ChemDraw(ChemOffice) Professionalの使い方に 関...

11 © 2009 PerkinElmer© 2009 PerkinElmer© 2009 PerkinElmer© 2010 PerkinElmerPerkinElmer Confidential

分子科学部門_糖鎖化学研究室

松尾一郎

ChemDraw (ChemOffice) Professionalの使い方に

関する講習会

初級編

2018年4月

22 PerkinElmer Confidential

アジェンダ ChemDraw編

NMRスペクトルの予測

OH

ON

O

NN

NHN

O

O

OH

OH

O

O

OH

OH

+OH2SO4

H3BO3

R e a c t a n t s P r o d u c t sFormulaMWLimiting?EquivalentsSample Mass%WeightMolarityDensityVolumeReactant MolesReactant Mass

FormulaMWEquivalents%CompletionExpected MassExpected MolesMeasured MassPurityProduct MassProduct Moles%Yield

C8H4O3148.12Yes

10.00g

67.51mmol

10.00g

C6H6O2110.11No

7.43g

67.51mmol

7.43g

H2O4S98.07No

6.62g

67.51mmol

6.62g

BH3O361.83No

4.17g

67.51mmol

4.17g

C14H8O4240.21

16.22g

67.51mmol

12.00g

87.00%

10.44g

43.46mmol

64.37%

構造式作図のTips

物性推算

反応式作図のTipsと量論表

SciFinderへの検索

33 PerkinElmer Confidential

ChemDraw (ChemOffice) Professionalではこのような絵が描けます

生物系の作図 BioDrawツール

TLC作図ツール

ゲル電気泳動ツール

バイオポリマーツール

44 PerkinElmer Confidential

HO

H

H

H

Valsartan

Cholesterol

時間をかけないで書くにはどうしたら良いか？作図のTipsとHotKey

今日の目標：ChemDraw で化学構造式をかけるようになりましょう

55 © 2009 PerkinElmer© 2009 PerkinElmer© 2009 PerkinElmer© 2010 PerkinElmerPerkinElmer Confidential

デスクトップ上の このようなアイコンからChemDrawを立ち上げてください

66 PerkinElmer Confidential

結合を書く

立体の表記

アルキル鎖を簡単に書く

環状化合物

消しゴムツール

選択ツール２選択ツール１

矢印

有機化学実験のレポート作成に最低限必要なこと１（結合を描く）

文字入力

ベンゼン環

77 PerkinElmer Confidential

結合を書く

立体の表記

アルキル鎖を簡単に書く

環状化合物

消しゴムツール

選択ツール２選択ツール１

矢印

有機化学実験のレポート作成に最低限必要なこと１（結合を描く）

文字入力

図を回転させる

？？？？

同じ図を描く・コピーする・ペーストする

図を選択する

ベンゼン環

Structure >> Clean up structure

88 PerkinElmer Confidential

結合を書く

立体の表記

アルキル鎖を簡単に書く

環状化合物

消しゴムツール

選択ツール２選択ツール１

矢印

有機化学実験のレポート作成に最低限必要なこと１（結合を描く）

文字入力

図を回転させる

２重結合を書く

３重結合を書く

？？？？

？？？？

ベンゼン環Structure >> Clean up structure

99 PerkinElmer Confidential

結合を書く

環状化合物

ベンゼン環

消しゴムツール

選択ツール２選択ツール１

矢印

有機化学実験のレポート作成に最低限必要なこと１（結合を描く）

文字入力

文字入力水素と窒素

ベンゼン環

アルキル鎖を簡単に書く

=立体の表記

1010 PerkinElmer Confidential

結合を書く

立体の表記

アルキル鎖を簡単に書く

環状化合物

ベンゼン環

消しゴムツール

選択ツール２選択ツール１

矢印

有機化学実験のレポート作成に最低限必要なこと２（反応を描く）

文字入力

Structure >> Clean up reaction

object >> align

1111 PerkinElmer Confidential

課題10：生成物から反応式を書く

右の反応式を書きなさい。

＜Tips＞ 構造式の結合

Object>Join

ベンゼン環の種類

Shift, Ctrlキーを使ってみる

O

shift Ctrl

1212 PerkinElmer Confidential

課題5：テンプレートの利用・登録

右の分子を１つ15秒で作図しなさい。

1313 PerkinElmer Confidential

課題5：テンプレートの利用・登録

右の分子を１つ15秒で作図しなさい。

登録されているテンプレートの使用

1414 PerkinElmer Confidential

課題2a：Short Cut Keysの利用

キー Fileメニュー キー Viewメニュー

Ctrl+N New Document Ctrl+H Show CrosshairCtrl+O Open F11 Show RulerCtrl+W CloseCtrl+S Save キー Objectメニュー

