Embed Size (px)
Citation preview
PERBANDINGAN KUANTITAS DAN KUALITAS DNA
Bacillus sp. ANTARA HEAT TREATMENT DAN
FILTER BERBASIS KIT
SKRIPSI
Untuk Memenuhi Persyaratan
Memperoleh Gelar Sarjana Kedokteran
Oleh
DURROTUN NI’MAH
21601101023
PROGRAM STUDI KEDOKTERAN
FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS ISLAM MALANG
2021
2
PERBANDINGAN KUANTITAS DAN KUALITAS DNA
Bacillus sp. ANTARA HEAT TREATMENT DAN
FILTER BERBASIS KIT
SKRIPSI
Untuk Memenuhi Persyaratan
Memperoleh Gelar Sarjana Kedokteran
Oleh
DURROTUN NI’MAH
21601101023
PROGRAM STUDI KEDOKTERAN
FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS ISLAM MALANG
2021
3
PERBANDINGAN KUANTITAS DAN KUALITAS DNA
Bacillus sp. ANTARA HEAT TREATMENT DAN
FILTER BERBASIS KIT
SKRIPSI
Untuk Memenuhi Persyaratan
Memperoleh Gelar Sarjana Kedokteran
Oleh
DURROTUN NI’MAH
21601101023
PROGRAM STUDI KEDOKTERAN
FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS ISLAM MALANG
2021
e-Jurnal Ilmiah BIOSAINTROPIS (BIOSCIENCE-TROPIC) Volume 6/ No.: 2 / Halaman 86 - 95 / Januari Tahun 2021 ISSN : 2460-9455 (e) - 2338-2805(p)
Biosaintropis Perbandingan Kuantitas dan Kualitas DNA Bacillus sp. 86
Perbandingan Kuantitas dan Kualitas DNA Bacillus sp. antara Heat
Treatment dan Filter berbasis Kit
The Quantity and Quality Comparison of Bacillus sp. DNA between
Heat Treatment and Filter Based Kit
Durrotun Ni’mah1, Muhammad Zainul Fadli1 , Rio Risandiansyah1 *) 1Jurusan Pendidikan Dokter, Fakultas Kedokteran Universitas Islam Malang, Indonesia
ABSTRAK
Penegakkan diagnosis infeksi bakteri dapat dilakukan secara cepat dengan metode isolasi DNA yang telah
disederhanakan, seperti Heat Treatment yang merupakan metode ekstraksi DNA sederhana dan ekonomis,
namun tingkat deteksi dan kuantifikasi terhadap Bacillus sp. masih belum diketahui. Penelitian ini bertujuan
membandingkan kuantitas dan kualitas DNA dari Bacillus sp. dengan menggunakan metode ekstraksi Heat
Treatment dan metode isolasi Filter Based Kit. Penelitian ini menggunakan metode penelitian eksperimen
secara in vitro. Heat Treatment dibandingkan dengan Filter Based Kit berdasarkan Limit of Detection (LoD) and
Limit of Quantification (LoQ). Analisa data menggunakan uji ANOVA serta uji Honesty Significant Diference
(HSD). Yield DNA yang didapatkan Heat Treatment pada konsentrasi terbesar adalah 5 µg/ml, sedangkan
dengan Filter Based Kit adalah 3.67 µg/ml. Nilai LoD Heat treatment dan Filter Based Kit adalah 1.61 µg/ml
dan 5.72 µg/ml, sedangkan nilai LoQ Heat treatment dan Filter Based Kit adalah 4.87 µg/ml dan 17.34 µg/ml.
Jumlah bakteri yang melebihi nilai LoD dan LoQ Heat treatment adalah 101 CFU/ml dan 10
4 CFU/ml,
sementara LoD dan LoQ Filter Based Kit adalah >104 CFU/ml. Kuantitas DNA Bacillus sp. dengan metode
Heat Treatment lebih baik dibandingkan dengan Filter Based Kit. Kualitas DNA Bacillus sp. baik dengan
metode Heat Treatment maupun Filter Based Kit tidak baik.
