Sécurité des Aliments et Microbiologie UMR 1014 ?· de la sécurité microbiologique des aliments…

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    12-Sep-2018

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  • Unit mixte de recherche

    UMR 1014

    SECALIM

    Scurit des Aliments et Microbiologie

    Prsentation de lunit

    La mission de SECALIM est de produire et diffuser des connaissances et des mthodes scientifiques dans le domaine de la scurit microbiologique des aliments pour rpondre aux demandes socitales de sant publique et de matrise des pertes alimentaires. Ses actions de recherche visent caractriser et matriser le risque microbien (sanitaire et altration) dans les produits carns et produits de la mer. Des mthodes molculaires, de microbiologie classique et de microbiologie prvisionnelle sont utilises pour comprendre, quantifier et modliser le comportement des microorganismes au cours de la transformation des aliments, lchelle de lcosystme microbien ou lchelle despces modles cibles, notamment Campylobacter et Brochothrix thermosphacta. Une meilleure valuation du risque microbiologique permet dapporter des solutions expertes et innovantes et dassurer la scurit microbiologique des aliments.

    Comment les environnements alimentaires de la bactrie, rencontrs au long de la chane de production, influencent

    lcologie et les risques microbiens ?

    INRA Angers-Nantes Pays de la LoireSite de la Chantrerie, Groupe 5Oniris, Atlanpole / CS 40706F - 44307 Nantes Cedex 3

    ContactTl. : +33 (0)2 40 68 76 81contact-secalim@oniris-nantes.frwww.angers-nantes.inra.fr/secalim

    DirectionMarie-France Pilet, directrice

    Quelques chiffres19 agents permanents dont 7 titulaires INRA, 12 Oniris, 10 HDR12 chercheurs et enseignants-chercheurs 6 ingnieurs dtudes et techniciens 1 administratif11 doctorants et post-doctorants

  • Thmatique de recherche

    Rponses aux modifications abiotiques (atmosphre protectrice, Hautes pressions)

    Rponses aux modifications biotiques (Bioprservation)Deux bactries modles : Brochothrix thermosphacta

    et Campylobacter jejuni

    Faits marquants 2016Force de proposition et dorganisation du groupe de travail europen portant sur lintgration des Omiques dans lvaluation du risque microbien - Jeanne Marie MembrPlusieurs membres de lunit participent une rflexion initie lchelle eu-ropenne par des experts europens en valuation quantitative du risque mi-crobien sur lintgration des donnes dites Omiques en vue damliorer lva-luation du risque microbien. Quatre questions scientifiques principales sont investigues, savoir lutilisation (i) du squenage haut dbit dans la dtec-tion des pidmies et lpidmiologie, (ii) de la mtagnomique pour lcologie microbienne des produits alimentaires au cours du process, (iii) lintgration des Omiques dans lvaluation de lexposition au risque et (vi) dans la carac-trisation du danger. Sous les auspices de lIAFP, ILSI et ICFMH, SECALIM a particip lorganisation et lanimation de symposiums (IAFP-Europe 2015 au Royaume-Uni, IAFP-Europe 2017 en Belgique et IAFP-US 2017 aux USA), dun webinar en 2017 et dun workshop intitul Next Generation Microbio-logical Risk Assessment - Integration of Omics Data into Assessment IAFP 2016 Athnes. Quatre articles scientifiques seront soumis dbut 2017 au journal international IJFM co-signs par cinq membres de SECALIM.Stratgie de communication des travaux de recherche de SECALIM auprs des professionnels de la filire viande et des services de contrle - Monique Zagorec et Catherine MagrasAu travers son expertise, lUMR SECALIM a particip plusieurs vne-ments de communication destination notamment des professionnels de la filire viande, et des services officiels de contrle :auprs de la Direction Gnrale de lAlimentation (DGAL) et des agents

    des services de contrle en abattoir, les 1-2 juin 2016. la journe Rencontre chercheur entreprise consacre la Filire par

    Cap Aliment, le ple de comptitivit Valorial, le 9 juin 2016. la journe SteaKexpert 2016 organise par Terrena les 22-23 juin 2016 la matine Clean label et naturalit : quels enjeux pour vos produits ? or-

    ganise par Cap Aliment et le Ple de comptitivit Valorial le 15 nov 2016.lors dune formation aux mthodes douces de conservation incluant la

    bioprservation organise par Cap Aliment* en octobre 2016.Portage du projet ANR REDLOSSES rduire les pertes alimentaires par la prdiction de laltration - Monique Zagorec et Sandrine GuillouCe projet implique 10 partenaires experts dans les domaines de lcologie microbienne, la bio-informatique, la modlisation, la microbiologie des ali-ments, et lconomie, avec notamment deux autres units Inra, les units MICALIS et MaIAGE, trois centres techniques, ainsi que deux partenaires industriels des filires porc et volaille. Lobjectif du projet est de rduire les pertes pour les viandes les plus consommes en France (volaille et porc) en tablissant un lien quantitatif entre la dynamique des communauts bact-riennes tout au long du procd de production, les facteurs de process (at-mosphre de conditionnement, lactate, etc.) et lapparition de phnomnes daltration. Les donnes permettront didentifier des marqueurs pertinents de laltration et de construire des modles mathmatiques innovants pour prdire laltration et ainsi proposer aux industriels des outils daide la dcision pour limiter laltration des produits et donc diminuer les pertes.

