Numero de acceso: BC083511.1

Codifica para: ARNm gliceraldehído-3-fosfato deshidrogenasaORGANISMO Homo sapiens

No mispriming library specifiedUsing 1-based sequence positionsOLIGO start len tm gc% any 3' seq LEFT PRIMER 72 20 59.97 50.00 3.00 0.00 gagtcaacggatttggtcgtRIGHT PRIMER 309 20 60.01 45.00 4.00 2.00 ttgattttggagggatctcgSEQUENCE SIZE: 1290INCLUDED REGION SIZE: 1290

PRODUCT SIZE: 238, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00

1 gtcagccgcatcttcttttgcgtcgccagccgagccacatcgctcagacaccatggggaa

61 ggtgaaggtcggagtcaacggatttggtcgtattgggcgcctggtcaccagggctgcttt >>>>>>>>>>>>>>>>>>>> forward

121 taactctggtaaagtggatattgttgccatcaatgaccccttcattgacctcaactacat

181 ggtttacatgttccaatatgattccacccatggcaaattccatggcaccgtcaaggctga

241 gaacgggaagcttgtcatcaatggaaatcccatcaccatcttccaggagcgagatccctc <<<<<<<<<<<

301 caaaatcaag tggggcgatgctggcgctgagtacgtcgtggagtccactggcgtcttcac <<<<<<<<<reverse

361 caccatggagaaggctggggctcatttgcaggggggagccaaaagggtcatcatctctgc

421 cccctctgctgatgcccccatgttcgtcatgggtgtgaaccatgagaagtatgacaacag

481 cctcaagatcatcagcaatgcctcctgcaccaccaactgcttagcacccctggccaaggt

541 catccatgacaactttggtatcgtggaaggactcatgaccacagtccatgccatcactgc

601 cacccagaagactgtggatggcccctccgggaaactgtggcgtgatggccgcggggctct

661 ccagaacatcatccctgcctctactggcgctgccaaggctgtgggcaaggtcatccctga

721 gctgaacgggaagctcactggcatggccttccgtgtccccactgccaacgtgtcagtggt

781 ggacctgacctgccgtctagaaaaacctgccaaatatgatgacatcaagaaggtggtgaa

841 gcaggcgtcggagggccccctcaagggcatcctgggctacactgagcaccaggtggtctc

901 ctctgacttcaacagcgacacccactcctccacctttgacgctggggctggcattgccct

961 caacgaccactttgtcaagctcatttcctggtatgacaacgaatttggctacagcaacag

1021 ggtggtggacctcatggcccacatggcctccaaggagtaagacccctggaccaccagccc

1081 cagcaagagcacaagaggaagagagagaccctcactgctggggagtccctgccacactca

1141 gtcccccaccacactgaatctcccctcctcacagttgccatgtagaccccttgaagaggg

1201 gaggggcctagggagccgcaccttgtcatgtaccatcaataaagtaccctgtgctcaacc

1261 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa

KEYS (in order of precedence):>>>>>> left primer<<<<<< right primer

ADDITIONAL OLIGOS start len tm gc% any 3' seq

1 LEFT PRIMER 964 20 60.02 50.00 5.00 1.00 cgaccactttgtcaagctca RIGHT PRIMER 1191 20 59.99 55.00 4.00 2.00 aggggtctacatggcaactg PRODUCT SIZE: 228, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00

2 LEFT PRIMER 72 20 59.97 50.00 3.00 0.00 gagtcaacggatttggtcgt RIGHT PRIMER 256 20 59.99 55.00 6.00 3.00 gacaagcttcccgttctcag PRODUCT SIZE: 185, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00

3 LEFT PRIMER 964 20 60.02 50.00 5.00 1.00 cgaccactttgtcaagctca RIGHT PRIMER 1166 20 59.96 55.00 3.00 0.00 aggggagattcagtgtggtg PRODUCT SIZE: 203, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00

4 LEFT PRIMER 964 20 60.02 50.00 5.00 1.00 cgaccactttgtcaagctca

RIGHT PRIMER 1201 20 59.93 60.00 7.00 2.00 cccctcttcaaggggtctac PRODUCT SIZE: 238, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 0.00

Statistics con too in in no tm tm high high high sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab okLeft 9865 0 0 0 19 0 1292 6543 0 4 22 226 1759Right 9961 0 0 0 167 0 1412 6379 0 1 32 204 1766Pair Stats:considered 135, unacceptable product size 125, ok 10primer3 release 1.1.4

