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Bacille de Koch 1882Bacille de Koch 1882
Bacille acido-alcoolo-résistantBacille acido-alcoolo-résistant
Croissance lenteCroissance lente
Diagnostic bactériologique:Diagnostic bactériologique:
70% des tuberculoses 70% des tuberculoses
Auramine O
Ziehl-NeelsenZiehl-Neelsen
X X 10001000
X400X400
Sensibilité Temps de lecture (2 (2 min)min)
artefact
Microscope Fluorescence ou Microscope Fluorescence ou LEDLED
Tuberculoses pulmonaires (M+)Tuberculoses pulmonaires (M+)Adulte 60 - 80%Enfant < 20%HIV 40 - 50%
Tuberculoses extra-pulmonairesTuberculoses extra-pulmonairesM+ 10 - 40%
Non spécifique: BAAR Peu sensible : 5.103 à 104 BAAR/ml
Milieu solideMilieu solide
3 à 6 sem.
Identification Identification biochimiquebiochimique
3 sem.3 sem.
AntibiogrammAntibiogrammee
3 à 4 sem.3 à 4 sem.
PrélèvementFluidification - Fluidification -
DécontaminationDécontamination
Culot de centrifugation
Délai de 4 à 12 semaines
Milieu solideMilieu solide
3 à 6 sem.
Identification Identification biochimiquebiochimique
3 sem.3 sem.
AntibiogrammAntibiogrammee
3 à 4 sem.3 à 4 sem.
PrélèvementFluidification - Fluidification -
DécontaminationDécontamination
Culot de centrifugation Amplification Amplification géniquegénique
Réponse rapide Réponse rapide (24h) Bonne spécificité (95 – 100%)
Manque de sensibilitéManque de sensibilité (M-) Faux négatif (inhibiteur, faible volume d’échantillonfaible volume d’échantillon)
Faux positifFaux positif Contamination croisée
Nbre Nbre d’études d’études inclusesincluses
Type de Type de tuberculosetuberculose
Sensibilité Sensibilité (%)(%)
SpécificitéSpécificité(%)(%)
Sarmiento et al 2003
50 Pulmonaires(M-)
9 -100 25 -100
Piersimoni and Scarparo, 2003
>50 Pulmonaires et extraPulm
27-100 91-100
Pai, 2003 49 Méningite 0-100 0-100
Pai, 2004 40 Pleurésie 20-100 53-60
AmplicorAmplicor™ Cobas Roche (PCR)AMTDTAMTDT ™ Gen-Probe Amplification-transcript° (TMA)LCx -MTB™ Abbott Amplification-ligation (LCR)
RecommandationsRecommandations actuellesactuelles Ne remplace pas le diagnostic traditionnelNe remplace pas le diagnostic traditionnel Toujours associée à la cultureToujours associée à la culture Analyse critiqueAnalyse critique
Un résultat négatif n’exclut pas le diagnostic de Un résultat négatif n’exclut pas le diagnostic de tuberculosetuberculose
Un résultat positif doit être confronté à la cliniqueUn résultat positif doit être confronté à la clinique Utilisation préférentielle sur les prélèvements M+Utilisation préférentielle sur les prélèvements M+
traitement orienté et levée d’isolementtraitement orienté et levée d’isolement Ne pas utiliser pour le suivi du traitementNe pas utiliser pour le suivi du traitement
ATS, recommandations 1997
Quantitative nested RT, Quantitative nested RT, Applied BiosytemsApplied Biosytems
Takahashi et al JCM, 2008
•XpertXpert™™ MTB , Cepheid MTB , CepheidPCR Multiplex (MTB et PCR Multiplex (MTB et rporpoBB S et S et mutants)mutants)M+ M+ (Se : 100%) (Se : 100%) M-C+ M-C+ (Se :70%) Spe (Se :70%) Spe 96%96%Inactivation /cartouche unitaire (90 Inactivation /cartouche unitaire (90 min)min)ECCMID 2008, Jones et alECCMID 2008, Jones et al
Milieu solideMilieu solide
3 à 6 sem.