Kata kunci: isolasi DNA, Bacillus sp., heat treatment, Filter Based Kit
ABSTRACT
Diagnosis of bacterial infection can be done quickly with simplified DNA isolation methods, such as Heat Treatment, which is a simple and inexpensive DNA isolation method, but detection and quantification levels of Bacillus sp. still unknown. This study aims to compare the quantity and quality of DNA isolates from Bacillus sp. using Heat Treatment etraction method and Filter Based isolation method. This research used in vitro experiment method. Heat Treatment is compared to Filter Based Kit according to Limit of Detection (LoD) and Limit of Quantification (LoQ). Data analyzed with ANOVA and Honesty Significant Difference (HSD). DNA yield obtained by Heat Treatment at the highest concentration was 5 µg/ml, whereas Filter Based Kit was 3.67 µg/ml. LoD of the Heat treatment and Filter Based Kit were 1.61 and 5.72 µg/ml, while LoQ of the Heat treatment and Filter Based Kit were 4.87 and 17.34 µg/ml. The number of bacteria that exceeded the LoD and LoQ of Heat Treatment was 101 and 104 CFU/ml, whereas the LoD and LoQ of Filter Based Kit was >104 CFU/ml. The quantitiy of Bacillus sp. DNA with Heat Treatment method is better than Filter Based Kit. The quality of Bacillus sp. DNA both the Heat Treatment and Filter Based Kit methods are not good.
Keywords: DNA isolation, Bacillus sp., heat treatment, Filter Based Kit
*)
Rio Risandiansyah, S.Ked., MP., PhD., Jurusan Pendidikan Dokter, FK, Universitas Islam Malang Telp. 081217210321 dan e-
mail: [email protected]
Makalah Konferensi Nasional KnalSTech Fakultas MIPA Unisma 10 Desember 2020 –
Dipublikasikan Tanggal 25 Januari 2021
e−JBST Vol.6 No.2 Januari 2021
BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Bacillus pertama kali dideskripsikan oleh Cohn pada tahun 1872 mengenai
B. subtilis yang semula disebut Vibrio subtilis oleh Ehrenberg pada 1835 (Ariani,
2000). Spizizen melakukan demonstrasi sistem transformasi DNA pada tahun
1958 yang mengakibatkan B. subtilis memperoleh banyak perhatian serta menarik
minat peneliti (Spizizen, 1958). Sejak saat itu B. subtilis dipertimbangkan sebagai
perwakilan bakteri gram positif, kedua setelah E. coli sebagai “bacterial model
organism” (Ziegler et al, 2008).
Saat ini, proses identifikasi bakteri masih membutuhkan waktu yang cukup
lama (Zhenxiang et al, 2018). Metode identifikasi bakteri yang sering dilakukan
ialah metode konvensional seperti kultur dengan mengamati karakteristik dan
morfologi bakteri serta identifikasi bakteri dengan uji biokimiawi (Zhenxiang et
al, 2018). Metode-metode tersebut dapat mengidentifikasi bakteri secara umum,
namun hasil yang diperoleh seringkali tidak spesifik (Du et al, 2019). Oleh
karena itu dibutuhkan metode identifikasi bakteri yang cepat dan tepat. Salah satu
metode dengan keakuratan yang tinggi ialah metode deteksi DNA, contohnya
Polymerase Chain Reaction (PCR) (Linda et al, 2017).
PCR merupakan metode yang baik untuk deteksi bakteri karena praktis,
sensitif dan spesifik (Gupta, 2019). Dalam pelaksanaannya, perlu dilakukan
isolasi DNA dengan metode yang baik sehingga dapat menghasilkan DNA yang
banyak dengan memaksimalkan kemurnian serta membebaskan DNA dari
kontaminan (Boesenberg-Smith et al, 2012). Dalam memilih metode isolasi DNA
faktor yang perlu dipertimbangkan ialah kemurnian sampel, efektifitas biaya,
durasi paparan bahan kimia, waktu pengerjaan dan langkah yang diperlukan
(Boesenberg-Smith et al, 2012). Tujuan penelitian ini yaitu untuk melihat
konsentrasi Bacillus sp. terkecil yang dapat diisolasi dengan metode yang
ekonomis serta membutuhkan waktu yang singkat. Oleh karena itu sering
dilakukan penyederhanaan metode isolasi DNA. Salah satu bentuk
penyederhanaan metode yang akan diteliti adalah metode Heat Treatment.