Secuencias de aminoácidos obtenidas:

Traducir Tool - Resultados de la traducción

5'3' Frame 1V S R I F F C V A S R A T S L R H H G E G E G R S Q R I W S Y W A P G H Q G C F Stop L W Stop S G Y C C H Q Stop P L H Stop P Q L H G L H V P I Stop F H P W Q I P W H R Q G Stop E R E A C H Q W K S H H H L P G A R S L Q N Q V G R C W R Stop V R R G V H W R L H H H G E G W G S F A G G S Q K G H H L C P L C Stop C P H V R H G C E P Stop E V Stop Q Q P Q D H Q Q C L L H H Q L L S T P G Q G H P Stop Q L W Y R G R T H D H S P C H H C H P E D C G W P L R E T V A Stop W P R G S P E H H P C L Y W R C Q G C G Q G H P Stop A E R E A H W H G L P C P H C Q R V S G G P D L P S R K T C Q I Stop Stop H Q E G G E A G V G G P P Q G H P G L H Stop A P G G L L Stop L Q Q R H P L L H L Stop R W G W H C P Q R P L C Q A H F L V Stop Q R I W L Q Q Q G G G P H G P H G L Q G V R P L D H Q P Q Q E H K R K R E T L T A G E S L P H S V P H H T E S P L L T V A Met Stop T P Stop R G E G P R E P H L V Met Y H Q Stop S T L C S T K K K K K K K K K K

5'3' Frame 2S A A S S F A S P A E P H R S D T Met G K V K V G V N G F G R I G R L V T R A A F N S G K V D I V A I N D P F I D L N Y Met V Y Met F Q Y D S T H G K F H G T V K A E N G K L V I N G N P I T I F Q E R D P S K I K W G D A G A E Y V V E S T G V F T T Met E K A G A H L Q G G A K R V I I S A P S A D A P Met F V Met G V N H E K Y D N S L K I I S N A S C T T N C L A P L A K V I H D N F G I V E G L Met T T V H A I T A T Q K T V D G P S G K L W R D G R G A L Q N I I P A S T G A A K A V G K V I P E L N G K L T G Met A F R V P T A N V S V V D L T C R L E K P A K Y D D I K K V V K Q A S E G P L K G I L G Y T E H Q V V S S D

F N S D T H S S T F D A G A G I A L N D H F V K L I S W Y D N E F G Y S N R V V D L Met A H Met A S K E Stop D P W T T S P S K S T R G R E R P S L L G S P C H T Q S P T T L N L P S S Q L P C R P L E E G R G L G S R T L S C T I N K V P C A Q P K K K K K K K K K

5'3' Frame 3Q P H L L L R R Q P S H I A Q T P W G R Stop R S E S T D L V V L G A W S P G L L L T L V K W I L L P S Met T P S L T S T T W F T C S N Met I P P Met A N S Met A P S R L R T G S L S S Met E I P S P S S R S E I P P K S S G A Met L A L S T S W S P L A S S P P W R R L G L I C R G E P K G S S S L P P L L Met P P C S S W V Stop T Met R S Met T T A S R S S A Met P P A P P T A Stop H P W P R S S Met T T L V S W K D S Stop P Q S Met P S L P P R R L W Met A P P G N C G V Met A A G L S R T S S L P L L A L P R L W A R S S L S Stop T G S S L A W P S V S P L P T C Q W W TStop P A V Stop K N L P N Met Met T S R R W Stop S R R R R A P S R A S W A T L S T R W S P L T S T A T P T P P P L T L G L A L P S T T T L S S S F P G Met T T N L A T A T G W W T S W P T W P P R S K T P G P P A P A R A Q E E E R D P H C W G V P A T L S P P P H Stop I S P P H S C H V D P L K R G G A Stop G A A P C H V P S I K Y P V L N Q K K K K K K K K K

