o provenen de tumors amb una capacitat de divisió i re­sistència alterades. És el cas de les cèl·lules HeLa, provinents d’una biòpsia del tumor

Cultivar cèl·lules al laboratori

Les dificultats d’atenció en nens es poden predir ja als quatre anys

Trobada de periodistes europeus amb científics a Barcelona

que patia la pacient Henrietta Lacks als anys cinquanta i que encara avui en dia s’utilitzen arreu del món. L’avanç de les tècniques ha permès immortalitzar, per exemple mitjançant infeccions víriques amb oncògens, altres línies cel·lulars de cultius primaris. El desavantatge, tant d’aquestes noves línies cel·lulars com de les cèl·lules HeLa, és que s’està estudiant un tipus cel·lular altament modificat, dada que cal tenir en compte en analitzar els resultats.

Growing cells in the lab

In order to study complex organisms without having to use animal models, scientists use in vitro cell cultures. These

involve cells grown in a Petri dish where the culture medium is supplemented with wa­ter, salts and nutrients specific to each type of cell. The plates are kept in special rooms with incubators that mimic the conditions (e.g., temperature and humidity) of the or­ganism where the cells come from. They also prevent possible contamination.

The cell lines are obtained from so­called primary cultures: the cell types of interest are extracted from a biopsy of the organism. They can therefore be studied without mo­difications, but with a downside: after some divisions, the cells die. Only stem cells and those coming from tumours, which have the ability to divide and altered resistance, divi­de indefinitely. This is the case of HeLa cells, taken from a biopsy of the tumour suffered

by Henrietta Lacks in the 1950s and which are still today being used around the world. The advancement in techniques has ena­bled the immortalisation, through, for exam­ple, oncogenic virus infections, of other cell lines from primary cultures. The disadvantage of both these new cell lines and HeLa cells is that a highly modified cell type is being stu­died, a feature to consider when analysing the results ■

Gisela Sanmarmtín

Que un nen tingui símptomes de dèficit d’atenció als quatre anys prediu que més endavant segui­

rà tenint dificultats d’atenció, segons un estudi del CREAL, centre de recerca ISGlobal. Uns 400 nens de Menorca de quatre anys van ser sotmesos a una ava­luació psicològica completa per detectar símptomes com la manca d’atenció, molt moviment o impulsivitat. Als 11 anys els investigadors van sotmetre els mateixos nens al test d’ordinador CPT (Conti­nuous Performance Test). A més nom­bre de símptomes als quatre anys, més distraccions es produïen durant el test. «Si sabem que ja mostren símptomes als quatre anys, en un moment en què la plasticitat del cervell és molt gran, se’ls pot donar pautes per tal de minimitzar les dificultats amb què es poden enfron­tar», diu Mònica López, primera autora de l’estudi publicat a Neuropsychology.

Juan Sarasua

Quinze periodistes de tot Europa van venir a Barcelona per visitar quatre centres de recerca, en un viatge de

tres dies organitzat pel projecte CommHE­RE, de la Unió Europea, i l’Associació Euro­pea de Periodistes Científics (EUSJA). El CRG és un dels socis de CommHERE, una xarxa europea que té com a objectiu comunicar de manera efectiva els resul­tats dels projectes de recerca finançats per la Direcció de Salut de la UE. El centre, en col·laboració amb l’EMBL i l’EUSJA, va convidar periodistes de Polònia, Rússia, Alemanya, Bèlgica, Dinamarca, Itàlia, els Països Baixos i Espanya per tenir una visió en profunditat de la investigació relacio­nada amb la salut realitzada a quatre insti­tucions científiques de Barcelona: el CRG, l’Institut de Ciències Fotòniques (ICFO), el Centre de Supercomputació de Barcelona (BSC) i l’Institut Vall d’Hebron d’Oncologia (VHIO). L’objectiu del viatge era mostrar instal­lacions de recerca d’avantguarda que col­laboren en molts projectes comuns per en­tendre la complexitat de la vida —des del genoma fins a la cèl·lula i a un organisme complet— i els mecanismes genètics subja­