Heat treatment merupakan metode gekstraksi DNA melalui boiling dalam
water bath atau menggunakan microwave, sehingga waktu pengerjaan metode ini
sangat singkat dan minim biaya (Mulyani et al, 2011). Kuantitas dan kualitas HT
dalam memperoleh konsentrasi DNA dibandingkan dengan Filter Based Kit yang
merupakan metode isolasi DNA yang dikembangkan dari metode silica gel atau
glass beads (Berensmeier, 2006). Metode ini melakukan langkah ekstraksi,
presipitasi dan purifikasi sehingga kemungkinan terjadinya kontaminasi rendah
(Berensmeier, 2006). Metode ini membutuhkan kit tertentu serta langkah
pengerjaannya kompleks yang menyebabkan metode ini lama dan kurang
ekonomis dibanding metode Heat Treatment. Berdasarkan hal itu, peneliti ingin
melihat kuantitas dan kualitas DNA dari berbagai konsentrasi dari Bacillus sp.
menggunakan metode ekstraksi HT dan metode isolasi FBK.
Kualitas dan kuantitas DNA bakteri dapat dilihat berdasarkan hasil
kemurnian dan yield (Syafaruddin, 2011). Nilai kemurnian dan yield akan
divalidasi dengan menilai limit of detection (LoD) dan limit of quantification
(LoQ) (Currie, 1995). LoD dan LoQ merupakan parameter standart performa dari
sebuah metode analitik (Sabine et al, 2011). LoD adalah jumlah atau konsentrasi
analit terkecil dari sampel yang dapat dibedakan dari blanko (Currie, 1995).
Sedangkan LoQ ialah jumlah analit terendah dalam sampel yang dapat
dikuantifikasi (Munch et al, 2005). Belum ada penelitian yang membahas
mengenai perbedaan DNA Bacillus sp. dengan metode Heat Treatment dan Filter
Based Kit pada bakteri Bacillus sp. Maka dari itu, penelitian ini akan
membandingkan kedua metode tersebut.
1.2 Rumusan Masalah
1. Apakah metode ekstraksi heat treatment memiliki Limit of Detection
(LoD) yang lebih rendah daripada metode isolasi filter based kit pada
bakteri Bacillus sp.?
2. Apakah metode ekstraksi heat treatment memiliki Limit of
Quantification (LoQ) yang lebih rendah daripada metode isolasi filter
based kit pada bakteri Bacillus sp.?
1.3 Tujuan Penelitian
1. Mengetahui bahwa metode ekstraksi heat treatment memiliki Limit of
Detection (LoD) yang lebih rendah daripada metode isolasi filter
based kit pada bakteri Bacillus sp.
2. Mengetahui bahwa metode ekstraksi heat treatment memiliki Limit of
Quantification (LoQ) yang lebih rendah daripada metode isolasi filter
based kit pada bakteri Bacillus sp.
1.4 Manfaat Penelitian
1. Manfaat teoritis
Penelitian ini dapat dijadikan sebagai landasan ilmiah mengenai
efektivitas metode ekstraksi heat treatment dan metode isolasi filter
based kit dalam mengetahui konsentrasi DNA pada bakteri basil gram
positif.
2. Manfaat praktis
Manfaat praktis dari penelitian ini adalah untuk mengembangkan
metode untuk memperoleh DNA bakteri yang praktis, ekonomis dan
cepat untuk proses deteksi bakteri.
BAB VII
PENUTUP
7.1 Kesimpulan
Berdasarkan hasil analisa data serta pembahasan pada penelitian ini dapat
disimpulkan bahwa:
1. Kuantitas DNA Bacillus sp. metode ekstraksi HT lebih baik dibanding
metode isolasi FBK
2. Konsentrasi minimum metode HT agar Bacillus sp. dapat terdeteksi dan
terkuantifikasi ialah 101 CFU/ml dan 104 CFU/ml.
3. Konsentrasi minimum metode FBK agar Bacillus sp. dapat terdeteksi dan
terkuantifikasi ialah diatas 104 CFU/ml.
4. Kualitas DNA Bacillus sp. metode ekstraski HT dan metode isolasi FBK
diluar range kemurnian yang baik, yaitu berkisar antara 1.8 – 2.0 µg/ml.