    Thses et post-doctorats en coursDoctorants :Commentvaluerlesrisquesetbnficeslislalimentation,enconsi-

    drant les composantes toxicologiques, microbiologiques et nutrition-nelles ? (co-encadrement UMR-INRA 1329 Laberca) - Graldine Bou.

    Evaluationquantitativedesrisquesetbnficesdesantlislaprpa-ration et consommation de viande de buf. Approche mthodologique (co-encadrement UMR-INRA 1331 Toxalim) - Juliana De Oliveira Mota.

    EvaluationdelacapacitdesurviedeCampylobacter jejuni par lutilisa-tion de gnes biomarqueurs de stress - Benjamin Duqu.

    Caractrisationdescommunautsbactriennesetdesgnesdersistanceaux antibiotiques dans le poisson dlevage - Application la matrise des contaminations microbiennes, environnementales, dans la filire de pro-duction de saumon fum (co-encadrement UMR-INRA 1300 BioEpar et Anses Fougres) - Nicolas Helsens.

    Caractrisationdesgnesimpliqusdanslexpressiondupotentieldalt-ration des aliments chez Brochothrix thermosphacta - Nassima Illikoud.

    Acquisitiondedonnesbiologiquesetdveloppementdemodlesstatis-tiques en vue de quantifier le risque daltration de la viande (co-enca-drement LUBEM, UBO) - Ngoc-Du Luong.

    Caractrisationdumicrobioteenvironnementaldelusineagro-alimen-taire (co-encadrement Biofortis Nantes) - Aurlien Maillet.

    Amliorationdelaqualitetdelascuritsanitairedelaviandedevo-laille par ltude des interactions bactriennes au sein de lcosystme afin de matriser les flores daltration et les flores pathognes, en particulier Campylobacter - Amlie Rouger.

    Amliorationde laqualitetde la scuritdesproduitsde lamerpar latechnologie des barrires, incluant la bioprservation. Impact sur les co-systmes microbiens (co-encadrement EM3B Ifremer)- Norman Wiernasz.

    Post-doctorants :ProtinesmembranairesducomplexomedeCampylobacter jejuni -

    Alize Gurin.McanismesdinteractionsentreunebactriebioprotectriceLactococcus

    piscium CNCM I-4031 et la bactrie pathogne Listeria monocytogenes - Raouf Tareb.

    PartenariatNational:AnsesPloufragan,UMR-Cnrs6270Rouen,UMR6026Rennes,

    UMR-Inra 1319 Micalis Jouy-en-Josas, Unit BRM - laboratoire EM3B Ifremer Nantes, LuBEM Quimper, ADRIA-Dveloppement Quimper.

    International:ITQBLisbonne(Portugal),VSCHTPrague(RpubliqueTchque), Universit dOttawa (Canada), Universit de Virginie Charlot-teVille (Etats-Unis), Universit de Gand (Belgique), Universit dHelsinki (Finlande), University College of Dublin (Irlande).

    Formation - ExpertiseMissionsdexpertiselANSES,laDGAL,ISLIEurope.MembreduRFIFoodForTomorrowetco-animateurdelaxe3Scu-

    rit Sanitaire des Chanes de Production - TransformationCo-directiondesEcolesDoctoralesVENAM(VgtalEnvironne-

    ment Nutrition Agro-alimentaire Mer) et EGAAL (Ecole Docto-rale Ecologie, Gosciences, Agronomie Alimentation) de lUniversit Bretagne Loire

    FormationparlarecherchedanslecadredeparcoursdemastersdelUniversit Nantes : master SANH (Science de laliment et Nutrition Humaine) et master international, totalement anglophone, IDEFI MAN-IMAL (ANR 11-0003).

    PartenairedunIntensiveProgrammeErasmus+surlethmePre-dictive Modelling and Risk Assessment .

    CatherineMagras,porteurduProgrammeMAN-IMAL, lauratdesInitiatives DExcellence en Formations Innovantes(IDEFI) du Grand Emprunt. Ce programme, pionnier franais de formation, est bas sur le concept One world, One health port par lOMS, la FAO et lOIE.

    SECALIM - Oniris, Atlanpole - CS 40706 - F - 44307 Nantes Cedex 3Tl. : +33 (0)2 40 68 76 81 - Contact : contact-secalim@oniris-nantes.fr - Info : www.angers-nantes.inra.fr/secalim

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    INRA

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    Dispositifs dexprimentationLUMR SECALIM est dsormais runie dans de nouveaux locaux sur le site de la Chantrerie Oniris. Lunit dispose dun laboratoire de classe L2 et dun laboratoire de biologie molculaire, de dispositifs pour la culture microbienne contrle (bioracteurs et stations de travail atmosphres contrles) et la culture cellulaire. Des travaux damnagement sont pr-vus en 2017 pour la ralisation de challenge-tests sur aliment dans des conditions semi-industrielles et de confinement L2.

    Biodiversit des cosystmes microbiensDynamique des communauts microbiennesMcanismes des interactions bactriennes

    Modlisation de la croissance, la survie, ladaptation bactrienne

    Apprciation des risques micro-biologiques encourus par le consommateur

    Approches risques - bnfices

    MESURER & INTERPRETER

    les Rponses Microbiennes

    CARACTERISER

    & CONTROLER

    les Communauts Microbiennes

    EVALUER & REDUIRE

    le Risque pour le Consommateur

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