Identification Identification biochimiquebiochimique
3 sem.3 sem.
AntibiogrammAntibiogrammee
3 à 4 sem.3 à 4 sem.
PrélèvementFluidification - Fluidification -
DécontaminationDécontamination
Culot de centrifugation
Milieux Milieux liquidesliquides
RespirométrieRespirométrie
1 à 4 sem.
VisualisatiVisualisation des on des
coloniescolonies
Bact/Alert™ pH
MGIT™960MGIT™960 O2 O2 fluo fluo
Respirométrie non Respirométrie non radiométriqueradiométrique
Milieux liquidesMilieux liquides
Lecture hebdomadaire Lecture index de croissance
METHODES M+ (Jour) M- (Jour) M+ et M- (J)
Bactec MGIT 960 1111 16.116.1 12.712.7
L.Jensen 21.421.4 26.726.7 22.822.8
Coletsos 21.321.3 26.826.8 22.722.7
Middelb. 7H11 10.410.4 20.720.7 1313
L.J+Colet+7H11 12.212.2 23.323.3 15.5
L.J4 tubes 4 tubes = 2,6 €= 2,6 €
30j20j
ID+ ATB 20j
10j
ID + ATB 50j 60j
24j
15j
Liquide +Automate
Microscopie + Microscopie -
Culture
1 tube 1 tube = 4,5 € = 4,5 €
Milieu solideMilieu solide
3 à 6 sem.
Identification Identification biochimiquebiochimique
3 sem.3 sem.
AntibiogrammAntibiogrammee
3 à 4 sem.3 à 4 sem.
PrélèvementFluidification - Fluidification -
DécontaminationDécontamination
Culot de centrifugation
Milieux Milieux liquidesliquides
RespirométrieRespirométrie
1 à 4 sem.
IdentificationPar Sondes
2 H
Identification par PCR
8 H
M+M+Identification
par PCR8 H
• sans PCR, sondes d’hybridation pour culturesans PCR, sondes d’hybridation pour culture
•Accuprobe® (Gen-Probe) Accuprobe® (Gen-Probe) : ARN ribosomal
M.Tb complex, MAC, M.kansasii, M.gordonae
• avecavec PCR, sur prélèvement M+ et sur culturePCR, sur prélèvement M+ et sur culture
•INNO-LiPAINNO-LiPA™™ Mycobacteria Mycobacteria (Innogenetics) :
spacer 16s-23s : 16 espèces (dont Mtb complex)
•Genotype™ CM/AS Genotype™ CM/AS (Hain Lifescience) :
23s gene : 31 espèces (dont Mtb complex)
•GenotypeGenotype ™ ™ MTBC MTBC (Hain Lifescience), multiplex
PCR:
23s, RD1, gyrB : différentiation Mtb complex
Conj. Control-MYC-MTBMTB--
MKA-1-MKA-2-MKA-3-
MXEMXE-MGOMGO-MAIS-MAV-MIN-MSC-
MCH-1MCH-1-MCH-2MCH-2-MCH-3-MCH-3-
1. 1. M. tuberculosisM. tuberculosis 2. 2. M. kansasiiM. kansasii (I) (I) 3. 3. M. kansasiiM. kansasii (II) (II) 4. 4. M. kansasiiM. kansasii (III-V) (III-V) 5. 5. M. xenopiM. xenopi 6. 6. M. gordonaeM. gordonae 7. 7. M. aviumM. avium 8. 8. M. intracellulareM. intracellulare 9. 9. M. scrofulaceumM. scrofulaceum10. 10. MAISMAIS11. 11. M. chelonaeM. chelonae (I-IV) (I-IV)12. 12. M. chelonaeM. chelonae (III) (III)13. 13. M. chelonaeM. chelonae (I) (I)14. 14. Pas de Pas de MycobacteriumMycobacterium
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14
Milieu solideMilieu solide
3 à 6 sem.