Attention difficulties in young children are already predictable at the age of four

The presence of attention deficit symptoms in a 4­year­old child indicates that they will likely continue

to have attention difficulties later on, according to a long­term study by CREAL, an ISGlobal research centre. Around 400 four year olds from Menorca underwent a complete psychological evaluation to check for symptoms such as lack of attention, excessive movement, or impulsivity. Later, aged 11, they were subjected to a 14­minute computer test, the Continuous Performance Test. The more symptoms a child had aged 4, the more distractions they experienced while undertaking the test aged 11. “If we know that children already begin to show symptoms at age 4, a time when the brain still shows a lot of plasticity, we can help them in order to minimise the subsequent difficulties they may face”, says Mònica Lopez, first author of the paper published in Neuropsychology ■

cents a les malalties. Els periodistes van tenir l’oportunitat de visitar les instal·lacions i con­versar amb els investigadors.

Journalists meet scientists in a 3-day study trip to Barcelona

Fifteen journalists from all over Europe came three days to visit four research centres in Barcelona, in a study trip

organized by the EU project CommHERE and the European Union of Science Journalists Associations (EUSJA). The CRG is partner in the EU Commu­nication Network CommHERE that attempts to effectively communicate the results of the research projects funded by the EU Health Directorate. The centre, in collaboration with the EMBL and the EUSJA, invited journalists from Poland, Russia, Germany, Belgium, Denmark, Italy, Netherlands and Spain, to come to Barcelona and have an in­depth­visit of the health­related research performed by four top scientific institutions: the CRG, The Institute of Photonics Sciences (ICFO), the Barcelona Supercomputing Center (BSC) and the Vall d’Hebron Institute of Oncology (VHIO). The goal of the study trip was to show case the cutting­edge research facilities in Barcelona that join forces on many common projects to understand the complexity of life —from the genome to the cell to a whole organism—, and the mechanisms that underlie genetic diseases. Journalists had the opportunity to visit the research facilities and to have a direct conversation with the researchers ■

Page 7: La seqüenciació de nova generació pren protagonisme · ries en un espectre de problemes biològics sorprenentment variat, des de la genètica mendeliana a la diferenciació cel·lular»

7 febrer de 2011 | www.prbb.org 7 juny de 2014 | www.prbb.org Diversitat

RETRAT / PORTRAIT

Gerhard SeisenbacherVienna, 1982 Postdoc, UPF

On vas treballar abans de venir aquí?A l’ETH de Zuric, on estudiava com els estímuls ambientals afecten el creixement i la supervivència de les cèl·lules en els teixits de Drosophila.

Quines són les teves aficions?Fer caiac en aigües braves, snowboarding, escalada de blocs, etc., activitats a l’aire lliure en general. Ara també he començat a jugar a voleibol al campionat del PRBB; el nostre equip té objectius ambiciosos per a aquest any!

Quin és el lloc més estrany on has estat?Intento fer caiac a destinacions exòtiques un cop l’any, com el Nepal, l’illa de la Reunió o Costa Rica. He arribat a alguns llocs molt remots i he viscut situacions interessants...

Quin talent t’agradaria tenir?Ser capaç d’apagar el meu cervell, deixar de pensar i gaudir de les coses simples.

El teu lema?Quan tenia uns 10 anys em vaig prometre a mi mateix no créixer. Sorprenentment, crec que ha funcionat força bé.

Quin llibre t’emportaries a una illa deserta?Un gran llibre ple de pàgines en blanc; les millors històries i aventures de la vida comencen amb una pàgina en blanc.

Què valores més en una persona?L’honestedat, la pau interior, el sentit de l’humor. La resta es construeix sobre això.

Where did you work before coming here? I worked at the ETH in Zurich on how environmental stimuli affect growth properties and survival of cells in tissues, using Drosophila.

What are your hobbies? White water kayaking, snowboarding, bouldering ­ outdoor activities. Now I’ve started playing volleyball and taking part in the PRBB competition. Our team has ambitious goals this year!

