Danis_CIBIM

Réseaux d’information sur la biodiversité

#biodiversityaq

Les projets SCAR-MarBIN et ANTABIF

Bruno Danis

Monday 27 February 12

http://www.slideshare.net/scarmarbin

http://www.slideshare.net/scarmarbin

Menu du jour

• le contexte• les réseaux d’information• les fonctionnalités• les carottes• un exemple d’application• les perspectives


Contexte


le Traité Antarctique

« In order to promote international cooperation in scientific investigation in Antarctica, […],

Scientific observations and results from Antarctica shall be exchanged and made freely available. »


• Haute adaptation à un environnement extrême

• Haut niveau d’endémisme (>50% des espèces)

• Essentiellement marine (78% vivent sur le fond)

• >8000 espèces connues. Estimations: autour de 20.000

• Sous-étudiée (surtout les zones abyssales)

• Probablement très sensible aux changements climatiques

• Besoin de systèmes d’information performants et dédiés

Biodiversité Antarctique


Conservation et utilisation soutenable

de la biodiversité

Développement de politiques et prises de

décision

Monitoring de l’état et des variations de la

biodiversité

Données sur la biodiversité

Importance des donnéesoriginal slide: Vishwas Chavan


Un enregistrement digital détaillant l’instance d’un organisme: “quoi, où, quand, comment, par qui?” concernant une occurence

Les données primaires sur la biodiversité

original slide: Vishwas Chavan


• Prédire les effets des changements climatiques

• Analyser et prédire la dispersion des maladies sur les humains, les cultures, ...

• Choix de nouvelles zones protégées

• Suivi des espèces invasives et prédiction des voies d’invasion

• Informer les preneurs de décision

• Fournir des données aux communautés scientifiques

Applicationsoriginal slide: Vishwas Chavan


Les réseaux d’information

image: Anja Jentzsch


http://commons.wikimedia.org/w/index.php?title=User:Anjeve&action=edit&redlink=1

SCAR-MarBIN et ANTABIF

• SCAR Marine Biodiversity Information Network

• Antarctic Biodiversity Information Facility

• Financement: BELSPO.be + Sources internationales

• Scientific Committee on Antarctic Research (SCAR)

• International Polar Year 2007/08 (IPY)

• Census of Antarctic Marine Life (CAML)


Notre vision:Les données sont Ouvertes, Liées, Utiles, et Sauvegardées

Copyright: © Christian Morel

original slide: Mark Parsons


Les données sont Ouvertes

La philosophie pratique de l'open data préconise une libre disponibilité pour tous et chacun, sans restriction de copyright, brevets ou d'autres mécanismes de contrôle.—Wikipedia



http://fr.wikipedia.org/wiki/Philosophie

http://fr.wikipedia.org/wiki/Philosophie

http://fr.wikipedia.org/wiki/Pratique

http://fr.wikipedia.org/wiki/Pratique

http://fr.wikipedia.org/wiki/Copyright

http://fr.wikipedia.org/wiki/Copyright

http://fr.wikipedia.org/wiki/Brevet

http://fr.wikipedia.org/wiki/Brevet

Les données sont Liées

Une methode pour exposer, partager, et la connexion de données via des URI (identifiant uniforme de ressource) dereferenceable sur le Web.—Wikipedia



Les données sont Utiles


Documentées, et utilisable dans un certain contexte d’analyse


Les données sont Interopérables


La standardisation des données et des métadonnées permet aux systèmes d’échanger de l’information, de manière optimale


Les données sont Sauvegardées

A l’abri des hackers, de l’obsolescence, de changements non documentés, de la perte, et des ravages du temps.



