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UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Mise à jour le:
ED N°2a
Diagnostic bactériologique des infections urinaires
ECBU
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Objectif et prérequis
Objectif•Savoir interpréter les résultats d'un examen cytobactériologique des urines
Prérequis•Cours 4 et 5, le monde bactérien•Cours 28, antibiotiques: mécanisme d’action, mécanisme de résistance•Polycopié des TP page 28: les principales familles d’antibiotiques
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Mme D., 32 ans, consulte pour des brûlures mictionnelles
• Pas d’antécédent médico-chirurgical• Pas de traitement en cours• Apparition brutale de brûlures mictionnelles la
veille• Pas de fièvre• Pas de douleur lombaire
Quel diagnostic évoquez-vous?
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Cystite aiguë
• Infection uniquement vésicale
• ≠ Pyélonéphrite aiguë• Atteinte du parenchyme rénal• Clinique: fièvre ± frissons, douleur de la fosse lombaire
irradiant vers le pubis
Quel est le mécanisme physiopathologique habituel des infections urinaires communautaires?
Quelles sont les bactéries habituellement responsables?
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Physiopathologie des IU
• Colonisation ascendante des voies urinaires par des bactéries possédant des facteurs de virulence spécifiques:
(adhésines, sidérophores )
• Femme : la longueur réduite de l’urètre favorise l’infection
• Femme enceinte : facteurs favorisants supplémentaires (diminution des défenses immunitaires, compression de l’urètre par l’utérus, imprégnation progestative)
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Espèces bactériennes responsables d’infections urinaires
Examen direct(coloration de
Gram)Famille Espèce %
Bacilles Gram négatifEntérobactéries
Escherichia coli 68Proteus mirabilis 8
Klebsiella sp 5
Autres entérobactéries 3
Pseudomonadaceae Pseudomonas aeruginosa 1
Cocci Gram positifen chainettes
Streptococcaceae
Enterococcus (E. faecium, E. faecalis)
5
Streptocoques B (Streptococcus agalactiae)
3
Cocci Gram positif en amas
MicrococcaceaeStaphylococcus aureus 3
S. saprophyticus 3
Autres bactéries 1
84%
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Quel examen pour confirmer le diagnostic?
• Examen Cyto-Bactériologique des Urines (ECBU)
• Il permet de mettre en évidence:• Une réaction inflammatoire (cytologie : leucocytes)• Des bactéries dans l’urine vésicale (physiologiquement
stérile)
• Pyélonéphrites aiguës: hémocultures + ECBU
Comment bien réaliser un ECBU?
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
ECBU – Conditions de recueil
• Conditions standardisées pour :• Eviter une contamination de l’échantillon (bactéries
commensales de l’urètre et du périnée)• Eviter une multiplication ou une destruction des bactéries• Permettre une conservation des leucocytes
• 1ères urines du matin de préférence (concentrées)
• Toilette soigneuse du méat urinaire (femme +++)
• Urine de milieu de jet
• Avant tout traitement antibiotique
• Transport rapide au labo (conservation 2h à T° ambiante, <24h à +4°C)
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
• Situations modifiant les critères d’interprétation (conditions de recueil différentes) :
– Poche stérile adhésive chez le jeune enfant– Doit être laissée en place moins de 30 min– Fort risque de contamination– Seule une urine négative est facilement interprétable, tout
urine positive prélevée ainsi, devrait être contrôlée++
– Recueil sur sonde urinaire (réanimation, incontinence, …)
– Leucocyturie ininterprétable– Possible contamination de la sonde sans infection
ECBU – Conditions de recueil
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Analyse d’un ECBU – J0
1. Cytologie quantitative
- Leucocytes
- Hématies
Par mm3 ou ml attention aux unités!!!!
2. Frottis →Coloration de Gram →Examen au microscope
- Présence de germes
- Morphologie et coloration
3. Ensemencement quantitatif++ sur milieu chromogène
- 10 µL (öse calibrée)
- Incubation 24h à 37°C
- Permet la culture des Gram+ et des Gram-
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Analyse d’un ECBU – J0
Interprétation à J0Les normes : leuco <104/ml et abs de germe
•exemples∙ 105 leucocytes/ml ET nombreux bacilles Gram négatif
→ Infection probable
∙Traitement antibiotique probabiliste
∙ 104 leucocytes/ml et plusieurs types de germes au Gram
∙Souillure probable
→ Refaire ECBU
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Analyse d’un ECBU – J1
• Numération des bactéries sur les cultures • 1 colonie = 102 bactéries/mL
• Identification bactérienne• Orientation si identification par les caractères biochimiques (galerie
API) grâce aux milieux chromogènes
• Identification définitive si identification par spectrométrie de masse (Maldi-Tof)
• Réalisation d’un antibiogramme
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• Interprétation à J1
Analyse d’un ECBU – J1
Leucocyturie/mL
Bactéries/mL Interpretation
< 104 < 104 Pas d'infection
≥ 104 ≥ 105 Infection urinaire
< 104 104 – 105
Bactériurie sans leucocyte∙ Contamination du prélèvement surtout si plusieurs espèces∙ Infection débutante∙ Infection sur terrain particulier : femme enceinte, nourrisson, diabétique ou
aplasique, immunodépriméUn nouveau prélèvement est nécessaire
≥ 104 < 104
Leucocyturie sans germe
∙ Infection décapitée par traitement antibiotique∙ Sécrétions génitales∙ Tuberculose urinaire : bactéries ne cultivent pas sur les milieux usuels (Cf.