3'5' Frame 1F F F F F F F F F F G Stop A Q G T L L Met V H D K V R L P R P L P S S R G L H G N C E E G R F S V V G D Stop V W Q G L P S S E G L S L P L V L L L G L V V Q G S Y S L E A Met W A Met R S T T L L L Stop P N S L S Y Q E Met S L T K W S L R A Met P A P A S K V E E W V S L L K S E E T T W C S V Stop P R Met P L R G P S D A C F T T F L Met S S Y L A G F S R R Q V R S T T D T L A V G T R K A Met P V S F P F S S G Met T L P T A L A A P V E A G Met Met F W R A P R P S R H S F P E G P S T V F W V A V Met A W T V V Met S P S T I P K L S W Met T L A R G A K Q L V V Q E A L L Met I L R L L S Y F S W F T P Met T N Met G A S A E G A E Met Met T L L A P P C K Stop A P A F S Met V V K T P V D S T T Y S A P A S P H L I L E G S R S W K Met V Met G F P L Met T S F P F S A L T V P W N L P W V E S Y W N Met Stop T Met Stop L R S Met K G S L Met A T I S T L P E L K A A L V T R R P I R P N P L T P T F T F P Met V S E R C G S A G D A K E D A A D3'5' Frame 2F F F F F F F F F L V E H R V L Y Stop W Y Met T R C G S L G P S P L Q G V Y Met A T V R R G D S V W W G T E C G R D S P A V R V S L F L L C S C W G W W S R G L T P W R P C G P Stop G P P P C C C S Q I R C H T R K Stop A Stop Q S G R Stop G Q C Q P Q R Q R W R S G C R C Stop S Q R R P P G A Q C S P G C P Stop G G P P T P A S P P S Stop C H H I W Q V F L D G R S G P P L T R W Q W G H G R P C Q Stop A S R S A Q G Stop P C P Q P W Q R Q Stop R Q G Stop C S G E P R G H H A T V S R R G H P Q S S G W Q Stop W H G L W S Stop V L P R Y Q S C H G Stop P W P G V L S S W W C R R H C Stop Stop S Stop G C C H T S H G S H P Stop R T W G H Q Q R G Q R Stop Stop P F W L P P A N E P Q P S P W W Stop R R Q W T P R R T Q R Q H R P T Stop F W R D L A P G R W Stop W D F H Stop Stop Q A S R S Q P Stop R C H G I C H G W N H I G T C K P C S Stop G Q Stop R G H Stop W Q

Q Y P L Y Q S Stop K Q P W Stop P G A Q Y D Q I R StopL R P S P S P W C L S D V A R L A T Q K K Met R L3'5' Frame 3F F F F F F F F F W L S T G Y F I D G T Stop Q G A A P Stop A P P L F K G S T W Q L Stop G G E I Q C G G G L S V A G T P Q Q Stop G S L S S S C A L A G A G G P G V L L L G G H V G H E V H H P V A V A K F V V I P G N E L D K V V V E G N A S P S V K G G G V G V A V E V R G D H L V L S V A Q D A L E G A L R R L L H H L L D V I I F G R F F Stop T A G Q V H H Stop H V G S G D T E G H A S E L P V Q L R D D L A H S L G S A S R G R D D V L E S P A A I T P Q F P G G A I H S L L G G S D G Met D C G H E S F H D T K V V Met D D L G Q G C Stop A V G G A G G I A D D L E A V V I L L Met V H T H D E H G G I S R G G R D D D P F G S P L Q Met S P S L L H G G E D A S G L H D V L S A S I A P L D F G G I S L L E D G D G I S I D D K L P V L S L D G A Met E F A Met G G I I L E H V N H V V E V N E G V I D G N N I H F T R V K S S P G D Q A P N T T K S V D S D L H L P H G V Stop A Met W L G W R R K R R C G Stop

Para obtener las secuencias alineadas busque un programa que me tradujera cada secuencia que previamente obtuve en el formato Fasta de http://web.expasy.org/cgi-bin/translate/dna_aa de cada secuencia de aminoácidos. Marcados anteriormente con rojo.

Tomando los criterios sugeridos en la pagina http://prosite.expasy.org/cgi-bin/prosite/ScanView.cgi?scanfile=379635822795.scan.gz seleccione el fragmento 2 siguiente ya que contenía mi gen de interés.