What is the weirdest place where you have ever been? I try to go to kayaking to exotic destinations once a year, such as Nepal, Ile de la Reunion and Costa Rica. You reach some quite remote places and get into interesting situations.

What talent would you like to have? To be able to switch off my brain, stop thinking and enjoy the simple things.

Your motto? When I was young (about 10) I swore to myself I would never grow up. To my surprise I think this actually worked out pretty well.

What book would you take to a desert island? A book with blank pages; the best adventures in life start with a blank page.

What do you value most in a person? Honesty, peace of mind and a sense of humour. All the rest can be built on that■

NOTÍCIA GENERAL / GENERAL NEWS

Juan Sarasua

El 14 de maig va tenir lloc la presen­tació a Barcelona de l’Arxiu Europeu del Genoma­Fenoma (EGA), un re­

gistre per arxivar de manera permanent i segura, i compartir de forma controlada dades genòmiques i fenotípiques resultants de projectes d’investigació biomèdica amb humans. Aquest projecte va començar a l’Institut Europeu de Bioinformàtica (EBI­EMBL), on són les dades, i el CRG ha liderat la iniciativa de fer­ne una còpia a Barcelo­na. Ara un total d’1.000.000 de gigabytes s’emmagatzemaran al Barcelona Super­computing Center (BSC­CNS). «L’EGA és necessari per garantir que les dades òmiques finançades amb fons pú­blics s’emmagatzemen, es distribueixen i s’analitzen de manera adequada i àgil, i així maximitzar­ne els beneficis», explica Arcadi Navarro, director del CEXS­UPF i responsa­

L’Arxiu Europeu del Genoma­Fenoma (EGA) ara també a Barcelona

ble de l’equip EGA, format actualment per sis persones. «L’objectiu d’EGA­CRG no és ser únicament una còpia de seguretat, sinó proporcionar més recursos al projecte i am­pliar les seves funcionalitats», indica. L’EGA emmagatzema actualment les da­des de més de 700 estudis científics realit­zats entorn d’unes 50 patologies, com ara càncer, diabetis, malalties autoimmunes i cardiovasculars o trastorns neurològics. En total, més de 140 institucions internacionals hi han confiat les seves dades. Són dades d’unes 100.000 persones que han donat el consentiment per utilitzar aquesta informa­ció en investigacions científiques. Durant els primers quatre mesos del 2014, les dades a l’EGA s’han transferit més de 20.000 vegades a gairebé 5.000 investiga­dors dels cinc continents, de manera que es garanteix que tota la comunitat científica pugui disposar d’aquestes valuoses dades per dur a terme treballs d’investigació que d’una altra manera serien impossibles.

The European Genome-Phenome Archive (EGA) opens also in Barcelona

On May 14, Barcelona saw the pre­sentation of the European Genome­Phenome Archive (EGA), a register

for permanently and safely archiving ge­nome and phenome data from biomedical research into humans, and sharing this in­formation in a controlled manner. The pro­ject began at the European Bioinformatics Institute (EMBL­EBI), where the data is hou­sed, and the CRG led the initiative to make a copy in Barcelona. Now a total of 1,000,000 gigabytes of data will be stored at the Barce­lona Supercomputing Centre (BSC­CNS). “The EGA is necessary to ensure that publicly funded omics data is properly sto­red, distributed quickly and analysed tho­roughly, to maximise the benefits,” explains Arcadi Navarro, director of the CEXS­UPF and head of the EGA team, which is made up of six people. “The aim of EGA­CRG is not only to be a security copy, but provide the project with greater resources and ex­pand its functionality”, he indicates. The EGA currently stores data from more than 700 scientific studies on around 50 di­seases, including cancer, diabetes, autoim­mune and cardiovascular diseases as well as neurological disorders. In total, more than 140 international institutions have entrusted their data to it. It is information from about 100,000 people who have given their consent for this data to be used in scientific research. During the first four months of 2014, the data in the EGA has been transferred more than 20,000 times to nearly 5,000 researchers on five continents, ensuring that the entire scientific community is able to make use of this valuable information to carry out rese­arch that would otherwise be impossible ■

