Manual usuario SNOB CAST

Centre de Competències d’Integració

SNOB – SNOmed Browser,

manual de usuario

2


Data Versión Descripción Autor

23/04/2012 1 Esbozo inicial. Albert Graupera

03/05/2012 1.1 Revisión Ariadna Rius

07/05/2012 1.2 Funcionalidades añadidas: mapeo,

comentarios

Albert Graupera

13/07/2012 1.3 Adición enlaces videos. Albert Graupera

23/07/2012 1.4 Revisión y modificaciones Ariadna Rius

3


Índice

1 Introducción ........................................................................................................................................ 4

2 Obtención ............................................................................................................................................ 5

3 Instalación y configuración................................................................................................................... 6

4 Partes de la interfaz gráfica .................................................................................................................. 8

5 Funcionalidades ................................................................................................................................. 11

5.1 Navegación jerárquica por la estructura .................................................................................... 11

5.1.1 Navegación ............................................................................................................................ 11

5.1.2 Información asociada de los conceptos .................................................................................. 12

5.2 Buscar ....................................................................................................................................... 12

5.3 Iconos y accesos rápidos ............................................................................................................ 14

5.3.1 Copia de la ventana ............................................................................................................... 14

5.3.2 Gestionar subconjuntos ......................................................................................................... 15

5.3.3 Mapsets................................................................................................................................. 17

5.3.4 Post-coordinación .................................................................................................................. 18

5.3.5 Enviar comentarios ................................................................................................................ 20

5.3.6 Notas ..................................................................................................................................... 21

5.4 Menú......................................................................................................................................... 23

5.4.1 File ........................................................................................................................................ 23

5.4.2 Options.................................................................................................................................. 23

5.4.3 Tools...................................................................................................................................... 25

5.4.4 Help ....................................................................................................................................... 25

4


1 Introducción

Este manual pretende proporcionar los conocimientos básicos sobre SNOB por tal de facilitar los primeros

pasos de los nuevos usuarios que lo quieran utilizar.

En este documento se pueden encontrar los pasos a seguir para obtener, instalar, configurar y utilizar las

funciones principales de SNOB. Estos conceptos se encuentran explicados en los siguientes apartados:

Obtención: Se explica cómo obtener SNOB, proporcionando la página web de descarga y los pasos

para descargar los ficheros de instalación.

Instalación y configuración: Como instalar el navegador paso a paso y como cargar la edición

española de SNOMED CT. Entre otros aspectos de configuración necesarios para utilizar las

funcionalidades de SNOB.

Partes de la interfaz gráfica: Consiste en una relación de les partes principales de la interfaz

gráfica, para que el usuario se familiarice con la ubicación de cada funcionalidad.

Funcionalidades: Se detallan las acciones que se pueden realizar con SNOB y que están

representadas en las partes de la interfaz gráfica explicadas en la sección anterior.

Parte de este contenido también se puede encontrar en versión video

Obtención y instalación: http://www.youtube.com/watch?v=lubC8SlIgl4

Mapset: http://youtu.be/Qb7MMGlgczU

http://www.youtube.com/watch?v=lubC8SlIgl4&feature=youtu.be

http://youtu.be/Qb7MMGlgczU

5


2 Obtención

SNOB se puede descargar de forma gratuita en la sección de descargas de la página web oficial:

Pág. principal: http://snob.eggbird.eu/index.html

Descarga: http://snob.eggbird.eu/download.html

Se iniciará la descarga a la carpeta por defecto o a la indicada (dependerá del navegador utilizado).

También será necesario descargar la versión de SNOMED CT que posteriormente queramos utilizar con

SNOB. Para obtenerla se puede visitar la web de la Oficina de Estándares y Interoperabilidad de la

Fundación TicSalut, en el caso de Cataluña (versiones internacionales INT y ES-ARG y extensión catalana):

- http://www.gencat.cat/salut/ticsalut/html/ca/dir3475/index.html

O la del Ministerio de Sanidad, Servicios Sociales e Igualdad en el ámbito español (Versiones

internacionales INT i ES-ARG):

- http://www.msps.es/profesionales/hcdsns/areaRecursosSem/snomed-ct/areaDescarga.htm

En cualquier caso, las dos páginas proporcionarán un formulario para solicitar la licencia de SNOMED CT.

http://snob.eggbird.eu/index.html

http://snob.eggbird.eu/download.html

http://www.gencat.cat/salut/ticsalut/html/ca/dir3475/index.html

http://www.msps.es/profesionales/hcdsns/areaRecursosSem/snomed-ct/areaDescarga.htm

6


3 Instalación y configuración

La herramienta no requiere de una instalación previa, solo hace falta descomprimir los ficheros

descargados de SNOB i de SNOMED CT a una carpeta (es indiferente la ubicación).

