Unité mixte de recherche

UMR 1014

SECALIM

Sécurité des Aliments et Microbiologie

Présentation de l’unité

La mission de SECALIM est de produire et diffuser des connaissances et des méthodes scientifiques dans le domaine de la sécurité microbiologique des aliments pour répondre aux demandes sociétales de santé publique et de maîtrise des pertes alimentaires. Ses actions de recherche visent à caractériser et maîtriser le risque microbien (sanitaire et altération) dans les produits carnés et produits de la mer. Des méthodes moléculaires, de microbiologie classique et de microbiologie prévisionnelle sont utilisées pour comprendre, quantifier et modéliser le comportement des microorganismes au cours de la transformation des aliments, à l’échelle de l’écosystème microbien ou à l’échelle d’espèces modèles cibles, notamment Campylobacter et Brochothrix thermosphacta. Une meilleure évaluation du risque microbiologique permet d’apporter des solutions expertes et innovantes et d’assurer la sécurité microbiologique des aliments.

Comment les environnements alimentaires de la bactérie, rencontrés au long de la chaîne de production, influencent

l’écologie et les risques microbiens ?

INRA Angers-Nantes Pays de la LoireSite de la Chantrerie, Groupe 5Oniris, Atlanpole / CS 40706F - 44307 Nantes Cedex 3

ContactTél. : +33 (0)2 40 68 76 81contact-secalim@oniris-nantes.frwww.angers-nantes.inra.fr/secalim

DirectionMarie-France Pilet, directrice

Quelques chiffres19 agents permanents dont 7 titulaires INRA, 12 Oniris, 10 HDR12 chercheurs et enseignants-chercheurs 6 ingénieurs d’études et techniciens 1 administratif11 doctorants et post-doctorants

Thématique de recherche

•Réponses aux modifications abiotiques (atmosphère protectrice, Hautes pressions)

•Réponses aux modifications biotiques (Biopréservation)•Deux bactéries modèles : Brochothrix thermosphacta

et Campylobacter jejuni

Faits marquants 2016•Force de proposition et d’organisation du groupe de travail «européen» portant sur l’intégration des ‘Omiques’ dans l’évaluation du risque microbien - Jeanne Marie MembréPlusieurs membres de l’unité participent à une réflexion initiée à l’échelle eu-ropéenne par des experts européens en évaluation quantitative du risque mi-crobien sur l’intégration des données dites Omiques en vue d’améliorer l’éva-luation du risque microbien. Quatre questions scientifiques principales sont investiguées, à savoir l’utilisation (i) du séquençage à haut débit dans la détec-tion des épidémies et l’épidémiologie, (ii) de la métagénomique pour l’écologie microbienne des produits alimentaires au cours du process, (iii) l’intégration des ‘Omiques dans l’évaluation de l’exposition au risque et (vi) dans la carac-térisation du danger. Sous les auspices de l’IAFP, ILSI et ICFMH, SECALIM a participé à l’organisation et l’animation de symposiums (IAFP-Europe 2015 au Royaume-Uni, IAFP-Europe 2017 en Belgique et IAFP-US 2017 aux USA), d’un webinar en 2017 et d’un workshop intitulé Next Generation Microbio-logical Risk Assessment - Integration of Omics Data into Assessment à IAFP 2016 à Athènes. Quatre articles scientifiques seront soumis début 2017 au journal international IJFM co-signés par cinq membres de SECALIM.•Stratégie de communication des travaux de recherche de SECALIM auprès des professionnels de la filière viande et des services de contrôle - Monique Zagorec et Catherine MagrasAu travers son expertise, l’UMR SECALIM a participé à plusieurs événe-ments de communication à destination notamment des professionnels de la filière viande, et des services officiels de contrôle :•auprès de la Direction Générale de l’Alimentation (DGAL) et des agents

des services de contrôle en abattoir, les 1-2 juin 2016.•à la journée « Rencontre chercheur –entreprise consacrée à la Filière par

Cap Aliment, le pôle de compétitivité Valorial, le 9 juin 2016.•à la journée SteaKexpert 2016 organisée par Terrena les 22-23 juin 2016 •à la matinée «Clean label et naturalité : quels enjeux pour vos produits ?» or-

ganisée par Cap Aliment et le Pôle de compétitivité Valorial le 15 nov 2016.•lors d’une formation aux méthodes douces de conservation incluant la

biopréservation organisée par Cap Aliment* en octobre 2016.•Portage du projet ANR REDLOSSES réduire les pertes alimentaires par la prédiction de l’altération - Monique Zagorec et Sandrine GuillouCe projet implique 10 partenaires experts dans les domaines de l’écologie microbienne, la bio-informatique, la modélisation, la microbiologie des ali-ments, et l’économie, avec notamment deux autres unités Inra, les unités MICALIS et MaIAGE, trois centres techniques, ainsi que deux partenaires industriels des filières porc et volaille. L’objectif du projet est de réduire les pertes pour les viandes les plus consommées en France (volaille et porc) en établissant un lien quantitatif entre la dynamique des communautés bacté-riennes tout au long du procédé de production, les facteurs de process (at-mosphère de conditionnement, lactate, etc.) et l’apparition de phénomènes d’altération. Les données permettront d’identifier des marqueurs pertinents de l’altération et de construire des modèles mathématiques innovants pour prédire l’altération et ainsi proposer aux industriels des outils d’aide à la décision pour limiter l’altération des produits et donc diminuer les pertes.