Arcadi Navarro, Jaime Lanaspa, Andreu Mas­Colell, Carmen Vela, Luis Serrano i Francesc Subirada.L’EGA­CRG té el suport de l’Obra Social ”la Caixa”, la Generalitat de Catalunya i el Ministeri

d’Economia i Competitivitat

EL PLAT FAVORIT DE... / THE FAVOURITE DISH OF...

Camilla, Francesca i Anna (CRG) recomanen: dumplings

Netegeu 8 gambes i talleu­les en 4 trossos cadascuna. Marineu­les durant uns 30 minuts amb el suc

de mitja llimona (afegiu­hi també les pe­les), 2 cullerades de salsa de soja i 1 d’oli d’oliva, i gingebre picat (uns 3­4 cm). Mentrestant, piqueu 6 cols de Brussel·les (o 2 carbassons, si voleu fer una versió més estiuenca del plat). Fregiu­les en un wok amb oli de gira­sol i sal durant uns 2 minuts, afegiu­hi mig got d’aigua tèbia i deixeu­ho coure durant 10 minuts o fins que l’aigua s’hagi evaporat. Talleu la massa dels dumplings (es pot comprar o podeu veure com la fem al nostre blog: www.incuqina.com) en discs de 5 cm de diàmetre. Poseu una culleradeta de les verdures i de les gambes al centre de cada disc i tanqueu­los. Cuineu­los amb oli de gira­sol ben calent, amb la cara embolica­da cap a dalt, fins que la part inferior estigui daurada (3­4 minuts). Afegiu­hi un got d’ai­gua calenta i cobriu amb una tapa. Deixeu

coure els dumplings tapats durant 10­15 mi­nuts. Serviu­los calents, adornats amb llavors d’hibisc o de sèsam i salsa de soja per sucar.

Camilla, Francesca and Anna (CRG) recommend: dumplings

Clean 8 prawns and cut each one in­to 4 pieces. Let the prawns marinate for at least 30 minutes in the juice of

half lemon (put the zest in, too), 2 tbsp of soy sauce, 1 tbsp of olive oil, and 3­4 cm of finely chopped ginger. In the meantime finely chop 6 Brussels sprouts (or 2 courgettes for a sum­mer version). Pan­fry them in a wok with sunflower oil and a pinch of salt for about 1­2 minutes, then add 1/2 glass of warm water and let it reduce for ten minutes, until all the water has gone. Take the dumpling dough (you can buy it or see how to make it in our blog www.in­cuqina.com) and cut out 30 5 cm diameter disks. Place a teaspoon of the cooked vege­

tables and a piece of marinated prawn in the middle of each disk, and seal it tightly. Heat some sunflower oil in a big pan; when it’s hot, place the dumplings with the wrapped side up. Let them cook until the bottom is brownish (3­4 minutes), add a glass of hot water and immediately cover with a lid. Le­ave the dumplings to steam for 10­15 minu­tes. Serve them hot, garnished with hibiscus or sesame seeds and soy sauce to dip ■

Foto

de

incu

quin

a

Page 8: La seqüenciació de nova generació pren protagonisme · ries en un espectre de problemes biològics sorprenentment variat, des de la genètica mendeliana a la diferenciació cel·lular»

Edifici www.prbb.org | juny de 2014 8

Si voleu rebre una versió digital d’aquest diari, registreu­vos a www.prbb.org/divulgacio. If you would like to receive a digital copy of this newspaper, please register at www.prbb.org/divulgacio

Direcció:Jordi Camí, Reimund Fickert i Elvira López

Assessor: Manuel Lamas

Editora:Maruxa Martínez­Campos

Comitè editorial:Rosa Manaut (IMIM)

Núria Pérez (UPF)Glòria Lligadas (CRG)