Una vez descomprimidos, ejecutar la aplicación mediante el icono:

La primera vez que se ejecute la aplicación, se abrirá la pantalla SETUP para poder indicar a SNOB que

ficheros SNOMED ha de utilizar y donde crear la BBDD (Base de Datos). Aquí se tiene que buscar usando

“…” la ubicación de la carpeta que contiene los ficheros de conceptos, descripciones y relaciones,

“SNOMED Tabular Tables”, y donde almacenar toda la información, “Data directory” (se recomienda

almacenar la BBDD en el mismo directorio donde se haya descomprimido la aplicación, ubicación marcada

por defecto). Finalmente marcar la casilla de “Database” y hacer clic a “Close” para iniciar la carga de los

ficheros, esta operación puede durar unos minutos.

7


Una vez finalizada la importación de los ficheros, aparece el mensaje para continuar sin un fichero

“stopwords”, clicar en “Si”. Se inicia el proceso de creación de índices automáticamente (puede tardar

unos minutos). Este paso habilitará la búsqueda por el contenido de SNOMED CT.

8


4 Partes de la interfaz gráfica

SNOB consta de cuatro partes principales que se corresponden con:

1. El buscador.

2. El navegador de contenido de SNOMED CT.

3. La información del concepto.

4. Pizarra para colocar parte del navegador SNOMED CT.

1

3

4 2

3

9


Búsqueda: El espacio destinado a la búsqueda incluye un campo de texto donde introducir la o las

palabra/s a buscar, o bien, introducir un identificador de concepto (conceptId) o descripción

(descriptionId), y un botón para poder realizar la búsqueda utilizando filtros “…”.

Una vez finalizada la búsqueda, en la zona del navegador de SNOMED CT, se mostrarán los ejes donde se

han encontrado coincidencias, así como el número de estas.

Navegador: Cada concepto de la edición cargada de SNOMED CT está representado en esta parte de la

interfaz gráfica. La navegación se lleva a cabo mediante el doble clic del ratón, acción que provoca el

despliegue de la rama seleccionada y la visualización de los hijos correspondientes. Inicialmente se pueden

observar 19 ejes de alto nivel de SNOMED CT. Si se selecciona, por ejemplo “procedimientos” se

observará:

Información del concepto seleccionado: Cuando se selecciona un concepto de la estructura jerárquica, se

muestra toda la información relacionada (descripciones e identificadores). Siguiendo con el ejemplo, si se

tiene seleccionado “procedimientos” se observará:

10


Pizarra: esta parte está destinada para colocar parte de la jerarquía que nos interese, para poder trabajar

paralelamente con las dos jerarquías y poder hacer consultas a SNOMED CT más eficientes y precisas. Al

mismo tiempo, también sirve para mostrar todos los conceptos que están relacionados con el concepto

seleccionado inicialmente. Siguiendo el ejemplo del concepto “procedimientos”, buscamos los conceptos

que lo utilizan y los listamos en esta zona:

11


5 Funcionalidades

5.1 Navegación jerárquica por la estructura

5.1.1 Navegación

Esta funcionalidad permite visualizar el contenido de SNOMED CT, navegando a través de su estructura

jerárquica y representada en forma de árbol. La relación de subtipos jerárquicos mostrados inicialmente y,

por tanto, de más alto nivel, es la siguiente:

Cada uno de estos conceptos se desglosa en otros que, a la vez, se conforman de otros, y así, hasta el más

bajo nivel. Cuando se hace doble clic sobre un nodo (concepto) del árbol, este pasa a ser el nodo

seleccionado (el actual) y se muestran los conceptos que lo conforman. El concepto seleccionado queda

resaltado en verde y se muestra toda su información.