7.2 Saran
Penelitian ini menyarakan hal–hal berikut untuk menunjang penelitian
selanjutnya guna pengembangan dan kemajuan ilmu pengetahuan:
1. Penelitian lebih lanjut mengenai metode Heat Treatment diperlukan
terhadap strain bakteri lainnya.
Penelitian selanjutnya dapat dilakukan ke tahap lanjutan yaitu PCR.
DAFTAR PUSTAKA
Ahmed OB, Asghar AH, Elhassan MM. Comparison of three DNA extraction methods for
polymerase chain reaction (PCR) analysis of bacterial genomic DNA. African Journal of
Microbiology Research. 2014 Feb 5;8(6):598-602.
Aini, F. N., S. Sukamto, D. Wahyuni, R.G Suhesti, dan Q. Ayyunin. 2013. Penghambatan
pertumbuhan Colletotrichum gloeosporioides oleh Trichoderma harzianum, Trichoderma
koningii, Bacillus subtilis dan Pseudomonas fluorescens. Jurnal Pelita Perkebungan
29(1): 44-52.
Ardiana, D.W., 2009. Teknik isolasi DNA genom tanaman pepaya dan jeruk dengan
menggunakan modifikasi bufer CTAB. Buletin Teknik Pertanian, 14(1), pp.12-16.
Arigoni, F., Talabot, F., Peitsch, M., Edgerton, M. D., Meldrum, E., Allet, E., Loferer, H.
1998. A genome-based approach for the identification of essential bacterial genes.
Nature Biotechnology, 16(9), 851–856.doi:10.1038/nbt0998-851
Armbruster, D. A., & Pry, T. 2008. Limit of blank, limit of detection and limit of quantitation.
The Clinical biochemist. Reviews, 29 Suppl 1(Suppl 1), S49–S52.
Awais, M., Pervez, A., Yaqub, A. and Shah, M.M., 2010. Production of antimicrobial
metabolites by Bacillus subtilis immobilized in polyacrylamide gel. Pakistan Journal of
Zoology, 42(3).
Barghouthi, S. A. 2011. A Universal Method for the Identification of Bacteria Based on General
PCR Primers. Indian Journal of Microbiology, 51(4), 430–444.doi:10.1007/s12088-011-
0122-5
Bartholomew, J. W., & Mittwer, T. 1952. The Gram stain. Bacteriological reviews, 16(1), 1–29.
Becerra, S. C., Roy, D. C., Sanchez, C. J., Christy, R. J., & Burmeister, D. M. 2016. An
optimized staining technique for the detection of Gram positive and Gram negative
bacteria within tissue. BMC research notes, 9, 216.
Berensmeier S. 2006. Magnetic particles for the separation and purification of nucleic acids.
Applied microbiology and biotechnology. Dec 1;73(3):495-504.
BIOL 3716: Molecular Biology I. Protocol: Spectrophotometric Determination of DNA Quantity
and Purity. Genetics & Biotechnology Lab. v091708. Diunduh pada 23 Agustus 2020.
Didapat dari: http://crcooper01.people.ysu.edu/3716-Determining%20DNA%20Conc-
F08.pdf
Boesenberg-Smith, K. A., Pessarakli, M. M., & Wolk, D. M. 2012. Assessment of DNA yield and
purity: an overlooked detail of PCR troubleshooting. Clinical Microbiology Newsletter,
34(1), 1-6.
Brock T. 1999. Robert Koch: a life in medicine and bacteriology. American Society for
Microbiology, Washington, DC.
Budiarto, B.R., 2016. Polymerase Chain Reaction (PCR) Perkembangan dan Perannya Dalam
Diagnostik Kesehatan. Biotrends, 6(2), pp.29-38.
Chang, K.H., 2011. Limit of detection and its establishment in analytical chemistry. Health Env
J, 2, pp.38-43.
Cheng HR, Jiang N. 2006. Extremely rapid extraction of DNA from bacteria and yeasts.
Biotechnology letters. Jan 1;28(1):55-9.
Coico, R. 2005. Gram Staining. Current Protocols in Microbiology.
doi:10.1002/9780471729259.mca03cs00
Currie, L.A., 1995. Nomenclature in evaluation of analytical methods including detection and
quantification capabilities (IUPAC Recommendations 1995). Pure and applied
chemistry, 67(10), pp.1699-1723.