Thèses et post-doctorats en coursDoctorants :•Commentévaluerlesrisquesetbénéficesliésàl’alimentation,enconsi-

dérant les composantes toxicologiques, microbiologiques et nutrition-nelles ? (co-encadrement UMR-INRA 1329 Laberca) - Géraldine Boué.

•Evaluationquantitativedesrisquesetbénéficesdesantéliésàlaprépa-ration et consommation de viande de bœuf. Approche méthodologique (co-encadrement UMR-INRA 1331 Toxalim) - Juliana De Oliveira Mota.

•EvaluationdelacapacitédesurviedeCampylobacter jejuni par l’utilisa-tion de gènes biomarqueurs de stress - Benjamin Duqué.

•Caractérisationdescommunautésbactériennesetdesgènesderésistanceaux antibiotiques dans le poisson d’élevage - Application à la maîtrise des contaminations microbiennes, environnementales, dans la filière de pro-duction de saumon fumé (co-encadrement UMR-INRA 1300 BioEpar et Anses Fougères) - Nicolas Helsens.

•Caractérisationdesgènesimpliquésdansl’expressiondupotentield’alté-ration des aliments chez Brochothrix thermosphacta - Nassima Illikoud.

•Acquisitiondedonnéesbiologiquesetdéveloppementdemodèlesstatis-tiques en vue de quantifier le risque d’altération de la viande (co-enca-drement LUBEM, UBO) - Ngoc-Du Luong.

•Caractérisationdumicrobioteenvironnementaldel’usineagro-alimen-taire (co-encadrement Biofortis Nantes) - Aurélien Maillet.

•Améliorationdelaqualitéetdelasécuritésanitairedelaviandedevo-laille par l’étude des interactions bactériennes au sein de l’écosystème afin de maîtriser les flores d’altération et les flores pathogènes, en particulier Campylobacter - Amélie Rouger.

•Améliorationde laqualitéetde la sécuritédesproduitsde lamerpar latechnologie des barrières, incluant la biopréservation. Impact sur les éco-systèmes microbiens (co-encadrement EM3B Ifremer)- Norman Wiernasz.

Post-doctorants :•ProtéinesmembranairesducomplexomedeCampylobacter jejuni -

Alizée Guérin.•Mécanismesd’interactionsentreunebactériebioprotectriceLactococcus

piscium CNCM I-4031 et la bactérie pathogène Listeria monocytogenes - Raouf Tareb.

Partenariat•National:AnsesPloufragan,UMR-Cnrs6270àRouen,UMR6026àRennes,

UMR-Inra 1319 Micalis à Jouy-en-Josas, Unité BRM - laboratoire EM3B Ifremer Nantes, LuBEM Quimper, ADRIA-Développement Quimper.

•International:ITQBàLisbonne(Portugal),VSCHTàPrague(RépubliqueTchèque), Université d’Ottawa (Canada), Université de Virginie à Charlot-teVille (Etats-Unis), Université de Gand (Belgique), Université d’Helsinki (Finlande), University College of Dublin (Irlande).

Formation - Expertise•Missionsd’expertiseàl’ANSES,laDGAL,àISLIEurope.•MembreduRFIFoodForTomorrowetco-animateurdel’axe3Sécu-

rité Sanitaire des Chaînes de Production - Transformation•Co-directiondesEcolesDoctoralesVENAM(Végétal–Environne-

ment – Nutrition – Agro-alimentaire – Mer) et EGAAL (Ecole Docto-rale Ecologie, Géosciences, Agronomie Alimentation) de l’Université Bretagne Loire

•Formationparlarecherchedanslecadredeparcoursdemastersdel’Université Nantes : master SANH (Science de l’aliment et Nutrition Humaine) et master international, totalement anglophone, IDEFI MAN-IMAL (ANR 11-0003).

•Partenaired’unIntensiveProgrammeErasmus+surlethème«Pre-dictive Modelling and Risk Assessment ».

•CatherineMagras,porteurduProgrammeMAN-IMAL, lauréatdesInitiatives D’Excellence en Formations Innovantes(IDEFI) du Grand Emprunt. Ce programme, pionnier français de formation, est basé sur le concept « One world, One health » porté par l’OMS, la FAO et l’OIE.

SECALIM - Oniris, Atlanpole - CS 40706 - F - 44307 Nantes Cedex 3Tél. : +33 (0)2 40 68 76 81 - Contact : contact-secalim@oniris-nantes.fr - Info : www.angers-nantes.inra.fr/secalim

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Dispositifs d’expérimentationL’UMR SECALIM est désormais réunie dans de nouveaux locaux sur le site de la Chantrerie à Oniris. L’unité dispose d’un laboratoire de classe L2 et d’un laboratoire de biologie moléculaire, de dispositifs pour la culture microbienne contrôlée (bioréacteurs et stations de travail à atmosphères contrôlées) et la culture cellulaire. Des travaux d’aménagement sont pré-vus en 2017 pour la réalisation de challenge-tests sur aliment dans des conditions semi-industrielles et de confinement L2.

•Biodiversité des écosystèmes microbiens•Dynamique des communautés microbiennes•Mécanismes des interactions bactériennes

•Modélisation de la croissance, la survie, l’adaptation bactérienne

•Appréciation des risques micro-biologiques encourus par le consommateur

•Approches risques - bénéfices

MESURER & INTERPRETER

les Réponses Microbiennes

CARACTERISER

& CONTROLER

les Communautés Microbiennes

EVALUER & REDUIRE

le Risque pour le Consommateur