La navegación de conceptos de más a menos generales o de más alto a más bajo nivel se realiza mediante

el doble clic con el ratón sobre del concepto más general. Si se quiere realizar una navegación en sentido

contrario, se deberá seleccionar el concepto correspondiente al nivel superior. Para volver a la jerarquía

inicial, también se puede hacer mediante el botón “Home” (o F2).

Los conceptos marcados de color verde son primitivos, los rojos compuestos, los azules atributos, gris

inactivos en el subset seleccionado, verde claro añadidos recientemente al subset, y azul claro eliminados

recientemente del subset seleccionado.

12


5.1.2 Información asociada de los conceptos

Cuando se selecciona un concepto a la estructura jerárquica se muestra la información que tiene asociada

a dos partes de la interfaz gráfica. Si se selecciona “acción”:

- A la parte derecha se muestra toda la información relativa al concepto:

En la parte inferior izquierda también se muestra información referente al concepto, como el

código SNOMEDID y el CTV3Id.

5.2 Buscar

Para buscar una palabra dentro la estructura de SNOMED CT solo hace falta introducirla en el campo

“Find”. Para guardar una búsqueda clicar en , y se añadirá al desplegable. Es posible seleccionar el

criterio de coincidencia de resultados mediante el desplegable:

13


Se pueden añadir más filtros y reglas con la opción :

Los resultados de las búsquedas se muestran en forma de estructura jerárquica de la siguiente manera:

14


5.3 Iconos y accesos rápidos

A la parte superior de la ventana de SNOB, justo debajo del menú, se encuentran unos iconos que ofrecen

más funcionalidades (para acceder a ellos, también se puede usar la tecla “function” correspondiente):

F2 vuelve al inicio la jerarquía de árbol.

F3 focaliza la estructura jerárquica en el concepto seleccionado.

F4 y F5 retrocede o avanza los últimos pasos realizados sobre el árbol jerárquico.

F6 abre un SNOB paralelo.

F7 gestionar subsets.

F8 mapsets.

F9 post-coordinación.

F10 envía un mail con comentarios sobre un concepto.

F11 crea notas para los conceptos locales.

5.3.1 Copia de la ventana

Esta opción permite abrir una nueva ventana SNOB con el mismo contenido que la inicial por tal de tener

una visión paralela al concepto. A parte, permite que la nueva ventana forme parte de una BBDD diferente

a la inicial (por ejemplo para una versión diferente de SNOMED CT en inglés). Y de tal forma que en

seleccionar un concepto de SNOB, se seleccionará automáticamente el correspondiente en la segunda

pantalla SNOB abierta.

15


5.3.2 Gestionar subconjuntos

La herramienta permite crear y modificar subconjuntos. Para iniciar la creación de un subset, clicar a

“Next…”, y se completará la información relacionada. Aceptamos con “Ok”.

Una vez creado, se puede activar y desactivar el subconjunto haciendo clic con el botón derecho sobre él,

de forma que se podrán tener ninguno o varios subconjuntos activados a la vez, y añadir un concepto

directamente a todos ellos.. para añadir un concepto, hace falta tener almenos un subconjunto activo

(donde se añadirá), buscarlo con ayuda del buscador o bien navegando por la jerarquía, clicar encima con

el botón derecho y “Añadirlo als subsets activos”, o para eliminarlo “Eliminar de los subsets activos”.

16


Los conceptos añadidos a un subset aparecen a la jerarquía de color verde cuando activamos la opción de

la pestaña de subconjuntos “Use active subsetsin search and browser”, con lo cual, una vez activada,

únicamente se muestran los conceptos del subset (activos y eliminados), o bien nos muestra todos los

conceptos de SNOMED CT identificando con gris los no relacionados, verde los relacionados y azul una

relación eliminada.

Esta última opción permite trabajar únicamente con los conceptos que se encuentran en el subset.

17


Siempre que se quiera se puede exportar el contenido de un subset a formato CSV con la estructura

estándar de SNOMED CT.

5.3.3 Mapsets

Si utilizamos la versión de SNOMED CT internacional (y lo la española), podemos importar el fichero de

crossmap (des de la opción FileImport) que nos permitirá ver los mapeos de SNOMED CT con la ICD9.