Dashti, Ali & Jadaon, Mehrez & Abdulsamad, Abdulsamad & Dashti, Hussain. 2009. Heat
Treatment of Bacteria: A Simple Method of DNA Extraction for Molecular Techniques.
Kuwait Medical Journal. 41.
Desjardins, P., Hansen, J.B. and Allen, M., 2009. Microvolume protein concentration
determination using the NanoDrop 2000c spectrophotometer. JoVE (Journal of
Visualized Experiments), (33), p.e1610.
Dion, M.F., Kapoor, M., Sun, Y. et al. 2019. Bacillus subtilis cell diameter is determined by the
opposing actions of two distinct cell wall synthetic systems. Nat Microbiol 4, 1294–1305.
Djaenuddin, N., & Muis, A. 2015. Karakteristik Bakteri Antagonis Bacillus subtilis dan
Potensinya sebagai Agens Pengendali Hayati Penyakit Tanaman. In Prosiding Seminar
Nasional Serealia (Vol. 1, pp. 489-494).
Du, Y., Xu, Z., Yu, G., Liu, W., Zhou, Q., Yang, D., Li, J., Chen, L., Zhang, Y., Xue, C., & Cao,
Y. 2019. A Newly Isolated Bacillus subtilis Strain Named WS-1 Inhibited Diarrhea and
Death Caused by Pathogenic Escherichia coli in Newborn Piglets. Frontiers in
microbiology, 10, 1248.
Earl, A.M., R. Losick and R. Kolter. 2008. Ecology and genomics of Bacillus subtilis. Trends in
Microbiology 16 (6): 269-275
Efendi, Yempita. 2017. Optimasi Potensi Bakteri Bacillus subtilis Sebagai Sumber Enzim
Protease. Akuatika Indonesia. Vol. 2 No. 1. 87-94. 10.24198/jaki.v2i1.23417.
El-Halfawy OM, Valvano MA. 2015. Antimicrobial heteroresistance: an emerging field in need
of clarity. Clin Microbiol Rev. 28(1):191–207. doi: 10.1128/CMR.00058-14.
El Khechine, A., Henry, M., Raoult, D., & Drancourt, M. 2009. Detection of Mycobacterium
tuberculosis complex organisms in the stools of patients with pulmonary tuberculosis.
Microbiology, 155(7), 2384–2389. doi:10.1099/mic.0.026484-0
Esser KH, Marx WH, Lisowsky T. 2006. maxXbond: first regeneration system for DNA binding
silica matrices. Nature methods. Jan;3(1):i-i.
Eurachem. 1998. Guide: The fitness for purpose of analytical methods. A Laboratory Guide to
method validation and related topics. Teddington: LGC.
Farhat, Y. March 2012. “Measuring RNA Yield with a NanoDrop Spectrophotometer.” The
Protocol Place. Accessed on 07/17/2020. http://protocol-place.com
Foley, J.P. and Dorsey, J.G., 1984. Clarification of the limit of detection in chromatography.
Chromatographia, 18(9), pp.503-511.
Food and Drug Administration. Division of Microbiology, 1978. Bacteriological analytical
manual (Vol. 1). Association of Official Analytical Chemists.
Foysal, M.J. and Lisa, A.K., 2018. Isolation and characterization of Bacillus sp. strain BC01
from soil displaying potent antagonistic activity against plant and fish pathogenic fungi
and bacteria. Journal of Genetic Engineering and Biotechnology, 16(2), pp.387-392.
Franco-Duarte, R., Černáková, L., Kadam, S., S Kaushik, K., Salehi, B., Bevilacqua, A., &
Relison Tintino, S. 2019. Advances in chemical and biological methods to identify
microorganisms—from past to present. Microorganisms, 7(5), 130.
Fritze, D. 2004. Taxonomy of the Genus Bacillus and Related Genera: The Aerobic Endospore-
Forming Bacteria. The American Phytopathological Society Vol. 94, No. 11, 1245-1248.
Gaikwad, A.B., 2002. DNA extraction: Comparison of methodologies. PLoS Biology, 20,
pp.162-173.