Philosophie

• Construire un écosystème électronique

• Offrir un accès ouvert aux données et à la technologie

• Exposer les données et metadonnées, dans de multiples contextes

• Rester à l’écoute de la communauté

• Adopter une forte standardisation

• Supporter la science et les processus de conservation


Web2.0Web participatif, social et intelligence collective

Markus Angermeier


http://fr.wikipedia.org/wiki/Web_social

http://fr.wikipedia.org/wiki/Web_social

http://fr.wikipedia.org/wiki/Intelligence_collective

http://fr.wikipedia.org/wiki/Intelligence_collective

Les portails de données

• En ligne depuis Oct 2005

• accès ouvert

• 953,000 visiteurs

• 8,700,000 hits

• 60,000,000 dld records

• Citations: 183








Taxonomie• Le premier RAMS

• Panel de 60+ éditeurs

• WoRMS, CoL and EoL

• 17,098 taxa (RAMS)

• RAS en construction

• 24,248 taxa (RAS)




Biogéographie• 7M entrées

• 7.200 datasets

• 5,235 taxa

• OBIS, GBIF

• Téléchargeable

• WebGIS

• WebservicesMonday 27 February 12

Architecture & Fonctionnalités


• organisé en sous-domaines: “.aq” = Antarctica• www.biodiversity.aq• data.biodiversity.aq• ipt.biodiversity.aq• afg.biodiversity.aq• atlas.biodiversity.aq

biodiversity.aq


http://www.antabif.be


• site généraliste• news• contact• sponsors• gouvernance• flux RSS: blog, PIC, photostream, slideshare,

Mendeley

www. biodiversity.aq




www.biodiversity.aq




data. biodiversity.aq• trouver les données et les métadonnées• visualiser les occurrences sur une carte

interactive• accéder aux données taxonomiques• télécharger les données• accéder aux statistiques d’utilisation• envoyer du feedback


data.biodiversity.aq


ipt. biodiversity.aq• préparer et nettoyer les données• publier les données primaires• publier les metadonnées• exposer les données et métadonnées

vers les autres systèmes d’information• générer et soumettre une publication de

type “Data Paper”


ipt.biodiversity.aq


Flux de données

Your data

standardize

DwC-A

upload publish

IPT ANTABIF

publish

Data Paper

(votre point de vue)


afg.biodiversity.aq• Aide à l’identification• Plateforme de publication/partage pour

des guides de terrains personnalisés• Images de haute qualité• Descriptions d’experts• Construit à la volée, depuis différentes

sources• Génération d’un pdf


Antarctic Field Guidesafg.biodiversity.aqafg. biodiversity.aq


afg.biodiversity.aqafg.biodiversity.aq


afg.biodiversity.aq


afg.biodiversity.aq


afg.biodiversity.aq


afg.biodiversity.aq


afg. biodiversity.aq




atlas.biodiversity.aq• Editions papier et digitale(s)• Ré-édition de Hedgepeth 1969• Générer des cartes thématiques• Générer des cartes prédictives• Construire une plateforme interactive• Préparer un livre électronique• Génération dynamique du contenu


Hedgpeth 1969’s Folio


http://share.biodiversity.aq/Atlas/Resources/AntarticMapFolio11.pdf

http://share.biodiversity.aq/Atlas/Resources/AntarticMapFolio11.pdf

Superposition (et partage) de couches de données

SlopeBathymetryChlorophyll

Distance to the continentDistance to bird colonies

Distance to iceDistance to shelf

Distance to canyonFloor temperature

...



atlas.biodiversity.aq



les Carrotes


Publier les données? • Traité Antarctique• Data policies (Internationales et Nationales)• Reconnaissance de ses pairs• Transparence• Amélioration constante, recyclage,,...• (vraie) Intégration des données• publication dans des contextes variés• systèmes de citation


Data PaperMetadata document

Récompenser l’effortipt


les “Data Papers”

• Une publication scientifique dont le but principal est de décrire un set de données.