Shift+Ctrl+S Save as Ctrl+G GroupShift+Ctrl+P Page Setup Shift+Ctrl+G UngroupCtrl+P Print Ctrl+J Join

Shift+Ctrl+H Flip Horizontalキー Editメニュー Shift+Ctrl+V Flip VerticalCtrl+Z UndoShift+Ctrl+Z Redo キー Structureメニュー

Ctrl+C Copy Shift+Ctrl+K Clean Up StructureCtrl+V Paste Shift+Ctrl+X Clean Up ReactionCtrl+X Cut Shift+Ctrl+N Convert Name to StructureDel Clear Alt+Ctrl+N Convert Structure to NameCtrl+A Select All

• Short Cut Keysを使用するとカーソルを動かすことなくキーボードからメニューの項目が選択出来ます。

1515 PerkinElmer Confidential

課題1：分子構造の作図

右の分子を作図しなさい。 Undoボタン

Windowsと同様のショートカットキー

分子全体の選択

原子・複数原子の選択（オブジェクト）

Shiftキー

分子の回転

ある部分の色付け（ベンゼン環）

選択したオブジェクトへの色付け

色付き元素表示

ファイルの保存

ファイル名：課題1

新しいドキュメント

View>Show Periodic Table Window

Stereochemistryの表示

Object > Show Stereochemistry

1616 PerkinElmer Confidential

課題3：分子の特性・名前

分子量（特性）の算出

View>Show Analysis Window 構造式の変化に対応

IUPAC名の算出

Structure>Convert Structure to Name 多数の構造式から一括に変換するには、

ChemDraw for Excelを利用

分配係数 LogP（物性）の予測値

View>Show Chemical Properties Window 画面出力（Paste) 詳細出力（Report）

名前から構造式の算出

Structure>Convert Name to Structure Tamiflu 多数を一括に変換するには、ChemDraw for Excelを利用

これは実測値ではなく、予測値です

Chemical Formula: C16H28N2O4Exact Mass: 312.20

Molecular Weight: 312.41m/z: 312.20 (100.0%), 313.21 (17.3%), 314.21 (1.4%)

Elemental Analysis: C, 61.51; H, 9.03; N, 8.97; O, 20.48

Boiling Point: 857.67 [K]Melting Point: 580.79 [K]Critical Temp: 918.25 [K]Critical Pres: 16.92 [Bar]

Critical Vol: 943.5 [cm3/mol]Gibbs Energy: -297.24 [kJ/mol]

Log P: 0.19MR: 85.34 [cm3/mol]Henry's Law: 13.92

Heat of Form: -846.82 [kJ/mol]tPSA: 90.65

CLogP: 2.1318CMR: 8.5864

ethyl (3R,4R,5S)-4-acetamido-5-amino-3-(pentan-3-yloxy)cyclohex-1-ene-1-carboxylate

1717 PerkinElmer Confidential

課題4：NMRスペクトル予測

NMRスペクトルの予測しなさい。

1H/13C NMR予測

Structure>Predict …..

溶媒DMSO 300MHzの1HNMR予測

File>Preferences…

これは実測値ではなく、予測値です

1818 PerkinElmer Confidential

ChemDraw: SciFinderとの連携（来週解説します）

ChemDrawから直接SciFinderの構造/反応検索が可能です。

検索対象の選択が必要！

1919 PerkinElmer Confidential

日本語マニュアルのダウンロード

http://informatics.perkinelmer.co.jp/support/manual.html

ユーザーズガイド チュートリアル（p362~379）