Garibyan, L., & Avashia, N. 2013. Polymerase chain reaction. The Journal of investigative
dermatology, 133(3), 1–4.
Gibson, T., 1944. 306. A study of Bacillus subtilis and related organisms. Journal of Dairy
Research, 13(3), pp.248-260.
Giuliano, C., Patel, C. R., & Kale-Pradhan, P. B. 2019. A Guide to Bacterial Culture
Identification And Results Interpretation. P & T : a peer-reviewed journal for formulary
management, 44(4), 192–200.
Gupta N. 2019. DNA Extraction and Polymerase Chain Reaction. Journal of cytology, 36(2),
116–117.
Harris, A. M. 2014. Studi Komparasi Variasi Media Kultur Terhadap Pertumbuhan Populasi
Bakteri Bacillus subtilis dan Bacillus licheniformis untuk Probiotik Unggas.
Hatmanti, A., 2000. Pengenalan Bacillus spp. Oseana, 25(1), pp.31-41.
International Organization for Standardization (ISO). 1993. International Vocabulary of Basic
and General Terms in Metrology (VIM), 2nd ed. Geneva, Switzerland.
IUPAC. 1997. Compendium of Chemical Terminology, 2nd ed. (the "Gold Book"). Compiled by
A. D. McNaught and A. Wilkinson. Blackwell Scientific Publications, Oxford. Online
version (2019-) created by S. J. Chalk. ISBN 0-9678550-9-8.
Jawetz, M. and Kedokteran, M., 2005. Edisi 23. Alih Bahasa: Huriwati Hartanto Dkk. Jakarta:
Ecg.
Jose, J.J.M. and Brahmadathan, K.N., 2006. Evaluation of simplified DNA extraction methods
for emm typing of group A streptococci. Indian journal of medical microbiology, 24(2),
p.127.
Kaevska, M., and Slana, I. 2015. Comparison of filtering methods, filter processing and DNA
extraction kits for detection of mycobacteria in water. Ann Agric Environ Med., 22(3),
pp.429-432.
Keynan, A. and N. Sandler 1983. The Bacterial Spore, vol 2. (HURST, A. and GOULD, G. W.,
eds). Academic Press, New York: 107 pp.
Lagier, J. C., Edouard, S., Pagnier, I., Mediannikov, O., Drancourt, M., & Raoult, D. 2015.
Current and past strategies for bacterial culture in clinical microbiology. Clinical
microbiology reviews, 28(1), 208–236.
Leninger, M., 1975. The cultural context of behavior: Spanish-speaking Americans and nursing
care. Contemporary community nursing. Boston: Little, Brown & Co.
Logan, N.A. and Berkeley, R.C.W., 1984. Identification of Bacillus strains using the API system.
Microbiology, 130(7), pp.1871-1882.
Lou, Y., Qin, H., Molodysky, E., & Morris, B. J. 1993. Simple microwave and thermal cycler
boiling methods for preparation of cervicovaginal lavage cell samples prior to PCR for
human papillomavirus detection. Journal of Virological Methods, 44(1), 77–81.
doi:10.1016/0166-0934(93)90009-g.
Lu, Z., Guo, W., & Liu, C. 2018. Isolation, identification and characterization of novel Bacillus
subtilis. The Journal of veterinary medical science, 80(3), 427–433.
Marmonier A. 2007. Diagnostic phénotypique, p 49–60. In Freney J, Renaud F, Leclercq R,
Riegel P (ed), Précis de bactériologie clinique. ESKA, Paris, France.
Mayanti, B., & Ariesyady, H. 2009. Identifikasi Keberagaman Bakteri Pada Commercial-Seed
Pengolah Limbah Cair Cat. Jurnal Teknik Lingkungan, 16(1), 52-61.
Melzak KA, Sherwood CS, Turner RF, Haynes CA. 1996. Driving forces for DNA adsorption to
silica in perchlorate solutions. Journal of colloid and interface science. Aug
10;181(2):635-44.
Mishalanie, E.A., Lesnik, B., Araki, R. and Segall, R., 2016. Validation and peer review of US
Environmental Protection Agency chemical methods of analysis. Washington, DC:
Environmental Protection Agency.