Identification Identification biochimiquebiochimique
3 sem.3 sem.
AntibiogrammAntibiogrammee
3 à 4 sem.3 à 4 sem.
PrélèvementFluidification - Fluidification -
DécontaminationDécontamination
Culot de centrifugation
Milieux Milieux liquidesliquides
1 à 4 sem.
AntibiogrammAntibiogrammee
liquideliquide2 sem.2 sem.
M+M+Détermination par PCR de la
résistance RMP et INH
8 H
Détermination Détermination de la de la
résistance par résistance par PCRPCR
MODSCulture +
ATBgramme
MMicroscopic icroscopic OObservation bservation DDrug rug SSusceptibility usceptibility (MODS)(MODS) 12 puits/échantillon dont 8 puits antibiotiques12 puits/échantillon dont 8 puits antibiotiques
Sachet fermé Étuve CO2Sachet fermé Étuve CO2 Examen microscopique journalierExamen microscopique journalier
microscope à inversion de phasemicroscope à inversion de phase Sensibilité de la culture, délai médian Sensibilité de la culture, délai médian = 7 jours= 7 jours Concordance 100% RMP et 97%INHConcordance 100% RMP et 97%INH
Moore D. et al NEJM 2006, Shiferaw et al JCM 2007Caws et al, PloS ONE 2007,
NRA Nitrate reduction assayNRA Nitrate reduction assay Culture en milieu solide + Antibiogramme / Culture en milieu solide + Antibiogramme /
colorimétriquecolorimétrique
Musa et al JCM 2005 Détection de la résistance à la rifampicineDétection de la résistance à la rifampicine
Culture en milieu liquide Sel de tétrazoliumCulture en milieu liquide Sel de tétrazolium
Abate et al JCM 2004
PCR Multiplex, prélèvement M+ et PCR Multiplex, prélèvement M+ et
cultureculture
•INNO-LiPAINNO-LiPA™™ Rif TB Rif TB (Innogenetics) : Rifampicine
Rifampicine : Gène rpoB + Mtb complex
•MTBDR™ MTBDR™ (Hain Lifescience) : Rifampicine +
Isoniazide
Gène rpoB et gène katG + Mtb complex
•MTBDR plusMTBDR plus ™ ™ (Hain Lifescience), multiplex PCR:
Gène rpoB et gène katG + gène inhA + Mtb
complex•Line Probe Assay (PCR) : Line Probe Assay (PCR) : fluoroquinolonesGène gyrAGiannoni et al AAC 2005
505 516516 526526 531531
WT1WT6
WT5WT4
WT3WT2
WT7 WT8
rpoB MUT1 (D516V)
rpoB MUT2A (H526Y)rpoB MUT2B (H526D)
rpoB MUT3 (S531L)
Wild typerpoB
WT katGinhA
MutantMutantss
MutantMutantss
MutantMutantss
OrigineOrigine RMPRMPRR
INHINHRR
INH INH basbas
niveauniveau
INH INH haut haut
niveauniveau
Causse et al Int J Tuberc lung Dis 2008
18 M+/41 souches
100%100%(36)(36)
94,6%94,6%(37)(37)
NA NA
Hilleman et al JCM 2007
72 M+/125 souches
98,7%98,7%(106)(106)
91%91%(116)(116)
NA NA
Lacoma et al JCM 2008
65 éch/62 souches
98,3%98,3%(51)(51)
79%79% 63%63%(27)(27)
86%86%(21)(21)
Des tests rapides pour la tuberculose a Des tests rapides pour la tuberculose a bacilles résistants vont être disponibles bacilles résistants vont être disponibles dans les pays en développementdans les pays en développement
Azerbaïdjan, Bangladesh, Côte d'Ivoire, Ethiopie, Géorgie, Indonésie, Kazakhstan, Kirghizistan, Lesotho, Moldova, Myanmar, Ouzbékistan, République démocratique du Congo, Tadjikistan, Ukraine et Viet Nam.