cours sur les mycobactéries).∙ Urétrite (Chlamydiae, mycoplasme), donnant signes de cystite chez la
femme∙ Réaction inflammatoire d'origine non infectieuse (traumatisme ou tumeur)
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• Identification bactérienne complète
• Antibiogramme
Analyse d’un ECBU – J2
Vérifier la sensibilité du germe à l’antibiotique initialement prescrit +++
E. coli
50 % des E. coli : producteurs de pénicillinase
résistance à l ’ampicilline
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• L’ECBU est indiqué pour le diagnostic initial • Des cystites aigues compliquées• Des cystites récidivantes• Des pyélonéphrites aigues simples et compliquées• Des prostatites
• Diagnostic initial des cystites aigues simples • L’ECBU n’est PAS indiqué pour le diagnostic• Le seul examen complémentaire recommandé est le test
par la bandelette urinaire (BU)
ECBU – Indications
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Place des bandelettes urinaires
• Détection• Leucocyte estérase produite par les PNN
» Négatifs: infection débutante, neutropénie» Faux négatifs: urine diluée, Vitamine C» Faux positifs: urétrites, inflammation non infectieuses (sonde urinaire +
++)
• Nitrites produits par les bactéries (nitrate réductase)» Négatifs: germes en faible nombre ou non producteur de nitrate
reductase (Enterococcus, S. saprophyticus, Pseudomonas, Acinetobacter, Candida)
» Faux négatifs: Régime végétarien, Vitamine C, pH urinaire < 6» Faux positifs: mauvaise conservation de l’échantillon•Si les 2 tests sont négatifs: pas d’ECBU (VPN = 95% )
• Si 1 des 2 tests est positif : faire un ECBU
• Exception : ECBU d’emblée, sans BU préalable :
- Chez les patients à risque de complications (femmes enceintes, diabétiques, neutropéniques)
- En cas de sondage urinaire
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Traitement
• Entérobactéries (BGN)• β-lactamines (pénicillines et céphalosporines)
– Résistance naturelle aux Pénicillines G et M (imperméabilité)– E. coli : 50% de résistance acquise à l’ampicilline/amoxicilline
• Autres antibiotiques– fluoroquinolones, fosfomycine, bactrim, aminosides
• Entérocoques (Cocci à Gram + en chainette)• Résistance naturelle aux céphalosporines+++, bactrim et quinolones• Traitement par amoxicilline
Traitement de la cystite aiguë• 1re intention : Fosfomycine
• 2ième intention: Fluoroquinolone ou Nitrofurantoïne
•Traitement minute possible pour la fosfomycine et les fluoroquinolones si femme jeune non-enceinte sans facteurs de risques
Traitement de la pyélonéphrite aiguë
• Céphalosporine de 3e génération injectable ou fluoroquinolone per os
• + aminoside si sepsis grave
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• Règles hygiéno-diététiques
• Mictions fréquentes
• Diurèse abondante
• Traitement d’une constipation
• Contrôle de l’ECBU
• Non recommandé dans les cystites aiguës et les pyélonéphrites aiguës simples
• Sauf en cas de persistance des symptômes 72h après le début du traitement
• Recommandé dans les pyélonéphrites aiguës compliquées (48h à 72h après le début du traitement et 4 à 6 semaines après la fin du traitement)
Traitement
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
A retenir
• L’ECBU est un examen simple et peu coûteux
• Il peut donner une première indication dès le 1er jour
• Les bactéries les plus fréquemment rencontrées sont des Entérobactéries (E. coli +++)
• L’infection urinaire est très fréquente, généralement peu grave... sauf chez certains patients à risque.
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
L’ECBU dans ses différentes étapes
Urines de milieu de jet
Examen cytologique Examen bactériologique
Ensemencement(Öse calibrée 10 µL)
QuantitatifLeucocyturie
QualitatifGermes
Dénombrement, différenciation et identification des
colonies
Antibiogramme(s) éventuel(s)
J0
J1 à 2
J2 à 3