Mobio Lab. Determination of DNA concentration by Spectrophotometric Estimation. Diunduh
pada 23 Agustus 2020. Didapat dari:
http://homepages.bw.edu/~mbumbuli/molbio/labs/dna/
Molecular Biology. Protocol: Spectrophotometric Determination of DNA Quantity and Purity.
Diunduh pada 23 Agustus 2020. Didapat dari: http://crcooper01.people.ysu.edu/3716-
Determining%20DNA%20Conc-F08.pdf
Mullis KB. 1990. The unusual origin of the polymerase chain reaction. Scientific American.
262(4):56–61. 64–5.
Mulyani, Y., Purwanto, A. and Nurruhwati, I., 2011. Perbandingan beberapa metode isolasi
DNA untuk deteksi dini koi herpes virus (KHV) pada ikan mas (Cyprinus carpio L.).
Jurnal Akuatika, 2(1).Syafaruddin 2011
Mulyatni, A.S., BUDIANI, A. and TANIWIRYONO, D., 2016. Aktivitas antibakteri ekstrak
kulit buah kakao (Theobroma cacao L.) terhadap Escherichia coli, Bacillus subtilis, dan
Staphylococcus aureus. E-Journal Menara Perkebunan, 80(2).
Munch, D.J., Wasko, M., Flynt, E., Wendelken, S.C., Scifres, J., Mario, J.R., Hunt, M., Gregg,
D., Schaeffer, T., Clarage, M. and Lumpkin, M.S., 2005. Validation and Peer Review of
US Environmental Protection Agency Chemical Methods of Analysis.
Murtiyaningsih, H., 2017. Isolasi DNA genom dan identifikasi kekerabatan genetik nanas
menggunakan RAPD (Random Amplified Polimorfic DNA). Agritrop: Jurnal Ilmu-Ilmu
Pertanian (Journal of Agricultural Science), 15(1).
Muthén, L.K. and Muthen, B., 2017. Mplus user's guide: Statistical analysis with latent
variables, user's guide. Muthén & Muthén.
NATA. 2012. Guidelines for the validation and verification of quantitative and qualitative test
methods.
Nolan, T., Huggett, J.F. and Sanchez, E., 2013. Good practice guide for the application of
quantitative PCR (qPCR). Teddington: LGC.
Nottingham, P.M. and Hungate, R.E., 1968. Isolation of methanogenic bacteria from feces of
man. Journal of Bacteriology, 96(6), p.2178.
Nur‘Aini, F., Sukamto, S., Wahyuni, D., Suhesti, R. G., & Ayunin, Q. 2013. Growth Inhibition
of Colletotrichum gloeosporioides by Trichoderma harzianum, Trichoderma koningii,
Bacillus subtilis and Pseudomonas fluorescens. Pelita Perkebunan. a Coffee and Cocoa
Research Journal, 29(1).
Nutz S, Döll K, Karlovsky P. 2011 Determination of the LOQ in real-time PCR by receiver
operating characteristic curve analysis: application to qPCR assays for Fusarium
verticillioides and F. proliferatum. Analytical and bioanalytical chemistry. Aug
1;401(2):717-26.
Onibala, H., 2013. Identifikasi Bacillus sp. Pada Beberapa Tahapan Pengolahan Frozen
Tasteless Smoked Tuna. Jurnal Perikanan dan Kelautan Tropis, 9(2), pp.76-79.
Perez-Losada, M., Cabezas, P., Castro-Nallar, E., Crandall, K.A., 2013. Pathogen typing in the
genomics era: MLST and the future of molecular epidemiology. Infection, genetics and
evolution: journal of molecular epidemiology and evolutionary genetics in infectious
diseases. 16, 38-53.
Perrin, E., Fondi, M., Maida, I., Mengoni, A., Chiellini, C., Mocali, S., Fani, R. 2015. Genomes
analysis and bacteria identification: The use of overlapping genes as molecular markers.
Journal of Microbiological Methods, 117, 108–112.
Ping DY, Chao XZ, Lian YG, Wei L, Feng ZQ, Hong YD, Jie L, Li C, Yun Z, Yi XC. 2019. A
newly isolated Bacillus subtilis strain named WS-1 inhibited diarrhea and death caused
by pathogenic Escherichia coli in newborn piglets. Frontiers in Microbiology 10:1248.