5'3' Frame 2S A A S S F A S P A E P H R S D T Met G K V K V G V N G F G R I G R L V T R A A F N S G K V D I V A I N D P F I D L N Y Met V Y Met F Q Y D S T H G K F H G T V K A E N G K L V I N G N P I T I F Q E R D P S K I K W G D A G A E Y V V E S T G V F T T Met E K A G A H L Q G G A K R V I I S A P S A D A P Met F V Met G V N H E K Y D N S L K I I S N A S C T T N C L A P L A K V I H D N F G I V E G L Met T T V H A I T A T Q K T V D G P S G K L W R D G R G A L Q N I I P A S T G A A K A V G K V I P E L N G K L T G Met A F R V P T A N V S V V D L T C R L E K P A K Y D D I K K V V K Q A S E G P L K G I L G Y T E H Q V V S S D F N S D T H S S T F D A G A G I A L N D H F V K L I S W Y D N E F G Y S N R V V D L Met A H Met A S K E Stop D P W T T S P S K S T R G R E R P S L L G S P C H T Q S P T T L N L P S S Q L P C R P L E E G R G L G S R T L S C T I N K V P C A Q P K K K K K K K K K

Para ver formación de la proteína: pegue la secuencia necesaria para el fragmento en la página :http://www2.uah.es/bioquimica/f-bmig/transcr-trad/inicio.htm de esta manera me dio la proteína y en DNA

ORF correcto:MGVNHEKYDNSLKIISNASCTTNCLAPLAKVIHDNFGIVEGLMTTVHAITATQKTVDGPSGKLWRDGRGALQNIIPASTGAAKAVGKVIPELNGKLTGMAFRVPTANVSVVDLTCRLEKPAKYDDIKKVVKQASEGPLKGILGYTEHQVVSSDFNSDTHSSTFDAGAGIALNDHFVKLISWYDNEFGYSNRVVDLMAHMASKE

Una vez generada para ver la alineación entre a la dirección http://web.expasy.org/blast/?VIRT26220 y pegue en formato anterior; Donde me mostro la gráfica de alineamientos:

Seleccione una de las más probables.Seleccione la número 89 por sus características.

El modelo molecular: de la proteina de interes.

Deshidrogenasa gliceraldehído-3-fosfato (GAPDH) es una enzima implicada en vías centrales del metabolismo de carbono. La forma más común de GAPDH es el NAD + enzima dependiente que se encuentra en todos los organismos en lo que va de estudios situados en el citoplasma. Esta enzima juega un papel en la ruta de Embden-Meyerhoff no sólo en la glucólisis, sino también en la gluconeogénesis. NADP + GAPDH dependiente, que se encuentra en el estroma del cloroplasto y el citoplasma de cianobacterias, está involucrado en fotosintética CO 2 asimilación. La deshidrogenasa no fosforilar gliceraldehído-3-fosfato está codificada por el gen nuclear GAPN y es ubicuo entre los eucariotas fotosintéticos. Mientras que la enzima se cree que metabolizar triosas exportados desde el cloroplasto, su función precisa queda por establecer. Lo hace, sin embargo, catalizar la oxidación de gliceraldehído-3-fosfato (G3P) para 3-fosfoglicerato (3-PGA) con la reducción de NADP + a NADPH. No se requiere un fosfato inorgánico y la reacción es irreversible en condiciones fisiológicas. Esto está en contraste con la reversibilidad de NAD + - y NADP + reacciones dependientes de la fosforilación de GAPDH, que requieren fosfato inorgánico para oxidar G3P en ácido diphosphoglyceric.Las secuencias de aminoácidos de GAPDHN se alinean bien con los de aldehído deshidrogenasas (ALDH), demostrando que son miembros de la gran superfamilia ALDH, compartiendo una identidad de aminoácidos de un 20-30%. Por lo tanto, GAPDHN difieren claramente de fosforilantes GAPDH tanto en la estructura primaria y la masa molecular

Peso molecular de la proteina traucida:

De acuerdo a la siguiente direccion http://lab314.com/genmol/unaletraproteina.htm la cual utilize para el calulo de peso y tamaño:La secuencia de MGVNHEKYDNSLKIISNASCTTNCLAPLAKVIHDNFGIVEGLMTTVHAITATQKTVDGPSGKLWRDGRGALQNIIPASTGAAKAVGKVIPELNGKLTGMAFRVPTANVSVVDLTCRLEKPAKYDDIKKVVKQASEGPLKGILGYTEHQVVSSDFNSDTHSSTFDAGAGIALNDHFVKLISWYDNEFGYSNRVVDLMAHMASKE

tiene un Peso Molecular de 21820 daltons, y una longitud de 203 nucleotidos.