Por ejemplo si buscamos el concepto 229706001, vemos:

También nos permite el mapeo a la inversa, es decir, a partir del código ICD, ver que conceptos SNOMED

CT tiene relacionados. Para hacerlo, clicar el icono de “Mapset” (o F8), y se abrirá la ventana siguiente:

18


En el espacio en blanco escribir el código ICD a buscar, clicar “Find”, y nos buscará todos los conceptos que

estén mapeados a aquel código, y los mostrará en la zona de la ventana de la jerarquía:

5.3.4 Post-coordinación

La post-coordinación sirve para dar un valor real a los atributos que tengan relacionado un concepto, y

mostrar la sintaxis que lo formará.

Por ejemplo, si seleccionamos el concepto “hallazgo por localización”, vemos que tiene los siguientes

atributos:

19


Con ayuda de las flechas azules, se muestra un árbol de los posibles valores que puede adquirir aquel

atributo. Con doble clic sobre el valor, se asigna. Una vez asignados todos los valores, a la pestaña

“Definition”, se muestra la sintaxis que lo forma:

20


5.3.5 Enviar comentarios

La aplicación permite enviar comentarios de un concepto en formato email. Para hacerlo, hace falta

primero introducir la dirección de correo donde se enviará, optionssettings, pestaña comment.

Seleccionar la opción “send an email to:”, e indicar la dirección de correo. En la casilla “From”, introducir el

nuestro nombre (de quien lo envía).

Una vez completados estos campos, para enviar el correo, solo hace falta seleccionar el concepto a

comentar, y apretar F10 (o el icono “Comment”).

21


Aparecen todas las especificaciones que hay en la BBDD, y el concepto a comentar.

5.3.6 Notas

La aplicación permite crear notas personalizadas para cada concepto, y agruparlas por grupos. A la hora de

crear una nota, hace falta decir al grupo que pertenece (existente o nuevo), y el texto que forma el cuerpo

de la nota:

22


Una vez creadas las notas, se pueden ver clicando sobre “NOTE” del concepto que queramos consultar, o

bien, mediante F11. Se pueden ver todas las notas filtradas por los grupos que se hayan creado.

23


5.4 Menú

El menú de la parte superior de la interface gráfica de SNOB ofrece las siguientes funcionalidades:

5.4.1 File

Permite importar y exportar los ficheros de SNOMED CT, abrir nuevos SNOBs basados con la misma o

diferente BBDD para trabajar con dos interfaces simultáneamente (spawn). También hay el apartado de

propiedades donde se muestran todos los ficheros que se han importado a la BBDD abierta.

5.4.2 Options

“Settings” permite modificar aspectos de la interface, así como definir el namespace, los signos

separadores utilizados para la creación del índice, entre otras opciones (los colores con los que se

muestran los conceptos, la información que queremos ver de cada concepto como el FSN, SIN…). Por

ejemplo, para deshabilitar la opción de ver las descripciones FSN de los conceptos:

24


25


Des de aquí, mediante la opción “Filters...” se puede crear o modificar los filtros utilizados para hacer las

búsquedas en el contenido de SNOMED CT. Esta opción corresponde al botón que es encuentra

en la zona de búsqueda.

Por último, hay “Lexicon...”, esta opción sirve para importar, exportar o crear nuevos diccionarios lexicon.

Estos diccionarios sirven para ampliar el método de búsqueda utilizado i para realizar traducciones del

índice.

5.4.3 Tools

“CLaML Importer...” sirve para importar ficheros de clasificaciones internacionales con el formato CLaML,

este formato es distribuido por la OMS. El formato CLaML es un XML simplificado.

La opción “Concept Model Checker”, valida el contenido de un fichero.

“Sanity Checker…” recorre todos los conceptos de la BBDD buscando aquellos que tengan “problemas”, es

decir, que por ejemplo no tengan ninguna relación y por lo tanto, estén colgados.

L’eina “Lexicon…” permite traducir las palabras del índice.

5.4.4 Help

“Instructions…” es necesario tener internet, ya que la ayuda que ofrece la herramienta es toda a partir de

la página oficial de internet.

Documents

Manual usuario SNOB CAST