Radji M. 2006. Penuntun Praktikum Mikrobiologi Farmasi. Departemen Farmasi FMIPA-UI.
Edisi ke 2:15-43.
Ravisankar, P., Navya, C.N., Pravallika, D. and Sri, D.N., 2015. A review on step-by-step
analytical method validation. IOSR J Pharm, 5(10), pp.7-19.
Riahi, Mehrshid & BABAEI, MELINA & Ghahremaninejad, Farrokh. 2019. Genomic Dna
Isolation From Scrophularieae Dried Leaves Using A Simple, High-Throughput
Protocol. Bangladesh Journal of Botany. 48. 1231-1235.
Rods, G.P., 2014. UK standards for microbiology investigations. NHS. Public Health England.
Safitri R, Muchlissin SI, Mukaromah AH, Darmawati S, Ethica SN. Isolasi Bakteri Penghasil
Enzim Protease Bacillus Thuringiensis Irodi Pada Oncom Merah Pasca Fermentasi 24
Jam. InProsiding Seminar Nasional & Internasional 2018 (Vol. 1, No. 1).
Sains P. Validasi Metode Untuk Analisis Kandungan Uranium Menggunakan Potensiometer T-
90. Metode.;3:4.
Sambrook, J., Fritsch, E.F. and Maniatis, T., 1989. Molecular cloning: a laboratory manual (No.
Ed. 2). Cold spring harbor laboratory press.
Shi R, Lewis RS, Panthee DR. 2018. Filter paper-based spin column method for cost-efficient
DNA or RNA purification. PLoS ONE 13(12): e0203011.
Sovová T., Křížová B., Ovesná J. 2018. Determining the optimal method for DNA isolation from
fruit jams. Czech J. Food Sci., 36.
Spizizen, J., 1958. Transformation of biochemically deficient strains of Bacillus subtilis by
deoxyribonucleate. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United
States of America, 44(10), p.1072.
Surzycki S. 2000. General Aspects of DNA Isolation and Purification. In: Basic Techniques in
Molecular Biology. Springer Lab Manuals. Springer, Berlin, Heidelberg.
Syafaruddin S, Randriani E, Santoso TJ. 2011. Efektivitas dan efisiensi teknik isolasi dan
purifikasi DNA pada jambu mete. Journal of Industrial and Beverage Crops. 2(2):141601.
Todar, Kenneth. 2009. The Genus Bacillus. http://www.textbookofbacteriology.net. Diakses
pada 19/07/2009.
Turnbull PCB. 1996. Bacillus. In: Baron S, editor. Medical Microbiology. 4th edition. Galveston
(TX): University of Texas Medical Branch at Galveston. Chapter 15. Available from:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK7699/
United Nations Office on Drugs, Crime. Laboratory and Scientific Section, 2009. Guidance for
the Validation of Analytical Methodology and Calibration of Equipment Used for Testing
of Illicit Drugs in Seized Materials and Biological Specimens: A Commitment to Quality
and Continuous Improvement. United Nations Publications.
Valones, M.A.A., Guimarães, R.L., Brandão, L.A.C., Souza, P.R.E.D., Carvalho, A.D.A.T. and
Crovela, S., 2009. Principles and applications of polymerase chain reaction in medical
diagnostic fields: a review. Brazilian Journal of Microbiology, 40(1), pp.1-11.
Wenzl, T., Haedrich, J., Schaechtele, A., Piotr, R., Stroka, J., Eppe, G. and Scholl, G., 2016.
Guidance Document on the Estimation of LOD and LOQ for Measurements in the Field
of Contaminants in Food and Feed. Institute for Reference Materials and Measurements
(IRMM).
Wresnindyatsih, W., Triwani, T., Yuwono, Y. and Maulani, H., 2015. Sensitivitas dan
Spesifisitas Polimerase Chain Reaction pada Diagnosis Her2/Neu Karsinoma Payudara
Duktal Invasif. Jurnal Kedokteran dan Kesehatan, 2(3), pp.283-290.
Yulia. 2010. Validasi Metode, Diktat Validasi Metode. Pusat Penelitian Kimia-LIPI. Bandung.
Zeigler, Daniel & Perkins, John. 2008. The Genus Bacillus. 10.1201/9781420009330.ch24.