• Avantages des Data Papers

– crédit aux contributeurs de données

– description des données dans un format structuré, lisible par un humain

– attirer l’attention des la communauté scientifique sur


Inciter la publication des données


• Compléter les métadonnées en ligne en utilisant l’IPT

• Générer le manuscrit (MS) pour le ‘Data Paper’ (menu: Manage Resource – RTF Download)

• Soumettre le MS pour publication dans l’une des revues: ZooKeys, PhytoKeys, BioRisks, NeoBiota, Biodiversity Data Journal, Nature Conservation

• Révision (si nécessaire) en utilisant aussi l’IPT puis re-soumission

Etape par étape


• un DOI (Digital Object Identifier) est assigné

• le papier est publié sous format (a) imprimé, (b) PDF, (c) HTML, et (d) XML, puis archivé dans PubMedCentral

• le DOI est lié à un identifiant persistant dans les registres d’ANTABIF/GBIF

• votre “Data Paper” est indexé par Web of Knowledge (ISI), PubMedCentral, Scopus, Zoological Record, Google Scholar, CAB Abstracts, Directory of Open Access Journal (DOAJ), EBSCO.

Une fois le MS accepté...


• les Métadonnées doivent être complètes• les éléments fournis sont suffisament étayés • les données décrites dans le ‘Data Paper’ sont

Ouvertes au moment de la soumission du MS

Et bien sûr...


Application:Identifier les lacunes


Evaluer notre ignorance

• “Nettoyage” de toute la base de donnée

• Données bathymétriques ajoutées à toutes les entrées benthiques

• comptage des espèces vs stations pour les phylums majeurs (nematoda, mollusca, cnidaria, echinodermata, chordata, arthropoda & annelida)

• comptage des espèces vs stations pour les groupes majeurs (poissons, oiseaux et mammifères, pélagique et benthiques)

• Analyse bathymétrique. Stations & espèces benthiques en fonction de la profondeur.


Ensemble des données


Toutes les espèces


Nematoda

Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011


Annelida



Cnidaria



Echinodermata



Mollusca



Chordata



Arthropoda



• La couverture spatiale & taxonomique varie fortement en fonction du groupe considéré

• Certains taxa majeurs sont “manquants”: Eponges, Isopodes, Pycnogonides, Bryozoaires, Decapodes, Crinoides & Brachiopodes

• Zones sous- ou non-échantillonnées: ouest de la mer de Weddell, mer d’Amundsen, zones abyssales

Résumé


Benthos



Pelagos



Oiseaux et Mammifères



Poissons



• Distorsion vers les zones peu profondes, les stations de recherche et les trajectoires de navires de recherche

• Ensemble du jeu de données: les observations d’oiseaux et de mammifères dominent l’analyse de l’effort d’échantillonnage

• Les données benthiques déterminent les schémas d’ensemble de la richesse spécifique

• Co-occurrence entre les “hotspots” de données benthiques et la présence de stations

Conclusions


Notre ignorance est Abyssale



• La distorsion due à la variabilité de l’effort d’échantillonnage est responsable d’un grand nombre de patrons observés

• Distorsion massive due à un sous-échantillonnage du profond

• Certaines zones et taxa, bien représentés, sont utilisables pour des analyses ultérieures

Conclusions


2,8 espèces d’isopodes sont décrites chaque année

600+ ont été découvertes durant ANDEEP

214 années pour tout décrire!

De Broyer C & Danis B, DSRII 2011

Autre problème...


Perspectives etc...


Héritage digital du CAML et de l’IPYEtat de l’environnement Antarctique, Etat 0 Nouvelle biorégionalisation, aires marines protégéesLe lien entre plusieurs disciplinesConsolidation de la communauté du SCARConservation informée et adaptativeOptimisation des efforts de recherche

Conclusions générales


Le futur (proche)

Expansion/évolution des capacitésInteropérabilitéIntégration des données génétiquesOutils d’aide à l’identificationImplication de la communauté


Rose A. DZMB

(quelques) Défis

Science basée sur un usage intensif des donnéesIntégration d’autres types de donnéesDonnées noires et données orphelinesDéluges de donnéesFracture numériqueChangement de culture


image © NY Times

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http://www.polarcommons.org

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Technology

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