Gisela Sanmartín (CREAL)María Escrivá (FPM)

Mònica Rodríguez (PRBB)

Centres: Institut Hospital del Mar d'Investigacions

Mèdiques (IMIM)Departament de Ciències Experimentals

i de la Salut de la Universitat Pompeu Fabra (CEXS­UPF)

Centre de Regulació Genòmica (CRG)Centre de Medicina Regenerativa

de Barcelona (CMRB)Centre de Recerca en Epidemiologia

Ambiental (CREAL)Institut de Biologia Evolutiva (CSIC­UPF)

Fundació Pasqual Maragall (FPM)

Adreça:Parc de Recerca Biomèdica de Barcelona (PRBB)

c/ Dr. Aiguader, 88 • E-08003 Barcelona E­mail: [email protected]

Web: www.prbb.org

Maquetació i impressió:Taller Editorial CEGE (www.tallereditorial.com)

Imprès en paper reciclatDipòsit legal: B. 23.796-2009

AGENDA

Foto de Yolanda Rovira (IMIM) / Photo by Yolanda Rovira (IMIM)

Envieu les vostres fotos relacionades amb el PRBB a / Send your pictures related to the PRBB to: [email protected]

LA FOTO DEL MES / PHOTO OF THE MONTH10 al 13 de juny. Setmana Solidària: recollida d’aliments en benefici del Banc dels Aliments; donació de sang (10 de juny); cursa «Mou­te per la fam» (12 de juny, 18 h, 5 €).

11 de juny. “Human genome and archi­tecture”, Cafè científic, 19h www.crg.eu.

12 de juny. V CRG Postdoctoral Sympo­sium, at the PRBB Auditorium.

25 de juny. CRG Core Facilities Techno­logy Symposium: “Localization based super­resolution microscopy”. More info: www.crg.eu.

26 de juny. Conferència «Neurociència i política», organitzada pel CRG, l’IEC i l’ICUB, 19 h a l’IEC. www.crg.eu/events.

29 de juny al 4 de juliol. Practical Sum­mer Course: “Modeling for systems bio­logy”, organised by the CRG.

3 de juliol. Conferència «Neurociència i dret», organitzada pel CRG, l’IEC i l’ICUB. 19 h a l’IEC. www.crg.eu/events.

7 de juliol. “Good science, honest sci­ence”. Co­organised workshop between the CRG and PRBB Intervals.

7 a l’11 de juliol. Advanced proteomics course. More info: www.crg.eu.

Per a més informació, aneu a www.prbb.orgFor more information please go to www.prbb.org

NOTÍCIA GENERAL / GENERAL NEWS

Rosa Manaut

El dissabte 10 de maig va tenir lloc la 3a TransMaluta, una cursa­homenatge que organitzen la família i els amics de

Guillem Malet, un jove investigador que tre­ballava al CEXS­UPF i que va morir el maig de 2011 d’un càncer. Aquesta edició ha reunit més de 120 parti­cipants, que van anar de Sant Cugat al PRBB, corrent o caminant, per rememorar el ca­mí que feia sovint Guillem Malet per anar a treballar al PRBB. Els més esportistes van arribar al parc cap a les 11.30 h, després de córrer durant quasi dues hores, i els darrers ho van fer cap a les 13 h, després d’una bona caminada i de fer en metro el darrer tram des de Mundet. Tots ells van poder recuperar­se amb begudes i entrepans preparats pels or­ganitzadors a la plaça interior del PRBB. Gràcies als donatius dels participants, la cursa­homenatge ha aconseguit reunir 2.300 euros, que han estat entregats al Programa de Recerca en Càncer de l’IMIM, tal com ja van fer l’any passat.

TransMaluta against cancer

On May 10 the 3rd TransMaluta was held, a race­homage organised by the family and friends of Guillem

Malet, a young researcher who worked at the CEXS­UPF and who died of cancer in May 2011.

