ゲノムネット化合物データベース

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LinkDB

ゲノムネット化合物・医薬品データベース 五斗進、服部正泰、時松敏明、小寺正明、守屋勇樹、中川善一、金久實

（京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター）

概要 京都大学バイオインフォマティクスセンター（KUBIC）ではゲノムネットサービスの一環として、化合物・医薬品の統合データベースを開発しています。化合物・医薬品のデータベースとしては、KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) プロジェクトにおいて COMPOUND/DRUG データベースを既に構築しているため、これらを核として無料のバイオ系データベースに順次リンクを張り、LinkDBの仕組みを使い統合化を実現しています。現在、KEGG 以外に９種類のデータベースを検索できます。

医薬品に関しては医療用・一般用医薬品の添付文書情報が日本医薬情報センター（JAPIC）によりデータベース化されていますので、これらを再構成してゲノムネットで公開しています。KEGGや米国で承認されている医薬品の情報ともリンクを張ることにより統合的に検索できるようにしています。

化合物データベースを有用なものとするためには、構造検索やより高度な解析をウェブ上で簡単にできることも重要なため、各種ツールの開発も同時に進めています。

ゲノムネットにはhttp://www.genome.jp/ja/からアクセスできます。

キーワード検索

PubChem, ChEBI, KEGG COMPOUND, LIPIDMAPS, LipidBank, KNApSAcK, KEGG DRUG, DrugBank, KEGG GLYCAN, PDBeChem, 3DMET, KEGG REACTION, KEGG RPAIR

以下のデータベース群に対し、キーワードファイルを用意し、DBGET システムで検索できるようにしています。

http://www.genome.jp/ja/gn_dbget_ja.html

KEGG データベースを中心として、データベース間での等価なエントリーの関係を定義し、リンクとして検索できるようにしています。

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GLYCAN と LipidBank, JCGGDB のリンクは予定

謝辞 ゲノムネット化合物・医薬品データベースとLinkDBは、文科省統合データベースプロジェクトのサポートを受けています。

KEGGは、JSTバイオインフォマティクス推進機構および科研費特定領域研究「基盤ゲノム」のサポートを受けています。

http://www.genome.jp/dbget/linkdb.html

MDL/MOL または SMILES 形式の構造データを入力すると 　類似構造（SIMCOMP） 　部分構造（SUBCOMP） を検索します。

グラフ比較に基づいたアルゴリズムを実装していますので、検索結果からアライメントの表示ができます。

光学異性を考慮した検索もできます。

検索結果からパスウェイなどの機能に関する情報にリンクできます。

酵素反応における基質と生成物のペアを与えると、SIMCOMPを用いて構造のアライメントを計算することにより、反応パターンを求めます。

データベース中に登録された反応と酵素番号の対応から、与えれた化合物ペアの酵素番号を割り当てます。

IUBMBでの酵素番号割り当てに試験的に利用されています。

現在、このシステムを応用した化学反応ネットワーク予測、特に分解経路予測を行うシステムを開発しています。

類似構造から機能の検索

共通基盤技術開発（4）

ゲノムネット化学情報計算ツール 化合物・反応・医薬品データに対して、様々な解析を行うためのツールを開発・提供しています。

化学構造検索システム SIMCOMP/SUBCOMP

酵素番号自動割り当てプログラム e-zyme

http://www.genome.jp/tools/e-zyme/

http://www.genome.jp/tools/simcomp/ http://www.genome.jp/tools/subcomp/

各データエントリーはオリジナルサイトへ飛ぶようにしています。

ゲノムネット医薬品データベース JAPIC 医薬品添付文書情報の検索 日本医薬情報センター（JAPIC）が提供する医療用・一般用医薬品の添付文書情報を全文検索できるようにしています。

http://www.genome.jp/kusuri/

KEGG DRUG との対応関係を取ることにより医薬品の分子構造、ターゲット、パスウェイと関連づけることができます。

文献情報へのリンク ・PubMed に登録されている英文ジャーナルへのリンク ・J-STAGE に登録されている和文ジャーナルへのリンク

KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes http://www.kegg.jp/ja/

システム情報 ・代謝系やシグナル伝達系以外にも薬の開発過程をマップの形で表現した Drug structure map も KEGG PATHWAY としてデータベース化しています。

・タンパク質・遺伝子や化合物・薬などを様々な観点から機能分類し、階層的に表現した KEGG BRITE を提供しています。

化学情報 ・化合物分子の情報を COMPOUND (代謝化合物)、GLYCAN (糖鎖)、DRUG (薬) としてデータベース化しています。

・化学反応の情報は REACTION (代謝反応)、RPAIR (反応パターン)、ENZYME (酵素) としてデータベース化しています。

遺伝情報 ・全ゲノムが決定された生物種を中心に、全遺伝子の配列情報を、機能アノテーション、モチーフ、パスウェイなどとともにデータベース化しています。

ご質問、ご意見、ご要望はフィードバックまでお願いいたします。

http://www.genome.jp/feedback/

フォームは英語ですが、日本語でのコメントも受け付けています。