TransMaluta contra el càncer

This edition brought together more than 120 participants who ran or walked from Sant Cugat to the PRBB, commemorating the route that Guillem Malet often took to get to work at the PRBB. The sportiest arrived at the park around 11:30, after running for al­most two hours. The last to get back arrived at about 13:00, after a good walk and taking the metro for the last stage from Mundet. In the PRBB’s interior square, they were all able to recuperate with drinks and sandwiches prepared by the organisers. Thanks to donations by the participants, the race­homage managed to raise a sum of 2,300 Euros which has been donated to the IMIM’s cancer research programme, just as it was last year ■

Alguns participants de la cursa al PRBB Some of the race participants at the PRBB

NOTÍCIES BREUS / BRIEF NEWS

Anna Bigas escollida membre de l’EMBO. La coordinadora del grup de cèl·lules mare i càncer de l’IMIM ha estat l’única inves­tigadora espanyola escollida enguany per l’European Molecular Biology Organization (EMBO). En aquesta edició han estat elegits 106 científics d’Europa, Xina, Japó i els Estats Units. «EMBO és sinònim d’excel·lència, i ser escollida membre és un gran honor i un reconeixement a la meva recerca i a la gent que ha treballat amb mi aquests anys. L’orga­nització escull els seus membres per votació dels científics de la comunitat EMBO i això fa que aquest reconeixement sigui molt més especial», explica la investigadora.

Anna Bigas chosen to be a member of the EMBO. The coordinator of the Stem Cells and Cancer group at the IMIM is the only Spanish researcher to be chosen this year by the European Molecular Biology Organisa­tion. In this edition, 106 scientists from Eu­rope, China, Japan and the US were elected. “EMBO is synonymous with excellence and to be chosen as a member is a great honour and recognition of my research and all the people who have worked with me over the years. The organisation elects its members through a vote of the scientists of the EMBO community, and this makes the recognition even more special”, explains the researcher.

Premi a la Innovació en Sanitat Animal. El premi Isabel Mínguez Tudela va ser lliurat a David Andreu (CEXS­UPF) i col·laboradors per la creació d’una vacuna peptídica sintè­tica per a la protecció contra la febre aftosa. L’entrega del guardó va tenir lloc durant la VI Conferència Anual de la Plataforma Tecno­lògica Espanyola de Sanitat Animal, que en­guany ha tractat sobre la importància de la sanitat animal des d’una perspectiva global.

Innovation in Animal Health award. The Isabel Mínguez Tudela prize was awarded to David Andreu (CEXS­UPF) and his co­llaborators for the creation of a synthetic peptide vaccine to protect against foot and mouth disease. The awards ceremony was held during the VI Annual Conference of the Spanish Technology Platform for Animal Health, which this year was dedicated to the importance of animal health from a global perspective.

Novetats de l’auditori i de les sales. S’ha ampliat el lavabo de l’auditori i s’ha instal·lat una cortina a les portes d’entrada per evitar que entri el sol i molesti. A les sales de semi­naris Ramón y Cajal i Charles Darwin s’han reemplaçat els projectors antics per uns de nous amb tecnologia LED, que garanteixen un funcionament de 20.000 hores sense man­teniment i que permeten una projecció amb molt alta resolució, en HD. A més, la reixa de la plaça interior del parc, sota l’auditori, s’ha cobert amb metacrilat per evitar que el vent molesti durant la realització d’activitats que s’hi duguin a terme.

Novelties in the Conference hall and semi-nar rooms. The bathroom of the Conference Hall has been expanded and a curtain has been put up at the entry doors to avoid the sun getting in and disturbing the audience and the speaker. In the Ramón y Cajal and Charles Darwin seminar rooms the old pro­jectors have been replaced by new ones with LED technology, guaranteeing 20,000 hours of use with no maintenance and allowing very high resolution HD projections. In ad­dition, the grill in the interior square of the park, under the Conference Hall, has been covered with methacrylate to stop the wind interrupting the activities carried out there■

Foto

de

Dav

id P

iedr

a (C

REA

L) (Ed

iskr

ad a

Inst

agra

m